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POSGRADO EN CIENCIAS FÍSICAS T E S I S QUE PARA OBTENER EL GRADO DE: MAESTRO EN CIENCIAS (FÍSICA MÉDICA) PRESENTA: JUAN MASASHI KIKUSHIMA PALACIOS DIRECTOR DE TESIS: Dr. ARNULFO MARTÍNEZ DÁVALOS MIEMBRO DE COMITÉ TUTORAL: Dra. MERCEDES RODRÍGUEZ VILLAFUERTE MIEMBRO DE COMITÉ TUTORAL: Dr. ERNESTO BELMONT MORENO ASESOR PROFESIONAL: M. en C. JOSÉ MANUEL LÁRRAGA GUTIÉRREZ MÉXICO, D.F. 2010 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTONOMA DE MEXICO “CORRECCIÓN DE ARTEFACTOS DEBIDOS A ENDURECIMIENTO DE HAZ EN UN MICROTOMÓGRAFO DE RAYOS X” UNAM – Dirección General de Bibliotecas Tesis Digitales Restricciones de uso DERECHOS RESERVADOS © PROHIBIDA SU REPRODUCCIÓN TOTAL O PARCIAL Todo el material contenido en esta tesis esta protegido por la Ley Federal del Derecho de Autor (LFDA) de los Estados Unidos Mexicanos (México). El uso de imágenes, fragmentos de videos, y demás material que sea objeto de protección de los derechos de autor, será exclusivamente para fines educativos e informativos y deberá citar la fuente donde la obtuvo mencionando el autor o autores. Cualquier uso distinto como el lucro, reproducción, edición o modificación, será perseguido y sancionado por el respectivo titular de los Derechos de Autor. Dedicado a mis padres: Raquel Palacios Arellano y Juan Masashi Kikushima Tsukiuda Gracias por apoyarme siempre en todo y por ser mi felicidad su mayor preocupación. ¡Gracias! A Ana Laura Camacho, por su amor, por quererme como soy, por ser como es. Por todo. A mis hermanas Keyko y Sachiko, por ser tan distintas y a la vez igualmente increíbles. Por darme seguridad y mantenerme libre de complejos. A mi abuelita Chita, por las comidas y hospitalidad. Por cuidarme y darme fuerzas. Por prestarme su carro. A mis sobrinos: Raquelito, Andrea y Franco. Por saber ser cariñosos y obedientes conmigo. A mi cuñado Francisco Gastélum. Por los consejos, por haberme brindado la oportunidad de conocer el ambiente laboral y por el tiempo tan ameno en el que nos tocó vivir juntos. A mi cuñado Daniel Moreira, por su nobleza, por compartir sus vacaciones y sus bienes materiales conmigo. Por acompañar a mi papá en la pesca cuando yo no he podido estar ahí. A mi Tía Luzma y mi tío Pablo, por su apoyo y por incluirme en su núcleo familiar. Por estar pendientes de mí. A Cecy Félix, por ser mi amiga después de tantos años. Por haberse adjudicado la responsabilidad de mantener nuestra amistad a pesar de mis episodios de encierro. A Andrés Suárez, por ser mi amigo. Porque si no te hubiera conocido pensaría que los ideales son tan sólo reflejos de la inmadurez. A Carlos Heras, por su generosidad y lealtad. Por estar ahí siempre que necesito a un amigo. Por saberme decir las cosas que necesito escuchar. Por el concierto de Björk. A Francisco Mederos, por su cariño, por la plática y sus siempre sabios consejos. Por presentarme a Ana. A Alma González, por ser mi amiga en los mis momentos más estresantes y por cuidarme tan diligentemente durante la peor gripa de mi vida. A Rodrigo Gutiérrez, por ser mi guía espiritual y urbana en el Distrito Federal. Por los viajes y las fiestas. Por ser mí amigo y permitirme ser amigo de sus amigos. Al Dr. Miguel Olea, porque tuvo que aprender a no arruinar el día. A Juan Carlos Villalobos, no tanto por lo que me estima, sino por lo que me presume. Por las anécdotas. A César Inzúnza, por las llamadas telefónicas, por saber imponerse sin ser pretensioso. A Björk Guðmundsdóttir, por la música. Agradecimientos Dr. Arnulfo Martínez Dávalos: gracias por haberme permitido trabajar con la libertad que necesitaba para presionarme a mí mismo y hacer las cosas de forma correcta. Siempre le voy a estar agradecido por guiarme a lo largo de este trabajo y por conducirme hacia las respuestas que necesitaba encontrar, así como por responder aquellas preguntas para las que aún no estaba listo. Dra. Mercedes Rodríguez Villafuerte: le agradezco su interés y la invaluable ayuda que me proporcionó durante el desarrollo de este trabajo. Gracias por luchar contra mi desidia. Dra. María Esther Brandan: Gracias por todos los consejos y por no dejar que me cerrara las puertas de esta maestría tras mi incursión en el mundo laboral. Agradezco a mi comité sinodal: Dra. María Esther Brandan, Dr. Arnulfo Martínez, Dr. Héctor Alva, Dra. Mercedes Rodríguez y Dr. Miguel Ángel Celis; por todas las sugerencias y correcciones realizadas sobre este trabajo. Dr. Miguel Ángel Ávila: gracias por la mejor clase de producción de radionúclidos que pude haber recibido, por responder todas mis preguntas y por tenerme paciencia. Agradezco a mis profesores de la maestría que siempre realizaron su trabajo con cariño y responsablemente: M. en C. César Ruíz, M. en C. Ana Elena Buenfil, Dra. Isabel Gamboa, Dra. Alicia Ortega, Dr. Luis Alberto Medina, M. en C. Mariana Hernández. Agradezco al M. en C. Tirso Murrieta, por su ayuda y compañía en el laboratorio. Agradezco a la UNAM por permitirme estudiar un posgrado en mi país. Al CONACYT por la beca de posgrado y por el apoyo recibido a través del proyecto 82714, “Desarrollo de detectores de radiación para un sistema híbrido de microtomografía”. Al Instituto de Física y al Posgrado en Ciencias Físicas, por el cubículo, y los apoyos otorgados para el laboratorio de Física Médica y la presentación de mi trabajo en diversos congresos. Contenido INTRODUCCIÓN ............................................................................................................................................ 1 1 ENDURECIMIENTO DE HAZ ............................................................................................................. 3 1.1 DESCRIPCIÓN DEL FENÓMENO FÍSICO ................................................................................................. 3 1.2 EFECTOS DEL ENDURECIMIENTO DE HAZ ............................................................................................ 5 1.3 ARTEFACTOS PRODUCIDOS POR ENDURECIMIENTO DE HAZ ................................................................ 7 1.3.1 Artefacto de copa .......................................................................................................................... 8 1.3.2 Artefacto de estrías ....................................................................................................................... 9 1.4 MÉTODOS DE CORRECCIÓN .............................................................................................................. 11 1.4.1 Filtrado del haz .......................................................................................................................... 11 1.4.2 Linealización .............................................................................................................................. 12 1.4.3 Energía dual ............................................................................................................................... 12 1.4.4 Método de señal linealizada a grosor equivalente (LSET) ......................................................... 13 2 METODOLOGÍA EXPERIMENTAL ................................................................................................ 14 2.1 MICRO-CT ....................................................................................................................................... 14 2.2 MANIQUÍES DE PRUEBA PARA EL MICROCT ..................................................................................... 17 2.2.1 Maniquí Defrise .......................................................................................................................... 17 2.2.2 Maniquí de agua .........................................................................................................................18 2.2.3 Maniquí para calibración de Unidades Hounsfield ................................................................... 19 2.2.4 Roedor ........................................................................................................................................ 21 2.3 PRE-PROCESAMIENTO DE LAS IMÁGENES ......................................................................................... 21 2.4 SIMULACIÓN DE PROYECCIONES ...................................................................................................... 23 2.5 MANIQUÍES DE PRUEBA SIMULADOS ................................................................................................ 23 2.6 MÉTODO DE CORRECCIÓN DE SEÑAL LINEALIZADA A GROSOR EQUIVALENTE (LSET) ..................... 24 2.6.1 Calibración ................................................................................................................................. 25 2.6.2 Corrección .................................................................................................................................. 28 2.7 IMPLEMENTACIÓN NUMÉRICA DEL MÉTODO LSET .......................................................................... 29 2.8 MÉTODO DE CORRECCIÓN CON AGUA (WCM) ................................................................................. 30 2.9 ANÁLISIS CUANTITATIVO DE LA CORRECCIÓN POR ENDURECIMIENTO DE HAZ ................................. 33 2.10 ANÁLISIS DE ARTEFACTOS PRODUCIDOS POR RUIDO ........................................................................ 35 3 RESULTADOS ...................................................................................................................................... 37 3.1 SIMULACIONES ................................................................................................................................ 37 3.1.1 Cilindro de agua ......................................................................................................................... 40 3.1.2 Maniquí Defrise .......................................................................................................................... 46 3.1.3 Cilindro de agua con inserciones de aluminio ........................................................................... 49 3.2 MEDICIONES OBTENIDAS MEDIANTE EL MICROCT ........................................................................... 53 3.2.1 Maniquí de agua ......................................................................................................................... 56 3.2.2 Maniquí Defrise .......................................................................................................................... 61 3.2.3 Maniquí para calibración de Unidades Hounsfield ................................................................... 65 3.2.4 Estudio de un roedor pequeño .................................................................................................... 70 3.2.5 Análisis de artefactos de anillo ................................................................................................... 72 4 DISCUSIÓN Y ANÁLISIS DE RESULTADOS ................................................................................. 76 5 CONCLUSIONES ................................................................................................................................. 83 REFERENCIAS ............................................................................................................................................. 86 1 Introducción El Sistema Bimodal de Imágenes (SIBI) que se encuentra en desarrollo en el Instituto de Física de la UNAM, tiene como uno de sus objetivos la integración de un microtomógrafo por emisión de positrones (microPET), que permite la adquisición de imágenes funcionales, y un microtomógrafo de rayos X (microCT), que hace posible la obtención de imágenes con información anatómica. El diseño, construcción e integración del sistema han sido desarrollados por personal académico del Grupo de Dosimetría y Física Médica. En su etapa actual, el microPET y el microCT funcionan de manera independiente y permiten obtener imágenes de un mismo sujeto para ser fusionadas posteriormente. Tanto en el microPET como en el microCT los procesos de adquisición y reconstrucción de las imágenes tomográficas juegan un papel esencial, ya que de ellos depende la veracidad de la información obtenida a través de las imágenes a interpretar. Por lo tanto, es necesario realizar un análisis de estos procesos para corregir los artefactos que se puedan presentar y que puedan provocar una interpretación errónea de la información. En microCT, al igual que en la tomografía axial computarizada de uso clínico (CT), los algoritmos de reconstrucción más comunes presuponen que el coeficiente lineal de atenuación µ, en un punto dado, es único y que por lo tanto las mediciones logarítmicas de atenuación mantienen una relación lineal con dicho coeficiente. Sin embargo, el haz emitido por los tubos de rayos X utilizados en estos sistemas es polienergético. Debido a que el coeficiente lineal de atenuación µ mantiene una dependencia con la energía, que es además, característica para cada tipo de material, las diferentes componentes energéticas del espectro son atenuadas en forma distinta. Por lo general las componentes de menor energía (o suaves), son atenuadas en mayor medida que las componentes más energéticas (o duras). A este fenómeno se le conoce como endurecimiento de haz. Esta variación en la atenuación de las distintas componentes energéticas del haz de rayos X resulta en la pérdida de la relación lineal supuesta entre la atenuación total medida y el coeficiente lineal de atenuación µ, lo que a su vez provoca artefactos en las imágenes tomográficas reconstruidas. Esta tesis tiene como objetivo realizar un análisis de los artefactos producidos por el endurecimiento de haz en las imágenes tomográficas obtenidas con el microCT del proyecto 2 SIBI, así como la implementación del método de corrección denominada señal linealizada a grosor equivalente (LSET por sus siglas en inglés) [1]. Para validar el método, este fue implementado inicialmente en simulaciones. Este trabajo se compone de cinco capítulos. En el capítulo 1 se presenta una descripción del fenómeno físico de endurecimiento de haz, así como de los artefactos que produce y los métodos de corrección reportados en la literatura, tanto en el ámbito de tomógrafos clínicos como en el de microtomografía. En el capítulo 2 se hace una descripción de la metodología empleada para el análisis y corrección de artefactos producidos por el endurecimiento de haz. Posteriormente, en el capítulo 3, se presentan los resultados obtenidos tanto del análisis de artefactos como de su corrección y en el capítulo 4 se discuten los resultados. Finalmente en el capítulo 5 se presentan las conclusiones que esta tesis permite alcanzar a partir de los resultados obtenidos. 3 1 Endurecimiento de haz 1.1 Descripción del fenómeno físico El objetivo de una tomografía es obtener un mapa de los coeficientes de atenuación lineal de la región que define el corte que se desea observar. La ley de Beer [2] establece la forma en que un haz monoenergético 1 se atenúa al atravesar un determinado material: , 1.1. donde es la intensidad transmitida del haz al atravesar el material, es la intensidad original del haz, el grosor del material atravesado, y es el coeficiente lineal de atenuación, que es característico para cada material y energía. Al obtener proyecciones planas con un haz de rayos X, al igual que en una radiografía, se obtienen valores de la intensidad resultante . A partir de ellos se calcula la proyección tomográfica como el logaritmo natural de la señal normalizada: ( ) . 1.2. Es importantehacer notar que en la ecuación 1.2 la proyección tomográfica es lineal con respecto del coeficiente lineal de atenuación y con respecto del grosor del material atravesado . Al adquirir un número grande de proyecciones alrededor del objeto de estudio, es posible obtener el mapa de valores de en cada corte mediante un algoritmo de reconstrucción computacional. Debido a que es característico de cada material, esto nos permite otorgarle a cada región tomográfica con distinta un valor en escala de grises al desplegar la imagen. En el caso de la tomografía computacional convencional, el haz que emite el tubo de rayos X no es monoenergético, sino que está compuesto por un espectro polienergético. Para un haz polienergético y suponiendo un detector ideal, la ecuación 1.1 es rescrita como: 1 Por ejemplo, el haz que se obtiene usando una fuente de rayos gamma que presente una sola transición nuclear. 4 ∫ , 1.3. Donde representa el espectro incidente de rayos X normalizado. El área debajo de una curva de equivale a la unidad. representa la intensidad total transmitida, e la intensidad total incidente. Se puede observar que la atenuación no sólo depende del tipo de material, sino que también depende de los valores que componen el espectro incidente debido a la dependencia en energía del coeficiente lineal de atenuación . La Figura 1.1 muestra la dependencia en energía del coeficiente lineal de atenuación para el aluminio y para el agua. Figura 1.1. Coeficiente lineal de atenuación para aluminio y agua líquida en el intervalo de energía de interés radiográfico [3]. Como se puede observar en la Figura 1.1 el coeficiente lineal de atenuación tiende a disminuir conforme aumenta la energía. Esto lo podemos traducir, a través de la ecuación 1.3 como una disminución de la atenuación conforme aumenta la energía para las distintas componentes del haz, es decir, las componentes de menor energía o suaves tienden a ser atenuadas en mayor medida que las componentes más energéticas o duras del haz. Energía [keV] 10 15 20 30 40 50 60 80 100 150 200 [ c m -1 ] 0.01 0.1 1 10 100 Aluminio g/cm 3 Agua g/cm 3 5 La Figura 1.2 muestra en línea sólida el espectro producido por un tubo de rayos X con ánodo de tungsteno a 50 kVp con un filtro de 1 mm de aluminio [4]. Se observan además, los espectros resultantes al agregar 1 cm, 2 cm y 3 cm de agua como material de atenuación adicional. Se puede ver que al agregar material de atenuación, el máximo del espectro se mueve hacia mayores energías debido a la atenuación mayor de las componentes de menor energía. Al atravesar los distintos materiales, la intensidad total del haz disminuye, pero la atenuación es menor para las componentes más energéticas o duras, por lo que se dice que el haz se endurece. Este fenómeno es conocido comúnmente como endurecimiento de haz. Energía [keV] 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 55 In te n s id a d R e la ti v a ( U A ) 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 1.2 1 mm de Al 1 mm de Al + 1 cm H2O 1 mm de Al + 2 cm H2O 1 mm de Al + 3 cm H2O Figura 1.2. Espectro producido por un tubo de rayos X con ánodo de tungsteno a 50 kVp. Se muestra el espectro filtrado con 1 mm de aluminio, y los espectros resultantes tras agregar 1 cm, 2 cm y 3 cm de agua como material atenuador. 1.2 Efectos del endurecimiento de haz La ecuación 1.2 muestra que la relación entre las proyecciones tomográficas medidas y el coeficiente lineal de atenuación , es lineal. No obstante, esta relación parte de la ecuación 1.1 en donde se describe la atenuación de un haz monoenergético. En la práctica, los rayos X son producidos mediante el impacto de electrones en un determinado material blanco y el espectro producido no es monoenergético. Los artefactos provocados por el fenómeno de endurecimiento de haz se deben a la relación no lineal entre el coeficiente lineal de atenuación y las 6 proyecciones tomográficas medidas. Partiendo de la ecuación 1.3 que describe la atenuación de un haz polienergético se tiene: ( ) (∫ ) 1.4. La ecuación 1.4 muestra que las proyecciones tomográficas calculadas no mantienen una relación lineal con el coeficiente lineal de atenuación ni con el grosor de material atravesado , a diferencia de lo establecido en la ecuación 1.2. En la Figura 1.3 se puede ver un esquema de las proyecciones tomográficas medidas en función de la trayectoria recorrida por el haz polienergético al atravesar un material. La línea sólida ejemplifica la medición real, la cual siempre se encuentra por debajo del caso ideal; además, la diferencia aumenta conforme aumenta la longitud de la trayectoria. Figura 1.3 Proyección medida en función de la longitud de la trayectoria recorrida por un haz polienergético en el material de interés. La línea solida muestra un ejemplo de la medición real, mientras que la línea punteada muestra el caso ideal (monoenergético a energía efectiva del haz) en el que la proyección es proporcional a la trayectoria recorrida [5]. 7 1.3 Artefactos producidos por endurecimiento de haz En la vigésima segunda edición del diccionario de la Real Academia Española se encuentran las siguientes definiciones para la palabra artefacto [6]: En los experimentos biológicos, formación producida exclusivamente por los reactivos empleados y perturbadora de la recta interpretación de los resultados obtenidos. En el trazado de un aparato registrador, toda variación no originada por el órgano cuya actividad se desea registrar. Sin embargo, la definición de artefacto para tomografía computarizada no puede ser definida de forma tan clara. En teoría, un artefacto en una imagen puede ser cualquier discrepancia entre los valores reconstruidos en la imagen y los verdaderos valores de los coeficientes de atenuación del objeto de estudio. Aunque esta definición es lo suficientemente amplia para cubrir cualquier tipo de imagen no ideal, tiene un valor práctico reducido ya que toda imagen producida por un tomógrafo de rayos X contiene artefactos según esta definición [7]. Estas alteraciones en los valores reconstruidos se originan en la cadena de procesos a los que se somete la información para la obtención de las imágenes, y aunque se traten de minimizar, el solo hecho de modelar la información presente en el objeto a valores discretos, hace imposible obtener un resultado ideal en las imágenes reconstruidas [5]. En la práctica el término artefacto se limita a las discrepancias que son relevantes para el estudio o análisis que se desea realizar. En el medio clínico, por ejemplo, es el médico radiólogo quien tendrá que establecer si estas discrepancias imposibilitan la obtención de la interpretación de una imagen. Para la tomografía computarizada por rayos X existen diversos artefactos. Algunos de ellos son: el artefacto de volumen parcial, los producidos por movimiento, por radiación dispersa, por muestreo, debidos al detector, producidos por ruido electrónico y por endurecimiento de haz. Una descripción más detallada de los artefactos se puede encontrar en la literatura [5, 7, 8]. Esta sección se enfocará en la descripción de los artefactos producidos exclusivamente por el endurecimiento de haz. 8 1.3.1 Artefacto de copa La no linealidad entre la señal medida y el coeficiente lineal de atenuación debida al efecto de endurecimiento de haz, es responsable de producir el conocido artefacto de copa [7]. Este tipo de artefacto puede ejemplificarse mediante la obtención de imágenes tomográficas de un objeto cilíndrico de material homogéneo. Los cortes tomográficos muestran una disminución en la escala de grises 2 en la parte central del corte con respecto a los bordes, comose muestra esquemáticamente en la Figura 1.4 (a). Esta disminución se debe a que en la parte más gruesa del objeto, el valor de las proyecciones es menor que en los bordes, a causa de la falta de linealidad. En la Figura 1.4 (b) se muestra el corte como debiera aparecer en el caso ideal, donde se representa correctamente la homogeneidad del objeto. El artefacto de copa puede conducir a una falsa interpretación de la imagen, al indicar, por ejemplo en el caso del cilindro, que éste se compone de material más atenuador en el centro que en los bordes. Además, el artefacto impide realizar un análisis cuantitativo de forma correcta, lo cual se ejemplifica en los perfiles debajo de cada figura. Figura 1.4. (a) Corte tomográfico ejemplificado de un cilindro donde se muestra el efecto de copa. (b) Corte tomográfico del mismo objeto ejemplificando el caso ideal. Debajo de cada imagen se muestra el perfil correspondiente a la flecha. 2 En este caso se supone que la escala de gris es proporcional al coeficiente lineal de atenuación µ. 9 1.3.2 Artefacto de estrías El artefacto de estrías es otro tipo de fenómeno que se puede presentar en la reconstrucción tomográfica debido al efecto del endurecimiento de haz. La producción de este tipo de artefactos puede explicarse con ayuda de la Figura 1.5 [5], en donde las diferentes componentes energéticas del haz se muestran a la entrada y salida del tejido ilustradas con distintas longitudes de onda. Se desea reconstruir una sección axial del abdomen de un paciente en donde existen tanto tejido blando como tejido óseo correspondiente a la vértebra. La flecha horizontal ilustra la atenuación de las componentes de baja energía del haz por el tejido, mientras que las componentes de alta energía atraviesan el tejido prácticamente sin ser atenuadas. Para la reconstrucción de la imagen marcada por el cuadrado blanco es necesaria otra proyección en distinta dirección, indicada en este caso por la flecha vertical, la cual atraviesa la vértebra. A diferencia del haz horizontal, el haz vertical sufre una atenuación significativa de sus componentes de alta energía. En general, la energía promedio de la radiación es trasladada a mayores energías debido al endurecimiento del haz. Las intensidades promedio medidas para cada proyección individual no son consistentes con las esperadas en relación al tipo de material presente y debido a esto se presentan líneas o estrías en la retroproyección filtrada, las cuales comúnmente se esparcen a lo largo de la dirección de la retroproyección de toda la imagen, como se muestra en la Figura 1.6 [5]. 10 Figura 1.5. Representación esquemática de la atenuación de haces perpendiculares que atraviesan la región abdominal de un paciente [5]. Figura 1.6. Imagen tomográfica del cráneo en donde se presenta el artefacto de estrías indicado por las flechas [5]. 11 1.4 Métodos de corrección En el campo de la tomografía axial computarizada, los efectos de la heterogeneidad del haz de rayos X han sido cuestionados desde la aparición del primer tomógrafo en 1972 [9, 10, 11]. En 1976, R. A. Brooks y G. Di Chiro publicaron un análisis sobre los efectos del endurecimiento de haz y los artefactos que produce en la reconstrucción tomográfica [12]. El uso de la tomografía axial computarizada fue creciendo en el medio clínico hasta convertirse en la tecnología más ampliamente usada en los departamentos de radiología [5]. Actualmente la importancia del problema que representa la corrección de estos artefactos puede apreciarse, con el gran número de artículos que se han publicado tratando este tema. Los métodos de corrección de artefactos producidos por endurecimiento de haz pueden dividirse en tres grupos [14]: filtrado del haz de rayos X, linealización y energía dual. 1.4.1 Filtrado del haz Un filtrado adecuado del haz de rayos X puede reducir los artefactos producidos por el endurecimiento. En la práctica, los tomógrafos clínicos cuentan con una placa delgada de aluminio, cobre o latón, colocada entre la salida del haz y el paciente [7]. Este tipo de filtros, conocidos como filtros de moño (o bowtie en inglés) además de darle una forma uniforme al haz de rayos X, filtran de forma preferencial a las componentes de baja energía del espectro, endureciendo de antemano el haz, lo que reduce los artefactos. La selección del filtro se debe basar en un estudio que implique el análisis de contraste, reducción de artefactos, ruido, uniformidad de la imagen y dosis. La desventaja principal del filtrado es que disminuye la intensidad del haz, lo que conlleva a una disminución del cociente señal a ruido (SNR) en las imágenes o en un aumento de la exposición. Esto se traduce en un aumento en la dosis, lo cual en microCT, puede ser particularmente grave cuando se trata de estudios con animales vivos, como en el caso de la microtomografía de ratones. Además, el filtrado del haz sólo ofrece una reducción del fenómeno de endurecimiento de haz que muchas veces no es suficiente para eliminar artefactos que alteren significativamente la imagen. De hecho, el uso de filtro por sí solo, no cumple todos los requisitos clínicos y es necesario realizar correcciones adicionales [7]. 12 1.4.2 Linealización El método de linealización consiste en calcular la relación no lineal entre las proyecciones tomográficas medidas y el grosor de un objeto homogéneo de dimensiones y composición conocidas. Mediante un ajuste polinomial, se corrige la respuesta de las proyecciones tomográficas en relación con el grosor del objeto de forma que coincida con el caso ideal. Con esto se logra disminuir los efectos producidos por endurecimiento de haz. La descripción del método puede encontrarse en forma detallada en la literatura [13]. Debido a que el 80% del cuerpo humano está compuesto por agua, en tomografía clínica las mediciones se derivan de tomografías correspondientes a un cilindro de agua con dimensiones similares a las del cuerpo humano. La principal desventaja de este método es que no permite la corrección de artefactos en estudios realizados a objetos constituidos de distintos materiales con propiedades de atenuación distintas. Para estudios con objetos conformados por más de un tipo de material, las correcciones se realizan con la combinación de las proyecciones obtenidas del objeto con propiedades conocidas y una imagen reconstruida, libre de correcciones del sujeto de estudio [7, 14, 15]. 1.4.3 Energía dual En tomografía con energía dual, el objeto de estudio se escanea con dos espectros de rayos X distintos. Ésto se puede lograr variando la tensión a la que trabaja el tubo de rayos X, utilizando dos tubos de rayos X con kilovoltajes distintos, o incluso, modificando el filtrado del haz. Debido a las propiedades de atenuación específicas de los distintos materiales que puedan encontrarse en el objeto de estudio, se pueden obtener imágenes ligeramente diferentes para cada energía empleada. En principio este método es una técnica de linealización en donde no se requiere conocer la composición espectral del haz ni los coeficientes de atenuación de los materiales que componen el objeto [16], obteniendo de forma empírica la información necesaria para corregir la relación no lineal resultante del endurecimiento de haz. El método de corrección de artefactos por endurecimiento de haz mediante energía dual ha sido descrito en la literatura con distintos enfoques [14, 16, 17]. Además de que requiere un doble barrido del objeto de estudio, el método es complejo, difícil de implementar y muy sensible al ruido [14]. 13 1.4.4 Método de señal linealizada a grosor equivalente (LSET) Como se mencionó en la parte introductoria de este documento, en este trabajo se estudia el método de señal linealizada a grosor equivalente(LSET por sus siglas en inglés) propuesto por D. Vavrik y J. Jakubek [1]. Dichos autores proponen este método empírico para mejorar imágenes radiográficas y corregir los efectos producidos por el endurecimiento de haz en reconstrucciones tomográficas. Si bien Vavrik y Jakubek discuten la utilidad del método LSET en estudios de microCT con materiales inorgánicos, a la fecha no existe una descripción completa de su aplicación con animales pequeños. El método y su implementación en microtomografía de rayos X con haz de cono se describen detalladamente en el siguiente capítulo. 14 2 Metodología experimental En este capítulo se describe el método empleado para la obtención de imágenes tomográficas mediante el equipo de microtomografía de rayos X, desarrollado en el Laboratorio de Física Médica del Instituto de Física de la UNAM. Además se describe el proceso de corrección de artefactos por endurecimiento de haz de señal linealizada a grosor equivalente (LSET). La técnica de corrección fue validada mediante simulaciones computacionales del proceso de adquisición tomográfica utilizando la técnica de trazado de rayos [18]. Con la simulación se obtienen imágenes con características muy similares a las del equipo del laboratorio, pero con la ventaja de no incluir componentes de dispersión ni ruido, además de considerar un sistema con alineación perfecta. Posteriormente se emplea el método LSET para realizar correcciones en imágenes obtenidas directamente con el microCT. En este capítulo también se realiza una descripción de los distintos maniquíes empleados, tanto en la parte de simulación como en la parte experimental del análisis. 2.1 Micro-CT Las proyecciones tomográficas necesarias para reconstruir las imágenes tomográficas del sujeto de estudio se obtuvieron con el microtomógrafo de rayos X que forma parte del proyecto SIBI. Una descripción detallada de las características del sistema, así como de su funcionamiento puede encontrarse en las referencias [19, 20]. La Figura 2.1 muestra los principales elementos del microCT: Tubo de rayos X (Figura 2.1 b), marca Oxford, Apogee XTG5011. El tubo esta compuesto por un ánodo de Tungsteno con una mancha focal de 35 µm y un haz de cono con ángulo de 22°. Opera con una corriente máxima de ánodo de 1 mA, y con un voltaje máximo de 50 kVp. Cuenta con una ventana de berilio de 0.005 pulgadas y un filtro adaptado de Aluminio de 1 mm de grosor. Detector de panel plano (Figura 2.1 a), marca Rad-icon, Shad-o-Box 2048 compuesto por cuatro paneles de detección (Fotodiodos CMOS) acoplados a una pantalla centelleadora Kodak Min-R (Gd2O2S ≈80 µm) de 2048x1024 pixeles de 48 µm cada uno, con una profundidad de resolución por pixel de 12 bits. 15 Base giratoria (Figura 2.1 c) Standa Inc., que además permite ajustes de traslación. Los tres elementos se encuentran fijos a una mesa óptica, con el detector y el tubo de rayos X en los extremos, y la base giratoria, en donde se coloca el sujeto de estudio, entre ambos. La Figura 2.1 también señala la distancia fuente objeto (DFO) y la distancia fuente detector (DFD), que en este trabajo se mantuvieron fijas en 218 mm y 298 mm, respectivamente, lo cual resulta en una magnificación de la imagen de 1.37. El sistema deberá de estar perfectamente alineado para evitar artefactos en las reconstrucciones tomográficas [7]. De acuerdo con lo reportado por M. Karolczak [21], un sistema tomográfico con geometría de haz de cono se encuentra perfectamente alineado cuando: a. La línea recta que atraviesa el centro del detector y que es perpendicular a su superficie atraviesa el punto focal del tubo de rayos X. Figura 2.1. MicroCT del proyecto SIBI. (a) Detector, (b) tubo de rayos X, (c) base giratoria. Se muestran la distancia fuente detector (DFD) y la distancia fuente objeto (DFO). z x y 16 b. El eje de rotación del sistema es paralelo a las columnas del detector y cada proyección es proyectada sobre la columna central. Debido a la alta precisión requerida para obtener las condiciones antes descritas es prácticamente imposible obtener una alineación perfecta en el laboratorio. Por lo tanto, se recurre a técnicas de calibración mediante las cuales se determinan los valores de los parámetros que determinan la desalineación. Estos parámetros de calibración hacen posible realizar correcciones a las proyecciones obtenidas para el proceso de reconstrucción y de esta forma minimizar o evitar los artefactos que la desalineación del sistema pueda provocar. La obtención de los valores de estos parámetros no es trivial y se ha diseñado un protocolo de calibración de alineación para el microCT del proyecto SIBI [20]. Para un estudio típico de microtomografía se toman entre 180 y 360 proyecciones radiográficas alrededor del sujeto, con incrementos angulares de la base giratoria de 2° y 1° respectivamente. Cada proyección contiene las mediciones de la intensidad transmitida ( ) del haz de rayos X, que resulta de la interacción del haz con el objeto de estudio. Las proyecciones radiográficas se almacenan en un ordenador en formato de imagen una tipo RAW con un tamaño de 2048 x 1024 pixeles. De estas imágenes se obtienen las proyecciones tomográficas ( ) necesarias para la obtención de imágenes tomográficas en el proceso de reconstrucción. El sistema permite la obtención de imágenes planas, es decir proyecciones radiográficas sin rotación del objeto de estudio. Para la adquisición de las imágenes es necesario establecer parámetros de operación: la tensión a la que trabaja el tubo de rayos X, definida en kilovolts-pico (kVp), la corriente de operación en miliamperes (mA), el tiempo de exposición en milisegundos (ms) y el tamaño de paso para el ángulo de rotación . Para todas las pruebas (con excepción del estudio realizado en un roedor pequeño) se utilizó el denominado espectro de prueba estándar que se obtienen mediante la operación del microCT a 50 kVp, corriente de 0.8 mA y una exposición de 500 ms. Para todos los estudios de microCT se tomaron 360 proyecciones con incrementos angulares de 1°. 17 2.2 Maniquíes de prueba para el microCT Para el análisis de los efectos que produce el endurecimiento de haz en la reconstrucción tomográfica se utilizaron tres maniquíes distintos, diseñados y construidos en el laboratorio de Física Médica del Instituto de Física de la UNAM. Un maniquí tipo Defrise, un maniquí de agua y un maniquí para la calibración de unidades Hounsfield (Figura 2.2). Sus características principales se resumen en la Tabla 2.1, y se presenta a continuación una descripción de cada uno de ellos. 2.2.1 Maniquí Defrise Consiste en discos intercalados de Polimetilmetacrilato (PMMA) y poliestireno, de 1.5 mm de altura y 3.0 mm de grosor respectivamente, ambos con un diámetro de 25.4 mm. Los discos están encapsulados en un tubo de PMMA de 32 mm de diámetro y 7.5 cm de largo con una pared de 3 mm de espesor (Figura 2.2 a). Este tipo de maniquí se emplea para la evaluación de algoritmos de reconstrucción tomográfica para geometrías con haz de cono. No obstante, su composición material hace posible el análisis de imágenes tomográficas en donde se pueden encontrar dos materiales distintos con diferentes propiedades de atenuación, como se observa en la Tabla 2.2 en donde se puede ver que para la energía efectiva del espectro de prueba estándar el coeficiente de atenuación lineal es mayor para el PMMA que para el poliestireno. La Figura 2.3 muestra además los coeficientes másicos de atenuación para estos dos materiales en el intervalo de energía de interés radiográfico. Figura 2.2. Maniquíes utilizados para la obtención de imágenes tomográficas. (a) Maniquí tipo Defrise, (b) maniquí de agua, (c) maniquí para calibración de unidades Hounsfield. 18 Tabla 2.1. Dimensiones y composición de los maniquíesutilizados en las pruebas experimentales con el microCT. Maniquí Defrise Maniquí de agua Maniquí para calibración de unidades Hounsfield D im en si o n es Cilindro de PMMA: Altura :7.5 cm Diámetro exterior: 3.2 cm Diámetro interior: 2.54 cm Cilindro de Poliestireno: Altura: 10 cm Diámetro exterior: 30 mm Diámetro interior: 28 mm Cilindro de material agua equivalente: Altura: 2 cm Diámetro: 3 cm Discos de PMMA: Altura: 1.5 mm Diámetro: 2.54 cm Inserciones: Altura: 2 cm Diámetro: 5 mm Discos de Poliestireno: Altura: 3.0 mm Diámetro 2.54 cm 2.2.2 Maniquí de agua Consiste en un contenedor cilíndrico de poliestireno de 30 mm de diámetro exterior y 10 cm de largo con 1 mm de grosor, relleno de agua (Figura 2.2 b). La elección de este maniquí para la realización de pruebas radica en que en general los organismos biológicos se encuentran compuestos principalmente de agua. Además, los cortes tomográficos permiten analizar una región homogénea compuesta por un mismo material, en donde cualquier tipo de artefacto deberá ser evidente. Cabe hacer notar que el poliestireno es un material más atenuante que el agua, como se puede verificar en la Tabla 2.2. Sin embargo, el grosor del contenedor es muy delgado a comparación de la masa de agua que contiene, por lo cual se espera que los efectos producidos por la presencia del contenedor no sean significativos. Tabla 2.2. Propiedades de los materiales que componen el maniquí Defrise y el maniquí de agua. Material Densidad [g cm -3 ] Número atómico efectivo Coeficiente de atenuación lineal (a 22.4 keV) [g -1 ] PMMA 1.190 6.236 0.6034 Poliestireno 1.060 5.613 0.3949 Agua 1.000 7.217 0.6310 Aluminio 2.699 13.000 2.8859 19 Figura 2.3. Coeficientes de atenuación másico en el intervalo de interés radiológico para: aluminio, PMMA, poliestireno y agua. 2.2.3 Maniquí para calibración de Unidades Hounsfield De la misma forma, se realizaron mediciones con un maniquí diseñado para la calibración de unidades Hounsfield (Figura 2.2 c). Este maniquí esta compuesto por un cilindro de material agua-equivalente para bajas energías o LE por sus siglas en inglés (CIRS, Tissue Simulation and Phantom Technology, Norfolk, VA, EE.UU.) con inserciones de diversos materiales. La Figura 2.4 presenta un esquema que representa un corte transversal del maniquí en cuestión. Además, se señala el material que compone cada una de las inserciones. Todos los materiales tejido- equivalente fueron adquiridos de CIRS, Tissue Simulation and Phantom Technology, Norfolk, VA, EE.UU. Información detallada acerca de la composición de cada uno de estos materiales Energía (keV) 0 50 100 150 200 C o e fi c ie n te d e a te n u a c ió n m á s ic o ( ) 0.1 1 10 100 Aluminio PMMA Poliestireno Agua 20 puede ser encontrada en el trabajo reportado por Woodard y White [22]. La Tabla 2.3 contiene las propiedades de los distintos materiales que componen al maniquí. Materiales: 1. Tejido adiposo 2. Hueso trabecular 3. Agua HE 4. Hueso cortical 5. Pulmón en exhalación 6. PMMA 7. Teflón 8. Pulmón en inhalación Figura 2.4. Esquema de un corte transversal del maniquí diseñado para la calibración de Unidades Hounsfield. Se señalan las dimensiones en milímetros y la composición de las inserciones. 21 Tabla 2.3. Propiedades de los materiales que componen el maniquí para calibración de Unidades Hounsfield. Material Densidad [g cm -3 ] Número atómico efectivo Coeficiente de atenuación lineal (a 22.4 keV) [g -1 ] Hueso trabecular 1.18 7.765 1.5576 Agua HE 1.02 7.230 0.6446 Hueso cortical 1.92 10.866 6.4516 Pulmón en exhalación 1.05 7.141 0.6804 PMMA 1.19 6.236 0.6034 Teflón 2.20 8.280 1.6170 Pulmón en inhalación 1.05 7.116 0.6794 Tejido adiposo 0.95 6.189 0.4797 Agua LE 1.01 7.230 0.6383 2.2.4 Roedor Para conocer los efectos del endurecimiento de haz, así como la efectividad del método LSET para la corrección de los artefactos que se puedan producir, se utilizaron las proyecciones radiográficas de un estudio previo de un ratón [23]. El animal en cuestión es un ratón Balb/C de 20 g sacrificado. Para la realización del estudio, el roedor es colocado dentro de un tubo de PMMA que permite mantener al animal en posición vertical. Además, el tubo contiene las marcas fiduciales que se requieren para poder fusionar el estudio de microCT con estudios de microtomografía por emisión de positrones (microPET). Para el estudio se tomaron 360 proyecciones radiográficas con incrementos angulares de 1°, con una tensión del tubo de rayos X de 40 kVp, una corriente de 0.8 mA y una exposición de 500 ms. 2.3 Pre-procesamiento de las imágenes Una vez obtenidas las proyecciones radiográficas en el microtomógrafo, éstas se procesaron para corregir pixeles defectuosos y por la no uniformidad en la ganancia de los pixeles. Los pixeles defectuosos se eliminan mediante el programa ImageJ [24] utilizando la herramienta para la eliminación de outliers que reemplaza el valor de un pixel por la mediana de los pixeles que se encuentran alrededor de un radio predefinido si el pixel en cuestión se desvía del valor de la mediana por un valor umbral, también predefinido. La rutina presenta una interfaz gráfica en dónde se seleccionan los valores en pixeles para el radio, el valor umbral y se especifica si se 22 desea reemplazar los pixeles que sean más brillantes o más obscuros que la mediana. Todas las imágenes de este trabajo fueron corregidas con esta rutina utilizando un valor de radio igual a 2 pixeles, un valor umbral igual a 50, reemplazando pixeles tanto más brillantes como obscuros que la mediana de los pixeles que lo rodean. También se realizó la corrección por ganancia en la respuesta del detector y la corrección por offset de las imágenes mediante el programa ImageJ [24] con la utilidad de complemento normalize. La utilidad emplea para la corrección por ganancia una imagen o de campo plano (“FF” por sus siglas en inglés), que consta de una proyección radiográfica sin ningún objeto entre la fuente y el detector. La corrección por offset, consiste en eliminar el ruido electrónico proveniente del detector mediante la sustracción de una imagen nula o , es decir una adquisición tomada con el tubo de rayos X apagado. Todas las imágenes se obtuvieron con el espectro de prueba estándar y con los mismos parámetros de operación con que se obtuvo la imagen que se desea corregir. La utilidad normalize realiza la siguiente operación con la imagen y sobre la que se desea corregir: 2.1. Donde es un factor de escala al cual se le asignó el valor de 4096 para mantener la profundidad de 12 bits de la imagen resultante . Para todas las mediciones realizadas con el microCT se tomaron seis imágenes y seis imágenes que se promediaron para la obtención de una sola imagen y una sola imagen con el fin de reducir las variaciones estadísticas. Con el fin de reducir los tiempos de cálculo computacional todas las imágenes se redujeron de 2048 x 1024 pixeles a 512 x 256 pixeles almacenadas en formato “TIFF” de 16 bits. Finalmente las proyecciones procesadas se sometieron a un proceso de reconstrucción basado en el algoritmo de Feldkamp [25], para la obtención de imágenes tomográficas de 256 x 256 pixeles. Una descripción más detallada de los procedimientos descritos en esta sección fue reportada por Soberanis [20]. 23 2.4 Simulación de proyecciones Para validar el método de corrección LSET se utilizaron proyecciones radiográficas simuladas con un tamaño de 512 x 256 pixeles con una profundidad de 16 bits almacenadas en formato “TIFF”. Para este fin se utilizó el programa Take V. 3 desarrollado por O. Seger y M. Magnusson Seger [26].El programa simula la adquisición de proyecciones para tomografía en haz de cono usando la técnica de trazado de rayos [18]. El programa simula la geometría del microtomógrafo, tomando en cuenta la distancia fuente detector y la distancia fuente objeto, así como el número de proyecciones que se toman alrededor del objeto con los incrementos angulares correspondientes. Se utilizó la misma geometría del sistema que compone al microCT con una DFO = 218 mm y DFD = 298 mm, resultando en imágenes con una magnificación de 1.37.La simulación requiere un archivo de datos con el espectro de rayos X con el que se desean obtener las proyecciones. Para todas las simulaciones se utilizó la información del espectro calculado [4] de un tubo de rayos X con ánodo de tungsteno filtrado con 1 mm de aluminio, similar al tubo del microtomógrafo del laboratorio. Es importante hacer notar que los cálculos de atenuación de la radiación que realiza el programa no toman en cuenta efectos de dispersión. La simulación también permitió obtener proyecciones radiográficas con un haz monoenergético, condición bajo la cual las proyecciones generadas se encuentran libres de los efectos del endurecimiento de haz. Debido a esto, las imágenes tomográficas reconstruidas a partir de estas proyecciones sirvieron como punto de comparación para evaluar la efectividad del método de corrección empleado. 2.5 Maniquíes de prueba simulados Los maniquíes digitales que se usan en la simulación se describen mediante objetos geométricos, tales como cilindros, elipses de revolución y planos. Los materiales que constituyen los objetos se definen en archivos de datos que contienen los coeficientes lineales de atenuación para cada material. Se emplearon las mimas características de los materiales empleados para las mediciones con el microCT presentadas en la Tabla 2.2. Para estudiar los efectos del endurecimiento de haz así como la efectividad del método de corrección empleado se simularon tres maniquíes distintos. Un maniquí tipo Defrise con las dimensiones similares y con la misma composición que las del maniquí usado en las adquisiciones experimentales del microtomógrafo. Un cilindro de agua, sin 24 contenedor, y un cilindro de agua con cuatro inserciones cilíndricas de aluminio. En la Figura 2.5 se muestra una de las proyecciones simuladas para cada uno de los maniquíes mientras que sus dimensiones y composición pueden ser consultadas en la Tabla 2.4. (a) (b) (c) Figura 2.5. Proyecciones radiográficas simuladas de distintos maniquíes: (a) Maniquí tipo Defrise simulado con las mismas dimensiones y composición que el maniquí usado en el laboratorio, (b) cilindro de agua y (c) cilindro de agua con inserciones cilíndricas de aluminio. Tabla 2.4. Dimensiones y composición de los maniquíes simulados. Defrise Cilindro de agua Cilindro de agua con inserciones de aluminio D im en si o n es Cilindro de PMMA: Altura : 5 cm Diámetro exterior: 3.2 cm Diámetro interior: 2.54 cm Cilindro de agua Altura: 5 cm Diámetro: 3 cm Cilindro de agua: Altura: 5cm Diámetro: 3 cm Discos de PMMA: Altura: 1.6 mm Diámetro: 2.54 cm Inserciones de aluminio: Altura: 5cm Diámetro: 3 mm Discos de Poliestireno: Altura: 3.2 mm Diámetro 2.54 cm 25 2.6 Método de corrección de señal linealizada a grosor equivalente (LSET) Para corregir los artefactos producidos por el fenómeno de endurecimiento de haz en las imágenes tomográficas obtenidas mediante el microCT del proyecto SIBI, se utilizó el método de señal linealizada a grosor equivalente propuesto recientemente por D. Vavrik y J. Jakubek [1]. El método corrige los efectos del endurecimiento del haz en las proyecciones adquiridas transformando el valor, pixel por pixel, de la señal a un grosor equivalente de un determinado material. El método se divide en dos partes, primero un proceso de calibración seguido por el de corrección de las proyecciones. Ambas partes del método se describen a detalle a continuación. 2.6.1 Calibración Para el proceso de calibración se utilizan como filtros placas planas, paralelas y homogéneas de un mismo material, con lo que se obtienen distintos grosores de filtro de un material dado. Para la evaluación de la efectividad del método en relación con el tipo de material empleado, se realizaron tres calibraciones distintas: con láminas de aluminio, PMMA y material plástico agua- equivalente. Los filtros se colocaron a la salida del tubo de rayos X, como se muestra en la Figura 2.6. Es importante hacer notar que las imágenes de calibración deben obtenerse bajo las mismas condiciones y con los mismos parámetros de adquisición con los que se tomen las proyecciones radiográficas del objeto de estudio para las cuales se desea aplicar la corrección. Figura 2.6. Microtomógrafo de rayos X con filtros de calibración colocados a la salida del tubo. 26 Se adquirieron seis imágenes de cada grosor de filtrado, y con ellas se obtuvo una imagen promedio para cada uno de los grosores correspondientes con el fin de reducir las variaciones estadísticas. Mediante estas imágenes es posible calibrar para cada pixel del detector la señal de atenuación obtenida en relación con el grosor de filtrado. Un ejemplo de la señal de calibración , para el pixel central del detector, con aluminio (Aluminio 1100, 07-430 HVL Attenuators, Nuclear Associates) como material de calibración, se muestra en la Figura 2.7, cabe hacer notar que debido a que la imagen es bastante uniforme, las barras de error son poco visibles. La incertidumbre de estas mediciones fue tomada de la desviación estándar de los valores que se promediaron en un radio de 10 pixeles alrededor del pixel central para cada grosor. Figura 2.7. Señal de calibración normalizada a la unidad en en función de los grosores de calibración de aluminio para el pixel central del detector. La curva mostrada señala las rectas ajustadas localmente que unen cada medición. Para una imagen de calibración de pixeles, mediante el proceso de calibración se obtuvo para el -ésimo pixel una señal en función de los grosores de filtro . Debido a que la señal de calibración describe la atenuación de la intensidad del haz, es válido suponer que en cada punto es posible ajustar localmente una función exponencial [27]. Para lograr lo anterior, primeramente se obtiene el logaritmo natural de , lo que permite trabajar con Grosor de calibración (mm) 0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 3.5 4.0 In te n s id a d r e la ti v a ( U A ) 0.0 0.2 0.4 0.6 0.8 1.0 27 ecuaciones lineales en lugar de ecuaciones no lineales y calcular las pendientes de las rectas ajustadas entre cada medición de calibración de cada pixel: ( ) 2.2 Todas estas simulaciones y mediciones, tanto proyecciones para reconstrucción como imágenes de calibración, se realizaron utilizando el haz de prueba estándar de 50 kVp producido por el tubo de rayos X que se compone de un ánodo de tungsteno y se filtra con 1 mm de aluminio y opera con una intensidad de corriente de 0.8 mA con una exposición de 500 ms en el caso de las mediciones. Adicionalmente se empleó un espectro de 40 kVp con filtrado de 1 mm de aluminio, con intensidad de corriente de 0.8 mA con exposición de 500 ms para la microtomografía de un ratón. Para todos los estudios tomográficos se tomaron 360 proyecciones con incrementos de 1° entre cada una. La Tabla 2.5 muestra los distintos grosores y materiales de calibración utilizados para el método de corrección LSET implementado en las proyecciones adquiridas mediante simulaciones. Para el caso de aluminio y agua, en las simulaciones se utilizaron dos conjuntos de calibradores con distintos grosores para evaluar la efectividad del método. El conjunto Aluminio-2 contienelos mismos grosores que el conjunto Aluminio-1, pero adicionalmente cuenta con grosores de filtro en incrementos de 0.1 mm de 0 hasta 0.5 mm. De la misma forma el conjunto de Agua-2 contiene los mismos grosores de filtro que el conjunto Agua- 1, pero con incrementos de 0.1 mm de 0 a 1.0 mm e incrementos de 0.2 mm de 1.0 a 2.0 mm. 28 Tabla 2.5. Grosores de filtro para los materiales de calibración usados en las simulaciones. MATERIAL Grosores: , , ,… (mm) Aluminio-1 0.0, 0.5, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5, 3.0, 3.5, 4.0 Aluminio-2 0.0, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5, 3.0, 3.5, 4.0, 4.5, 5.0 PMMA 0.0, 2.0, 4.0, 6.0, 8.0, 17.28, 27.30, 36.55, 45.85 Agua-1 0.0, 2.0, 4.0, 6.0, 9.0, 12.0, 15.0, 20.0, 25.0, 30.0, 50.0 Agua-2 0.0, 0.1, 0.2, 0.3, 0.4, 0.5, 0.6, 0.7, 0.8, 0.9, 1.0, 1.2, 1.4, 1.6, 1.8, 2.0, 4.0, 6.0, 9.0, 12.0, 15.0, 20.0, 25.0, 30.0, 50.0 La Tabla 2.6 contiene los grosores de filtro de los distintos materiales que se emplearon en el proceso de calibración. A diferencia del proceso simulado de calibración, sólo se obtuvo un conjunto de calibraciones por tipo de material debido a que los grosores de filtro empleados corresponden a los grosores de los materiales disponibles en el laboratorio. Tabla 2.6. Grosores de filtro para los materiales de calibración usados en los resultados experimentales. MATERIAL Grosores: , , ,… (mm) Aluminio (Aluminio 1100, 07-430 HVL Attenuators, Nuclear Associates) 0.0, 0.5, 1.0, 1.5, 2.0, 2.5, 3.0, 3.5, 4.0 Polimetilmetacrilato (PMMA o Lucita comercial) 0.0, 2.0, 4.0, 6.0, 8.0, 17.28, 27.30, 36.55, 45.85 Agua sólida ( 457-CTG, Gammex, Middleton WI) 0.0, 2.0, 4.0, 6.0, 9.0, 12.0, 15.0, 20.0, 25.0, 30.0, 50.0 2.6.2 Corrección La corrección por los efectos producidos por el endurecimiento de haz se realiza sobre las proyecciones radiográficas adquiridas con las mediciones de la señal atenuación del objeto, en cada pixel del detector. El número de imágenes corresponderá al número de proyecciones radiográficas que se adquieran alrededor del sujeto durante el estudio del microCT. Por ejemplo: 360 si las proyecciones alrededor del sujeto se toman en incrementos angulares de 1°, o 180 si los incrementos angulares son de 2°. Se compara la señal con los valores de 29 calibración , pixel por pixel para las imágenes y se transforma la señal a un grosor equivalente correspondiente a los filtros de calibración: [ ( ) ( )] 2.3 De esta forma se obtendrán proyecciones de pixeles con valores correspondientes a grosores equivalentes del material de calibración utilizado. Por medio de estas proyecciones se pueden obtener reconstrucciones tomográficas del objeto de estudio en las cuales se espera que los artefactos por endurecimiento de haz hayan sido corregidos. 2.7 Implementación numérica del método LSET Para la implementación del método de corrección de señal linealizada a grosor equivalente (LSET) descrito con anterioridad, se programó una rutina en Matlab [28]. A continuación se describe detalladamente el funcionamiento de la rutina. El programa requiere: Las imágenes con la señal de calibración. Las imágenes de calibración correspondiente a los grosores de filtro deben de estar agrupadas en un “stack” en formato de archivo tipo TIFF. Las proyecciones del estudio con el microCT. Las imágenes que contienen las proyecciones radiográficas del objeto de estudio también deberán estar agrupadas en un “stack” en formato de archivo tipo TIFF. Un archivo de datos de Matlab tipo MAT que contenga los grosores de calibración en centímetros. Tanto las imágenes de calibración como las proyecciones del estudio con microCT deben de estar orientadas de forma tal que el eje de rotación del sistema se encuentre en posición vertical. Las dimensiones de las imágenes de calibración y de las imágenes de estudio deben ser las mismas. 30 El programa lee ambos conjuntos de imágenes así como el archivo de datos con los grosores de filtro . Los datos obtenidos de las imágenes se normalizan para que los dos conjuntos de datos se encuentren en una misma escala de grises. Los grosores de calibración y los datos escalados son almacenados en un archivo de datos. En la etapa de calibración se calculan las pendientes para cada pixel utilizando los datos de las imágenes de calibración y los grosores de filtro mediante un ciclo que repite el cálculo mostrado en la ecuación 2.1. Los resultados, las pendientes , son almacenadas en un archivo de datos. En la etapa de corrección se trabajan las proyecciones de estudio una por una. Se compara la señal del -ésimo pixel con su correspondiente curva de calibración y se determina el intervalo de los grosores de calibración en que cae el valor de de forma tal que . La posición del intervalo se guarda en una matriz de tamaño de tal forma que al haber terminado de comparar la proyección de estudio se tendrá una matriz del mismo tamaño, que contiene las posiciones de los intervalos en los que la señal de cada pixel cae con respecto a su correspondiente señal de calibración A continuación se realiza la transformación de señal de atenuación a grosores equivalentes . Se cargan al programa los valores de las pendientes calculadas en el proceso de calibración. La transformación se realiza pixel por pixel. Para el -ésimo pixel, primero se localiza la posición dentro del intervalo de calibración, asignada en la -ésima posición de la matriz . Esta posición define el valor de la pendiente que se usará para la transformación a grosor equivalente de acuerdo con la ecuación 2.2. El mismo proceso se repite para las proyecciones de estudio. Finalmente los nuevos valores en grosor equivalente se almacenan como imágenes agrupadas en “stack” en formato tipo TIFF. 31 2.8 Método de corrección con agua (WCM) El método de corrección con agua o WCM por sus siglas en inglés (Water Correction Method), pertenece al grupo de métodos de linealización utilizados para la corrección de los efectos del endurecimiento de haz en imágenes de CT y es el método más usado en tomografía clínica. El método consiste en la calibración del tomógrafo utilizando un maniquí que consiste en un cilindro de agua; Normalmente se realizan calibraciones independientes para cabeza y tórax con maniquíes de tamaños similares a estas regiones anatómicas del paciente. En esta tesis se utilizó el método de corrección reportado por G. T. Herman [13], adaptado en este trabajo para corregir las proyecciones obtenidas con el microCT del laboratorio. La implementación del método comienza con la calibración del equipo mediante el maniquí de agua, la cual consiste en la adquisición de una proyección radiográfica con el microCT bajo las mismas condiciones, es decir con los mismos parámetros de operación (energía y corriente del tubo de rayos X) y con la misma geometría del sistema con que se desean realizar los estudios de microtomografía. La calibración se realizó utilizando el microCT del laboratorio con una tensión del tubo de rayos X de 50 kVp y 0.8 mA y 500 ms. La geometría del sistema se mantuvo con los parámetros descritos en la sección 2.1 (DFO = 218 mm y DFD = 298 mm). Para la calibración se utilizó el maniquí de agua que se muestra en la Figura 2.2 (b), y cuyas características se describen en la sección 2.2.2. De la imagen plana obtenida, mostrada en la Figura 2.8 (a), se obtuvo el perfil de la intensidad de la imagen a lo largo del plano central. A partir de este perfil se obtuvo la proyección tomográfica, definida como el negativo del logaritmo natural del cociente de la intensidad de la imagen por pixel con la intensidad máxima de la imagen: ( ) 2.4 Como se puede observar, está dado en función de la posición del pixel en la imagen, y debido a que el objeto es cilíndrico, cada valor de intensidad por pixel corresponde a la atenuación de la intensidad del haz por distintos grosores del material de calibración; los grosores menores se encuentran en la periferia de la imagen y se incrementan hasta llegar a su máximo en el centro. 32 Como se muestra en la Figura 1.3 las proyecciones en función del grosor no siguen un comportamiento lineal para el caso polienergético, lo cual, como ya se explicó, provoca los artefactos por endurecimiento de haz en las imágenes tomográficas. El método de corrección con agua permite ajustar las proyecciones tomográficas a la curva lineal que describen las proyecciones tomográficas obtenidas con un haz monoenergético. Debido a que no se cuenta con una fuente monoenergética en el laboratorio, las proyecciones monoenergéticas se obtuvieron por medio de simulaciones. De la misma forma en que se obtuvieron las simulaciones descritas en la sección 2.3, se simuló una proyección del maniquí de agua que se muestra en la Figura 2.2 (b). La imagen de la proyección simulada se presenta en la Figura 2.8 (b). La proyección para el caso monoenergético se obtiene a partir de la imagen antes mencionada de la misma forma en que se obtuvo la proyección : ( ) 2.5 33 (a) (b) Figura 2.8. Proyeccion de calibración de un maniquí que consiste en un cilindro de poliestireno relleno de agua para el método WCM. En (a) se muestra la proyección obtenida con el microCT del laboratorio, obtenida a 50 kVp y 0.8 mA. En (b) se muestra la proyección obtenida mediante la simulación del maniquí con un haz monoenergético de 22.4 keV, la energía efectiva del espectro del tubo de rayos X del laboratorio. Las curvas de los perfiles y medidos a lo largo del plano ccentral de las imágenes se muestran en la Figura 2.9. Por medio de estos perfiles se obtuvo un polinomio ∑ , de cuarto orden el cual permita ajustar las proyecciones tomográficas a la curva que describen las proyecciones tomográficas del caso ideal o monoenergético: ( ) ∑ 2.6 El polinomio se obtiene introduciendo los valores de y en la función “polyfit” de Matlab [28] donde también se especifica el grado del polinomio que se desea obtener. La función devuelve los coeficientes del polinomio. Para el caso en cuestión los coeficientes resultantes calculados mediante Matlab fueron: Mediante los coeficientes calculados se puede ajustar cualquier proyección medida al caso ideal y de esta forma corregir los efectos del endurecimiento de haz. Para realizar una corrección con el método con agua, se toman todas las proyecciones tomográficas correspondientes a las 34 imágenes adquiridas mediante el microCT del laboratorio y se ajustan al caso ideal o monoenergético. Longitud (pixels) 0 50 100 150 200 250 P ro y e c c ió n ( - ln (I /I m a x ) (U A ) 0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 m(x) p(x) Figura 2.9. Proyecciones calculadas de los perfiles medidos a lo largo del plano central de las imágenes mostradas en la Figura 2.8. La línea sólida muestra la proyección para el caso ideal (monoenergético) mientras que la línea punteada muestra las proyección calculada de la imagen obtenida con el microCT. Más adelante, en el capítulo correspondiente a los resultados, se muestran las reconstrucciones tomográficas obtenidas de las proyecciones corregidas con este método. 2.9 Análisis cuantitativo de la corrección por endurecimiento de haz Para poder evaluar la eficacia de las correcciones por endurecimiento de haz realizadas sobre las reconstrucciones tomográficas, en una forma cuantitativa, se obtuvo la diferencia porcentual promedio entre los valores medidos en escala de grises de los bordes de los maniquíes, donde el efecto del endurecimiento de haz es despreciable, y los valores de perfiles medidos a lo largo de la región de interés que se desea evaluar. Primeramente se obtiene el perfil de la imagen tomográfica, el cual debe de trazar una trayectoria que atraviese los bordes del maniquí y la zona en donde se desea evaluar la corrección. Posteriormente se normalizan los datos dividiéndolos entre el valor obtenido en el borde del 35 maniquí. Al valor normalizado de los bordes del maniquí que equivale a la unidad se le resta el resto de los valores correspondientes al perfil medido. De estos valores se obtiene el promedio y su desviación estándar. El promedio corresponde a la diferencia porcentual promedio (DPP), cuyo valor cuantifica el nivel de corrección por endurecimiento de haz. Un valor positivo de la diferencia porcentual promedio nos dice en que porcentaje se diferencia nuestra imagen evaluada del caso libre del artefacto de copa, o que tan pronunciadas son las estrías. Por otro lado, un valor negativo nos permite conocer en que grado se esta obteniendo una sobrecorrección. En todo caso, el valor que se desea alcanzar para este parámetro será cero, de forma que la imagen se encuentre libre de artefactos por endurecimiento de haz y que no contenga sobrecorrecciones. Por otra parte, la desviación estándar calculada permite cuantificar el grado en que se presentan fluctuaciones sobre la imagen corregida, ya sea por ruido o irregularidades en el proceso de corrección: Entre mayor es este parámetro, mayores serán las variaciones en el perfil medido de la imagen, que para el caso de un corte tomográfico en donde se analiza un objeto de composición homogénea se espera que las fluctuaciones sean mínimas. Para el caso del maniquí para calibración de unidades Hounsfield, se calcularon los valores de unidades Hounsfield mediante mediciones de la escala de grises, que corresponde al coeficiente de atenuación lineal, en cada uno de las regiones de la reconstrucción tomográfica que corresponde a cada material de acuerdo con la Figura 2.4. Se utilizó el valor promedio de una región de interés circular de 5 pixeles de radio, así como su desviación estándar para el cálculo de incertidumbre. Se uso como referencia el valor obtenido para la región central del maniquí compuesto de agua para bajas energías (agua LE) en la ecuación para el cálculo de unidades Hounsfield: 2.7 Donde representa el valor medido en la región de interés del material del que se desean obtener sus unidades Hounsfield, del medido para la región central del maniquí compuesta por material agua-equivalente y del valor medido para una región fuera del maniquí donde se encuentra el aire. 36 Con los datos de la composición de los materiales tejido-equivalente y las tablas de coeficiente másico de atenuación obtenidas del portal XCOM del NIST [3] se calculó el coeficiente de atenuación lineal para los materiales en cuestión a la energía efectiva del haz de prueba estándar que corresponde a 22.4 keV. Esto sirvió como punto de comparación para los datos medidos. 2.10 Análisis de artefactos producidos por ruido Como ya se ha mencionado antes, las imágenes adquiridas a través de las simulaciones no toman en cuenta fotones dispersados y además se encuentran libres de ruido. Con el fin de estudiar los efectos del ruido en las reconstrucciones tomográficas que resultan de las proyecciones corregidas mediante el método LSET, se agregó ruido en las imágenes producidas en las simulaciones. Se sabe que el ruido asociado al sistema tiene una distribución Gaussiana. Debido a que se trata de un sistema en cascada [19] donde cada componente tiene una función de probabilidad distinta, el detector como conjunto puede ser descrito con una función de probabilidadtipo Gauss [29]. Para reproducir el mismo nivel de ruido que se presenta en las imágenes adquiridas con el microCT, es necesario medir el ruido que en ellas se presenta para posteriormente agregar este mismo nivel de ruido a las imágenes simuladas. Para lograr lo anterior, se tomaron dos imágenes adquiridas con el microCT bajo las mismas condiciones y se restaron entre si haciendo uso nuevamente del programa ImageJ y su herramienta de substracción de imágenes. La imagen resultante conserva únicamente la suma en cuadratura del ruido de cada una de las imágenes. Por lo tanto una medición del histograma de la imagen resultante muestra el promedio y la desviación estándar de la variación estadística que compone el ruido en la imagen. Con esta información es posible agregar ruido Gaussiano a las imágenes simuladas mediante la función imnoise de Matlab, la cual requiere como parámetro la varianza o el cuadrado de la desviación estándar y el promedio alrededor del cual se centra la distribución. De esta forma se agrega a las imágenes simuladas, el mismo nivel ruido previamente calculado de las imágenes adquiridas con el microCT. 37 3 Resultados A continuación se presentan los resultados y el análisis realizado en relación a los artefactos producidos por el endurecimiento de haz en reconstrucciones tomográficas de distintos maniquíes. Como se verá más adelante, en las reconstrucciones realizadas se pudieron apreciar artefactos de copa y de estrías. El grado en que se presentan estos artefactos depende tanto de los parámetros de operación, así como de la calidad del espectro utilizado, del tipo de materiales y forma del objeto de estudio. Debido a esto, se realizaron pruebas utilizando distintos maniquíes y variando los parámetros de operación del microtomógrafo para la adquisición de proyecciones. El objetivo de estas pruebas fue, en primer lugar, validar el método de corrección LSET mediante la comparación con casos ideales, y en segundo lugar establecer la validez del método en relación a los materiales de calibración utilizados. Se presentan primeramente los resultados obtenidos mediante las proyecciones simuladas. Posteriormente se presentan los resultados obtenidos mediante las mediciones experimentales con el microCT del laboratorio y finalmente se hace un análisis de los efectos del ruido en proyecciones simuladas. 3.1 Simulaciones La simulación permite validar el proceso de reconstrucción utilizado para la obtención de imágenes tomográficas manteniendo condiciones ideales, que evitan la aparición de otro tipo de artefactos debidos a factores como dispersión de la radiación o desalineación del sistema. El primer objetivo de las pruebas consistió en determinar la severidad de los artefactos producidos por el endurecimiento de haz. Posteriormente se evaluó el método de corrección utilizando materiales de calibración con distintas propiedades de atenuación. La Figura 3.1 muestra las curvas de calibración para el pixel central del detector virtual correspondientes a los conjuntos de calibración de los distintos materiales que se muestran en la Tabla 2.5. La línea que une los puntos es únicamente demostrativa y sirve como guía visual para analizar el comportamiento de los resultados. Las imágenes de calibración de donde se obtuvieron estas curvas fueron simuladas bajo condiciones ideales con el haz de prueba estándar y por lo tanto las mediciones no presentan incertidumbre. El conjunto Aluminio-2 contiene los 38 mismos grosores que el conjunto Aluminio-1, pero adicionalmente cuenta con grosores de filtro en incrementos de 0.1 mm de 0 hasta 0.5 mm, de tal forma que el resto de los puntos se encuentran superpuestos. De la misma forma el conjunto de Agua-2 contiene los mismos grosores de filtro que el conjunto Agua-1, pero con incrementos de 0.1 mm de 0 a 1.0 mm e incrementos de 0.2 mm de 1.0 a 2.0 mm. Las curvas se muestran en escala semilogarítmica (base 10) en el eje correspondiente a la señal, con lo cual es posible observar que el comportamiento que describen es aproximadamente una caída exponencial, aunque a simple vista es posible observar cierta curvatura, sobre todo en la curva correspondiente al aluminio. Por esta razón se requiere un muestreo con diferentes grosores, pues no es posible ajustar una sola curva que describa de forma precisa el comportamiento de atenuación de la señal en función de los grosores de filtro. En la sección 3.2 se presentan los efectos del endurecimiento de haz en reconstrucciones tomográficas obtenidas de las proyecciones simuladas de diversos maniquíes virtuales. De igual forma se presentan los resultados de la implementación del método de corrección LSET. Para lo anterior, se utilizaron curvas de calibración resultantes de la simulación de la atenuación de la señal, con los grosores de los materiales de calibración presentados en la Tabla 2.5. 39 Figura 3.1. Señales de calibración normalizadas para el pixel central del detector obtenidas de la calibración simulada con los conjuntos de filtros cuyos grosores de filtro se encuentran en la Tabla 2.5. (a) Calibración de Alumnio-1 y Alumnio-2, (c) Agua-1 y Agua-2, y (c) PMMA. Las líneas unen los puntos para servir de guía. (a) Grosor t n (mm) 0 1 2 3 4 5 S e ñ a l d e c a lib ra c ió n n o rm a liz a d a ( U A ) 0.1 1 Al-2 Al-1 (b) Grosor t n (mm) 0 10 20 30 40 50 S e ñ a l d e c a lib ra c ió n n o rm a liz a d a ( U A ) 0.0001 0.001 0.01 0.1 1 Agua-2 Agua-1 (c) Grosor t n (mm) 0 10 20 30 40 S e ñ a l d e c a lib ra c ió n n o rm a liz a d a ( U A ) 0.001 0.01 0.1 1 PMMA 40 3.1.1 Cilindro de agua El cilindro de agua proporciona una forma sencilla de conocer los efectos producidos por el endurecimiento de haz en las reconstrucciones tomográficas. Primeramente se simularon proyecciones de este objeto con un haz monoenergético de 22.4 keV que corresponde a la energía efectiva del espectro. La Figura 3.2 (a) muestra la reconstrucción tomográfica del objeto, que corresponde a un circulo con una intensidad homogénea, tal y como es de esperar, debido a que conocemos la forma cilíndrica del objeto y que está compuesto únicamente de agua. En la Figura 3.2 (b) se puede observar el perfil medido a lo largo del diámetro de la reconstrucción tomográfica. El perfil refleja, como es de esperar, un valor prácticamente constante en la escala de grises a lo largo de la zona en la que se encuentra el corte del objeto lo cual es corroborado de forma cuantitativa con la diferencia porcentual promedio (DPP) y la desviación estándar para este caso se presenta en la Tabla 3.1 con un valor de 0.76 % y 0.13 % respectivamente. La Tabla 3.1 muestra las DPP y desviación estándar de los resultados obtenidos con este maniquí en las pruebas que se describen en esta sección (3.1.1). En contraste, la Figura 3.2 (c) representa la reconstrucción tomográfica del mismo cilindro de agua, pero obtenido mediante proyecciones simuladas con el haz de prueba estándar, en donde a diferencia del haz monoenergético los artefactos se hacen presentes. A simple vista se observa cómo la intensidad en la escala de grises disminuye desde la periferia del cilindro hacia el centro del mismo. En su perfil correspondiente mostrado en la Figura 3.2 (d) se aprecia esta disminución en la intensidad hacia el centro del objeto en cuestión, y la forma del perfil remite a la característica forma del perfil de una copa, gracias a la cual este tipo de artefacto recibe su nombre en inglés de “cupping”. Cuantitativamente el efecto copa se refleja en una DPP de 8.48 % y una desviación estándar de 2.41 %, también presentes en la Tabla 3.1. 41 (a) (b) (c) (d) Figura 3.2. Reconstrucciones tomográficas de un cilindro de agua mediante proyecciones simuladas con:
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