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Control génico en eucariontes Existen 3 tipos de ARNpol La ARNpol II (encargada de transcribir los ARN codificantes de proteínas) requiere de 5 factores de transcripción generales. Las células eucariontes NO TIENEN OPERONES; cada gen se regula de manera individual. Cada gen eucarionte puede estar regulado por cientos de proteínas reguladoras (algunas actuando a distancia). Las células eucariontes poseen un complejo MEDIADOR → aumenta el área de contacto para las proteínas reguladoras). El empaquetamiento del ADN como CROMATINA otorga mayores posibilidades de regulación transcripcional. EN LOS EUCARIONTES HAY MUCHAS SEÑALES QUE CONVERGEN EN UN ÚNICO PROMOTOR Y LA MAQUINARIA DE TRANSCRIPCIÓN INTEGRA ESAS SEÑALES. Región de control de un gen eucariota → está formada por: un PROMOTOR → es la secuencia del ADN que une la ARNpol II y los factores generales de la transcripción. SECUENCIAS REGULADORAS → pueden estar cercanas a la región promotora o alejadas tanto en dirección 5’ como 3’ en relación al sitio de inicio de la transcripción. EN LOS EUCARIOTAS → la capacidad del ADN de curvarse (formar bucles) es fundamental → ya que los factores de transcripción están muy alejados del sitio de inicio de la transcripción, así pueden contactar de manera directa o indirecta con los factores generales de la transcripción y la ARNpol II → esto lo hacen a través del complejo polipeptídico llamado MEDIADOR → el cual tiene muchos sitios de unión para diferentes proteínas (entre ellos los factores generales de la transcripción y los factores específicos de la transcripción). EN LAS CÉLULAS EUCARIONTES, EL ESTADO DE LA CROMATINA ES FUNDAMENTAL PARA QUE LA ARNPOL II PUEDA INICIAR O NO LA TRANSCRIPCIÓN DE UN GEN. 17° T E O R I C O El mediador tiene la capacidad de unir complejos remodeladores de la cromatina y enzimas modificadoras de histonas → son aquellas que introducirán las marcas especificas en las colas de las histonas para lograr que la cromatina este más o menos desenrollada según si vaya a favorecer o desfavorecer el inicio de la transcripción. ¿DE QUÉ MANERA UNA PROTEÍNA EUCARIONTE ACTIVADORA DE GENES AUMENTA LA VELOCIDAD DE LA TRANSCRIPCIÓN? Lo puede hacer de dos maneras. Modificación de la estructura de la cromatina por los activadores génicos eucariotas El mecanismo indirecto por el cual actúan los factores activadores de la transcripción consiste en las MODIFICACIONES LOCALIZADAS DE LA ESTRUCTURA DE LA CROMATINA → y esto se logra ya que → las proteínas activadoras génicas, una vez unidas a sus secuencias reguladoras en el ADN → tienen la capacidad de atraer a los complejos remodeladores de la cromatina que favorecen el deslizamiento de los nucleosomas y la relajación entre la unión del ADN y los nucleosomas → esto facilita, a su vez, la eliminación de histonas en ese sitio y la sustitución de histonas por determinadas variantes (ambos procesos asistidos por chaperonas de histonas). Y también → los factores activadores pueden reclutar enzimas modificadoras de histonas que unen grupos químicos específicos de manera covalente a las colas de las histonas → de modo tal de crear un código de histonas que favorecerá la formación de eucromatina (cromatina relajada) en el sitio de inicio de la MECANISMO DIRECTO Proteínas activadoras atraen, ubican y modifican a los factores generales de la transcripción, al mediador y a la ARN pol II para iniciar la transcripción. Favorecen el establecimiento del complejo de inicio de la transcripción. MECANISMO inDIRECTO Es aquel que opera a nivel de la cromatina. Promueven modificaciones en la estructura de la cromatina a nivel de la zona del promotor. Tienen la capacidad de atraer a los complejos remodeladores de la cromatina y a las enzimas modificadoras de histonas. transcripción → además, esto facilita el acoplamiento de los factores generales de la transcripción y de la ARNpol II en la región promotora de la transcripción. MECANISMO DE HIPERACETILACIÓN DE LAS HISTONAS EN EL CONTROL DE LA TRANSCRIPCIÓN HIPERACETILACION DE LAS HISTONAS DIRIGIDA POR ACTIVADOR → se tiene representada a la proteína activadora con su dominio de unión al ADN unido a su secuencia específica reguladora; y con su dominio coactivador unido a diversas proteínas coactivadoras → una de ellas es una enzima histona acetilasa → acetila residuos específicos de lisina presentes en las colas de las histonas → los residuos de lisina suelen tener carga positiva en la célula, cuando son acetilados, esas cargas positivas se enmascaran → de manera que esas cargas positivas no pueden interaccionar con el ADN → y se favorece la RELAJACIÓN DE LA CROMATINA. Cuando la proteína activadora se une al ADN y a sus proteínas coactivadoras → la subunidad de histona acetilasa → acetila las colas de las histonas. DESACETILACIÓN DE HISTONAS DIRIGIDA POR REPRESOR → factor represor que tiene un dominio de unión al ADN, con el cual se une a su secuencia específica, y un dominio de represión → este último le permite unirse a diversas proteínas co- represoras → entre ellas, una subunidad tiene función de histona desacetilasa → quita los residuos de grupos acetilos unidos covalentemente a las colas de las histonas → de manera tal que quedan nuevamente desenmascaradas las cargas positivas de las lisinas de las histonas, que pueden interaccionar con las cargas negativas del ADN mediante interacciones electroestáticas → Y ESTA INTERACCIÓN FACILITA LA FORMACIÓN DE UNA CROMATINA MÁS COMPACTA. Las alteraciones que se producen en la estructura de la cromatina durante la iniciación de la transcripción pueden persistir durante diferentes períodos de tiempo dependiendo del gen y de la célula → a veces esas modificaciones se revierten una vez que la proteína de regulación génica se disocia del ADN; y otras veces persiste durante más tiempo. Que reviertan rápidamente es importante para aquellos genes que la célula debe activar y desactivar rápidamente en respuesta a señales externas. En otros casos → las modificaciones persisten aun cuando la proteína reguladora se disocia del ADN → y esta estructura de la cromatina permanece como “memoria” e incluso puede heredarse a la siguiente generación celular. Como actúan las proteínas represoras de genes de los organismos eucariotas UNIÓN COMPETITIVA AL ADN → es una unión competitiva entre el represor y un activador → se unen a un mismo sitio en el ADN. OCULTACIÓN DE LA SUPERFICIE DE ACTIVACIÓN DE LA PROTEÍNA ACTIVADORA → a través del dominio de represión, la proteína represora se une a la superficie de activación de la proteína activadora e inhibe su unión posterior con co-activadores. Esto puede darse cuando están unidas al ADN o antes de su unión al ADN. INTERACCIÓN DIRECTA DE LAS PROTEÍNAS REPRESORAS CON LOS FACTORES GENERALES DE TRANSCRIPCIÓN → esto se hace a través del dominio de represión, de esta manera se evita que el activador se una, a través de su dominio coactivador, a ese complejo. Otros 3 mecanismos → operan a nivel de la cromatina. RECLUTAMIENTO DE COMPLEJOS DE REMODELACIÓN DE LA CROMATINA POR PARTE DE LAS PROTEÍNAS REPRESORAS → de manera tal de favorecer la compactación de la cromatina. RECLUTAMIENTO DE HISTONA DESACETILASA (ENZIMA MODIFICADORA DE HISTONA) → favorecen la compactación de la cromatina. RECLUTAMIENTO DE HISTONA METILTRANSFERASA → metila grupos específicos en las colas de las histonas, lo que atrae proteínas que se unen a las histonas metiladas v favoreciendo la compactación de la cromatina. LAS PROTEÍNAS REGULADORAS DE GENES DE CÉLULAS EUCARIOTAS GENERALMENTE SE UNEN DE MANERA COOPERATIVA AL ADN. Proteínas de regulación génica en solución → no interactúan o poseen interacciones débiles. Cuando lasproteínas de regulación génica se unen al ADN → aumenta su capacidad de interacción; de manera tal que, algunas de esas proteínas (por ejemplo la verde) incluso tiene la capacidad de interactuar con ciertas proteínas → formando en su conjunto un complejo activador de la transcripción; o puede interactuar con otras proteínas formando un complejo represor. Cada gen eucarionte estará regulado por un conjunto de proteínas → y el ensamblaje final requiere la presencia de varias proteínas reguladoras génicas. Que se forme uno u otro complejo (activador o represor) dependerá tanto de la disposición de las secuencias reguladoras presentes en el ADN como de la presencia de proteínas específicas reguladoras en determinado momento de la vida de la célula. CADA GEN SE EXPERESARÁ O REPRIMIRÁ SOLO CUANDO ESTÉ PRESENTE LA COMBINACIÓN ADECUADA DE PROTEÍNAS REGULADORAS. INTEGRACIÓN DE VARIAS SEÑALES EN UN PROMOTOR Varios grupos de proteínas reguladoras van a actuar de manera conjunta influyendo sobre un promotor. Se postula como probable que → la actividad transcripcional final del gen resulta de la competencia entre la presencia de proteínas activadoras y proteínas represoras. La actividad de las proteínas reguladoras de genes eucariotas puede regularse por diferentes mecanismos. (A) → una vez que la proteína reguladora es sintetizada, ya está activa y puede actuar como factor de transcripción. (B) → se favorece la activación de la proteína reguladora por medio de la unión a un ligando → cuando no está presente el ligando, la proteína tiene una configuración inactiva. (C) → una modificación covalente activa a la proteína reguladora; lo más común es la fosforilación → le cambia la conformación a la proteína, activándola. (D) → la proteína reguladora puede requerir la adición de una subunidad para poder unirse al ADN → cuando se une a la subunidad, se activa. (E) → la proteína reguladora de genes está inactiva por unión a una proteína inhibidora → la proteína inhibidora puede separarse (en este caso por fosforilación) activando así a la proteína reguladora de gen. (F) → las proteínas reguladoras génicas son activas cuando están unidas al ADN → y para estar unidad al ADN en eucariontes, deben estar en el núcleo. Entonces → puede ser que la proteína se encuentre en el citosol de manera inactiva por, por ejemplo, estar unida a una proteína inhibidora que la mantiene en el citosol → y cuando la proteína inhibidora, por algún mecanismo, deja libre a la proteína reguladora génica → esta podrá translocar al núcleo y activarse. (G) → las proteínas reguladoras de genes pueden activarse por proteólisis → por ejemplo, cuando la proteína reguladora de genes forma parte de una proteína transmembrana que es clivada a nivel del dominio intracelular → una vez que es clivada, el dominio intracelular puede activarse, translocar al núcleo y regular la transcripción. REGULACIÓN EPIGENÉTICA EPIGENÉTICA → son los cambios heredados en el fenotipo de una célula que no son el resultado de cambios en la secuencia del ADN. Las modificaciones epigenéticas tienen que ver con patrones de METILACIÓN DEL ADN y con MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES en la cola de las histonas. METILACIÓN DEL ADN La MODIFICACIÓN COVALENTE que ocurre a nivel del ADN y que contribuye a la regulación de la expresión génica es la metilación → está catalizada por METIL TRANSFERASAS O METILASAS (ENZIMAS) → la reacción de metilación se produce en el residuo en posición 5 del anillo de citosina → dando una 5-metilcitosina. La metilación de citosinas en vertebrados está restringida a los nucleótidos citosina en la secuencia citosina-guanina apareada con un guanina-citosina en la hebra complementaria → ESTO PERMITE QUE EL PATRÓN PREEXISTENTE DE METILACIÓN DEL ADN PUEDA SER HEREDADO POR LAS CÉLULAS HIJAS. Esta metilación específica dirigida por citosinas metiladas está catalizada por un subtipo específico de metil transferasa que son las METIL TRANSFERASAS DE MANTENIMIENTO. Cuando la hebra de ADN metilada en la dos residuos de citosina de cada hebra complementaria se replica → el residuo de citosina presente en la hebra nueva (naranja) va a ser reconocido por una metilasa de mantenimiento, ya que está apareada con una citosina que ya fue metilada; mientras que la otra citosina (recuadro en rojo) que esta apareada con una secuencia C-G que no estaba metilada en la hebra parental → no será reconocida por una metilasa de mantenimiento. SE OBTIENE UNA MOLÉCULA IDÉNTICA A LA PARENTAL → SE HEREDA EL PATRÓN DE METILACIÓN. LA METILACIÓN DEL ADN, EN GENERAL, CONTRIBUYE A LA REPRESIÓN GÉNICA. MECANISMO DE REPRESIÓN DE UN GEN Por un lado → contribuyen las modificaciones en las colas de las histonas → forman una cromatina compacta, lo que reprime la transcripción. El patrón de modificaciones de las histonas está llevado a cabo por un CONJUNTO DE ENZIMAS MODIFICADORAS DE ENZIMA y transmitido a nucleosomas vecinos por PROTEÍNAS LECTORAS DE CÓDIGO (segunda fila) → estas proteínas lectoras de código tienen la capacidad de atraer metilasas del ADN → en este caso son “METILASAS DE NOVO” porque van a actuar sin reconocer secuencias previamente metiladas → entonces las metilasas de novo pueden metilar al ADN en residuos de citosina generando un PATRÓN DE METILACIÓN → y este patrón de metilación del ADN tiene la capacidad de atraer determinados grupos de proteínas de unión a grupos metilo. TANTO LA METILACIÓN DEL ADN EN SECUENCIAS REGULADORAS COMO LAS PROTEÍNAS DE UNION AL ADN METILADO → INTERFIEREN SOBRE LA INICIACIÓN DE LA TRANSCRIPCIÓN. Impronta genómica Es un PROCESO BASADO EN LA METILACIÓN DEL ADN → la impronta genómica es un proceso biológico por el cual un gen se encuentra marcado bioquímicamente (la marca es una metilación) → constituye una MARCA EPIGENÉTICA QUE INDICA SU ORIGEN PARENTAL. Mamiferos son diploides → poseen una copia de origen materno y una de origen paterno de cada gen. En general → la expresión de los genes depende de ambos alelos (materno y paterno) → de modo que si alguno de ellos está mutado, se puede subsanar con la expresión de la copia normal del gen. Sin embargo → la expresión de los genes que están imprintados (tienen marca específica) depende del origen parental; en general, los genes imprintados están implicados en el desarrollo fetal. Ejemplo de gen imprintado → gen Igf2 que codifica para el factor de crecimiento similar a la insulina. En este caso → el ALELO PATERNO ESTÁ IMPRINTADO → de manera tal que si se tiene mutada la copia materna, el gen paterno imprintado se va a expresar y los ratones tendrán un tamaño normal. Sin embargo → si el alelo paterno imprintado está mutado → no se puede subsanar con la expresión de la variante materna → el ratón tendrá un peso inferior al ratón normal. En este caso → si o si debe expresarse el alelo paterno → debe ser normal para la expresión. PARA LOS GENES QUE ESTÁN IMPRINTADOS PUEDE SER QUE → LA METILACIÓN SILENCIE LA EXPRESIÓN DEL GEN O LA ACTIVE. En este ejemplo la metilación activa la expresión del gen. EN EL CASO DEL ALELO MATERNO, DONDE EL GEN NO ESTÁ IMPRINTADO → la metilación ocurre a nivel de un elemento aislante → entonces en el caso de la hembra que no está imprintado el gen, no está metilado, tiene la capacidad de unir una proteína que evita que un potenciador actué sobre el gen igf2 estimulando su transcripción. EN EL CASO DEL ALELO PATERNO → el elemento aislante está metilado, entonces no puede unirse la proteína aislante → y el potenciador podrá actuar (si se le une un activador) sobre el gen igf para estimular su transcripción. No se conoce el motivo por el cual sucede la impronta genómica; está restringida a genes que están implicados en el desarrollo fetal. Durante la fecundación ocurre unadesmetilación del genoma → luego en el desarrollo temprano se reestablece el patrón de metilación. LOS GENES IMPRINTADOS ESTÁN PROTEGIDOS DE LA DESMETILACIÓN QUE OCURRE DURANTE LA FECUNDACIÓN. Existen alteraciones espontáneas del ADN como por ejemplo la desaminación de bases. Una de las reacciones de desaminación más comunes es la DESAMINACIÓN DE LA CITOSINA PARA DAR URACILO → como el uracilo es una base que no se encuentra en el ADN → es reconocida por enzimas de reparación y el uracilo es reemplazado rápidamente por citosina. Sin embargo → cuando la desaminación ocurre en una 5- metilcitosina (citosina metilada) → el producto de la desaminación es la timina, la cual, al ser una base normal del ADN → no es reconocida por enzimas reparadoras y no se produce la reparación → CAMBIA LA SECUENCIA DEL ADN. ISLAS CG O CPG Las pocas secuencias citosinas-guanina que aún existen → están distribuidas de manera desigual en el genoma en forma de regiones o islas CG o CpG → en general, estas islas están asociadas con la región promotora de los GENES CONSTITUTIVOS O DOMÉSTICOS (aquellos que codifican proteínas esenciales para la viabilidad celular). Estas islas se caracterizan por estar libres de metilación y por tener altos niveles de acetilación de las histonas H3 y H4 → estos altos nivele de H3 y H4 tiene que ver con regiones de fácil transcripción de la cromatina. LAS ISLAS CPG SON REGIONES POBRES EN NUCLEOSOMAS. Posible mecanismo de aparición de islas CpG. Se tiene el ADN de un ancestro de los vertebrados → durante la evolución se metilan la mayoría de las secuencias CG en la línea germinal → de modo tal que luego de muchos años de evolución, las 5-metilcitosinas se desaminan espontáneamente dando timina → con lo cual, la mayor parte de esas secuencias que estaban metiladas desaparecen excepto ciertas secuencias CG que se encuentran presentes en las secuencias reguladoras de los genes, por estar no metiladas → se conservaron durante la evolución. Esas regiones ricas en Citosina-Guanina no metiladas → es lo que se conoce como ISLAS CG. INACTIVACIÓN DEL CROMOSOMA X Existen alteraciones a nivel de todo un cromosoma que pueden modular la expresión génica. LA INACTIVACIÓN DEL CROMOSOMA X EN LAS HEMBRAS ES UN MECANISMO DE COMPENSACIÓN DE DOSIS → ya que las hembras tienen dos cromosomas sexuales X mientras que los machos tienen uno X y uno Y → siendo el Y mucho más pequeño que el X. LA INACTIVACIÓN OCURRE DURANTE LA FORMACIÓN DEL EMBRIÓN TEMPRANO → se inactiva por condensación un cromosoma X al azar (se puede inactivar la copia materna o la copia paterna) → como para ese momento la hembra ya tiene varías células → algunas tendrán desactivado el cromosoma de origen materno y otras el de origen paterno. Luego → cada célula, a medida que se dupliquen → heredarán a las células hijas el patrón de inactivación del cromosoma X. Y la inactivación del cromosoma X se produce por la FORMACIÓN DE UN TIPO ESPECIAL DE HETEROCROMATINA. La inactivación del cromosoma X ocurre a partir de un punto específico del cromosoma → llamado CENTRO DE INACTIVACIÓN DE X → este sitio codifica para un tipo de ARN especial que solo se sintetiza en el cromosoma X a inactivar → XIST ARN → el cual se sintetiza entonces a partir del centro de inactivación e irá recubriendo todo el cromosoma x en ambos sentidos → HASTA RODEARLO POR COMPLETO Y DEJARLO INACTIVO. El cromosoma X inactivo → además de poseer el tipo especial de ARN → está acompañado de variantes específicas de histonas, de modificaciones de histonas en sitios específicos y de patrones específicos de metilación del ADN. LA COMBINACIÓN DE TODAS ESTAS MODIFICACIONES HACEN QUE LA MAYOR PARTE DEL CROMOSOMA SEA RESISTENTE A LA TRANSCRIPCIÓN (hay un porcentaje muy pequeños de estos genes que “escapan” a la inactivación y se pueden expresar). CONTROLES POSTRANSCRIPCIONALES DE LA EXPRESIÓN GÉNICA Son todos aquellos mecanismos que operan una vez que la ARNpol ya comenzó la transcripción de un gen. REGIONES 5’ Y 3’ NO TRADUCIDAS (5’UTR; 3’UTR) Estas regiones se encuentran presentes en el ARNm. Esquema → ARNm maduro eucarionte que contiene a nivel del extremo 5’ a la caperuza y en el extremo 3’ a la cola poliA → además contiene, en el extremo 5’ y en el 3’ secuencias no codificantes (3’ UTR; 5’ UTR) → estas regiones no codificantes no forman parte de la secuencia de la proteína, sin embargo → SON REGIONES MUY IMPORTANTES PARA LA REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GÉNICA. Esto ocurre en los mamíferos → cada especie tiene un mecanismo particular de inactivación del cromosoma X. UNIDADES DE TRANSCRIPCIÓN SIMPLES Y COMPLEJAS Las UNIDADES DE TRANSCRIPCIÓN SIMPLES son aquellas que tienen un solo sitio poliA y un solo patrón de corte y empalme. A través de estas unidades de transcripción simple solo se obtiene un único ARNm y por lo tanto, una única proteína. Las UNIDADES DE TRANSCRIPCIÓN COMPLEJAS son aquellas que tienen diferentes patrones de corte y empalme → el ARNm puede procesarse de diversas maneras. A partir de un mismo pre ARNm se obtienen más de un ARNm maduro → y por lo tanto, más de una proteína. MADURACIÓN ALTERNATIVA POR CORTE Y EMPALME DEL ARN Es el mecanismo de regulación génica que opera a nivel del procesamiento del ARNm; en este caso, el mecanismo de regulación de la expresión génica está dado por una maduración alternativa se puede producir de una manera o de otra → y de acuerdo a eso, se obtendrá una u otra proteína (dentro de la misma familia). Un ejemplo de gen que sufre maduración alternativa por corte y empalme del RNm → es el gen de la α-tropomiosina → es un gen que contiene muchos exones e intrones. A partir del gen se obtiene un único pre-ARNm que a su vez, por el mecanismo de maduración alternativa → puede originar diferentes proteínas según el tipo celular. Estas proteínas diversas forman una familia de proteínas relacionadas y se llaman entre sí → ISOFORMAS. No confundir con el corte y empalme del ARNm que es un procesamiento que sufren todos los preARNm. La maduración alternativa se puede producir de diferente manera según el tipo celular o en respuesta a señales del desarrollo o a señales ambientales. ESTE MECANISMO DE MADURACIÓN ALTERNATIVA DEL ARNM LLEVA A EXPANDIR EL NÚMERO DE PROTEÍNAS MODIFICADAS POR EL GENOMA → HAY MÁS PROTEÍNAS, QUE GENES CODIFICANTES DE PROTEÍNAS. CONTROL POSITIVO Y NEGATIVO DEL CORTE Y EMPALME DEL ARN El corte y empalme alternativo se puede regular por proteínas → estas pueden: regular de forma negativa → silenciadores de maduración o represores de la maduración → se unen al ARN, NO SON FACTORES DE LA TRANSCRIPCIÓN. Los silenciadores de maduración evitan que la maquinaria de maduración acceda al sitio de maduración. Un intrón, por ejemplo, queda incluido dentro del ARNm. regular de forma positiva → proteínas de maduración o potenciadores de maduración → favorecen el acceso de la maquinaria de corte y empalme para lograr la eliminación de un intrón y el empalme de los dos exones. LA INCLUSIÓN DE UN EXÓN EN ALGUNOS TIPOS CELULARES O LA OMISIÓN DEL MISMO EXÓN EN OTROS TIPOS CELULARES → ES EL RESULTADO DE LA INFLUENCIA COMBINADA DE VARIOS REPRESORES Y POTENCIADORES DEL CORTE Y EMPALME. REGULACIÓN DEL PUNTO DE CORTE DEL ARN Y ADICIÓN DE LA COLA POLI-A Es otro mecanismo que opera a nivel del procesamiento del ARNm → este mecanismo da como consecuencia diferentes proteínas que difieran entre sí en el extremo carboxilo terminal. Un ejemplo de esto es lo que ocurre en los linfocitos B con la síntesis de anticuerpos → en un principio, cuando el linfocito B no está estimulado → produce un anticuerpo que se anclará en su membrana → y para anclarse a la membrana requiere de un extremo carboxilohidrofóbico. Cuando el linfocito B es estimulado por la presencia de un antígeno → debe secretar el anticuerpo para neutralizar al antígeno; entonces, el anticuerpo que se va a sintetizar va a ser diferente a nivel del carboxilo terminal → en este caso tendrá un péptido final hidrofílico → en lugar de quedarse anclado en la membrana, se secreta. La estrategia de variar el extremo carboxilo terminal de la proteína se consigue debido a que existen dos posibles sitios de corte del ARN y adición de poliA. El linfocito B no estimulado → el corte se realiza a la derecha del sitio de corte más óptimo de manera tal de obtener una proteína larga. Cuando el linfocito es estimulado → aumenta la concentración del factor estimulador de corte (Cstf) → de manera tal que el sitio de corte que era subóptimo ahora no lo es → con lo cual, el sitio de corte y de poliadenilación ocurren a este nivel → de manera tal que la proteína sintetizada a partir de ese ARNm → es el péptido más corto que tiene terminal hidrofílico. Edición del ARN Es otro mecanismo de regulación transcripcional → consiste en la alteración de la secuencia nucleotídica de los transcriptos del ARN. La alteración más común la secuencia del el transcripto del ARN es la INSERCIÓN DE NUCLEÓTIDOS URACILO → este mecanismo ocurre preferente en mitocondrias de tripanosoma. Para el mecanismo → la célula utiliza un ARN GUÍA (1 O MÁS) → son ARN cortos, en principio actúa una ARN guía 1 que tiene una región complementaria al extremo 3’ del transcripto de ARN a editar → entonces se aparea en una porción con ese ARNm a editar → el ARN guía tiene indicado en su secuencia los nucleótidos que especifican donde se ubicaran los nucleótidos U en el ARNm diana. Luego → un ARN guía 2 se puede complementar a una porción ya editada y también específica sitios donde se insertarán nucléotidos de uracilo. Finalmente → al terminal el proceso de edición se tiene un ARNm más largo que tiene uracilos insertados. Edición del ARN en mamíferos Los dos tipos principales de edición son la DESAMINACIÓN DE ADENANINA para dar INOSINA y la DESAMINACIÓN DE CITOSINA para dar URACILO. Si la edición sucede en la región codificante del ARN → puede cambiar la secuencia de la proteína o producir una proteína truncada. Si la edición está fuera de la secuencia codificante → puede afectar el patrón de maduración del ARNm, puede afectar el transporte del núcleo al citosol o la eficiencia de la traducción. EL CASO MÁS COMÚN EN HUMANOS ES LA DESAMINACIÓN DE ADENINA A INOSINA → reacción catalizada por la ENZIMA ADAR → reconoce regiones de doble hebra en el ARN a ser editado → este mecanismo de control se produce en el núcleo antes de que el preARN se procese completamente. REGULACIÓN DEL TRANSPORTE DEL ARNm DESDE EL NÚCLEO AL CITOSOL Solo se transportan del núcleo al citosol aquellos ARNm que fueron correctamente procesados → si hubiera ARNm dañado o mal procesado, sería degradado en el núcleo → CONTROL DE CALIDAD DE LA PRODUCCIÓN DEL ARN. Sin embargo → existe un mecanismo de “escape” a este control de calidad” → el cual tiene que ver con la regulación de la expresión génica. Un ejemplo de esto es lo que sucede con el virus del HIV → el virus del HIV y es un ARN virus que cuando ingresa a la célula que infectará, pierde la cubierta y se libera su molécula de ARN (genoma viral) → tiene una transcriptasa reversa, con lo cual se genera una doble hebra ARN-ADN → y luego una doble hebra de ADN. La doble hebra de ADN se integra al genoma de la célula hospedadora y luego se transcribe → de modo que luego de la transcripción se obtienen muchas copias del ARN viral → que se traducirán a diferentes proteínas del virus que luego se ensamblaran formando nuevas partículas virales. EL ARN DEBE SALIR DEL NÚCLEO AL CITOSOL PARA FORMAR LAS PARTÍCULAS VIRALES → EL VIRUS TIENE UN MECANISMO DE ESCAPE AL CONTROL DE CALIDAD. Todas estas proteínas (en verde) son necesarias para que el virus pueda formarse y constituir la nueva progenie viral. Una porción del ARN se pliega dando una estructura conocida como ELEMENTO DE RESPUESTA A REV. DURANTE LA FASE TEMPRANA DE INFECCIÓN VIRAL → a partir del ARN viral integrado en el genoma de la célula hospedadora → se transcriben preARNm a partir del cual, por los diferentes mecanismos de procesamiento se tiene → ARNm completamente procesados que ya pueden abandonar el núcleo; y por otro lado se tiene ARNm no procesados que contienen al elemento de respuesta que quedan retenidos en el núcleo y luego son degradados. Los ARN completamente procesados → una vez en el citosol pueden ser traducidos a las correspondientes proteínas → entre ellas la REV, la cual tiene capacidad de interaccionar con un receptor de exportación nuclear que se encuentra a nivel del complejo del poro nuclear. LA PROTEÍNA REV, UNA VEZ TRADUCIDA → tiene la capacidad de ingresar al núcleo → y cuando ingresa al núcleo, ya en una fase más tardía → reconoce al elemento de respuesta a REV presente en los ARN incompletamente procesados → la proteína REV unida al elemento de respuesta del ARN no procesado pueden salir del núcleo → y una vez allí terminar de sintetizarse todas las proteínas virales y formar la partícula viral. REGULACIÓN DE LA LOCALIZACIÓN DE LOS ARNM EN EL CITOSOL Algunos ARNm particulares en células particulares no se distribuyen al azar una vez que salen del núcleo sino que se sitúan en determinada región del citosol. este mecanismo sirve para situar el ARNm cerca de donde se necesita la proteína codificada por él. sirve para establecer asimetrías en el citosol celular. permite regular la expresión génica en distintas zonas de la célula de manera independiente. 3 MECANISMOS QUE PERMITEN LOCALIZAR LOS ARNM transporte dirigido en el citoesqueleto. difusión aleatoria de moléculas del ARNm y luego atrapamiento de las moléculas en determinadas zonas del citosol. degradación generalizada en una zona del citosol; en simultáneo con protección local por atrapamiento en otra zona diferente. Para que un ARNm pueda sufrir este mecanismo de regulación, la LOCALIZACIÓN ESPECÍFICA → debe poseer señales específicas en su secuencia (CÓDIGO DE DIRECIÓN) → en general, las señales específicas se encuentran localizadas en el extremo 3’ UTR. ESTABILIDAD Y DEGRADACIÓN DE LOS ARNm En el caso de los ARNM BACTERIANOS, la vida media es corta → las bacterias se adaptan rápidamente a cambios ambientales. La estabilidad de los ARNM EUCARIONTES dependen de: depende de las secuencias particulares de los ARNm → estas determinan la velocidad de degradación y por ende su vida media. también dependen de secuencias presentes en el extremo 3’UTR → estos tienen sitios de unión a proteínas que pueden aumentar o disminuir la velocidad de acortamiento de la cola poli A o la eliminación del cap en 5’. depende de la eficiencia de su traducción. VÍAS DE DEGRADACIÓN DE LOS ARNM Para la mayoría de los ARNm → el proceso de degradación comienza con un acortamiento gradual de la cola poliA (catalizado por la DESADENILASA). Cuando la extensión de la cola poli A llega a una extensión de unos 25 o 30 nucleótidos de adenina → puede actuar una enzima que elimina la caperuza seguida de degradación rápida de 5’ a 3’ por una exonucleasa; o también puede ser que la degradación sea rápida, por acción de una exonucleasa, pero en dirección 3’ 5’. SITIOS INTERNOS DE ENTRADA DE LOS RIBOSOMAS (IRES) Y CONTROL DEL INICIO DE LA TRADUCCIÓN Durante el inicio de la traducción en eucariontes → existe una interacción entre la caperuza y la cola poliA mediado por las proteínas de unión a poliA y ciertos factores de inicio de la traducción (principalmente el factor de inicio 4G → F4G). Sin embargo→ existe un mecanismo alternativo → este mecanismo está presente en muchos tipos de virus → constituye una estrategia de esos virus para traducir sus ARN y bloquear la traducción del ARN de la célula huésped. Estos virus tienen enzimas que tienen la capacidad de cortar proteolíticamente al factor de inicio de la traducción F4G → este factor truncado no tiene la capacidad de unirse a la caperuza, pero sí puede unirse a secuencias especiales del ARNm → DENOMINADAS IRES → a partir de ellas, pueden comenzar la traducción del ARNm. Este mecanismo no solo está presente en los virus; sino que también ocurre en las células de mamíferos durante el proceso de apoptosis → también se activan enzimas que tienen la capacidad de cortar proteolíticamente al factor 4G. ADICIÓN CITOPLASMÁTIA DE POLI A Es un mecanismo que opera al inicio de la traducción → se modifica la longitud de la cola poli A → en determinado momento se alarga, desencadenando el inicio de la traducción. Este mecanismo no ocurre en todos los tipos celulares sino en células grandes como los ovocitos; y está regulada en el citoplasma durante la ovogénesis y la embriogénesis temprana. Estos tipos celulares muy grandes necesitan acumular gran cantidad de ARNm en el citosol para prepararse para el momento de la fecundación → aumenta la cantidad de ARNm que no se traducen → pero luego de la fecundación, esos ARNm comienzan su traducción para producir las proteínas que requiere el embrión para su desarrollo. En ese momento se alarga la cola poli A y se desencadena el proceso. En los ovocitos inmaduros → los ARNm tienen colas cortas. Cercana a la cola poliA hay una secuencia rica en uracilos (CPE) la cual tiene la capacidad de unir una proteína que se llama elemento de reconocimiento a la secuencia CPE (CEPB) → a su vez, esa une otra proteína llamada Maskin → que a su vez se une al factor de inicio de la traducción y bloquea la interacción entre el capuchón (5’ ARnm) y la cola poliA → QUEDA BLOQUEADA LA TRADUCCIÓN. Cuando se produce la fecundación → se activan ciertas quinasas que fosforilan al CEPB → se libera la proteína Maskin y se une el factor de especificidad de corte y poliadenilación (CPSF) → y atrae a una polimerasa poli A citoplasmática (PAP) que adiciona nucléotidos de adenina, alargando la cola poliA → las proteínas de unión a cola poliA (PABP1) se unen, interaccionan con los factores de inicio de la traducción → y se produce la traducción de los ARNm. CONTROL DEL INICIO DE LA TRADUCCIÓN Y ELF2 El factor de iniciación de tipo 2 (ELF2) es una GTPasa → cuando está inactivo está unido a GDP y se activa cuando se une a GTP. El paso de intercambio de GDP a GTP está mediado por un factor intercambiador de nucleótidos de guanina (ELF2B). Cuando ELF2 se une a GTP se activa e interviene en el proceso de traducción. Cuando se reconoce el codón AUG de inicio → el factor ELF2 hidroliza su GTP para volver a inactivarse. En situaciones activadas por estrés → se activan quinasas activadas por estrés → fosforilan al factor de iniciación 2 inactivo → y cuando lo hacen, ELF2 recluta al factor de iniciación F2B de modo tal de inactivarlo. Entonces → elF2 permanece en su forma inactiva unida a GDP → disminuyendo la síntesis de proteínas. SILENCIAMIENTO DE GENES A NIVEL POSTRANSCRIPCIONAL ARN DE INTERFERENCIA (ARNi) Este mecanismo opera a nivel de los ARNm clivandolos y destruyendolos de manera específica → de manera tal que la proteína que codifica en estos ARNm ya no se sinteticen → el gen es así silenciado. Ambos tipos de ARN de interferencia comparten un mecanismo común, sin embargo hay algunas pequeñas diferencias: miARN → suelen tener precursores de menor longitud y presentan bucles. El apareamiento del ARN pequeño con el ARN diana es imperfecto. siARN → tienen precursores de mayor longitud; el apareamiento del ARN pequeño con el ARNm diana es perfecto. AMBOS PRODUCEN LA DEGRADACIÓN DEL ARNM DIANA Y CON ELLO INHIBEN LA TRADUCCIÓN DE LA PROTEÍNA CODIFICADA EN ESE ARNM El ARN de doble hebra puede ser de dos orígenes. Los ARN de doble hebra tienen la característica común de tener una longitud corta de aprox 22 nucleótidos. micro arn (miRNA) Los micro ARN se sintetizan como precursores de mayor peso molecular → son sintetizados por la ARNpol II en el núcleo; los precursores de los micro ARN poseen capuchón en 5’ y cola poliA. Estos precursores de mayor peso molecular se llaman pri-miARN; y en el mismo núcleo → antes de salir al citosol → sufren un primer recorte por una ARNasa (Drosha) la cual corta eliminando los dos extremos del pri-miARN permitiéndole ahora salir del núcleo hacia el citosol → donde sufrirá un segundo procesamiento (otro corte) mediado por el complejo DICER, el cual corta el bucle del extremo dejando el micro ARN doble hebra con una pequeña longitud. El miARN doble hebra es reconocido por una proteína Argonauta y otras proteínas que se unen a él formando el complejo RISC (complejo silenciador mediado por ARN) → a nivel de este complejo se selecciona una de las dos hebras del miARN que será la que actúe sobre el ARNm diana. El complejo RISC selecciona un ARNm que tenga en su extremo 3’UTR parte de su secuencia complementaria con el microARN. en plantas → ese miARN suele tener una complementariedad extensa con el ARNm diana; entonces el mismo complejo RISC produce un corte en el ARNm diana con gasto de ATP → al ser cortado el ARN puede ser degradado por exonucleasas y la proteína codificada en ese mensajero no se va a traducir. El complejo RISC se libera y puede buscar otro ARNm complementario para lograr su degradación. En animales → la unión del miARN con el ARNm diana es menos extensa (no es completa la complementariedad) → se sucede el bloqueo de la traducción del ARNm → pero finalmente, el ARNm será dirigido por el complejo RISC hacia los cuerpos p para ser degradados. Los cuerpos p son estructuras dinámicas ubicadas en el citosol formados por grandes ensamblajes de ARNm y de enzimas que degradan ARN → son los sitios de la célula donde se destruyen la mayor parte de los ARN. características principales de los microARN Si es que los ARNm contienen secuencias complementarias en su extremo 3’UTR. Cuando el apareamiento entre un microARN y un ARNm no consigue activar el corte del ARNm y destruirlo → la unión de otro miARN al mismo ARNm puede producir una mayor reducción en su traducción. ARN de interferencia pequeños (siRNA) Está presente en hongos unicelulares, plantas y gusanos y en general actúa como mecanismo de defensa contra ARN doble cadena de origen extraño para la célula. Muchos elementos transponibles del genoma y muchos virus que infectan a una célula → producen en su ciclo de vida, ARN de doble cadena → este ARN de doble cadena es reconocido y procesado por el complejo DICER → las nucelasas de este proceso clivan en distintos puntos a los precursores (de larga longitud) para generar los ARN de interferencia pequeños. A partir de acá se tiene dos mecanismos principales de acción para silenciar la expresión génica. lo más común es que los siRNA se unan a la proteína argonauta y a las otras proteínas que forman el complejo RISC. Se selecciona solo una hebra del siRNA doble hebra; este complejo RISC se unirá al ARNm del virus y lo degradará. Como en este caso el apareamiento es perfecto → la degradación ocurre por el mismo complejo RISC. el otro mecanismo por el cual pueden actuar los ARN de interferencia pequeños → es uniéndose a la proteína argonauta pero en combinación con otras proteínas (diferentes a las del complejo RISC) → formando el complejo RITS (complejo de silenciamiento transcripcional inducido por ARN) → este complejo opera sobre la cromatina. El complejo RITS ingresa al núcleo y se unea un ARNm que se está transcribiendo a partir de la ARNpol → al unirse, detiene la transcripción del ARNm y atrae enzimas que modifican a las histonas y al ADN → MODIFICAN LA CROMATINA TRANSFORMANDOLA EN HETEROCROMATINA → REPRIMIENDO LA TRANSCRIPCIÓN DEL ARNM. El ARN de interferencia sirve como un mecanismo de defensa contra infecciones virales; contra la presencia de transposones (elementos de ADN móviles) que en ciertas ocasiones pueden moverse en el genoma. MicroRNA → normalmente regulan la expresión de muchos genes.
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