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UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO FACULTAD DE QUÍMICA La elutriación centrífuga como un método de sincronización de células animales en las diferentes fases del ciclo celular TESIS QUE PARA OBTENER EL TÍTULO DE QUÍMICO FARMACÉUTICO BIÓLOGO PRESENTA Rodrigo Rosas Becerril MÉXICO, D.F. 2013 UNAM – Dirección General de Bibliotecas Tesis Digitales Restricciones de uso DERECHOS RESERVADOS © PROHIBIDA SU REPRODUCCIÓN TOTAL O PARCIAL Todo el material contenido en esta tesis esta protegido por la Ley Federal del Derecho de Autor (LFDA) de los Estados Unidos Mexicanos (México). El uso de imágenes, fragmentos de videos, y demás material que sea objeto de protección de los derechos de autor, será exclusivamente para fines educativos e informativos y deberá citar la fuente donde la obtuvo mencionando el autor o autores. Cualquier uso distinto como el lucro, reproducción, edición o modificación, será perseguido y sancionado por el respectivo titular de los Derechos de Autor. JURADO ASIGNADO PRESIDENTE: Profesor: Euclides Ávila Chávez VOCAL: Profesor: José Ignacio Páramo Ramírez Secretario: Profesor: José Antonio Serrato Pérez 1er. Suplente: Profesor: Perla Deyanira Maldonado Jiménez 2ndo. Suplente: Profesor: Laura Carmona Salazar SITIO DONDE SE DESARROLLÓ EL TEMA: Departamento de Bioquímica del Instituto Nacional de Enfermedades Respiratorias “Ismael Cosío Villegas” y Departamento de Bioquímica de la Facultad de Medicina UNAM Asesor Dr. José Antonio Serrato Pérez Sustentante Rodrigo Rosas Becerril AGRADECIMIENTOS A la maestra Isaura Carrera por enseñarme que cuando creemos que todo lo sabemos es justo cuando más podemos cometer errores. A los maestros Alain Quere y José de Jesús García Valdez por mostrarme que cuando un hombre se concentra en un solo objetivo se vuelve igual de poderoso que el láser, de modo que la respuesta obvia es el cumplimiento de su meta. Al Dr. José Antonio Serrato Pérez por darme la oportunidad de trabajar en un proyecto de vanguardia, de carácter aplicativo y que pone en alto la ciencia que se desarrolla en México. A los miembros del jurado Euclides Ávila Chávez y José Ignacio Páramo Ramírez, por la revisión de los manuscritos de tesis. Agradezco al proyecto Conacyt CB-2010-155653 por el financiamiento para la realización del proyecto, la asistencia técnica de la M. en C. Vanessa Hernández del IBT-UNAM, a los Doctores Tonatiuh Ramirez del IBT-UNAM por el uso del Coulter-Multisizer, Lourival Possani del IBT-UNAM por donar la línea celular BCF2, Enrique Piña, Magdalena Vilchis, Raquel Guinzberg y Antonio Díaz Cruz por las facilidades otorgadas para el uso del equipo de elutriación en el departamento de Bioquímica de la Facultad de Medicina-UNAM. A mis hermanos y amigos de la Facultad de Química, así como de la Escuela Nacional Preparatoria No.1, Miguel, Jimena, Sandra, Martin Corona, Adrian Jaen, Griselda, Irving, Wily, Marlene, Alejandro y por supuesto a la MVZ Guadalupe Velasco con quien he crecido y madurado en los últimos años de mi vida, gracias por compartir conmigo, gracias por enseñarme, gracias por formar parte de mi vida, siempre te llevo en mi corazón. A la Familia Velasco Arguijo que siempre me ha hecho sentir como un integrante mas de su familia, gracias por todas las atenciones y cálidos recibimientos que siempre han tendió para conmigo. A Ricardo Gracia y a Manuel Pascual por ser unas magníficas personas llenas de luz que han iluminado mi camino y el de las personas que me rodean, gracias por mostrarme el verdadero propósito de la vida. Dedicatorias A mi padre Ricardo Rosas Cedillo con quien en los últimos años me he reinventado; realmente ha sido una aventura el poder reencontrarnos y de paso contagiar a la familia de este nuevo estilo de vida, gracias padre por todo tu apoyo en esta etapa, quiero que sepas que te admiro por todo lo que haz logrado y te respeto por todo lo que representas para mí. A mi madre Elvia Becerril Hernández por todo su amor y afecto incondicional, gracias por siempre confiar en mí y apoyarme en todos mis proyectos. Me siento muy orgulloso de ti madre, eres un ejemplo para mi y mis hermanos. Gracias por toda la paciencia y el apoyo que me haz brindado en esta etapa. No son suficientes las palabras cuando uno quiere decir gracias desde el corazón. A mi hermano Hugo Alberto Rosas Becerril con quien he pasado muy buenos momentos, gracias por mostrarme que ante la vida hay que tener carácter y mantener el temple en los peores momentos. Gracias por mostrarme los valores de la responsabilidad y la constancia. A mi hermano Ricardo Israel Rosas Becerril por ser un gran maestro de la vida, no sabes cuánto he aprendido de ti. En la vida no hay casualidades ni “por ques” si no lo que hay son causalidades y “para ques”. Gracias familia los amo. INDICE GENERAL 1. Indice de Figuras 1 2. Indice de Tablas 2 3. Abreviaturas 3 4. Resumen 5 5. Introducción 6 6. Antecedentes 7 6.1. Ciclo celular 7 6.2. Sincronización célular 7 6.2.1. Métodos químicos de arresto celular 8 6.2.2. Métodos físicos de sincronización celular 10 6.3. Elutriación centrifuga y sincronización 12 6.3.1. Principio de operación del método de elutriación centrífuga 12 6.4. La ingeniería de cultivo de células animales y el ciclo celular 15 7. Justificación 18 8. Objetivos 19 9. Hipótesis 20 10. Materiales y métodos 21 10.1. Modelo biológico 21 10.2. Medios de cultivo utilizados 21 10.3. Mantenimiento de células 22 10.3.1. Congelación 22 10.3.2. Descongelación 22 10.3.3. Condiciones de cultivo 23 10.3.4. Cuantificación de la concentración y la viabilidad celular 23 10.4. Determinación del tamaño celular 24 10.5. Sistema de elutriación 24 10.5.1. Procedimiento de elutriación 25 10.5.2. Preparación de muestra para inyección 28 10.6. Determinación del contenido ADN mediante citometría de flujo 29 10.6.1. Fijación celular 29 10.6.2. Tinción del ADN con colorante fluorescente 30 10.6.3. Lectura en citómetro Facs Calibur (Becton Dickinson) 30 10.7. Consideraciones Matemáticas 31 10.7.1. Velocidad especifica de crecimiento 31 10.7.2. Análisis estadístico de los datos 31 11. Resultados y discusión 33 11.1. Caracterización del sistema de elutriación 33 11.1.1. Caracterización del sistema de circulación del fluido 33 11.2. Caracterización del sistema biológico 36 11.2.1. Evaluación del crecimiento del hibridoma BCF2 36 11.2.2. Determinación del diámetro celular 38 11.2.3. Cálculo del flujo de elución empleando la ley de Stokes simplificada 39 11.2.4. Determinación del contenido de ADN mediante citometría de flujo para una población no sincronizada 40 11.3. Evaluación de la sincronía obtenida por el método de elutriación centrifuga 42 11.3.1. Evaluación de contenido de ADN de las fracciones celulares obtenidas a los flujos determinados por la Ley de Stokes simplificada 42 11.3.2. Medición del contenido de ADN en la región con mayor presencia de células en fase G1 44 11.3.3. Cinéticas de crecimiento de células sincronizadas, en frascos de cultivo de 25 cm2 49 12. Conclusiones 52 13. Perspectivas 53 14. Anexo I 54 14.1. Principios matemático de la elutriación centrifuga 54 15. Referencia 581 1. INDICE DE FIGURAS Figura 1. Esquema general del procedimiento de elutriación centrífuga. Figura 2. Esquema de la separación celular por elutriación centrífuga. Figura 3. Sistema de Elutriación Beckman Modelo JE-6B. Figura 4. Esquema de preparación de muestra. Figura 5. Calibración de la bomba Minipuls 3. Figura 6. Calibración de la bomba Masterflex. Figura 7. Cinética de crecimiento de la línea celular BCF2. Figura 8. Histograma de la distribución de diámetros del hibridoma BCF2. Figura 9. Distribución de tamaño relativo, complejidad celular y contenido de ADN de una población BCF2 no sincronizada. Figura 10. Distribución de tamaño relativo, complejidad celular y variación del contenido de ADN para una población BCF2 sincronizada. Figura 11. Análisis de contenido de ADN para las elutriación 1, 2 y 3, a flujos de 24, 25, 26 y 27 mL/min. Figura 12. Cinéticas de crecimiento de células sincronizadas. Figura A1. Diagrama de la cámara de elutriación. 2 2. INDICE DE TABLAS Tabla 1. Principales agentes químicos de arresto celular para células animales. Tabla 2. Métodos físicos de sincronización celular. Tabla 3. Características de la cámara de elutriación Standard usada en el proyecto. Tabla 4. Coeficientes de variación para las ecuaciones provenientes de las curvas de calibración. Tabla 5. Caracterización del sistema biológico. Tabla 6. Flujos de colecta teóricos obtenidos a partir de los datos del contador electrónico de partículas (Coulter Multisizer) y de la ley de Stokes. Tabla 7. Porcentaje de células en cada fase del ciclo celular de una cinética de crecimiento típica de BCF2 usando el modelo matemático Dean/Jett/Fox. Tabla 8. Evaluación del contenido de ADN para las fracciones obtenidas en el intervalo 24-27mL/min. 3 3. ABREVIATURAS A Área de la sección transversal AcM Anticuerpo Monoclonal ADN Acido Desoxirribonucleico AraCTP Citosin trifosfato ARN Acido Ribonucleico Cdks Cinasas dependientes de ciclinas CDM Medio químicamente definido Cel Célula Ckis Inhibidores de cdk CO2 Dióxido de Carbono Ctrl Control C.V Coeficiente de variación dCTPs Trifosfatos de desoxicitidina DMEM Medio de cultivo Eagle modificado por Dulbecco DMSO Dimetil sulfóxido dTMP Desoxiadenosina 5'-monofosfato EC Elutriación Centrífuga ECC Elutriación Centrífuga a Contracorriente F Fuerza de arrastre F Flujo FACS Clasificación de células activadas por fluorescencia FSC Dispersión de luz frontal g Gramo Glut Glutamina h Horas IgG Inmunoglobulina o Anticuerpo de clase G L Litro m Metro MACS Clasificación magnética de células. min Minuto 4 µ Velocidad especifica de crecimiento mL Mililitro mM Milimolar mOsm Miliosmolar mPa Milipascal PBS Solución amortiguadora de fosfatos r Radio r coeficiente de correlación lineal RNR Ribonucleótido reductasa rpm Revoluciones por minuto σ Desviación estándar s Segundo SFB Suero fetal Bovino SSC Dispersión de luz lateral t Tiempo td Tiempo de duplicación T.A. Temperatura ambiente V Velocidad del fluido Vs Velocidad de sedimentación X Concentración de células viables al tiempo t X0 Concentración de células viables inicial Xtot Células totales %Xv Porcentaje de viabilidad X max Concentración celular máxima η Viscosidad del fluido μ Velocidad específica de crecimiento aparente µm Micra ρm Densidad del fluido ρp Densidad de la partícula ω Velocidad angular 5 4. RESUMEN La mayoría de las investigaciones que realizan experimentación con líneas celulares para optimizar los procesos de producción de proteínas recombinantes no toman en cuenta que la población es heterogénea con respecto al ciclo celular, es decir, se tienen subpoblaciones celulares de un mismo linaje en sus diferentes fases, bajo condiciones metabólicas y fisiológicas muy diferentes. Para poder estudiar detalladamente los múltiples procesos celulares y metabólicos implicados en la producción de proteínas recombinantes a lo largo de las diferentes fases de un ciclo de división celular es necesario utilizar células sincronizadas. En el presente trabajo se implementó y evaluó a la Elutriación Centrífuga (EC) como método de sincronización de subpoblaciones celulares en las diferentes fases del ciclo celular. La EC es un método físico de separación de poblaciones celulares que consigue separarlas en base a su tamaño, densidad y velocidad de sedimentación. En virtud de que existe una relación directa entre el tamaño y la fase del ciclo celular, es posible separar mediante EC a las diferentes poblaciones del ciclo celular (S, G1 y G2) de un mismo linaje. Los resultados obtenidos en el presente proyecto abarcan la caracterización del procedimiento de EC y del crecimiento no sincronizado del hibridoma murino BCF2 como modelo biológico, así como la evaluación de la sincronía en la subpoblación en fase G1 del ciclo celular separada mediante EC y colocada nuevamente en cultivo. Se demostró que la EC fue capaz de separar a las subpoblaciones G1, S y G2. Las subpoblaciónes en G1 separdas a 25 y 26 mL/min tuvieron el 79.4±3.3% y el 78.4±6.3% de pureza respectivamente. Cinéticas de crecimiento de células sincronizadas mostraron un perfil de crecimiento escalonado indicativo de la sincronía existente. Dicho comportamiento se mantuvo durante el tiempo que se realizaron los cultivos (aproximadamente 60 h) mostrando divisiones celulares sincrónicas comparables al tiempo de duplicación determinado en cinéticas de crecimiento no sincronizadas. 6 5. INTRODUCCIÓN Para finales del siglo XX el cultivo de líneas celulares animales como sistema biológico productor de proteínas recombinantes terapéuticas se consolidó como el preferido por la industria farmacéutica biotecnológica debido a las ventajas que ofrece (plegamiento proteico correcto, glicosilación compleja y secreción del biofármaco) sobre sistemas como el bacteriano, vegetal o de levaduras. La ingeniería de cultivo celular en la actualidad se centra en optimizar la capacidad productiva de este sistema, lo cual requiere una experimentación más detallada para el entendimiento de los eventos celulares (metabólicos y fisiológicos) que determinan en última instancia la cantidad o calidad de las proteínas que se desea producir. Por la naturaleza de los cultivos celulares (células creciendo y duplicándose ininterrumpidamente), la mayoría de las investigaciones que realizan experimentación para optimizar la producción de proteínas recombinantes no toman en cuenta que la población celular es heterogénea con respecto al ciclo celular, es decir, se tienen subpoblaciones de un mismo linaje en las diferentes fases del ciclo celular en condiciones metabólicas y fisiológicas diferentes, de modo que, en tales circunstancias los resultados obtenidos de los diferentes procesos en evaluación son aparentes. Para poder estudiar dichos procesos detalladamente a lo largo de las diferentes fases de un ciclo de división celular es necesario entonces sincronizar las células. Entre los múltiples y muy diversos métodos de sincronización celular, en el presente trabajo se implementó y evaluó al método físicode separación de poblaciones celulares denominado Elutriación Centrífuga (EC), como herramienta para sincronizar en las diferentes fases del ciclo celular a las células animales BCF2 productoras de anticuerpo monoclonal (AcM). Lo anterior con la perspectiva de que en estudios posteriores se evalúe de manera detallada aspectos metabólicos, tales como, la síntesis y glicosilación de proteínas o el consumo y producción de metabolitos en las diferentes fases del ciclo celular, lo cual permitirá entender su contribución sobre la calidad o cantidad de las proteínas recombinantes producidas. 7 6. ANTECEDENTES 6.1. CICLO CELULAR Se denomina ciclo celular a la serie de eventos que ocurren durante la proliferación celular para que una célula se duplique. Lo anterior implica que cada célula progrese exitosamente a través de las fases discretas del ciclo celular denominadas G1 (del inglés Gap 1), fase de síntesis (S), G2 (del inglés Gap 2) y mitosis (M). Las células viables y funcionales que no están en proceso de proliferación se les considera en fase de arresto celular (G0). Durante G1 las células incrementan su tamaño y biomasa hasta que entran a fase S donde los organelos celulares y el genoma son replicados preparándose para la división celular. Para el final de la fase S, una célula diploide (2n) se ha convertido en tetraploide (4n), conteniendo suficiente ADN y componentes celulares para generar dos células. Después de la fase S la célula entra a G2. Durante esta fase las células sintetizan las proteínas requeridas para dirigir la segregación cromosómica y la división celular que se llevará a cabo en la mitosis. La progresión de las células a través de dichas fases constituye una vuelta del ciclo celular. Para células de mamífero en cultivo la fase G1 dura entre 1 y 8 h, la fase S dura de 6 a 8 h, la fase G2 de 2 a 4 h y finalmente la mitosis dura menos de una hora (Vella, 1994). 6.2. SINCRONIZACIÓN CELULAR La sincronización celular es una herramienta metodológica para estudiar los procesos celulares que ocurren durante las fases del ciclo celular (Cooper, 2002; Pfosser et al., 2007; Gordon y Eliott, 1977). Los métodos de sincronización celular permiten obtener poblaciones homogéneas de células en una fase determinada del ciclo celular. De acuerdo a su principio de operación hay dos grupos principales de métodos de sincronización: aquellos que detienen la progresión del ciclo celular mediante la exposición de las células a agentes químicos (arresto celular) y aquellos que 8 emplean procedimientos de separación de poblaciones basándose en las propiedades físicas de las células. Estrictamente, en un cultivo sincronizado, todas las células deberían transitar a través de las diferentes fases del ciclo celular y dividirse al mismo tiempo (Sharma, 1999; Planchais et al., 2000). Investigaciones realizadas por Cooper (2003) muestran que el uso de métodos químicos tales como la privación de nutrimentos esenciales, timidina y nocodazol generan lotes celulares con una escasa sincronía (un segundo ciclo es raramente observado) atribuyendo esto a la alteración de los procesos metabólicos y fisiológicos por parte de los agentes químicos (Cowan y Milstein, 1972; Pardee y Keyomarsi, 1992). Con base en lo anterior, el mismo investigador redefine cultivo sincronizado como aquel en el que la mayoría de las células progresan de manera normal o no alterada (por ejemplo, sin alteraciones de contenido de ADN, biomasa y tamaño) a través de las fases del ciclo celular como un cohorte relativamente uniforme. 6.2.1. MÉTODOS QUÍMICOS DE ARRESTO CELULAR Los métodos químicos de arresto celular son privación de nutrimentos esenciales y uso de sustancias químicas. La técnica de privación de nutrimentos esenciales (Griffin, 1976) arresta a las células en G0/G1 mientras que el uso de sustancias químicas, es ampliamente usado, para arrestar células en las diferentes fases. Este tipo de métodos son caracterizados por su fácil uso, bajo costo y debido que se basan en la inhibición reversible de procesos específicos para una fase del ciclo celular.Las sustancias químicas detienen el ciclo celular a diferentes niveles: mediante su interacción a nivel de Cdk´s (cinasas dependientes de ciclinas), por la unión o inhibición a enzimas relacionadas con la síntesis de ADN, a través de proteólisis de los reguladores del ciclo celular o bien a nivel estructural mediante la inhibición de la síntesis del huso mitótico. Usando sustancias químicas como agentes de arresto se pueden obtener un número considerable de células sincronizadas (técnica preparativa); sin embargo, el grado de sincronía a menudo no es alto, además de que el 9 metabolismo celular es modificado, produciendo un crecimiento no balanceado que ya no corresponde al de una célula no inhibida (Cooper, 2003). A partir del uso de los métodos químicos se han obtenido cultivos parcialmente sincronizados (Bootsma et al., 1964; Tobey et al., 1967) que han permitido obtener datos valiosos en áreas como: síntesis de inmunoglobulinas, donde se descubrió que para células linfoides humanas esta se lleva a cabo principalmente durante la etapa tardía de la fase G1 y en la etapa temprana de la fase S (Fahey et al., 1971). También se conoce su éxito en los procesos citológicos y moleculares del ciclo celular en plantas, ya que gran parte de este conocimiento se debe al desarrollo de técnicas de sincronización mediante el uso de sustancias químicas (Ruiz et al., 2010). Entre los agentes químicos comúnmente usados para arrestar el ciclo celular de células animales se encuentran la hidroxiurea, afidicolina, metrotexato, timidina y nocodazol. A continuación se presenta una tabla donde se explica su mecanismo de acción. Tabla 1. Principales agentes químicos de arresto celular para células animales. Se muestran los principales métodos químicos, mecanismo de acción y fase del ciclo celular en el que se produce el arresto. Técnica Mecanismo de acción Bloqueo a nivel de: Referencias Ausencia de suero y calcio La ausencia de factores de crecimiento evita que ocurran las diversas señales de transducción que regulan el ciclo celular. G0, G1 y Mitosis (dependiendo del tipo de célula) Sherr, 1993; Griffin, 1976 Hidroxiurea Inhibición de la subunidad R2 de la enzima Ribonucleótido reductasa. G1/S Tobey et al., 1990; Young y Hodas, 1964; Gao et al., 1998; Koç et al. 2004 10 Afidicolina Inhibe la DNA polimerasa α y δ al competir con los dCTPs (trifosfatos de desoxicitidina) por el sitio de unión a la enzima. G1/S Waters, 1981; Kumagai-Sano et al., 2006 Metrotexato Es un inhibidor de la tetrahidrofolato deshidrogenasa que evita la formación de tetrahidrofolato necesario para la síntesis de timidilato, componente esencial del ADN. S Fox et al., 1987 Timidina Inhibición de la síntesis de ADN que se atribuye a la inhibición de la síntesis de nucleótidos. G1/S Harper, 2004 Nocodazol Inhibe la polimerización de tubulina In vitro e In vivo. G2/M De Brabander et al., 1976; Hoebeke et al., 1976 6.2.2. MÉTODOS FÍSICOS DE SINCRONIZACIÓN CELULAR A diferencia de los métodos químicos la mayoría de los métodos físicos de sincronización celular ofrecen un alto grado de sincronía, esto en virtud de que son métodos de separación. Los métodos físicos de sincronizaciónse basan en la separación de poblaciones en base a las propiedades físicas de la misma. Por ejemplo: tamaño, densidad o dispersión de luz. Las células sincronizadas por estos métodos tienen la característica de que no son alteradas en su metabolismo permitiendo estudios subsecuentes de fisiología y metabolismo celular. La mayoría de los métodos físicos tienen la desventaja de que no son preparativos (limitando su uso para un análisis metabólico poblacional) con excepción de la elutriación centrífuga. Sin embargo, este último requiere de un 11 equipo costoso además de que su operación es un tanto compleja. A continuación (Tabla 2) se presenta un resumen de los principales métodos físicos de sincronización. Tabla 2. Métodos físicos de sincronización celular. Se mencionan a los principales métodos físicos de sincronización, el principio mediante el cual se lleva a cabo la separación celular y un comentario acerca de la misma. Método Principio de la sincronización Ventajas / Desventajas Referencias Inhibición por contacto Tras la confluencia proteínas como la P27 inactivan complejos CDK- ciclina y cinasas, dando lugar al arresto celular Simple, sin embargo, de baja resolución Polyak et al., 1994; Harper et al., 1995; Xiong et al., 1993; Holley y Kiernan, 1968. Disminución de la temperatura de cultivo Inhibición de Aurora y Polo cinasas Simple y preparativa Rieder y Cole, 2002; Kaufmann et al., 1999 Velocidad de sedimentación Tamaño celular Técnica simple y rápida, sin embargo, de baja resolución y rendimiento Miller y Phillips, 1969 Elución por membrana Una célula es fijada a una membrana de nitrocelulosa. Tras la división celular la nueva célula es eluida. Simple y rápida Cooper, 2002 Sedimentación isopícnica Tamaño celular Simple y rápida Morganthaler y Price, 1976 12 Clasificación de células activadas por fluorescencia Área de la superficie celular tamaño rugosidad celular Tecnología cara y compleja pero muy efectiva, alta resolución pero poco rendimiento Vaughan y Milner, 1989 Elutriación Centrífuga Tamaño celular, densidad y configuración de la superficie celular Rápida, preparativa, procedimiento un poco complejo y tecnología cara Barford, 1986; Feder et al., 1989; Lutz et al., 1992; Bauer, 1999; Lloyd et al., 2000; Banfalvi, 2008 6.3. ELUTRIACIÓN CENTRÍFUGA Y SINCRONIZACIÓN 6.3.1. PRINCIPIO DE OPERACIÓN DEL MÉTODO DE ELUTRIACIÓN CENTRÍFUGA. La elutriación centrífuga a contracorriente fue implementada como método de separación por el científico estadounidense P.E Lindhal (Lindhal, 1948; Bachere et al.,1988) y posteriormente desarrollada por la compañía Beckman Instruments Inc. (Lindahl, 1948; Lindahl, 1956; McEwen et al., 1968; Sanderson et al., 1976). La elutriación centrífuga es utilizada mayoritariamente para la separación de mezclas de linajes celulares (Yoshioka et al.,1997): por ejemplo para la separación de los diferentes tipos celulares presentes en el tejido sanguíneo (Coulais et al., 2012). Sin embargo, por su principio de operación es posible conseguir la separación de las diferentes poblaciones de ciclo celular de un mismo linaje. 13 Figura 1. Esquema general del procedimiento de elutriación centrífuga. Para iniciar el procedimiento de elutriación centrífuga se debe contar con un cultivo de células en crecimiento exponencial y viabilidad mayor al 90% (1), posteriormente este cultivo se prepara e inyecta al sistema (2) el cual separará a las subpoblaciones (3), finalmente las células de interés se colectan y según los fines del experimento, son fijadas ó colocadas nuevamente en cultivo (4). Para obtener una población homogénea de células mediante elutriación centrífuga en el equipo de Beckman (véase figura 1) se inyecta una suspensión celular heterogénea que será transportada hasta la cámara de separación mediante una fase líquida (por ejemplo: amortiguador PBS o medio de cultivo). La corriente de este medio entra a la cámara en sentido opuesto al campo de fuerza centrífuga que existe cuando el rotor está funcionando (véase figura 2). Dentro de la cámara diversas variables como: densidad de la partícula (g/mL), tamaño de partícula (μm), densidad del fluido (g/mL), fuerza centrífuga (rpm), viscosidad del fluido (mPa/s), flujo a contracorriente (mL/min) y velocidad del fluido (m/s) establecen un equilibrio permitiendo el mantenimiento de las células en una posición espacial determinada dentro de la cámara de acuerdo a su velocidad de sedimentación (m/s). Las células serán secuencialmente expulsadas del rotor basándose principalmente en su tamaño (las más pequeñas eluirán primero y las grandes eluiran al final cuando el equilibrio dentro de la cámara sea alterado mediante el incremento del flujo de volumen o la 1 2 4 3 14 disminución de la velocidad de centrífugación o fuerza centrífuga (Lindhal, 1948). Figura 2. Esquema de la separación celular por elutriación centrífuga. A) Muestra suspendida en medio, el cual entra a la cámara. B) Tendencia a la sedimentación de partículas en función de sus tamaños. En rojo se observa la frontera de elutriación. C) Al alterar el equilibrio las partículas más pequeñas eluyen primero. Tomadó de Developing Elutriation Protocols, Technical information, Beckman Instruments Inc. 1994. De esta forma células de determinado tamaño pueden ser selectivamente removidas de la cámara (para una descripción detallada del procedimiento de Elutriación centrífuga en el equipo Beckman véase el apartado 10.5.1 de la sección Materiales y Métodos). El uso de la elutriación centrífuga ofrece ventajas sobre los métodos químicos tradicionales de arresto celular en virtud de que no alteran el metabolismo y/o la fisiología celular, por lo tanto, los resultados obtenidos son representativos de lo que ocurre en las células en las diferentes fases del ciclo celular y no del efecto del agente químico de arresto celular (Cooper, 2003). En comparación con los demás métodos físicos de separación, la elutriación centrífuga es el método ideal de sincronización cuando se requieren concentraciones de células en el orden de 108 además de que se cuenta con la posibilidad de utilizar el sistema de manera aséptica. Diferentes grupos de investigación han aprovechado las ventajas que ofrece la elutriación centrífuga para el estudio de multiples aspectos del ciclo celular, tales como: el rol de las ciclinas y cinasas en la regulación del ciclo celular (Borycki et Fuerza centrífuga Contra corriente A B C 15 al.,1995; Lukas et al.,1995; Ezhevsky et al.,1996; Pusch et al., 1996; Mikulits et al., 1997), la síntesis de novo de proteínas como chaperonas (Mikulits et al., 1996; Vaughn et al., 1996; Dittmar et al., 1997), la sensibilidad celular a radiaciones y sustancias químicas (Buchholz et al., 1995; Davis et al., 1995; Keng et al 1995; Mitchell et al., 1995; Ramachandran et al., 1996; Terui et al., 1995; Evans et al., 1996; Gupta et al., 1996), la identificación de enzimas de importancia para la división celular (Marshak y Russo, 1994; Tsai et al.,1996; Bianchi et al., 1997), la sensibilidad del ciclo celular debida a señales transmitidas por citocinas (Breder et al., 1996; Spivak et al., 1996) entre muchas otras. Algunos autores se han encargado de fundamentar la técnica de elutriación centrífuga. Barford (1986), describe un modelo matemático que permite realizar predicciones acerca de la velocidad de flujo necesaria para separar una población celular. Bauer (1999) por su parte desarrolló un rotor y cámara de centrífugación con capacidad de 0.5 mL cuya funcionalidad fue comprobada al trabajar con células linfoides. Recientemente Banfalvi (2008) reportó un procedimiento para la separación de un cultivo de células CHO (células ováricas de hámster chino) en las diferentes fases del ciclo celular. La separación fue evaluada mediante mediciones fluorométricas de contenido de ADN, mostrando que la técnica permite separar de manera eficiente las diferentes poblaciones de ciclo celular. Sin embargo, no evaluó la viabilidad celular tras la elutriación y tampoco muestra una visión cuantitativa de la calidad de la separación. Estas ultimas investigaciones dan una base teórico - práctica que fundamentan la factibilidad de la técnica. Exceptuando la investigación de Bauer (1999) todos los resultados fueron obtenidos con el sistema de elutriación de la compañía Beckman Instruments. 6.4. LA INGENIERÍA DE CULTIVO DE CÉLULAS ANIMALES Y EL CICLO CELULAR. En general una célula somática después de dividirse entra en G0 donde puede permanecer viable por periodos de tiempo indefinidos (según el tipo de célula) ejerciendo sus funciones hasta morir, pero conservando su potencial para 16 dividirse si se presenta el estímulo necesario. En contraste, las células animales utilizadas en biotecnología para la producción de proteínas de interés terapéutico, son líneas celulares transformadas que proliferan indefinidamente y no entran a G0 después de su ciclo de división celular en tanto no existan factores de cultivo (limitación de nutrimentos, acumulación de metabolitos tóxicos, etc.) que comprometan su viabilidad (Flickinger y Drew, 1999). Desde el punto de vista de la ingeniería de cultivo de células animales para la producción de proteínas recombinantes, las implicaciones del ciclo celular en el desempeño de los cultivos y sobre la cantidad y calidad de las proteínas recombinantes producidas no ha sido ampliamente estudiado. Existe evidencia de que el control de la división celular mediante técnicas moleculares puede mejorar la productividad de los cultivos, representando una estrategia para optimizar la producción de proteínas recombinantes a partir de líneas celulares de importancia económica (Fussenegger et al., 1997). Se han realizado algunos estudios para entender la relación entre el ciclo celular y la producción de proteínas recombinantes, por ejemplo: estudios sobre la expresión de genes anti-apoptóticos (Figueroa et al., 2007), la expresión de genes relacionados con la regulación de ciclo celular (Fussenegger et al., 1998; Bi et al., 2004), el plegado y ensamblaje en el retículo endoplasmático (Hayes et al., 2010), la traducción (Underhill et al., 2005) y la secreción de proteínas (Dinnis et al., 2006; Peng et al., 2010). Sin embargo, la naturaleza heterogénea de las poblaciones celulares utilizadas en los estudios anteriores genera resultados aparentes que realmente no permiten evaluar el impacto de los procesos que ocurren en cada una de las fases del ciclo celular. Muy pocos estudios se han realizado utilizando poblaciones celulares sincronizadas en las diferentes fases del ciclo celular. Al-Rubeai y Emery (1990) usaron métodos de sincronización química para estudiar el metabolismo en hibridomas. La sincronización de los cultivos fue lograda a partir de la adición de timidina la cual arrestó a las células en G1 provocando el aumento en la velocidad específica de producción máxima de anticuerpo monoclonal (al-Rubeai y Emery, 1990); este tipo de evaluación presenta un problema ya que como se mencionó anteriormente el uso de 17 agentes químicos de arresto altera el metabolismo celular (Cowan y Milstein, 1972). Feder et al., (1989) mediante elutriación centrífuga obtuvieron poblaciones homogéneas de células CHO con el objetivo de evaluar el patrón de expresión de la enzima dihidrofolato reductasa (DHFR) y sus niveles de ARNm en las diferentes fases del ciclo celular. Esta investigación concluyó que la actividad y expresión de la enzima DHFR no cambian a través de las diferentes fases del ciclo celular por lo cual ésta no puede ser considerada una enzima regulada por el ciclo. 18 7. JUSTIFICACIÓN Los cultivos de células animales para la producción de proteínas recombinantes de interés terapéutico se desarrollan con líneas celulares proliferando de manera heterogénea, es decir, con células transitando en las diferentes fases del ciclo celular de manera no sincronizada durante todo el tiempo de cultivo. Como resultado solo se puede evaluar el metabolismo y los procesos celulares de forma aparente. De tal forma que, si se desea estudiar dichos procesos detalladamente a lo largo de las diferentes fases de un ciclo de división celular es necesario entonces sincronizar las células. Entre los diversos métodos de sincronización celular en el presente trabajo se evaluó a la elutriación centrífuga que es un método preparativo de separación de células con base en su tamaño, que por su principio de operación no altera la fisiología y el metabolismo celular, lo cual es una ventaja sobre los métodos químicos de sincronización que ofrecen una escasa sincronía además de alterar dichos procesos. 19 8. OBJETIVOS Objetivo general: Implementar un procedimiento preparativo para la obtención de hibridomas BCF2 sincronizados en las diferentes fases del ciclo celular en condiciones asépticas. Objetivos particulares: Evaluar a la elutriación centrífuga como método de sincronización de hibridomas BCF2 en las diferentes fases del ciclo celular. Determinar las condiciones óptimas para la obtención de células BCF2 sincronizadas en la fase G1 del ciclo celular. Obtener células sincronizadas en la fase G1 del ciclo celular con alto grado de sincronización y en condiciones asépticas. Cultivar In vitro las células sincronizadas en la fase G1 del ciclo celular para comprobar la sincronía. 20 9. HIPÓTESIS - En virtud de que existe una relación directa entre el tamaño y la fase de ciclo celular, el método de elutriación centrífuga por su principio de operación separará eficientemente a las subpoblaciones G1, S y G2 de un cultivo no sincronizado de células BCF2. - Si la elutriación centrífuga es capaz de separar las subpoblaciones celulares G1, S y G2 de un cultivo de hibridomas BCF2 no sincronizado, el análisis de contenido de ADN revelará el grado de sincronía de dichas subpoblaciones, y su comportamiento en cultivo mostrará un perfil de crecimiento sincrónico escalonado. 21 10. MATERIALESY MÉTODOS 10.1. MODELO BIOLÓGICO El hibridoma murino BCF2 utilizado en este proyecto se derivó de una línea de ratones Balb/c. El AcM que produce dicho hibridoma es de clase G (IgG1), neutralizante y específico contra la toxina 2 del veneno del alacrán Centruroides noxius Hoffmann. Dicha toxina es el péptido más tóxico del conjunto de toxinas presentes en el veneno. Este AcM inhibe la unión de la toxina con las membranas sinaptosomales del cerebro de ratón, mostrando así una actividad neutralizante in vivo (Zamudio et al., 1992). La línea celular fue proporcionada por el Dr. Lourival Possani del Instituto de Biotecnología de la U.N.A.M. 10.2. MEDIOS DE CULTIVO UTILIZADOS Medio de Eagle modificado por Dulbecco (Dulbecco´s Modified Eagle´s Medium) El medio DMEM Gibco® sin SFB No. de catálogo 12430-120; fue usado como medio de elución (en lugar de amortiguador) para las elutriaciones donde se requirió colocar en cultivo a las células sincronizadas. Chemically Defined Hybridoma Medium (CDM) El medio CDM Gibco® No. de catálogo 11279-023 fue usado como medio de cultivo para la línea celular BCF2. Dicho medio es específico para hibridomas murinos productores de anticuerpos monoclonales. Se suplementó con L-glutamina 8 mM (Sigma, 3126, St. Louis, MO) para su uso. 22 10.3. MANTENIMIENTO DE CÉLULAS 10.3.1. CONGELACIÓN Preparación de banco celular; procedimiento general. 1.- Contar con un cultivo creciendo en fase exponencial y con una viabilidad ≥ 90%. 2.- Determinar la concentración celular y calcular el volumen a usar de medio de criopreservación considerando que al fin del proceso cada criovial debe contar con una concentración de entre 5 – 10x106 células viables por mL. 3.- Preparar el volumen requerido de medio de criopreservación mezclando medio fresco (suplementado con Glutamina 8mM) con DMSO, 45% y 10% respectivamente del volumen final considerado para el banco celular. 4.- Centrifugar el volumen de medio de cultivo celular en tubos cónicos por 10 min a 100 g para formar el botón celular. 5.- Posterior a la centrifugación eliminar medio en un tubo cónico estéril para su posterior utilización (medio acondicionado). 6.- Con el otro 45% del volumen final -utilizando medio acondicionado- resuspender células. Una vez resuspendidas mezclar los volúmenes de los puntos 3 y 5 en frío. 7.- Dispensar 1 mL por criovial. 8.- Iniciar la congelación pasando consecutivamente de la temperatura ambiente a -20 °C, -70 °C y finalmente a N2 líquido. 10.3.2. DESCONGELACIÓN 1.- Verter 4 mL de medio CD Hybridoma suplementado con glutamina a un tubo cónico de 15 mL. 2.- Pasar 5 mL de medio CD Hybridoma suplementado con glutamina a un frasco T de 25 cm2. 3.- Descongelar un vial de la línea celular BCF2 pasando a 37°C lo más rápido posible. 23 4.- Traspasar el volumen del criovial (1 mL) al tubo del paso 1. 5.- Centrífugar a 800 rpm por 10 min. 6.- Eliminar el sobrenadante del tubo cónico con pipeta de 5.0 mL, teniendo cuidado de no aspirar el pellet celular. 7.- Tomar el volumen del paso 2 y resuspender el pellet celular en el tubo cónico. 8.- Tomar el volumen con células suspendidas y verterlo en el mismo frasco T de 25 cm2. 9.- Colocar en incubadora a 37°C, 5% CO2 y humedad a saturación. 10.3.3. CONDICIONES DE CULTIVO Los cultivos para caracterización cinética de la línea celular se realizaron por triplicado, iniciando con un inóculo de 0.1x106 cel mL-1 en frascos de cultivo 25 cm2 con 5 mL de medio de cultivo. Se tomó muestra cada 24 horas. Las elutriaciones se llevaron a cabo con células en crecimiento exponencial, en un intervalo de concentración entre 1.5 y 2.0x106 cel mL-1 y con una viabilidad mayor al 90%. Los cultivos ocupados para llevar a cabo cinéticas de sincronización, se iniciaron con un inóculo ≤ 0.2x106 cel mL-1 en frascos de cultivo de 25 cm2, conteniendo 5 mL de medio de cultivo. Se tomó muestra aproximadamente cada 3 h. Todos los cultivos celulares se incubaron a 37°C en un ambiente con 5% de CO2 y humedad a saturación. 10.3.4. CUANTIFICACIÓN DE LA CONCENTRACIÓN Y LA VIABILIDAD CELULAR La concentración y viabilidad celular se determinó mediante la técnica de exclusión usando la cámara de Neubauer y el colorante azul de tripano (Sigma T8154). El colorante es un indicador de la integridad de la membrana citoplasmática. Mediante esta tinción, las células muertas son permeables al colorante y se tiñen de azul, mientras que las vivas permanecen refringentes. 24 10.4. DETERMINACIÓN DEL TAMAÑO CELULAR Para determinar el diámetro celular relativo se usó el contador electrónico de partículas Beckman Coulter Multisizer™ 3 (con una tubo de apertura de 70 μm) con solución salina 0.9 % como electrolito. Para calibrar el equipo se usaron esferas de látex de diámetro conocido. El principio de operación del equipo es denominado “Electrozone sensing” y se basa en el paso de una solución adecuada de células a través de un orificio al cual se le aplica un voltaje. Al fluir las partículas a través del orificio se genera un pequeño pulso de voltaje o pico, la altura del pico es medida y comparada con los datos obtenidos de una muestra de látex estándar. 10.5. SISTEMA DE ELUTRIACIÓN El sistema de elutriación consiste en un sistema de circulación de fluido acoplado a un rotor para ultracentrífuga ensamblable el cual contiene una cámara de separación de células. El rotor está diseñado para usarse a una velocidad máxima de 6000 rpm y para separar células de 5 µm a 50 µm de diámetro. En la Tabla 3 se muestran las características de la cámara de separación Standard que es la que se utilizó en el presente trabajo. Tabla 3. Características de la cámara de elutriación Standard usada en el proyecto. Cámara de separación Tamaño de partícula (μm) valor mínimo y máximo Variación del diámetro de partícula en una población eluida (μm) Capacidad de la cámara valor mínimo y valor máximo (millones de células) Volumen de la cámara (mL) Standard 5 – 50 2.5 – 5.0 107 – 109 4.2 25 El sistema de circulación de fluido está constituido por: Una jeringa y un “By pass” específicos para la inyección de la muestra Bomba peristáltica de velocidad variable. En el proyecto se usaron 2, la bomba Masterflex (Cole Parmer) y la Minipuls 3 (Gilson). Manómetro. Una cámara para disminuir turbulencias después de la inyección Una manguera para transportar el medio liquido de elección y la muestra. Un reservorio para el medio liquido de elutriación. Tubos para colectar muestra. En la figura 3 se esquematiza el sistema de elutriación y sus partes. Figura 3. Sistema de elutriación JE-6B. Dentro de un marco amarillo se muestra el sistema de circulación de fluido y dentro de un marco rojo se muestra el rotor. También se observan los elementos esenciales del sistema de elutriación: reservorio de buffer, bomba peristáltica, cámara de mezclado, manómetro, inyector de muestra, centrífuga y rotor. Tomado de Developing Elutriation Protocols, Technical information, Beckman Instruments Inc. 1994. 10.5.1. PROCEDIMIENTO DE ELUTRIACIÓN En la figura 1 se presenta un esquema general del procedimiento de elutriación. El procedimiento detallado se presenta a continuación.26 1.- Abrir la tapa de la ultracentrífuga J2-21, colocar el rotor de elutriación y verificar su correcta colocación. 2.- Enroscar las mangueras de entrada y salida a las conexiones hembra del rotor y colocar el seguro. 3.- Conectar la sección de manguera de la bomba peristáltica al resto del sistema de elutriación. 4.- Encender la bomba peristáltica y la ultracentrífuga. a) Circular en todo el sistema de elutriación etanol al 70% durante aproximadamente 15 min para sanitizar ó desinfectar. b) Ajustar velocidad de centrífugación y temperatura según convenga. Ambos incisos dependerán del tipo de experimento que se desee realizar. Ver punto número 6. Finalidades del experimento. 5.- Realizar calibración inicial del flujo de la bomba: a) Tomar mediciones dentro del intervalo de estudio. Por ejemplo, en el intervalo 35-44 rpm para la bomba Gilson y 0.8-1 para la bomba Masterflex se esperarían flujos entre 22-27 mL/min y 22-31.5 mL/min respectivamente. Si no se registran estos flujos, tomar en cuenta para corrección. b) Una vez que los flujos reales muestran una tendencia lineal, calcular el coeficiente de correlación (valor esperado ≥ 0.99) y obtener la ecuación de la recta. c) A partir de la ecuación de la recta obtener las rpm de trabajo que se usaran durante la elutriación. 6.- Una vez obtenida la calibración inicial de la bomba, el procedimiento de elutriación puede realizarse de manera aséptica o no, según sea la finalidad del experimento. Si la finalidad del experimento es realizar análisis de ciclo celular, continuar el procedimiento de manera no aséptica y considerar lo siguiente: a) Condiciones de uso del elutriador: 4.0°C y 2000 rpm. b) Circular dentro del sistema etanol al 70% para eliminar residuos de otros experimentos y para obtener la calibración inicial. c) Circular buffer PBS no estéril para eliminar presencia de etanol y como medio de elutriación. Contar aproximadamente con 2 L del buffer. 27 Si el experimento se lleva a cabo para colectar células sincronizadas e iniciar cinéticas de sincronización continuar el procedimiento de manera aséptica y considerar lo siguiente: a) Condiciones de uso del elutriador: T.A. y 2000 rpm. b) Circular dentro del sistema etanol al 70% para sanitizar. c) Circular PBS estéril para obtener la calibración inicial y eliminar toda presencia de etanol. Contar aproximadamente con 2 L del buffer estéril. d) Encender un mechero cerca del área de trabajo. ATENCIÓN: Alejar el contenedor de etanol y asegurarse de eliminar cualquier presencia de esta sustancia antes de encender el mechero. e) Circular medio de cultivo DMEM (sin SFB) como medio de elutriación para colectar fracciones celulares. Contar aproximadamente con 1 L de medio. 7.- Rotular un par de tubos cónicos por muestra (para los controles solo se evalúa un tubo) y colocarlos en una gradilla de la siguiente manera: 23-24 mL/min, Ctrl 1, 24-25 mL/min; Ctrl 2, 25-26 mL/min; Ctrl 3, 26-27 mL/min y Ctrl 4. En los tubos control se colectara un minuto del fluido para pesarlo y obtener el flujo (mL/min) real. En los tubos correspondientes a fracciones elutriadas se colectarán 100 mL por fracción (en 2 tubos cónicos de 50 mL). Se podrá etiquetar más tubos según los requerimientos del experimento. 8.- Circular dentro del sistema el medio de elutriación y asegurarse de eliminar toda presencia de burbujas en el sistema. 9.- Inyectar la muestra a un flujo de 22mL/min (Véase: Preparación de muestra para inyección). Una vez que el lote celular está dentro de la cámara del elutriador aumentar el flujo lentamente hasta 23 mL/min y dejar pasar 2-3 min para eliminar restos celulares (lavado). Con la finalidad de no alterar el equilibrio del sistema aumentar una décima de rpm cada cuatro segundos durante el uso de la bomba Minipuls 3. 10.- Posterior al lavado, comenzar a colectar fracciones en el orden indicado en el punto 7 al mismo tiempo que se aumenta paulatinamente el flujo de 23 a 24 mL/min. 11.- Continuar colectando las demás fracciones y controles. 28 12.- Graficar los controles para corregir o corroborar flujos de bomba. 13.- Si se desea realizar análisis de ciclo celular; seguir procedimiento: 10.6 Determinación del contenido de ADN mediante citometría de flujo. 14.- Si se desea realizar cinéticas de sincronización continuar con este procedimiento: a) Centrífugar las fracciones colectadas a 800rpm por 10 min. b) Decantar sobrenadante en la campana de flujo laminar. c) Resuspender células de cada fracción en 5 mL de medio CD-Hybridoma. d) Colocar el contenido celular de cada fracción en frascos T de 25 cm2. e) Incubar los frascos de cultivo de 25 cm2 a 37°C, 5% de CO2 y humedad a saturación. f) Realizar conteo celular. Si se obtiene una concentración menor a 0.2x106 células viables/mL calcular el tiempo necesario para que se alcance esta concentración e iniciar cinética de sincronización. g) Los conteos celulares deberán realizarse con la frecuencia requerida, considerando que solo se puede tomar el 5% del volumen de un frasco. 10.5.2. PREPARACIÓN DE MUESTRA PARA INYECCIÓN. 1.- Dentro de la campana de flujo laminar, pasar el volumen de los diferentes frascos de cultivo de 175 cm2 a un solo frasco T de 175 cm2 y colocarlo verticalmente. 2.- Colocar el volumen total en tubos de 50 mL de fondo cónico y centrifugarlos a 800 rpm durante 10 min. 3.- Eliminar el sobrenadante, juntar y resuspender todos los pellets celulares en un volumen total de 5 mL. 4.- Verter el volumen en un recipiente estéril adecuado para poder introducirlo en una jeringa estéril de 10 mL, tapar la punta con la aguja y su capuchón. 5.- Enroscar la jeringa en la válvula de inyección de 3 vías del elutriador, destinada para la inyección de muestra. 29 6.- Accionar el “By pass” e inyectar lentamente el total de la muestra a un flujo menor de 1 mL/min. Durante la inyección la muestra pasa a la cámara de mezclado. 7.- Una vez inyectada la muestra, cerrar el ¨By pass¨ para anular la valvula de inyección y que la muestra pase a la cámara de elutriación. 8.- Continuar con el procedimiento de elutriación, apartado 10.5.1. En la figura 4 se presenta un esquema general del proceso de preparación de la muestra. Figura 4. Esquema general de preparación de muestra. Una vez que se cuenta con un cultivo celular de características adecuadas (1), es vertido en tubos cónicos (2) para su centrífugación (3). Posteriormente el botón celular es resuspendido en 5 mL (4) y colectado para su inyección (5). 10.6. DETERMINACIÓN DEL CONTENIDO DE ADN MEDIANTE CITOMETRÍA DE FLUJO. 10.6.1. FIJACIÓN CELULAR 1.- Previamente preparar suficientes tubos para citómetro con 2 mL de etanol al 70%. Colocarlos en hielo para evitar que el ADN se dañe ya que la mezcla de etanol al 70% con el buffer de elutriación es exotérmica. 2.- Centrífugar las muestras provenientes de elutriación a 1200 rpm. 1 2 3 4 5 30 3.- Eliminar el sobrenadante de las muestras dejando aproximadamente 0.5 mL en cada uno de los tubos que forman una fracción (2 tubos), de modo que el volumen total por fracción será de 1 mL. 4.- Resuspender las células y verter dicho volumen en los tubos para citómetro con etanol. Mantener los 3 mL en hielo hasta su lectura. (Nota importante: Las células deben ser vertidas mediante goteo en el tubo con etanol, el cual se encuentra en agitación; esto aseguraque las células se dispersen y no se agreguen durante la fijación con etanol). 10.6.2. TINCIÓN DEL ADN CON COLORANTE FLUORESCENTE 1.- Centrífugar a 1200 rpm los tubos provenientes de fijación con etanol. 2.- Decantar etanol 3.- Agregar los siguientes reactivos en el orden mencionado: 950 μL de amortiguador buffer PBS 1X 10 μL de RNAasa A 10 mg/mL 40 μL de Ioduro de propidio 1 mg/mL 4.- Incubar 30 min en obscuridad previo a la lectura. 10.6.3. LECTURA EN CITÓMETRO FACS CALIBUR (BECTON DICKINSON) Las lecturas de contenido de ADN se llevaron a cabo en el citómetro Facs Calibur (Becton Dickinson) el cual cuenta con el software de análisis “Cell quest”. Las muestras se leyeron a un velocidad media de 35 µL/min. Los gráficos mostrados fueron generados a partir del análisis de 10 000 eventos usando los detectores FSC (dispersión de luz frontal), SSC (dispersión de luz lateral), FL2- Area y FL2-ancho con un umbral lectura S2. Se realizó discriminación de dobletes, tripletes y “debris” celular. 31 10.7. CONSIDERACIONES MATEMÁTICAS 10.7.1. VELOCIDAD ESPECÍFICA DE CRECIMIENTO La velocidad específica de crecimiento es una propiedad de los cultivos celulares; dicho valor es reproducible bajo condiciones de crecimiento específicas. La μ se calculó a través de la regresión lineal obtenida de la gráfica de Ln (X/X0) contra tiempo. Donde X y X0 son la concentración de las células viables al tiempo t y al inicio del cultivo, respectivamente. dx/dt = μX (1) Integrando: Ln (X/X0)=μt (2) El cálculo de la velocidad específica de crecimiento (µ) se realizó como parte de la caracterización del sistema biológico, además de que su valor fue empleado en los cálculos de predicción de concentración celular para los subcultivos. 10.7.2. ANÁLISIS ESTADÍSTICO DE LOS DATOS Para el análisis estadístico de las curvas de calibración, cinéticas de crecimiento y contenido de ADN en el intervalo 24-27 mL/min se usaron los siguientes parámetros de estadística descriptiva: - Desviación estándar (σ) como medida de centralización o dispersión de los datos. - Coeficiente de variación (c.v): Su fórmula expresa la desviación estándar como porcentaje de la media aritmética, mostrando una mejor interpretación porcentual del grado de variabilidad que la desviación típica o estándar. A mayor valor del coeficiente de variación mayor 32 heterogeneidad de los valores y a menor c.v mayor homogeneidad en los valores de la variable. - Coeficiente de correlación (r): el coeficiente de correlación lineal mide el grado de relación entre las variables cuando dicha relación es lineal. La correlación es tanto más fuerte cuanto más se aproxime a 1. Para la obtención de los porcentajes de las poblaciones en las diferentes fases del ciclo celular a partir de los resultados de contenido de ADN, se usó el modelo matemático Dean/Jett/Fox del software de análisis FlowJo. El software FlowJo ajusta los datos obtenidos del análisis de ciclo celular usando el modelo pragmático de Watson o el modelo Dean-Jett-Fox. Estos modelos son usados para definir a las poblaciones en G1, S y G2 del ciclo celular. Ambos modelos ajustan a dichas poblaciones a una curva Gaussiana. El modelo de Watson no hace suposiciones acerca de la distribución de la fase S si no que del total de la población resta los datos pertenecientes a las poblaciones G1 y G2 y posteriormente se construye una función que se adapte a los datos restantes. El modelo de Dean/Jett/Fox ajusta la fase S a un polinomio de segundo grado. 33 11. RESULTADOS Y DISCUSIÓN Para mostrar los resultados obtenidos, el presente apartado se dividió en tres secciones: 11.1. Caracterización del sistema de elutriación. 11.2. Caracterización del sistema biológico. 11.3. Evaluación de la sincronía obtenida. Las primeras dos secciones permitieron determinar las condiciones de trabajo ideales para la realización de los experimentos de separación de células BCF2 en las diferentes fases del ciclo celular; la tercera sección se enfocó en determinar la sincronía existente en las fracciones obtenidas. 11.1. CARACTERIZACIÓN DEL SISTEMA DE ELUTRIACIÓN Para caracterizar al sistema de elutriación nos basamos en la “Ley de Stokes” la cual describe matemáticamente el proceso de elutriación. En el Anexo I se desarrolla el principio matemático que rige el proceso de elutriación centrifuga. 11.1.1. CARACTERIZACIÓN DEL SISTEMA DE CIRCULACIÓN DE FLUIDO Se caracterizó el perfil de flujos de las bombas peristálticas Masterflex y Minipuls 3. Debido al tipo de control y escala “analógica” que tiene la bomba Masterflex el error que el experimentador comete al manipular el equipo se incrementa, sin embargo, con la ventaja de que el intervalo de operación es amplio, de 0 a 80 rpm, permitiendo flujos altos. La bomba Minipuls 3 es de fácil manipulación debido a su control digital, el cual permite realizar cambios de incluso décimas de rpm. La desventaja es que la bomba presenta un intervalo de operación menor, de 0 rpm a 48 rpm. 34 La calibración de las bombas peristálticas se llevó a cabo colectando el volumen de agua destilada bombeado en un minuto, el cual posteriormente fue pesado para determinar el volumen exacto. Los volúmenes colectados pertenecen a flujos en el intervalo 19-28 mL/min para la bomba Minipuls y 9-49 mL/min para la bomba Masterflex. A continuación se muestran los perfiles de flujo obtenidos de un triplicado experimental tanto para la bomba peristáltica Minipuls 3 (Véase Figura 5) como para la bomba peristáltica Masterflex (Véase Figura 6). En cada uno de ellos podemos observar una relación lineal entre el flujo de salida del sistema de elutriación en funcionamiento (a 2000 rpm) y las RPM dadas por cada una de las bombas peristálticas. Figura 5. Calibración de la bomba Minipuls 3. Se muestran los valores promedio de un triplicado experimental, las barras de error (que representan la desviación estándar de cada punto), la ecuación de la recta junto con los valores de desviación estándar de la pendiente y ordenada y finalmente el coeficiente de correlación lineal. y = 0.661(±0.0121)x - 1.53 (±0.481) r = 1 14 16 18 20 22 24 26 28 30 32 25 30 35 40 45 50 F lu jo (m L / m in ) RPM 35 Figura 6. Calibración de la bomba Masterflex. Se muestran los valores promedio de un triplicado experimental, las barras de error (que representan la desviación estándar de cada punto), la ecuación de la recta junto con los valores de desviación estándar de la pendiente y ordenada y finalmente el coeficiente de correlación lineal. La ecuación de la recta para cada una de las bombas indican que para realizar cambios de 1 mL/min se deben realizar cambios de 0.02 (en la escala) para la bomba Masterflex y 1.51 rpm para la bomba Minipuls 3. El coeficiente de correlación calculado indicó prácticamente nula la variabilidad en la respuesta obtenida. También se calculó el coeficiente de variación (CV) para los valores de pendiente y ordenada de cada una de las ecuaciones. Los valores se muestran a continuación: y = 48.751(±0.423)x - 16.504(±2.14)r = 0.999 0 5 10 15 20 25 30 35 40 45 50 0.45 0.65 0.85 1.05 1.25 1.45 F lu jo (m L / m in ) Valor de escala 36 Tabla 4. Coeficiente de variación para las ecuaciones provenientes de las curvas de calibración. Se presentan los C.V para las pendientes y ordenadas obtenidas de un triplicado experimental. Bomba peristáltica CV de la pendiente (%) CV de la ordenada (%) Minipuls 3 3.3 3.4 Masterflex 3.5 12.08 El CV expresa la desviación estándar como porcentaje de la media aritmética, mostrando una mejor interpretación porcentual del grado de variabilidad que la desviación típica o estándar. A mayor valor del CV mayor heterogeneidad de los valores y a menor CV, mayor homogeneidad en los valores de las pendientes y ordenadas. Como se puede observar en la Tabla 4 la bomba Minipuls presentó un alto grado de reproducibilidad en sus flujos mientras que la bomba Masterflex presentó menor reproducibilidad debido a su valor de C.V= 12.08%. 11.2. CARACTERIZACIÓN DEL SISTEMA BIOLÓGICO. El modelo biológico fue caracterizado de tres formas: Mediante la evaluación del crecimiento de BCF2 en las condiciones de cultivo adecuadas. Determinación de la distribución de tamaño de una población no sincronizada en crecimiento exponencial. Y mediante el análisis de contenido de ADN por citometría de flujo de una población no sincronizada. 11.2.1. EVALUACIÓN DEL CRECIMIENTO DEL HIBRIDOMA BCF2 Se realizaron 3 cinéticas de crecimiento en frascos de cultivo de 25 cm2 (cultivo estático) con el objetivo de conocer el comportamiento de la línea celular con respecto al tiempo en medio de cultivo específico para hibridoma. Para obtener el perfil mostrado en la Figura 7, a los frascos se les tomó una muestra cada 24 h teniendo en cuenta que el volumen total extraído de cada frasco no 37 sobrepasara el 10% del volumen inicial. A cada una de las muestras se les evaluó la concentración de células viables (Xv/mL), concentración celular total (Xtot/mL) y viabilidad celular (%Xv). Con los datos de la concentración celular viable se determinó la velocidad específica de crecimiento aparente (µ) y a su vez el tiempo de duplicación celular (td). Véase Tabla 5. Figura 7. Cinética de crecimiento de la línea celular BCF2. En esta gráfica se muestran los promedios de tres cinéticas junto con las barras de error que representan la desviación estándar de cada punto. , células viables (Xv/mL); , células totales( Xtot/mL) y , viabilidad celular (%Xv). Tabla 5. Caracterización del sistema biológico. Se muestran los valores promedio de los parámetros obtenidos a partir de tres cinéticas de crecimiento de la línea celular BCF2 * Valor a las 120 h / ** Valor a las 96 h. Células totales (Xtot/mL)* (2.5x10 6 ± 0.3) cel mL-1 Viabilidad máxima (Xv max)** (90.3 ± 2.4) % Concentración máxima (X max)** (2.1 x10 6 ± 0.2) cel mL-1 Velocidad especifica de crecimiento (µ) (0.033±0.001) h -1 Tiempo de duplicación 20.90 h A partir del análisis de estos resultados se determinó el intervalo de tiempo ideal para subcultivar, cosechar y realizar elutriaciónes con una viabilidad ≥90% lo 0 20 40 60 80 100 120 0.0 0.5 1.0 1.5 2.0 2.5 3.0 0 50 100 C o n ce n tr a ci ó n c e lu la r (m il lo n e s d e c é lu la s/ m L ) Tiempo (h) V ia b ilid a d ce lu la r (% X v ) 38 cual asegura que las células no han entrado en ningún proceso apoptótico. Este intervalo corresponde a 84 h (1.5 x106 cel mL-1) – 96 h (2.1 x106 cel mL-1). 11.2.2. DETERMINACIÓN DEL DIÁMETRO CELULAR De la ecuación derivada de la ley de Stokes (ecuación 5 del Anexo I) la única variable a determinar para conocer el flujo de elución es el diámetro celular; de modo que este se determinó experimentalmente usando el contador electrónico de partículas Beckman Coulter Multisizer™ 3. Al analizar una muestra de cultivo creciendo en fase exponencial, el equipo determina la distribución de tamaños y lo representa mediante un histograma donde la altura de cada barra es el número de las células con determinado diámetro (Véase Figura 8). Se determinó que el rango de diámetros de una población no sincronizada se encuentra mayoritariamente entre 12 y 18 micras. Figura 8. Histograma de la distribución de diámetros del hibridoma BCF2. Se muestra un histograma obtenido al graficar número de células vs tamaño celular. Los datos fueron obtenidos en el Coulter Multisizer 3. 39 11.2.3. CÁLCULO DEL FLUJO DE ELUCIÓN EMPLEANDO LA LEY DE STOKES SIMPLIFICADA Sustituyendo los valores de diámetro de la población BCF2 en la ecuación simplificada de la Ley de Stokes (ecuación 5) se determinaron los flujos a los cuales las poblaciones con determinado valor de diámetro serían eluidas de la cámara de elutriación (Tabla 6). Tabla 6. Flujos de colecta teóricos obtenidos a partir de los datos del contador electrónico de partículas (Coulter Multisizer) y de la ley de Stokes. DIAMETRO (μm) FLUJOS CALCULADOS (mL/min) 11.6 20.5 12.3 23 12.9 25.5 13.5 28 14.1 30.5 14.7 33 15.2 35.5 15.8 38 16.3 40.5 16.8 43 17.2 45.5 Como se observa en la Tabla 6, células con diámetros menores a 11.6 µm eluyen a 20.5 mL/min de modo que flujos menores a este no permiten la salida de alguna subpoblación celular de la cámara de separación. Lo anterior permitió eliminar restos celulares evitando la salida de las células. 40 11.2.4. DETERMINACIÓN DEL CONTENIDO DE ADN MEDIANTE CITOMETRÍA DE FLUJO PARA UNA POBLACIÓN NO SINCRONIZADA Para determinar la distribución del contenido de ADN de un cultivo no sincronizado de BCF2 en medio para hibridomas suplementado se tomó muestra a las 0, 24, 48, 72 y 96 horas. Cada muestra fue fijada y teñida con ioduro de propidio según el apartado 10.6. Los resultados de dicha determinación, la distribución de tamaño relativo de la población y el aumento de la granularidad con respecto al tiempo se muestran en la Figura 9. Figura 9. De izquierda a derecha. Distribución de tamaño relativo, complejidad celular (medición relativa de la cantidad de organelos) y contenido de ADN de una población BCF2 no sincronizada. 41 Mediante el software FlowJo se cuantificó el porcentaje relativo de las subpoblaciones G1, S y G2 en un cultivo no sincronizado de la línea celular BCF2 según el modelo matemático Dean/Jett/Fox. Los resultados se muestran en la Tabla 7. Se determinó que en todo el tiempo la distribución de ADN es heterogénea y que la población predominante en un cultivo de BCF2 no sincronizado desde las cero hasta las 96 horas siempre fue la población en fase S, seguida de la población en fase G1 y finalmente la población en fase G2. Sin embargo, cabe señalar que del análisis de contenido de ADN mostrado la Figura 9 observamos que el mayor número de células con el mismo contenido de ADN se encuentran en fase G1, esto debido a que el ancho del pico es menor y la altura máxima, lo cual a su vez indica una menor variación del contenido de ADN. Por lo tanto, si se desea obtener la mayor cantidad de células con un alto grado de sincronización, se deberá de colectar a las células en fase G1. Tabla 7. Porcentaje decélulas en cada fase del ciclo celular de una cinética de crecimiento típica de BCF2 no sincronizada usando el modelo matemático Dean/Jett/Fox a partir de la determinación contenido de ADN. Tiempo (h) Fase del ciclo celular G1 (%) S (%) G2 (%) 0 24.7 57.8 16.9 24 31.3 46.4 21.8 48 31.8 42.4 26.1 72 24.6 57.8 16.2 96 23.8 53.9 18.2 A partir de los resultados de la determinación de contenido de ADN y los resultados de determinación de tamaño, se infirió el diámetro de las poblaciones celulares en G1 y G2. Puesto que el contenido de ADN en G2 es del doble que en G1 y esto a su vez es directamente proporcional al tamaño de la célula; los diámetros más chicos de la distribución (véase Figura 8) corresponderían a la población en fase G1 y los diámetros más grandes corresponderían a la población en fase G2. 42 11.3. EVALUACIÓN DE LA SINCRONÍA OBTENIDA POR EL MÉTODO DE ELUTRIACIÓN CENTRÍFUGA 11.3.1. EVALUACIÓN DE CONTENIDO DE ADN DE LAS FRACCIONES CELULARES OBTENIDAS A LOS FLUJOS DETERMINADOS POR LA LEY DE STOKES SIMPLIFICADA Una vez realizadas las caracterizaciones del sistema biológico y de elutriación se llevaron a cabo diversas elutriaciones. La obtención de fracciones celulares de la línea celular BCF2 en las diferentes fases del ciclo celular fue el objetivo. Se usó el sistema de elutriación a 2000 rpm variando los flujos de la bomba peristáltica Masterflex entre 10 y 50 mL/min. El medio de elutriación utilizado fue el amortiguador isotónico PBS (330 mOsm) y la carga de células a separar fue de 107 células en 5 mL de inyección. Se realizó un barrido del contenido de ADN de las diferentes poblaciones presentes en un cultivo de BCF2 obtenidas a partir de los flujos determinados previamente por la ley de Stokes, (Véase Tabla 6). La Figura 10 muestra los resultados, donde se observa la variación del contenido de ADN para las fracciones colectadas a los diferentes flujos, aumentando 2.5 mL/min, partiendo de 20.5 mL/min y hasta 45.5 mL/min. En las dos primeras series de gráficos se observó un aumento de tamaño y granularidad celular mientras que en la tercera serie se observó la variación del contenido de ADN conforme se colectaron fracciones a flujos cada vez más altos. 43 Figura 10. De izquierda a derecha. Distribución de tamaño relativo, complejidad celular y variación del contenido de ADN para una población fraccionada de BCF2. Fracciones obtenidas con bomba peristáltica MasterFlex. INER .- --.~ -- -o o .- ---.~ -- - Sin-"_ I o. I r. O~ I - =1 20.5 noU .......... I I o o .- --.~ -- -o o .- --.~ -- -o o .- --.~ -- -o o .- - 30.5 ..... Un-oin - ~ .~ .,. ~ -- ~ -... o ~ ... o ~ .- I ~ ---.~ I I -- - 33 ""L _n o o .- --.~ -- -o o .- ---.~ -- -o o .- --.~ -- -o o .- --.~ -- -o o .- --.~ -- -o o Taonafto T~""" Conteroido de ADN 44 Comparando el control con las fracciones obtenidas; se identificaron las diferentes poblaciones celulares por su contenido de ADN; de modo que entre 20.5 y 28 mL/min se logró separar una población enriquecida en G1, de 28 a 35.5 mL/min una población enriquecida en S y finalmente de 35.5 a 45.5mL/min una población enriquecida en G2. Se determinó que en el intervalo de flujo de 23 –27 mL/min se podría colectar de manera particular a la población G1 con un alto grado de sincronización. Posteriores elutriaciones se enfocaron a colectar fracciones en esta región con poblaciones mayoritariamente en fase G1, lo cual también nos permitió evaluar el comportamiento del sistema de elutriación en un intervalo de flujos más corto. 11.3.2. MEDICIÓN DEL CONTENIDO DE ADN EN LA REGIÓN CON MAYOR PRESENCIA DE CÉLULAS EN FASE G1 A partir de la información obtenida de la Figura 10 se realizaron elutriaciones en la región de 23-27mL/min; con la particularidad del uso de la bomba peristáltica Minipuls, que es una bomba que permite hacer cambios de flujos más precisos debido a su control digital electrónicol. Esta característica la hizo ideal para colectar (en un intervalo de flujo más estrecho) poblaciones mayoritariamente en fase G1. La Figura 11 muestra la evaluación por triplicado del perfil de contenido de ADN para poblaciones eluidas a flujos dentro del intervalo 24-27mL/min. El análisis de datos del perfil de contenido de ADN es resumido y mostrado en la Tabla 8, en el cual se observa que las fracciones colectada a 25 mL/min y a 26 mL/min fueron las fracciones con mayor porcentaje de células en fase G1, 79.4±3.3% y 78.4±6.3% respectivamente. 45 Elutriación 1 Control G1= 34.8%; S=56.9%; G2=7.84% Fracción 24 mL/min G1= 75.2%; S=18.1%; G2= 2.73% Fracción 25 mL/min G1= 82.5%; S= 10.6%; G2=4.39% Fracción 26 mL/min G1= 85.7%; S= 9.12%; G2= 4.14% Fracción 27 mL/min G1= 58.6%; S=28.0%; G2=11.2% N ú m e ro d e c é lu la s Unidades relativas de fluorescencia N ú m e ro d e c é lu la s Unidades relativas de fluorescencia N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s Unidades relativas de fluorescencia Unidades relativas de fluorescencia Unidades relativas de fluorescencia 46 Elutriación 2 Control G1= 33.7%; S=55.5%; G2= 9.29% Fracción 24 mL/min G1=69.1%; S= 28.9%; G2= 3.1% Fracción 25 mL/min G1= 79.9%; S=10.9%; G2= 6.9% Fracción 26 mL/min G1= 74.1%; S= 12.2%; G2= 12.6% Fracción 27 mL/min G1=58.9%; S=29.2%; G2=10.6% N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s 47 Figura 8. Análisis de contenido de ADN para Elutriacion 1, Elutriacion 2 y Elutriacion 3, a flujos 24, 25, 26 y 27 mL/min. Este análisis se llevó a cabo mediante el uso del Software Figura 8. Análisis de contenido de ADN para Elutriacion 1, Elutriacion 2 y Elutriacion 3, a Elutriación 3 Control G1= 28.3%; S=38.6%; G2=22.4% 6% Fracción 24mL/min G1= 52.0%; S = 32.5%; G2 = 9.34% Fracción 25mL/min G1= 75.9%; S = 13.9%; G2 = 8.55% Fracción 26mL/min G1= 59.6%; S = 26.1%; G2 = 10.3% Fracción 27 mL/min G1= 50.6 %; S= 47.4%; G2= 6% N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s N ú m e ro d e c é lu la s 48 Figura 11. Análisis de contenido de ADN para las elutriaciónes 1, 2 y 3, a flujos de 24, 25, 26 y 27 mL/min. Dicho
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