Guía de problemas N 3

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Universidad Nacional del Litoral
Facultad de Bioquímica y Ciencias Biológicas
Carrera de Bioquímica
Asignatura: Virologia
Guía de Problemas N° 3
1- Se desea desarrollar una técnica sensible para detectar la presencia de virus influenza en muestras clínicas. Diseñe y esquematice una técnica de RT-PCR (con oligonucleótidos hexanucleotídicos) para amplificar selectivamente secuencias del genoma viral, disponiéndose de las siguientes posibilidades, de las cuales ud. deberá seleccionar una, justificando la elección:
Elegimos la region conceervada, ya que es la que se deberia conservar en los diferentes genotipos viralees, es decir, no varia de un virion al otro. Por el contrario, la region hipervariable, esta sometida a muchas variaciones, por lo que es diferente de un genotipo viral al otro; si la mas adecuada la region conservada para la deteccion del virus.
Dna
5’
AGCCCTGA………………GGAATCAT
3’
rna
AGCCCUGA……………...GGAAUCAU
dna
3’ 
TCGGGACT………………CCTTAGTA
5’
Forward: AGCCCT
Reverse: ATGATT → prestar tencion que no hibride en la otra hebra, se le puede buscar la vuelta para que no hibride, siempre es importante que hibride la ultima letra.
→ siempre se intenta que la ultima base nitrogenada del primer sea una C o una G porque la union es mas fuertes (tres puentes)
2- Las poblaciones virales se caracterizan por ser:
a) Muy numerosas, poco diversas y altamente variables.
b) Poco numerosas, altamente diversas y altamente variables.
c) Poco numerosas, poco diversas y altamente variables.
d) Muy numerosas, altamente diversas y altamente variables.
e) Muy numerosas, poco diversas y poco variables. 
3- Indique para cada uno de los siguientes mecanismos de variación viral si es de origen génico (G) o no génico (NG):
a) Complementación
NG
b) Interferencia
NG
c) Recombinación
G
d) Reasociación
G
e) Mutación
G
4- Durante la replicación de un picornavirus, cada célula infectada producirá aproximadamente 500 nuevos genomas. Calcule el rango de número de genomas que contendrán mutaciones espontáneas. ¿Cuál será ese rango en el caso de una infección con un adenovirus, en la que cada célula produzca un número similar de genomas?. Justifique la diferencia.
n.º de nucleotidos=n° de genes x nucleotidos por genoma
n°mutaciones= n°nucleotidos x tasa de mutacion (mut/nuc)
Picornavirus tiene un genoma RNA por lo que la tasa de mmutacion es de 10 –3-- 10 – 6
500 genomas x 8000 Nu/genoma = 4 .106 Nuc
4 .106 Nuc x 10 –3 mut/Nu= 4000 mutaciones
4 .106 Nuc x 10-- 6 mut/genoma= 4 mutaciones
rango: 4 – 4000
adeno virus es un virus DNA (34Kb), la tasa de mutacion es de 10 –8-- 10 – 11
500 genomas x 34000 Nu/genoma = 17 .106 Nuc
17 .106 Nuc x 10 –8 mut/Nu= 0,17 mutaciones
17 .106 Nuc x 10-- 11 mut/genoma= 0,00017 mutaciones
rango: 0,0002 – 0,2 
Esta diferencia, se debe a que los genomas DNA utilizan la maquinaria de la célula, y esta tiene mecanismos de reparacion de errores.
5- ¿Todas las mutaciones por sustitución van a dar origen a manifestaciones
fenotípicas?. Justifique su respuesta.
No en todas no van a darcambios fenotipicos… mas alla de lo que digo a continuacion je 
Las mutacion por sutitucion puede ser silenciosa, con cambio de sentido o sin sentido. Es menos probable que una mutacion por sustitucion genere un cambio fenotipico dado que no se cambia el numero de nucleotidos.
→ silecionsa: la sustitucion de uno o mas nucleotidos no genera un cambio en la proteina codificada, si se sustituye un tercer nucleotido, es muy poco probable que lla proteina codificada cambie, o tal vez se pueden sustituir todo unn codo y este codificar para un aminoacido parecido o igual sin generar un gran cambio en la proteina.
→ con cambio de sentido, en este caso la mutacion provoca el cambio de un aminoacido pudiendo generar una alteracion en la proteina funcional.
→ sin sentido: Ocasiona la interrupcion de la proteina mediante el origen de un codon stop, lo que da como resultado una proteina truncada que no va a ser funcional.
6- Una reversión verdadera de una mutación se caracteriza porque reconstituye (SEÑALAR LA OPCIÓN CORRECTA) 
a) El genotipo wt, pero no el fenotipo.
b) El genotipo y el fenotipo wt.
c) El fenotipo original, pero no el genotipo wt.
d) Ni el fenotipo ni el genotipo wt.
e) Ninguno de los anteriores.
7- ¿Cuáles son los mecanismos por los que la interacción entre dos genomas virales puede ser fuente de variabilidad?. Puede Ud. explicar porque este tipo de variabilidad se magnifica en las infecciones a alta multiplicidad de infección (MOI)?. Es esperable esta misma relación de la MOI con la variación por mutación?.
· Recombinacion: Es una interaccion fisica eentre genomas virales homologos en una infeccion viral. Como consecuencia de esta recombinacion se generan genomas de la progenie viral que contienen información genetica que resulta de la combinacion de los genomas parentales. Se han propuestos dos modelos diferentes.→ puede afectar a cualquier genoma viral dna o rna
· Corte y reunion: Es decir se cortan dos genomas diferentes (uno de cada virus) y se unen con el genoma del otro virus dando lugar a una recombinacion.
· Seleccion de copia (solo RNA): se copia un fragmento de un RNA viral y se lo une con otro fragmento de otro RNA viral, resultando en un RNA viral mixto de los dos genomas.
· Reasociacion: En este caso se tienen que producir si o si una infexion mixta (es decir, dos virus con dttos genomas infectan a la misma célula). En este caso no se reequeire de una ruptura covalente de los genomas, sino que estos ya estan fragmentados dentro del virion y al infectar a la célula, los diferentes fragmentos de ambos virus se mezclan y al dar origen a la progenie esta posee fragmentos de ambos virus parentales. → afecta unicamente a genomas ffragmentado que solo estan en RNA solamente.
Cuanto mayor sea la moi mayor es la probabilidad de una multipleinfeccion. La recombinacion homologa que proviene dentro de unn mismo genoma parental es una fuente de variabilidad
8- ¿Cuál de las siguientes características NO corresponde a un virus defectivo interferente?
a) Replicación independiente
b) Defectividad
c) Interferencia con la replicación de virus homólogos wt
d) Enriquecimiento
e) Persistencia 
 un virus defectivo no puede replicar por si mismo, por eso su replicacion depende de otros virus uqe le suministre aqueellas funciones para la cual es defectivo.
9- Ud tiene dos mutantes diferentes de un virus wt (m1 y m2), cada uno de los cuales es incapaz de replicarse en condiciones no permisivas. Cuando m1 y m2 se utilizan para co-infectar un cultivo celular, se obtiene replicación. Ninguno de los clones (aislados por formación de placas en condiciones permisivas) es capaz de replicarse en condiciones no permisivas. Plantee una hipótesis que le permita explicar este comportamiento.
Estamos ante una COMPLEMENTACION, por ejemplo el virion M1 es defectivo en una proteina A necesaria, mientras que el virus M2 es defectivo en una proteina B; siendo ambas proteínas necesarias para la replicacion, entonces los virus se complementan y se produce la replicacion viral. Es decir m1 necesita de m2 y m2 necesita de m1 para que la replicacion sea sastifactoria.
La población clonal se obtiene a través de placas de lisis.
10- a) Identifique la secuencia consenso y la secuencia maestra dentro del siguiente espectro de mutantes que caracteriza la distribución de la población de genomas de un virus aislado de una muestra de sangre de un paciente:
UUUGCA
UUUCGA
UUUCGA
AUUGGU
AUUGGU
AUUGGU
UUUGGA
UUUCGA
AUUGGU
 
UUUGGA
Primero de todo, es un genoma ARN, esa es el genoma de la población en un tiempo y espacio, es una parte de la combinacion de nucleotidos que podria existir para ese tamaño de genoma viral constituyendo el espacio de secuencia. A una distribución de este tipo se la llama cuasie especiiies virales (población virales que tienen mutaciones, pero estan todas en torno a una sec maestra), varian en el tiempo dependiendo de las diferentes presiones de selección que se encuentren.
otro factor deselección son los agtes quimicos virucidas, que operan sobre los viriones, alli se pueden seleccionar su poblaciones que tienene mayor resistencia. Los virus se encuentran sometidos a factor de selección no solo cuando se replican, sino también en el ambiente, la cuasi especie es un formato que solo ha sido demostrada de forma invitro.
Entoncs la cuasi esecie iral es una población de mutantes que se encuentra entorno a una secuencia maestra. Que es este caso la sec maestra seria AUUGGU (se repite 4 veces) y la secuencia consenso seria el nucleotido que mas se repite con mayyor frecuencia en cada posicion. UUUGGA (se repite 3 veces).
Lo mas facil es ir figandoce en cada posicion, que nucleotido aparece mas precuentemente en todas las secuencia, luego con el segundo nucleotido y asi vamos armando la secuencia que mas aparece.
 b) ¿Qué nombre se le da a una distribución de este tipo?
Se le da el nombre de cuasi-especies
c) Indique el nivel de probabilidad (de 0 a 100%) que le asigna a que la distribución de la población de genomas será idéntica en una segunda muestra de sangre del mismo paciente tomada 6 meses después de la primera.
→ 0% → no seria identica porque hay presiones de selección, el espacio de secuenciia seria el mismo, pero cambiarian el espectro de mutaanntes por dos razones. 1 muy probablemente, la combinacion de presiones de selección a la cual esta expuesta esa población haya cambiado en el tiempo, es decir, el hospedero infectado va evolucionando en respuesta a la inveccion, y en respuesta por parte el virus va a ir modificando las mutantes para adaptar. Por otro lado se van a ir generando nuevos mutantes, es decir no solo se va a ir modificando la compposicion cuantitativa del espectro de mutantes, porque lgunos de los mutantes van a ir respondiendo mejor al cambio de selección y van a aparecer nuevas mutaciones.
La secuencia maestra va a ir cambando en rta a los cambios en las presiones de selección si el conjunto de presiones de selección determina que tiene que cambiar la secuencia maestra. La sec maestra es la que mejor se acomoda a las presiones de selección en ese momento.
Por ejemplo el virus del dengue que inmediatamente se adapta al mosquito y luego al humano, esto se debe a la cuasi especies