DIAGNOSTICO DE LABORATORIO DE LAS ENFERMEDADES BACTERIANAS

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157© 2014. Elsevier España, S.L. Reservados todos los derechos
16 Diagnóstico de laboratorio de las enfermedades bacterianas
El diagnóstico de laboratorio de las enfermedades bacteria-nas requiere la recogida de una muestra apropiada, que 
sea remitida con rapidez al laboratorio en un medio de trans-
porte apropiado y que sea procesada de modo que aumente 
al máximo la detección de los patógenos más probables. La 
recogida de la muestra apropiada y su rápida remisión al 
laboratorio clínico son responsabilidad principalmente del 
médico del paciente, mientras que el microbiólogo clínico 
selecciona los sistemas de transporte apropiados y el método 
de detección (p. ej., microscopia, cultivo, detección de antí-
genos o de anticuerpos, pruebas de ácidos nucleicos). Estas 
responsabilidades no son mutuamente excluyentes. El mi-
crobiólogo ha de estar preparado para alertar al médico sobre 
el tipo de muestras que se deben recoger en caso de sospecha 
de un diagnóstico concreto, y el médico debe proporcionar 
al microbiólogo la información relacionada con el diagnóstico 
clínico de modo que se seleccionen las pruebas apropiadas. 
Este capítulo está concebido para proporcionar una visión 
de conjunto de la recogida de muestras y de su transporte, 
así como de los métodos utilizados en el laboratorio de mi-
crobiología para la detección e identificación de las bacterias. 
Dado que queda fuera del ámbito de este capítulo cubrir el 
tema de modo exhaustivo, remitimos al estudiante a las citas 
de la Bibliografía y a los capítulos concretos que siguen para 
obtener una información más detallada.
recogidA, trAnsPorte y ProcesAmiento 
de lAs muestrAs
En el texto que sigue a continuación y en la tabla 16-1 se 
resumen las pautas para una recogida y un transporte apro-
piados de las muestras.
Sangre
El hemocultivo es uno de los procedimientos más importantes 
que se llevan a cabo en el laboratorio de microbiología clínica. 
El éxito de esta prueba se relaciona directamente con los 
métodos utilizados para recoger la muestra de sangre. El factor 
más importante que determina el éxito del hemocultivo es el 
volumen de sangre procesada. Por ejemplo, un 40% más de 
los cultivos son positivos en relación con microorganismos si 
se cultivan 20 ml en vez de 10 ml de sangre, porque más de 
la mitad de todos los pacientes sépticos tienen menos de un 
microorganismo por mililitro de sangre. Se deben recoger 
aproximadamente 20 ml de sangre de un adulto por cada 
frasco de hemocultivo, y se deben recoger volúmenes propor-
cionalmente más pequeños de niños y de neonatos. Dado que 
muchos pacientes hospitalizados son susceptibles a infecciones 
por microorganismos que colonizan la piel, es importante 
realizar una desinfección cuidadosa de la piel del paciente.
La bacteriemia y la fungemia se definen como la presen-
cia de bacterias y hongos, respectivamente, en la sangre, y 
 estas infecciones reciben colectivamente la denominación 
de septicemia. Se ha demostrado en estudios clínicos que la 
septicemia puede ser continua o intermitente. La septicemia 
continua se produce principalmente en pacientes con infec-
ciones intravasculares (p. ej., endocarditis, tromboflebitis 
séptica, infecciones asociadas con un catéter intravascular) 
o con una sepsis fulminante (p. ej., shock séptico). La septi-
cemia intermitente se produce en pacientes con infecciones 
localizadas (p. ej., pulmones, tracto urinario, tejidos blan-
dos). El momento de la recogida de la muestra de sangre 
no es importante en el caso de los pacientes con septicemia 
continua, pero sí es importante en el caso de los pacientes 
con septicemia intermitente. Además, y dado que los signos 
clínicos de de la sepsis (p. ej., fiebre, escalofríos, hipotensión) 
constituyen una respuesta de la liberación de endotoxinas o 
exotoxinas a partir de los microorganismos, estos signos se dan 
hasta 1 hora después de que los microorganismos se hayan in-
troducido en la sangre. Por ello, puede que en el momento en 
que el paciente se vuelve febril haya pocos microorganismos, 
o ninguno, en la sangre. Por ello, se recomienda la recogida de 
dos o tres muestras de sangre en momentos aleatorios durante 
un período de tiempo de 24 horas.
La mayoría de las muestras de sangre se inoculan directa-
mente en frascos que contienen caldos nutrientes enriqueci-
dos. Para asegurarse la máxima recuperación de microorganis-
mos importantes, se debe inocular dos frascos de medios 
para cada cultivo (10 ml de sangre por frasco). Cuando se 
reciben en el laboratorio estos frascos inoculados, se incuban 
a 37 °C y se inspeccionan a intervalos regulares en busca 
de signos de crecimiento microbiano. En la mayoría de los 
laboratorios se lleva a cabo con instrumentos automatizados 
para hemocultivos. Cuando se detecta crecimiento, se sub-
cultivan los caldos para aislar el microorganismo con el fin de 
proceder a su identificación y a las pruebas de sensibilidad 
antimicrobiana. La mayoría de los aislados clínicamente sig-
nificativos se detectan entre el primer y el segundo día de 
incubación; sin embargo, todos los cultivos deben incubarse 
durante un mínimo de 5 a 7 días. Por lo general no se requiere 
una incubación más prolongada. Dado que por lo general hay 
escasos microorganismos en la sangre de un paciente séptico, 
no merece la pena realizar una tinción de Gram de la sangre 
para un análisis microscópico.
Líquido cefalorraquídeo
La meningitis bacteriana es una enfermedad grave que se 
asocia con una alta morbilidad y mortalidad si se retrasa el 
diagnóstico causal. Debido a la labilidad de algunos patógenos 
comunes (p. ej., Neisseria meningitidis, Streptococcus pneu­
moniae), las muestras de líquido cefalorraquídeo deben ser 
procesadas inmediatamente después de su obtención. Bajo 
ningún concepto se debe refrigerar la muestra o colocarla 
directamente en una incubadora. Se procede a desinfectar la 
piel del paciente antes de realizar la punción lumbar, y se re-
coge el líquido cefalorraquídeo en tubos estériles con tapones 
158 MICROBIOLOGÍA MÉDICA
Tabla 16-1 Recogida de muestras bacteriológicas en relación con patógenos bacterianos
Muestra Sistema de transporte Volumen de la muestra Otras consideraciones
Sangre: cultivo bacteriano 
de rutina
Frasco de hemocultivo con 
medio nutriente
Adultos: 20 ml/cultivo
Niños: 5-10 ml/cultivo
Neonatos: 1-2 ml/cultivo
Se debe desinfectar la piel con alcohol al 70% seguido 
de yodo al 2%; 2-3 cultivos recogidos cada 24 h a 
menos que el paciente esté con shock séptico o 
que se dé comienzo inmediatamente al tratamiento 
antibiótico; las recogidas de sangre deben estar 
separadas por 30-60 min; la sangre se divide por igual 
en dos frascos de medio nutriente.
Sangre: bacterias 
intracelulares (p. ej., 
Brucella, Francisella, 
género Neisseria)
Igual que en los hemocultivos 
de rutina; sistema de 
lisis-centrifugación
Igual que en los 
hemocultivos de rutina
Las consideraciones son las mismas que las referidas a 
los hemocultivos de rutina; la liberación de bacterias 
intracelulares puede mejorar la recuperación del 
microorganismo; el género Neisseria es inhibido por 
algunos anticoagulantes (sodio polianetolsulfonato).
Sangre: género Leptospira tubo estéril heparinizado 1-5 ml La muestra es útil sólo durante la primera semana de 
enfermedad; después se debe cultivar orina.
Líquido cefalorraquídeo tubo estéril con tapón 
de rosca
Cultivo bacteriano: 1-5 ml
Cultivo micobacteriano: 
un volumen tan grande 
como sea posible
La muestra debe recogerse asépticamente y remitirse 
inmediatamente al laboratorio; no debe quedar 
expuesta al calor ni debe refrigerarse.
Otros líquidos normalmente 
estériles (p. ej., abdominal, 
torácico, sinovial, 
pericárdico)
Volumen pequeño: tubo estéril 
con tapón de rosca
Volumen grande: frasco de 
hemocultivo con medio 
nutriente
Volumen tan grande 
como sea posible
Se recogen las muestras con aguja y jeringa; no se 
utiliza una torunda porque la cantidad de la muestra 
recogida es insuficiente;no debe inyectarse aire en el 
frasco de cultivo porque inhibe el crecimiento de los 
anaerobios.
Catéter tubo estéril con tapón de 
rosca o copa de la muestra
N/A Debe desinfectarse el sitio de entrada con alcohol; debe 
retirarse asépticamente el catéter cuando se reciba 
la muestra en el laboratorio; se rueda el catéter sobre 
la superficie de una placa de agar sangre y luego se 
desecha.
Respiratorio: faringe torunda inmersa en medio de 
transporte
N/A Se pasa la torunda por el área inflamada; se recoge 
exudado en caso de haber; debe evitarse el contacto 
con la saliva porque puede inhibir la recuperación de 
estreptococos del grupo A.
Respiratorio: epiglotis Extracción de sangre para 
cultivo
Igual que en el 
hemocultivo
Pasar la torunda por la epiglotis puede precipitar un 
cierre completo de las vías respiratorias; se deben 
obtener hemocultivos para un diagnóstico específico.
Respiratorio: senos tubo o vial estéril anaeróbico 1-5 ml Las muestran han de recogerse con aguja y jeringa; el 
cultivo de la nasofaringe o de la orofaringe carece 
de valor; se debe cultivar la muestra en busca de 
bacterias aerobias y anaerobias.
Respiratorio: vías aéreas 
inferiores
Frasco estéril con tapón 
de rosca; el tubo o vial 
anaeróbico sólo para 
muestras recogidas 
evitando la flora del tracto 
respiratorio superior
1-2 ml Esputo expectorado: Si es posible, el paciente se 
aclara la boca con agua antes de la recogida de la 
muestra; el paciente debe toser profundamente y 
expectorar las secreciones de las vías aéreas inferiores 
directamente en un recipiente estéril; debe evitarse la 
contaminación con saliva.
Muestra por broncoscopia: los anestésicos pueden 
inhibir el crecimiento de las bacterias; por tanto, las 
muestran han de ser procesadas inmediatamente; 
si se utiliza un broncoscopio «protegido», se puede 
realizar cultivo para anaerobios; aspirado pulmonar 
directo: se pueden procesar las muestras para 
bacterias aerobias y anaerobias.
Oído Jeringa con tapón sin aguja; 
tubo estéril con tapón de 
rosca
Cualquier volumen 
recogido
Se debe aspirar la muestra con aguja y jeringa; 
el cultivo del oído externo carece de valor predictivo 
en relación con la otitis media.
Ojo Inocular placas en la cabecera 
del paciente (sellar y 
transportar al laboratorio 
inmediatamente)
Cualquier volumen 
recogido
En las infecciones de la superficie ocular se recogen las 
muestras con una torunda o por raspados corneales; 
en las infecciones profundas se lleva a cabo la 
aspiración de humor acuoso o humor vítreo; todas 
las muestran han de ser inoculadas en los medios 
apropiados cuando se obtienen; los retrasos dan lugar 
a una pérdida significativa de microorganismos.
Exudados (trasudados, 
drenaje, úlceras)
torunda inmersa en medio de 
transporte; aspirado en tubo 
estéril con tapón de rosca
Bacterias: 1-5 ml
Micobacterias: 3-5 ml
Debe evitarse la contaminación con el material de 
la superficie; por lo general las muestras no son 
adecuadas para el cultivo de anaerobios.
Heridas (absceso, pus) Aspirado en tubo estéril con 
tapón de rosca o tubo o vial 
estéril para anaerobios
1-5 ml de pus Las muestras han de ser recogidas con aguja y jeringa 
estériles; se utiliza una cureta para recoger la muestra 
en la base de una herida; se deben evitar las muestras 
obtenidas con torunda.
tejidos tubo estéril con tapón de 
rosca; tubo o vial estéril 
para anaerobios
Muestra representativa 
del centro y borde de 
la lesión
La muestra ha de ser colocada asépticamente en un 
recipiente apropiado estéril; ha de recogerse una 
cantidad de muestra suficiente para recuperar unas 
cifras escasas de microorganismos.
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de rosca. Cuando se reciba la muestra en el laboratorio de 
microbiología, se concentra por centrifugación y se utiliza el 
sedimento para inocular medios bacteriológicos y preparar 
una tinción de Gram. El técnico del laboratorio debe notificar 
inmediatamente al médico si se observan microorganismos 
por microscopia o en cultivo.
Otros líquidos normalmente estériles
Se puede recoger una variedad de otros líquidos normal-
mente estériles para cultivo bacteriológico, que incluyen los 
líquidos abdominal (peritoneal), torácico (pleural), sinovial y 
pericárdico. Si se puede recoger un gran volumen de líquido 
por aspiración (p. ej., líquido abdominal o torácico), se debe 
inocular en frascos para hemocultivo que contengan medios 
nutrientes. También se debe remitir al laboratorio una peque-
ña porción en un tubo estéril de modo que se puedan preparar 
tinciones apropiadas (p. ej., Gram, ácido-alcohol resistencia). 
Muchos microorganismos se asocian con infecciones en es-
tas localizaciones, incluidas las mezclas polimicrobianas de 
microorganismos aerobios y anaerobios. Por dicho motivo, 
la tinción biológica es útil para identificar los organismos 
responsables de la infección. Dado que en la muestra puede 
haber una cantidad relativamente escasa de microorganismos 
(por la dilución de los microorganismos o por eliminación 
microbiana por la respuesta inmunitaria del hospedador), es 
importante cultivar un volumen de líquido tan grande como 
sea posible. Sin embargo, si sólo se recogen pequeñas canti-
dades, se puede inocular la muestra directamente en medios 
con agar y en un tubo con medio en caldo enriquecido. Dado 
que también puede haber anaerobios en la muestra (sobre 
todo en muestras obtenidas de pacientes con infecciones 
intraabdominales o pulmonares), la muestra no debe quedar 
expuesta al oxígeno.
Muestras del tracto respiratorio superior
La mayoría de las infecciones bacterianas de la faringe están 
causadas por Streptococcus del grupo A. Otras bacterias que 
pueden causar faringitis son Corynebacterium diphtheriae, 
Bordetella pertussis, Neisseria gonorrhoeae, Chlamydophila 
pneumoniae y Mycoplasma pneumoniae. Sin embargo, por lo 
general se requieren técnicas especiales para recuperar estos 
microorganismos. Otras bacterias potencialmente patóge-
nas, como Staphylococcus aureus, Streptococcus pneumoniae, 
Haemophilus influenzae, enterobacterias y Pseudomonas ae­
ruginosa, pueden estar presentes en la orofaringe pero rara 
vez causan faringitis.
Se debe utilizar una torunda de dacrón o de alginato de 
calcio para recoger muestras faríngeas. Se deben obtener 
muestras de las áreas amigdalinas, de la faringe posterior y de 
cualquier exudado o área ulcerativa. Se debe evitar la conta-
minación de la muestra con saliva porque las bacterias de la 
saliva pueden crecer en exceso o inhibir el crecimiento de los 
estreptococos del grupo A. En caso de haber una seudomem-
brana (p. ej., infecciones por C. diphtheriae), se debe separar 
una porción y remitirla para cultivo. Los estreptococos del 
grupo A y C. diphtheriae son muy resistentes a la desecación; 
por tanto, no se requieren precauciones especiales en cuanto 
al transporte de la muestra al laboratorio. Por el contrario, 
las muestras recogidas para el aislamiento de B. pertussis y 
de N. gonorrhoeae se deben inocular en medios de cultivo 
inmediatamente después de su obtención y antes de que 
se remitan al laboratorio. Las muestras obtenidas para el 
aislamiento de C. pneumoniae y M. pneumoniae deben ser 
transportadas en un medio de transporte especial.
Se pueden detectar directamente los estreptococos del 
grupo A en la muestra clínica por el empleo de inmunoensa-
yos en relación con el antígeno específico de grupo. Aunque 
Muestra Sistema de transporte Volumen de la muestra Otras consideraciones
Orina: chorro medio Recipiente estéril para orina Bacterias: 1 ml
Micobacterias: ≥10 ml
Debe evitarse la contaminación de la muestra con 
bacterias de la uretra o de la vagina; se desecha la 
primera parte de la micción; los microorganismos 
pueden crecer rápidamente en la orina; por tanto, las 
muestras han de ser transportadas inmediatamente 
al laboratorio, mantenidascon conservante 
bacteriostático o refrigeradas.
Orina: cateterizada Recipiente estéril para orina Bacterias: 1 ml
Micobacterias: ≥10 ml
No se recomienda la cateterización para los cultivos de 
rutina (peligro de inducir una infección); la primera 
porción de la muestra recogida está contaminada con 
bacterias uretrales, por lo que ha de ser desechada 
(similar al chorro medio de la muestra miccionada); 
la muestra ha de ser transportada rápidamente al 
laboratorio.
Orina: aspirado suprapúbico tubo o vial estéril para 
anaerobios
Bacterias: 1 ml
Micobacterias: ≥10 ml
Se trata de una muestra obtenida con una técnica 
invasiva, por lo que se evitan las bacterias uretrales; 
es el único método válido disponible para recoger 
muestras para cultivo de anaerobios; también es 
de utilidad para la recogida de muestras de niños o 
de adultos que no puedan miccionar muestras no 
contaminadas.
Genitales torundas especialmente 
diseñadas para sondas 
frente a Neisseria 
gonorrhoeae y Chlamydia
N/A Se debe obtener una muestra del área de inflamación o 
exudado; se debe cultivar el endocérvix (no la vagina) 
y la uretra para una detección óptima.
Heces Recipiente estéril con tapón 
de rosca
N/A Se requiere un transporte rápido al laboratorio para 
prevenir la producción de ácido (bactericida 
para algunos patógenos intestinales) por las bacterias 
fecales normales; es inadecuada para el cultivo de 
anaerobios; dado que se ha de inocular un gran 
número de medios diferentes, no debe emplearse 
una torunda para la recogida de la muestra.
N/A, no aplicable.
Tabla 16-1 Recogida de muestras bacteriológicas en relación con patógenos bacterianos (cont.)
160 MICROBIOLOGÍA MÉDICA
estas pruebas son muy específicas y están fácilmente dis-
ponibles, no presentan la suficiente sensibilidad para excluir 
con fiabilidad el diagnóstico de faringitis estreptocócica A. 
En otras palabras, un ensayo negativo ha de ser confirmado 
por cultivo.
Otras infecciones del tracto respiratorio superior pueden 
afectar a la epiglotis y a los senos. Se puede precipitar una 
obstrucción completa de las vías respiratorias al intentar ob-
tener un cultivo de la epiglotis (sobre todo en niños); por ello, 
nunca se debe realizar este tipo de cultivos. El diagnóstico 
específico de una infección sinusal requiere 1) la aspiración 
directa del seno, 2) un transporte anaeróbico apropiado de la 
muestra al laboratorio (con empleo de un sistema que evite 
la exposición de los anaerobios al oxígeno y a la desecación) 
y 3) un rápido procesamiento de la muestra. El cultivo de la 
nasofaringe o de la orofaringe carece de utilidad y no debe rea-
lizarse. S. pneumoniae, H. influenzae, Moraxella catarrhalis, 
S. aureus y los anaerobios son los patógenos más frecuentes 
causantes de sinusitis.
Muestras del tracto respiratorio inferior
Se puede utilizar una variedad de técnicas para recoger mues-
tras del tracto respiratorio inferior; éstas incluyen la expec-
toración, la inducción con solución salina, la broncoscopia 
y la aspiración directa a través de la pared torácica. Dado 
que las bacterias de las vías respiratorias superiores pueden 
contaminar el esputo expectorado, se deben inspeccionar 
las muestras microscópicamente para valorar la magnitud de 
la contaminación oral. Las muestras que contengan muchas 
células epiteliales escamosas y en las que no haya un predo-
minio bacteriano en asociación con neutrófilos no deben ser 
procesadas para cultivo. La presencia de células epiteliales 
escamosas indica que la muestra ha quedado contaminada 
con la saliva. Puede evitarse dicha contaminación si se obtiene 
la muestra con broncoscopios especialmente diseñados o por 
medio de una aspiración pulmonar directa. Si se sospecha 
una infección pulmonar por anaerobios, hay que utilizar es-
tos procedimientos invasivos porque la contaminación de la 
muestra con microbios del tracto respiratorio superior haría 
que la muestra perdiera todo su valor. La mayoría de los 
patógenos del tracto respiratorio inferior crecen rápidamente 
(en 2 o 3 días); sin embargo, algunas bacterias de crecimiento 
lento, como las micobacterias o nocardias, requieren una 
ampliación de la incubación.
Oído y ojo
Se precisa la timpanocentesis (es decir, la aspiración de 
líquido del oído medio) para conseguir el diagnóstico es-
pecífico de una infección del oído medio. Sin embargo, en la 
mayoría de los pacientes no es necesario, porque la mayoría 
de los patógenos más frecuentes que causan estas infecciones 
(S. pneumoniae, H. influenzae y M. catarrhalis) pueden ser 
tratados de modo empírico. Las infecciones del oído externo 
están causadas por lo general por P. aeruginosa («oído de 
nadador») o S. aureus. La muestra apropiada que debe obte-
nerse para cultivo es un raspado del área auditiva afectada.
Es difícil la recogida de muestras para el diagnóstico de 
las infecciones oculares porque por lo general la muestra 
obtenida es muy pequeña y puede haber en ella una cantidad 
relativamente pequeña de microorganismos. Las muestras de 
la superficie ocular deben ser recogidas con una torunda antes 
de la aplicación de anestésicos tópicos, seguido de raspados 
corneales cuando sea necesario. Las muestras intraoculares 
se recogen por aspiración directa del ojo. Se deben inocular 
los medios de cultivo cuando se recojan las muestras y antes 
de que se remitan al laboratorio. Aunque la mayoría de los 
patógenos oculares crecen rápidamente (p. ej., S. aureus, 
S. pneumoniae, H. influenzae, P. aeruginosa, Bacillus cereus), 
algunos pueden precisar una incubación prolongada (p. ej., 
estafilococos coagulasa-negativos) o el empleo de medios de 
cultivos especiales (N. gonorrhoeae, Chlamydia trachomatis).
Heridas, abscesos y tejidos
Con frecuencia, las heridas abiertas que drenan pueden 
estar contaminadas con microorganismos potencialmente 
patógenos que no guardan relación con el proceso infeccioso 
específico. Por consiguiente, es importante recoger muestras 
de la profundidad de la herida después de haber limpiado la 
superficie. Cuando sea posible, debe evitarse el empleo de 
una torunda porque es difícil obtener una muestra represen-
tativa sin contaminación con microorganismos que colonizan 
la superficie. Igualmente, se deben recoger aspirados a partir 
de un absceso cerrado tanto del centro como de la pared del 
absceso. Recoger sencillamente pus de un absceso por lo 
general es improductivo porque la mayoría de los microor-
ganismos se replican activamente en la base del absceso más 
que en el centro. Se puede recoger por aspiración material 
de drenaje de infecciones de los tejidos blandos. Si no se 
obtiene material de drenaje, se puede infundir una pequeña 
cantidad de suero salino en el tejido y a continuación retirarla 
para proceder a cultivarla. No se debe emplear solución salina 
que contenga un conservante bactericida.
Se deben obtener los tejidos a partir de porciones re-
presentativas del proceso infeccioso, y cuando sea posible se 
recogerán múltiples muestras. Se debe transportar la muestra 
de tejido en un recipiente estéril con tapón de rosca, y se 
debe añadir solución salina para evitar la desecación si se ha 
recogido una muestra de pequeño tamaño (p. ej., muestra 
de biopsia). También debe remitirse una muestra de tejido 
para examen histológico. Dado que la recogida de muestras 
tisulares requiere procedimientos invasivos, se debe hacer 
todo lo posible para recoger la muestra apropiada y asegurarse 
de que se cultiva para todos los microorganismos clínicamente 
significativos que puedan ser responsables de la infección. 
Ello requiere una estrecha comunicación entre el médico y 
el microbiólogo.
Orina
La orina es una de las muestras que con mayor frecuencia se 
remiten para cultivo. Debido a que la uretra está colonizada 
por bacterias potencialmente patógenas, debe desecharse 
la primera porción de la orina recogida por micción o cate-
terización. Los patógenos del tracto urinario pueden crecer 
también en la orina; por tanto, no debe producirseretraso 
en el transporte de las muestras al laboratorio. Si no puede 
cultivarse inmediatamente la muestra, debe ser refrigerada 
o colocada en un bolsa con conservante bacteriostático de 
orina. Una vez se haya recibido la muestra en el laboratorio, 
se inocula de 1 a 10 ml en cada medio de cultivo (por lo 
general un medio de agar no selectivo y un medio de agar 
selectivo). Se hace para que se pueda cuantificar el núme-
ro de microorganismos presentes en la orina, lo cual es de 
utilidad para valorar la significación de un aislado, aunque 
unas pequeñas cifras de microorganismos en un paciente con 
piuria pueden ser clínicamente significativas. Son numerosas 
los procedimientos elaborados de cribado de orina (p. ej., 
pruebas bioquímicas, tinciones microscópicas) y se utilizan 
ampliamente; sin embargo, no se pueden recomendar los 
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procedimientos actuales porque son invariablemente insensi-
bles para detectar una bacteriuria de bajo grado clínicamente 
significativa.
Muestras genitales
A pesar de la variedad de bacterias que se asocian con enfer-
medades de transmisión sexual, la mayoría de los laboratorios 
se concentran en la detección de N. gonorrhoeae y C. tra­
chomatis. Tradicionalmente se ha venido haciendo inoculando 
la muestra en un sistema de cultivo selectivo en relación con 
estos organismos. Sin embargo, se trata de un proceso lento, 
que lleva 2 o más días para obtener un cultivo positivo e in-
cluso más tiempo en relación con la identificación definitiva 
de los aislados. Se ha observado también que los cultivos son 
insensibles porque los microorganismos son extraordinaria-
mente lábiles y se mueren rápidamente durante el tránsito 
en condiciones subóptimas. Por estas razones, se utiliza en la 
actualidad una variedad de métodos sin cultivo. Los métodos 
más populares son los procedimientos de amplificación de 
ácidos nucleicos (p. ej., amplificación de secuencias de ácido 
desoxirribonucleico [ADN] específicas de especie por la 
reacción en cadena de la polimerasa u otros métodos) en 
relación con ambos microorganismos. La detección de estas 
secuencias amplificadas con sondas es sensible y específica. 
Sin embargo, puede producirse una contaminación cruzada 
si no se controlan cuidadosamente los procedimientos de la 
prueba. Si se utiliza la orina para estas pruebas, se debe anali-
zar la primera porción de la orina miccionada y no la porción 
media del chorro de orina, como se emplea en relación con 
el cultivo de orina.
La otra bacteria importante que causa enfermedad de 
transmisión sexual es Treponema pallidum, el agente causal 
de la sífilis. Este microorganismo no puede ser cultivado en el 
laboratorio clínico, de modo que el diagnóstico se efectúa con 
empleo de la microscopia o de la serología. Debe examinarse 
el material de las lesiones con empleo de la microscopia de 
campo oscuro porque el microorganismo es demasiado fino 
para ser detectado con la microscopia de campo claro. Ade-
más, el microorganismo se muere rápidamente cuando se ex-
pone al aire o a condiciones de desecación; por consiguiente, 
ha de efectuarse el examen microscópico en el momento de 
la recogida de la muestra.
Muestras fecales
Una amplia variedad de bacterias puede producir infeccio-
nes gastrointestinales. Para poder aislar estas bacterias en 
cultivo ha de recogerse una muestra fecal adecuada (por lo 
general no constituye problema alguno en un paciente con 
diarrea), transportarse al laboratorio de modo que se asegure 
la viabilidad del organismo infeccioso y se inocule en medios 
selectivos apropiados. No deben remitirse muestras rectales 
obtenidas con torunda porque han de inocularse múltiples 
medios selectivos para aislar los diversos patógenos posi-
bles. La cantidad de heces recogida con una torunda sería 
insuficiente.
Las muestras de heces deben ser recogidas en un recipien-
te amplio y limpio y luego ser transferidas a un recipiente 
impermeable muy bien cerrado. Se deben transportar las 
muestras rápidamente al laboratorio para evitar cambios 
ácidos en las heces (causados por el metabolismo bacteria-
no), que son tóxicos para algunos microorganismos (p. ej., 
Shigella). Si se prevé un retraso en el envío, las heces deben 
ser mezcladas con un conservante, como amortiguador fosfato 
mezclado con glicerol o medio de transporte de Cary-Blair. 
En general, no obstante, un transporte rápido de la muestra 
al laboratorio es siempre superior al empleo de cualquier 
medio de transporte.
Es importante notificar al laboratorio la sospecha de un 
patógeno intestinal particular porque con ello se ayudará al 
laboratorio a seleccionar el medio de cultivo especializado 
apropiado. Por ejemplo, aunque las especies de Vibrio pueden 
crecer en medios comunes utilizados para el cultivo de las 
muestras de heces, el empleo de un medio selectivo para 
Vibrio facilita el rápido aislamiento y la identificación de 
este microorganismo. Además, algunos microorganismos 
no se aíslan de modo rutinario por los procedimientos de 
laboratorio. Por ejemplo, Escherichia coli enterotoxigénica 
puede crecer en medios de cultivo de rutina pero no sería 
fácilmente distinguible de E. coli no patógeno. Igualmente, 
no se esperaría la presencia de otros microorganismos en 
una muestra fecal porque la enfermedad está causada por 
la toxina producida en el alimento y no por el crecimiento 
del microorganismo en el tracto gastrointestinal (p. ej., 
S. aureus, B. cereus). El microbiólogo debe poder seleccionar 
la prueba apropiada (p. ej., cultivo, ensayo de toxina) si se 
indica el patógeno específico. Clostridium difficile es una 
causa significativa de enfermedad gastrointestinal asociada 
a antibióticos. Aunque puede cultivarse el microorganis-
mo a partir de muestras fecales, si se remiten con celeridad 
al laboratorio, el modo más específico para diagnosticar la 
infección es por la detección de las toxinas de C. difficile 
en extractos fecales responsables de la enfermedad o de los 
genes que codifican estas toxinas.
Dado que son muchas las bacterias, tanto patógenas como 
no patógenas, que se hallan presentes en las muestras fecales, 
con frecuencia el aislamiento y la identificación del patógeno 
llevan más de 3 días. Por ello, se utilizan los coprocultivos 
para confirmar el diagnóstico clínico, y el tratamiento, en 
caso de estar indicado, no debe retrasarse a la espera de los 
resultados de los cultivos.
detección e identificAción BActeriAnAs
La detección de bacterias en muestras clínicas se lleva a cabo 
por medio de cinco procedimientos generales: 1) microscopia, 
2) detección de antígenos bacterianos, 3) detección de ácidos 
nucleicos bacterianos específicos, 4) cultivo y 5) detección 
de la respuesta de anticuerpos a las bacterias (serología). 
Las técnicas específicas utilizadas en estos procedimientos 
han sido presentadas en los capítulos precedentes y no las 
repetiremos en este capítulo. Sin embargo, la tabla 16-2 
resume el valor relativo de cada uno de los procedimientos 
para la detección de los microorganismos comentados en los 
capítulos 18 a 43.
Aunque muchos microorganismos pueden ser identificados 
de modo específico por una variedad de técnicas, el proce-
dimiento más común utilizado en los laboratorios diagnós-
ticos es la identificación de un organismo aislado en cultivo 
por pruebas bioquímicas. En los grandes laboratorios de los 
hospitales docentes y en los laboratorios de referencia, mu-
chos de los procedimientos con pruebas bioquímicas han 
sido sustituidos en tiempos recientes por la secuenciación 
de genes bacterianos específicos (p. ej., gen ARNr 16S) o 
por empleo de herramientas proteómicas, como la espec-
trometría de masas, para identificar los microorganismos. 
Sin embargo, creemos que la mayoría de los estudiantes que 
utilizan este libro de texto no están interesados en los deta-
lles de la identificaciónmicrobiana. Remitimos a los lectores 
interesados a libros de texto tales como Bailey and Scott's 
162 MICROBIOLOGÍA MÉDICA
Tabla 16-2 Métodos de detección de bacterias
Microorganismo
Métodos de detección
Microscopia Detección de antígenos
Pruebas basadas en 
ácidos nucleicos Cultivo
Detección de 
anticuerpos
Cocos grampositivos
Staphylococcus aureus A B C A D
Streptococcus pyogenes B A A A B
Streptococcus agalactiae B B B A D
Streptococcus pneumoniae A B C A C
Género Enterococcus A D B A D
Bacilos grampositivos
Bacillus anthracis B C B A D
Bacillus cereus B D D B D
Listeria monocytogenes A D D A D
Erysipelothrix rhusiopathiae A D D A D
Corynebacterium diphtheriae B D C A D
Corynebacterium, otras especies A D D A D
Tropheryma whipplei B D A D D
Bacilos ácido-alcohol resistentes y parcialmente ácido-alcohol resistentes
Género Nocardia A D D A D
Rhodococcus equi A D D A D
Mycobacterium tuberculosis A B B A C
Mycobacterium leprae B D D D B
Mycobacterium, otras especies A D B A D
Cocos gramnegativos
Neisseria gonorrhoeae A D A A D
Neisseria meningitidis A B D A D
Moraxella catarrhalis A D D A D
Bacilos gramnegativos
Escherichia coli A B C A D
Género Salmonella B D D A B
Género Shigella B D D A D
Yersinia pestis B C B A C
Yersinia enterocolitica B D D A B
Enterobacterias, diversos géneros A D D A D
Vibrio cholerae B D D A D
Vibrio, otras especies B D D A D
Género Aeromonas B D D A D
Género Campylobacter B A D A D
Helicobacter pylori B A C B A
Pseudomonas aeruginosa A D D A D
Género Burkholderia A D D A D
Género Acinetobacter A D D A D
Haemophilus influenzae A B C A D
Haemophilus ducreyi B D C A D
Bordetella pertussis B C A B A
Género Brucella B C D A B
Francisella tularensis B C D A B
Género Legionella B A B A B
Género Bartonella C D B A A
Anaerobios
Clostridium perfringens A D D A D
Clostridium tetani B D D A D
Clostridium botulinum B A D B D
Clostridium difficile B A B B D
Cocos grampositivos anaerobios A D D A D
Bacilos grampositivos anaerobios A D D A D
Bacilos gramnegativos anaerobios A D D A D
DIAGNóStICO DE LABORAtORIO DE LAS ENFERMEDADES BACtERIANAS 163
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Diagnostic Microbiology, el ASM Manual of Clinical Mi­
crobiology y revisiones que, de modo específico, tratan cada 
uno de los temas.
Es importante que todos los estudiantes se den cuenta de 
que el tratamiento antimicrobiano empírico puede mejorarse 
a tenor de la identificación preliminar de un microorganismo 
con empleo de la morfología microscópica y macroscópica y 
de pruebas bioquímicas seleccionadas y rápidas. Remitimos 
al lector a la tabla 16-3 en relación con ejemplos específicos.
Pruebas de sensibilidad antimicrobiana
Los resultados de las pruebas de sensibilidad a los antimi-
crobianos son valiosos para seleccionar los agentes quimio-
terápicos activos frente al microorganismo infeccioso. Son 
numerosos los trabajos realizados para conseguir unos mé-
todos estandarizados y mejorar el valor predictivo clínico 
de los resultados. A pesar de estos esfuerzos, las pruebas in 
vitro son sencillamente una determinación del efecto del 
antibiótico frente al microorganismo en unas condiciones 
específicas. La selección de un antibiótico y el desenlace 
del paciente se ven influidos por una variedad de factores 
interrelacionados, como son las propiedades farmacocinéticas 
de los antibióticos, la toxicidad del fármaco, la enfermedad 
clínica y el estado médico general del paciente. Así, algunos 
microorganismos que son «sensibles» a un antibiótico persis-
tirán en la infección, y algunos microorganismos que son 
«resistentes» a un antibiótico serán eliminados. Por ejemplo, 
al requerirse oxígeno para que los aminoglucósidos penetren 
en la célula bacteriana, estos antibióticos son ineficaces en 
un absceso anaeróbico. Igualmente, en la orina se pueden 
conseguir unas concentraciones muy elevadas de antibió-
ticos; por tanto, las bacterias «resistentes» responsables de 
infecciones del tracto urinario pueden ser eliminadas por las 
concentraciones urinarias elevadas de algunos antibióticos.
En el laboratorio clínico se llevan a cabo dos formas gene-
rales de pruebas de sensibilidad antimicrobiana: pruebas de 
dilución en caldo y pruebas de difusión en agar. En relación 
con las pruebas de dilución en caldo, se preparan diluciones 
seriadas de un antibiótico en un medio nutriente y a conti-
nuación se inocula con una concentración estandarizada de la 
bacteria en estudio. Después de una noche de incubación, 
la mínima concentración de antibiótico capaz de inhibir el 
crecimiento de las bacterias recibe la denominación de con-
centración mínima inhibidora (CMI). En relación con las 
pruebas de difusión en agar, se vierte sobre la superficie del 
medio con agar una concentración estandarizada de bacterias 
y a continuación se colocan sobre la superficie de agar discos 
o tiras de papel impregnados con antibióticos. Después de 
una noche de incubación se observa una zona de inhibición 
del crecimiento que rodea los discos o las tiras de papel. El 
tamaño del diámetro de inhibición se corresponde con la 
actividad del antibiótico; cuanto más sensible sea el microor-
ganismo al antibiótico, mayor es el diámetro de inhibición del 
crecimiento. Al estandarizar las condiciones de la prueba en 
relación con las pruebas de difusión en agar, el diámetro de 
inhibición corresponde al valor de la CMI. En efecto, una 
compañía comercial ha desarrollado una prueba en la que se 
calcula el valor de la CMI a partir de la zona de inhibición 
del crecimiento alrededor de una tira con un gradiente de 
concentraciones de antibiótico desde el comienzo hasta la 
terminación de la tira.
Las pruebas de dilución en caldo fueron llevadas a cabo 
originalmente en tubos de ensayo y eran muy laboriosas. En la 
actualidad se dispone de sistemas preparados comercialmente 
en donde las diluciones de antibióticos se preparan en ban-
dejas de microtitulación preparadas, y la inoculación de las 
bandejas y la interpretación de las CMI están automatizadas. 
Los inconvenientes de estos sistemas son que la gama de 
los diferentes antibióticos viene determinada por la casa fa-
bricante y que el número de diluciones de un antibiótico dado 
es limitado. Por ello, puede no disponerse de los resultados 
en relación con antibióticos recientemente introducidos en 
el mercado. Las pruebas de difusión son laboriosas y la inter-
pretación del tamaño del área de inhibición puede ser subje-
tiva; sin embargo, la ventajas de estas pruebas es que puede 
probarse prácticamente cualquier antibiótico. La capacidad 
de ambos métodos de sensibilidad para predecir la respuesta 
clínica a un antibiótico es equivalente; por tanto, la selección 
de las pruebas viene determinada por consideraciones de 
tipo práctico.
Microorganismo
Métodos de detección
Microscopia Detección de antígenos
Pruebas basadas en 
ácidos nucleicos Cultivo
Detección de 
anticuerpos
Bacterias con forma en espiral
Treponema pallidum B D D D A
Borrelia burgdorferi C D A B A
Borrelia, otras especies A D D B D
Género Leptospira B D D B A
Micoplasmas y bacterias intracelulares obligadas
Mycoplasma pneumoniae D C A B A
Género Rickettsia B D C D A
Género Orientia B C C C A
Género Ehrlichia B C C C A
Género Anaplasma B C C C A
Coxiella burnetii C C C C A
Chlamydia trachomatis B B A B D
Chlamydophila pneumoniae D D B C B
Chlamydophila psittaci D D B D A
A, prueba generalmente útil para el diagnóstico; B, prueba útil en ciertas circunstancias o para el diagnóstico de formas específicas de la enfermedad; C, prueba que no 
se utiliza por lo general en los laboratorios diagnósticos o que se utiliza solamente en laboratorios de referencia especializados; D, prueba que por lo general no es útil.
Tabla 16-2 Métodos de detección de bacterias (cont.)
164 MICROBIOLOGÍA MÉDICA
PREGUNtAS
1. ¿Cuál es el factor más importante que influye 
en la recuperación de losmicroorganismos en la sangre 
recogida de los pacientes con sepsis?
2. ¿Qué microorganismos son causas importantes de faringitis 
bacteriana?
3. ¿Qué criterios se deben utilizar para valorar la calidad 
de una muestra del tracto respiratorio inferior?
4. ¿Qué métodos se emplean para detectar las tres bacterias 
más frecuentes que causan enfermedades de transmisión 
sexual?
Las respuestas a estas preguntas están disponibles en 
www.StudentConsult.es
BIBLIOGRAFÍA
Forbes B, et al: Bailey and Scott's diagnostic microbiology, ed 12, St 
Louis, 2007, Mosby. 
Mandell G, Bennett J, Dolin R: Principles and practice of infectious 
diseases, ed 7, New York, 2009, Churchill Livingstone. 
Versalovic J, et al: Manual of clinical microbiology, ed 10, Washington, 
DC, 2011, American Society for Microbiology Press. 
Tabla 16-3 Identificación preliminar de bacterias aisladas en cultivo
Microorganismo Propiedades
Staphylococcus aureus Cocos grampositivos en racimos; colonias grandes b-hemolíticas; catalasa-positivo, coagulasa-positivo
Streptococcus pyogenes Cocos grampositivos en cadenas largas; colonias pequeñas con una gran zona de b-hemólisis; catalasa-negativo, 
PyR-positivo (l-pirrolidonil arilamidasa)
Streptococcus pneumoniae Cocos grampositivos en parejas y cadenas cortas; colonias pequeñas a-hemolíticas; catalasa-negativo, soluble en bilis
Género Enterococcus Cocos grampositivos en parejas y cadenas cortas; colonias grandes a- o anhemolíticas; catalasa-negativo, 
PyR-positivo
Listeria monocytogenes Bacilos grampositivos pequeños; colonias pequeñas débilmente b-hemolíticas; motilidad característica (volteo)
Género Nocardia Bacilos delgados, filamentosos y ramificados, que se tiñen débilmente (tinciones de Gram y de ácido-alcohol 
resistencia modificada); crecimiento lento; colonias enmarañadas (hifas aéreas)
Rhodococcus equi Bacilos que se tiñen débilmente (tinciones de Gram y de ácido-alcohol resistencia modificada); inicialmente no se 
ramifican; cocos en los cultivos envejecidos; crecimiento lento; colonias de color rosa a rojo
Mycobacterium tuberculosis Bacilos muy ácido-alcohol resistentes; crecimiento lento; colonias apigmentadas; se identifica con empleo de sondas 
moleculares específicas
Enterobacterias Bacilos gramnegativos con tinción «bipolar» (más intensa en los extremos); por lo general células aisladas; colonias 
grandes; crecimiento en agar de MacConkey (puede fermentar la lactosa); oxidasa-negativos
Pseudomonas aeruginosa Bacilos gramnegativos con tinción uniforme; por lo general en parejas; colonias grandes que se extienden de 
color verde fluorescente, por lo general b-hemolíticas y con olor a fruta (parecido a uva); crecimiento en agar 
de MacConkey (no fermentador); oxidasa-positivos
Stenotrophomonas maltophilia Bacilos gramnegativos con tinción uniforme; por lo general en parejas; color verde-lavanda en agar sangre; 
crecimiento en agar de MacConkey (no fermentador); oxidasa-negativos
Género Acinetobacter Cocobacilos gramnegativos de gran tamaño dispuestos como células únicas o en parejas; retiene el violeta cristal 
y puede parecer cocos grampositivos gruesos en parejas; crecimiento en agar sangre y en agar de MacConkey 
(puede oxidar la lactosa y adoptar un aspecto débilmente púrpura); oxidasa-negativos
Género Campylobacter Bacilos gramnegativos finos y curvados, dispuestos en parejas (parejas en forma de S); crecimiento en medios muy 
selectivos para Campylobacter; no hay crecimiento en medios de rutina (agar sangre, agar chocolate o agar de 
MacConkey)
Género Haemophilus Cocobacilos gramnegativos pequeños, dispuestos en células únicas; crecimiento en agar chocolate pero no en agar 
sangre o agar de MacConkey; oxidasa-positivos
Género Brucella Cocobacilos gramnegativos muy pequeños, dispuestos en células únicas; crecimiento lento; no hay crecimiento 
en agar de MacConkey; biopeligroso
Género Francisella Cocobacilos gramnegativos muy pequeños, dispuestos en células únicas; crecimiento lento, no hay crecimiento 
en agar sangre ni en agar de MacConkey; biopeligroso
Género Legionella Bacilos gramnegativos finos que se tiñen débilmente; crecimiento lento; crecimiento en agar especializado; 
no hay crecimiento en agar sangre, agar chocolate ni agar de MacConkey
Clostridium perfringens Bacilos rectangulares grandes; no se observan esporas; crecimiento rápido de colonias que se extienden con una 
«doble zona» de hemólisis (zona grande de a-hemólisis con una zona más interna de b-hemólisis); anaerobio 
estricto
Grupo Bacteroides fragilis Bacilos gramnegativos, pleomórficos (longitudes diversas), que se tiñen débilmente; crecimiento rápido estimulado 
por bilis en medios; anaerobio estricto