Clase_2_ActividadesGenBank

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Actividades para resolver usando GenBank, BLAST 
 
Problema 1 
Hemos obtenido en un proyecto de secuenciación de Amblyomma variegatum 
secuencias de varios genes (TC3, 320, 55 y 154) y queremos saber cuál es la función de 
cada una de ellas. 
¿Qué tipo de base de datos sería mejor utilizar ADN o proteína? ¿Qué programa habría 
que utilizar? 
Haga las búsquedas correspondientes. 
 
Problema 2 
Traduzca la secuencia TC573649 y haga una búsqueda en base de datos de proteínas. 
Compare con los resultados que había obtenido haciendo la búsqueda con BLASTN. 
 
Problema 3 
Nos envían de un hospital una muestra de sangre de un paciente para que ayudemos 
en el diagnóstico. Al parecer tiene una enfermedad causada por un microorganismo, 
¿por cuál? 
Para poder solucionar el problema extraemos ADN genómico a partir de la sangre del 
paciente y hacemos una PCR utilizando unos primers diseñados para amplificar la 
región ITS1. Esta región ha sido ampliamente utilizada para clasificar todo tipo de 
organismos y se dispone de numerosas secuencias en la base de datos. Una vez 
obtenida la PCR la enviamos a secuenciar y obtenemos la secuencia para un fragmento 
del ITS1 (its1.fasta). ¿Qué programa convendría utilizar en la búsqueda y qué base de 
datos? ¿De qué especie es la infección? ¿Es seria la enfermedad? ¿Se puede precisar la 
cepa (strain) con esta secuencia? Teniendo en cuenta que la tasa de error en la 
secuenciación se encuentra alrededor del 2%, ¿conviene gastar el dinero en amplificar 
y secuenciar otras secuencias para asegurarse de la especie del microorganismo o es 
suficiente con lo que hemos obtenido? 
 
Problema 4 
Haga una búsqueda en GenBank y recupere la secuencia de ADN y proteína 
correspondiente a la accesión NG_008855.2. ¿De qué gen se trata? Guarde la 
secuencia nucleotídica en formato FASTA. 
 
Problema 5 
Usando la secuencia “incognita_humano”, busque una homóloga en la base de datos 
de ratón (mouse genomic + transcript). 
a) Haciendo blastn 
b) Con blastx usando los parámetros default. 
c) Con blastx usando otra matriz de sustitución (distinta a BLOSUM62). 
d) Diseñe primers que permitan amplificar regiones no mayores a 1000 pb de este gen, 
buscando que el fragmento amplificar comience en los primeros 200 pb de la 
secuencia.