Practica blast

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1.- Entrar a https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi y dar clic en nucleotide => nucleotide
 
2.- Una vez dentro de blastn vamos a pegar nuestra secuencia de nucleótidos en el cuadro blanco y posteriormente damos clic en blast. La secuencia utilizada fue: 
>NM_000619.3 Homo sapiens interferon gamma (IFNG), mRNA
ACATTGTTCTGATCATCTGAAGATCAGCTATTAGAAGAGAAAGATCAGTTAAGTCCTTTGGACCTGATCAGCTTGATACAAGAACTACTGATTTCAACTTCTTTGGCTTAATTCTCTCGGAAACGATGAAATATACAAGTTA ATCTTGGCTTTTCAGCTCTGCATCGTTTTGGGTTCTCTTGGCTGTTACTGCCAGGACCCATATGTAAAAG AGCAGAAAACCTTAAGAAATATTTTAATGCAGGTCATTCAGATGTAGCGGATAATGGAACTCTTTTCTTAG CATTTTGAAGAATTGGAAAGAGGAGAGTGACAGAAAAATAATGCAGAGCCAAATTGTCTCCTTTTACTTC AACTTTTTAAAAACTTTAAAGATGACCAGAGCATCCAAAAGAGTGTGGAGACCATCAAGGAAGACATGAATGTCAAGTTTTTCAATAGCAACAAAAAGAAACGAGATGACTTCGAAAAGCTGACTAATTATTCGGTAACTG CTTGAATGTCCAACGCAAAGCAATACATGAACTCATCCAAGTGATGGCTGAACTGTCGCCAGCAGCTAAAACAGGGAAGCGAAAAAGGAGTCAGATGCTGTTTCGAGGTCGAAGAGCATCCCAGTAATGGTTGTCCTG CTGCAATATTTGAATTTTAAATCTAAATCTATTTATTAATATTTAACATTATTTATATGGGGAATATATTTTTA ACTCATCAATCAAATAAGTATTTATAATAGCAACTTTTGTGTAATGAAAATGAATATCTATTAATATATGTAT ATTTATAATTCCTATATCCTGTGACTGTCTCACTTAATCCTTTGTTTTCTGACTAATTAGGCAAGGCTATGT ATTACAAGGCTTTATCTCAGGGGCCAACTAGGCAGCCAACCTAAGCAAGATCCCATGGGTTGTGTGTTTA TTCACTTGATGATACAATGAACACTTATAAGTGAAGTGATACTATCCAGTTACTGCCGGTTTGAAAATATG CTGCAATCTGAGCCAGTGCTTTAATGGCATGTCAGACAGAACTTGAATGTGTCAGGTGACCCTGATGAA ACATAGCATCTCAGGAGATTTCATGCCTGGTGCTTCCAAATATTGTTGACAACTGTGACTGTACCCAAAT GAAAGTAACTCATTTGTTAAAATTATCAATATCTAATATATATGAATAAAGTGTAAGTTCACAACTA
 
3.- Bajamos a descriptions y seleccionamos las 15 secuencias que son parecidas a la secuencia 1, posteriormente las descargamos en formato FASTA.
 
4.- Abrimos MEGA, hacemos clic en aling y luego en edit/build alingment, después seleccionas la casilla de crear y haces clic, después seleccionas el tipo de secuencia que quieres alinea. 
5.- Después vamos a abrir el archivo que descargamos de NCBI y copiaremos todas las proteínas.
6.- Pegamos las 15 secuencias que descargamos y la secuencia 1 en la ventana que salió después de seleccionar el tipo de secuencia que queremos alinear.
 
7.- Hacemos clic en aling using the muscle algorithm y posteriormente en aling DNA, después hacemos clic en OK.
8.- Guardamos las secuencias alineadas en formato MEGA.
9.- Una vez guardado, hacemos clic en Distance y damos clic en Compute overall mean distance, después seleccionamos lo que habíamos guardado previamente; después se nos va a desplegar una ventana donde escogeremos la opción de Bootstrap method y por último haremos clic en OK.
 
 
10.- Ahora vamos sacar el árbol filogenético dando clic en Phylogeny y después en Construct/Test Maximum, después aceptamos la alerta y por último volvemos a seleccionar la opción de Bootstrap method y damos clic en OK.
 
 Esperar a que termine de cargar.