Identificacion-de-variantes-en-posibles-genes-responsables-de-microtia-atresia-de-presentacion-familiar-por-secuenciacion-de-segunda-generacion

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UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO 
PROGRAMA DE MAESTRÍA EN CIENCIAS MÉDICAS, 
ODONTOLÓGICAS Y DE LA SALUD 
 
 
IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES EN POSIBLES GENES RESPONSABLES 
DE MICROTIA-ATRESIA DE PRESENTACIÓN FAMILIAR POR 
SECUENCIACIÓN DE SEGUNDA GENERACIÓN. 
 
T E S I S 
QUE PARA OPTAR POR EL GRADO DE: 
MAESTRÍA EN CIENCIAS MÉDICAS 
 
PRESENTA: 
 ALEJANDRA DEL PILAR REYES DE LA ROSA 
 
TUTORA: 
DRA. VERÓNICA FABIOLA MORÁN BARROSO 
HOSPITAL INFANTIL DE MÉXICO FEDERICO GÓMEZ 
 
CO-TUTOR: 
DR. JESÚS AGUIRRE HERNÁNDEZ 
HOSPITAL INFANTIL DE MÉXICO FEDERICO GÓMEZ 
 
MÉXICO, CIUDAD DE MÉXICO MARZO 2017. 
 
UNAM – Dirección General de Bibliotecas 
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Dr. Onofre Muñoz Hernández 
Responsable de la Entidad Académica 
Hospital Infantil de México Federico Gómez 
 
 
 
 
Tutor: Dra. Verónica Fabiola Morán Barroso 
Jefe del Departamento de Genética 
Hospital Infantil de México Federico Gómez 
 
 
 
 
Co-Tutor: Dr. Jesús Aguirre Hernández 
Jefe del Laboratorio de Genómica, Genética y Bioinformática 
Hospital Infantil de México Federico Gómez 
 
 
 
 
 
 
 
Índice 
Resumen ......................................................................................................................................................... 1 
Marco teórico ................................................................................................................................................ 3 
Anatomía del pabellón auricular ...................................................................................................................... 3 
Embriología del pabellón auricular ................................................................................................................. 6 
Exploración física y descripción clínica del pabellón auricular ....................................................... 13 
Microtia-Atresia .................................................................................................................................................... 15 
Microtia-Atresia sindrómica ........................................................................................................................... 17 
Microtia-Atresia aislada .................................................................................................................................... 18 
Genética de la Microtia-Atresia aislada ...................................................................................................... 19 
Análisis genómico por secuenciación de segunda generación ......................................................... 21 
Aplicación del análisis de secuenciación de segunda generación para identificación 
de genes en microtia-atresia ............................................................................................................ 21 
Planteamiento del problema ............................................................................................................... 24 
Pregunta de investigación ..................................................................................................................... 24 
Justificación ................................................................................................................................................ 25 
Hipótesis ...................................................................................................................................................... 26 
Objetivos ...................................................................................................................................................... 26 
Objetivo General ................................................................................................................................................... 26 
Objetivos Particulares ........................................................................................................................................ 26 
Metodología ................................................................................................................................................ 27 
Diseño del Estudio ............................................................................................................................................... 27 
Sitio ............................................................................................................................................................................ 27 
Universo de Pacientes ........................................................................................................................................ 27 
Muestreo .................................................................................................................................................................. 27 
Tamaño de la Muestra ........................................................................................................................................ 27 
Criterios de Selección ......................................................................................................................................... 28 
Descripción General del Estudio.................................................................................................................... 28 
Plan de análisis de los datos ................................................................................................................. 29 
Descripción de variables ....................................................................................................................... 31 
Resultados ................................................................................................................................................... 32 
Resultados clínicos .............................................................................................................................................. 32 
Variantes identificadas por el análisis de secuenciación de segunda generación en la 
Familia 1 ................................................................................................................................................................... 37 
Discusión ..................................................................................................................................................... 57 
Discusión de los resultados clínicos en los casos familiares de MA .......................................... 57 
Discusión de las variantes identificadas por el análisis de secuenciación de segunda 
generación en la Familia 1................................................................................................................... 60 
Conclusiones .............................................................................................................................................. 67 
Bibliografía ................................................................................................................................................. 68 
Anexos .......................................................................................................................................................... 74 
 
 1 
 
Resumen 
Antecedentes: El término microtia-atresia (MA) incluye desde la disminución en tamaño 
hasta laausencia total del pabellón auricular, tiene una frecuencia de 0.83 a 17.4 en 10 000 
nacimientos. El 45% de las MA son aisladas, con presentación ya sea esporádica o familiar, 
estas últimas debidas probablemente a segregación de variantes patogénicas en la secuencia 
del DNA. La secuenciación de segunda generación (SSG) permite el análisis del genoma para 
identificar probables genes causales. 
Planteamiento del problema: Se han identificado genes que participan en el desarrollo del 
oído, la secuencia de algunos de ellos se ha asociado a variantes privadas en un grupo 
pequeño de familias con MA pero no en todas, lo que sugiere que existen más genes 
participantes en este proceso, los cuales se encuentran aún sin identificar. 
Pregunta de investigación: ¿Cuáles son las variantes genéticas encontradas por 
secuenciación de segunda generación en pacientes con microtia-atresia de presentación 
familiar? 
Justificación: El realizar SSG permitirá identificar variantes en nuevos genes, lo cual aportará 
conocimiento nuevo para el desarrollo del oído y la relación fenotipo-genotipo en MA. 
Hipótesis: Se encontrarán variantes en genes diferentes a los reportados previamente, en 
pacientes con microtia atresia de presentación familiar, por secuenciación de segunda 
generación. 
Objetivo: Identificar posibles variantes de genes candidatos que pudieran ser relacionados a 
los casos de microtia-atresia de presentación familiar. 
Metodología: Estudio observacional, transversal y descriptivo. Se realizó en el Hospital 
Infantil de México Federico Gómez (HIMFG) de pacientes quienes acudieron entre 2005 y 
2015. Los pacientes incluidos fueron: pacientes con MA aislada de presentación familiar, 
desde recién nacidos hasta adultos, de cualquier género, que desearan participar en el estudio. 
Los individuos excluidos fueron aquéllos con antecedente de diabetes mellitus materna o uso 
de teratógenos del tipo de retinoides, talidomida o micofenolato durante el embarazo o con 
contraindicación para toma de muestra. Se consideraron como criterios de eliminación a 
aquellos pacientes que desearon retirarse voluntariamente o en los que no se obtuviera DNA 
genómico en calidad o cantidad suficiente. Se realizó secuenciación de segunda generación en 
la familia 1 por el método de secuenciación por síntesis con terminadores reversibles 
 
 2 
(Nextseq 500, Illumina Inc®, San Diego, California, E.U.A). El análisis general de los resultados 
de secuenciación de segunda generación se hizo mediante el filtrado de variantes siguiendo 
un Qscore ≥30, una profundidad ≥ 10, una frecuencia de la variante en esa posición ≥ 0.26, 
aquéllas con un efecto en la proteína y con una frecuencia <0.05 en la población general. Las 
variantes que pasaron estos filtros fueron analizadas mediante programas de predicción. Se 
hizo una revisión de los genes previamente descritos en la literatura relacionados con MA 
sindrómica y aislada. Las variantes obtenidas se buscaron en una base de datos interna, que 
incluye a personas sanas y pacientes con padecimientos no relacionados con MA para 
establecer la frecuencia de éstas y descartar aquellas variantes frecuentes. 
Resultados: Se identificaron 115 expedientes de pacientes con diagnóstico de MA aislada, 10 
de estos casos (9%) correspondieron a MA aislada familiar. Se revaloraron clínicamente 9 
familias y se seleccionó a la familia 1 para análisis con secuenciación de segunda generación. 
Los individuos de esta familia tuvieron alteraciones del pabellón auricular con expresividad 
variable desde rama del hélix prominente hasta MA grado II. Las variantes encontradas fueron 
c.132_134dupCGC_p.Ala45dup en FBXO2, c.729_731dupCAG_p.Ser244dup en BCLB6, 
c.6943C>T_p.Pro2315Ser en AHNAK, c.475G>A_p.Asp159Asn en ASIC1, 
c.2104C>T_p.Pro702Ser y c.340C>A_p.Gln114Lys en ZNF717. Se realizó la búsqueda de las 
seis variantes en una base de datos interna y se encontró que, en los genes FBXO2, BCL6B y 
ZNF717, existe un exceso de heterocigotos con las mismas variantes encontradas en la familia 
1 tanto en individuos sanos como en pacientes, a diferencia de las variantes encontradas en 
AHNAK y ASIC1 que sólo fueron encontradas en los individuos de la familia 1. 
Discusión y conclusiones: La MA fue una causa frecuente de consulta al Departamento de 
Genética del HIMFG. La presentación más frecuente fue la forma esporádica en un 91% de los 
casos, la familiar se presentó en un 9%, lo cual es similar a lo reportado en la literatura. Se 
observó expresividad variable inter e intrafamiliar y los árboles genealógicos sugirieron 
distintos patrones de herencia mendeliana. En la familia 1 se encontraron 6 variantes en 5 
genes, de estas se descartaron las encontradas en FBXO2, BCL6B y ZNF717, debido a que se 
encontraron en diversos individuos de las bases de datos, así mismo se eliminó AHNAK 
porque no estuvo presente en un individuo afectado de la familia 1. Se propone a ASIC1 para 
continuar el análisis para poder relacionarlo con MA, así como realizar exoma en las familias 
restantes, sobre todo aquellas que sugieren un tipo de herencia autosómica dominante.
 
 3 
 
Marco teórico 
Anatomía del pabellón auricular 
El pabellón auricular es una estructura compleja, es específica para cada especie y a pesar de 
que presenta variaciones entre individuos, tiene componentes constantes (Hunter, et al., 
2005). En los seres humanos se encuentra situado a ambos lados de la cabeza, anterior a la 
apófisis mastoides y posterior a la articulación temporomandibular, es parte del oído externo 
junto con el conducto auditivo y la capa externa de la membrana timpánica (Luquetti, et al., 
2012). Su principal función es la captación de las ondas sonoras y la transmisión de éstas 
hacia el oído medio (Latarjet, 2007). El pabellón auricular se encuentra formado por piel, 
cartílago, músculos extrínsecos e intrínsecos; en condiciones normales, se pueden distinguir 
once estructuras principales (Figura 1) (Hunter, et al., 2009), las cuales se describen a 
continuación. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Figura 1. Anatomía del pabellón auricular. Imagen modificada de Shonka DC, et al., 2009. 
 
 
 
 
 4 
x El hélix es el componente externo del pabellón auricular que abarca desde la inserción 
superior en el cráneo hasta la terminación del cartílago en el lóbulo. Se divide en: hélix 
ascendente, el cual se extiende verticalmente desde la raíz; hélix superior, que va a partir 
del final del hélix ascendente y que posteriormente adopta una forma horizontal y 
curvada y el hélix descendente o posterior, que abarca desde el final del hélix superior 
hasta el límite superior del lóbulo (Hunter, et al., 2009). 
x La raíz o rama del hélix es la continuación del hélix superior, la cual se extiende en 
dirección posteroinferior hacia la cavidad de la concha (Hunter, et al., 2009). 
x El antehélix representa la cresta cartilaginosa con forma de Y, curveada, que se origina del 
antitrago y divide al pabellón auricular en la concha, fosa triangular y escafa. Se encuentra 
paralelo y anterior al hélix. Se pueden distinguir las siguientes estructuras: el tallo que es 
la parte que se origina del antitrago, es ligeramente curvado y en la parte superior se 
bifurca para dar lugar a la rama superior del antehélix y la rama inferior del antehélix, 
estos últimos pueden variar en volumen y plegamiento. 
x La rama superior del antehélix, (rama posterior del antehélix), es la cresta cartilaginosa 
superior que se origina de la bifurcación del antehélix y separa la escafa de las fosa 
triangular (Hunter, et al., 2009). 
x La rama inferior del antehélix, (rama anterior del antehélix), es la cresta cartilaginosa que 
se origina de la bifurcación del antehélix y termina por debajo del hélix ascendente, separa 
a la concha de la fosa triangular (Hunter, et al., 2009). 
x La fosa triangular es la concavidad delimitada en la parte superior por larama superior 
del antehélix, en la porción medial por la parte ascendente del hélix y en la parte inferior 
por la rama inferior del antehélix (Hunter, et al., 2009) . 
x La escafa es el surco que se encuentra entre el hélix y el antehélix (Hunter, et al., 2009). 
x El trago es la protrusión formada de cartílago y recubierto por piel que se encuentra 
anterior al conducto auditivo externo, el margen posteroinferior del trago forma la pared 
anterior de la escotadura intertrágica (Hunter, et al., 2009). 
x El antitrago es la protrusión cartilaginosa anteroposterior que se encuentra entre la 
escotadura intertrágica y el origen del antehélix, el margen anterosuperior del trago forma 
la pared posterior de la escotadura intertrágica. (Hunter, et al., 2009). 
x La concha es la fosa delimitada por el trago, la escotadura intertrágica, el antitrago, el 
antehélix y la rama del hélix, ésta se continúa con el conducto auditivo externo. Se 
 
 5 
encuentra dividida, generalmente, por la rama del hélix en una cavidad superior llamada 
cymba y una cavidad inferior llamada cavum (Hunter, et al., 2009). 
x El lóbulo es la parte inferior del pabellón auricular, se encuentra formado por tejidos 
blandos. Esta estructura varía ampliamente en tamaño y en su unión a la porción 
anteroinferior de la cara entre individuos (Hunter, et al. ,2009). 
 
Los músculos auriculares carecen de valor funcional y son considerados rudimentarios, se 
dividen en músculos intrínsecos y extrínsecos. Los músculos intrínsecos se localizan entre las 
porciones cartilaginosas del pabellón auricular y pueden modificar su morfología, incluyen a 
los músculos mayor y menor del hélix, del trago, del antitrago y los músculos transverso y 
oblicuo del pabellón auricular (Latarjet 2007; Drake, 2007). Los músculos extrínsecos se 
insertan en el pabellón auricular y tienen su origen en el cráneo o en la piel cabelluda, pueden 
modificar la orientación del pabellón auricular, incluyen a los músculos auriculares superior, 
anterior y posterior (Latarjet 2007; Drake, 2007). 
 
Los músculos auriculares se encuentran inervados por el nervio facial y la inervación sensitiva 
depende de la región; las partes más superficiales son inervadas por el nervio occipital menor 
y auricular mayor, el plexo cervical y la rama auriculotemporal del nervio mandibular, 
mientras que las regiones más profundas se encuentran inervadas por ramas del nervio facial 
y el vago (Latarjet 2007; Drake, 2007). 
 
La irrigación del pabellón auricular está dada por la arteria auricular posterior la cual se 
origina de la carótida externa. La arteria temporal superficial proporciona las ramas 
auriculares anteriores y la arteria occipital da lugar a una rama. El drenaje venoso está dado 
por los vasos que acompañan a las arterias, con los mismos nombres. El drenaje linfático sigue 
un trayecto anterior al pabellón auricular hasta los nódulos parotídeos y posteriormente 
hasta los nódulos mastoideos (Minoux, et al., 2010). 
 
 
 6 
 
 Embriología del pabellón auricular 
Los arcos branquiales o faríngeos son estructuras transitorias y repetitivas, formados por 
células de la cresta neural, mesodermo y epitelio, se encuentran en la región cefálica de los 
embriones vertebrados y dan lugar a los componentes de cara y cuello, incluyendo al pabellón 
auricular. Cada arco faríngeo comparte una arquitectura similar, así como la habilidad de 
formar elementos esqueléticos, músculos, vasos sanguíneos y nervios. Sin embargo poseen 
una identidad molecular que contribuye a la formación de las distintas estructuras de cara y 
cuello (Anderson, et al., 2013). En la cuarta semana de gestación se inicia la formación de los 
arcos branquiales, cuando ocurre una migración de las células de la cresta neural hacia la 
región de cabeza y cuello (Ozeki, 2013; Moore, et al., 2013). Las células de la cresta neural 
reciben señales específicas del tejido que las rodea para su diferenciación. Primero se forma 
los primeros dos pares de arcos branquiales, después aparecen el tercer y cuarto arcos en 
forma de crestas redondeadas que se disponen de forma oblicua. Al final se desarrollan el 
quinto y sexto arcos, son rudimentarios y no son visibles en la superficie del embrión (Ozeki, 
2013; Moore et al. 2013). 
 
Los arcos faríngeos comparten una estructura similar ya que todos están formados por un 
núcleo de mesénquima el cual procede de las células de la cresta neural que migran hacia los 
arcos branquiales. El núcleo está revestido en la parte exterior por ectodermo y en la parte 
interior por endodermo. Cada arco faríngeo tendrá una arteria, la que se origina a partir del 
tronco arterioso del corazón primitivo, una estructura cartilaginosa, un componente muscular 
y nervios sensitivos y motores (Moore et al. 2013). 
 
Las bolsas branquiales se desarrollan entre los arcos en una secuencia craneocaudal. Están 
formadas por el endodermo de la faringe que reviste las porciones internas de los arcos, la 
cual se invagina. El primer par de bolsas se encuentran entre el primer y segundo arco 
branquial y así de manera sucesiva. Existen cuatro pares de bolsas branquiales bien definidas 
mientras que el quinto par es rudimentario (Ozeki, 2013). Se forman seis pares de arcos 
branquiales en la parte ventral y cinco pares de hendiduras branquiales entre cada arco 
 
 7 
branquial. Al mismo tiempo, cinco pares de bolsas branquiales se desarrollan en el lado 
endodérmico, el cual se diferenciará en la faringe (Ozeki, 2013; Moore, et al., 2013). 
 
Los pabellones auriculares se forman a partir del tejido mesenquimatoso del primer y 
segundo arcos branquiales que rodean a la primera hendidura branquial (Hunter, et al., 
2005). His, en 1882, observó que en los embriones humanos de 12 a 30mm se forman tres 
tubérculos en el primer arco branquial y otros tres en el segundo arco, los que se conocen 
como tubérculos de His (Figura 2). Estos aumentan de tamaño de manera asimétrica y 
coalescen para formar el pabellón auricular. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Figura 2. Formación del pabellón auricular a partir de los tubérculos de His, comparación entre 
diferentes autores. (Imagen modificada de Hunter y Yotsuyanagi 2005). 
 
 
Existe controversia sobre la contribución de cada tubérculo para la formación de las 
estructuras del pabellón auricular (Hunter, et al., 2005). Gardenigo propuso, en 1888, que los 
seis tubérculos se aplanaban y daban lugar a la entrada del conducto auditivo externo y la 
concha y que el pabellón auricular se desarrollaba a partir del tejido adyacente a los 
tubérculos. Sin embargo, Schwalbe en 1897 estableció que los tubérculos tenían un papel 
Tubérculos de�His
Primer�arco� Segundo�
arco
His,�1885�������������Wood-Jones�y�I-Chun,�1983��������������Davis,�1987
Streeter,�1922����������������������Midera,�1982�����������Karmody y�Annino,�1995����������Park�y�Roh,�1999
 
 8 
importante en el desarrollo completo del pabellón auricular, propuso que del tubérculo 1 se 
originaba el trago, del 2 y 3 la raíz y el hélix ascendente, del 4 y del 5 parte del antehélix y del 
6 el anthélix y el lóbulo (Cox, et al., 2014; Hunter, et al., 2005). 
 
En 1933, Wood-Jones y I-Chuan, concluyeron que el trago era la única contribución de los 
tubérculos, esto basado en que la otocefalia presenta alteraciones en el trago y a su vez ésta se 
debe a la falla en el desarrollo del primer arco branquial. 
 
La controversia en cuanto a la contribución de cada tubérculo, ha originado que el estudio de 
las malformaciones del oído externo, tanto aisladas como sindrómicas, haya cobrado 
importancia para conocer más la embriología de los pabellones auriculares (Hunter, et al., 
2005). Los pabellones auriculares completan su formación en la región cervical y en la fase 
embrionaria tardía tienen que desplazarse hacia arriba para que ocupen su posición a ambos 
lados de la cabeza alrededor dela semana 32 de gestación (Oseki 2014). 
 
Genes involucrados en la embriología del pabellón auricular 
 
La aplicación de nuevas estrategias en la biología y la genética han permitido el conocimiento 
de algunos de los mecanismos moleculares que controlan el desarrollo craneofacial. La 
mayoría de los estudios para establecer los genes que participan en las diferentes etapas del 
desarrollo del pabellón auricular se han realizado en animales, en particular en modelos 
murinos (Luquetti, et al., 2012). Para su mejor entendimiento, los genes involucrados en la 
embriología de los arcos faríngeos y del pabellón auricular se dividen en cuatro etapas que se 
describen a continuación: 
1. Migración de las células de la cresta neural hacia la región de cabeza y cuello. 
Las células de la cresta neural que se originan en el diencéfalo y mesencéfalo anterior migran 
hacia el proceso frontonasal, mientras que aquéllas formadas del mesencéfalo y del 
rombencéfalo, el cual es transitoriamente subdividido en siete estructuras llamadas 
rombómeros (R1-R7), llegan a los arcos branquiales (Minoux, et al., 2010). 
 
Es necesaria la presencia de mecanismos moleculares que establezcan y controlen la 
segmentación y el patrón de los rombómeros de los cuales migrarán las células. En la mayoría 
 
 9 
de los vertebrados, las células segregan en corrientes que son separadas por regiones libres 
de crestas, laterales al R3 y al R5, el mesénquima de esta área inhibe la migración de células 
por la expresión de los genes Erbb4 (receptor de superficie celular de tipo tirosina cinasa 
HER4), Nrp (proteína relacionada al ensamblaje proteico del nucleosoma) y Sema (semaforina). 
Adicionalmente, se requiere de mecanismos que dirijan a las células de la cresta neural que sí 
migrarán. El gen Twist, que es expresado por el mesénquima faríngeo y Tbx1 (T-box1) que se 
expresa en el mesodermo de los arcos branquiales y en el endodermo de las bolsas 
branquiales, son requeridos para la migración de las células de la cresta neural hacia el primer 
y segundo arco branquial, otros de los genes implicados en este proceso son Nrp, Eph 
(receptor tirosina cinasa) (Minoux, et al., 2010). 
 
2. Establecimiento de la identidad espacial de las células de la cresta neural. 
Una vez que las células de la cresta neural han llegado a los arcos branquiales, es necesario 
establecer la identidad espacial, para lo que se requiere de una red de señales extracelulares o 
morfógenos y moléculas efectoras intracelulares. 
 
Identidad posicional del eje anteroposterior 
Las células de la cresta neural una vez establecidas en los arcos branquiales expresan genes 
Hox (Santagati, et al., 2003) que pertenecen a la superfamilia Homeobox. Estos genes se 
caracterizan por tener una secuencia similar de 180 pares de bases que codifica para un 
dominio de unión a DNA llamado homeodominio, las proteínas codificadas son factores de 
transcripción que participan en el desarrollo embriológico a través del control de procesos 
celulares como proliferación, diferenciación, apoptosis, adhesión celular y migración 
(Christensen, et al., 2008; Pearson, et al., 2005). 
 
Las homeoproteínas contienen motivos adicionales que pueden contribuir a la unión del DNA 
y por lo tanto, modifican la especificidad a los genes diana; estos motivos adicionales, así 
como variaciones en el homeodominio son utilizados para dividir a la superfamilia en familias 
y subfamilias como Hox, Msx, Six, Eya, entre otras (Christensen et al., 2008). 
 
Los genes Hox establecen el eje anteroposterior del cuerpo (Hueber, et al., 2008), incluido el 
mesénquima de los arcos branquiales (Santagati, et al., 2003). Estos genes fueron descritos 
 
 10 
por primera vez en Drosophila melanogaster, en relación a mutaciones o transformaciones 
homeóticas (aquellas que dan lugar a estructuras diferentes a las identificadas de manera 
original). Los genes Hox ancestrales se duplicaron y ocuparon una posición similar en 
mamíferos originando genes parálogos. Si bien se considera que existían 13 genes por grupo, 
por procesos evolutivos han desaparecido algunos de estos. En los humanos se encuentran 
reunidos en cuatro grupos: HOXA (locus 7p15), HOXB (locus 17q21.2), HOXC (locus 12q13) y 
HOXD (locus 2q31); cada grupo tiene un número diferente de genes HOX. 
 
La posición física de los genes Hox se relaciona con la expresión secuencial a lo largo del eje 
embrionario, así los genes localizados en el extremo 3´ presentan una expresión rostral 
mientras que los ubicados en el extremo 5´ se expresan en estructuras posteriores, 
característica conocida como colinearidad, así mismo aquéllos que se encuentran en el 
extremo 3´se expresan primero en tiempo que aquéllos que se encuentran en el extremo 5´ 
(Santagati, et al., 2003). 
 
En modelos murinos el gen Hoxa1 participa en la formación del pabellón auricular, en ratones, 
la inactivación de este gen causa hipoplasia de pabellones auriculares y anormalidades del 
oído medio e interno, mientras que la mutación compuesta en Hoxa1/Hoxb1 resulta en anotia 
(Luquetti, et al., 2012). El gen Hoxa2 es fundamental para la definición de la identidad del 
segundo arco branquial y por lo tanto para el desarrollo inicial del pabellón auricular. La 
depleción de Hoxa2 causa que el segundo arco branquial pierda su identidad, en lugar de 
formar las estructuras específicas de éste se lleva a cabo una transformación homeótica en 
estructuras del primer arco branquial (Santagati & Rijli, 2003), que puede originar 
duplicaciones en espejo (Cox, et al., 2014). Los ratones knockout Hoxa2 presentan microtia 
severa acompañada de duplicación del conducto auditivo externo (Luquetti, et al., 2012) (Cox, 
et al., 2014). 
Identidad posicional del eje dorsoventral 
Los genes Dlx se expresan a lo largo del eje dorsoventral de los arcos branquiales y 
proporcionan identidad posicional a las células de la cresta neural, sin embargo no se ha 
demostrado su papel en el desarrollo o la patología de los pabellones auriculares. (Santagati, 
et al., 2003). 
 
 
 11 
 
 
Otros genes 
Se han descrito otros genes Homeobox como Six y Eya cuyas variantes patogénicas generan 
cambios del pabellón auricular, por lo que se postula que tienen una papel relevante en la 
embriología de éste (Luquetti, et al., 2012). 
 
La familia de genes SIX (sine oculis homeobox) (SIX1-6) son ortólogos de los genes Six en 
Drosophila melanogaster. Mutaciones en Six1 en ranas, pollos y ratones resultan en 
alteraciones craneofaciales (Laclef, et al., 2003)(Luquetti, et al., 2012), mutaciones en 
Six1/Six4 resulta en ratones con microtia (Laclef, et al., 2003). 
 
La familia de genes EYA son ortólogos a los genes Eya en Drosophila melanogaster (eyes 
absent). EYA forma un complejo con SIX (EYA-SIX) que regula el desarrollo de diferentes 
tejidos y órganos en vertebrados y moscas. Estudios en Eya1 han demostrado que participan 
en el desarrollo del cartílago del pabellón auricular, ratones knockout Eya1 presentan anotia 
(Luquetti, et al., 2012). 
 
3. Determinación de la identidad del primer y segundo arco branquial. 
El gen ET-1 (MIM 131240) en 6p24.1 codifica para endotelina-1 (ET-1), una proteína de 21 
aminoácidos secretada en la región de los arcos branquiales por las células del endotelio 
vascular (Santagati, et al., 2003). Las células de la cresta neural que migran hacia el primer 
arco branquial expresan el receptor tipo A de la endotelina-1 (ETAR) (Ozeki, 2013). 
 
La interacción molecular entre ET-1 y su receptor ETAR activa la proteína Gq/11 que ocasiona 
la expresión del factor de transcripción homeótico Dlx5/6 en la porción distal del primer y 
segundo arco branquial, con esto adquieren su identidad y diferenciación molecular. En 
modelos murinos la deficiencia de Et-1 causa microtia-atresia y malformaciones de cadena de 
huesecillos del oído medio (Ozeki, 2013). 
 
 
 
 
 124. Formación y unión de los tubérculos de His. 
El análisis de individuos con apéndices pre auriculares ha propuesto a genes como SALL1 
(MIM 602218), SIX1 (MIM 601205) y SIX5 (MIM 600963) como candidatos a participar en 
esta etapa (Cox, et al., 2014). 
 
 
 
 13 
Exploración física y descripción clínica del pabellón auricular 
La evaluación del pabellón auricular debe de incluir (Hall, et al., 2007): 
1. Región preauricular: búsqueda de apéndices, fístulas y fosetas. 
2. Trago: tamaño en proporción a la longitud del pabellón auricular. 
3. Conducto auditivo externo: presencia o ausencia y si está estrecho. 
4. Superficie anterior y posterior del hélix. 
5. Longitud del pabellón auricular y su simetría con el contralateral 
6. Implantación del pabellón auricular. 
 
Longitud del pabellón auricular 
Se considera como la distancia máxima que va de la parte más superior del hélix ascendente 
hasta la porción más inferior del lóbulo, la medición se debe de hacer con una cinta métrica o 
una regla transparente calibrada, con el paciente de pie, la cabeza en posición de descanso y la 
vista hacia el frente (Figura 3). El examinador se deberá de colocar del lado a evaluar, en los 
pacientes pediátricos o poco cooperadores, la medición puede hacerse con el individuo en 
decúbito dorsal con la cabeza orientada hacia el lado a examinar. La medición debe de ser 
graficada dependiendo de la edad (Figura 3)(Hall, et al., 2007). 
 
 
 
 
 
Figura 3. Técnica para medición de longitud del pabellón auricular. (Imagen tomada de (Hall ,et al., 
2007)). 
 
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Media
 
 14 
Implantación del pabellón auricular 
La técnica más utilizada por su practicidad, es el método propuesto por Aase, en el que se 
establece que el paciente debe valorarse de perfil y trazar una línea horizontal que pase por el 
canto externo del ojo en dirección al pabellón auricular, si la línea cruza cerca de la inserción 
superior del pabellón auricular se considera una implantación adecuada. Si esta línea queda 
por arriba del pabellón auricular se establece que es una implantación baja (Hall, et al., 2007). 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 15 
 
Microtia-Atresia 
El término microtia-atresia (MA) se refiere a alteraciones congénitas del pabellón auricular 
que abarca desde la disminución en tamaño con cambios mínimos en la morfología, hasta la 
ausencia total del pabellón auricular o anotia (Cox, et al., 2014). No hay un consenso en la 
nomenclatura para definir las variaciones en la presentación clínica; por ejemplo, algunos 
autores utilizan el término microtia para referirse a cualquier tipo de alteración, mientras 
otros usan el término microtia-anotia para definir las diferentes presentaciones (Hunter, et al., 
2009; Luquetti, et al., 2011). 
 
En este trabajo se utilizó el término de MA para hacer referencia a la variabilidad del espectro 
de la malformación que abarca desde microtia hasta atresia del conducto auditivo (Aguinaga-
Ríos, et al., 2014). Para efectos de clasificación clínica de acuerdo a la clasificación de Hunter 
se utilizó el término microtia en referencia a la patología y el término anotia fue utilizado para 
la manifestación más severa del espectro (Tabla 1) (Hunter, et al., 2009) . 
 
 
 
Tabla 1. Clasificación de la microtia . 
Grado Definición clínica de la microtia 
1 - Tamaño de pabellón auricular por debajo de 2 desviaciones estándar. 
- Se encuentran presentes la mayoría de las estructuras. 
2 - Presencia de cartílago. 
- Forma de “S” o signo de interrogación. 
3 - No hay presencia de cartílago. 
- Rudimento de tejido blando. 
4 - Ausencia total de pabellón auricular (anotia). 
La clasificación se consideró de acuerdo a la propuesta por Hunter en (Hunter, et al., 2009) 
 
 
 
 16 
La prevalencia de la MA varía dependiendo de la población estudiada desde 0.83 a 17.4 por 10 
000 nacimientos. Es más frecuente en las poblaciones hispana, asiática, nativa-americana y 
andina (Hoyt, et al., 2014; Luquetti, et al., 2012). En México la prevalencia es de 1 en 500 
embarazos y de 1 en 1 500 recién nacidos vivos (Llano-Rivas, et al., 1999; Aguinaga-Ríos, et al., 
2014). 
 
La MA se presenta de manera predominante en forma unilateral (79 al 93% de los pacientes) 
(Luquetti, et al., 2011), en el 60% de los casos se afecta el pabellón auricular derecho (Cox, et 
al., 2014). Esta alteración es más común en varones, con un riesgo aumentado del 20 al 40% 
en comparación con las mujeres (Luquetti, et al., 2012). 
 
Los pacientes con MA unilateral pueden tener audición normal del pabellón auricular no 
afectado y, si bien en estos casos el lenguaje tiene una presentación normal, se ha observado 
que tienen un mayor riesgo de presentar retraso en el desarrollo del lenguaje y trastorno de 
déficit de atención (Kelley, et al., 2007). Más del 90% de los pacientes presenta hipoacusia 
conductiva del lado afectado con MA (Ishimoto, et al., 2007), debido a alteraciones 
concomitantes como la atresia del conducto auditivo externo, defectos en el desarrollo de la 
membrana timpánica o de los huesecillos del oído medio. La existencia de anomalías 
estructurales adicionales es sugestiva de un problema de desarrollo más amplio y por lo tanto, 
en cada caso se debe llevar a cabo la evaluación exhaustiva y detallada de las características 
de la MA. El análisis debe incluir la revisión de la región maxilar inferior y temporal, dada la 
proximidad de estructuras y el origen embrionario en común que da lugar a las estructuras 
del oído externo, medio y la mandíbula La MA se puede clasificar en sindrómica o aislada, 
dependiendo de la presencia o ausencia de alteraciones adicionales (Cox, et al., 2014). 
 
 
 17 
Microtia-Atresia sindrómica 
El término de microtia-atresia sindrómica aplica cuando está acompañada de otras 
manifestaciones clínicas. Entre el 20 y el 60% de los pacientes con microtia-atresia presenta 
un síndrome reconocible como por ejemplo el síndrome de Treacher-Collins (MIM 154500) o 
al menos una anomalía mayor no asociada con la alteración del oído, como en el espectro 
Óculo-Aurículo-Vertebral (MIM 164210) (Cox, et al., 2014). De manera general, las 
malformaciones asociadas más comunes son alteraciones vertebrales, macrostomía, fisuras 
faciales, asimetría facial, alteraciones renales y defectos cardiacos. Se han descrito 30 genes, 
relacionados con síndromes en los que una de sus principales alteraciones es la MA (Tabla 
2)(Luquetti, et al., 2011; Cox, et al., 2014). 
 
Tabla 2. Síndromes que cursan microtia-atresia. 
Se presentan algunos de los genes conocidos que entre sus características presentan microtia-atresia. 
A.D.: autosómico dominante, A.R.: autosómico recesivo (Luquetti, et al., 2011; Cox, et al., 2014). 
 
 18 
 
Microtia-Atresia aislada 
El 25 al 45% de las MA tienen una presentación aislada; es decir, no se acompañan de otras 
alteraciones (Hoyt, et al., 2014). La microtia-atresia aislada puede presentarse de manera 
esporádica o de manera familiar y puede suponerse que la arquitectura genética es distinta en 
un caso y en otro. La MA esporádica es una enfermedad de tipo común, que se piensa que es 
causada por la combinación de polimorfismos de bajo riesgo, los cuales al interactuar con 
factores ambientales darán lugar al fenotipo de la enfermedad (Thomas, 2010; Haines, et al., 
2006). Esto es lo que se conoce como la hipótesis de la enfermedad común - variante común. 
Se ha propuesto que las microtias-atresias esporádicas tienen una etiología multifactorial 
(Luquetti, et al., 2012; Paput, et al., 2012). Los factores ambientales que se han relacionado 
incluyen peso bajo al nacer, diabetes mellitus materna, edad materna avanzada, baja 
educación materna, grupo étnico hispánico y eluso de medicamentos del embarazo como 
retinoides, talidomida y micofenolato (Anderka, et al., 2009). Un factor controversial es altitud 
mayor a 2 500 metros a nivel del mar, que se ha estudiado en pacientes de América del Sur 
(Castilla, et al., 1986). Sin embargo, se ha propuesto que esta asociación pudiera ser un factor 
de confusión y que la verdadera asociación pueda estar relacionada con el origen étnico, dada 
la proporción elevada de nativos de ascendencia americana en regiones de gran altitud (Cox, 
et al., 2014). 
En contraste con lo anterior, algunos casos familiares en donde varias personas están 
afectadas, podrían deberse a la segregación de mutaciones específicas o privadas para cada 
familia; el 4% de los casos de MA aislada son familiares (Cox, et al., 2014). En algunos casos 
familiares la segregación correspondería a la de una enfermedad monogénica o con herencia 
mendeliana (Alasti, et al., 2009; Chafai, et al., 2010; Brown, et al., 2013). 
 
 
 19 
Genética de la Microtia-Atresia aislada 
 
En Genética Médica se utiliza el término variante patogénica o mutación para definir los 
cambios heredables en la secuencia de nucleótidos del DNA que afectan la función de los 
genes y alteran el fenotipo o producen enfermedad. El término variante no patogénica o 
polimorfismo se usa para referirse a los cambios que no producen enfermedad por sí solos y 
que pueden constituir parte de la variación entre los individuos. Dado que los polimorfismos 
constituyen cambios estables en el genoma, su frecuencia debe ser de al menos 1% en la 
población, esto para confirmar que es parte de la variación y que no se trate de una mutación 
de novo (Cervantes, et al., 2012) . Desde 1998 se sugirió reemplazar los términos de 
polimorfismo y mutación por el término de variantes en la secuencia para evitar confusión en 
las definiciones (Antonarakis, et al., 1998; Den Dunnen, et al., 2001), por lo que en la 
actualidad se prefiere el término variante genética o variante en la secuencia de nucleótidos 
(Ogino, et al., 2007). 
La evidencia de la contribución genética en la MA aislada, tanto esporádica como familiar, se 
basa en cuatro aspectos: 
1) La mayor concordancia de esta patología en gemelos monocigotos que en dicigotos (38.5% 
y 4.5%, respectivamente) (Artunduaga, et al., 2009). Adhikari y colaboradores, en el 2015, 
reportaron una heredabilidad de las malformaciones del pabellón auricular en un rango del 
61% al 25% (Adhikari, et al., 2015). 
2) Los casos familiares con un modo de herencia autosómico recesivo o autosómico 
dominante, con expresión variable y penetrancia incompleta (Balikova, et al., 2008; Chafai 
Elalaoui, et al., 2010; Klockars, Suutarla, et al., 2007). En la base de datos Mendelian in 
Heritance in Man (MIM) se tienen registradas dos entradas para microtia aislada. La primera 
se refiere a microtia con hipoacusia conductiva (MIM 251800) en donde se citan 
publicaciones desde 1968 de pacientes con microtia de presentación familiar con un patrón 
de herencia sugestivo por árbol genealógico de tipo autosómico recesivo. La segunda 
referencia es para la microtia-anotia (MIM 600674) en donde se describen casos familiares de 
microtia-atresia con herencia autosómica dominante (www.omim.org). El factor genético de 
estos casos ha sido estudiado en algunas familias y se han reportado variantes en genes como 
 
 20 
HOXA2 y HOXB6 (MIM 604685 y 142961, respectivamente) (Alasti, et al., 2008; Brown, et al., 
2013; Piceci, et al., 2016) 
3) Los modelos en animales donde se identificaron algunos genes específicos necesarios para 
el desarrollo del oído. Uno de los genes estudiados es Hoxa2 que se ha considerado un 
regulador importante en el desarrollo de los arcos braquiales en ratones. Otros genes 
reportados en la embriogénesis de los pabellones auriculares en ratones son Six1 y Eya1 (Cox, 
et al., 2014). Qiao y colaboradores realizaron estudios en modelos porcinos, debido a que las 
características anatómicas y fisiológicas del sistema auditivo de los cerdos son más parecidas 
a las de los humanos. El análisis de asociación de genoma completo en un caso familiar de 
microtia en cerdos, identificó una variante homocigota c.451delinsTC en el gen Hoxa1 (Qiao, et 
al., 2015). 
4) La identificación de mutaciones privadas en HOXA2 en dos familias con segregación de 
microtia-atresia (Alasti, et al., 2009; Brown, et al., 2013). 
Son pocos los estudios genéticos de microtia-atresia aislada en humanos y en su mayoría no 
se ha encontrado la causa genética (Zhang, et al., 2009; Monks, et al., 2010). Esto sugiere que 
falta por descubrir una fracción importante de los genes implicados en el desarrollo de la 
estructura del oído y de sus mutaciones que podrían asociarse con la microtia-atresia. 
El interés de este proyecto se enfoca en la microtia-atresia aislada familiar. Existen diversos 
procedimientos para mapear e identificar los genes responsables de enfermedades con 
distribución familiar y herencia mendeliana. Uno de los más exitosos ha sido el análisis de 
ligamiento, el cual requiere de familias grandes en las cuales se observa la segregación del 
fenotipo de interés en tres o más generaciones con varios individuos afectados por generación. 
(Lathrop, et al., 1984; Lander, et al., 1986; Barrett, et al., 2011; Teare, 2011). 
En el 2014, Li y colaboradores realizaron un análisis de ligamiento en una familia con 10 
individuos con microtia atresia y 4 sanos. Reportaron un locus de susceptibilidad en 4p15.32-
4p16.2, en donde se encuentran genes como EVC (MIM 604831), EVC2 (MIM 607261), SLC2A9 
(MIM 606142), NKX3-2C (MIM 602183) y HMX1 (MIM 142992), involucrados en el desarrollo 
embriológico de distintos órganos. Los autores seleccionaron EVC, que participa en la 
formación de cartílago, y NKX3-2 y HMX1, que se han descrito en microtia, para realizar 
 
 21 
secuenciación Sanger de estos genes en 5 individuos afectados. Sin embargo, no encontraron 
variantes que segregaran con el fenotipo y concluyeron que se requerían de estudios 
adicionales para identificar al posible gen asociado a esta patología (Li, et al., 2014). 
Análisis genómico por secuenciación de segunda generación 
La secuenciación automatizada con el método de Sanger, es considerada una tecnología de 
primera generación, en la que se puede establecer el orden de nucleótidos de una secuencia 
conocida de una longitud determinada. Ésta fue por mucho tiempo el método para el análisis 
genético, sin embargo, debido a la necesidad de secuenciar una mayor cantidad de material en 
menor tiempo y a menor costo se desarrollaron nuevas tecnologías denominadas 
secuenciación de segunda generación, que tienen como objetivo conocer un volumen más 
amplio de información en un solo experimento (Metzker, 2009). 
 
Si bien cada casa comercial utiliza un método distinto para llevar a cabo la secuenciación de 
segunda generación, se comparten ciertos pasos fundamentales (Mardis, 2008; Ansorge, 
2009; Goodwin, et al., 2016;): 
 
1. Creación de bibliotecas de fragmentos de DNA de una sola cadena. 
2. Amplificación del material genético. 
3. Secuenciación. 
4. Análisis de datos. 
 
Aplicación del análisis de secuenciación de segunda generación para 
identificación de genes en microtia-atresia 
Una alternativa para buscar los genes responsables de enfermedades mendelianas es la 
secuenciación de segunda generación (Wong ; Janitz 2008; Su et al. 2011) que involucra la 
segmentación del genoma en millones de fragmentos y la determinación simultánea de la 
secuencia de cada uno de esos fragmentos, en un solo experimento. Los avances tecnológicos 
han permitido disminuir el costo de este procedimiento (Wong ; Janitz 2008) que no requiere 
un número mínimo de individuos afectados, aunque sí es conveniente el estudio de más de un 
individuo con el mismo padecimiento, con el objetivo de facilitar el análisis de los resultados yde proporcionar mayor solidez a las conclusiones. 
 
 22 
La secuenciación de segunda generación ha permitido identificar los genes responsables de 
numerosas enfermedades mendelianas como el síndrome de Nager (MIM 154400) (Bernier, et 
al., 2012), síndrome de Robinow (MIM 268310) (Bunn et al. 2015; White et al. 2015), 
disostosis acrofacial tipo Cincinnati (MIM 616462) (Weaver et al. 2015), disostosis 
mandibulofacial con alopecia (MIM 616367) (Gordon et al. 2015), distrofia de conos y 
bastones (MIM 216900) (Shaikh et al. 2015) y síndrome de Zimmermann-Laband (MIM 
135500) (Kortum et al. 2015), entre muchas otras. 
Brown y colaboradores en el año 2013 (Brown, et al., 2013) estudiaron a una familia con 
ancestría europea, con siete individuos afectados con diferentes grados de microtia, el árbol 
genealógico sugería un tipo de herencia autosómica dominante. Se realizó secuenciación de 
segunda generación a cuatro de los pacientes y obtuvieron siete variantes en genes 
candidatos, estos fueron HOXA2 (MIM 604685), TTN (MIM 188840), FN1 (MIM 135600), 
NPAT (MIM 601448), HMBS (MIM 609806), NOTUM (MIM 609847) y SUSD2 (MIM 615825). 
Debido a que la variante encontrada en el gen HOXA2 producía una proteína trunca (c.703C>T, 
p.Q235∗) y que se había identificado previamente una variante en estado homocigoto en este 
gen en una familia consanguínea con microtia sindrómica, se decidió enfocar el estudio en 
esta gen. La secuenciación tipo Sanger encontró esta variante en los siete pacientes afectados, 
no así en los individuos sanos de la familia. Posteriormente, el gen HOXA2 fue secuenciado en 
119 individuos con microtia-atresia originarios de Ecuador y Colombia, ambas regiones con 
alta prevalencia de microtia y en 218 controles provenientes de las mismas regiones étnicas. 
La variante c.703C>T (p.Q235 *) no se detectó en ninguna de las muestras de casos ni 
controles. Se encontró un paciente con microtia atresia unilateral no sindrómica originario de 
Ecuador con una variante de sentido equivocado que produce el cambio c.766G>A, p.L256F. 
Así mismo, se reportó otro paciente con microtia atresia no sindrómica unilateral, originario 
de Colombia, con la variante de tipo sentido equivocado c.124G> T, p.L42I. Estas dos variantes 
afectan a la proteína en residuos evolutivamente conservados; sin embargo cada una de éstas 
también se encontró en un control, lo que pudiera indicar que estas variantes son benignas o 
que en combinación con otra variante del gen HOXA2, no detectada (posiblemente en una 
porción no codificante del gen), son responsables de la microtia en estos pacientes. Los 
autores concluyeron que las mutaciones en el gen HOXA2 son una causa infrecuente de 
 
 23 
microtia atresia unilateral no sindrómica en las poblaciones de América del Sur (Brown, et al., 
2013). 
 
 
 24 
Planteamiento del problema 
La microtia-atresia es un problema de salud pública en México debido a su alta frecuencia y a 
las consecuencias que ésta conlleva, en parte por las secuelas psicosociales y las limitaciones 
de los pacientes para comunicarse e interactuar con su medio, así como el retardo en el 
desarrollo del lenguaje y las múltiples cirugías a las que algunos pacientes se someten. 
El oído, al ser una estructura compleja, requiere de la participación de múltiples genes que 
trabajan en red para su desarrollo, tanto morfológico como fisiológico y que deben interactuar 
en un orden y en un tiempo definido. Si bien se conocen algunos genes importantes en este 
proceso, la gran mayoría de los estudios se ha realizado en modelos murinos y las alteraciones 
en los genes identificados en estos modelos se han demostrado en pocos casos en humanos. 
Esto sugiere que existen más genes que participan en el desarrollo del oído y que pueden 
estar alterados en esta enfermedad. 
 
Pregunta de investigación 
¿Cuáles son las variantes genéticas, encontradas por secuenciación de segunda generación, en 
pacientes con microtia-atresia de presentación familiar? 
 
 
 
 25 
 
Justificación 
 
El realizar secuenciación de segunda generación a pacientes afectados con microtia-atresia 
aislada familiar permitirá identificar variantes en genes relacionados con esta patología. Esto 
aportará conocimiento nuevo en el desarrollo del oído lo que a su vez explicará las causas 
genéticas de casos de microtia atresia aislada esporádica. 
 
 
 
 26 
 
Hipótesis 
Se encontrarán variantes en genes diferentes a los reportados previamente, en pacientes con 
microtia atresia de presentación familiar, por secuenciación de segunda generación. 
 
Objetivos 
Objetivo General 
Identificar variantes genéticas que pudieran ser relacionadas con casos de microtia-atresia de 
presentación familiar. 
 
Objetivos Particulares 
x Caracterizar fenotípicamente a los pacientes con microtia-atresia de presentación 
familiar. 
x Establecer por métodos bioinformáticos el posible efecto de las variantes genéticas 
halladas. 
 
 
 
 
 
 
 27 
 
Metodología 
Diseño del Estudio 
Tipo de diseño: observacional. 
Método de observación: transversal. 
Tipo de análisis: descriptivo. 
Sitio 
x Departamento de Genética, Hospital Infantil de México Federico Gómez. 
x Laboratorio de Genómica, Genética y Bioinformática, Hospital Infantil de México Federico 
Gómez. 
Universo de Pacientes 
Los pacientes fueron seleccionados entre aquéllos que acudieron al Departamento de 
Genética del Hospital Infantil de México Federico Gómez con diagnóstico clínico de microtia-
atresia no sindrómica de presentación familiar y que cumplieron con los criterios de selección 
detallados en las siguientes secciones. 
Este protocolo fue aprobado por el Comité de Investigación del Hospital Infantil Federico 
Gómez con el registro HIM 2016-003. 
Para fines de este trabajo, se definió caso familiar a dos o más pacientes con microtia-atresia 
aislada pertenecientes a una misma familia. Los afectados debían estar relacionados en 
primer o segundo grado de parentesco. 
Muestreo 
No probabilístico por conveniencia, de forma consecutiva. 
Tamaño de la Muestra 
Se identificaron 10 familias con microtia-atresia aislada; la familia con mayor número de 
afectados fue de 7 y el mínimo fue de 2. Fue posible revalorar a 9 familias y se realizó estudio 
genomico a la familia 1. 
 
 
 
 28 
 
Criterios de Selección 
Criterios de Inclusión 
1. Pacientes con microtia atresia aislada de presentación familiar (dos o más individuos 
con microtia-atresia aislada, dentro de una misma familia, relacionados en primer o 
segundo grado de parentesco). 
2. Pacientes desde recién nacidos hasta adultos, de cualquier género. 
3. Que deseen participar en el estudio mediante firma de carta de consentimiento 
informado y asentimiento informado. 
Criterios de Exclusión 
1. Pacientes con antecedente de diabetes mellitus materna durante su gestación, uso de 
teratógenos como retinoides, talidomida o micofenolato durante el embarazo. 
2. Contraindicación para toma de muestra. 
Criterios de Eliminación 
1. Deseo voluntario de retirarse del estudio. 
2. Que no pudiera obtenerse DNA genómico en calidad o cantidad suficientes para el 
estudio. 
Descripción General del Estudio 
x Los pacientes con diagnóstico de microtia-atresia fueron identificados en los registros de 
consulta del Hospital Infantil de México Federico Gómez, abarcando el periodo de enero 
2005 a diciembre 2015. 
x Se revisaron los expedientes clínicos de los pacientes identificados. 
x Se seleccionaron los casos de microtia-atresia familiar que cumplieron con los criterios de 
selección. 
x Se invitó a familiares afectados a participar en el estudio. 
x Se actualizó la historia clínica de los pacientes y se tomaron fotografías clínicas. 
x Se extrajeron hasta 2 ml de sangre periférica a los participantes. Las muestras de sangre 
se recolectaron en tubos con anticoagulante EDTA y se almacenaron a 4ºC hastael 
momento de ser procesadas. 
 
 29 
x Se extrajo DNA mediante método de columnas con el paquete comercial Quick-DNA, Zymo 
Research ® (Irvine, California, E.U.A.) (Anexo 1). 
x Se preparó el DNA de la familia 1 para realizar secuenciación de segunda generación 
mediante el paquete comercial Nextera Rapid Capture Exome de Illumina Inc® (San Diego, 
California, E.U.A.) (Anexo 2). 
x En la familia 1 se realizó secuenciación de segunda generación de exoma mediante la 
técnica de secuenciación por síntesis con terminadores reversibles (Illumina). Se 
secuenciaron 150 bases de ambos extremos pareados de cada fragmento. El secuenciador 
NextSeq 500 (Illumina) generó archivos FASTQ, es decir, documentos con la secuencia de 
nucleótidos acompañada de los valores de calidad. Posteriormente se utilizó el programa 
Isaac Enrichment v2.1 (Illumina) para alinear las lecturas con el genoma humano de 
referencia (hg19) y para identificar las variantes. Este programa está basado en versiones 
modificadas de los algoritmos BWA y GATK. 
 
Plan de análisis de los datos 
 
Análisis general de los datos de secuenciación de segunda generación. 
Las variantes encontradas fueron filtradas siguiendo los siguientes criterios: 
x Primer filtro: parámetros de calidad, se seleccionaron aquellas variantes que 
cumplieron con parámetros de calidad. 
o Qscore ≥30. Es la medida más utilizada para evaluar la precisión de la 
secuenciación, indica la probabilidad de que una base haya sido llamada 
erróneamente. Un Qscore ≥30 indica que la probabilidad del error es igual o 
menor a 1 en 1 000, por lo que la precisión es de al menos 99.9%. 
o Profundidad ≥ 10. Describe el número de lecturas en una posición 
determinada. Una profundidad ≥ 10 indica que la posición fue leída 10 veces o 
más. 
o Frecuencia mínima del alelo alternativo de 20%. 
x Segundo filtro: consecuencia, se escogieron las variantes que tienen un efecto en la 
proteína, es decir, mutaciones puntuales de sentido equivocado, sin sentido, 
 
 30 
deleciones, inserciones, supresión de codones de paro, alteración en sitios de splicing 
y corrimiento en el marco de lectura. 
x Tercer filtro: frecuencia, se eligieron aquellas variantes con una frecuencia <0.01 (se 
utilizó lo reportado en las bases de datos: Proyecto de los 1000 genomas, ExAC y EVS) 
para descartar variantes frecuentes en la población general. 
x Cuarto filtro: análisis de segregación, en base a la forma de herencia, en el caso de la 
familia 1 por árbol genealógico se sospechó de una herencia autosómica dominante 
con penetrancia incompleta, por lo que se seleccionaron las variantes que se 
encontraran en estado heterocigoto. Se postuló que debido a que los individuos 
afectados corresponden a la rama paterna de la propósita, la variante patogénica 
segregó de generación en generación y que el padre de la propósita no presenta 
alteraciones a nivel del pabellón auricular por penetrancia incompleta. 
 
En el análisis de las variantes se hizo énfasis en la revisión de los genes que se conocen que 
están relacionados con MA sindrómica (tabla 2), así como los genes HOXA2, HOXA1 y HOXB6, 
que se han reportado en algunos casos de MA aislada. 
 
Las variantes que pasaron estos filtros fueron analizadas mediante VeP (Variant effect 
Predictor, de Ensembl v.GRCh37.p13) para predecir el efecto de los cambios en regiones 
codificadoras mediante programas como SIFT (Kumar, et al., 2009; Ng, et al., 2001, 2002, 
2003) y PolyPhen-2 (Adzhubei, et al., 2001). 
 
Finalmente, se buscaron las variantes obtenidas en una base de datos interna que incluye a 
personas sanas y pacientes con algún padecimiento no relacionado a MA para evaluar la 
frecuencia en nuestra población. 
 
 
 
 31 
Descripción de variables 
Tabla 3. Variables consideradas en los pacientes de las familias con MA. 
Variable Definición Relación Categoría Unidad de 
medición 
Sexo Hombre / Mujer Variable 
independiente. 
Cualitativa 
nominal 
dicotómica. 
Hombre / mujer. 
Grado de 
microtia atresia 
Severidad de la 
alteración del 
pabellón 
auricular. 
Variable 
dependiente. 
Cualitativa 
ordinal. 
Escala de Hunter 
(I a IV) 
Lateralidad Pabellón 
auricular 
afectado. 
Variable 
dependiente. 
Cualitativa 
nominal 
policotómica. 
Derecho / 
izquierdo / 
bilateral 
Variaciones 
genéticas 
Cambio en la 
secuencia del 
gen. 
Variable 
independiente. 
Cualitativa 
nominal. 
Nomenclatura 
de Human 
Genome 
Variation 
Society (den 
Dunnen & 
Antonarakis 
2000). 
 
 
 
 
 32 
 
Resultados 
Resultados clínicos 
 
Se identificaron 115 expedientes con diagnóstico de microtia-atresia aislada, 10 casos (9%) 
correspondieron a microtia-atresia aislada familiar y 105 individuos (91%) fueron 
considerados con MA de presentación esporádica (Gráfica 1). 
 
 
Figura 3. Pacientes con microtia-atresia aislada diagnosticados en el HIMFG de 2005-2015. 
 
 
De los 10 casos familiares fue posible contactar a 9 familias para la revaloración clínica e 
invitación al protocolo. Se hace una descripción detallada de la familia 1, en la cual se llevó a 
cabo la secuenciación del exoma, y se presenta un resumen clínico de las familias restantes. 
Esporádica 
91% 
Familiar 
9% 
Pacientes con microtia-atresia aislada diagnosticados en el HIMFG 
de 2005-2015 
 
 33 
Resultados clínicos de las Familias 1 a 9 
 
El número de afectados por familia fue variable. La familia 1 fue la más amplia con 6 
individuos con alteraciones a nivel de pabellón auricular, seguida por la familia 7, con 5 
afectados. El menor número de individuos fueron 2 en las familias 3, 6, 8 y 9. De las 9 familias 
incluidas fue posible evaluar a 24 individuos, 16 fueron mujeres y 8 hombres. Dieciséis de los 
afectados tuvieron microtia-atresia, 6 de ellos correspondieron al grado I; 7 al grado II; 1 al 
grado III; y 2 al grado IV. Ocho individuos no cursaron con microtia-atresia, pero tuvieron 
otras alteraciones a nivel del pabellón auricular, lo más frecuente fue la presencia de apéndice 
preauricular en 6 individuos (Tabla 4, Figura 4). 
 
Tabla 4. Descripción clínica de los individuos afectados de las nueve familias estudiadas. 
 
 
 
 
 
34 
 
 
Figura 4. Árboles genealógicos de las Familia 1 a Familia 9. 
 
Familia 1 
.. ....... -. ... _--
Familia 4 
I 
• _.,_IY_ --.---
Familia 7 
111.3 
IV.2 
IV __ 111 .4 
_ :: __ M 0 - ..... • ____ . -11'_1 
r:1 ro 
11 1.9 
li lA 
_ _ IV. 1 
11.6 
111.2 
IV.3 
I Familia 2 I Familia 3 
' ~ ~I '" tl ll 1.2 
,: ~ 1 • 111.2 ~1111 
. ..... _001 __ e ::--· 
0 - 0 -...--
Familia S Familia 6 
~ ~ 
111.1 
.- 66c51. ~ 11.2 
! '" .-----. =- . - __ 11 
Familia 8 Familia 9 
IJIII1 ~ 1I1.2 
" 11 1.1 ~ 11.3 "' I 
. - __ 1 
. - __ 11 
•• ___ IY 
 
 35 
Familia 1 
La propósita (Figura 4, individuo III.8,) presenta microtia-atresia grado II izquierda, tiene el 
antecedente de una hermana (Figura 4, individuo III.9,) con microtia-atresia grado II 
izquierda, así como cuatro familiares por rama paterna con alteraciones a nivel del pabellón 
auricular, las cuales varían desde apéndice preauricular y rama del hélix prominente (Figura 
5, individuo II.4 y III.4,) hasta microtia grado I con hélix plegado y rama del hélix prominente 
(Figura 5, individuo III.2 y IV.1) (Tabla 5). A la propósita y a la hermana, como parte del 
abordaje diagnóstico se les realizó radiografía de columna y ultrasonido renal, los cuales 
tuvieron un resultado normal. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
36 
 
 
 
Figura 5 y tabla 5. Árbol genealógico y fotografías clínicas de la Familia 1. Se identifican los individuos con 
alteraciones a nivel del pabellón auricular. 
1. 111.8 111.9 
11. 
111. 
11.4 111.4 
111. 
• Alteraciones del pabel lón auricular 
111.2 IV.l 
Paciente Individuo Sexo Alteración de pabellón Lateralidad 
auricular 
1 I1I.8 Femenino Microtia-atresia grado II Izquierda 
2 I1I.9Femenino Microtia-atresia grado II Izquierda 
3 I1.4 Femenino Rama de hélix prominente Bilateral 
4 I1I.4 Femenino Apéndice preauricular Derecho 
5 I1I.2 Femenino Microtia grado 1, hélix Derecho 
plegado, antehélixy rama de 
hélix prominente 
6 IV.l I Masculino Microtia grado I y hélix Izquierdo 
plegado 
'---- , -
 
 37 
 
Variantes identificadas por el análisis de secuenciación de segunda 
generación en la Familia 1 
Se realizó secuenciación de exoma a los individuos con alguna alteración a nivel del pabellón 
auricular de la familia 1, que correspondieron a los individuos: III.8, III.9, II.4, III.4, III.2 y IV.1 
(Figura 6), así como a los padres sanos de la propósita (II.5 y II.6, Figura 6). 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Figura 6. Árbol genealógico de la familia 1. Se muestran la división de familia 1 en tres ramas (cuadro 
azul, vede y rojo) para el análisis de variantes genéticas. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
I.�
II.�
III.�
Alteraciones�del�pabellón�auricular
IV.�
 
 38 
La siguiente tabla muestra los parámetros de cobertura de las ocho muestras 
correspondientes a la familia 1. 
 
Tabla 6. Valores de cobertura para cada muestra de la familia 1. 
Muestra Profundidad media 
Proporción 
del exoma 
con 
cobertura ≥ 
1X 
Proporción del 
exoma con 
cobertura ≥ 
10X 
Proporción del 
exoma con 
cobertura ≥ 
20X 
Proporción 
del exoma 
con 
cobertura ≥ 
50X 
1 73.4 98.8% 93.5% 86.2% 59.2% 
2 69.3 98.7% 93.0% 85.2% 56.2% 
3 77.3 98.8% 92.9% 85.4% 60.0% 
4 66.6 98.4% 91.6% 82.8% 53.9% 
5 29.1 95.3% 74.5% 54.2% 17.5% 
6 73.6 98.7% 93.2% 85.9% 59.3% 
7 92.6 98.8% 94.3% 88.7% 68.6% 
8 68.2 98.6% 91.4% 82.5% 54.8% 
 
 
La definición del exoma que se utilizó abarca 45,326,818 pares de bases. En la propósita se 
obtuvieron 80 millones de lecturas y la mediana de los fragmentos fue de 140 pares de bases 
(desviación estándar de 68 pares de bases). El porcentaje de lecturas duplicadas fue de 5.3%. 
El total de lecturas alineadas fue de 64,366,163 (equivalente al 79.6% de las lecturas), y se 
alinearon 7,770,526,724 bases (equivalente al 64.1% de las bases). La tasa de Ts/Tv fue de 
2.8, que se encuentra dentro del rango normalmente obtenido para secuenciación de exoma. 
 
A manera de ilustración, en las figuras 7 y 8 se muestra la distribución de los valores de 
cobertura y longitud de los fragmentos en la propósita. 
 
 
 
 39 
 
Figura 7. Se ilustra la distribución de la cobertura en la propósita. La profundidad promedio fue de 
73.4X con una uniformidad del 90.0%. El 93.5% del exoma tuvo una cobertura de 10X, y el 86.2% de 
20X. 
 
 
Figura 8. Se ilustra la distribución de la longitud de los fragmentos en la librería secuenciada de la 
propósita. La mediana fue de 140 pares de bases, con una desviación estándar de 68 pares de bases. 
 
Posterior a la secuenciación de exoma y al alineamiento con el genoma de referencia (hg19), 
se llevó a cabo el análisis de las variantes en cada una de las tres ramas de la familia (Figura 
6). El número inicial de variantes obtenidas fue de 159 511 en 20 982 genes para la rama 
señalada en azul; 167 195 variantes en 20 980 genes para la señalada en verde, y 168 478 
variantes en 21 044 genes para la rama señalada en rojo. Al aplicar el filtro de calidad 
 
 40 
quedaron 20 441 variantes en 9 393 genes; 21 124 variantes en 9602 genes y 20 981 
variantes en 9 640 genes, en cada una de las tres ramas de la familia (Figura 9). 
 
 
Figura 9. Parámetros de calidad del experimento. En la parte superior se muestra la distribución de los 
valores de Qscore. El eje horizontal corresponde a valores de Qscore, y el eje vertical corresponde al 
número de bases. Las barras en verde indican un Qscore igual o mayor a 30. En la parte inferior se 
muestran los valores de densidad de clusters para cada uno de los cuatro carriles de la celda de flujo. En 
azul, la densidad de clusters o grupos antes de utilizar el filtro de calidad. En verde, después de aplicar 
dicho filtro. La densidad recomendada, para el diseño experimental que se empleó, es de 170 mil a 210 
mil clusters/mm2. 
 
Después del segundo filtro que valoró la consecuencia del cambio de nucleótidos en la 
proteína quedaron 8 756 variantes en 5 281 genes; 8 975 variantes en 5 395 genes; y 8 970 
variantes en 5 385 genes. 
 
 
 41 
Al utilizar el tercer filtro, cumplieron con el criterio de tener una frecuencia menor al 0.01 en 
las bases de datos 667 variantes en 522 genes; 664 variantes en 526 genes; y 645 variantes en 
508 genes. Este filtro desechó la variante en el gen SUSD2 (c.209G>T, p.Gly70Val) que se 
encontraba en las tres ramas por presentar una frecuencia de 0.46830419 en la base de datos 
ExAC_0.3. 
 
Al analizar los genotipos de las variantes restantes, y su segregación, quedaron 346 variantes 
en 260 genes; 258 variantes en 194 genes y 158 variantes en 153 genes. Finalmente, al 
evaluar la distribución de las variantes en la familia en conjunto, quedaron 6 variantes en 5 
genes: FBXO2 (MIM 607112), BCL6B (MIM 608992), AHNAK (MIM 103390), ASIC1 (MIM 
602866) y ZNF717. En la tabla 6 se muestran las 6 variantes ordenadas por el tipo de 
mutación. Dos de éstas fueron una inserción de tres nucleótidos (FBXO2 y BCL6B) y en cuatro 
casos se presentaron cambios de sentido equivocado (AHNAK, ASIC1 y en el gen ZNF717 se 
encontraron 2 variantes) (Tabla 7). En las figuras 10 a 26 se muestran los fragmentos de los 
genes secuenciados y alineados en la propósita con ayuda de programa informático, 
Integrative Genomics Viewer (IGV), que permite la exploración interactiva de grandes 
conjuntos de datos genómicos (Thorvaldsdóttir, et al., 2013). 
 
 
 
� yf �
�
� �
�
�
�
�
�
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�
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����
����
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G�Í
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UG
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UT
ALA
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x�
�
 
 43 
 
 
Figura 10. Cobertura y la distribución de los fragmentos de FBXO2. En este gen se encontró un 
incremento en la unidad de repetición de un microsatélite. El trinucleótido tiene un incremento de una 
unidad, que da lugar a 7 alaninas, en contraste con 6 que tiene la secuencia de referencia 
(c.132_134dupCGC_p.Ala45dup) (rs148874459). El sitio de la inserción se representa mediante las 
líneas verticales moradas en la coordenada 11,710,779. Este gen está en la cadena negativa. 
 
 
 0 Y R * M ** M *R ****** ****** 5 
 421 GCTGAGGAGGAGCGGCCGGAGGACCAGCAGGAGGAGGAGGCGGCGGCCGCCGCCGCGTAC 480 
 79 GCTGAGGAGGAGCGGCCGGAGGACCAGCAGGAGGAGGAGGCGGCGGCCGCCGCCGCGTAC 138 
 27 -A--E--E--E--R--P--E--D--Q--Q--E--E--E--A--A--A--A--A--A--Y- 46 
 
Figura 11. Variante c.132_134dupCGC_p.Ala45dup (rs148874459) en FBXO2. En el primer renglón, las 
letras representan aminoácidos en variantes conocidas de sentido equivocado, y los asteriscos indican 
mutaciones sin sentido previamente reportadas. El segundo renglón (posiciones 421 a 480) 
corresponde a la secuencia del transcrito, las bases con fondo de colores corresponden a variantes 
conocidas. El tercer renglón está numerado en función del primer codón. El renglón inferior presenta la 
secuencia de los aminoácidos 27 a 46, en color turquesa se muestran el cambio en el mensajero y en la 
proteína. Se observa el trinucleótido repetido que codifica para seis alaninas en la secuencia de 
referencia. 
 
 
 
 44 
 
Figura 12. Variante c.132_134dupCGC_p.Ala45dup (rs148874459) en FBXO2 tomado de dbSNP. La 
variante está indicada por la columna con fondo verde. Se aprecia el microsatélite que da lugar a la 
secuencia de alaninas. Las barras azules corresponden a otras variantes reportadas en esa secuencia (la 
longitud del indel se denota mediante la extensión de la barra azul), y sus detalles se aprecian en los 
cuadros encabezados con el número rs. Los rectángulos rojos corresponden a variantes de un solo 
nucleótido.45 
 
Figura 13. Cobertura y la distribución de los fragmentos de BCL6B en la propósita. En este gen se 
encontró un incremento en la unidad de repetición de un microsatélite. El trinucleótido tiene un 
incremento de una unidad, que da lugar a 12 serinas, en contraste con 11 que tiene la secuencia de 
referencia (c.729_731dupCAG_p.Ser244dup) (rs146207245). El sitio de la inserción se muestra con 
mayor detalle en la siguiente figura. 
 
Figura 14. Sitio de la inserción de trinucleótido en el gen BCLB6. La inserción se representa mediante 
las líneas verticales moradas en la coordenada 6,928,019. 
 
 
 
 46 
 0 S YR R ***R******** R ** **R ***MM M S 11 
 781 GAGACGAGGCCTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTGAAGAAGGACCCATTC 840 
 689 GAGACGAGGCCTCCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGCAGTGAAGAAGGACCCATTC 748 
 230 G--D--E--A--S--S--S--S--S--S--S--S--S--S--S--E--E--G--P--I-- 249 
 
Figura 15. Variante c.729_731dupCAG_p.Ser244dup (rs146207245) en BCL6B. En el primer renglón, 
las letras representan aminoácidos en variantes conocidas de sentido equivocado, y los asteriscos 
indican mutaciones sin sentido previamente reportadas. El segundo renglón (posiciones 781 a 840) 
corresponde a la secuencia del transcrito , las bases con fondo de colores corresponden a variantes 
conocidas. El tercer renglón está numerado en función del primer codón. El renglón inferior presenta la 
secuencia de los aminoácidos 230 a 249. En color turquesa se muestran el cambio en el mensajero y en 
la proteína. Se observa el trinucleótido repetido que codifica para once serinas en la secuencia de 
referencia. 
 
 
Figura 16. Variante c.729_731dupCAG_p.Ser244dup (rs146207245) en BCL6B tomado de dbSNP. La 
variante está indicada por la columna con fondo verde. Se aprecia el microsatélite que da lugar a la 
secuencia de serinas. Las barras azules corresponden a otras variantes reportadas en esa secuencia (la 
longitud del indel se denota mediante la extensión de la barra azul), y sus detalles se aprecian en los 
cuadros encabezados con el número rs. Los rectángulos rojos corresponden a variantes de un solo 
nucleótido. 
 
 
 47 
 
Figura 17. Cobertura y distribución de los fragmentos del gen AHNAK. El gen se encuentra en la cadena 
negativa; se encontró la variante c.6943C>T_p.Pro2315Ser (rs777241071) de la cual la propósita es 
heterocigota. 
 
En la siguiente figura se muestra la variante con mayor detalle. Esta variante cosegrega con el 
fenotipo de interés en la familia estudiada, se asume penetrancia incompleta. 
 
Figura 18. Variante ado c.6943C>T_p.Pro2315Ser (rs777241071) en AHNAK. El gen se encuentra en la 
cadena negativa. Como se observa en el diagrama de barras de la cobertura, la propósita es 
heterocigota. 
 
 
 
 
 48 
 0 * * KY MK * * R Y * * 6 
 7201 CCCCCAAGATCTCCATGCCTGATGTTGATTTCAATTTAAAGGGACCCAAAATCAAAGGAG 7260 
 6926 CCCCCAAGATCTCCATGCCTGATGTTGATTTCAATTTAAAGGGACCCAAAATCAAAGGAG 6985 
 2309 T--P--K--I--S--M--P--D--V--D--F--N--L--K--G--P--K--I--K--G-- 2328 
 
Figura 19. Variante c.6943C>T_p.Pro2315Ser (rs777241071) en AHNAK. En el primer renglón se 
muestra el código de una letra para aminoácidos en variantes conocidas de sentido equivocado, los 
asteriscos indican mutaciones sin sentido previamente reportadas. El segundo renglón (posiciones 
7201 a 7260) corresponde a la secuencia del transcrito, las bases con fondo de colores corresponden a 
variantes conocidas El tercer renglón está numerado en función del primer codón. El renglón inferior 
presenta la secuencia de los aminoácidos 2309 a 2328. En color turquesa se señala el cambio en el 
mensajero y en la proteína. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 49 
 
Figura 20. Cobertura y distribución de los fragmentos de ASIC1. En este gen se encontró la variante de 
sentido equivocado c.475G>A_p.Asp159Asn (rs370019939). Como se observa en el diagrama de barras 
de la cobertura, la propósita es heterocigota. 
 
En la siguiente figura se muestra la variante con mayor detalle, la cual cosegrega con el 
fenotipo de interés en la familia estudiada, asumiendo penetrancia incompleta. 
 
 
Figura 21. Variante c.475G>A_p.Asp159Asn (rs370019939) en ASIC1. Como se observa en el diagrama 
de barras de la cobertura, la propósita es heterocigota. La variante cosegrega con el fenotipo de interés 
en la familia estudiada, asumiendo penetrancia incompleta. 
 
 50 
 
 
 0 R R YR Y RY YR *R K Y* 12 
 841 CAACATGCGTGAGTTCTACGACCGAGCTGGGCACGACATTCGAGACATGCTGCTCTCCTG 900 
 456 CAACATGCGTGAGTTCTACGACCGAGCTGGGCACGACATTCGAGACATGCTGCTCTCCTG 515 
 152 --N--M--R--E--F--Y--D--R--A--G--H--D--I--R--D--M--L--L--S--C 172 
 
Figura 22. Variante c.475G>A_p.Asp159Asn (rs370019939) en ASIC1. En el primer renglón, las letras 
representan aminoácidos en variantes conocidas de sentido equivocado, y los asteriscos indican 
mutaciones sin sentido previamente reportadas. El segundo renglón (posiciones 841 a 900) 
corresponde a la secuencia del transcrito, las bases con fondo de colores corresponden a variantes 
conocidas.. El tercer renglón está numerado en función del primer codón. El renglón inferior presenta 
la secuencia de los aminoácidos 152 a 172. En color turquesa se muestran el cambio en el mensajero y 
en la proteína. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 51 
 
Figura 23. Cobertura y distribución de los fragmentos de ZNF717. En este gen se encontraron dos 
variantes. La que aquí se muestra corresponde a la variante de sentido equivocado 
c.340C>A_p.Gln114Lys; no aparece en bases de datos. Este gen se encuentra en la cadena negativa. 
Como se observa en el diagrama de barras de la cobertura, la propósita es heterocigota. Esta variante 
cosegrega con el fenotipo de interés en la familia estudiada, asumiendo penetrancia incompleta. Las 
lecturas de esta figura se muestran en su versión comprimida. 
 
 
 0 M W * * S **** * S K R* * 6 
 661 GGCAAATTGTAATCACCAACAGCAACACATCAACTCAGGAGAGAGTTGAATTAGGAAAAA 720 
 338 GGCAAATTGTAATCACCAACAGCAACACATCAACTCAGGAGAGAGTTGAATTAGGAAAAA 397 
 113 W--Q--I--V--I--T--N--S--N--T--S--T--Q--E--R--V--E--L--G--K-- 132 
 
Figura 24. Variante c.340C>A_p.Gln114Lys en ZNF717. En el primer renglón, las letras representan 
aminoácidos en variantes conocidas de sentido equivocado, y los asteriscos indican mutaciones sin 
sentido previamente reportadas. El segundo renglón (posiciones 661 a 720) corresponde a la secuencia 
del transcrito, las bases con fondo de colores corresponden a variantes conocidas.. El tercer renglón 
está numerado en función del primer codón. El renglón inferior presenta la secuencia de los 
aminoácidos 338 a 397. En color turquesa se muestran el cambio en el mensajero y en la proteína. 
 
 
 52 
 
Figura 25. Cobertura y distribución de los fragmentos de ZNF717. Se muestra la segunda variante 
encontrada que corresponde a un cambio de sentido equivocado c.2104C>T_p.Pro702Ser 
(rs80089603). Este gen se encuentra en la cadena negativa. Como se observa en el diagrama de barras 
de la cobertura, la propósita es heterocigota. Esta variante cosegrega con el fenotipo de interés en la 
familia estudiada, asumiendo penetrancia incompleta. Las lecturas de esta figura se muestran en su 
versión comprimida. 
 
 
 0 W WM *Y* R R R Y W R 10 
2401 TCAGAGAACTCACACCGGGGAAAAGCCCTATGAATGTAATGAATGTGGAAAATCCTTTCA 2460 
2078 TCAGAGAACTCACACCGGGGAAAAGCCCTATGAATGTAATGAATGTGGAAAATCCTTTCA 2137 
 693 I--R--E--L--T--P--G--K--S--P--M--N--V--M--N--V--E--N--P--F-- 712 
 
Figura 26. Variante c.2104C>T_p.Pro702Ser (rs80089603) en ZNF717. En el primer renglón, las letras 
representan aminoácidos en variantes conocidas de sentido equivocado, y los asteriscos indican 
mutaciones sin sentido previamente reportadas. El segundo renglón (posiciones 2401 a 2460) 
corresponde a la