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1 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO Maestría y Doctorado en Ciencias Bioquímicas ESTUDIOS DE NANODOMINIOS MEMBRANALES EN TRES MODELOS FISIOLÓGICOS DE ESPECIES VEGETALES TESIS QUE PARA OPTAR POR EL GRADO DE: Doctora en Ciencias PRESENTA: LAURA CARMONA SALAZAR TUTOR PRINCIPAL DRA. MARINA GAVILANES RUÍZ Facultad de Química MIEMBROS DEL COMITÉ TUTOR DR. LUIS ALFONSO VACA DOMÍNGUEZ DR. LUIS E. GONZÁLEZ DE LA VARA Instituto de Fisiología Celular Centro de Investigación y de Estudios Avanzados, Unidad Irapuato Ciudad de México. Noviembre, 2018 UNAM – Dirección General de Bibliotecas Tesis Digitales Restricciones de uso DERECHOS RESERVADOS © PROHIBIDA SU REPRODUCCIÓN TOTAL O PARCIAL Todo el material contenido en esta tesis esta protegido por la Ley Federal del Derecho de Autor (LFDA) de los Estados Unidos Mexicanos (México). El uso de imágenes, fragmentos de videos, y demás material que sea objeto de protección de los derechos de autor, será exclusivamente para fines educativos e informativos y deberá citar la fuente donde la obtuvo mencionando el autor o autores. Cualquier uso distinto como el lucro, reproducción, edición o modificación, será perseguido y sancionado por el respectivo titular de los Derechos de Autor. 2 JURADO ASIGNADO Presidente: Dr. Rogelio Rodríguez Sotres Vocal: Dr. Luis Cárdenas Torres Vocal: Dra. Sobeida Sánchez Nieto Vocal: Dr. Otto Geiger Secretario: Dr. Dimitris Georgellis Sitio en donde se desarrolló el tema: Laboratorio 101. Departamento de Bioquímica Conjunto E. Facultad de Química, UNAM Asesor del tema: _____________________________ Dra. Marina Gavilanes Ruíz Sustentante: __________________________ M. en C. Laura Carmona Salazar Miembros del comité tutor: Dr. Luis Alfonso Vaca Domínguez Dr. Luis E. González de la Vara 3 RECONOCIMIENTOS Laura Carmona Salazar, recibió becas de CONACYT (No 183583) y Apoyo integral para la Formación de Doctores en Ciencias UNAM CONACYT (No 53790). El trabajo de tesis fue financiado por los proyectos DGAPA, UNAM (PAPIIT IN207806, IN211409-3, IN220618 e IN222815); PAIP, Facultad de Química, UNAM (5000 9115); CONACYT (101521, 106856 y 238368) y UC-MEXUS, Universidad de California (CN-03-118). Al Programa de Apoyo a los Estudios de Posgrado (PAEP) por el apoyo para asistir a congresos nacionales y uno internacional. A la colaboración de la M. en C. Ariadna González Solís, de la Q. A. Liliana Noyola Martínez, de la Dra. Mariana Saucedo García, del M. en C. Christian A. Vázquez Vázquez y del Dr. Alonso Zavaleta Fernández de Córdoba en varios aspectos del trabajo. A la ayuda técnica de la Q.F.B. Consuelo Enríquez Arredondo, de la Q. Laurel Fabila Ibarra, de la Q.F.B. Adelita Gonzalez Hernández (Facultad de Química, UNAM), de la Prof. Bárbara Lino Alfaro (CINVESTAV, Irapuato) y de la Dra. Georgina Duarte (USAI, Facultad de Química, UNAM) y. Al Dr. Mohammed El-Hafidi del Departamento de Biomedicina Cardiovascular del Instituto Nacional de Cardiología por su participación en el trabajo de determinación de ácidos grasos y esteroles. Al Dr. Diego González Halphen y a los especialistas Jorge Sepúlveda y Rodolfo Paredes por su participación en el trabajo de microscopía electrónica de transmisión realizada en la Unidad de Microscopía del Instituto de Fisiología Celular. A los Dres. Edgar B. Cahoon y Rebecca E. Cahoon del Center of Plant Science Innovation & Department of Biochemistry, University of Nebraska-Lincoln USA por haber proporcionado las líneas de Arabidopsis thaliana y haber determinado los esfingolípidos. Al Dr. Luis E. González de la Vara del CINVESTAV, Irapuato, por haber proporcionado uno de los anticuerpos contra la ATPasa de H+ de la membrana plasmática. Al jurado asignado, por la revisión y las correcciones realizadas al presente trabajo. 4 ÍNDICE ÍNDICE DE TABLAS ........................................................................................................................ 7 ÍNDICE DE FIGURAS ...................................................................................................................... 9 ABREVIATURAS ............................................................................................................................ 13 RESUMEN ....................................................................................................................................... 15 ABSTRACT ..................................................................................................................................... 17 INTRODUCCIÓN ............................................................................................................................ 19 ESTRUCTURA BÁSICA DE LA MEMBRANA PLASMÁTICA Y MODELOS QUE EXPLICAN SU ORGANIZACIÓN ............................................................................................ 19 HISTORIA DEL MODELO DE BALSAS LIPÍDICAS ............................................................. 23 APORTES DE LAS MEMBRANAS MODELO A LA HIPÓTESIS DE BALSAS ............ 23 LOS ESTUDIOS DE CÉLULAS EPITELIALES QUE SENTARON LAS BASES PARA EL MODELO ........................................................................................................................... 24 EL CONCEPTO DEL MODELO DE BALSAS LIPÍDICAS O “LIPID RAFTS” ................... 26 EL PAPEL DE LAS PROTEÍNAS COMO MARCADORES DE BALSAS LIPÍDICAS .. 28 EL CRITERIO DE DRM SOBRE EL TAMAÑO DE LOS MICRODOMINIOS ............... 30 BALSAS, MICRODOMINIOS O NANODOMINIOS EN PLANTAS ................................. 31 ESTUDIOS DE LOS NANODOMINIOS EN PLANTAS ........................................................ 32 PROTEÍNAS ASOCIADAS A NANODOMINIOS QUE EVIDENCIAN LAS FUNCIONES FISIOLÓGICAS EN PLANTAS .................................................................... 38 LÍPIDOS CONSTITUYENTES DE LOS NANODOMINIOS DE PLANTAS ................... 46 CONTRIBUCIÓN DE LOS ESFINGOLÍPIDOS Y FITOESTEROLES A LA ESTRUCTURA Y DINÁMICA DE LOS NANODOMINIOS DE PLANTAS ..................... 61 HIPÓTESIS ..................................................................................................................................... 71 OBJETIVO GENERAL ................................................................................................................... 71 OBJETIVOS PARTICULARES ..................................................................................................... 71 MATERIALES Y MÉTODOS GENERALES ............................................................................... 72 REACTIVOS ................................................................................................................................ 72 MATERIAL BIOLÓGICO ........................................................................................................... 72 I. AISLAMIENTO Y PURIFICACIÓN DE MEMBRANA PLASMÁTICA (MP) DE LOS DIFERENTES TEJIDOS VEGETALES ................................................................................... 73 II. DETERMINACIÓN DE PROTEÍNA. .................................................................................... 77 5 III. OBTENCIÓN DE MEMBRANAS RESISTENTES A LA SOLUBILIZACIÓN POR DETERGENTE (DRM) A PARTIR DE MEMBRANAS PLASMÁTICAS. ............................ 77 IV. EVALUACIÓN DE ACTIVIDADES ENZIMÁTICAS COMO CRITERIO DE PUREZA DE LAS MEMBRANAS PLASMÁTICAS ................................................................................. 78 V. DETERMINACIÓN DEL PERFIL PROTEICO E IDENTIFICACIÓN DE LA ATPasa DE H+ DE LA MEMBRANA PLASMÁTICA EN PREPARACIONES OBTENIDAS DE MP Y DRM DE LAS ESPECIES VEGETALES ................................................................................78 VI. ANÁLISIS ULTRAESTRUCTURAL DE FRACCIONES MEMBRANALES OBTENIDAS DE TEJIDOS FOTOSINTÉTICOS Y NO-FOTOSINTÉTICOS. ................... 80 VII. ANÁLISIS LIPÍDICO DE LAS MP Y DRM AISLADAS DE EMBRIONES DE Zea mays Y DE HOJAS DE Phaseolus vulgaris ........................................................................... 80 VIII. DETERMINACIÓN DEL CONTENIDO DE ESFINGOLÍPIDOS EN FRACCIONES MEMBRANALES DE HOJAS DE Arabidopsis thaliana ....................................................... 84 RESULTADOS ................................................................................................................................ 86 ARTÍCULO 1. Isolation of detergent-resistant membranes from plant photosynthetic and non-photosynthetic tissues. ...................................................................................................... 88 RESUMEN ............................................................................................................................... 88 INTRODUCCIÓN .................................................................................................................... 88 RESULTADOS ........................................................................................................................ 89 DISCUSIÓN ............................................................................................................................. 95 ARTÍCULO 2. Fatty acid profiles from the plasma membrane and detergent resistant of two plant species. ..................................................................................................................... 104 RESUMEN ............................................................................................................................. 104 INTRODUCCIÓN .................................................................................................................. 104 RESULTADOS ...................................................................................................................... 106 DISCUSIÓN ........................................................................................................................... 117 DETERMINACIÓN DEL PERFIL DE ESFINGOLÍPIDOS EN FRACCIONES MEMBRANALES, MICROSOMAS, MEMBRANAS PLASMÁTICAS Y DRM DE HOJAS DE Arabidopsis thaliana .......................................................................................................... 126 RESUMEN ............................................................................................................................. 126 INTRODUCCIÓN .................................................................................................................. 126 RESULTADOS ...................................................................................................................... 128 DISCUSIÓN ........................................................................................................................... 151 SÍNTESIS DE RESULTADOS .................................................................................................... 172 6 CONCLUSIONES PARTICULARES ......................................................................................... 173 CONCLUSIÓN GENERAL .......................................................................................................... 174 CONTRIBUCIONES ..................................................................................................................... 175 PERSPECTIVAS .......................................................................................................................... 176 ANEXO ........................................................................................................................................... 177 REFERENCIAS ............................................................................................................................ 186 ARTÍCULOS PUBLICADOS ....................................................................................................... 203 7 ÍNDICE DE TABLAS I. Modelos de membrana plasmática, sus características y pioneros en su estudio. II. Estudios de nanodominios de diversos tejidos de especies vegetales utilizando el criterio de aislamiento de DRM. III. Proteínas asociadas a nanodominios que fueron identificadas por el criterio de DRM y evidenciada su localización en nanodominios por técnicas diversas de microscopía. IV. Soluciones utilizadas para la obtención de las fracciones subcelulares a partir de diferentes tejidos vegetales. V. Composición de las mezclas de fases para la obtención de MP de diferentes tejidos vegetales en repartos de fases de 4 g de peso. ARTÍCULO 1 1. Rendimiento de las fracciones membranales y submembranales aisladas de hojas de frijol y embriones de maíz. 2. Composición de esteroles libres de las MP y DRMs aislados de hojas de frijol y embriones de maíz. ARTÍCULO 2 1. Distribución de las clases de ácidos grasos de la membrana plasmática y de membranas resistentes a la solubilización por detergente de hojas de frijol y embriones de maíz. 2. Efecto de la FB1 sobre la síntesis de esfingolípidos de los embriones de maíz. CAPÍTULO 3 I. Determinación de la actividad de enzimas marcadoras en las fracciones de MP purificadas de hojas de Arabidopsis. II. Rendimiento de las fracciones membranales FM, MP y DRM a partir de hojas de Arabidopsis. 8 III. Contenido de BCL totales determinadas en las diferentes especies de esfingolípidos presentes en las distintas fracciones membranales de hojas de Arabidopsis. ANEXO S1. Composición de ácidos grasos de la membrana plasmática y membranas resistentes a detergente aisladas de hojas de frijol. S2. Composición de ácidos grasos de la membrana plasmática y membranas resistentes a detergente aisladas de embriones de maíz. S3. Comparación de los contenidos de LCFA, VLCFA, SFA y UFA entre las membranas plasmáticas y membranas resistentes a detergente de hojas de frijol y embriones de maíz. S4. Efecto de la FB1 sobre el contenido de ácidos grasos de la membrana plasmática y membranas resistentes a detergente de embriones de maíz. Suplementaria 5.- Perfil de purificación de las fracción de MP de hojas de Arabidopsis thaliana. Suplementaria 6. Contenido de BCL totales determinadas en las diferentes especies de esfingolípidos presentes en las distintas fracciones membranales de hojas de Arabidopsis. 9 ÍNDICE DE FIGURAS Figura 1. Estructura básica de una bicapa lipídica. Figura 2. Representaciones de los modelos de organización de la membrana plasmática. Figura 3. Estructuras químicas representativas de esteroles (colesterol), de glicerolípidos (fosfatidilcolina) y de esfingolípidos (gangliósido GM1). Figura 4. Insolubilidad de los componentes de las balsas lipídicas en presencia de Tritón X-100 y obtención de preparaciones de membranas resistentes a detergente (DRM). Figura 5. Hipótesis de balsas lipídicas propuesta por Simos e Ikonen 1997. Figura 6. Representación esquemática de nanodominios membranales con el canal aniónico SLAH3, implicado en la señalización por ABA y del transportador ABCB19 implicado en el movimiento de auxinas. Figura 7. Modelo del tráfico celular de ABCB19 mediado por esteroles y esfingolípidos con ácidos grasos de cadena muy larga (VLCFA). Figura 8. La localización de la proteína remorina en nanodominios de la MP es mediada por esteroles y PI4P. Figura 9. Modelo hipotético de la regulación de la permeabilidad de los plasmodesmos vía las balsas lipídicas. Figura 10. Especies de bases de cadena larga (BCL) y esfingolípidos identificados en plantas. Figura 11. Ruta de biosíntesis de esfingolípidos. Figura 12. Modelo del flujo de síntesis de los esfingolípidos complejos en plantas. Figura 13. Estructura química de los principales esteroles deplantas. Figura 14. Esquema de biosíntesis y metabolismo de fitoesteroles en plantas. Figura 15. Propiedades de la membrana que son influenciadas por la composición lipídica. 10 Figura 16. Modelos estructurales de la distribución espacial de esfingolípidos y su interacción con sitosterol en un modelo de bicapa. Figura 17. Modelo para la organización de lípidos en la membrana plasmática de tabaco. Figura 18. Procedimiento de obtención de la fracción microsomal de los embriones de Zea mays y hojas de Phaseolus vulgaris y de Arabidopsis thaliana. Figura 19. Diagrama que muestra el procedimiento de purificación de MP a partir de diferentes tejidos vegetales. ARTÍCULO 1. Fig.1. Purificación y caracterización de vesículas de MP de hojas de frijol y embriones de maíz. Fig. 2. Caracterización de DRMs de hojas de frijol y embriones de maíz. Fig. 3. Distribución de esteroles libres de DRM s aislados de las MP de hojas de frijol y embriones de maíz. ARTÍCULO 2. Fig. 1. Composición de ácidos grasos de la membrana plasmática (MP) y membranas resistentes a detergente (DRM) aisladas de hojas de frijol. Fig. 2. Composición de ácidos grasos de la membrana plasmática (MP) y membranas resistentes a detergente (DRM) aisladas de embriones de maíz. Fig. 3. Comparación de los contenidos de ácidos grasos de cadena larga (LCFAs), ácidos grasos de cadena muy larga (VLCFAs), ácidos grasos saturados (SFAs) y ácidos grasos insaturados (UFAs) entre las membranas plasmáticas (MP) y las membranas resistentes a detergente (DRM) de hojas de frijol y embriones de maíz. Fig. 4. Efecto de la FB1 sobre el contenido de ácidos grasos de la membrana plasmática de los embriones de maíz. Fig. 5. Efecto de la FB1 sobre el contenido de ácidos grasos de membranas resistentes a detergente de los embriones de maíz. 11 CAPÍTULO 3. Fig. 1 Evaluación de la pureza de MP a través de la inmunodetección de proteínas marcadoras de membranas. Fig. 2. Análisis ultraestructural de las membranas plasmáticas de hojas de Arabidopsis purificadas. Fig. 3. Análisis lipídico y ultraestructural de las DRM de hojas de Arabidopsis. Fig. 4. Contenido de esfingolípidos complejos determinados en las FM, MP y DRM de hojas de Arabidopsis thaliana. Fig. 5. BCL constituyentes de ceramidas, ceramidas hidroxiladas, glucosil ceramidas y glucosilinositolfosfoceramidas de fracciones membranales de hojas de Arabidopsis. Fig. 6. Ácidos grasos constituyentes de ceramidas de fracciones membranales de hojas de Arabidopsis. Fig. 7. Ácidos grasos unidos a las ceramidas hidroxiladas de la FM, MP y DRM. Fig. 8. Perfil de ácidos grasos presentes en las glucosilceramidas identificadas en las membranas estudiadas. Fig. 9. Perfil de ácidos grasos presentes en las glucosilinositolfosforilceramidas identificadas en las membranas estudiadas. Fig. 10. Modelo de la organización de lípidos en la membrana plasmática de diferentes especies vegetales. ANEXO Fig. S1A. Análisis de CG/MS de esteres de metilo de ácidos grasos de cadena muy larga de membrana plasmática de hojas de frijol. Fig. S1B. Análisis de espectrometría de masas de C32:0 como éster de metilo de ácido graso. El análisis fue realizado en el equipo HP5972 GC/MS con impacto electrónico ajustado a 70 eV. 12 Fig. S1C. Análisis de espectrometría de masas de C30:0 como éster de metilo de ácido graso. Fig. S1D. Análisis de espectrometría de masas de C28:0 como éster de metilo de ácido graso. 13 ABREVIATURAS ABA, Ácido abscísico APCI/MS, Cromatografía Líquida acoplada a masas con sistema de ionización APCI válida para compuestos de baja a alta polaridad ASG, Acil esteril glucósidos BCL, Base de cadena larga BTP, 1,3-bis [tris (hidroximetil)-metilamino] propano CG, Cromatografía de gases CG-MS, Cromatografía de gases acoplada a espectroscopia de masas DRM, Membranas resistentes a la solubilización por detergente DEX, Dextrán DTT, DL-ditiotreitol EDTA, ácido etilendiaminotetracético FA, Ácido graso FB1, Fumonisina B1 FM, Fracción microsomal HEPES, N-[2-hidroxietil] piperazina-N’-[2-ácido etanosulfónico] HMGR, Hidroxi 3-metilglutaril-CoA reductasa HPLC, Cromatografía de líquidos de alta eficiencia HP-TLC, Cromatografía en capa fina de alta resolución GIPC, Glucosilinositolfosforilceramidas GluCer, Glucosilceramida GPI, Glucosilfosfatidilinositol GSII, Glucan sintasa II IPC, Inositolfosforilceramida KSR, 3-cetoesfinganina reductasa LCFA, Ácidos grasos de cadena larga MALDI-MS, Matriz asistida por desorción/ionización por láser en tiempo de vuelo acoplada a masas MES, 2-[N-morfolino] ácido etanosulfónico 14 MET, Microscopia electrónica de transmisión MDKC, línea celular Madin Darby Canine Kidney aislada a partir del riñón de un perro adulto MF, Mezcla de fases MP, Membrana plasmática MS, Espectroscopia de masas MS/MS, Espectroscopia de masas en secuencia PEG, Polientilenglicol PD, Plasmodesmas PIP, Acuaporina psi, unidad de presión, libras por pulgada cuadrada por sus siglas en inglés PVDF, Polivinildifluoruro RE, Retículo endoplasmático SF, Sistema de fases SFA, Especies de ácidos grasos saturados SG, Esteril glucósidos SPT, Serina palmitoiltransferasa TGN, Región trans del aparato de Golgi TX-100, Tritón X-100 UFA, Especies de ácidos grasos insaturados 15 RESUMEN Las membranas biológicas y los procesos relacionados a las membranas son esenciales para cualquier ser vivo (Anderson y Köper 2016). Estas estructuras separan compartimentos funcionales, pero la membrana de la superficie celular – la membrana plasmática (MP)- representa la frontera celular, siendo la interfase entre el citoplasma y el medio externo. La exploración de esta frontera ha revelado que las proteínas y los lípidos membranales están dinámicamente organizados en dominios o fases que cambian en el espacio y en el tiempo (Simons e Ikonen 1997). Esta subcompartamentalización es crítica para la señalización celular y por tanto para el desarrollo y sobrevivencia de los organismos (Gronnier et al. 2017). Por ello resulta esencial investigar los mecanismos moleculares que establecen dicha subcompartamentalización en las células a fin de comprender cómo funcionan las membranas. A través de los estudios sobre proteínas de la MP se ha evidenciado su implicación en la organización submembranal en diversos procesos celulares (Jarsh et al. 2014). Comparativamente, la parte lipídica ha sido poco explorada dadas las diversas limitantes que presenta su estudio. Sin embargo, en los últimos años el desarrollo de novedosas técnicas analíticas ha permitido elucidar detalles de su diversidad y funcionalidad. En el presente trabajo nos hemos abocado al análisis lipídico de un tipo de organización submembranal, los nanodominios de la MP, a través de su aislamiento como fracciones resistentes a detergente (DRM). Para ello, primeramente se estableció un protocolo para la obtención de MP de alta pureza y a partir de dichas preparaciones se desarrolló la técnica para recuperación de nanodominios a través de su aislamiento como DRM, del cual derivó el primer artículo intitulado “Isolation of detergent-resistant membranes from plant photosynthetic and non-photosynthetic tissues” (Carmona-Salazar et al. 2011, Analytical Biochemistry 417:220-227). Este integra la caracterización de las MP y DRM obtenidas para embriones de Zea mays y de hojas de Phaseolus vulgaris, tejidos que no habían sido estudiados y que representan estados diferentes de desarrollo y de metabolismo. La segunda etapa del trabajo se enfoca al estudio lipídico en extenso de los ácidos grasos presentes en las MP y DRM, cuyos resultados se 16 integran en el segundo artículo, intitulado “Fatty acid profiles from the plasma membrane and detergent resistant membranes of two plant species” (Carmona-Salazar et al. 2015, Phytochem109:25-35). Este presenta la composición de ácidos grasos totales presentes en las MP y DRM y los efectos de la adición de un inhibidor de la biosíntesis de esfingolípidos. Finalmente, se incluye un capítulo que reúne los resultados aún no publicados y obtenidos del análisis del esfingolipidoma de preparaciones membranales, microsomas, MP y DRM de hojas de Arabidopsis thaliana. Con base en los resultados presentados y en el modelo de heterogeneidad lateral de la membrana, el presente trabajo describe: 1) la presencia de micro o nanodominios reconocidos como balsas membranales en tres especies vegetales no exploradas en el campo de plantas y en estadios tempranos de desarrollo, 2) la composición lipídica de la membrana y de los nanodominios membranales, específicamente de esteroles, ácidos grasos de cadena muy larga y esfingolípidos en estas especies. Las estructuras lipídicas identificadas permiten contribuir al entendimiento de las bases moleculares de la formación de estos micro- o nanodominios membranales. Con ello, se aporta información para entender la organización y la función de la membrana plasmática de las plantas. 17 ABSTRACT Biological membranes and processes related to membranes are essential for any living organism (Anderson and Koper 2016). These structures separate functional compartments, but the membrane of the cell surface - the plasma membrane (PM) - represents the cellular frontier, being the interface between the cytoplasm and the external environment. The exploration of this frontier has revealed that membrane proteins and lipids organized in domains or phases change in space and time (Simons and Ikonen 1997). This subcompartmentalization is critical for cell signaling and therefore for the development and survival of organisms (Gronnier et al. 2017). Therefore, it is essential to investigate the molecular mechanisms that establish cell subcompartmentalization in order to understand how the membranes work. Studies on PM proteins have shown their involvement in submembrane organization in diverse cell processes (Jarsh et al. 2014). Comparatively, the lipid part has been scarcely explored; given the various limitations that its study presents. However, in recent years the development of innovative analytical techniques has allowed to elucidate details of its diversity and functionality. In the present work, we focus on the lipid analysis of a type of submembrane organization, the nanodomains of the PM, through its isolation as detergent- resistant membranes (DRM). For this purpose, a protocol was first established to obtain high purity PM and from these preparations, the technique for recovery of nanodomains was developed through its isolation as DRM, from which derived the first article "Isolation of detergent-resistant membranes from plant photosynthetic and non-photosynthetic tissues "(Carmona-Salazar et al. 2011, Anal Biochem 417: 220-227). This integrates the characterization of PM and DRM obtained from embryos of Zea mays and leaves from Phaseolus vulgaris, tissues that have not been studied and that represent different states of development and metabolism. The second part of the work focuses on an study of the fatty acids (FA) present in the PM and DRM, whose results are integrated in the second article "Fatty acid profiles from the plasma membrane and detergent resistant membranes of 18 two plant species" (Carmona-Salazar et al. 2015, Phytochemistry 109: 25-35). This work describes the composition of total FA present in the PM and DRM and the effects of the addition of an inhibitor of sphingolipid biosynthesis. Finally, a chapter is included that gathers non published results of the sphingolipidome of three membrane preparations: microsomes, PM and DRM from Arabidopsis thaliana leaves. Based on our results and considering the model of lateral heterogeneity of the PM, the present work describes: 1) the presence of micro or nanodomains recognized as membrane rafts in three plant species not previously explored and at early stages of development, 2) the lipid composition of the PM and their nanodomains, specifically sterols, fatty acids and sphingolipids. The lipid composition so detailed, allow us to contribute to the understanding of the molecular basis of the formation of these micro- or nanodomains. This information provides elements to understand the organization and function of the PM from plants. 19 INTRODUCCIÓN La membrana biológica representa una estructura esencial para la dinámica celular, clásicamente ha sido considerada como un medio físico para compartamentalizar, dar identidad y proteger a las células, pero en años recientes ha resaltado su papel como centro organizador del metabolismo y procesos de señalización (Bernardino de la Serna et al. 2016). Esta nueva percepción es el resultado del avance tecnológico en las técnicas de su estudio, incrementándose las evidencias que identifican claramente una heterogeneidad en la distribución de sus constituyentes, con lo cual se han propuestos varios modelos membranales que permiten comprender la dinámica de este sofisticado organelo. En este trabajo nos hemos enfocado al estudio de la membrana plasmática (MP) con base en uno de estos modelos, el de balsas lipídicas (Simons e Ikonen 1997) cuya metodología de investigación ha sido su aislamiento como membranas resistentes a detergente (DRM; Brown y Rose 1992). Dos son los resultados principales del proyecto que abarco esta tesis de investigación. Uno contempla el establecimiento de un protocolo de obtención de DRM de plantas que representa ventajas técnicas sobre los análogos reportados en la literatura de plantas. Otro es la caracterización de las fracciones sub-membranales obtenidas, con énfasis en su composición lipídica, particularmente de esteroles, ácidos grasos y esfingolípidos. ESTRUCTURA BÁSICA DE LA MEMBRANA PLASMÁTICA Y MODELOS QUE EXPLICAN SU ORGANIZACIÓN En 1972, se postuló el Modelo de Membrana del Mosaico Fluido por Singer y Nicolson, con objeto de comprender la dinámica de las membranas biológicas. Este modelo las describió con una composición química de glicerofosfolípidos y proteínas globulares que interaccionan y se distribuyen aleatoriamente en el tiempo dando como resultado una estructura homogénea y fluida. Los constituyentes de la membrana plasmática son los lípidos, carbohidratos y proteínas, la figura 1 esquematiza de forma general la estructura básica de la bicapa y sus componentes. 20 Figura 1. Estructura básica de una bicapa lipídica. (A) Las membranas biológicas presentan un centro hidrofóbico y en su superficie grupos polares. Se muestra en el cuadro rojo un glicerofosfolípido y en verde el colesterol. (B) Las proteínas membranales pueden ser integrales o transmembranales (i), asociadas a través de lípidos (ii e iii) o periféricas, unidas a través de interacciones electrostáticas (iv). (C) Se muestran ejemplos de proteínas asociadas con la membrana vía interacciones proteína-proteína del lado citosólico (v) o en la interface entre la membrana plasmática (MP) y la matriz extracelular (vi). Algunos lípidos de la parte externa de la MP (vii) y proteínas con dominios extracelulares (viii) que pueden estar glucosiladas. Tomado y modificado de Bernardino de la Serna et al. (2016). En el caso de la membrana plasmática, las investigaciones en las últimas dos décadas han revolucionado la percepción del modelo del mosaico fluido, al reconocer una heterogeneidad en la distribución de sus componentes, esta heterogeneidad se da en el espacio y en el tiempo y, específicamente, ha evidenciado la existencia de dominios dentro de la membrana plasmática. Posterior a 1972, surgieron varios modelos que han contribuido desde diferentes enfoques para una mejor comprensión de cómo lamembrana plasmática, orquesta sus funciones, las cuales se presentan en la figura 2 y son descritos en la tabla I: 21 Figura 2. Representaciones de los modelos de organización de la membrana plasmática. (A) Modelo del Mosaico Fluido, (B) Modelo hidrodinámico, (C) Modelo de dominios lipídicos de membrana, (D) Modelo del lípido anular y (E) Modelo de la reja y el citoesqueleto. Tomado y modificado de Bernardino de la Serna et al. (2016). 22 Tabla I. Modelos de membrana plasmática, sus características y pioneros en su estudio. Basado en Bernardino de la Serna et al. (2016). MODELO DESCRIPCIÓN PIONEROS Mosaico Fluido Constituye el primer modelo de la MP que permitió la comprensión de su composición, estructura y dinámica. La palabra mosaico hace referencia a su composición, para la que diversos lípidos, proteínas y carbohidratos coexisten en una estructura laminar y el término fluido, corresponde a su dinámica, interpretándose que sus constituyentes tienen una distribución homogénea a lo largo de toda la membrana y a través del tiempo. Singer y Nicolson 1972 Hidrodinámico Considera que la tasa de difusión de los constituyentes de la MP depende de la viscosidad y de su grosor membranal, aplicado solamente para aquellas moléculas que se encuentran libres, lo cual implica que su movimiento depende de su densidad y del ambiente lipídico. Si bien tiene muchas limitaciones, puede ser aplicable en regiones muy localizadas como los nanodominios. Saffman y Delbrück 1975 Dominios lipídicos Las bases que sentaron este modelo fueron las observaciones de: agregados proteicos, segregación de lípidos y la distribución heterogénea de ciertos lípidos y proteínas en la membrana apical y basolateral de células polarizadas. Estas fueron evidencias que gestaron el Modelo de Balsas lipídicas por Simons e Ikonen, 1997. Este modelo se revisará en extenso más adelante. DePierre y Karnovsky 1973 Shimshick y McConnell 1973 Klausner et al. 1980 Simons y van Meer 1988 Brown y Rose 1992 Lípido anular Considera que los lípidos que se localizan alrededor de proteínas transmembranales presentan un comportamiento particular. Se ha encontrado que durante la síntesis de proteínas transmembranales, los lípidos con cadenas aciladas largas y saturadas son capaces de formar cubiertas muy estables alrededor de estas proteínas, promoviendo la formación de heterogeneidades en la membrana. Mouritse y Bloom 1993 Anderson y Jacobson 2002 Kaiser et al. 2011 De reja de citoesqueleto Contempla un esqueleto membranal que impone una barrera para varios de los constituyentes de la membrana plasmática, que es el resultado de la interacción de proteínas de la MP con la actina del citoesqueleto, por lo que la movilidad queda comprometida. Golan y Veatch 1980 Ritchie et al. 2003 Si bien cada uno de estos modelos contempla diferentes dinámicas de la membrana plasmática y explica su participación en diversos procesos celulares, en años recientes ha surgido un consenso sólido relacionado a que en el ambiente celular diferentes regiones de la membrana plasmática adoptan configuraciones acordes a los diferentes modelos propuestos dando como resultado una membrana plasmática compleja, sofisticada y dinámica en su estructura y, por 23 tanto, en las funciones que modula. Uno de los modelos más explorados en las últimas dos décadas corresponde al de balsas lipídicas, tópico que discutiremos ampliamente a continuación enfatizando su exploración en el campo de plantas. HISTORIA DEL MODELO DE BALSAS LIPÍDICAS La historia de la hipótesis de las balsas lipídicas se remonta hasta hace más de dos décadas y la cual emergió de estudios de Bioquímica, Biología Celular y Biofísica sobre dos hechos a investigar: los hallazgos de una distribución heterogénea de los lípidos en trabajos con membranas modelo (Grant et al. 1974; Lentz et al. 1976; Grosjean et al. 2015) y los encontrados con células epiteliales de riñón (MDKC; Simons y van Meer, 1988; Brown y Rose 1992). APORTES DE LAS MEMBRANAS MODELO A LA HIPÓTESIS DE BALSAS Los estudios con membranas modelo han sido muy valiosos para comprender la dinámica de los lípidos membranales, ya que estos sistemas al reducir la complejidad natural de la membrana en términos de su composición, favorecen un estudio más claro de las interacciones específicas que pueden darse entre los constituyentes de las membranas biológicas, específicamente las interacciones entre los esteroles con los glicerolípidos y esfingolípidos (Andersson y Köper 2016). La figura 3 muestra estructuras de este tipo de lípidos membranales. Figura 3. Estructuras químicas representativas de esteroles (colesterol), de glicerolípidos (fosfatidilcolina) y de esfingolípidos (gangliósido GM1). Se muestran respectivamente de arriba hacia abajo. Tomado de Sonnino y Prinetti (2013). 24 Estos sistemas de estudio fueron los pioneros en reportar la presencia de dominios de lípidos (Karnovsky et al. 1982), los cuales señalaban que ciertas especies de lípidos membranales no presentaban una distribución homogénea dentro de las bicapas lipídicas artificiales (Grosjean et al. 2015). Estos experimentos evidenciaron el impacto del colesterol en la arquitectura de la bicapa y se encontró que, en ausencia de esteroles, las bicapas de glicerolípidos pueden presentar dos tipos de arreglos o fases, la de gel o líquido desordenado (ld) dependiendo de la composición y la temperatura. Tras la incorporación de colesterol a la mezcla lipídica, se favoreció la formación de una fase líquido- ordenada (lo), que coexiste con las regiones líquido-desordenadas de la bicapa. La presencia de colesterol tiene un efecto de ordenamiento sobre la estructura, ya que conduce hacia una conformación de empaquetamiento como consecuencia de su intercalación y de la interacción de sus anillos con las cadenas hidrocarbonadas de los lípidos, para dar una conformación compacta que limita la movilidad de sus lípidos constituyentes (Mishra y Joshi 2007). Esta propiedad es el fundamento de una de las metodologías más ampliamente utilizada para el estudio de balsas, la que considera las propiedades fisicoquímicas de la fase líquida- ordenada descrita. Estas son capaces de resistir la solubilización por detergentes no-iónicos (como el Tritón X-100) a bajas temperaturas. Estas formaciones pueden ser aisladas a través de gradientes de densidad (como los gradientes de sacarosa), tal como se describe en la figura 4; a estas regiones membranales se les denominó membranas resistentes a su solubilización por detergente (DRM; Brown 2006). LOS ESTUDIOS DE CÉLULAS EPITELIALES QUE SENTARON LAS BASES PARA EL MODELO Con base en lo anterior, las membranas modelo establecieron la idea de la existencia de múltiples fases de lípidos en un ambiente membranal, lo cual se formuló fraseando “…que los componentes lipídicos se encuentran organizados en dominios” (Karnovsky et al. 1982). 25 Figura 4. Insolubilidad de los componentes de las balsas lipídicas en presencia de Tritón X- 100 y obtención de preparaciones de membranas resistentes a detergente (DRM). Los detergentes en concentraciones por encima de la concentración micelar crítica (c.m.c) se agregan formando micelas. La c.m.c del Tritón X-100 es 0.31 mM; a la concentración de 1% utilizada para aislar DRM, los monómeros de detergente se presentan en solución siendo posible que se intercale en regiones fluidas de la membrana. El detergente no se intercala en las regiones menos fluidas de la membrana, las cuales contienen proteínas y están enriquecidas en lípidos como esfingolípidos y colesterol. La membrana en estas áreas podría mantener la estructura de la bicapa. Los componentes de membrana solubilizados y los no-solubilizados con el detergente pueden ser separados a través de un gradiente de densidad por centrifugación.La figura solo precisa detalles de la monocapa externa, las proteínas no son ilustradas y tampoco se precisan los tamaños de las regiones de membrana representadas. Tomado de Sonnino y Prinetti (2013). Esta idea de que los lípidos membranales se agrupan como consecuencia de una solubilidad limitada y que puede conducir a una separación de fases, pero ya en una membrana celular, fue considerada por Simons y van Meer en 1988. Este grupo de trabajo al investigar células epiteliales de riñón de una línea celular de canino (MDKC), encontró una composición diferencial de especies de lípidos entre los dominios de la membrana apical (enriquecimiento en esfingolípidos y colesterol) y basolateral (principalmente glicerolípidos) de la membrana plasmática polarizada de estas células, lo cual representó la base sobre la cual se formuló la hipótesis de balsas lipídicas (Simons y van Meer 1998). Considerando que los dominios de las membranas apical y lateral están físicamente separados a través de las uniones estrechas, resultaba intrigante la biogénesis de los dominios apicales de la membrana, ya que forzosamente tendrían en algún momento que 26 ser sorteados selectivamente a través del flujo intracelular hacia dicha localización. Ellos propusieron que precisamente las propiedades de auto-asociación espontánea de estos esfingolípidos y esteroles podrían ser la causa de esta clasificación (Sonnino y Prinetti 2013). La evidencia experimental que sustenta esta afirmación fue demostrada 21 años más tarde, en 2009, por el mismo grupo de investigación que evidenció esta segregación de lípidos y señaló al aparato de Golgi como el responsable de clasificar los lípidos de membrana plasmática (Klemm et al. 2009). Retomando la línea de tiempo, el trabajo de Brown y Rose, en 1992, había sido la primera evidencia que sustentaba las afirmaciones de Simons y van Meer. Este grupo utilizó la estrategia bioquímica de aislamiento de DRM a partir de células MDKC y encontraron que ciertas proteínas del dominio apical se asociaban a estas DRM, las cuales mostraban además un enriquecimiento en especies de esfingolípidos, lo cual fortaleció la hipótesis de Simons y van Meer, en cuanto a que las proteínas podían ser clasificadas hacia los dominios apicales a través de su asociación con dominios lipídicos (Brown y Rose 1992). Más aún, se estableció el criterio de obtención de DRM como una herramienta de estudio de estas regiones membranales que influenció importantemente la investigación de este aspecto durante muchos años (Sonnino y Prinetti 2013). EL CONCEPTO DEL MODELO DE BALSAS LIPÍDICAS O “LIPID RAFTS” Con este antecedente histórico, en 1997, Simons e Ikonen establecen la hipótesis de las balsas lipídicas como modelo para entender la función de la membrana plasmática. Este nuevo concepto postuló que ciertos tipos de lípidos membranales: esfingolípidos, colesterol y proteínas se pueden ensamblar en microdominios, los cuales se caracterizan por un empaquetamiento lipídico similar al observado en membranas modelo, particularmente en las fases líquidas ordenadas, dependientes de esteroles pero que coexisten con otras regiones que se ajustan a los postulados del modelo del mosaico fluido, tal como se muestra en la figura 5. En este modelo, las proteínas pueden segregarse acorde a su afinidad 27 por las balsas y cuyas funciones están implicadas en el tráfico membranal y en procesos de señalización. Figura 5. Hipótesis de balsas lipídicas propuesta por Simons e Ikonen 1997. La fase líquida ordenada (Io) corresponde a una región con una composición de lípidos cuyas cadenas aciladas son saturadas y extendidas, mismas que pueden interaccionar entre sí y con la parte rígida y planar del colesterol que se intercala entre las cadenas aciladas. La fase líquida desordenada (Id) se caracteriza por lípidos con cadenas aciladas insaturadas que también interactúan con el colesterol pero en menor grado, ambas fases coexisten y las proteínas pueden asociarse a cualquiera de estas regiones. Tomado y adaptado de Brown (2006). Los términos de balsas lipídicas y DRM han sido comúnmente utilizados como sinónimos por razones históricas, ya que el modelo membranal fue establecido con base en el criterio de DRM (Tapken y Murphy 2015). Esta estrategia bioquímica promovió en diferentes grupos de trabajo un gran flujo de artículos que establecían que todo aquel componente membranal que resistía la solubilización a detergente estaba asociado a una balsa (Simons y Vaz 2004). Dicha idea fue fortalecida por los resultados de dos estrategias a través: 1) del uso de agentes que disminuyen o secuestran el colesterol de membranas, como antibióticos polienos (filipina o nistatina) o la metil -ciclodextrina, que son capaces de intercalarse en las membranas y unirse a los esteroles, secuestrándolos e impidiendo otro tipo de interacciones. Considerando que los esteroles promueven la formación de las balsas, el impedimento de su libre interacción con los demás lípidos membranales afectaría la estructura de los dominios de lípidos e impactaría la obtención de DRM. Los resultados de los 28 estudios que utilizaron este tipo de secuestradores de esteroles, mostraron que su uso conducía a la pérdida de resistencia ante el detergente. 2) de la aplicación de tratamientos de estímulos fisiológicos, como la exposición de células del sistema inmune ante un antígeno para identificar selectivamente proteínas de balsas relacionadas con procesos biológicos específicos (Pike 2009). No obstante, había un aspecto crítico a considerar, el hecho de que la separación de fases sea dependiente de la temperatura hace que el criterio de obtención de DRM requiera realizarse a bajas temperaturas. Lo anterior implicaría que, en el momento del enfriamiento de las membranas celulares, existe la posibilidad de inducir una separación de fases y con ello, de aumentar el tamaño de las balsas, reclutándose proteínas y lípidos adicionales (Brown 2006). Esta controversia promovió el desarrollo de nuevas técnicas de estudio de los dominios membranales, a fin de dilucidar la composición precisa de los componentes de las balsas lipídicas (Simons y Vaz 2004). Es importante señalar que dicha controversia trasciende a dos aspectos del modelo: la definición de marcadores de balsas y del tamaño de estos dominios. EL PAPEL DE LAS PROTEÍNAS COMO MARCADORES DE BALSAS LIPÍDICAS Tradicionalmente en mamíferos, las proteínas asociadas a DRM fueron consideradas como marcadoras de balsas (Ma et al. 2015) y los estudios de las mismas por otras técnicas como la microscopía y FRET demostraron una asociación con dominios membranales. Los casos de los trabajos de señalización en células hematopoyéticas, linfocitos y mastocitos, particularmente los receptores de las células B y T, así como el receptor de unión a IgE “FcRI” de los mastocitos, evidenciaron la capacidad de reclutamiento de otras proteínas y lípidos a estos dominios, como la familia Scr de cinasas tipo Lyn con el receptor de células-B (Simons y Toomre 2000; Simons y Gerl 2010). También, esto se confirmó en los estudios con bacterias y virus patógenos, como la toxina del cólera de Vibrio cholerae que utilizan proteínas y lípidos de la superficie de las membranas. El término de “rafttophilic” fue establecido por Brown en 2006, el cual se define como la afinidad que puede tener una proteína por asociarse a las balsas 29 cuando estás se forman. Los estudios de proteómica de preparaciones de DRM, ayudaron a identificar en la estructura de las proteínas motivos que les confieren dicha afinidad y a los cuales se les denominó señales de asociación a balsas (Brown 2006). Entre los motivos que se han reconocido en estos trabajos y que favorecen dicha afinidad por las balsas son: a) La unión a GPI (glucosilfosfatidilinositol), que son los primeros motivosreconocidos de afinidad a balsas (Brown y Rose 1992). b) La modificación lipídica de la proteína en un residuo de cisteína que se une a un ácido graso como el palmítico o mirístico. En el caso de las proteínas transmembranales, los estudios en membranas modelo han observado que, en lo general, esta modificación no clasifica a las proteínas hacia las regiones ordenadas si bien la palmitoilación en las regiones hidrofóbicas de las proteínas o en la parte externa o citoplasmática favorece su asociación a balsas. c) Interacciones proteína-proteína en las que se ha encontrado que inclusive cuando una proteína pierde motivos de afinidad a balsas, como los lípidos, estas pueden asociarse nuevamente de forma indirecta a través de interacciones con otras proteínas residentes de las balsas (interacción proteína-proteína). En este sentido, podemos citar el caso de la caveolina, proteína con localización en dominios, que modula interacciones proteína-proteína para dar origen a estructuras membranales de curvatura denominadas caveolas (Sonnino y Prinetti 2013). Las funciones de las proteínas membranales pueden ser modificadas por esta asociación a las balsas a través de los siguientes mecanismos: i) La asociación de una proteína a una fase ordenada puede contribuir a dar estabilidad a interacciones proteína-proteína, los estudios realizados en células B y T han evidenciado este mecanismo. También, existe la posibilidad de que tenga un efecto contrario y más bien prevenga interacciones proteína-proteína o proteína-lípido cuyo efecto puede ser desde una activación o inhibición de la función de la proteína implicada. 30 ii) La fase ordenada corresponde a un área de membrana rígida, por lo que podría afectar la conformación de la proteína y con ello modificar su función biológica, independientemente de los efectos señalados en el punto i). iii) La afinidad por estas balsas lipídicas puede favorecer o impedir interacciones proteína-lípido que influirían en la conformación de la proteína y esto llevaría a efectos en su función biológica. Particularmente, los carbohidratos unidos a los lípidos, como en el caso de los esfingolípidos, también pueden modificar las funciones de las proteínas vía la unión del oligosacárido con algunos residuos de aminoácidos de la proteína localizados en motivos extracelulares (interacción carbohidrato-proteína); la orientación que adquiera la cadena de oligosacáridos de las proteínas glucosiladas en la región extracelular puede modificar mecanismos de reconocimiento a través de la parte hidrofílica del –GPI que estaría localizada cerca de la superficie extracelular de la membrana (Sonnino y Prinetti 2013). Por tanto, podemos decir que los estudios de DRM en mamíferos fueron valiosos en términos de que lograron identificar proteínas como marcadores putativos de balsas lipídicas, mismas que fueron investigadas con otras técnicas no invasivas, con las ventajas de promover el desarrollo de nueva tecnología, pero sobre todo para investigar las funciones de estos dominios membranales. EL CRITERIO DE DRM SOBRE EL TAMAÑO DE LOS MICRODOMINIOS Como hemos enfatizado, los estudios tempranos sobre las balsas lipídicas se basaron fundamentalmente en la utilización del aislamiento de DRM, por lo que la gran mayoría de resultados se enfocaba en la propiedad de la extracción de resistir a la solubilización por detergentes no-iónicos. Derivado de estos trabajos, la percepción de una balsa se identificaba como microdominios de un tamaño aproximado entre 100-500 nm, cuya estabilidad era justificada únicamente por interacciones lípido-lípido. Las proteínas podían asociarse a estos dominios si tenían afinidades apropiadas por los lípidos de estas regiones, tal como hemos indicado en el tema anterior. Prontamente, estos hallazgos evidenciaron que las balsas lipídicas no eran iguales en términos de su composición y estructura, ya que podían ser el resultado de una colección de dominios que podían diferir en 31 términos de su composición y de su estabilidad temporal. Así fue que, entonces, el papel del componente proteico sobre la organización de las balsas fue considerado (Pike 2009). Esta nueva percepción fue adoptada y se redefinió el concepto durante un Congreso de Balsas lipídicas y Función Celular que se llevó a cabo en Steamboat Springs, CO, en el que por consenso entre la comunidad científica se estableció: “Las balsas membranales son pequeñas (10-200 nm), heterogéneas, altamente dinámicas, con dominios enriquecidos en esteroles y esfingolípidos que compartamentalizan procesos celulares. Los dominios pequeños algunas veces pueden ser estables y formar grandes plataformas a través de interacciones proteína-proteína y proteína-lípido” (Pike 2006). BALSAS, MICRODOMINIOS O NANODOMINIOS EN PLANTAS En el campo de las plantas, la existencia de microdominios fue establecida por el grupo de Oelmüller (Peskan et al. 2000) en hojas de Nicotiana tabacum a través del criterio de aislamiento de DRM. Su caracterización evidenció una composición proteica muy diferente a la de la membrana plasmática de la cual se habían extraído las DRM, encontrándose un enriquecimiento de proteínas implicadas en procesos de señalización. Hasta el 2004, se publicó y confirmó de forma independiente, la existencia de estas regiones en el mismo tejido vegetal (Mongrand et al. 2004) y un año más tarde, en otra especie, Arabidopsis thaliana (Borner et al. 2005). Estos trabajos brindaron información más detallada de la composición lipídica (Mongrand et al. 2004) y proteica (Borner et al. 2005) que permitieron consolidar el concepto en este campo. A partir de estos estudios, se dió el auge de investigación de las balsas lipídicas en plantas a fin de poder comprender su papel en la fisiología vegetal. Como hemos presentado, las balsas membranales en mamíferos han sido bien caracterizadas en términos de su función, tamaño y tiempo de vida. Sin embargo, esta caracterización en sistemas vegetales no ha sido establecida tal como se precisó por Pike (2006). La principal metodología de estudio en plantas ha sido por el criterio de DRM y, en años recientes, se ha evidenciado la existencia de agrupaciones de componentes de DRM in vivo sobre la membrana 32 plasmática de las células de plantas (Malinski et al. 2013; Minami et al. 2017). En este tenor, el concepto de microdominio se considera como aquel compartimento lateral dentro del plano de la membrana plasmática que exhibe una composición, estructura y función biológica distinta de la membrana que lo rodea, independientemente de su tamaño, estabilidad o mecanismo de formación. Precisando que un microdominio de membrana individual, puede surgir de una segregación lateral espontánea que resulta en una composición de lípidos y proteínas que difieren sustancialmente del resto de la membrana plasmática (Malinski et al. 2013). Ahora bien, los estudios recientes que utilizan metodologías microscópicas muy modernas y de alta resolución han sido muy consistentes en cuanto a identificar tamaños del orden nanométrico, por lo que también podemos definirlos como nanodominios, que serían estructuras membranales que incrementan la estabilidad y actividad de proteínas asociadas y de complejos proteicos cuyo tamaño oscila entre el orden nano y micrométrico; al momento no existe un tamaño definido concretamente, en cuanto a su relación con el término DRM, las membranas resistentes a detergente corresponden a una definición operacional basada en una estrategia bioquímica, mientras que el término nanodominios hace referencia a ensamblajes moleculares de lípidos y proteínas funcionales en la membrana plasmática (Tapken y Murphy 2015). ESTUDIOS DE LOS NANODOMINIOS EN PLANTAS A continuación presentaremos los estudios de nanodominios en la membrana plasmática de plantas investigados a través desu aislamiento como DRM (Tabla II). Los trabajos presentados evidencian la evolución de esta línea de investigación. A inicios del 2000 todo se centró en la caracterización a través de identificar su composición proteica y lipídica, para poder comprender su función, por lo que hacia finales de la década hubo un auge de estudios funcionales. Es importante destacar que si bien hemos señalado que ambos términos de DRM y nanodominios no deben ser utilizados como sinónimos, los análisis de proteómica sobre las DRM han provisto de información funcional relevante acerca de las proteínas que potencialmente pueden estar asociadas a los nanodominios a través 33 de su asociación con esteroles y esfingolípidos (Borner et al. 2005; Morel et al. 2006; Minami et al. 2008; Fujiwara et al. 2009; Takahashi et al. 2012). Estos trabajos resultaron ser el punto de partida para estudios posteriores, en busca de la relación nanodominio-función. De forma similar al estudio de mamíferos, en plantas el uso del criterio de DRM sentó las bases para el desarrollo de otras técnicas para determinar las funciones de los nanodominios en los sistemas vegetales (Tapken y Murphy 2015). 34 Tabla II. Estudios de nanodominios de diversos tejidos de especies vegetales utilizando el criterio de aislamiento de DRM. Basado en Minami et al. (2017) y Malinsky et al. (2013). Especie vegetal y material biológico Métodos de detección de proteínas Proteínas asociadas a DRM Análisis lipídico y especies investigadas Referencia Nicotiana tabacum Fracción MP de hojas Electroforesis en gel, inmunoréplica, criofractura e inmunolocalización 6 GPIs, subunidad de una proteína G heterotrimérica No realizado Análisis estructural por criofractura. Peskan et al. 2000 Nicotiana tabacum Fracción MP de hojas y de células BY-2 Electroforesis en gel, inmunoanálisis con anticuerpos específicos, MS* 7 enriquecidas en hojas y 7 en células BY-2 HP-TLC*, CG y MALDI-TOF* Glicerofosfolípidos, esfingolípidos y esteroles Pioneros en realizar un análisis ultraestructural por MET. Mongrand et al. 2004 Arabidopsis thaliana MP de cotiledones de plántula Sinapis alba MP de cotiledones de plántula Electroforesis en gel, inmunoréplica Enriquecimiento de 7 proteínas receptores con actividad de cinasas con repeticiones de leucina, 10 cinasas y 5 proteínas de unión a GTPasas No realizado Shahollari et al. 2004 Arabidopsis thaliana Membranas totales de callo Electroforesis en gel, inmunoanálisis con anticuerpos específicos, MS Enriquecimiento de 15 proteínas y disminución de aprox. 15 proteínas CG, HPLC Esteroles y contenido de BCL Borner et al. 2005 Nicotiana tabacum Fracción MP de células BY-2 Electroforesis en gel, MS Enriquecimiento de 145 proteínas No realizado Morel et al. 2006 35 Arabidopsis thaliana MP de plántulas y de cultivo celular Electroforesis en gel, inmunoanálisis con anticuerpos específicos, MS ATPasa PMA2, acuaporina PIP1, remorina (2-4 veces de enriquecimiento) HP-TLC, CG-MS Glicerofosfolípidos, esfingolípidos y esteroles. Utilizaron una mutante en la ruta de biosíntesis de esteroles. Pioneros en realizar un estudio funcional de los microdominios. Laloi et al. 2007 Allium porrum MP de plántulas y de cultivo celular ATPasa PMA2, acuaporina PIP1 (2-4 veces de enriquecimiento) Medicago truncatula MP de raíces Electroforesis en gel, inmunoanálisis con anticuerpos específicos, MS Identificación de 270 proteínas, ATPasa de H+ de la MP con un enriquecimiento de 7 veces HP-TLC, CG-MS Glicerofosfolípidos, esfingolípidos y esteroles. Análisis de ultraestructura por MET Lefebvre et al. 2007 Arabidopsis thaliana MP de células en suspensión Marcaje metabólico con 14N/15N, uso de metil -ciclodextrina, proteomica cuantitativa Identificación de una agrupación proteica dependiente de esteroles con alrededor de 37 proteínas, las cuales incluyen proteínas de asociación a pared celular y modificadas con glucanos y lípidos APCI/MS* Análisis de esteroles Segundo grupo en realizar un estudio funcional y el criterio de uso de un secuestrador de esteroles como la metil -ciclodextrina Kierszniowska et al. 2009 Arabidopsis thaliana Fracciones MP de plántulas Electroforesis en gel, inmunoanálisis con anticuerpos específicos, MS Proteínas de DRM que responden al frío (6 se incrementan y 10 disminuyen) TLC Glicerolípidos, esfingolípidos y esteroles Minami et al. 2009 Nicotiana tabacum Electroforesis en gel, Disminución de 4 Pioneros en realizar 36 Fraccción MP de células BY-2 MS, Marcaje metabólico con 14N/15N en presencia de un elicitor, la criptogeina, proteomica cuantitativa proteínas de tráfico celular (dinaminas) y enriquecimiento de una proteína de señalización, la proteína 14-3-3 No realizado un estudio funcional con relación a la respuesta de defensa de la planta ante un patógeno Stanislas et al. 2009 Oryza sativa Fracciones de MP de células en suspensión Electroforesis en gel, inmunoanálisis con anticuerpos específicos, MS 192 proteínas asociadas a DRM con alrededor de 51 proteínas relacionadas a la inmunidad innata. No realizado Pioneros en realizar estudios funcionales de las DRM asociados a respuesta inmune Fujiwara et al. 2009 Populus tremula Populos tremuloides Fracciones de MP de células híbridas en suspensión Electroforesis en gel, inmunoanálisis con anticuerpos específicos Enriquecimiento de proteínas ancladas a GPI y sintasa de glucanos TLC, CG Glicerolípidos, esfingolípidos y esteroles Pioneros en realizar estudios funcionales de las DRM en un árbol y estar asociados a la biosíntesis de polisacáridos de la pared celular Bessueille et al. 2009 Arabidopsis thaliana Fracciones de MP de células en suspensión Marcaje metabólico con 14N/15N, MS, proteomica cuantitativa Utiliza flagelina (fgl22), un patrón Identificación de 316 proteínas, de las cuales 188 se encuentran en MP y DRM. El 34% (64) se enriquecen en las No realizado Segundo grupo que realiza estudio funcional de las DRM con relación a la respuesta de defensa ante patógenos 37 molecular asociado a una bacteria patógena (PAMP) DRM y de estás el 56% presentan un dominio transmembranal, 12% poseen un ancla a GPI y 5% una modificación lipídica. Keinath et al. 2010 Phaseolus vulgaris y Nicotiana tabacum Fracciones de MP de hojas Electroforesis en gel, inmunoanálisis con anticuerpos específicos (anti- ATPasa de H+ de la MP) ATPasa de H+ de la MP CG, MS Esteroles Ácidos grasos Carmona-Salazar et al. 2011 Carmona-Salazar et al. 2015 Zea mays Fracciones MP de embriones Avena sativa Fracciones MP de hojas Electroforesis en gel, inmunoanálisis con anticuerpos específicos, MS Identificación de 219 proteínas No realizado Takahashi et al. 2012 Secale cereale Fracciones de MP de hojas Identificación de 213 proteínas *Abreviaciones: MP, membrana plasmática; MS, Espectroscopia de masas; HP-TLC, Cromatografía en capa fina de alta resolución; CG, Cromatografía de gases; MET, microscopia electrónica de transmisión; BCL, base de cadena larga; MALDI-MS, Matriz asistida por desorción/ionización por láser en tiempo de vuelo acoplada a masas; APCI/MS, Cromatografía Líquida acoplada a masas con sistema de ionización APCI válida para compuestos de baja a alta polaridad. 38 PROTEÍNAS ASOCIADAS A NANODOMINIOS QUE EVIDENCIAN LAS FUNCIONES FISIOLÓGICAS EN PLANTAS Con base en lo anterior, un número de estudios biológicos ha revelado la localización de proteínas asociadas a la membrana plasmática y que se encuentran en nanodominios de células vivas en sistemas vegetales. La Tabla III integrainformación con relación a proteínas que fueron identificadas previamente a través del criterio de DRM y que, posteriormente, se investigaron por otras técnicas microscópicas. Dentro de estos ejemplares se encuentran las remorinas, flotilinas, transportadores de auxinas y canales como el de potasio y uno de aniónes, que han contribuido a dilucidar las posibles funciones de los nanodominios en las plantas y que a continuación revisaremos. Transducción de señales.- Durante la regulación del movimiento estomatal en respuesta al ácido abscísico (ABA) se ha identificado la participación de canales de potasio (KAT1) y cloruros (SLAH3) asociados a la membrana plasmática y que se organizan en nanodominios por mecanismos bien definidos (Sutter et al. 2006; Demir et al. 2013; Tapken y Murphy 2015). Así como durante la señalización de la fitohormona auxina, los transportadores ABCB19 y PIN1 están implicados en su movimiento de célula a célula (Yang et al. 2013). En ambos tipos de señalización de estas hormonas, se ha encontrado evidencia de que los nanodominios facilitan interacciones proteína-proteína a fin de modular las funciones de los residentes proteicos en dichas plataformas; la figura 6 esquematiza estas interacciones. 39 Tabla III. Proteínas asociadas a nanodominios que fueron identificadas por el criterio de DRM y evidenciada su localización en nanodominios por técnicas diversas de microscopía. Basado en Tapken y Murphy (2015). PROTEÍNAS IDENTIFICADAS EN DRM FUNCIÓN IDENTIFICADA EN NANODOMINIOS (Microscopía confocal) DEPENDENCIA DE ESFINGOLÍPIDOS /ESTEROLES EN LAS DRM REFERENCIAS ABCB9 Transportador de auxinas Dependencia por esfingolípidos y esteroles demostrado con el uso de mutantes en enzimas de metabolismos y uso de metil - ciclodextrina Titapiwatanakun et al. 2009 Yang et al. 2013 PIN1 Proteína acarreadora del eflujo de auxinas Dependencia de unión a ABCB9 Titapiwatanakun et al. 2009 Yang et al. 2013 Flot 1 Flotilina Participa en la ruta endocítica Marcaje con oro para inmunodetección por Dependencia de dominios enriquecidos en esteroles, Borner et al. 2005 Li et al. 2012 Jarsch et al. 2014 40 independiente de clatrina durante el desarrollo de la plántula. microscopía de electrónica de transmisión. evidenciado por el uso de metil - ciclodextrina KAT1 Canal de potasio No determinada Sutter et al. 2006 Jarsch et al. 2014 PIP2;1 Acuaporina Dependencia por esteroles evaluado con el uso de metil - ciclodextrina Li et al. 2011 SLAH3 Canal de anión inducido por ácido abscísico ABA No determinada Demir et al. 2013 Remorinas Remorina 1.3 Proteínas periféricas que se agregan en grupos. Remorina 1.3 participa durante la respuesta inmune ante virus No determinada Raffaele et al. 2009 Lefebvre et al. 2010 Jarsch et al. 2014 41 Tráfico celular.- El canal de potasio KAT1 ha sido clasificado hacia la membrana plasmática durante el tráfico celular por un mecanismo dependiente de SNARES, las cuales controlan su distribución membranal dentro de nanodominios de aproximadamente 500 nm de diámetro (Sutter el al. 2006). El transportador de auxinas ABCB19 es una glucoproteína que participa en el transporte de la fitohormona auxina, que va desde el ápice de los tallos hacia las raíces implicando un largo desplazamiento que va sucediendo de célula a célula. Durante este transporte, ABCB19 recluta a PIN1, otro transportador de auxinas cuya asociación se da a través de la formación de nanodominios que son dependientes de esfingolípidos y esteroles; la figura 7 ilustra este mecanismo. Figura 6. Representación esquemática de nanodominios membranales con el canal aniónico SLAH3, implicado en la señalización por ABA y del transportador ABCB19 durante el movimiento de auxinas. En la izquierda se presenta el canal aniónico SLAH3 activo cuando está presente ABA, ya que este recluta ABI1 e impide que se una a CPK21, lo cual favorece la formación del complejo SLAH3/CPK21 en nanodominios enriquecidos en esfingolípidos y esteroles. La parte central corresponde a la ausencia de ABA, por lo que ABI1 puede unirse a CPK21 e impide la localización de SLAH3 en nanodominios inactivándolo. En la derecha, puede observarse como ABCB19 interactúa con PIN1 en nanodominios favoreciendo el transporte de auxinas. La presencia de FLA2 junto con otras proteínas arabidogalactanas con uniones a GPI ha sido consistentemente co-purificadas con ABCB19, sugiriendo un papel en la interacción con la pared celular. Tomado y modificado de Tapken y Murphy (2015). 42 Figura 7. Modelo del tráfico celular de ABCB19 mediado por esteroles y esfingolípidos con ácidos grasos de cadena muy larga (VLCFA). 1, La proteína FKBP42 (proteína en color azul) facilita el plegamiento de ABCB19 (proteína mostrada en color verde) en el retículo endoplasmático (ER); 2, Las interacciones ABCB19 con esfingolípidos inician en el aparato de Golgi; 3, La asociación de ABCB19 con esteroles sucede en la región trans del aparato de Golgi (TGN). Tomado y modificado de Yang et al. (2013). La flotilina Flot1 es una proteína que está implicada en la inducción de curvaturas o invaginaciones de la membrana plasmática durante los procesos endocíticos. Esta formación de vesículas está asociada a microdominios y se ha encontrado que dicho mecanismo es independiente de clatrina y resulta crítico para el desarrollo de las plántulas (Li et al. 2012). Respuesta al estrés.- El grupo de Uemura fue de los primeros en realizar estudios funcionales de los nanodominios en plantas, en las que utilizaron la aclimatación al frío para evaluar los efectos sobre las DRM obtenidas de la MP de Arabidopsis, encontrando cambios en la composición lipídica y proteica de las DRM, a consecuencia del estrés por frío; particularmente las proteínas involucradas evidenciaron un papel de los microdominios en tráfico membranal, interacciones con citoesqueleto y procesos de transporte (Minami et al. 2009). En 43 este sentido, resultó interesante la presencia de acuaporinas, ya que este tipo de proteínas también fueron estudiadas durante el estrés por salinidad. Para ello, se fusionó una acuaporina PIP2;1 con la proteína verde fluorescente a fin de investigar su distribución membranal por técnicas microscópicas, encontrándose una distribución heterogénea, es decir se puede mover dentro y fuera de los microdominios. Durante su internalización celular están involucrados dos mecanismos, uno dependiente de clatrina y otro asociado a su localización en balsas, cuya asociación no depende de esteroles y es estimulado por salinidad. Estos hallazgos sugieren que tanto el reparto dinámico a lo largo de la MP como las vías de su reciclaje pueden estar implicadas de múltiples formas para regular la permeabilidad del agua (Li et al. 2011). Respuesta a patógenos.- La familia de proteínas REMORINAS representa a las proteínas asociadas a MP más investigadas en el campo de los nanodominios de plantas. Los estudios genéticos, de imágenes de células vivas y bioquímicos, sugieren que las remorinas se segregan en dominios para dar lugar a plataformas moleculares implicadas en la señalización por hormonas e interacciones planta- patógeno (Raffaele et al. 2009; Jarsch et al. 2014; Gronnier et al. 2017). En las remorinas se ha identificado un motivo de unión a lípido, REM-CA no convencional, que determina la posibilidad de su organización en nanodominios (Gronnier et al. 2017). En cuanto al papel de las remorinas durante la interacción planta-patógeno, la remorina REM1.3 se ha encontrado asociada a nanodominios y en los plasmodesmos (PD), en donde impidió el movimiento del virus X de papa, protegiendo a la planta de la infección (Raffaele et al. 2009). Este dato es muy interesanteporque resulta contrario a lo observado en mamíferos, en los que las balsas han sido más bien utilizadas por los virus para infectar a las células (Simons y Gerl 2010). Sin embargo, esta misma proteína REM1.3 ha sido implicada en la susceptibilidad a la infección por el oomiceto Phytophthora infestans (Bozkurt et al. 2014). En cuanto a su localización en nanodominios cabe señalar que para dirigir esta proteína a la MP se encontró que utiliza un mecanismo independiente de la vía clásica de secreción mediada por COP-II, y además, su asociación a los nanodominios es dependiente de esteroles, sitosterol 44 y de fosfatidilinositol 4-fosfato (Gronnier et al. 2017), tal como se presenta en la Figura 8. Figura 8. La localización de la proteína remorina en nanodominios de la MP es dirigida por esteroles y PI4P. A) El modelo muestra la remorina en forma de trímeros que se asocian a los nanodominios enriquecidos en sitosteroles y fosfatidilinositol 4-fosfato (Pi4P). B) Estructura primaria de la remorina REM1.3 que presenta dos regiones 1 y 2 (R1 y R2) que constituyen el dominio de unión a nanodominios, denominado REM-CA. C) Modelo de inserción de REM-CA en la cara interna de la MP, en donde interaccionan dos residuos de lisina con los grupos fosfato de los PIPs. Modificado de Gronnier et al. (2017). Comunicación celular.- Como se ha destacado, las balsas lipídicas están implicadas en diversas funciones que son relevantes para la comunicación celular, particularmente, podemos citar el caso de los PD. Los PD son canales delimitados por una membrana que es una extensión de la MP, pero que se especializa en términos de proteínas específicas asociadas a estos sitios y que se encargan de controlar la comunicación intercelular en las plantas. Recientemente, se ha encontrado la existencia de nanodominios en las membranas de los PD que son importantes para la apropiada función de estos canales (Grison et al. 2015). 45 Específicamente, los nanodominios controlan la homeostasis de la callosa, la cual modula el paso de moléculas a través de los PD (Iswanto y Kim 2017), y controla el paso de patógenos. Previamente, se indicó que la Remorina REM3.1 se localizó en los PD (Raffaele et al. 2009; Grison et al. 2015). La figura 9 ilustra estas funciones. Figura 9. Modelo hipotético de la regulación de la permeabilidad de los plasmodesmos vía las balsas lipídicas. A. La biosíntesis de esteroles y esfingolípidos se inicia en el retículo endoplasmático (RE), en donde estás moléculas son transportadas hacia la membrana plasmática (MP) a través de la vía de exocitosis mediada por vesículas para formar balsas lipídicas, tanto en la MP como en los plasmodesmos (PD). B. Se presentan los cambios en los PD tras una infección por patógenos donde se observa cómo se cierra el PD. C. Se precisa la identidad de algunas de las moléculas mostradas en la figura. Tomado y modificado de Iswanto y Kim (2017). Finalmente, podemos citar el trabajo de Jarsh et al. (2014) en el que se realizó un estudio exhaustivo de la localización membranal de varios integrantes de la familia de las remorinas, que se clasifican con base en el tipo de funciones a las que han sido asociadas. En dicho trabajo se evidenció la existencia de varios tipos de microdominios, que coexisten en la MP, hecho que sucede en dos especies vegetales independientes, Arabidopsis y Nicotiana benthamiana. El 46 análisis de los niveles de expresión de estos integrantes en la MP, reveló que la gran mayoría de ellas se localizan predominantemente en plataformas de microdominios inmóviles, donde se observó una relación función-tipo de dominio, lo cual sugiere que proteínas relacionadas evolutivamente se asocian a dominios membranales similares. Esta especialización funcional de los dominios membranales podría ser biológicamente seleccionada, no solo para favorecer la formación de complejos proteicos, sino para separar físicamente actividades enzimáticas de procesos fisiológicos no relacionados (Jarsh et al. 2014). Considerando los datos mostrados de las funciones de los nanodominios con base en los estudios de las proteínas asociadas a los mismos y de que pueden existir dominios diferentes en la membrana plasmática, resulta relevante enfocarnos al estudio del papel que desempeña la composición lipídica de los nanodominios. Si bien se ha evidenciado el papel de las proteínas en varios procesos celulares, el ambiente lipídico de la membrana plasmática puede influir importantemente en la función de éstas. Con objeto de comprender esta interdependencia a continuación revisaremos la composición lipídica de esta vecindad de la membrana plasmática. LÍPIDOS CONSTITUYENTES DE LOS NANODOMINIOS DE PLANTAS Los componentes lipídicos de las membranas plasmáticas son muy heterogéneos, altamente dinámicos y pueden modular muchas de las funciones de las células (Valitova et al. 2016). La composición lipídica se constituye por tres especies de lípidos, los glicerolípidos, esteroles y los esfingolípidos, los cuales en total dan lugar a más de 100 000 especies moleculares diferentes. Esto depende del organismo investigado e implica que cada clase de lípidos contiene miles de especies moleculares individuales. Una parte considerable del genoma es requerido para sintetizar, metabolizar y regular esta diversidad lipídica (Shevchenko y Simons 2010). Durante mucho tiempo estas biomoléculas permanecieron en la sombra de los estudios ómicos, debido a la gran complejidad de las especies involucradas y las limitantes técnicas para su identificación precisa. En ese sentido, los estudios de los glicerolípidos de plantas muestran 47 mucha similitud con las de especies de mamíferos y de hongos. Sin embargo, los esfingolípidos y esteroles son muy diferentes en plantas comparados con los otros reinos, por lo que a continuación revisaremos en extenso estos dos tipos de lípidos, principales constituyentes de los nanodominios en plantas (Cacas et al. 2016). Primero revisaremos su estructura que será explicada a través de su biosíntesis, para posteriormente enfocarnos a su contribución en la formación de los nanodominios en plantas. ESFINGOLÍPIDOS DE PLANTAS: DIVERSIDAD Y BIOSÍNTESIS Los esfingolípidos son lípidos estructuralmente muy diversos, constituyentes de las membranas biológicas y también moléculas bioactivas (Markham et al. 2013). Fueron descubiertos en 1884 en mamíferos y desde entonces han sido ampliamente investigados, asociándoseles con diversas enfermedades de desórdenes del metabolismo de lípidos. Sin embargo en plantas, algunas especies de esfingolípidos fueron identificadas hasta 1958 y durante casi 4 décadas su estudio fue muy limitado. A principios de este siglo, con los recientes avances en las técnicas de su identificación (Markham y Jaworski 2007), junto con la caracterización de mutantes en su metabolismo y biosíntesis, ha sido posible conocer más de sus estructuras y, por tanto, de las diversas funciones que desempeñan en las plantas (Luttgeharm et al. 2016). Si bien, los esfingolípidos complejos como los GIPC y GluCer contribuyen importantemente a la estructuración y función de las membranas biológicas, las especies de esfingolípidos menos abundantes como ceramidas, ceramidas fosforiladas y otros intermediarios de su biosíntesis como las bases de cadena larga (BCL) y BCL fosforiladas están involucradas en otros procesos fisiológicos de las plantas como segundos mensajeros reguladores del cierre estomatal de las células guarda, durante la muerte celular programada, en la resistencia a patógenos y en el estrés por congelamiento (Luttgeharm et al. 2016). ESTRUCTURA Y COMPLEJIDAD DE LOS ESFINGOLÍPIDOS Los esfingolípidos están constituidos por un esqueleto de ceramida que típicamente presenta un componente polar anclado, como un azúcar, para formar 48 un clásico lípido anfipático
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