Descarga la aplicación para disfrutar aún más
Vista previa del material en texto
122 © 2014. Elsevier España, S.L. Reservados todos los derechos 13Metabolismo y genética de las bacterias metABolismo BActeriAno Necesidades metabólicas El crecimiento bacteriano requiere una fuente de energía y la materia prima necesaria para fabricar las proteínas, las estructuras y las membranas que conforman la maquina- ria estructural y bioquímica de la célula. Las bacterias deben obtener o sintetizar los aminoácidos, los carbohidratos y los lípidos utilizados para fabricar las unidades («bloques») que constituyen las células. Las necesidades mínimas para el crecimiento son una fuente de carbono y nitrógeno, una fuente de energía, agua y diversos iones. Los elementos esenciales son los componentes de las proteínas, lípidos y ácidos nucleicos (C, O, H, N, S, P), iones importantes (K, Na, Mg, Ca, Cl) y componentes de las enzimas (Fe, Zn, Mn, Mo, Se, Co, Cu, Ni). El hierro es tan importante que muchas bacterias secretan proteínas es- peciales (sideróforos) para concentrarlo a partir de soluciones diluidas, y nuestros cuerpos secuestran el hierro para reducir su disponibilidad como método de protección. Aunque el oxígeno (gas O2) es esencial para el ser humano, en realidad constituye una sustancia tóxica para muchas bacte- rias. Algunos microorganismos (p. ej., Clostridium perfringens, causante de gangrena gaseosa) no pueden crecer en presencia de oxígeno. Este tipo de bacterias son conocidas como anaero- bias estrictas. En cambio, otras bacterias (p. ej., Mycobacterium tuberculosis, agente etiológico de la tuberculosis) requieren la presencia de oxígeno molecular para su crecimiento y, en consecuencia, se denominan aerobias estrictas. Sin embargo, la mayor parte de las bacterias puede crecer tanto en presencia como en ausencia de oxígeno, en cuyo caso reciben el nombre de anaerobias facultativas. Las bacterias aerobias producen las enzimas superóxido dismutasa y catalasa, que pueden detoxi- ficar el peróxido de hidrógeno y los radicales superóxido, que son los productos tóxicos del metabolismo aerobio. Las necesidades nutricionales y los metabolitos producidos pueden utilizarse también como método de clasificación de las diferentes bacterias. Algunas bacterias, como determinadas cepas de Escherichia coli (un elemento de la flora intestinal), pueden sintetizar todos los aminoácidos, nucleótidos, lípidos y carbohidratos necesarios para el crecimiento y la división, mientras que las necesidades para el crecimiento del germen responsable de la sífilis, Treponema pallidum, son tan com- plejas que todavía no se ha conseguido desarrollar un medio de cultivo para permitir su crecimiento en el laboratorio. Las bacterias que dependen exclusivamente de sustancias químicas inorgánicas y de una fuente de carbono (CO2) para producir energía se denominan autótrofas (litótrofas), mientras que las bacterias y las células animales que requieren fuentes de carbono orgánico se conocen como heterótrofas (organótro- fas). Los laboratorios de microbiología clínica diferencian a las bacterias por su capacidad de proliferar en fuentes de carbono específicas (p. ej., la lactosa) y por sus productos metabólicos finales (p. ej., etanol, ácido láctico, ácido succínico). Metabolismo, energía y biosíntesis Para sobrevivir, todas las células precisan de un aporte cons- tante de energía. Esta energía, habitualmente en forma de trifosfato de adenosina (ATP), se obtiene a partir de la de- gradación controlada de diversos sustratos orgánicos (carbohi- dratos, lípidos y proteínas). Este proceso de degradación de los sustratos y de su conversión en energía utilizable se conoce como catabolismo. La energía así obtenida puede emplearse luego en la síntesis de los componentes celulares (paredes celulares, proteínas, ácidos grasos y ácidos nucleicos), proceso que recibe el nombre de anabolismo. El conjunto de estos dos procesos, que están muy interrelacionados e integrados, se conoce como metabolismo intermedio. Por regla general, el proceso metabólico comienza en el am- biente celular externo con la hidrólisis de grandes macromolé- culas por parte de enzimas específicas (fig. 13-1). Las moléculas de menor tamaño así obtenidas (monosacáridos, péptidos cortos y ácidos grasos) son transportadas luego a través de las membranas celulares hacia el interior del citoplasma por medio de unos mecanismos de transporte (activos o pasivos) específicos de cada metabolito. Estos mecanismos pueden utilizar un transportador (carrier) específico o bien proteínas de transporte de membrana con el fin de concentrar metabolitos a partir del medio extracelular. Los metabolitos se transforman en un producto intermedio universal, el ácido pirúvico, a través de una o más rutas. A partir del ácido pirúvico, los carbonos se pueden destinar a la producción de energía o bien a la síntesis de nuevos carbohidratos, aminoácidos, lípidos y ácidos nucleicos. Metabolismo de la glucosa En un intento de simplificación, en este apartado se presenta una visión general de las rutas metabólicas mediante las cuales se metaboliza la glucosa, el hidrato de carbono por excelencia, para la producción de energía u otros sustratos utilizables. En lugar de liberar toda la energía de la molécula en forma de calor (de manera semejante a la combustión), las bacterias de- gradan la glucosa en pasos independientes para poder captar la energía así producida en formas utilizables. Las bacterias producen energía a partir de la glucosa a través de (enume- rados por orden creciente de eficiencia): fermentación, res- piración anaerobia (en ambos casos en ausencia de oxígeno) o respiración aerobia. La respiración aerobia logra convertir los seis átomos de carbono de la glucosa en CO2 y agua (H2O) además de energía, mientras que los metabolitos finales de la fermentación son compuestos de dos y tres átomos de car- bono. Se remite al lector interesado en una descripción más detallada del metabolismo a un libro de texto de bioquímica. Ruta de Embden-Meyerhof-Parnas Para el catabolismo de la glucosa, las bacterias utilizan tres rutas metabólicas principales. La más frecuente es la llama- da ruta glucolítica o ruta de Embden-Meyerhof-Parnas (EMP) (fig. 13-2) para la conversión de la glucosa en piruvato. Estas reacciones, que ocurren en condiciones tanto aerobias MEtABOLISMO y GENÉtICA DE LAS BACtERIAS 123 © E ls ev ie r. Fo to co pi ar s in a ut or iz ac ió n es u n de lit o. como anaerobias, comienzan con la activación de la glucosa para formar glucosa-6-fosfato. Esta reacción, así como la tercera reacción de la ruta (en la que la fructosa-6-fosfato se convierte en fructosa-1,6-difosfato) requiere la utilización de 1 mol de ATP por mol de glucosa y representa la inversión inicial de los depósitos de energía celulares. Durante la glucólisis, la energía se produce de dos formas diferentes: química y electroquímica. En la primera, para generar ATP a partir del difosfato de adenosina (ADP) y bajo la dirección de la enzima apropiada (una cinasa), se utiliza el grupo fosfato de alta energía de uno de los productos intermedios de la ruta metabólica. Este tipo de reacción, de- nominada fosforilación a nivel de sustrato, tiene lugar en dos puntos diferentes de la ruta glucolítica (en la conversión del 3-fosfoglicerol-fosfato en 3-fosfoglicerato y en la conversión del ácido 2-fosfoenolpirúvico en piruvato). Esta vía produce cuatro moléculas de ATP por cada mo- lécula de glucosa. Sin embargo, se consumen dos moléculas de ATP en las reacciones iniciales, por lo que la conversión glucolítica de la glucosa en dos moléculas de ácido pirúvico se traduce en la producción neta de dos moléculas de ATP, dos moléculas de nicotinamida-adenina dinucleótido (NADH) reducida y dos moléculas de piruvato. A continuación la NADH puede convertirse en ATP en presencia de oxígeno y tras una serie de reacciones de oxidación. En ausencia de oxígeno, el principal medio de produc- ción de energía radicaen la fosforilación a nivel de sustrato. Según la especie bacteriana y en un proceso conocido como fermentación, el ácido pirúvico producido por glucólisis es convertido posteriormente en diversos productos metabólicos finales. Muchas bacterias se identifican según estos productos metabólicos finales del proceso de fermentación (fig. 13-3). En mayor medida que el oxígeno, estas moléculas orgánicas son utilizadas como aceptores de electrones para reciclar la forma reducida NADH (producida durante la glucólisis) en la forma no reducida NAD. En las levaduras, el metabolismo fermentativo ocasiona la conversión del piruvato en etanol y CO2. En cambio, la fermentación alcohólica es infrecuente en las bacterias, en las que es más frecuente la conversión de ácido pirúvico en ácido láctico en un solo paso. Este proceso es responsable de la transformación de la leche en yogur y del repollo en chucrut. Otras bacterias utilizan rutas de fermen- tación más complejas, con formación de ácidos, alcoholes y, a menudo, gases (muchos de los cuales presentan un olor desa- gradable). Estos productos proporcionan, asimismo, sabor a diversos quesos y vinos y olores a infecciones de heridas y de otros tipos. Ciclo del ácido tricarboxílico En presencia de oxígeno, el ácido pirúvico producido a partir de la glucólisis y el metabolismo de otros sustratos puede ser oxidado por completo (combustión controlada) hasta H2O y Figura 13-2 La ruta glucolítica de Embden-Meyerhof-Parnas provoca la conversión de glucosa en piruvato. ADP, difosfato de adenosina; ATP, tri- fosfato de adenosina; iPO4, fosfato inorgánico; NAD, nicotinamida-adenina dinucleótido; NADH, forma reducida de NAD. Figura 13-1 El catabolismo de las proteínas, los polisacáridos y los lípidos produce glucosa, piruvato o productos intermedios del ciclo del ácido tricarboxílico (ATC) y, finalmente, energía en forma de trifosfato de adenosina (ATP) o de la forma reducida de la nicotinamida-adenina dinucleótido (NADH). CoA, coenzima A. 124 MICROBIOLOGÍA MÉDICA CO2 a través del llamado ciclo del ácido tricarboxílico (ATC) (fig. 13-4), mediante el cual se produce energía adicional. El proceso comienza con una descarboxilación oxidativa (con liberación de CO2) del piruvato, el cual se convierte en un producto metabólico altamente energético, el acetilcoenzima A (acetil-CoA); esta reacción también produce NADH. Los otros dos carbonos procedentes del piruvato entran a continuación en el ciclo del ATC en forma de acetil-CoA por condensación con oxalacetato y se forma una molécula de citrato de seis átomos de carbono. En una serie escalonada de reacciones de tipo oxidativo, el citrato se convierte de nuevo en oxalacetato, con la producción teórica por cada molécula de piruvato de 2 moles de CO2, 3 moles de NADH, 1 mol de flavina-adenina-dinucleótido (FADH2) y 1 mol de trifosfato de guanosina (GPT). El ciclo del ATC permite al organismo generar una canti- dad mucho mayor de energía por mol de glucosa que la que se conseguiría exclusivamente a partir de la glucólisis por sí sola. Además del GTP (un equivalente del ATP) producido por la fosforilación a nivel de sustrato, las moléculas de NADH y FADH2 generan ATP a partir de la cadena de transporte de electrones. En esta cadena, los electrones transportados por NADH (o por FADH2) pasan de forma gradual a través de una serie de pares de donantes-aceptores, con la producción final de oxígeno (respiración aerobia) u otro aceptor terminal de electrones (nitrato, sulfato, CO2, ión férrico) (respiración anaerobia). Los microorganismos anaerobios son menos eficientes que los aerobios para la producción de energía. La fermentación, en la que no interviene la cadena de transporte de electro- nes ni un ciclo completo de ATC, produce solamente dos moléculas de ATP por molécula de glucosa, mientras que el metabolismo aerobio puede generar 19 veces más energía (38 moléculas de ATP) con el mismo sustrato inicial (y resulta mucho menos olorosa) (fig. 13-5). La respiración anaerobia utiliza moléculas orgánicas como aceptores de electrones, lo que produce menos ATP por cada NADH que la respiración aerobia. Figura 13-3 La fermentación del piruvato por diferentes microorganis- mos produce la aparición de distintos productos metabólicos finales. El laboratorio utiliza estas rutas y productos metabólicos finales para diferenciar las distintas bacterias. Figura 13-4 El ciclo del ácido tricarboxílico es de tipo anfibólico. tam- bién se muestran los precursores de la síntesis de aminoácidos y los nu- cleótidos. CoA, coenzima A; FADH2, forma reducida del flavina adenina dinucleótido; GTP, trifosfato de guanosina; NADH, forma reducida de nicotinamida-adenina dinucleótido. Figura 13-5 Metabolismo aerobio de la glucosa. La máxima cantidad teórica de trifosfato de adenosina (ATP) que se puede obtener a partir de una molécula de glucosa es 38, aunque el rendimiento real depende del germen y de otras condiciones. ATC, ácido tricarboxílico; FADH2, forma reducida del flavina adenina dinucleótido; GTP, trifosfato de guanosina; NADH, forma reducida de nicotinamida-adenina dinucleótido. MEtABOLISMO y GENÉtICA DE LAS BACtERIAS 125 © E ls ev ie r. Fo to co pi ar s in a ut or iz ac ió n es u n de lit o. Además de una generación eficiente de ATP a partir de la glucosa (y también de otros carbohidratos), el ciclo del ATC constituye un medio por el cual los carbonos procedentes de los lípidos (en forma de acetil-CoA) pueden desviarse hacia la producción de energía o la generación de precursores biosin- téticos. De manera semejante, el ciclo incluye diversas etapas a las que se pueden incorporar aminoácidos desaminados (v. fig. 13-4). Por ejemplo, mientras que la desaminación del ácido glutámico da lugar a a-cetoglutarato, la desaminación del ácido aspártico origina oxalacetato (ambos son metabo- litos intermedios del ciclo del ATC). Por tanto, el ciclo del ATC posee las siguientes funciones: 1. Es el principal mecanismo de generación de ATP. 2. Actúa como ruta metabólica final común para la oxida- ción completa de aminoácidos, ácidos grasos y carbohi- dratos. 3. Proporciona productos metabólicos intermedios clave (p. ej., a-cetoglutarato, piruvato, oxalacetato) para la síntesis final de aminoácidos, lípidos, purinas y pirimi- dinas. Las últimas dos funciones convierten al ciclo del ATC en un ciclo anfibólico (es decir, un ciclo que puede actuar en las funciones anabólicas y catabólicas de la célula). Ruta de las pentosas fosfato La ruta metabólica final del metabolismo de la glucosa que se estudia aquí recibe el nombre de ruta de las pentosas fosfato o ruta de las hexosas monofosfato. La función de esta ruta metabólica consiste en proporcionar precursores así como poder reductor en forma de nucleótido de nicoti- namida y adenina fosfato (forma reducida) (NADPH) que se utilizará en la biosíntesis. En la primera mitad de la ruta, la glucosa se transforma en ribulosa-5-fosfato (con consumo de 1 mol de ATP y generación de 2 moles de NADPH por mol de glucosa). A continuación, la ribulosa-5-fosfato se convierte en ribosa-5-fosfato (un precursor de la biosíntesis de nucleótidos) o alternativamente puede convertirse en xilulosa-5-fosfato. En las restantes reacciones de esta ruta se utilizan varias enzimas, conocidas como transcetolasas y transaldolasas, para generar diversos tipos de azúcares, que a su vez pueden funcionar como precursores de la biosíntesis o desviarse de nuevo a la ruta glucolítica para generar energía. los genes BActeriAnos y su exPresión El genoma bacteriano es todo el conjunto de genes que tiene la bacteria, tanto en su cromosoma como en sus elementos ge- néticos extracromosómicos, si existen. Los genes son secuen- cias de nucleótidos con una función biológica y entre ellos se encuentran los genes estructurales relacionados con las proteínas (cistrones, que son genes codificadores), los genes del ácido ribonucleico(ARN) y los sitios de reconocimiento y unión de otras moléculas (promotores y operadores). Cada genoma contiene muchos operones, que están constituidos por genes. Los genes pueden ser agrupados también en is- lotes, como los islotes de patogenicidad, que comparten funciones o que coordinan su control. Las bacterias suelen tener sólo una copia de sus cromo- somas (es decir, son haploides), mientras que los eucariotas suelen tener dos copias distintas de cada cromosoma (son, por consiguiente, diploides). Con sólo un cromosoma, la alteración de un gen bacteriano (mutación) tendrá un efecto más evidente sobre la célula. Además, la estructura del cro- mosoma bacteriano se mantiene por las poliaminas, como espermina y espermidina, más que por las histonas. Las bacterias también pueden contener elementos gené- ticos extracromosómicos como plásmidos y bacteriófagos (virus bacterianos). Estos elementos son independientes del cromosoma bacteriano y en la mayor parte de los casos se pueden transmitir de una célula a otra. Transcripción La información existente en la memoria genética del ácido desoxirribonucleico (ADN) se transcribe en una molécula de un ARN mensajero (ARNm) para su posterior traducción en proteínas. La síntesis del ARNm ocurre por medio de una ARN-polimerasa dependiente del ADN. El proceso comienza cuando el factor sigma reconoce una secuencia específica de nucleótidos en el ADN (el promotor) y se une firmemente a ella. Las secuencias promotoras se disponen inmediatamente por delante del comienzo de la secuencia de ADN que realmente codifica una proteína. Los factores sigma se fijan a estos promotores con el objeto de proporcionar un punto de acoplamiento a la ARN-polimerasa. Asimismo, algunas bacterias codifican varios factores sigma para permitir la transcripción de un grupo de genes en condiciones especia- les, como shock térmico, inanición, metabolismo especial del nitrógeno o esporulación. Tras la unión de la polimerasa a una secuencia adecuada del ADN, se inicia la síntesis del ARN mediante la adición secuencial de los ribonucleótidos complementarios a aque- lla molécula. La ARN-polimerasa se disocia del ADN (un proceso que está mediado por «señales» existentes en el interior del ADN) cuando se ha transcrito la totalidad de un gen o un grupo de ellos (operón). La ARN-polimerasa dependiente del ADN es inhibida por la rifampicina, un antibiótico utilizado a menudo en el tratamiento de la tuber- culosis. Igualmente, a partir del ADN se transcribe el ARN de transferencia (ARNt), el cual se utiliza en la síntesis de las proteínas, y el ARN ribosómico (ARNr), el cual forma parte de los ribosomas. Los promotores y operadores controlan la expresión de un gen determinando qué secuencias se transcriben en el ARNm. Los operones son grupos de uno o más genes estructurales expresados a partir de un promotor concreto y que terminan en un terminador de la transcripción. Por tanto, todos los genes que codifican las enzimas implicadas en una vía con- creta se pueden regular de forma coordinada. Los operones con muchos genes estructurales se llaman policistrónicos. El operón E. coli lac contiene todos los genes necesarios para el metabolismo de la lactosa y también los mecanismos de control para detener (en presencia de glucosa) o poner en marcha (en presencia de inductores o galactosa) estos genes exclusivamente cuando se necesitan. El operón lac incluye una secuencia represora, otra promotora y genes estructurales para la enzima b-galactosidasa, para una permeasa y para una acetilasa (fig. 13-6). El operón lac se analiza más adelante en este mismo capítulo. Traducción La traducción es el proceso por el cual el código genético en forma de ARNm se convierte (traduce) en una secuencia de aminoácidos, el producto proteico. El lenguaje y los sig- nos de puntuación del código genético para cada aminoácido vienen condicionados por un conjunto de tres nucleótidos, que se denomina codón. Existen 64 combinaciones de codo- nes distintas, que codifican los 20 aminoácidos, además de los codones de inicio y terminación. Algunos de los aminoácidos se codifican mediante más de un codón. Este fenómeno se denomina degeneración del código genético y puede actuar 126 MICROBIOLOGÍA MÉDICA para proteger a la célula de los efectos de mutaciones leves del ADN o el ARNm. Cada molécula de ARNt contiene una secuencia de tres nucleótidos que es complementaria de una de las secuencias del codón. Esta secuencia de ARNt se conoce como anticodón, y permite el apareamiento de bases y la unión al codón presente en el ARNm. En el extremo opuesto del ARNt se encuentra unido el aminoácido que corresponde a cada pareja específica codón-anticodón. El proceso de síntesis de proteínas (fig. 13-7) comienza con la fijación de la subunidad ribosómica 30S y un ARNt iniciador especial de la formil-metionina (fMet) al codón de iniciación metionina (AUG) para formar el llamado com- plejo de iniciación. A continuación, la subunidad ribosómi- ca 50S se fija al complejo para iniciar así la síntesis del ARNm. El ribosoma contiene dos zonas para la fijación del ARNt, el lugar A (aminoacilo) y el lugar P (peptidilo), cada uno de los cuales permite el emparejamiento de bases del ARNt fijado y la secuencia del codón del ARNm. El ARNt corres- pondiente al segundo codón ocupa el lugar A. El grupo amino del aminoácido unido al lugar A forma un puente peptídico con el grupo carboxilo del aminoácido que se encuentra en el lugar P, en una reacción conocida como transpeptidación, y el ARNt vacío en el lugar P (ARNt no cargado) se separa del ribosoma. A continuación, el ribosoma avanza exactamente tres nucleótidos en la molécula de ARNm, con lo que se transfiere el ARNt al nuevo péptido unido al lugar P y coloca el siguiente codón en el lugar A. Un ARNt cargado se acerca al lugar A, y el proceso comienza de nuevo. La traducción continúa hasta que el codón nuevo del lugar A corresponde a uno de los codones de terminación (para el cual no existe ningún ARNt correspondiente). En ese momento, la nueva proteína se libera al citoplasma y el complejo de traducción se desmonta o el ribosoma se desplaza hasta el siguiente codón de iniciación para comenzar la formación de una nueva proteí- na. La capacidad de desplazamiento a lo largo de la molécula de ARNm para formar una nueva proteína caracteriza al ribosoma 70S de las bacterianas, pero no al ribosoma 80S de los eucariotas. La restricción eucariótica tiene implicaciones en la síntesis de proteínas de algunos virus. El proceso de síntesis de proteínas por el ribosoma 70S constituye un objetivo importante de la acción de los agen- tes antimicrobianos. Así, tanto los aminoglucósidos (p. ej., Figura 13-6 A, El operón de la lactosa se transcribe en forma de ARN mensajero (ARNm) policistrónico a partir del promotor (P), y se traduce en tres proteínas: b-galactosidasa (Z), permeasa (Y) y acetilasa (A). El gen codifica la proteína represora. B, El operón de la lactosa no se transcribe en ausencia de un inductor de la alolactosa, puesto que el represor compite con la ARN polimerasa en el locus del operador (O). C, A causa de un cambio de conformación del represor (que forma un complejo con el inductor), aquél no reco- noce al operador. Por tanto, el operón lac se transcribe débilmente. D, En presencia de lactosa como fuente de carbono, Escherichia coli puede crecer en un medio pobre. tanto el inductor como el complejo PAC-AMPc están unidos al promotor, que se encuentra totalmente «activado», y se transcribe y traduce un gran número de moléculas de ARNm lac. E, El crecimiento de E. coli en un medio pobre sin lactosa conducirá a la unión del complejo PAC-AMPc a la región del promotor, así como la unión del represor activo a la secuencia del operador, puesto que no existe ningún inductor disponible. El resultado será que el operón lac no experimentará la transcripción. AMPc, monofosfato cíclico de adenosina;ATP, trifos- fato de adenosina; PAC, proteína activa del gen catabolito. MEtABOLISMO y GENÉtICA DE LAS BACtERIAS 127 © E ls ev ie r. Fo to co pi ar s in a ut or iz ac ió n es u n de lit o. estreptomicina y gentamicina) como las tetraciclinas se unen a la subunidad menor del ribosoma y provocan una inhibición de la función normal de éste. De manera semejante, los an- tibióticos del grupo de los macrólidos (p. ej., eritromicina) y lincosamidas (p. ej., clindamicina) actúan uniéndose a la subunidad mayor del ribosoma. Igualmente, los péptidos formil metionina (p. ej., fmet-leu-fen) atraen neutrófilos al sitio de infección. Control de la expresión génica Las bacterias han desarrollado mecanismos para adaptarse con rapidez y eficiencia a los cambios y estímulos ambientales, lo que les permite coordinar y regular la expresión de los genes para las estructuras con múltiples componentes o las enzimas de una o más vías metabólicas. Por ejemplo, el cambio de temperatura podría indicar la entrada al hospedador humano e indicar la necesidad de un cambio global del metabolismo y la regulación al alza de algunos genes importantes para el parasitismo o la virulencia. Muchos genes bacterianos se con- trolan a múltiples niveles y por distintos métodos. Se puede conseguir un cambio coordinado en la expresión de muchos genes, como se necesita para la esporulación, usando un factor sigma distinto para la ARN polimerasa. Esto modificaría la especificidad de la ARN polimerasa y permitiría la síntesis del ARNm para los genes necesarios, al tiempo que evitaría genes innecesarios. Las bacterias pueden producir más de seis factores sigma distintos para conseguir una regulación global de la respuesta al estrés, el shock, el ayuno o para coordinar la producción de estructuras com- plicadas, como los flagelos. La coordinación de un gran número de procesos de forma global también se puede conseguir a través de pequeños acti- vadores moleculares, como el monofosfato cíclico de adeno- sina (AMPc). El aumento de las concentraciones de AMPc indica una baja concentración de glucosa y la necesidad de utilizar vías metabólicas alternativas. De modo similar, en un proceso denominado quorum sensing (percepción de quórum), cuando hay un número suficiente de bacterias que producen una molécula pequeña específica, se desconectan los genes de virulencia y otros. El estímulo para la producción de la biopelícula en las especies de Pseudomonas es una con- centración crítica de Nacil homoserina lactona (AHL) que se produce cuando existe un número suficiente de bacterias (hay quórum). La activación de la producción de toxinas y la conducta más virulenta de Staphylococcus aureus se asocian al aumento de la concentración de un péptido cíclico. Para coordinar la expresión de un grupo más limitado de genes, como los implicados en un proceso metabólico es- pecífico, los genes para las enzimas necesarias se organizan en un operón. El operón se encuentra bajo control de una secuencia de ADN promotora o represora, que puede activar o desactivar la expresión de un gen o grupo de genes para coordinar la producción de las enzimas necesarias y permitir a las bacterias reaccionar frente a los cambios en las concen- traciones de nutrientes. Los genes responsables de algunos mecanismos de la virulencia se organizan en un islote de patogenicidad que está bajo el control de un solo promotor, lo que permite su expresión exclusivamente en condiciones apropiadas (para las bacterias). Los muchos componentes de los sistemas de secreción de tipo III de E. coli, Salmonella o Yersinia se agrupan dentro de un islote de patogenicidad. La transcripción también se puede regular mediante el proceso de traducción. A diferencia de lo que sucede en los eucariotas, en los procariotas la ausencia de una membrana nuclear permite la unión del ribosoma al ARNm conforme se transcribe a partir del ADN. La posición y la velocidad de desplazamiento del ribosoma a lo largo del ARNm pueden modificar la presencia de bucles en el ARNm y la capacidad de la polimerasa de transcribir el ARNm nuevo. Esto permite controlar la expresión génica tanto a nivel de la transcripción como de la traducción. El inicio de la transcripción puede estar sometido a unos mecanismos de control positivo o negativo. Los genes so- metidos a un control negativo se expresan a menos que una proteína represora los desconecte. Esta proteína impide la ex- presión del gen al unirse a una secuencia específica del ADN, el denominado operador, lo que impide que la polimerasa de ARN inicie la transcripción en el promotor. Por el contrario, los genes cuya expresión se encuentra sometida a un control positivo tan sólo se transcriben en presencia de una proteína reguladora activa denominada apoinductor. El apoinductor se une a una secuencia específica del ADN y colabora con la ARN polimerasa en los pasos iniciales mediante un mecanis- mo desconocido. Los operones pueden ser inducibles o represibles. La introducción de un sustrato (inductor) en el medio de creci- miento puede inducir un aumento de la expresión por parte del operón de las enzimas necesarias para el metabolismo de dicho compuesto. La acumulación de los productos finales (correpresores) de una ruta puede «señalar» la necesidad de desconectarla o reprimirla mediante una disminución de la síntesis de sus enzimas. El operón de la lactosa (lac), encargado de la degradación de este hidrato de carbono, es un operón inducible que se encuentra sometido a una regulación tanto positiva como negativa (v. fig. 13-6). Normalmente, la bacteria utiliza glucosa y no lactosa. En ausencia de lactosa, la proteína re- presora se fija a la secuencia del operador y el operón queda reprimido, con lo que se impide la función normal de la ARN polimerasa. Sin embargo, la adición de lactosa invierte esta represión en ausencia de glucosa. La expresión completa del operón lac también exige la presencia de un mecanismo de control positivo mediado por proteínas. En E. coli, cuando Figura 13-7 Síntesis de las proteínas bacterianas. 1, La unión de la subuni- dad 30S al ARN mensajero (ARNm) con la formil metionina-ARN de transferen- cia (fmet-ARNt) situada en el codón de iniciación AUG permite el ensamblaje del ribosoma 70S. El fmet-ARNt se une al sitio peptidilo (P). 2, El siguiente ARNt se acopla al codón correspondiente en el sitio A y «acepta» la cadena peptídica en formación. 3 y 4, Antes de la translocación al sitio peptidilo. 5, El proceso se repite hasta llegar a un codón de terminación en el que la proteína se libera. 128 MICROBIOLOGÍA MÉDICA disminuye la concentración de glucosa en la célula, aumenta el AMPc para favorecer el consumo de otros azúcares para el metabolismo. La unión de AMPc a una proteína denominada proteína activadora de genes por catabolito (PAC) permite la unión a una secuencia específica de ADN presente en el promotor. El complejo PAC-AMPc favorece la unión de la ARN polimerasa al promotor, con lo que se traduce en un incremento de la frecuencia de inicio de la transcripción. El operón del triptófano (operón trp) contiene los genes estructurales necesarios para la biosíntesis de este aminoácido y se halla sometido a unos mecanismos de control dobles de la transcripción (fig. 13-8). Aunque el triptófano es esencial para la síntesis de proteínas, su presencia en concentraciones excesivas puede resultar tóxica para la célula, por lo que su síntesis debe estar regulada. A nivel de ADN, el aumento de la concentración intracelular de triptófano activa la proteína represora para inhibir el proceso de transcripción. Respecto a la síntesis de proteínas, la traducción rápida de un «péptido de prueba» al comienzo del ARNm en presencia de triptó- fano permite la formación de un asa bicatenaria en el ARN, lo cual pone fin al proceso de transcripción. Este asa se forma también cuando no tiene lugar la síntesis de proteínas, una situaciónque tampoco requeriría la síntesis de triptófano. Ambos mecanismos regulan la síntesis de triptófano a nivel del ARNm en un proceso denominado atenuación en el que se registra una interrupción prematura de la síntesis del ARNm. La expresión de los componentes de los mecanismos de virulencia también se regula de forma coordinada a partir de un operón. Algunos estímulos sencillos, como la tempera- tura, la osmolaridad, el pH, la disponibilidad de nutrientes o la concentración de algunas moléculas pequeñas específicas, como el hierro o el oxígeno, pueden activar o desactivar la transcripción de un solo gen o grupo de genes. Los genes que codifican la capacidad invasiva de Salmonella dentro de un islote de patogenicidad se activan ante una osmolaridad elevada y una concentración de oxígeno baja, condiciones ambas que se producen en el tubo digestivo o en una vesícula endosómica en el interior de un macrófago. E. coli percibe que ha abandonado el intestino del hospedador por el descenso de la temperatura e inactiva sus genes de adherencia. Unas concentraciones bajas de hierro pueden activar la expresión de hemolisina en E. coli o la toxina diftérica en Corynebac terium diphtheriae, posiblemente para destruir las células y conseguir hierro. Ya se han comentado los mecanismos de quorum sensing para los factores de virulencia de S. aureus y la producción de la biopelícula en las especies de Pseudomonas. En la figura 13-9 se presenta un ejemplo de control coordi- nado de los genes de virulencia de S. aureus atendiendo a la velocidad de crecimiento, la disponibilidad de metabolitos y la presencia de quórum. Replicación del ADN La replicación del cromosoma bacteriano se desencadena por una cascada de sucesos relacionados con la velocidad de cre- cimiento de la célula. La replicación del ADN bacteriano se Figura 13-8 Regulación del operón del triptófano (trp). A, El operón trp codifica las cinco enzimas necesarias para la biosíntesis del triptófano. Este operón se encuentra sometido a un doble control. B, La conformación de la proteína represora inactiva cambia tras la unión con el triptófano correpre- sor. El represor activo resultante (R) se une luego al operador (O), bloquean- do así cualquier posible transcripción del ARNm trp por la ARN polimerasa. C, El operón trp se encuentra también bajo el control de un mecanismo de atenuación-antiterminación. A la derecha de los genes estructurales se encuentran el promotor (P), el operador y un adelantado (leader) (L), que pueden transcribirse en un péptido corto con dos triptófanos en la proximidad del extremo distal (W). El ARNm adelantado posee cuatro repeticiones (1, 2, 3 y 4), que pueden aparearse de distinta forma según la disponibilidad de triptófano, lo que ocasiona una interrupción precoz de la transcripción del operón trp o su transcripción completa. En presencia de una elevada concentración de triptófano, las regiones 3 y 4 del ARNm adelantado pueden aparearse y formar una horquilla terminadora, en cuyo caso no ocurre la transcripción del operón trp. Sin embargo, en presencia de una cantidad escasa o nula de triptófano, los ribosomas se atascan en la región 1 cuando traducen el péptido adelantado debido al tándem de codones de triptófano. A continuación, pueden aparearse las regiones 2 y 3, formando la horquilla antiterminación y ocasionando la transcripción de los genes trp. Finalmente, se pueden aparear las regiones 1:2 y 3:4 del ARNm adelantado libre, ocasionando de este modo una interrupción de la transcripción antes de la aparición del primer gen estructural trpE. A, adenina; G, guanina; T, timina. MEtABOLISMO y GENÉtICA DE LAS BACtERIAS 129 © E ls ev ie r. Fo to co pi ar s in a ut or iz ac ió n es u n de lit o. inicia en una secuencia específica del cromosoma denominada oriC. Aparte de otras enzimas, el proceso de replicación exige la participación de una enzima (helicasa) capaz de desenro- llar el ADN y exponerlo, otra enzima (primasa) capaz de sintetizar los cebadores que inician el proceso y una enzima o enzimas (ADN polimerasas dependientes de ADN) que únicamente sintetizan una copia del ADN en presencia de una secuencia cebadora a la que añadir nucleótidos y tan sólo trabajan en dirección 59 a 39. El ADN nuevo se sintetiza de forma semiconservadora y utilizando como plantillas ambas cadenas del ADN de la célula progenitora. La síntesis del nuevo ADN tiene lugar en una horquilla de crecimiento y sigue un curso bidireccional. Mien- tras una de las cadenas (cadena adelantada o leading strand) se copia de manera continua en la dirección 59-39, la otra cadena (cadena rezagada o lagging strand) ha de sintetizarse en forma de numerosas piezas de ADN a partir de cebadores de ARN (fragmentos de Okazaki). A medida que se expone su estructura, el ADN de la cadena rezagada ha de extenderse en la dirección 59-39. A continuación, la enzima ADN ligasa se encarga de unir las piezas (fig. 13-10). Para mantener el alto grado de precisión que exige el proceso de replicación, las ADN polimerasas poseen unas «funciones de corrección» (proofreading functions) que permiten a la enzima confirmar que se ha insertado el nucleótido correcto y corregir así los posibles errores que pudieran cometerse. Durante la fase logarítmica de crecimiento en un medio rico, pueden tener lugar numerosos «inicios» del proceso de replicación cromosó- mica antes de que tenga lugar la división celular. Este proceso genera una serie de nidos de burbujas en los cromosomas hijos, cada uno de los cuales contiene su propio par de horquillas de crecimiento para efectuar la síntesis de una nueva molécula de ADN. La polimerasa se desplaza a lo largo de la cade- na de ADN e incorpora en cada posición el nucleótido (com- plementario) adecuado. La replicación finaliza cuando las dos horquillas de replicación se encuentran a 180° desde el origen. El proceso de replicación del ADN impone una enorme fuerza de torsión sobre la molécula circular de ADN cromosómico, la cual se contrarresta por la acción de las topoisomerasas (p. ej., girasa) que superenrollan el ADN. Las topoisomerasas son enzimas clave para las bacterias y constituyen el objetivo de los antibióticos del grupo de las quinolonas. Crecimiento bacteriano La replicación bacteriana es un proceso coordinado durante el cual se producen dos células hijas idénticas. Su crecimiento exige la presencia de suficientes metabolitos para permitir la síntesis de los componentes bacterianos y, especialmente, de los nucleótidos destinados a la síntesis del ADN. Al igual que pasa con una cuenta atrás en el Kennedy Space Center, para que se inicie un proceso de replicación debe producirse una cascada de distintos episodios reguladores (la síntesis de ARN y proteínas clave). Sin embargo, y una vez iniciada, la síntesis del ADN debe llegar hasta el final, aun en el caso de desaparición de los nutrientes del medio. La replicación cromosómica se inicia en la membrana y cada cromosoma hijo se ancla a una porción diferente de la misma. Los procesos de formación de la membrana bacteria- na, síntesis de peptidoglucano y división celular se llevan a cabo de forma coordinada. A medida que crece la membrana bacteriana, los cromosomas hijos se separan. El comienzo de la replicación cromosómica también inicia el proceso de división celular, la cual se puede visualizar por el comienzo de la formación del tabique que separará a las dos células hijas (fig. 13-11; v. también cap. 12). Pueden ponerse en marcha nuevos episodios de iniciación incluso antes de que haya terminado la replicación cromosómica y la división celular. El agotamiento de metabolitos (inanición) o la aparición de productos metabólicos tóxicos (p. ej., alcohol) desencade- na la producción de alarmonas químicas, las cuales provocan la interrupción de la síntesis, aunque los procesos degrada- tivos continúan su curso. La síntesis de ADN prosigue hasta completar la formaciónde todos los cromosomas y a pesar del efecto perjudicial que ello pudiera tener sobre la célula. Los ribosomas se desintegran para formar precursores de desoxirribonucleótidos, el peptidoglucano y las proteínas se degradan, y la célula se contrae. Puede comenzar la formación del tabique, aunque es posible que la célula no se divida por lo que morirá un gran número de células. En ciertas especies, algunas señales de este tipo pueden iniciar un proceso de es- porulación (v. cap. 12). Dinámica poblacional Cuando se añaden bacterias a un medio de cultivo nuevo, an- tes de empezar a dividirse ha de transcurrir un cierto tiempo de adaptación al nuevo ambiente (fig. 13-12). Este intervalo se conoce como fase de latencia del crecimiento. Durante la llamada fase logarítmica (log) o exponencial, las bacterias se dividen con un tiempo de duplicación característico de la cepa y determinado por las condiciones imperantes. El número de bacterias aumenta a razón de 2n, donde n repre- senta el número de generaciones (duplicación del número de bacterias). Finalmente, los metabolitos del cultivo se agotan o bien aparece en su seno alguna sustancia tóxica; en ese momento, las bacterias interrumpen su crecimiento y pasan a la llamada fase estacionaria. genéticA BActeriAnA Mutación, reparación y recombinación Es importante que el ADN se replique de forma precisa para que las bacterias sobrevivan, pero se producen errores y alteraciones accidentales del ADN. Las bacterias tienen sis- temas de reparación del ADN eficientes, pero aún se siguen produciendo mutaciones y alteraciones en el ADN. La mayor parte de estas mutaciones tienen escaso efecto sobre las bac- terias o resultan negativas, pero algunas mutaciones pueden proporcionar una ventaja selectiva para la supervivencia de las bacterias cuando se ven amenazadas por el entorno, el hospedador o el tratamiento. Mutaciones y sus consecuencias Una mutación se define como cualquier modificación de la secuencia de bases del ADN. Un cambio de una sola base puede ocasionar una transición, en la que una purina es sus- tituida por otra purina o una pirimidina es reemplazada por otra pirimidina. También puede aparecer una transversión, en la que una purina es sustituida por una pirimidina o viceversa. Una mutación silenciosa es una modificación del ADN que no provoca cambios en la secuencia de aminoácidos de la proteína codificada. Este tipo de mutación se debe a que un aminoácido puede estar codificado en más de un codón. Aun- que una mutación de sentido erróneo (missense) es aquella que comporta la inserción de un aminoácido diferente en la proteína; sin embargo, cuando el nuevo aminoácido posee unas propiedades semejantes (p. ej., una valina que sustituye a una alanina) puede tratarse de una mutación conservadora. Una mutación sin sentido (nonsense) es aquella en la que se sustituye un codón que codifica a un aminoácido por un codón de interrupción (p. ej., TAG [timidina-adenina-guanina]), 130 MICROBIOLOGÍA MÉDICA Figura 13-9 Control de los genes de virulencia en Staphylococcus aureus. S. aureus conecta con factores de virulencia cuando se halla en la fase exponencial y cuando las cifras alcanzan un quórum. Se producen toxina y proteasa para destruir las células hospedadoras y abastecer a la colonia con alimento, y la colonia produce una biopelícula protectora. El grosor de la pared celular y los factores de adhesión son menos importantes en el interior de la colonia y quedan reprimidos. El quorum sensing está mediado y autoinducido por las proteínas Agr (A-D). A, 1, El péptido autoinductor (AIP) se une a AgrC. 2, AgrC es un receptor que fosforila AgRA. 3, AgrA fosforilada activa el promotor para el operón agr y el promotor para un ARN regulador denominado ARNIII. 4, El ARNIII contiene la secuencia de ARN de la d-hemolisina de 26 aminoácidos. Además, el ARNIII activa la toxina y otros genes de virulencia al tiempo que disminuye la expresión de los genes de adhesión y de síntesis de la pared celular. 5, AgrD interactúa con AgrB, en la mem- brana, para convertirse en AIP. Mientras las bacterias se hallan en la fase de crecimiento exponencial producen SarA, que se une también y activa los promotores para los genes agr y RNAIII. B, Cuando hay problemas metabólicos y peligro, disminuye la producción de SarA y se produce un nuevo factor sigma, σB, para disminuir la producción de estos factores de virulencia y el factor σB conecta los mecanismos de reparación de ADN y celular. Las flechas rojas de gran tamaño indican aumentos o disminuciones en la expresión. MEtABOLISMO y GENÉtICA DE LAS BACtERIAS 131 © E ls ev ie r. Fo to co pi ar s in a ut or iz ac ió n es u n de lit o. lo que provoca que el ribosoma pierda el ARNm y finalice prematuramente la producción de la proteína. Las muta- ciones condicionales, como las mutaciones sensibles a la temperatura, pueden deberse a mutaciones conservadoras que modifican la estructura o la función de una proteína importante cuando la temperatura es elevada. Se pueden observar modificaciones más notables cuando la mutación afecta a un gran número de bases. Una peque- ña deleción o inserción que no ocurra en múltiplos de tres produce una mutación de desfase de lectura (frameshift mutation) que altera el sistema de lectura y habitualmente ocasiona la aparición de un «péptido absurdo» y la inte- rrupción prematura de la proteína. Las mutaciones nulas, que destruyen completamente la función del gen, aparecen cuando se registra una extensa inserción o deleción o una acusada reorganización de la estructura cromosómica. La inserción de largas secuencias de ADN (muchos miles de pares de bases) por recombinación, transposición o técnicas de ingeniería genética puede producir mutaciones nulas por separación de las partes de un gen e inactivación del mismo. En la naturaleza se produce un gran número de mu- taciones de forma espontánea (p. ej., debido a errores de la polimerasa); sin embargo, las mutaciones también pueden ser consecuencia de agentes físicos o químicos. Entre los agentes físicos utilizados para inducir la aparición de mutaciones en las bacterias figuran los siguientes: el calor, que provoca una desaminación de los nucleótidos; la luz ultravioleta, que origina la formación de dímeros de pirimidina, y la radiación ionizante (p. ej., rayos X), que produce radicales hidroxilo hiperreactivos capaces de abrir la estructura anular de una base o bien de generar roturas monocatenarias o bicatenarias en el ADN. Las sus- tancias químicas de tipo mutagénico pueden agruparse en tres clases. Los análogos de nucleótidos producen aparea- mientos erróneos y frecuentes errores en la replicación del ADN. Por ejemplo, la incorporación de 5-bromouracilo en la molécula de ADN en lugar de timidina permite su apareamiento con guanina en lugar de adenina, de forma que sustituye un par T-A por un par G-C. Los mutágenos de desfase de lectura, como algunas moléculas policíclicas planas (bromuro de etidio, derivados de la acridina), se insertan (o intercalan) entre las bases a medida que se en- frentan una a otra en la doble hélice del ADN. El aumento Figura 13-10 Replicación del ADN bacteriano. La síntesis de ADN de novo se produce en horquillas de crecimiento y avanza en ambas direccio- nes. La síntesis de ADN tiene lugar de manera continua en sentido 59 a 39 (cadena adelantada) o en fragmentos (cadena rezagada). Suponiendo que cada ciclo de replicación requiera 40 minutos, así como un nuevo inicio ca- da 20 minutos, el inicio de la síntesis de ADN se produce con anterioridad a la división celular. En unas células pueden iniciarse múltiples horquillas de crecimiento antes de que haya ocurrido la formación completa del tabique y la división celular. Las células hijas nacen «embarazadas». Figura 13-11 División de la célula bacteriana. La replicación requiere una extensión de la pared celular, así como la replicación del cromosoma y la formaciónde un tabique. La fijación del ADN a la membrana arrastra a cada cadena hija hacia el interior de una nueva célula. Figura 13-12 Fases del crecimiento bacteriano a partir de un inóculo de células en fase estacionaria. 132 MICROBIOLOGÍA MÉDICA en el espacio existente entre los sucesivos pares de bases comporta la adición o supresión de una única base y ocasio- na la aparición de frecuentes errores durante la replicación del ADN. Las sustancias químicas reactivas frente al ADN actúan directamente sobre éste y modifican la estructura química de la base. Entre estas sustancias químicas destacan el ácido nitroso (HNO2) y los agentes alquilantes (p. ej., nitroso-guanidina y etil-metano-sulfonato), de los que se sabe que añaden grupos metilo o etilo a los anillos de las bases del ADN. Las bases modificadas pueden aparearse de forma anormal o bien no aparearse. Esta alteración puede provocar la eliminación de la base del esqueleto del ADN. Mecanismos de reparación del ADN Con el propósito de minimizar los daños al ADN, las células bacterianas han desarrollado diversos mecanismos de repa- ración. Estos mecanismos de reparación se pueden dividir en cinco grupos: 1. La reparación directa del ADN consiste en la elimina- ción enzimática del daño (p. ej., dímeros de pirimidina y bases alquiladas). 2. La reparación por escisión se basa en la eliminación del segmento de ADN que contiene las lesiones, seguida de la síntesis de una nueva hebra de ADN. Existen dos tipos de mecanismos de reparación por escisión: generalizada y especializada. 3. La reparación posreplicación o por recombinación consiste en la recuperación de la información que falta mediante procesos de recombinación genética cuando están dañadas ambas hebras de ADN. 4. La llamada respuesta SOS se caracteriza por la induc- ción de numerosos genes (aproximadamente 15) tras la aparición de daño al ADN, o bien por la interrupción de su replicación. 5. La reparación propensa a error (error-prone repair) es el último recurso con que cuenta la célula bacteriana antes de morir. Se utiliza para rellenar los espacios con una secuencia aleatoria cuando no se dispone de una plantilla de ADN que pueda orientar con precisión el proceso de reparación. Intercambio génico en los procariotas Muchas bacterias, especialmente numerosas especies pató- genas, utilizan su ADN de forma promiscua. El intercambio de ADN entre células permite el intercambio de genes y características entre ellas, lo que ocasiona la aparición de cepas bacterianas nuevas. Este intercambio puede resultar ventajoso para el receptor, especialmente cuando el ADN co- difica mecanismos de resistencia a los antibióticos. El ADN transferido puede integrarse en el cromosoma del receptor o bien mantenerse de manera estable en forma de elemento extracromosómico (plásmido) o como un virus bacteriano (bacteriófago) y se transmite a las bacterias hijas como una unidad dotada de capacidad autónoma de replicación. Los plásmidos son pequeños elementos genéticos cuya replicación es independiente del cromosoma bacteriano. La mayor parte de los plásmidos son moléculas circulares bica- tenarias de ADN con un número variable de pares de bases (de 1.500 a 400.000). Sin embargo, Borrelia burgdorferi, el agente etiológico de la enfermedad de Lyme, y la bacteria afín Borrelia hermsii presentan una característica peculiar en el grupo de las eubacterias: la presencia de plásmidos lineales. Al igual que el ADN cromosómico bacteriano, estos plásmidos se pueden replicar de forma autónoma, por lo que reciben el nombre de replicones. Algunos plásmidos, como el plásmido F de E. coli, son episomas, lo que indica que se pueden integrar en el cromosoma del hospedador. Los plásmidos portan información genética, la cual puede proporcionar una ventaja selectiva a las bacterias aunque no constituya una ventaja esencial para la bacteria. Por ejemplo, los plásmidos pueden conferir un nivel alto de resistencia a antibióticos, codificar la producción de bacteriocinas, toxi- nas, determinantes de virulencia y contener otros genes que otorguen una ventaja respecto a la metabolización de ciertos sustratos en comparación con otros microorganismos o en el interior del organismo hospedador (fig. 13-13). El número de copias de plásmido producidas por una célula es específico de cada uno de ellos. Este número es la relación existente entre las copias del plásmido y el número de copias del cromosoma. Su valor puede ser bajo (hasta de 1 en el caso de los plásmidos grandes) o alto (hasta de 50 en los plásmidos más pequeños). Los plásmidos de gran tamaño (20-120 kb), como el factor F de fertilidad de E. coli o el factor de transferencia de resistencia (80 kb), a menudo pueden mediar su pro- pia transferencia de una célula a otra mediante un proceso denominado conjugación (v. apartado «Conjugación», más adelante en este capítulo). Estos plásmidos conjugativos Figura 13-13 Plásmidos. El plásmido pBR322 es uno de los plásmidos que se utilizan en la clonación del ADN. Este plásmido codifica la resistencia a ampicilina (Amp) y a tetraciclina (Tet), así como a un origen de replica- ción (ori). El locus de clonación múltiple del plásmido pGEM-5zf(+/ − ) pro- porciona diferentes sitios de restricción enzimática para la inserción del ADN en la secuencia del gen de la b-galactosidasa (lacz). Esta secuencia insertada se encuentra flanqueada por promotores de bacteriófago que permiten la expresión direccional del ARN mensajero de la secuencia clonada. MEtABOLISMO y GENÉtICA DE LAS BACtERIAS 133 © E ls ev ie r. Fo to co pi ar s in a ut or iz ac ió n es u n de lit o. codifican todos los factores necesarios para su propia trans- ferencia. En cambio, otros plásmidos pueden ser transferidos a las células bacterianas por medio de mecanismos distintos de la conjugación (p. ej., por transformación o por trans- ducción). Estos términos se estudian también más adelante en este capítulo. Los bacteriófagos son virus bacterianos con un geno- ma de ADN o de ARN protegido generalmente por una capa de proteínas. Estos elementos genéticos extracromosómicos pueden sobrevivir fuera de la célula del hospedador y ser transmitidos de una a otra célula. Los bacteriófagos infectan a las células bacterianas y se pueden replicar hasta alcanzar un gran número y condicionar la lisis celular (infección lítica) o, en algunos casos, integrarse en el genoma del hospedador sin destruirlo (estado lisogénico), como sucede en el caso del bacteriófago lambda de E. coli. Algunos bacteriófagos lisogénicos contienen genes para toxinas (p. ej., el corinefago beta contiene el gen de la toxina diftérica). El bacteriófa- go lambda sigue siendo lisogénico mientras se siga sinteti- zando proteína represora, y esto evita que el fago deje de estar integrado para poder replicarse y abandonar la célula. El daño en el ADN de las células del hospedador por radiación u otro mecanismo o la incapacidad para producir la proteína represora es una señal de que la célula hospedadora ya no está sana y no es un buen lugar para «vivir de gorra». Los transposones (genes «saltarines») son unos elementos genéticos móviles (fig. 13-14) que pueden transferir ADN de una posición a otra del genoma o entre distintas moléculas de ADN dentro de una misma célula (p. ej., de un plásmido a otro o de un plásmido a un cromosoma). Los transposones se detectan tanto en los procariotas como en los eucariotas. Los transposones más simples se denominan secuencias de inserción y su longitud comprende de 150 a 1.500 pares de bases con repeticiones invertidas de 15 a 40 pares de bases y la información genética mínima necesaria para su propia transferencia (es decir, el gen que codifica la transposasa). Los transposones complejos contienen otros genes, como genes que proporcionan resistencia frente a antibióticos. En ocasiones, los transposones se introducen en el interior de los genes y los inactivan.Si la inserción e inactivación tienen lugar en un gen encargado de codificar una proteína esencial, la célula muere. Algunas bacterias patógenas utilizan un mecanismo seme- jante para coordinar la expresión de un sistema de factores de virulencia. Los genes de actividad pueden agruparse en un islote de virulencia o patogenicidad rodeado por unos elementos móviles semejantes a los transposones que les per- miten moverse tanto en el interior del cromosoma como hacia otras bacterias. Cualquier unidad genética puede reaccionar ante la presencia de un estímulo ambiental (p. ej., pH, calor o contacto con la superficie de la célula del hospedador) como mecanismo de coordinación de la expresión de un proceso complejo. Por ejemplo, el islote SPI-1 de Salmonella codifica 25 genes para un dispositivo de secreción de tipo III que permiten la entrada de esta bacteria en células no fagocíticas. Mecanismos de transferencia genética entre células El intercambio de material genético entre las células bacte- rianas puede tener lugar a través de uno de los tres mecanis- mos siguientes (fig. 13-15): 1) conjugación, que consiste en un apareamiento o intercambio cuasisexual de información genética entre una bacteria (donante) y otra bacteria (recep- tora); 2) transformación, que es una captación activa y la incorporación de ADN exógeno, o 3) transducción, la cual se caracteriza por la transferencia de información genética de una bacteria a otra por medio de un bacteriófago. En el interior de la célula, el transposón puede «saltar» entre dis- tintas moléculas de ADN (p. ej., de plásmido a plásmido o de plásmido a cromosoma). Transformación La transformación es el proceso mediante el cual las bacterias captan fragmentos de ADN desnudo y los incorporan a sus genomas. La transformación fue el primer mecanismo de transferencia genética que se descubrió en las bacterias. En 1928, Griffith observó que la virulencia del neumococo se relacionaba con la presencia de una cápsula de polisacárido y que los extractos de bacterias encapsuladas productoras de colonias lisas podían transmitir este rasgo a las bacterias no encapsuladas, las cuales presentan generalmente una morfología rugosa. Alrededor de 15 años después, los es- tudios de Griffith permitieron que Avery, McLeod y McCarty identificaran el ADN como el principio clave del mecanismo de transformación. Las bacterias grampositivas y gramnegativas son capaces de captar y conservar de forma estable ADN exógeno. Ciertas especies presentan una capacidad natural de captación de ADN exógeno (por lo que se definen como «competentes»), como Haemophilus influenzae, Streptococcus pneumoniae y los géneros Bacillus y Neisseria. La competencia aparece al final de la fase logarítmica de crecimiento. E. coli y la mayoría Figura 13-14 transposones. A, Las secuencias de inserción codifican tan sólo una transposasa (tnp) y poseen en cada extremo repeticiones inverti- das (de 15 a 40 pares de bases). B, Los transposones compuestos contienen una región central que codifica la resistencia a antibióticos o toxinas y se halla flanqueada por dos secuencias de inserción (IS) (que pueden ser repeticiones directas o bien inversas). C, tn3, un miembro de la familia de los transposones tnA. La región central codifica tres genes que confie- ren resistencia a ampicilina: una transposasa (tnpA), una resolvasa (tnpR) y una b-lactamasa. Durante el proceso de transposición replicativa se utiliza un sitio de resolución (sitio Res). Esta región central se encuentra flanqueada en ambos extremos por repeticiones directas de 38 pares de bases. D, transposón asociado a fago, cuyo ejemplo más conocido es el bacteriófago m. 134 MICROBIOLOGÍA MÉDICA de las bacterias carecen de la capacidad natural para captar ADN, y ha de inducirse la competencia o utilizarse métodos químicos o la electroporación (empleo de pulsos de alto voltaje) para facilitar la captación de ADN plasmídico y de otro tipo. Conjugación La conjugación produce una transferencia unidireccional de ADN desde un célula donante (o macho) hasta una célula receptora (o hembra) a través del llamado pilus sexual. La conjugación se da en la mayoría de las eubacterias, si no en todas, por lo general entre miembros de la misma especie o de especies relacionadas, pero se ha demostrado también entre procariotas y células de plantas, animales y hongos. Muchos de estos plásmidos conjugativos de gran tamaño especifican colicinas o resistencia antibiótica. El tipo de acoplamiento (sexo) de la célula depende de la presencia (célula macho) o ausencia (célula hembra) de un plásmido conjugativo, como el plásmido F de E. coli. El plás- mido F se define como conjugativo porque contiene todos los genes necesarios para su propia transferencia, como la capa- cidad de fabricar pili sexuales e iniciar la síntesis de ADN en el llamado «origen de transferencia» (oriT). El pelo sexual es un tipo de secreción de tipo IV especializado. Al transferirse el plásmido F, las células receptoras se convierten en células macho F+. Cuando un fragmento de ADN cromosómico se ha incorporado a la secuencia del plásmido, se designa como «plásmido F prima» (F9). Cuando este plásmido se transfiere al interior de la célula receptora, transporta el fragmento y lo convierte en un F9 macho. Cuando la secuencia del plás- mido se integra en el interior del cromosoma bacteriano, la célula se designa como «célula Hfr» (alta frecuencia de recombinación). El ADN transferido por conjugación no es una molécula bicatenaria helicoidal, sino una molécula monocatenaria. La movilización comienza cuando una proteína codificada por un plásmido introduce una rotura monocatenaria en un punto específico del oriT. La muesca así formada inicia un re- plicación por círculo rodante y la cadena lineal desplazada se dirige hacia la célula receptora. A continuación, el ADN monocatenario adopta nuevamente una conformación cir- cular y sintetiza su cadena complementaria. La conjugación comporta la transferencia parcial de la secuencia plasmídica y de un fragmento del ADN cromosómico bacteriano. Como consecuencia de la fragilidad de la conexión formada entre las dos células acopladas, la transferencia se suele interrumpir antes de finalizar el proceso, de modo que únicamente se transfieren las secuencias cromosómicas cercanas al plásmi- do F integrado. La interrupción artificial de un acoplamiento entre un Hfr y una pareja F− ha resultado útil para carto- grafiar el ADN cromosómico de E. coli. Este tipo de mapas muestra la posición de cada gen en minutos (en relación con Figura 13-15 Mecanismos de transferencia génica en bacterias. (De Rosenthal KS, Tan J: Rapid reviews microbiology and immunology, St. Louis, 2002, Mosby.) MEtABOLISMO y GENÉtICA DE LAS BACtERIAS 135 © E ls ev ie r. Fo to co pi ar s in a ut or iz ac ió n es u n de lit o. los 100 minutos que requiere la transferencia completa a 37 °C) según su momento de entrada a una célula receptora respecto a un origen fijo. Transducción La transferencia genética por transducción está mediada por virus bacterianos (bacteriófagos) que captan fragmen- tos de ADN y los almacenan en el interior de partículas de bacteriófago. El ADN suministrado a las células infectadas se incorpora luego al genoma bacteriano. La transducción puede clasificarse como especializada si los fagos en cuestión transfieren genes específicos (habitualmente los adyacentes a sus lugares de integración en el genoma) o generalizada si la incorporación de las secuencias es aleatoria debido al almace- namiento accidental del ADN de la célula hospedadora en el interior de la cápside del fago. Por ejemplo, una nucleasa del fago P1 degrada el ADN cromosómico y algunos fragmentos de ADN son empaquetados en partículas fágicas. El ADN encapsulado, en lugar del ADN fágico, es inyectado en el interior de una nueva célula hospedadora, en la que puede re- combinarse con el ADN homólogode aquélla. Las partículas implicadas en la transducción generalizada son muy valiosas para realizar el cartografiado genético de los cromosomas bacterianos. Cuanto más próximos se dispongan dos genes en el cromosoma bacteriano, mayor será la probabilidad de un proceso de cotransducción en el mismo fragmento de ADN. Recombinación La incorporación del ADN extracromosómico (extraño) en el cromosoma tiene lugar mediante un proceso de re- combinación. Existen dos tipos de recombinación: homólo- ga y no homóloga. La recombinación homóloga (legítima) es la que tiene lugar entre secuencias de ADN estrechamente relacionadas y habitualmente sustituye una secuencia por otra. El proceso requiere la presencia de un conjunto de enzimas producidas por los llamados genes rec (en E. coli). La recombinación no homóloga (ilegítima) es la que tiene lugar entre secuencias distintas de ADN y, por regla general, produce inserciones, deleciones o ambas. Habitualmente este proceso precisa de la intervención de enzimas de recombina- ción especializadas (algunas veces, incluso específicas para un sitio determinado), como las producidas por muchos trans- posones y bacteriófagos lisogénicos. Generación de cepas de Staphylococcus aureus resistentes a vancomicina mediante diversas manipulaciones genéticas Hasta hace poco tiempo, la vancomicina ha constituido el último recurso frente a las cepas de S. aureus resistentes a los b-lactámicos (antibióticos relacionados con la penicilina), es decir, S. aureus resistente a meticilina [SARM]). S. aureus adquirió el gen de resistencia a vancomicina en el transcurso de una infección mixta por Enterococcus faecalis (fig. 13-16). El gen de resistencia a este antibiótico se hallaba en un trans- posón (Tn1546) localizado en un plásmido conjugativo de multirresistencia. Es probable que la transferencia del plás- mido tuviera lugar mediante conjugación entre E. faecalis y S. aureus. Otra posibilidad sería que este último adquiriera el ADN por transducción tras la lisis de E. faecalis y sufriese una transformación como consecuencia de la introducción de este Figura 13-16 Mecanismos genéticos de evolución de Staphylococcus aureus resistente a meticilina y vancomicina (SARM y SARMV). Los enterococos resistentes a vancomicina (ERV) (color rojo) contienen plásmidos portadores de numerosos factores de resistencia antibiótica y virulencia. Durante la coinfección, SARM podría haber adquirido el plásmido de resistencia enterocócica (plásmido-e) mediante un proceso de transformación (posterior a la lisis de la célula enterocócica y la liberación de su ADN) o, con mayor probabilidad, por conjugación. Un transposón del plásmido-e que contiene el gen de resistencia a vancomicina «saltó» y se insertó en el plásmido de resistencia antibiótica múltiple del SARM. El nuevo plásmido se propaga con facilidad a otras células del S. aureus por conjugación. 136 MICROBIOLOGÍA MÉDICA nuevo ADN. A continuación, el transposón habría «saltado» desde el plásmido de E. faecalis para recombinarse e inte- grarse en el plásmido de multirresistencia de S. aureus, y se habría degradado el ADN de E. faecalis. El plásmido de S. aureus así creado contiene genes de resistencia a b-lactámicos, vancomicina, trimetoprima y gentamicina/kanamicina/ tobramicina y a desinfectantes de amonio cuaternario y es capaz de transferirse a otras cepas de esta especie mediante procesos de conjugación. (Se remite al lector interesado en una descripción más detallada al trabajo de Weigel incluido en la Bibliografía al final del capítulo.) Ingeniería genética La ingeniería genética, conocida también como tecnología del ADN recombinante, emplea técnicas y métodos desa- rrollados por especialistas en genética bacteriana con el ob- jeto de purificar, amplificar, modificar y expresar secuencias genéticas específicas. La utilización de la ingeniería genética y la «clonación» ha revolucionado tanto la biología como la medicina. Los componentes básicos con que cuenta la ingeniería genética son los siguientes: 1) los vectores de clo- nación y expresión, que pueden utilizarse para introducir secuencias de ADN en el interior de bacterias receptivas y amplificar la secuencia deseada; 2) la secuencia de ADN que se desea amplificar y expresar; 3) diversas enzimas, como las enzimas de restricción, que se usan para degradar de forma reproducible la molécula del ADN en unas secuencias determinadas (tabla 13-1), y 4) la ADN ligasa, la enzima que une los fragmentos al vector de clonación. Los vectores de clonación y expresión deben permitir que el ADN exógeno se inserte en su interior, pero conservando su capacidad de replicación normal en la célula hospedadora bacteriana o eucariota. En la actualidad se utilizan muchos tipos de vectores. Los vectores de tipo plasmídico, como pUC, pBR322 y pGEM (fig. 13-17) se ocupan de fragmentos de ADN de hasta 20 kb. Los bacteriófagos, como lambda, se emplean para fragmentos mayores de ADN (de hasta 25 kb), y los vectores cósmidos han combinado algunas de las ventajas de los plásmidos y los fagos para transportar fragmentos de ADN de hasta 45 kb. La mayoría de los vectores de clonación han sido someti- dos a técnicas de ingeniería genética para: creación de un sitio de inserción del ADN exógeno; un medio de selección de las bacterias que han incorporado plásmidos (p. ej., resistencia a los antibióticos) y un medio de selección de las que han incorporado esos plásmidos con ADN insertado. Los vectores de expresión poseen secuencias de ADN que facilitan su replicación en las células bacterianas y eucariotas, así como la transcripción del gen en ARNm. El ADN que se desea clonar se obtiene mediante la pu- rificación del ADN cromosómico de células, virus u otros plásmidos o bien por amplificación selectiva de secuencias de ADN a través de una técnica conocida como reacción en cadena de la polimerasa (PCR), la cual se describe en mayor detalle en el capítulo 5. Tanto el vector como el ADN exóge- no son atacados por enzimas de restricción (v. fig. 13-17). Las enzimas de restricción reconocen una secuencia palindrómica específica y realizan un corte significativo (que produce la apa- rición de extremos adherentes) o un corte romo (que produce Tabla 13-1 Enzimas de restricción utilizadas frecuentemente en biología molecular Microorganismo Enzima Sitio de reconocimiento Acinetobacter calcoaceticus Acc I Bacillus amyloliquefaciens H Bam HI Escherichia coli Ry13 Eco RI Haemophilus influenzae Rd Hind III H. influenzae serotipo c, 1160 Hinc II Providencia stuartii 164 Pst I Serratia marcescens Sma I Staphylococcus aureus 3A Sau 3AI Xanthomonas malvacearum Xma I Figura 13-17 Clonación de ADN exógeno en vectores. En primer lugar, el vector y el ADN exógeno son digeridos por una enzima de restricción. La inserción de ADN exógeno en la secuencia del gen lacZ inactiva el gen de la b-galactosidasa (lo que permite una posterior selección). A continuación, el vector se une al ADN exógeno utilizando la ligasa de ADN t4 del bacteriófago. Los vectores recombinantes se transforman en células competentes de Escherichia coli. Las células recombinantes de E. coli se inoculan en una placa de agar con antibiótico, un inductor del operón lac y un sustrato cromóforo que tiñe de azul las células que contienen el plásmido no insertado; en cambio, las células con el plásmido insertado conservan el color blanco. MEtABOLISMO y GENÉtICA DE LAS BACtERIAS 137 © E ls ev ie r. Fo to co pi ar s in a ut or iz ac ió n es u n de lit o. unas terminaciones romas) (v. tabla 13-1). La mayoría de los vectores de clonación presentan una secuencia que reconoce numerosas enzimas de restricción, el denominado lugar de clonación múltiple. La unión del vector a los fragmentos de ADN genera una molécula capaz de replicar la secuencia insertada y que recibe el nombre de ADN recombinante. El número total de vectores recombinantes obtenidosdurante la clonación de todos los fragmentos obtenidos en la restricción del ADN cromosómico se conoce como biblioteca genómica, puesto que debe contener al menos un representante de cada gen. Un método alternativo de clonación del gen de una proteína es utilizar una enzima retroviral denominada trans criptasa inversa (ADN polimerasa dependiente de ARN) para convertir el ARNm de la célula en ADN para producir un ADN complementario (ADNc). Una biblioteca de ADNc engloba todos los genes expresados como ARNm en una célula determinada. A continuación, el ADN recombinante se introduce en una célula hospedadora bacteriana, habitualmente E. coli, y se seleccionan las bacterias que contienen el plásmido por su resistencia antibiótica (p. ej., resistencia a ampicilina). Des- pués se puede realizar un cribado de la biblioteca con el fin de identificar un clon de E. coli que posea el fragmento de ADN deseado. Para identificar las bacterias que contienen el ADN recombinante apropiado pueden utilizarse diversas técnicas. El lugar de clonación múltiple utilizado para insertar el ADN exógeno con frecuencia forma parte del gen lacZ del operón lac. La inserción del ADN exógeno en el gen lacZ conlleva su inactivación (actúa casi del mismo modo que un transposón) y evita que la célula receptora lleve a cabo la síntesis de b-galactosidasa dirigida por un plásmido, lo que da lugar a la formación de colonias bacterianas blancas en lugar de las azules que aparecen si se produce esta enzima que es capaz de degradar un cromóforo adecuado. La ingeniería genética se ha utilizado también para aislar y expresar distintos genes con el propósito de obtener pro- teínas útiles en bacterias, levaduras o, incluso, en células de insecto (p. ej., insulina, interferón, hormonas del crecimiento e interleucina). De modo similar, se pueden preparar grandes cantidades de un inmunógeno puro destinado a una vacuna sin necesidad de emplear los microorganismos patógenos intactos. La vacuna contra el virus de la hepatitis B constituye el primer empleo con éxito de la tecnología de ADN para fa- bricar una vacuna aprobada para su empleo en humanos por la Food and Drug Administration de EE.UU. El antígeno de superficie de la hepatitis B es producido por la levadura Saccharomyces cerevisiae. En el futuro, puede que baste con inyectar un ADN plasmídico capaz de expresar el inmunóge- no deseado (vacuna de ADN) a un individuo para conseguir que las células del hospedador expresen este inmunógeno y desencadenen la respuesta inmunitaria. La tecnología del ADN recombinante resulta también esencial en el diagnóstico de laboratorio, las técnicas forenses, la agricultura y muchas otras disciplinas. PREGUNtAS 1. ¿Cuántos moles de ATP se generan por cada mol de glucosa en la glucólisis, el ciclo del ATC y el transporte de electrones? ¿Cuáles de estos procesos se dan en condiciones anaerobias y cuáles en condiciones aerobias? ¿Cuál es el más eficiente? 2. ¿Qué productos metabólicos de la fermentación anaerobia serían perjudiciales para el tejido del hospedador (el ser humano) (p. ej., en el caso de C. perfringens)? 3. El número de bacterias que proliferan durante la fase de crecimiento puede calcularse según la siguiente ecuación: en la que Nt es el número de bacterias que han crecido después de un cierto tiempo (t), t/d es el cociente del tiempo transcurrido por el tiempo de duplicación, y N0 es el número inicial de bacterias. Si el tiempo de duplicación es de 20 minutos y el inóculo bacteriano inicial contenía 1.000 bacterias, ¿cuántas bacterias habrá en el cultivo al cabo de 4 horas? 4. ¿Cuáles son las principales propiedades de un plásmido? 5. Enumere dos mecanismos de regulación de la expresión genética bacteriana. Utilice ejemplos específicos. 6. ¿Qué tipos de mutaciones afectan al ADN y cuáles son los agentes responsables de ellas? 7. ¿Qué mecanismos puede utilizar una célula bacteriana para el intercambio de material genético? Explique brevemente cada uno de estos mecanismos. 8. Analice las aplicaciones médicas de la biotecnología molecular, incluyendo sus contribuciones y usos para el diagnóstico. Las respuestas a estas preguntas están disponibles en www.StudentConsult.es. BIBLIOGRAFÍA Alberts B: Molecular biology of the cell, ed 4, New York, 2002, Garland Science. Berg JM, Tymoczko JL, Stryer L: Biochemistry, ed 6, New York, 2006, WH Freeman. Cotter PA, Miller JF: In vivo and ex vivo regulation of bacterial virulence gene expression, Curr Opin Microbiol 1:17-26, 1998. Lewin B: Genes IX, Sudbury, Mass, 2007, Jones and Bartlett. Lodish H, et al: Molecular cell biology, ed 6, New York, 2007, WH Freeman. Nelson DL, Cox M: Lehninger principles of biochemistry, ed 4, New York, 2004, Worth. Novick RP, Geisinger E: Quorum sensing in staphylococci, Ann Rev Genet 42:541-546, 2008. Patel SS, Rosenthal KS: Microbial adaptation: putting the best team on the field, Infect Dis Clin Pract 15:330-334, 2007. Watson JD, et al: Molecular biology of the gene, ed 4, Menlo Park, Calif, 1987, Benjamin-Cummings. Weigel LM, et al: Genetic analysis of a high-level vancomycin-resistant isolate of Staphylococcus aureus, Science 302:1569-1571, 2003. Nt=N0×2t/d
Compartir