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UNIVERSIDAD NACIONAL AUTONOMA DE MEXICO MAESTRIA EN CIENCIAS DE LA PRODUCCION Y DE LA SALUD ANIMAL EFECTOS DEL GEN DE LA CASEINA αs1 EN LA PRODUCCION Y COMPOSICION DE LA LECHE DE CAPRINOS EN MEXICO. T E S I S PARA OBTENER EL GRADO DE MAESTRA EN CIENCIAS P R E S E N T A FELICITAS VAZQUEZ FLORES TUTOR: HUGO H. MONTALDO VALDENEGRO COMITÉ TUTORAL: ROGELIO A. ALONSO MORALES MAURICIO VALENCIA POSADAS MEXICO, D. F. 2006 UNAM – Dirección General de Bibliotecas Tesis Digitales Restricciones de uso DERECHOS RESERVADOS © PROHIBIDA SU REPRODUCCIÓN TOTAL O PARCIAL Todo el material contenido en esta tesis esta protegido por la Ley Federal del Derecho de Autor (LFDA) de los Estados Unidos Mexicanos (México). El uso de imágenes, fragmentos de videos, y demás material que sea objeto de protección de los derechos de autor, será exclusivamente para fines educativos e informativos y deberá citar la fuente donde la obtuvo mencionando el autor o autores. Cualquier uso distinto como el lucro, reproducción, edición o modificación, será perseguido y sancionado por el respectivo titular de los Derechos de Autor. AGRADECIMIENTOS Al Dr. Hugo Horacio Montaldo Valdenegro, por invitarme a participar en este interesante proyecto, por su ayuda y asesoría. A la Asociación Nacional de Criadores de Ganado Caprino de registro A. C., especialmente a su representante el Lic. José Oliveros Oliveros, por todas las facilidades otorgadas para llevar a cabo la toma de muestras, por su disposición e incomparable amabilidad. Al MVZ José Javier Morales Arzate, al MVZ José Manuel Oliveros, a Ricardo, Rigoberto y Prisciliano, por su ayuda para llevar a cabo la toma de muestras, sin ustedes no sería posible….. Al Dr. Rogelio Alejandro Alonso Morales, Jefe del Laboratorio de Genética Molecular del Dpto. de Genética y Bioestadística, de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia, UNAM. Su apoyo, orientación, amistad y permiso (con toda la confianza del mundo) para el uso de instalaciones y equipo del Laboratorio para el desarrollo de éste trabajo, son cosas que jamás podré pagar. A la Biol. Amanda Gayosso Vázquez del Laboratorio de Genética Molecular, por su gran e incondicional apoyo, por su compañerismo y amistad. Al TLQ Pablo Pintor Ríos, por su amable colaboración en el proceso de extracción de ADN, por su amistad y lealtad. Al Dr. Mauricio Valencia Posadas, por formar parte de mi Comité Tutotal y tomarse la molestia de estar en cada examen de avance del proyecto, por la revisión del escrito y sus aportaciones. Al Dr. Héctor Castillo Juárez, por su disposición, sencillez y amabilidad para la revisión del trabajo, agradezco de todo corazón sus aportaciones y su tiempo. Al Dr. Raúl Ulloa Arvizu: Doctor, no tengo palabras para expresar el agradecimiento por su asesoría, aportaciones, palabras de aliento, su tiempo, pero sobre todo por su valiosa amistad. Al MVZ Néstor Méndez Palacios, por su incansable ayuda en la búsqueda de información, transcripción de textos, por permitirme el uso de su equipo de cómputo a toda hora y ocasión, por esa gran amistad… A la Universidad Nacional Autónoma de México, a quién debo la mayor parte de mi formación, por albergarme en su matrícula hasta la culminación de éste trabajo. A la Universidad de Guanajuato por su apoyo para la impresión de éste documento de tesis. La Empresa BIOGENICA, S. A. de C. V., por la donación de reactivos para la realización de los experimentos y por el apoyo económico a mi persona. Este trabajo fue parcialmente financiado por el Poyecto CONACyT-SAGARPA 2003 CO1-152/A-1. A las cabritas que han sido sometidas a estudios, observaciones y producción, por todo lo que podemos aprender de ustedes. A todas las especies animales.. …… A los que me faltan RESUMEN Efectos del gen de la caseína αs1 en la producción y composición de la leche de caprinos en México. Se estudió la influencia del polimorfismo de la caseína αs1 sobre el rendimiento de la leche y sus características fisicoquímicas, en 415 lactancias de 239 cabras productoras de leche, provenientes de tres rebaños del estado de Guanajuato, México, con registros productivos mensuales de leche, grasa, lactosa, proteína, sólidos totales e índice de células somáticas. Se estimaron los efectos fenotípicos del gen de la caseína αs1 utilizando un modelo lineal mixto que incluyó los efectos fijos de: rebaño, raza, número de lactancia, año de parto, época de parto, los efectos de los alelos A, B, D y E de la caseína αs1 respecto al alelo F. Se incluyeron también las covariables: días a la tercera medición y días a la tercera medición elevados al cuadrado. Además se incluyó el efecto aleatorio de cabra. El alelo A afectó significativamente los contenidos de grasa y proteína en la leche de las cabras estudiadas. Este estudio, confirma los resultados previos hechos en otros Países, sobre todo Europeos, donde se establece que el alelo A, está asociado con niveles altos de producción de caseína y proteína en la leche, aportando grandes beneficios al mejoramiento del rendimiento y calidad de la leche otorgando características fisicoquímicas benéficas para la elaboración de quesos. De este modo, puede aprovecharse el beneficio de la tipificación de individuos candidatos a la selección, desde etapas tempranas de su vida. El uso de la información genotípica además de los datos productivos, pueden ser usados en esquemas de selección para establecer hatos con mejor capacidad productiva. Palabras clave: Cabra, proteína de la leche, polimorfismo de la caseína αs1, Selección Asistida por Marcadores. I SUMMARY Effects of the αs1 casein locus on dairy performances and milk composition on Mexican goats. The influence of the αs1 casein polymorphism on dairy performances was studied on 415 lactations data of 239 Alpine, Saanen and Toggenburg dairy goats from three herds of Guanajuato State, Mexico, with monthly controls of milk production, protein content, fat content, lactose content, total solids and somatic cells count. Phenotype effects on biochemical characteristics of milk, were estimated using a mixed linear model, which included the fixed effects of herd, breed, lactation number, kidding date, kidding season and A, B, D, E effect respect F of αs1 casein alleles. The model includes days until third control data and squared days until third control data too as co variables; moreover, goat as a random effect. The allele A affected significantly the protein content, true protein content and the fat content. This study confirms that the strong allele A is beneficial for improving goat milk quality. Moreover previous results, indicate that A is associated with higher casein/protein ratio and beneficial physico-chemical characteristics for cheese making. The use of molecular techniques in order to search major genes, with an important effect on quantitative traits, early in the life of candidates to selection and using this genotypic information, together with performance values, may enhance the selection response. However, methods for combining genotypic and performance information should be designed in order to improve the establishment of herds with better productive capability. Key words: Goat, milk protein, αs1-casein polymorphism, Marker Assisted Selection. II CONTENIDO Pag. RESUMEN I SUMMARY II CONTENIDO III ÍNDICE DE CUADROS Y FIGURAS V I INTRODUCCIÓN 1 Antecedentes 1 1. 1 El uso de marcadores moleculares en selección animal 1 1. 2 Polimorfismo genético de las proteínas de la leche 21. 3 Producción y consumo de leche de cabra en México 4 1. 4 Composición química de la leche 5 1. 4. 1 Lactosa 6 1. 4. 2 Grasa 6 1. 4. 3 Proteína 7 1. 5 Polimorfismo de las caseínas 9 1. 6 Estructura molecular del gen de la caseína αs1 11 1. 6. 1 Efecto del polimorfismo del gen CSN1S1 13 1. 7 Justificación 14 1. 8 Objetivos 15 1. 8. 1 General 15 1. 8. 2 Específicos 15 II MATERIAL Y MÉTODOS 16 2. 1 Área de estudio 16 2. 2 Datos 16 2. 3 Tipificación de alelos 17 2. 4 Análisis estadístico 18 III RESULTADOS 19 3. 1 Tipificación de la variante E mediante la amplificación de fragmentos que abarcan el exón 19 19 3. 2 Tipificación de las variantes F, B y A mediante amplificación de fragmentos que abarcan desde el intrón 8 al intrón 9 20 3. 3 Digestión enzimática de los productos amplificados 20 3. 4 Frecuencias genotípicas y alélicas 21 3. 5 Efectos de los alelos del gen CSN1S1 sobre los componentes de la leche 23 III IV DISCUSION 25 V CONCLUSION 29 VI LITERATURA CITADA 30 Apéndice 1 Extracción de ADN a partir de muestras de sangre 39 Apéndice 2 Tipificación de la variante E del gen CSN1S1 mediante amplificación del fragmento del exón 19 que presenta una inserción del tipo LINE 40 Apéndice 3 Tipificación de alelos B, F y grupos A y D, por amplificación y restricción enzimática del fragmento que incluye al exón 9 42 Apéndice 4 Tinción con nitrato de plata para geles de poliacrilamida 45 Apéndice 5 Media, desviación estándar, coeficiente de variación y sus máximos y mínimos respectivos para las diferentes variables estudiadas por genotipo 46 IV ÍNDICE DE CUADROS Y FIGURAS CUADROS Pag. Cuadro 1. 1 ……………………………………………………………………… 3 Cuadro 1. 2 ……………………………………………………………………… 8 Cuadro 1. 3 ……………………………………………………………………… 9 Cuadro 3. 1 ……………………………………………………………………… 22 Cuadro 3. 2 ……………………………………………………………………… 22 Cuadro 3. 3 ……………………………………………………………………… 23 Cuadro 3. 4 ……………………………………………………………………… 24 Cuadro 4. 1 ……………………………………………………………………… 27 Cuadro A-3 ……………………………………………………………………… 44 FIGURAS Fig 1. 1 ……………………………………………………………………… 10 Fig 1. 2 ……………………………………………………………………… 11 Fig 1. 3 ……………………………………………………………………… 13 Fig 3. 1 ……………………………………………………………………… 19 Fig 3. 2 ……………………………………………………………………… 20 Fig 3. 3 ……………………………………………………………………… 21 Fig A-2 ……………………………………………………………………… 41 Fig A-3.1 ……………………………………………………………………… 43 Fig A-3.2 ……………………………………………………………………… 44 V I INTRODUCCIÓN Antecedentes En poblaciones de cabras productoras de leche destinada a la elaboración de queso, el incremento en el porcentaje de proteína de la leche, es un objetivo fundamental en programas de mejoramiento genético (Haenlein y Caccese, 1992). La principal ventaja de emplear los genotipos en la selección animal, es que pueden ser determinados desde el nacimiento en hembras y machos, mientras que de forma tradicional, los rasgos seleccionados solo estarán disponibles en hembras después de la primera lactancia (Montaldo y Manfredi, 2002; Serradilla, 2002). 1. 1 El uso de marcadores moleculares en selección animal La mayoría de los rasgos económicamente importantes en los animales están determinados por la acción de múltiples factores genéticos y del medio ambiente. El desarrollo de técnicas moleculares ha generado métodos para la identificación de marcadores de ADN. Estos marcadores han sido empleados para localizar regiones del genoma ligadas con loci con efecto sobre rasgos productivos, los que son también llamados Loci de Rasgos Cuantitativos (QTL, del término en inglés Quantitative Trait Loci) (Serradilla, 2002). Las técnicas moleculares, pueden permitir ubicar genes mayores responsables de una parte importante de la variabilidad genética de algunos rasgos. En animales, los genotipos tanto de hembras como de machos para estos QTL, pueden ser fácilmente identificados desde edades tempranas (Serradilla, 2002). El uso de estas técnicas ha sido propuesto y utilizado para incrementar el valor genético anual en poblaciones animales y se ha denominado Selección Asistida por Marcadores (MAS, del término en inglés Marker assisted selection) (Fournet et al., 1997; Larzul et al., 1997; Manfredi et al., 1998; Pong-Wong y Woolliams, 1998; Villanueva et al., 1999). 1 La MAS emplea simultáneamente la información del control de producción, la genealogía y los marcadores moleculares para detectar los genotipos de animales candidatos a la selección para alelos con efectos benéficos en la productividad en loci determinados. La información de los marcadores puede permitir en ciertas condiciones, incrementar las tasas de respuesta a la selección, permitiendo una selección más temprana e incrementando su precisión (Bovenhuis et al., 1997; Dekkers y Hospital, 2002). 1. 2 Polimorfismo genético de las proteínas de la leche La leche, aporta cerca del 30% de las proteínas consumidas para la alimentación humana, por ello, la lactancia ha sido objeto de diversos estudios en genética, fisiología, nutrición y patología, que en su conjunto tienden a aumentar la producción y calidad de la leche, poniendo especial énfasis a los contenidos de grasa y proteína (Bovenhuis et al., 1992). El polimorfismo de las proteínas de la leche ha sido extensamente investigado por más de cuarenta años en humano y en las tres principales especies domésticas de rumiantes: bovinos, ovinos y caprinos, llegando a identificarse un gran número de variantes (Martin et al., 2002; Serradilla, 2002). En los últimos años, el polimorfismo genético de las caseínas ha atraído considerablemente la atención de los investigadores. En los caprinos este polimorfismo está relacionado con la calidad, composición y propiedades tecnológicas de la leche (Martin et al., 2002). Se ha comprobado la influencia de algunos polimorfismos estudiados sobre la cantidad y composición de leche, organización micelar, propiedades coagulables y rendimiento para la elaboración de queso (Martin y Addeo, 1996; Barillet et al., 1998; Martin et al., 1999; Grosclaude et al., 1994; Ng-Kway-Hang, 1988) y pueden por los tanto ser potencialmente empleados en programas de MAS como herramienta de apoyo a los métodos tradicionales de mejoramiento genético. 2 Las cantidades de caseínas totales y en particular, de las caseínas αs1, αs2 y β, afectan significativamente las cualidades químicas, físicas, tecnológicas y nutricionales de la leche de cabra. Las diferencias individuales en el contenido de éstas caseínas, depende tanto de factores ambientales como genéticos y son afectadas por alelos asociados con fuertes diferencias en el nivel de expresión. En los tres Loci CSN1S1 (gen de la caseína αS1), CSN1S2 (gen de la caseína αS2), y CSN2 (gen de la caseína β), los alelos ancestrales, considerados “normales”, están asociados con un contenido o fracción de caseína alto, mientras que las variantes o alelos “defectuosos” están asociados con contenidos intermedios, bajos y nulos de fracciones de caseína en la leche (Addeo et al., 1987; Grosclaude et al., 1987; Grosclaude et al., 1994). Las frecuencias génicas y los efectos del polimorfismo de la caseína αs1 han sido ampliamente estudiados, sobre todo en las razas Alpina y Saanen en Francia (Remeuf, 1993; Ricordeau et al., 2000; Schmidely, et al., 2002), en razas españolas como la Malagueña, Manchega, Payoya, Murciano-Granadina y Canaria (Jordana et al., 1996; Sánchez et al., 1998) y razas italianas como Vallesana, Roccaverano, Maltesa, Jónica, Garganica, etc. (Sacchi et al., 2005). En el cuadro 1.1 se muestran las frecuencias alélicas estimadas en varias razas en Francia, Italia y España. Cuadro 1. 1 Frecuencias alélicas encontradas en varias razas de caprinos Raza País n A B B+C C E F 0 Alpina Francia 213 0.14 0.05 - 0.01 0.34 0.410.05 Italia 80 - - - - 0.35 0.59 0.06 Saanen Francia 159 0.07 0.06 - - 0.41 0.43 0.03 Italia 70 0.03 - 0.03 - 0.49 0.46 - Poitevine Francia 209 0.05 0.35 - - 0.45 0.14 - Corsa Francia 107 0.06 0.13 - - 0.14 0.59 0.08 Rove Francia 147 0.12 0.05 - - 0.62 0.10 0.11 Garganica Italia 54 0.61 - 0.37 - - 0.02 - Maltesa Italia 81 0.33 - 0.28 - 0.11 0.27 0.01 Murci-Gran España 77 0.08 0.25 - - 0.62 0.05 - Malagueña España 56 - 0.25 - - 0.70 0.05 - Payoya España 39 0.04 0.14 - - 0.82 - - Canaria España 74 0.28 0.32 - - 0.20 - 0.20 Grosclaude et al., 1994 3 Numerosos estudios han puesto de manifiesto la relación entre el polimorfismo genético del locus CSN1S1 y el contenido de caseína αs1, caseína total y proteína en la leche de cabra, en las razas Alpina y Saanen de Francia (Remeuf, 1993; Ricordeau et al., 2000; Schmidely, et al., 2002). En trabajos realizados sobre las principales razas españolas (Murciano- Granadina, Malagueña y Canaria), se ha descrito un efecto significativo del locus CSN1S1, sobre el contenido de proteína, caseína total en la leche y en el rendimiento para la elaboración de queso, obtenido en condiciones de laboratorio (Díaz, 1993; Díaz et al., 1994; Angulo et al., 1996; Sánchez et al., 1998); en lo referente a los contenidos de proteína y caseína en la leche, el orden relativo de los genotipos observados es el mismo que para otras razas, pero los efectos alélicos son diferentes que los descritos en Francia (Analla et al., 2000). 1. 3 Producción y consumo de leche de cabra en México La principales razas caprinas utilizadas en México para la producción de leche son: la Saanen, Alpina, Toggenburg, Nubia, Murciano-Granadina y poblaciones locales que incluyen animales criollos y diversas cruzas entre las anteriores concentradas principalmente en la zona del bajío y en el Norte del País (región de la laguna). La contribución porcentual por estado en México a la producción de leche total del país en 2004 fue como sigue: Coahuila (32.4%), Durango (24.8%), Guanajuato (14.6%), Chihuahua (6.1%), Jalisco (3.9%), Zacatecas (3.0%), Veracruz (3.0%), Nuevo León (2.9%), Michoacán (2.2%), San Luís Potosí (2.1%) y el resto de los estados contribuyó con menos del 2% cada uno (SIAP-SAGARPA, 2004). Las tendencias en el mundo sobre el consumo de leche de cabra y sus derivados difieren entre continentes y entre países. De acuerdo con Peraza (1986), es posible observar cuatro situaciones: • En la mayoría de los países de Asia y África la leche de cabra se consume en forma líquida en sistemas de autoconsumo familiar. 4 • En los países mediterráneos: Francia, España, Italia y Grecia, la mayor parte de la producción de leche caprina se destina a la elaboración de quesos. • En países de influencia anglosajona como Canadá, Estados Unidos, Inglaterra y Australia, la leche de cabra se consume pasteurizada. • En América Latina, se ubica un sistema mixto, en Brasil, la leche se consume casi en su totalidad en forma líquida y muy poco transformada en quesos. En México, de la producción total anual estimada, casi el 80% de la leche es destinada a la elaboración de quesos y el restante para la alimentación de crías o para la venta y elaboración de dulces y cajeta (Trujillo y Almudena, 2004; Valencia et al., 2004). La leche de cabra como sustituto de la tradicional leche de vaca, ha comenzado a merecer la atención de gobiernos y entidades privadas. El interés radica en la potencialidad que tiene, ya que sus productos pueden ser consumidos por personas que presentan intolerancia a los lácteos de origen bovino (Bourges, 1995). Además, se ha estudiado el efecto de la manipulación de los ingredientes de los alimentos sobre las características físicas y químicas de la leche caprina, en particular sobre la composición de la grasa, asociada a ciertos beneficios nutrimentales en niños y a la cantidad de caseínas que figuran en la capacidad de coagulación de la leche, así como en el desarrollo de alimentos funcionales y productos derivados con características sensoriales demandadas por consumidores (Bourges, 1995). Este alimento y sus derivados, son también una opción para dinamizar las economías regionales (Bourges, 1995 y Gurría, 2004). 1. 4 Composición química de la leche La leche es un líquido blanco opaco, de composición y estructura complejas, sabor suave y ligeramente dulce (dependiendo la especie), olor característico y pH cercano a la neutralidad. La materia grasa se encuentra en emulsión, las proteínas constituyen una suspensión, mientras que los componentes restantes (lactosa, otras sustancias nitrogenadas, minerales, etc) están disueltos (Alais, 1985). La 5 leche caprina, no es como se puede creer, un alimento de composición más o menos definida y constante ya que se ha observado una gran variabilidad en su composición, originada principalmente por factores genéticos y fisiológicos como raza, características individuales, estado de lactación, manejo, clima y composición de la dieta (Torres, 2004). 1. 4. 1 Lactosa El carbohidrato característico de la leche es la lactosa, es un azúcar con poder edulcorante bajo. La lactosa debido a la acción enzimática bacteriana sufre fermentaciones diferentes, con productos como ácido láctico, anhídrido carbónico, alcohol, ácidos propiónico y butírico y otros compuestos, que ocasionan la coagulación de la leche, en el queso, le confieren parte de su olor y sabor. El contenido de lactosa de la leche de cabra es parecido al de leche bovina fluctuando entre 44 a 47 g/L, y depende del estado de lactación de los animales (Juárez et al., 1991). 1. 4. 2 Grasa Los ácidos grasos y consecuentemente la grasa, son los componentes de la leche más influidos por la alimentación de los animales, pudiéndose modificar cambiando los ingredientes de la ración que se les ofrece. Dicha modificación ocasiona una composición de ácidos grasos diferente y por lo tanto un efecto sobre las propiedades tecnológicas de la leche caprina. Si por ejemplo, se aumenta la ingesta de harinas de oleaginosas, la grasa láctea será más blanda, en tanto que si se alimenta al ganado en pastoreo, la grasa será mas dura (Oliszewski et al., 2002). La leche de cabra, a diferencia de la de vaca, no contiene aglutinina, que es una proteína cuya función es agrupar los glóbulos grasos para formar estructuras de mayor tamaño. El tamaño promedio de los glóbulos grasos de la leche de cabra es de casi 2 micrómetros, comparados con los 2.5 a 3.5 micrómetros para la leche de vaca; contiene más ácidos grasos esenciales (linoleico y araquidónico) y una proporción mayor de cadenas cortas y cadenas 6 medianas de ácidos grasos que la leche de vaca, esto se traduce en mejor digestibilidad (Bourges, 1995; Haenlein y Caccese, 1992). El tiempo de descremado de la leche se ve afectado por el tamaño del diámetro de los glóbulos de grasa, por lo que a diferencia de la leche de vaca, en la de cabra, la grasa tarda más tiempo en separarse (Bourges, 1995; Haenlein y Caccese, 1992). La leche caprina, posee características únicas para elaborar quesos, ya que su grasa contiene mayor número de ácidos grasos que intervienen en el sabor del queso, con niveles mas elevados de ácido butírico (C4), caproico (C6), caprílico (C8) y cáprico (C10) que la leche de vaca. El color de la leche de cabra es blanco mate, debido a la carencia de beta-caroteno que en el caso de leche de vaca se encuentra alojado en la fracción grasa, por lo que el tono de los quesos de cabra es más blanco (Oliszewski et al., 2002). Por otro lado, los ácidos grasos libres han sido ligados con el sabor propio (“sabor a cabra”) de la leche de cabra, observándose correlación positiva entre su contenido y el sabor del queso. La degradación de los ácidos grasos origina cetoácidos y cetonas que son componentes importantes para el aroma y sabordel queso (Juárez et al., 1991). 1. 4. 3 Proteína El componente proteico es la parte más importante en la fabricación de los quesos, y este factor está ligado tanto a la raza y al valor genético individual, como a la alimentación del animal (Haenlein y Caccese, 1992). Los diferentes tipos de proteína que se pueden encontrar en la leche son generalmente de dos tipos: 1) Proteínas hidrosolubles, éstas son termo sensibles (se desnaturalizan por los tratamientos térmicos) y no coagulan, se encuentran en el suero y se pierden en la elaboración del queso. Están representadas por la alfa-lactoalbúmina y la beta-lactoglobulina. 2) Proteínas coagulables. Tienen características termo resistentes y son las caseínas: alfa s1 (αs1), alfa s2 (αs2), beta (β) y kappa (κ). Las cuatro caseínas son el componente mayoritario, constituyendo entre el 76 y 80 por ciento de la proteína total de la leche (Ricordeau, 2000; Swaisgood, 1992). En el cuadro 1.2, 7 se muestra un aproximado de las proporciones de las cuatro caseínas en relación al porcentaje de la caseína total en la leche de cabra. El tamaño de los conjuntos de micelas inducidos por las caseínas es más pequeño en la cabra (50 nm) respecto a la vaca (75 nm) proporcionando coágulos de menor tamaño en el estómago (Haenlein y Caccese, 1992; Martin y Leroux, 2000). La capacidad de la leche de cabra para la coagulación está ligada directamente con la estructura y composición de las caseínas. La leche de cabra contiene más proteína soluble que la leche de vaca. Por ello el contenido de proteína coagulable de la leche de cabra es bajo, lo que implica que durante la elaboración de queso y de yogurt, el rendimiento sea inferior al de leche de vaca. Además se sabe que la variabilidad en la composición de las caseínas influye en la producción de queso, ya que afectan la firmeza de la cuajada, el tiempo de coagulación y el contenido final de caseína en el queso (Juárez et al., 1991). Cuadro 1. 2 Fracciones de caseína en la leche de cabra Caseína Remeuf et al., 1993 (%) Martin, 1996 (%) Alfa s1 13 10* Alfa s2 14 20 Beta 55 48 Kappa 18 22 *10% en promedio, dependiendo el genotipo: hasta 25% en alelos fuertes y 0% en alelos nulos para el gen de la caseína αs1. Se puede considerar que las proteínas son el componente de la leche más estable, aunque pueden alterarse debido a la desnaturalización por efecto del calor a partir de 60 a 70º C; afecta también la coagulación por efecto del aumento en la concentración de ácido láctico producido por las bacterias, llegando el pH hasta 4.6 con precipitación de la fracción caseínica; putrefacción por degradación de proteínas ocasionada por ciertos grupos microbianos y posterior coagulación y sabor putrefacto (Juárez et al., 1991) La relación entre caseínas y proteínas del suero puede verse alterada cuando la leche proviene de animales enfermos de mastitis o leche con contenido elevado de calostro, en ambos casos aumenta la proteína del suero, con posible 8 disminución del rendimiento de la leche para la producción de queso (Landau y Molle, 2004). En el cuadro 1.3 se muestran los contenidos promedio de proteína en cabras, así como otros componentes de la leche, representados en porcentaje y estimados en muestras obtenidas en diferentes países. Cuadro 1. 3 Composición promedio de leche de cabra en diferentes países (%) País Sólidos totales Grasa Proteína Caseína pH Referencia Argentina 1 15.70 4.91 5.10 - - Oliszewski et al., 2002 Brasil 11.65 3.35 3.15 - - Borges et al., 2004 Holanda 11.85 4.00 3.35 - - Hart, 2004 México 2 12.20 3.60 3.00 - - Valencia et al., 2004 México 12.35 3.85 3.10 2.25 6.45 Vega et al., 2004 Venezuela3 14.50 4.80 4.50 2.60 6.40 Faria et al., 1999 Razas caprinas estudiadas en el experimento: 1Criolla serrana, 2Saanen, 3Mestiza Nubia, el resto no especifican. 1. 5 Polimorfismo de las caseínas En diversas razas estudiadas por el mundo, principalmente en Europa, se ha encontrado polimorfismo en todas las caseínas caprinas. Las investigaciones comenzaron con la caseína αs1 en leche de cabra. En la mayor parte de las poblaciones de cabras estudiadas, destaca el amplio polimorfismo encontrado para este gen, del cual se conocen dieciséis alelos relacionados con diferentes niveles de síntesis de proteína. Para la década de los 80, se conocían 7 variantes alélicas (A, B, C, D, E, F y 0) (Boulanger et al., 1984; Grosclaude et al., 1987; Brignon et al., 1989; Mahé y Grosclaude, 1989). Más tarde fueron identificadas más variantes a nivel de ADN y proteínas y fueron denominadas 02, G, BB2, B3B y BB4 (Leroux et al., 1990; Martin y Leroux, 1994; Groscalude y Martin, 1997); H, I, L (Chianese et al., 1997); M (Bevilacqua et al., 2002) y N (Ramunno et al., 2002). El alelo B, denominado actualmente como B1B , es considerado como el alelo ancestral de todas las variantes de esta caseína (Martin et al., 1999). La Figura 1.1 esquematiza el 9 origen propuesto para las diferentes variantes alélicas del locus CSN1S1 a partir de su ancestro común. El alelo 0 fue renombrado como 01 para diferenciarlo del segundo alelo nulo 02 (Martin et al., 1999; Cosenza et al., 2003). La variante D, fue coniderada dentro de la variante G (Martin y Leroux, 1994). También se han encontrado variantes en las otras caseínas caprinas: siete variantes para el gen CSN1S2 (A, B, C, D, E, F y 0) (Marletta et al., 2004), tres variantes del gen CSN3 (A, B y G) (Angiolillo et al., 2002), y tres para el gen CSN2 (A, B y 0) siendo 0 un alelo nulo. Las variantes 0 del gen CSN1S1 están asociadas con ausencia de caseína αs1 en la leche de cabra, pero la variante nula que da la ausencia de CSN2, afecta la coagulación de la leche, que da como resultado un queso de consistencia muy suave (Grosclaude et al., 1987). B1 G O2 O1 A F B2 B3 B4 C E 77 Glu → Gln 16 Leu → Pro Del. 14 - 26 Del. 59 - 95 100 Arg → Lys 195 Thr → Ala 8 His → Ile N L M H I Fig 1. 1 Filogenia propuesta para el locus CSN1S1 caprino. En algunos casos se muestra la mutación encontrada a nivel molecular, lo que origina la nueva variante. Por ejemplo, el cambio de un ácido glutámico por una glicina en el aminoácido número 77 ocasiona la mutación que da origen a la variante A partiendo del alelo ancestral B1. Por el contrario, no se han descrito variantes para las proteínas del lactosuero, aunque se han descrito varias formas que difieren en su movilidad electroforética (Moioli et al., 1998). Se han descrito 12 polimorfismos en la región 3’ no traducida y en la región promotora del gen de la beta-lactoglobulina; en bovinos, las más frecuentes: A y B se asocian con diferencias en la cantidad y composición proteica de la leche (Martin et al., 2002; Pena et al., 2000; Strzalkowska et al., 2002; Yahyaoui et al., 2000) y 2 marcadores genéticos denominados A y B para la alfa- 10 lactoalbúmina, relacionados con los diferentes niveles de grasa y proteína en la leche de vaca (Martin et al., 2002). Para la tipificación de las variantes alélicas de las caseínas se utilizan algunas técnicas electroforéticas y moleculares, tales como SDS-PAGE; electroforesis bidimensional con espectrofotometría de masas (MALDI-ToF); PCR/Restricción enzimática (CAPS); RFLPs y secuenciación con el fin de detectar polimorfismos (Angulo et al., 1994; Ausubel et al., 1987; Martín y Leroux, 2000; Roncada et al., 2002; Ramunno et al., 2000; Ramunno et al., 2001; Ramunno et al., 2002). 1. 6 Estructura molecular del gen de la caseína αs1 Los genes para las cuatro caseínas, han sido mapeados en el cromosoma 6 de caprinos y bovinos (Ferretti y Sgaramella, 1990; Martin et al., 2002). Mas del 95% de proteínas contenidas en la leche de los rumiantes (principalmente caprinos, ovinos y bovinos) son sintetizados por 4 genes estructurales que están ubicados en un fragmentode 250 kb de ADN genómico. En cabras, vacas y borregas los genes de las caseínas forman un grupo, en particular el gen CSN1S1 es muy cercano al CSN2, seguido por el CSN1S2 (Grosclaude et al., 1987; Sacchi et al., 2005). La figura 1.2 muestra esquemáticamente la localización de las diferentes caseínas. 19 9 18 5 17.5 9 18 13 αs1 β αs2 κ 199 207 208 171 250 Kb Fig 1. 2 Or valores corresponden de superior a inferior, al número de exones, tamaño en kilobases y aminoácidos que los conforman respectivamente. ganización de ubicación de los genes de las caseínas en cabras a nivel molecular. Los De los 16 haplotipos posibles con base en estos tres Loci (CSN1S1, CSN2 y CSN1S2) se observan 6 debido a la baja frecuencia de los alelos y al desequilibrio 11 de ligamiento. La información de los haplotipos de una raza puede ser útil para la selección genética (Barbieri et al., 1995; Martin et al., 2002; Sacchi et al., 2005). Se menciona que la eliminación de 3 exones (9 a 11) en la variante F (Figura 1.3) de la caseína αs1, se debe a una anomalía del empalme o traducción del ARN mensajero, inducida por la eliminación de un solo nucleótido en la posición 23º del 9º exón. Esta eliminación provoca múltiples y complejas anomalías de traducción que se transcriben en una estructura del ARN mensajero heterogénea y la eliminación de los exones mencionados. La eliminación del exón 4 en la variante G se interpreta como resultado de una anomalía de empalme debida a una sustitución nucleotídica (transición G → A) en el intrón 4 (Grosclaude et al., 1994; Martin y Leroux, 2000). La variante E se caracteriza por la inserción de una secuencia de 457 pb (ver Figura 1.3), vestigio de un retroposón del tipo LINE, en el exón 19 del gen, lo que induce una reducción de la estabilidad de los ARN mensajeros (Jansà et al., 1994). Ramunno et al., 2000, desarrollaron una técnica para diferenciar la variante F a partir de PCR-RFLP que permite la localización de la deleción del 9° exón además de una inserción de 11 pb hacia la región 5’ del mismo exón. Con esta misma técnica, pueden distinguirse otras variantes: la B por la presencia de la inserción de 11 pb y la ausencia de deleción de 1 base (también presentes en la variante E) y la A y 01 por la ausencia tanto de deleción como de inserción de 11 pb. Se sabe que una deleción puntual en el aminoácido 181 del 12avo intrón, genera un codón de paro prematuro en las variante 01 (Cosenza et al., 2003), las diversas mutaciones, provocan modificaciones en la tasa de síntesis de proteína (Persuy et al., 1999; 2000; Martin y Leroux, 2000; Ramunno et al., 2000; Ramunno et al., 2001). Se sabe también que las mutaciones responsables para la aparición prematura de codones de paro en el ARNm para los genes CSN1S1 y CSN2 conducen a una disminución en el nivel de transcritos relevantes y a la existencia de múltiples formas de mensajeros debido a splicing alternativo (corte y empalme de exones). Tal situación está bien ejemplificada por los genes que codifican para la caseína αs1 en cabras, que pueden tener consecuencias biológicas graves como la no 12 producción de caseína αs1 en individuos portadores de genotipos homocigotos 0 (Martin et al., 2002). 1 2 3 4 5 6 7 8 9 1011 12 13 14 15 16 17 18 19 48/53 63 33 39 24 24 24 24 33 24 54 42 24 42 27 24 154 45 382/388 Alelo E Alelo G Alelo F Alelo O 17.5 kb 457 Fig 1. 3 Esquematización de la estructura del gen que determina el polimorfismo de la caseína αs1, el cual, se compone de 19 exones (Numerados de 1 a 19 en la parte superior) de los cuales, solo 16 codifican para la proteína propiamente dicha (del 3 al 18), los tres restantes corresponden a regiones promotoras y no traducidas (Martin et al., 2002), en la parte inferior de la misma figura, se muestra el tamaño de cada exón en aminoácidos; también se indican los exones (por encima del nivel de los demás) en los que se han encontrado mutaciones que conducen a las distintas variantes alélicas. 1. 6. 1 Efecto del polimorfismo del gen CSN1S1 En caprinos, las variantes del gen CSN1S1, determinan un contenido diferente de esta proteína en la leche y han sido asociadas con diferencias en el contenido proteico de la leche, en la relación entre caseína y proteína total y en el rendimiento en la producción de queso. En base al contenido de caseína αs1 de la leche, las variantes pueden ser clasificadas en cuatro grupos con cuatro niveles de expresión: alelos fuertes (A, BB1, B2B , BB3, B4B , C, H, L y M), con una contribución aproximada de 3.5 g/L de caseína αs1 cada uno; alelos intermedios (E e I) con una contribución de 1.1g/L, alelos débiles (F y G) con una contribución de 0.45 g/L y alelos nulos (01, 02 y N) sin producción de caseína αs1 (Grosclaude y Martin, 1997; Rando, et al., 2000; Ramunno et al., 2002; Roncada et al., 2002). Ensayos de fabricación de queso tradicional del tipo “Pélardon des Cévennes”, evidenciaron las diferencias corregidas netas de rendimiento de leche para la elaboración queso de cabras con genotipos AA y EE encontrando que las primeras, fueron superiores en un 7.4% a las segundas y 14.8% superiores que las FF. También fueron evaluadas las diferencias en la fermentación del queso 13 (AA>EE>FF), mediante estudios de laboratorio y confirmadas por un jurado de degustación; de acuerdo al mismo jurado, el sabor “a cabra” tiende ser menor en los quesos elaborados con leche de individuos con genotipo AA (Grosclaude et al., 1994). Se ha demostrado también que la variante 0 está asociada con la ausencia de caseína αs1 en homocigotos (Grosclaude y Martin, 1997). 14 1. 7 Justificación Los efectos del locus de la caseína alfa s1 caprina en la producción de proteína han sido confirmados en diversas poblaciones de caprinos de Europa (Barbieri et al., 1995; Martin et al., 2002; Serradilla, 2002; Sacchi et al., 2005); sin embargo, no hay estudios realizados en México en este sentido, donde estos efectos pueden ser distintos debido a interacciones genotipo medio ambiente y genotipo fondo genético, de las poblaciones locales, dado el origen diverso de las poblaciones de cabras lecheras mexicanas. Estimaciones basadas en un estudio de modelación determinística de selección en poblaciones de animales productores de leche indican que la respuesta genética para un carácter cuantitativo con un fuerte efecto de un gen mayor podría incrementarse hasta un 26% en ciertas condiciones óptimas (Manfredi et al., 1998). Otro estudio, más reciente basado en simulación estocástica de programas de selección en caprinos, indica que son posibles incrementos del 18% en la respuesta genética para el porcentaje de proteína, pero no hay evidencia de incrementos en la respuesta genética sobre la cantidad total de proteína por lactancia, al comparar tres estrategias de MAS con un programa convencional basado en registros de producción y genealogía, con pruebas de progenie de machos para inseminación artificial (Sánchez et al., 2005). Debido al potencial de este polimorfismo, la genotipificación para el locus CSN1S1 se ha incluido en la evaluación de machos utilizados para inseminación artificial en Francia para incrementar la precisión en la selección de los sementales jóvenes y contribuir al incremento del progreso genético para un objetivo de selección. Este estudio, permitirá establecer las frecuencias de los alelos en cada población estudiada y evaluar las diferencias genéticas entre las cabras Alpinas, Saanen y Toggenburg, para evaluar las posibilidades de realizar MAS, con vistas a hacermas eficiente y competitivo el programa de Mejoramiento en caprinos que se lleva a cabo en la actualidad en el estado de Guanajuato para la selección del contenido y la producción de proteína total por lactancia. 14 1. 8 Objetivos 1. 8. 1 General Establecer la asociación existente entre las variantes del gen CSN1S1 caprino y la producción de leche, grasa, proteína, lactosa, células somáticas y sólidos totales por lactancia en caprinos de las razas Alpina, Saanen y Toggenburg del Estado de Guanajuato. 1. 8. 2 Específicos 1. Desarrollar un método de genotipificación en caprinos para la identificación de variantes alélicas del gen CSN1S1. 2. Establecer asociaciones entre las variantes del gen CSN1S1 y la producción de leche, grasa, proteína, lactosa, células somáticas y sólidos totales. 15 II MATERIAL Y MÉTODOS 2. 1 Área de estudio Se estudiaron un total de 415 lactancias (al menos 90 días) de 239 cabras de las razas Alpina (n=60), Saanen (n=105) y Toggenburg (n=74) explotadas en tres rebaños que pertenecen a la Asociación Nacional de Criadores de Ganado Caprino de Registro AC, ubicados en el Municipio de Apaseo el Grande, Guanajuato. La zona de muestreo, tiene un clima templado semiseco con lluvias en verano (aproximadamente con el 70% de las precipitaciones entre mayo y septiembre), una altura sobre el nivel del mar de cerca de 1,780 metros y una temperatura anual promedio de 19° C. Las cabras se encuentran en estabulación permanente, recibiendo como alimentos base en la dieta alfalfa achicalada, concentrados comerciales y suplementos de vitaminas y minerales. El ordeño se realiza 2 veces al día utilizando equipos automatizados. 2. 2 Datos Se consideraron cabras que de octubre de 2003 a agosto de 2005, tuvieron un mínimo de tres mediciones de producción de leche, porcentaje y contenido de grasa y proteína, porcentaje de lactosa, índice de células somáticas y porcentaje de sólidos totales. Los análisis para los componentes de la leche, se llevaron a cabo en un laboratorio especializado para tal efecto, perteneciente a la Unión Ganadera regional del Estado de Guanajuato y la Asociación de Productores Caprinos, ubicado en Celaya Guanajuato, empleando el equipo Milko Scan 133 A (Foss Electric, Hillerod, Denmark). El control de producción lechero lo realizó la Asociación Holstein México (AHM) utilizando los estándares del Comité Internacional para el Registro de producción Animal (ICAR). El muestreo se realizó mensualmente de forma individual para cada cabra en lactación; para la estimación de la producción de leche, grasa y proteína acumuladas al tercer muestreo se utilizó el método de Fleischmann (Craplet y Thibier, 1973; Moioli, 1996). Para los porcentajes y el índide de células somáticas, se utilizó en el 16 análisis, el promedio de los tres muestreos ponderado por el número de días entre muestreos. El índice de células somáticas (ICS), fue obtenido por el veterinario de la Asociación de Caprinocultores Unidos, especializado en el control de mastitis, realizando una prueba de Wisconsin modificada. Los registros de los componentes de leche fueron enviados a la AHM, quien integró las producciones de leche y de sus componentes en un archivo maestro. Para la tipificación de las variantes del gen de la caseína αs1, se recolectaron entre 3 y 5 ml de sangre periférica de las cabras, en tubos vacutainer que contenían EDTA potásico como anticoagulante, empleando las técnicas de PCR y PCR- RFLP. 2. 3 Tipificación de alelos La genotipificación de los individuos para el locus CSN1S1, se llevó a cabo en el laboratorio de Genética Molecular del Departamento de Genética y Bioestadística de la Facultad de Medicina Veterinaria y Zootecnia de la UNAM, empleando ADN obtenido a partir de las muestras de sangre utilizando el método de Miller et al. (1988) y modificado en el laboratorio (ver apéndice 1 para detalles del protocolo de extracción de ADN). Posteriormente fue elaborado un banco de ADN para llevar a cabo dos diferentes ensayos de PCR. Se llevó a cabo un primer ensayo de PCR, con el fin de identificar la inserción de 457 pb en el exón 19, característica de la variante E. Para éste, se utilizaron iniciadores diseñados a partir de la secuencia del gen CSN1S1 encontrada en el GenBank (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Nucleotide; accession X72221, Jansá et al., 1994), las condiciones para la amplificación de fragmentos fueron estandarizadas mediante gradientes de temperatura utilizando el termociclador PCRexpress (Hybaid Limited). El protocolo empleado para la amplificación se detalla en el apéndice 2. Una vez amplificados los fragmentos del exón 19 y de este modo, tipificados los individuos portadores de la variante alélica E, se llevó a cabo una segunda amplificación mediante PCR, seguida de digestión enzimática, que permite la identificación de los alelos F y B, así como los alelos A y 01 y la separación, en un 17 grupo (D), del resto de variantes. Esto es descrito en el apéndice 3 y para ello, se excluyeron los individuos ya tipificados como homocigotos para E. 2. 4 Análisis estadístico Para evaluar el efecto de los alelos del gen CSN1S1 sobre las producciones de leche, porcentaje y contenido de grasa y proteína, porcentaje de lactosa, índice de células somáticas y sólidos totales, se empleó un modelo lineal mixto que incluyó los efectos fijos de: rebaño, raza, número de lactancia (clasificando los números de lactancia en tres grupos: ≤2, 3-4 y ≥5), año de parto, época de parto (época de parto 1 de enero a junio y época de parto 2 de julio a diciembre), los efectos de los alelos A, B, D y E de la caseína αs1, fueron codificados como el número de alelos presentes en el genotipo (2 para los homocigotos y 1 para heterocigotos). De este modo, los efectos de cada gen se evaluaron por alelo como coeficientes de regresión múltiple, en comparación con el alelo F. Se incluyeron también las covariables: días a la tercera medición en su efecto lineal y cuadrático. Además se incluyó el efecto aleatorio de cabra para considerar la estructura repetida de lactancias por cabra. Los análisis se realizaron utilizando el procedimiento Mixed del programa SAS (SAS Institute, 1997). 18 III RESULTADOS 3. 1 Tipificación de la variante E mediante la amplificación de fragmentos que abarcan el exón 19 Con esta amplificación se detectaron los individuos portadores de la variante alélica E, fueron distinguibles fácilmente, ya que amplifican un fragmento de 622 pb, contra los no portadores de esta variante con amplificaciones de 205 pb. En la Figura 3.1, se muestra una fotografía del gel de agarosa que contiene las tres diferentes combinaciones de bandeo en la amplificación de fragmentos: homocigotos E (una sola banda de 662 pb), heterocigotos de E y otra variante (una banda de 662 pb y otra de 205 pb) y los que no presentan alelos E (una sola banda de 205 pb). Los carriles 1 a 3 contienen amplificados de tres individuos previamente tipificados en la Universidad de Córdoba, España y cuyos genotipos eran ya conocidos, por ello se emplearon como controles. En los carriles 4 a 8 se presentan amplificados de individuos muestreados para este trabajo; el carril M1 contiene un marcador de peso molecular en escalera de 200 pb; el carril M2 muestra otro marcador de peso molecular de rango bajo (pBR322/MspI). M1 1 2 3 4 5 6 7 8 M2 662 pb 622 pb 800 pb 400 pb 205 pb 200 pb M BB EE FF E? E? ?? N/A EE M Fig 3. 1 Electroforesis en gel de agarosa al 2%. La numeración superior a la figura corresponde al número de carril. Al pie de figura aparece la nomenclatura de genotipos: los individuos homocigotos para E (EE),los heterocigotos de E con otra variante (E?) y los individuos que portan alelos diferentes al alelo E (??). BB y FF son individuos con genotipo conocido previamente. N/A es una muestra no amplificada en este ensayo, M corresponde al marcador de peso molecular. Las flechas indican el tamaño de la banda y están dados en pares de bases. 19 3. 2 Tipificación de las variantes F, B y A mediante amplificación de fragmentos que abarcan desde el intrón 8 al intrón 9 El tamaño de bandas esperado para ésta otra amplificación fue de 212-223 pares de bases. En la figura 3.2 se observa la imagen de un gel de agarosa al 3% donde pueden distinguirse en los amplificados, bandas a dos diferentes niveles; la diferencia entre las que presentan la inserción (B, E y F) y no la presentan (A y el resto de variantes) es de 11 pares de bases. M 1 2 3 4 5 6 7 8 242+238 pb 223 pb 217 pb 212 pb 201 pb Fig 3. 2 Electroforesis en agarosa al 3% de los amplificados del intrón 8 al 9. La numeración superior a la figura corresponde al número de carril. M corresponde al marcador de peso molecular (pBR322/MspI); los carriles 2, 5 y 7 son individuos que presentan la inserción de 11 pb; los carriles 1, 4 y 6 son individuos que no la presentan. En el carril 8 el individuo presenta un alelo con inserción y otro sin inserción. En el carril 3 hay una muestra sin amplificar. Las flechas indican el tamaño de la banda y están dados en pares de bases. 3. 3 Digestión enzimática de los productos amplificados La digestión enzimática, dio los patrones de corte representados en la figura 3.3. Debe señalarse, que B presenta el mismo patrón de corte que E, sin embargo, los individuos portadores de E habían sido identificados previamente. 20 M AA BB DD FF AB AD AF BD BF DF 223 pb 212 pb 150 pb 161 pb 217 pb 67 pb 63 pb Fig 3. 3 Productos de digestión con la endonucleasa PdmI, separados por electroforesis en un gel de poliacrilamida al 6%, teñido con nitrato de plata. En la parte superior de la figura se marcan los genotipos asignados para cada patrón de corte, M corresponde al marcador de peso molecular (pBR322/MspI). Las flechas indican el tamaño de las bandas en pares de bases. 3. 4 Frecuencias genotípicas y alélicas El estudio del polimorfismo del gen de la caseína αs1 sin considerar la raza (Cuadro 3.1), mostró que el genotipo más frecuente fue EE (0.243) seguido de EF (0.155) y de BE y BF (0.105). El resto de los genotipos se presentaron en frecuencia menor a 0.100. El genotipo EE fue mas comúnmente encontrado en la raza Saanen (0.172), después en la Alpina (0.167) y finalmente en la Toggenburg (0.095); los genotipos EF y BE también fueron encontrados con mayor frecuencia en la raza Saanen (0.113 y 0.711 respectivamente) el genotipo BF se encontró principalmente en la raza Toggenburg (0.795). El genotipo homocigoto de A, no fue encontrado en las razas Saanen ni Toggenburg; además, en la raza Saanen tampoco se encontraron genotipos AB y AD, encontrando solo unos cuantos individuos portadores de la variante A en esta raza. 21 Cuadro 3. 1 Frecuencias genotípicas para el locus CSN1S1 por raza RAZA Alpina Saanen Toggen Total Genotipo N F N F N F N F AA 2 0.0333 0 0.0000 0 0.0000 2 0.0084 AB 2 0.0333 0 0.0000 3 0.0405 5 0.0209 AD 4 0.0667 0 0.0000 6 0.0811 10 0.0418 AE 3 0.0500 1 0.0095 1 0.0135 5 0.0209 AF 5 0.0833 2 0.0190 4 0.0541 11 0.0460 BB 2 0.0333 1 0.0095 1 0.0135 4 0.0167 BD 3 0.0500 1 0.0095 6 0.0811 10 0.0418 BE 6 0.1000 17 0.1619 2 0.0270 25 0.1050 BF 4 0.0667 2 0.0190 19 0.2568 25 0.1050 DD 5 0.0833 1 0.0095 2 0.0270 8 0.0335 DE 3 0.0500 5 0.0476 5 0.0676 13 0.0544 DF 1 0.0167 1 0.0095 4 0.0541 6 0.0251 EE 10 0.1667 41 0.3905 7 0.0946 58 0.2430 EF 5 0.0833 27 0.2571 5 0.0676 37 0.1550 FF 5 0.0833 6 0.0571 9 0.1216 20 0.0837 N 60 105 74 239 N= número de individuos observados; F= frecuencias observadas Las frecuencias alélicas encontradas en la población estudiada, nuevamente sin considerar raza (Cuadro 3.2) fueron para el alelo E 0.410; para el F 0.249; B 0.153; D 0.115 y A 0.073. En la raza Alpina se encontró con mayor frecuencia el alelo E (0.308), seguido del F (0.208). En la Saanen el E (0.629) y F (0.210). La raza Toggenburg presentó la mayor frecuencia para el alelo F (0.338) y también una alta frecuencia del alelo fuerte B (0.216). Cuadro 3. 2 Frecuencias de los alelos de la caseína αs1 por raza y total. RAZA Alelo Alpina Saanen Toggen Total A* 0.150 0.014 0.095 0.0732 B 0.158 0.105 0.216 0.1527 D** 0.175 0.043 0.169 0.1151 E 0.308 0.629 0.182 0.4100 F 0.208 0.210 0.338 0.2490 N 60 105 74 * incluye A y 01; ** incluye el resto de alelos 22 23 3. 5 Efectos de los alelos del gen CSN1S1 sobre los componentes de la leche En el cuadro 3.3 se presentan los promedios generales para los diferentes componentes de la leche en la muestra de estudio. Cuadro 3. 3 Media general, desviación estándar y coeficiente de variación para las diferentes características estudiadas Variable N Media DS CV (%) Mínimo Máximo Leche (kg) 415 369.80 113.49 30.69 122.40 840.90 Grasa (%) 415 3.25 0.48 14.80 2.32 5.02 Grasa (kg) 415 11.84 3.52 29.73 3.85 25.87 Proteína (%) 415 2.74 0.23 8.27 2.04 3.49 Proteína (kg) 415 10.05 3.00 29.85 3.66 24.66 Lactosa (%) 415 4.56 0.19 4.15 4.03 5.11 Sólidos Totales (%) 414 11.60 0.77 6.60 9.74 14.22 ICS (miles/mL) 415 36915.12 232.83 0.63 36219.85 37354.02 En el cuadro 3.4 se muestran los efectos de los alelos del gen de la caseína αs1 sobre la producción de leche, grasa, proteína, lactosa, índice de células somáticas y sólidos totales. Estos presentan efectos positivos de la variante A sobre el contenido de grasa (0.983 kg, P<0.05), porcentaje de proteína (0.097 %, P<0.01) y contenido de proteína (1.0196 kg, P<0.01), comparados con la variante F. Para porcentaje y cantidad de proteína se encontró asimismo un efecto significativo (P<0.01) de la variante B comparada con la F. De la misma forma, se nota un efecto negativo (deseable) (P<0.01) sobre el conteo de células somáticas de la variante A comparada con la F. El efecto del alelo E sobre el contenido de lactosa fue negativo (-0.0502 %, P<0.01). 24 Cuadro 3. 4 Efectos del gen CSN1S1 sobre los rasgos estudiados, expresados como coeficientes de regresión ± ee de las variantes alélicas respecto al alelo F. Alelo Leche (kg) Grasa (%) Grasa (kg) Proteína (%) Proteína (kg) Lactosa (%) Sólidos totales (%) ICS (miles/mL) A 25.15±14.24 0.068±0.074 0.983±0.459 a 0.097±0.034b 1.020 ±0.380b -0.055±0.031 0.106±0.116 -325.1±157.0a B 11.79±10.93 0.003±0.056 0.379±0.352 0.092±0.026 b 0.618±0.292a -0.012±0.023 0.095±0.088 -1.6±120.1 D 15.99±10.00 -0.007±0.049 0.369±0.319 0.031±0.023 0.516±0.268 0.023±0.020 0.050±0.076 -115.7±107.7 E 1.18±8.39 -0.027±0.044 -0.023±0.271 0.033±0.020 0.165±0.224 -0.050±0.019 b -0.058±0.069 93.4±92.8 a P <0.05; b P<0.01; ICS: Índice de Células Somáticas IV DISCUSION Los métodos de tipificación a nivel de ADN para la identificación de las todas las variantes del gen CSN1S1, no se encuentran aún disponibles en trabajos publicados, dado que el INRA en Francia utiliza un método basado en PCR que permite distinguir la mayoría de los grupos para realizar MAS, sin embargo, el método publicado por Ramunno et al., (2000), las secuencias disponibles en el GeneBank de Jansá et al., (1994) y ciertas modificaciones y adaptaciones hechas en el laboratorio, permitieron desarrollar dos técnicas para identificar con certeza, tres de las variantes alélicasmás frecuentes del gen de la caseína αs1 (B, E y F). Adicionalmente se identificaron las variantes A y D, aunque estas incluyen a otros posibles alelos. La variante A es confundida con la 01, sin embargo, tomando en cuenta investigaciones previas, que muestran que la frecuencia con que se presentan individuos portadores de variantes 01 es realmente muy baja (Grosclaude et al., 1987; 1994; Mahé y Grosclaude, 1989; Ramunno et al., 1991), por lo que se consideró que la probabilidad de tener heterocigotos para el alelo 01 en este estudio en el grupo A es baja. El alelo D incluye al resto de variantes (C, G, H, I, L, M, N y 02) que no pudieron ser distinguidas con el método utilizado en éste estudio, encontrándose en frecuencia cercana al 11% en conjunto (Alpina (n=60) 0.175, Saanen (n=105) 0.043 y Toggenburg (n=74) 0.169). En éste estudio, los alelos más frecuentes fueron E y F. En trabajos realizados por Grosclaude et al. (1987) y Ramunno et al. (1991), también se observan altas frecuencias para los alelos E y F en las razas Saanen (E 0.41 y F 0.43) y “Camosciata delle Alpi” (E 0.35 y F 0.59), con las mayores frecuencias para la variante F. Por el contrario, en el mismo trabajo de Grosclaude y otro realizado por Martin y Leroux en 2000 se observaron altas frecuencias de alelos A y F en razas Garganica y Maltesa (0.61 y 0.33; 0.61 y 0.34, respectivamente). Hasta principios de los años 90, los alelos E y F eran predominantes en las razas Alpina y Saanen francesas, lo que explica en parte, el bajo contenido de proteína en la leche de estas razas, limitando el rendimiento en la producción de queso. En las razas lecheras europeas en general, se observa una preponderancia de los alelos A, B, E y F (estos dos últimos, predominantes en las razas Alpina y Saanen francesas e italianas así como en la población Corsa). En la raza Alpina, la frecuencia del alelo A se incrementó en sementales de 1996 a 1998 aproximadamente en un 0.6%; en la raza 25 Saanen el alelo E es predominante, pero la selección hacia el alelo A está incrementando la frecuencia de A desde 1992 (Grosclaude et al., 1994; Manfredi et al., 2000). Como se muestra en los resultados de éste trabajo, la composición de la leche, así como el índice de células somáticas, el contenido de proteína, el porcentaje de proteína y la cantidad de grasa por lactación, fueron influenciados significativa y favorablemente por las variantes consideradas fuertes, en particular en las cabras portadoras de alelos A y B. Este hallazgo coincide con información previa, en la cual los llamados alelos fuertes, están asociados con un alto contenido de caseína αs1 (Grosclaude et al., 1987; Mahé y Grosclaude, 1989). El estudio hecho por Barbieri (1995) de los rendimientos en granja, de la descendencia de 5 sementales heterocigotos para el locus CSN1S1 ponen en evidencia las diferencias del contenido de proteína, lo cual coincide con los estimados dados por Grosclaude et al. (1994) donde se observan alrededor de 2.5 g/kg de diferencia entre los alelos A y F y 2 g/kg entre los alelos A y E. En el presente trabajo y en los realizado por Grosclaude (1994) y Barbieri (1995), este polimorfismo no afectó la cantidad de leche producida, sin embargo fueron encontradas diferencias significativas para el contenido de grasa entre los alelos A y E y A y F (Cuadro 4.1); sin embargo, la magnitud de los efectos es menor en este trabajo (aproximadamente 1 gramo de proteína por kilogramo de leche de diferencia entre el alelo A y F) comparados con valores entre 2.3 y 2.6 en Francia. Sin embargo, los trabajos realizados en España e Italia (cuadro 4.1), muestran valores entre 0.9 y 1.3, los que son muy parecidos a los obtenidos en este estudio. Zullo et al. (2005) observaron un mayor efecto en el alelo B que para el A, con una superioridad de 1.7 gramos de proteína por kilogramo de leche. Cuadro 4. 1 Comparación entre los efectos de la variante A contra E y F, respecto a sus contenidos de grasa y proteína. A respecto a F A respecto a E Autor Raza Proteína (g/kg) Grasa (g/kg) Proteína (g/kg) Grasa (g/kg) Grosclaude et al., 1994 Alpina y Saanen 2.5 2.0 2.0 2.6 Mahé et al., 1994 Alpina francesa 2.3 2.6 - - Barbieri et al., 1995 Alpina francesa 2.4 3.6 - - Ricordeau et al., 2000 Poitevine 2.6 3.0 1.1 1.4 Analla et al., 2000 Malagueña 0.9 - - - Agüera et al., 2002 Malagueña 1.4* - - - Agüera et al., 2002 Murciano-Granadina - - 1.7* - Zullo et al., 2004 Cilentana 1.3 2.0 - - Representa la superioridad del alelo A respecto a F y E; *comparación entre alelos B y F. 26 En los trabajos realizados por Grosclaude (1994) analizando las propiedades fisicoquímicas de la leche cabras homocigotas para los tres alelos principales (A, E y F) se confirman los efectos de los genotipos sobre los porcentajes de la caseína y grasa y muestran efectos significativos sobre el diámetro de las micelas y sobre su contenido de calcio, el cual es más bajo en leche de cabras con genotipo AA. Estas características explican las diferencias observadas en la capacidad de coagulación de la leche, que es mayor en las que portan alelos AA. Las diferencias más importantes se deben a la firmeza máxima de la cuajada (AA>EE>FF). La leche de los individuos homocigotos AA tienen en promedio, un tiempo intermedio para la coagulación, mientras que los homocigotos EE tienen el tiempo más largo y los FF el tiempo más corto (Grosclaude et al., 1994). Con base en las asociaciones genéticas entre las propiedades de coagulación de la leche en trabajos anteriores y los diferentes rasgos estudiados en éste trabajo, una manera de mejorar genéticamente la coagulación de la leche, podría ser también, la selección para baja cantidad de células somáticas, que afectan significativamente la coagulación (Ikonen et al., 2004). La preselección de machos jóvenes antes de la prueba de progenie no emplea la información molecular y es un método económico de lograr progreso genético para las características económicamente importantes, sin embargo, las ventajas que puede aportar la genotipificación (que puede implementarse en progenitores desde etapas tempranas de la vida del animal), no requiere de una organización especial debido a que puede ser incluido en las pruebas de rutina basadas en sus registros productivos y los beneficios obtenidos de la genotipificación pueden ser relevantes al considerar las posibles pérdidas de oportunidad de progreso genético adicional. Manfredi et al., (2000) reportaron que cuando la frecuencia de los alelos favorables es baja, se supone una alta frecuencia de machos jóvenes en prueba de progenie con genotipo AF. Además, si la información genotípica de la caseína no es utilizada, los hijos FF pueden ser puestos a prueba de progenie hasta años después, esto implica una pérdida de oportunidad de progreso genético. Dependiendo del destino de la leche (elaboración de queso o consumo de leche fresca), la frecuencia de alelos débiles podría ser reducida en algunas poblaciones, ser incrementada en otras, o dirigida hacia otro tipo especializado de producción, como leche con poca o sin caseína αs1 para sujetos alérgicos. 27 En el trabajo de Sánchez et al. (2005), mencionan las ventajas en la selección asistida para el locus de la caseína y métodos de evaluación tradicional basada en el fenotipo y la genealogía (BLUP), sobre la selección con BLUP para el porcentaje de proteína es de 18%, sin embargo, estos autores no encontraron diferencias entre programas que utilizaban MAS en comparación con programas tradicionales de mejora cuando el objetivo de selección fue la cantidad total de proteína por lactancia. Manfredi et al., (1998) encontraron que el máximo incremento posible en una característica con herencia mixta (poligénica y un gen mayor con genotipo conocido) era de 26%. 28 VCONCLUSION Los resultados del presente estudio, confirman el efecto favorable de los alelos fuertes del locus CSN1S1 caprino sobre el porcentaje y cantidad de proteína, así como en la cantidad de grasa por lactancia, específicamente el de la variante A aunque la magnitud parece menor que la de algunos trabajos previos en Francia en las razas de origen Alpino, pero similares a trabajos realizados en España e Italia en otras razas. Además, se encontró un efecto favorable (negativo) del alelo A sobre el contenido de células somáticas. Ésta ultima observación deberá ser confirmada en estudios subsecuentes. Las mayores frecuencias encontradas para los alelos débiles, comparados a los fuertes en las tres razas estudiadas, permiten suponer que existe en principio una oportunidad de lograr beneficios derivados de la implementación de programas de MAS con el locus CSN1S1 caprino para mejorar genéticamente la eficiencia económica de estas poblaciones, en forma adicional a los métodos actuales basados en evaluaciones genéticas en base al fenotipo y la genealogía (BLUP). Es necesario hacer análisis de costo-beneficio para evaluar las posibilidades de implementación de los métodos de genotipificación del gen del locus CSN1S1 caprino en los programas de selección en poblaciones de cabras cuya leche se destina a la producción de queso. 29 VI LITERATURA CITADA Addeo F, Masi P, Rubino R. (1987) The aptitude of caprine milk to cheese making relationship between αs1-casein content and rheological properties of curd and cheese. 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