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La reacción consta de tres pasos, repetidos cíclicamente: — Desnaturalización, a temperaturas del orden de 95 °C, que separa las dos hebras del ADN diana. — Hibridación de los cebadores, reduciendo la tempera- tura hasta que se formen híbridos estables de cada cebador con su diana. — Elongación, a temperatura compatible con la acción de la polimerasa, que cataliza la formación de una monohebra complementaria de la diana, en sentido 5’→3’, a partir del cebador. Como consecuencia, aparecen dos dobles hebras por cada molécula diana inicial. Se emplean polimerasas termoestables, obtenidas de microorganismos termófilos, que resis- ten las elevadas temperaturas de la fase de desnatu- ralización. Los tres pasos descritos constituyen un ciclo. Una PCR típi- ca suele constar de unos 30 ciclos consecutivos, en los que el número de copias del ADN diana aumenta exponencialmen- te. Aunque los últimos ciclos suelen tener un rendimiento menor que los primeros, las cantidades de ADN obtenido permiten normalmente la clonación del producto, o su análi- sis directo por electroforesis o secuenciación. 23.6.2 Aplicaciones biomédicas de la PCR La extraordinaria sensibilidad de la PCR unida a su relativa sencillez ha impulsado su aplicación a numerosos problemas biomédicos. En buena parte de estas aplicaciones, la PCR se emplea acoplada a la síntesis de ADNc a partir del ARN mensajero. Tras la obtención del ARN mensajero presente en un determinado tejido, se sintetiza el ADNc mediante la transcriptasa inversa. El ADNc se utiliza como diana en una PCR convencional, empleando cebadores específicos para el gen que se quiera estudiar. La presencia de un producto de amplificación indica que el ARNm diana estaba presente en la muestra inicial y, por tanto, que el tejido de partida expre- sa el gen correspondiente. Esta variante, denominada RT- PCR, permite detectar cantidades mínimas de mensajeros y es la técnica más sensible de detección de la expresión de un gen. Su sensibilidad es suficiente para poner de manifiesto la presencia de algunas células tumorales en el torrente circula- torio, durante el proceso de formación de metástasis. En este caso, se analiza por RT-PCR la presencia en la sangre de los ARNm correspondientes a genes que se expresen en el teji- do de procedencia del tumor, pero que no se expresen por las células sanguíneas. Un resultado negativo indica que la san- gre no contiene células tumorales en tránsito. Anális is molecular del genoma | 413 Recuadro 23-1. APLICACIONES DE LA PCR A LA DETECCIÓN DE MUTACIONES La detección y caracterización de muta- ciones permite confirmar el diagnóstico de enfermedades genéticas hereditarias, identificar portadores asintomáticos y realizar un diagnóstico prenatal en familias afectadas. En enfermedades genéticas adquiridas, como el cáncer, la identificación de la lesión molecular ayuda a predecir la susceptibilidad del tumor a la quimioterapia o la radiotera- pia y a optimizar las pautas terapéuti- cas. El análisis más preciso de la estruc- tura de un gen se obtiene mediante su secuenciación, que es la técnica de elec- ción para identificar mutaciones de natu- raleza desconocida. Pero la secuencia- ción masiva de genes en posibles portadores de mutaciones sólo ha podido abordarse gracias a la PCR, que permite amplificar el gen sospechoso del posible portador a partir de sangre periférica, o de una biopsia de tejido. Normalmente se obtiene suficiente cantidad del pro- ducto de amplificación para proceder directamente a su secuenciación, sin necesidad de clonar el gen. Ello supone un ahorro importante de recursos y tra- bajo. Una vez que la mutación se ha caracterizado por secuenciación, exis- ten métodos más rápidos, sencillos y baratos para detectar portadores. Un ejemplo es el uso de oligonucleótidos específicos de alelo (OEA) en ensayos de PCR. Puesto que la estructura del gen normal y la del mutado deben ser diferentes, al menos en una base, pue- den diseñarse oligonucleótidos que sean perfectamente complementarios para el gen normal, pero no para el mutado, o viceversa. Estos oligonucle- ótidos, los OEA, se emplean en condi- ciones en las que la imperfecta comple- mentariedad para una de las formas del gen hace que la hibridación del cebador y la diana no se produzca de forma estable, o que la polimerasa sea incapaz de elongar el cebador imperfectamente unido a la diana, de manera que al final de la PCR no aparece un producto de amplificación. Como cada individuo posee dos alelos para la mayor parte de los genes, una PCR con OEA para el gen normal debería ser positiva para un homocigoto sano, pero negativa cuando los OEA correspondieran al gen muta- do. En un homocigoto para la mutación estudiada, la situación sería la inversa. Un heterocigoto con uno de los alelos mutados y el otro normal se detecta por la aparición de productos de amplifica- ción de los dos tipos de OEA. La reso- lución de la técnica es suficiente para detectar mutaciones puntuales, en las que el defecto genético sea tan sutil como el cambio de una única base. Además, el tiempo necesario para reali- zar el análisis completo, desde que se obtiene la muestra de sangre, es menor a un día. 23 Capitulo 23 8/4/05 11:43 Página 413 BIOQUÍMICA Y BIOLOGÍA MOLECULAR (...) CONTENIDO PARTE II: BIOLOGÍA Y PATOLOGÍA MOLECULAR SECCIÓN V GENOMA, PATOLOGÍA MOLECULAR Y TERAPIA GÉNICA 23 ANÁLISIS MOLECULAR DEL GENOMA 23.6 REACCIÓN EN CADENA DE LA POLIMERASA (PCR) 23.6.2 Aplicaciones biomédicas de la PCR
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