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Acidos nucleicos – Genética Molecular – Genoma humano ESTRUCTURA Y FUNCION DE LOS ACIDOS NUCLEICOS: EL ADN: • El ADN o ácido desoxirribonucleico, es la molécula que contiene toda la información genética y hereditaria de las células. NUCLEÓTIDOS DEL ADN • Son las unidades monoméricas conformacionales de la cadena de ADN. • Se forman por la unión de una base nitrogenada a la desoxirribosa y ésta posteriormente se une a un grupo fosfato. • Las bases nitrogenadas del ADN son 4 en total: 1. Desoxiadenilato (adenina) 2. Desoxiguanilato (guanina) 3. Desoxicitidilato (citosina) 4. Timidilato (timina) • Estos nucleótidos se van a enlazar entre sí en una secuencia lineal, a través de un tipo de enlace especial conocido como 3’-5’ fosfodiéster. • Esto consiste en que una sola unidad de fosfato es común a dos nucleótidos, uniéndose en el tercer carbono de una pentosa y dirigiéndose al quinto carbono de la pentosa del siguiente nucleótido. • Esto otorga una polaridad (direccionalidad) a la cadena formada, la cual va a ir desde un extremo 5’ terminal hasta otro 3’ terminal. • En los primeros años de estudio del ADN, se logró determinar que la concentración de nucleótidos de adenina era equivalente a la de timina y su vez, la cantidad de nucleótidos de citosina equivalía a la de nucleótidos de guanina. • En base a ello, Watson y Crick postulan su modelo de la doble cadena de nucleótidos de ADN. • Correspondencia de bases nitrogenadas A-T y G-C a través de enlaces de puente de hidrógeno. • La doble cadena así formada adopta una configuración helicoidal. Sin embargo, las cadenas son antiparalelas entre sí (igual dirección, pero diferente sentido), es decir una se orienta en dirección 3’ → 5’ y la otra en 5’ → 3’ • De ambas cadenas, una contiene la secuencia de información genética que se va a copiar “cadena patrón”. • La otra cadena se llama “codificadora” porque ella se encargará de igualar el ARN de transcripción a la secuencia patrón para la realización de la síntesis proteica. DESNATURALICACION DEL ADN: • Consiste en la separación de las 2 cadenas de la molécula de ADN, debido al aumento de la temperatura o a la disminución de la concentración salina o a las variaciones de pH. • Sin embargo, este proceso es reversible, volviendo las cadenas a su configuración natural luego de que se retomen las condiciones fisiológicas. EL ARN: • Al igual que el ADN, es un polímero de nucleótidos ensamblados con enlaces 3’-5’ fosfodiéster. • Su funcionamiento está vinculado a la síntesis de proteínas PROCESAMIENTO DEL ARNm: • Tiene lugar en el núcleo • Nótese que el casquete para 5’ y la cola de residuos de adenilato para el extremo terminal 3’ se agregan pos transcripción. • El ARN recién transcripto sufre modificaciones (remoción de intrones y unión de exones). • Segmento de ARNm, en el cual se puede apreciar enlazado al extremo terminal 5’ la cápsula de protección contra las nucleasas. LA INFORMACION EN EL ARNm ESTA ORGANIZADA MEDIANTE CODONES: ARNt (TRANSFERENCIA) • Encargado de transportar los aminoácidos específicos desde el citoplasma hasta el ribosoma para la formación de polipéptidos. • Posee una secuencia de 74 a 95 nucleótidos que adquiere una configuración doblada sobre sí misma (hoja de trébol). ARNr (RIBOSOMAL) Este ARNr es el más abundante (80% del ARN celular). Tiene función estructural ya que se encuentra formando parte de los ribosomas (organelos encargados de la síntesis proteica). Para el caso de las células de los mamíferos (eucariontes), los ribosomas poseen un coeficiente de sedimentación de 80s, y se forman de dos unidades: una pequeña de 40s y la otra más grande de 60s. ARN PEQUEÑOS • Su tamaño varia de 20 a 1000 nucleótidos. • ncRNA (ARN no codificante): De tamaño desde 300 a más nucleótidos, estos no codifican para proteína. Participa en la regulación de la transcripción del gen que codifica para mRNA por la ARN polimerasa II. • miRNA (Micro ARN): De tamaño de 21 a 25 nucleótidos de largo y van a encargarse de la regulación postranscripcional de la expresión de genes (inhibir la producción de proteínas). • siRNA(silenciamiento ARN): Es un ARN bicatenario, mide 20 a25 nucleótidos, interfiere con la expresión de un gen específico. También participan en la defensa antiviral o la organización de la cromatina. Sus descubridores recibieron el premio nobel 2006. NUCLEOS: DIGESTION DE LOS ACIDOS NUCLEICOS: GENETICA MOLECULAR, ADN RECOMBINANTE Y TECNOLOGIA GENOMICA: IMPORTANCIA BIOMEDICA DE ESTA TECNOLOGIA: 1. Ofrece un método racional para entender la base molecular de diversas enfermedades. 2. Es posible producir proteínas de origen humano en abundancia para terapia 3. Pueden obtenerse proteínas para pruebas diagnósticas 4. Esta tecnología se usa para diagnosticar enfermedades existentes y predecir el riesgo de aparición de una enfermedad dada y la respuesta individual a la farmacoterapia. 5. Técnicas especiales han llevado a notorios avances en medicina forense. 6. Es factible idear terapia génica para, en potencia, curar enfermedades causadas por una deficiencia de un gen único, como la enfermedad de células falciformes, las talasemias, la deficiencia de adenosina desaminasa, y otras. LA TECNOLOGIA DE ADN RECOMBINANTE COMPRENDE AISLAMIENTO Y MANIPULACION DE ADN PARA HACER MOLECULAS QUIMERICAS: • El ADN recombinante (rADN) es una tecnología que utiliza enzimas para cortar y unir secuencias de ADN de interés. Las secuencias de ADN recombinado se pueden colocar en unos vehículos llamados vectores que transportan el ADN hacia el lugar adecuado de la célula huésped donde puede ser copiado o expresado. • Las moléculas quiméricas son moléculas de ADN que contiene secuencias procedentes de dos especies diferentes (ej. Humano y bacterias). Debido a que pueden estar hechos de material proveniente de dos especies diferentes como la mítica quimera. I. LAS ENZIMAS DE RESTRICCION CORTAN CADENAS DE ADN EN UBICACIONES ESPECIFICAS: • Las endonucleasas cortan secuencias específicas dentro del ADN y las exonucleasa desde los extremos • De restricción porque restringían el crecimiento de bacteriófagos (virus de las células) • Se denominan a partir del nombre de la bacteria de la que fueron aisladas. • Dan por resultado extremos romos o pegajoso o cohesivos (que se superponen). II. LAS ENZIMAS DE RESTRICCION Y LA ADN LIGASA SE USAN PARA PREPARAR MOLECULAS DE ADN QUIMERICAS: PROBLEMAS: 1. Los extremos pegajosos de un vector pueden reconectarse consigo mismos, sin anancia neta de DNA 2. Los extremos pegajosos de fragmentos también se renaturalizan. 3. Los sitios de extremo pegajoso quizá no estén disponibles o en una posición conveniente ALTERNATIVAS: 1. Colocación de cola de homopolímero (Se “añaden” nuevos extremos Romos) 2. Enlazadores de oligonucleótidos dúplex (Se “añaden” nuevos extremos romos pero con una secuencia de reconocimiento) III. LA CLONACION AMPLIFICA EL ADN: • Clona es una población grande de moléculas, bacterias o células idénticas que surgen a partir de un ancestro común. • La clonación se basa en el hecho de que moléculas de DNA quiméricas o híbridas pueden introducirse en vectores de clonación que después se siguen replicando en una célula huésped bajo sus propios sistemas de control. VECTORES DE CLONACION: ✓ FAGO.-Virus de las bacterias. Tiene ADN lineal por lo que se puede insertar ADN extraño en varios sitios. Mientras que los plásmidos aceptan fragmentos de DNA de 6 a 10 kb de largo, los fagos pueden aceptar fragmentos de 10 a 20 kb de largo. ✓ PLASMIDO.-a.-Son únicos o múltiples y se replican independientemente del ADN bacteriano mientras usan la maquinaria de replicación del huésped. b.-se conocela secuencia completa del DNA de muchos plásmidos ✓ COSMIDO.-Combinan las mejores características de los plásmidos y los fagos. BIBLIOTECA GENOMICA: • No es posible secuenciar un genoma en una sola reacción entonces, se divide el genoma en fragmentos. • Cada fragmento es colocado en un vector y éste es introducido en una célula anfitriona • El conjunto de células anfitrionas que contienen los diferentes fragmentos del genoma inicial conforma la biblioteca genómica IV. LAS SONDAS BUSCAN GENES ESPECIFICOS: Una sonda es un fragmento de ADN o ARN marcados con un nucleótido que contiene 32P o nucleótidos marcados con fluorescencia, ninguna de estas “marcas” afectan sus propiedades de hibridación. V. TECNICAS DE ELECTROTRANSFERENCIA E HIBRIDACION PERMITEN VER FRAGMENTOS ESPECIFICOS: VI. HAY TECNICAS PARA DETERMINAR LA SECUENCIA DE ADN: Los segmentos de moléculas de DNA obtenidas mediante tecnología de DNA recombinante se pueden analizar para determinar su secuencia de nucleótidos siempre que haya suficiente número de dichas moléculas lo cual, se puede conseguir con el método de Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR). También existen los métodos para determinar la secuencia: • Método enzimático manual (Sanger) • Método manual químico de Maxam y Gillbert Una secuencia es una sucesión de letras que representa la estructura primaria de una molécula de ADN. Para que pueda llamarse secuencia tiene que haber una secesión de al menos 4 nucleótidos. VII. LA REACCION EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR) AMPLIFICA SECUENCIAS DE ADN: APLICACIONES: - Detectar agentes infecciosos en especial virus latentes - Hacer diagnostico genéticos prenatales - Detectar polimorfismos alélicos - Establecer tipos de tejido exacto para trasplante - Estudiar la evolución con ADN de muestras arqueológicas - Medicina forense: la PCR permite amplificar y analizar el ADN de una sola célula, folículo piloso o espermatozoide GENOMA HUMANO: Genoma es el contenido total de ADN de la célula. Incluye no solo la porción codificante (genes) sino también las regiones intergénicas y los ADN repetidos. Los eucariotas tienen 2 a 3 genomas: • Genoma nuclear • Genoma mitocondrial Generalmente “genoma” se utiliza para referirse al genoma nuclear La genómica se dedica a estudiar a los genes EL GENOMA DE CADA ESPECIE SE ORGANIZA EN CROMOSOMAS CON FORMA, TAMAÑO Y CANTIDAD CARACTERISTICAS: La cantidad, morfología y tamaño de los cromosomas de cada especie es característico. Es independiente del tamaño del genoma. DISTINTO ORGANISMO TIENEN DIFERENTE ESTRUCTURA GENOMICA: • Los genomas procariotas son muy pequeños y compactos casi sin espacio entre los genes. • El genoma de las levaduras contiene 6000 genes y es compacto. • Los genomas de algunas plantas son muy grandes pero dominados por • secuencias de ADN repetidas no funcionales. • El genoma humano contiene aproximadamente 30 000 genes, pero las regiones codificantes de estos genes ocupan solo un 3% del genoma. Existen muchas secuencias repetidas. ESTRUCTURA DE UN GEN: • Un gen es una secuencia de nucleótidos que contiene la información necesaria para la síntesis de un polipéptido o un ARN funcional. • En procariotas y eucariotas la estructura del gen es levemente diferente. PROYECTO GENOMA HUMANO: DEFINICIONES: • GENOMA: es el set completo de genes de un organismo. • Transcriptoma: set completo de genes que se expresan (todas las moléculas de RNA) • Proteoma: set completo de polipéptidos codificado por un genoma completo. • Objetivo fue secuenciar todo el genoma nuclear humano para obtener un conocimiento básico de la dotación genética humana completa. • En 1990 se inició oficialmente el proyecto como un programa de quince años con el que se pretendía registrar todos los genes que codifican la información necesaria para construir y mantener la vida. • El 14 de abril del 2003, científicos del consorcio público completaron el 90% de la secuenciación del genoma humano y se anuncian la finalización del proyecto genoma humano. HALLAZGOS PRODUCTO DE LA DETERMINACION DE LA SECUENCIA DEL GENOMA HUMANO: • El genoma humano codifica cerca de 25000 proteínas. • Sólo El 2% del genoma humano codifica proteínas (consiste de exones), aproximadamente el 24% de intrones y 75% secuencias que están entre los genes. • Genes humanos → más funciones que los de organismos más simples. • Proteomas humanos más complejo que el de los invertebrados. • Probable que secuencias repetidas constituyan más de 50% del genoma humano. BIOINFORMATICA Y BIOLOGIA COMPUTACIONAL GENÓMICA: UNA AVALANCHA DE INFORMACIÓN • Estudio de un conjunto completo de ADN (con todos sus genes) de una persona u otro organismo. • Casi todas las células del cuerpo de una persona tienen una copia completa del genoma. • El genoma contiene toda la información necesaria para el desarrollo y el crecimiento de una persona. GENOMA Y MEDICINA: • El hallazgo que define la Medicina del siglo XXI es la descodificación del genoma humano. • El genoma humano, se estableció en 3240 millones de pares de bases que codificaban unos 30.000 genes. • El costo de secuenciar un genoma fue 14 millones de dólares en el año 2006, a los 4.000 dólares del año 2016. • Actualmente se aconseja no realizar el estudio del “genoma total” sino solamente del exoma (2% del genoma humano que codifica 25000 proteínas conocidas) cuya función o disfunción se puede relacionar con la salud o la enfermedad. SECUENCIACIÓN DEL EXOMA LOS DESAFÍOS POTENCIALES DE LA MEDICINA DE DISEÑADOR: • Medicina de diseñador: muy eficaz pero confronta a la humanidad con desafíos éticos, legales y políticos. • Irónicamente la resolución de este proceso será más prolongada que la determinación del genoma. BIOINFORMATICA: Montar toda la información disponible → Base de datos → Manipulación y análisis por medio de algoritmos de computadora. BASES DE DATOS DE BIOONFORMATICA POTENCIAL MÉDICO DEL PROCESAMIENTO DE INFORMACION • Capacidad de los científicos de laboratorio para manipular blancos de investigación. • Emplea métodos bioinformáticos para identificar factores que contribuyen o alteran la salud humana. BIOINFORMATICA Y RECURSOS GENOMICOS BIOLOGIA COMPUTACIONAL • Procesamiento digital de imágenes y reconstrucción tridimensionales de imágenes de ME. • Modelaje molecular de estructuras usando datos de cristalografía por RX, RMN o por difracción de electrones. • Mecánica molecular para entender para entender y predecir el comportamiento macroscópico de biomoléculas. • Ajuste de estructuras cristalográficas a mapas 3D obtenidos por ME (Tinción negativa o congelado hidratado). 1. Subjetivo a la superficie 2. Objetivo a la superficie BIOLOGÍA DE SISTEMAS Y CÉLULAS VIRTUALES BIOLOGIA DE SISTEMAS: Construir el equivalente molecular de diagramas de circuito que describan fielmente los componentes de una unidad funcional particular y las interacciones entre ellos. CÉLULAS VIRTUALES: Identificar sitios óptimos para intervención terapéutica de un modo rápido y diagnosticar y tratar enfermedades con mayor seguridad y eficiencia . MAPAS DE INTERACCIÓN MOLECULAR • Son representaciones esquemáticas, en los que se emplea la lógica simbólica para ilustrar las relaciones entre los componentes que constituyen una vía o alguna otra unidad funcional.
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