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Cómo citar este artículo: Díaz Martín RD, et al. La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses. Rev Esp Med Legal. 2018. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 ARTICLE IN PRESS +Model REML-251; No. of Pages 10 Rev Esp Med Legal. 2018;xxx(xx):xxx---xxx www.elsevier.es/mlegal REVISTA ESPAÑOLA DE MEDICINA LEGAL REVISIÓN La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses Rubén Dario Díaz Martín a,b, Zaira Camacho-Martínez a,b, Javier Rolando Ambrosio Hernándezb y Lorena Valencia-Caballero a,∗ a Departamento de Anfiteatro, Facultad Medicina, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, México b Departamento de Microbiología y Parasitología, Facultad de Medicina, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, México Recibido el 7 de marzo de 2018; aceptado el 18 de junio de 2018 PALABRAS CLAVE Proteómica; Proteínas; Biomarcadores; Ciencias forenses Resumen El uso de nuevas tecnologías como la proteómica permite analizar, identificar y caracterizar péptidos y proteínas provenientes de diversas matrices biológicas y no biológicas, de forma eficiente y reproducible. Esto puede facilitar el desarrollo de nuevos biomarcadores en el área de las ciencias forenses. Los marcadores proteicos son altamente resistentes al paso del tiempo, condiciones ambientales adversas y proporcionan un amplio panorama del estatus fisiológico de los sujetos. El uso de marcadores proteicos reduce sustancialmente la contami- nación de las muestras en comparación con el ADN, al tiempo que aporta datos cuantitativos y confiables, que se encuentran respaldados por bases de datos para su interpretación. En este trabajo se hace una revisión de los avances y limitaciones de la proteómica para establecer el origen de los indicios hallados, la causa de muerte, la presencia de patógenos y enfermedades condicionantes o la edad biológica al momento del deceso, el intervalo post-mortem o el origen biogeográfico de un individuo. © 2018 Asociación Nacional de Médicos Forenses. Publicado por Elsevier España, S.L.U. Todos los derechos reservados. KEYWORDS Proteomics; Proteins; Biomarkers; Forensic sciences Proteomics as a new tool in forensic sciences Abstract The use of new technologies, such as proteomics, permits the efficient and repro- ducible analysis, identification and characterisation of peptides and proteins from different biological and non-biological matrices. This can help in the development of new biomarkers in the forensic sciences. Protein markers are highly resistant to the passage of time and adverse environmental conditions, and could provide a broad overview of the physiological status of the subjects. The use of protein markers substantially reduces the contamination of samples ∗ Autor para correspondencia. Correo electrónico: loreval@unam.mx (L. Valencia-Caballero). https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 0377-4732/© 2018 Asociación Nacional de Médicos Forenses. Publicado por Elsevier España, S.L.U. Todos los derechos reservados. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 http://www.elsevier.es/mlegal mailto:loreval@unam.mx https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 Cómo citar este artículo: Díaz Martín RD, et al. La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses. Rev Esp Med Legal. 2018. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 ARTICLE IN PRESS +Model REML-251; No. of Pages 10 2 R.D. Díaz Martín et al. as compared to DNA, while providing quantitative and highly reliable data that are backed by databases for their interpretation. This work presents a review of the advances and limitations of proteomics to establish the origin of the evidence found, the cause of death, the presence of pathogens and conditional disease, as well as the biological age at death, the post-mortem interval, or the biogeographic origin of subjects. © 2018 Asociación Nacional de Médicos Forenses. Published by Elsevier España, S.L.U. All rights reserved. Introducción El desarrollo en la separación, detección e identificación de péptidos y proteínas por medio de técnicas como: electro- foresis en una y 2 dimensiones, inmunodetección por medio de ELISA multiplex, cromatografía de líquidos de alta reso- lución (HPLC/UHPLC) y espectrometría de masas; sumado a un eficaz análisis bioinformático que permite la organización y manejo de grandes cantidades de información han perfi- lado a la proteómica en una valiosa herramienta en las áreas de investigación clínica y biotecnológica1,2. Actualmente, la alta calidad de esta gran cantidad de información ha per- mitido el desarrollo de nuevas estrategias farmacológicas, la identificación de patógenos, el descubrimiento de nue- vas dianas terapéuticas, la optimización de procesos en la bioindustria y la implementación de técnicas novedosas en la detección y prevención de enfermedades3---5. La proteómica como estrategia en la resolución de problemas biológicos presenta una alta flexibilidad, reproducibilidad por las posi- bilidades de obtener datos desde una gran variedad de matrices como tejido, sangre, saliva, semen y cabello, entre otras6---8. Al mismo tiempo, las técnicas utilizadas para la obtención y purificación de las proteínas y péptidos son altamente compatibles con el análisis de trazas de otros ele- mentos, como: metales pesados, acelerantes o solventes, así como trazas de explosivos o toxinas, lo cual la convierte una poderosa herramienta en el contexto forense9,10. En el área forense buena parte de la información física que puede ser provista por la evidencia biológica depende de la cantidad y calidad de la muestra obtenida, y de la eficiencia en las técnicas para la identificación y análisis que se emplea por el personal especializado. Desafortuna- damente, pese al esfuerzo de los peritos y personal forense, en estos contextos la preservación y abundancia de la evi- dencia biológica no siempre es óptima, lo cual dificulta el análisis bioquímico y la obtención de resultados con un alto valor de la prueba científica en el proceso legal10---13. Aunque el estándar de oro para la identificación de indi- viduos en el contexto forense se basa en la amplificación de fragmentos de ADN, el estudio de las proteínas en el contexto forense es una nueva y poderosa herramienta que puede subsanar algunas carencias de las técnicas conven- cionales, ya que a diferencia de los ácidos nucleicos las proteínas son moléculas altamente estables a las condi- ciones físicas y ambientales, y se preservan bien durante periodos prolongados14,15. Asimismo, la proteómica brinda información sobre el estatus fisiológico de los individuos, presencia de patógenos, exposición a sustancias tóxicas e incluso permite la identificación de especímenes con alto valor biológico en el contexto forense, como insectos o plantas16---20. De tal forma, todas estas características convierten a la proteómica en una herramienta emergente y con un gran potencial en las ciencias forenses. A lo largo de esta revisión se abordarán los avances más relevantes que se han reali- zado en diversos estudios proteómicos en el área forense, así como también se indicarán algunas de las limitaciones que se podrían encontrar al emplear esta estrategia de análisis demuestras. La proteómica como una fuente de información biológica en el contexto forense La alta especificidad en la detección y análisis proteómico arroja una gran variedad de información relacionada con diversos aspectos, como la especie a la cual pertenece una determinada muestra, el estado de salud de un individuo o, incluso, mediante bioindicadores es posible llegar a la determinación de condiciones ambientales1,9,21,22. El área donde ocurre la investigación forense está cons- truida de vestigios de eventos relacionados con accidentes, crímenes, desastres naturales o conflictos armados. Aunque la naturaleza de estos vestigios es variada, todos ellos se caracterizan por ser frágiles y lábiles frente a las condicio- nes ambientales23---25. Existen un sinfín de posibles evidencias materiales que pueden ser observadas en los procesos legales, van desde las huellas dactilares hasta los fluidos corporales, y son una pieza clave en el desarrollo de la investigación, así como en la reconstrucción de los hechos ocurridos en el pasado25,26. Buena parte de las evidencias que se pueden tener para estudiar son de origen biológico (sangre, fragmentos de piel, fluidos) o no biológico (fibras textiles o suelos) (fig. 1), las cuales contienen moléculas proteicas que después de su aislamiento y caracterización pueden brindar información que va más allá de la identifi- cación humana o la determinación de la ancestría10. La detección de marcadores proteicos es clave en la reso- lución de diversas preguntas que pueden surgir en el área forense; esta detección y caracterización se hace siguiendo un flujo de trabajo altamente reproducible (fig. 2). Este ini- cia con la recolección de la muestra, la cual debe darse en condiciones óptimas, seguido de la extracción de las proteí- nas presentes por medio de una estrategia adecuada para https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 Cómo citar este artículo: Díaz Martín RD, et al. La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses. Rev Esp Med Legal. 2018. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 ARTICLE IN PRESS +Model REML-251; No. of Pages 10 La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses 3 MATRICES DE ORIGEN FORENSE Figura 1 Fuentes de información proteica comúnmente halla- das en el sitio de investigación forense. Las matices de origen biológico como dientes, plantas, insectos, fluidos biológicos, tejido óseo o fragmentos de piel contienen en su interior proteí- nas que pueden brindar información sobre el estatus fisiológico de los individuos, su origen étnico e incluso su sexo biológico. Esta información puede ser aislada y analizada por medio de estrategias proteómicas brindando evidencia en el contexto forense (imágenes originales). cada tipo de matriz hallada en el sitio de investigación. El procedimiento debe permitir la obtención de molécu- las proteicas en concentración suficiente para su separación y análisis. Asimismo, estas moléculas aisladas pueden ser identificadas por medio de espectrometría de masas aco- plada a cromatografía líquida de alta resolución, la cual con el análisis de volúmenes tan pequeños (de hasta 10 �l) pro- porciona un amplio número de datos que son procesados por medio de herramientas bioinformáticas que permi- ten filtrar y categorizar la información obtenida para la identificación de marcadores protéicos de valor en el campo forense2,17,19,22. Ya que los indicadores metabólicos de algunos eventos biológicos permanecen presentes en el cuerpo tras sufrir un acontecimiento traumático, es posible identificar marcado- res propios de cada tipo de acontecimiento. Por ejemplo, por medio de electroforesis por punto isoeléctrico es posi- ble la diferenciación de sustancias de abuso y dopaje, como la eritropoyetina recombinante, frente a sus análogos endó- genos. Esta es una hormona glucoproteica que estimula la eritropoyesis aumentando el rendimiento de deportistas profesionales. Durante las pruebas de detección de dopaje el uso de estrategias proteómicas como la electroforesis por punto isoeléctrico permite la detección y diferencia- ción de la proteína recombinante respecto a la endógena de una forma cuantitativa y precisa, debido a que la proteína recombinante puede presentar un perfil electroforético par- ticular, dependiendo de la línea celular en la cual fue producida y el método de purificación utilizado27. En este sentido, el consumo de otras sustancias de abuso más frecuentes deja evidencias metabólicas que pueden ser rastreadas por medio de análisis proteómicos. Ya sea en el tejido post-mortem, como se ha reportado para el alcoho- lismo, durante el cual se modifica el perfil proteico del tejido nervioso en la corteza cerebral28, o con muestras más fáci- les de obtener, como el suero, en el cual es posible detectar modificaciones en los niveles de heptoglobina y tiorredoxina en los sujetos adictos a la heroína29. Otro tipo de información biológica crucial en el contexto forense es la determinación de la edad biológica de los restos encontrados. Normalmente, la determinación de estos parámetros se basa en un análisis morfológico llevado a cabo por un antropólogo u odontólogo forense, lo cual Figura 2 Flujo de trabajo de la proteómica en el contexto forense. Las proteínas extraídas de una matriz obtenida en el sitio de investigación forense son aisladas por medio de diferentes técnicas, como electroforesis en una y 2 dimensiones (E1D y E2D respectivamente). Asimismo, la identificación de estas moléculas puede lograrse por medio de estrategias de inmunodetección como la inmunoelectrotransferencia (IET), o por medio de identificación de péptidos y proteínas a través de un análisis de espectrometría de masas (AEM). Todos estos datos en conjunto con un robusto análisis bioinformático permiten obtener información precisa y altamente reproducible (imágenes originales). https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 Cómo citar este artículo: Díaz Martín RD, et al. La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses. Rev Esp Med Legal. 2018. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 ARTICLE IN PRESS +Model REML-251; No. of Pages 10 4 R.D. Díaz Martín et al. puede dificultar su cuantificación precisa. El uso de nuevas estrategias, como el análisis proteómico de restos óseos, puede brindar un nuevo grupo de biomarcadores para la estimación de la edad biológica de manera más fiable. Recientemente se ha demostrado que existe una correlación entre la abundancia de la fetuina A presente en el tejido óseo, respecto a la edad biológica de los individuos. Lo anterior sugiere que este puede ser un nuevo marcador para la estimación de la edad biológica de restos óseos vincu- lados con un contexto forense30. Esto brinda herramientas cuantitativas para la resolución de este tipo de problema y abre la puerta a nuevas estrategias para la determinación de la edad de los restos de individuo por medio de técnicas altamente reproducibles que se encuentran respaldadas por robustas bases de datos para su interpretación. El análisis proteómico de la sangre guarda información valiosa en la escena forense En el contexto forense la sangre representa una de las evi- dencias biológicas de gran importancia, ya que es uno de los principalesindicios en un evento violento y es difícil de eliminar del lugar de investigación forense, por lo cual su rastro puede perdurar durante periodos relativamente prolongados. Asimismo, este fluido guarda información bio- lógica crucial respecto a la víctima y/o el victimario, tal como su sexo, tipo de sangre o condición toxicológica, entre otras31. Debido al enorme potencial de este tipo de muestras en el aspecto jurídico, el primer paso para el uso de la sangre como evidencia forense es su correcta identificación, ya que en este contexto es frecuente la contaminación por partí- culas, sustancias químicas u otros fluidos biológicos como saliva, semen o sangre proveniente de otras especies32,33. Ya que cada fluido biológico posee una función determi- nada, la naturaleza y concentración de proteínas presentes en el fluido en específico es única, y puede servir como una firma que permite distinguir un fluido respecto a otro. Por medio de estrategias proteómicas se ha logrado la identifi- cación de marcadores de fluidos en sangre u otros partiendo de pequeñas cantidades de muestra, lo cual sugiere que es posible la identificación de marcadores, fluido-específico, como la �−amilasa en saliva, el antígeno prostático en el semen o la �-espectrina y la hemoglobina en el caso de la sangre. A diferencia de otras técnicas, el uso de estrategias como la espectrometría de masas permite una identificación precisa de los diversos marcadores proteicos, reduciendo el riesgo de identificaciones cruzadas, al tiempo que, incluso, permite la identificación de los múltiples marcadores34,35. En el contexto forense no es extraña la presencia de múl- tiples fluidos, con diversos orígenes10,36; por lo tanto, tan importante como la identificación plena de la sangre puede llegar a ser la determinación del origen de la muestra, la especie e incluso la condición en la cual esta llegó al lugar de investigación forense. Aunque existe un amplio número de métodos que permiten la identificación de las manchas de sangre in situ, estos presentan la desventaja de ser ines- pecíficos para determinar el origen de la sangre, al tiempo que algunos de ellos son destructivos y poco compatibles con la preservación de información biológica valiosa26. Un claro ejemplo de esto es la identificación de la san- gre que proviene del periodo menstrual, la cual es necesario diferenciar de la sangre propia de la circulación en el caso de ataques sexuales37. Pese a que el uso de marcadores como los ARN ha demostrado ser una técnica eficiente en la identificación de fluidos como el semen o la sangre pro- pia de la circulación, la identificación de marcadores de ARN propios de otros fluidos, como la saliva o la sangre menstrual, aún es incipiente38,39. En contraste con esto, recientemente, algunos estudios basados en la identificación de proteínas en sangre menstrual por medio de espectro- metría de masas han logrado la determinación de un amplio número de marcadores característicos de este fluido, como son la orexina-A (OREX) y el receptor de semaforina (PLXA1, D1), los cuales están implicados en la formación del tejido vascular del cordón umbilical y en la adhesión a la matriz extracelular22,40. Durante la investigación forense otro problema común es la identificación de la especie a la cual pertenecen las manchas de sangre encontradas. A pesar de que con el advenimiento de las tecnologías en biología molecu- lar se ha logrado la identificación de fragmentos de ADN mitocondrial, denominados códigos de barras genéticos, los cuales permiten la identificación de la especie en muestras cuyo origen es incierto o desconocido de una forma alta- mente eficiente41, esta tecnología sigue siendo susceptible a la degradación de la muestra en condiciones ambienta- les poco favorables, y el análisis de muestras antiguas aún es complejo42. En este sentido, se ha demostrado que por medio de cromatografía de líquidos de alta eficiencia en fase reversa (HPLC-RP) es posible la identificación de la especie a la cual pertenece una muestra o mancha de sangre a par- tir del perfil cromatográfico del grupo hemo, presente en la hemoglobina. Esta técnica incluso ha permitido la clasifica- ción a nivel de especie en muestras relativamente antiguas. Este método, en comparación con otras técnicas de identifi- cación, se basa en un método simple, altamente eficiente y con una amplia sensibilidad y reproducibilidad, lo cual puede convertirlo en una herramienta valiosa de identificación43,44. Ya que la sangre presenta aminoácidos, proteínas, hor- monas y células sanguíneas, entre otras cosas, esta brinda información valiosa respecto al estatus metabólico de los individuos, la presencia de enfermedades e incluso la influencia de sustancias psicoactivas o toxinas25,45,46. Este estatus fisiológico de los individuos, ya sean víctimas o victi- marios, puede arrojar luz sobre los hechos sucedidos o sobre la presencia de enfermedades condicionantes, como son las mentales o neurodegenerativas21,47, las cuales, en algunos casos, se ha demostrado que se encuentran asociadas a esce- narios violentos o de accidentes automovilísticos48,49. Este tipo de enfermedades son de difícil detección, y en los esce- narios forenses generalmente se diagnostican post-mortem por medio de análisis histológicos. Gracias a los avances en inmunoproteómica y metabolómica se ha propuesto que leves cambios de marcadores hormonales y metabólicos pue- dan ser detectados en la sangre, por medio de la técnica de ELISA multiplex, en sujetos vivos para hacer un diagnóstico diferencial de enfermedades mentales como la esquizofre- nia o el síndrome bipolar50,51. Como se ha mostrado, la sangre presenta un alto valor como evidencia en el contexto forense. Desafortunada- mente, buena parte de la información biológica contenida https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 Cómo citar este artículo: Díaz Martín RD, et al. La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses. Rev Esp Med Legal. 2018. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 ARTICLE IN PRESS +Model REML-251; No. of Pages 10 La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses 5 en esta puede perder su validez desde el punto de vista jurí- dico debido a la contaminación, la degradación o la mala manipulación de la muestra. Por lo tanto, es posible que la implementación de nuevas tecnologías de análisis, como las incluidas en la proteómica, superen estas barreras, brin- dando información con alto valor biológico y validez en el contexto jurídico respecto al origen de las muestras o el estatus metabólico y de salud de las víctimas y/o victi- marios, ya que las técnicas utilizadas para el análisis de proteínas son altamente confiables, eficientes y reproduci- bles. El estudio proteómico de restos óseos antiguos y contemporáneos puede revelar información clave en el ámbito forense y antropológico Buena parte de la evidencia biológica encontrada en el con- texto forense se alberga en el interior de tejidos como la piel, el músculo, el cabello o en fluidos como la saliva, el semen y la sangre, entre otros, pero en múltiples ocasiones las evidencias contenidas en estos tejidos y fluidos pueden perderse por eventos biológicos relacionadoscon la descom- posición del tejido blando10,35. Por lo tanto, es frecuente que en los escenarios forenses el tejido óseo represente la mayor parte de la evidencia biológica encontrada, ya que se pre- serva bien a lo largo de periodos prolongados, albergando información biológica de buena calidad, tanto en escenas forenses como en sitios de interés arqueológico52,53. Este tejido es altamente especializado y sufre un recam- bio relativamente lento al interior del organismo. Las células que lo constituyen regulan la dinámica de una matriz extra- celular altamente mineralizada compuesta en su mayoría por hidoxiapatita, glucanos y proteínas asociadas52. En su conjunto, tanto las células como la matriz mineralizada participan en diferentes eventos del metabolismo, como la regulación del pH, el metabolismo de minerales y oligoe- lementos, al tiempo que están íntimamente asociadas al sistema endocrino, renal y al metabolismo de azúcares y lípidos. Por lo tanto, el tejido óseo puede guardar infor- mación sobre el estatus fisiológico actual y pasado de los individuos54,55. Recientemente, la caracterización de marcadores pro- teicos en el tejido óseo ha demostrado que puede aportar información valiosa para la resolución de preguntas clave desde el ámbito forense, como la presencia de enfer- medades, condiciones de estrés, hábitos y/o conductas e incluso la determinación del intervalo post-mortem o la edad biológica de un individuo. Sumado a esto, por medio de espectrometría de masas, es posible detectar las modifi- caciones postraduccionales (MPT) espontáneas que sufren las proteínas, las cuales están directamente asociadas a la historia biológica la muestra hasta el momento de su análisis6,30,52,53,56---58. Las proteínas contenidas en el tejido óseo se preservan de forma eficiente y con un alto grado de conservación, al grado que es posible analizar proteínas tan antiguas como las ais- ladas del fémur de un mamut (Mammuthus primigenius) de 43.000 años de antigüedad, permitiendo la identificación de moléculas como la albúmina, y la caracterización de diver- sas modificaciones relacionadas con la oxidación y el daño post-mortem en las proteínas59. Gracias a esta capacidad de las proteínas de perdu- rar en el tiempo en condiciones ambientales extremas al interior del tejido óseo, es posible el aislamiento y carac- terización de marcadores específicos para el estudio del microbioma presente en el hueso, lo cual permite la detec- ción de patógenos de importancia clínica. Recientemente, se han identificado la presencia de péptidos provenientes de marcadores proteicos de Mycobacterium como la subunidad A de la fumarato reductasa y la adenilato quinasa, por medio de espectrometría de masas, en restos óseos provenientes de asentamientos romanos que datan de los siglos iii y iv60. Asimismo, la proteína AG85, uno de los principales antígenos de secreción producido por Mycobacterium tuberculosis, ha sido detectado por medio del uso de anticuerpos en osamen- tas de la edad media, permitiendo rastrear la presencia de esta enfermedad en dichas poblaciones61. Comúnmente, los restos óseos presentan evidencia clara del desgaste por actividades físicas, traumatismos o incluso guardan indicios de eventos violentos62. Por lo tanto, la bús- queda de marcadores de daño y procesos de reparación del tejido óseo pueden ayudar a esclarecer los eventos ocurri- dos tanto en el contexto legal, como en el antropológico. Ya que los eventos mecánicos generan cambios en la expre- sión de genes y proteínas en el tejido óseo, es posible hallar marcadores moleculares que evidencien la presencia de estrés o fatiga mecánica, estos marcadores, generalmente relacionados con factores pro y antiapoptóticos, pueden representar indicios claros de traumatismos o desgaste por actividad física63,64. Asimismo, algunas enfermedades como la osteoartritis u otras enfermedades degenerativas rela- cionadas con el tejido óseo pueden dejar marcadores de daño y reparación65,66, que desde el contexto forense pue- den ser útiles para determinar la naturaleza de las lesiones encontradas en los restos óseos66,67. En los escenarios de descomposición avanzada y esque- letización de los individuos, la determinación del intervalo post-mortem puede representar una dificultad durante la investigación forense, aunque se han desarrollado diferen- tes métodos y fórmulas para determinar dicho intervalo; estas se encuentran sujetas a las condiciones como el peso del individuo, la edad, la presencia de enfermedades, así como por las condiciones ambientales propias del lugar de los eventos68. Otra estrategia para la estimación del inter- valo post-mortem es el análisis de la sucesión de insectos que en periodos cortos y largos ha demostrado ser altamente efectivo69. Desde el abordaje molecular se ha logrado determinar por medio de inmunohistoquímica y análisis del ARN- mensajero que el factor inducible por hipoxia presente en el tejido gingival puede llegar a ser un marcador adecuado para la estimación de este intervalo en periodos cortos, pero ambas estrategias pueden ser poco efectivas en los casos en los cuales los periodos de descomposición son muy prolongados70. Recientemente se ha demostrado que el análisis proteó- mico de restos óseos en avanzado estado de descomposición y esqueletización puede permitir la identificación de mar- cadores que ayuden a determinar este intervalo en forma precisa58. Diferentes proteínas, como la hemoglobina o la serotransferrina, presentan una marcada reducción en su abundancia relativa en periodos hasta de 6 meses luego de la muerte, mientras que la abundancia relativa de otras https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 Cómo citar este artículo: Díaz Martín RD, et al. La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses. Rev Esp Med Legal. 2018. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 ARTICLE IN PRESS +Model REML-251; No. of Pages 10 6 R.D. Díaz Martín et al. como la albúmina o la apolipoproteína A1 se mantiene cons- tante durante el mismo periodo de tiempo. Asimismo, se ha demostrado que la desaminación del biglicano, un proteogli- cano rico en repetidos de leucina, presenta una correlación positiva con el intervalo post-mortem, lo cual perfila a esta molécula como un potencial biomarcador para la determi- nación de este intervalo58. En conjunto, estos antecedentes indican que el análisis proteómico de la matriz ósea puede proporcionar informa- ción clave para la identificación de marcadores que den cuenta de eventos pre-mortem como traumatismos, hábi- tos y conductas, enfermedades infecciosas e incluso en la resolución de preguntas como la determinación del intervalo post-mortem en restos esqueletizados. Aplicaciones cercanas en el campo forense: la caracterización de péptidos polimórficos como una herramienta auxiliar para la identificación Aunque el uso de las huellas dactilares es la mejor y más fre- cuente forma de realizar la identificación de los individuos, algunos eventos como la calcinación o los periodos prolonga- dos de descomposición pueden dificultar este proceso. Por lo tanto, de forma general en el contexto forense, la iden- tificación bajo estas circunstancias puede llegar a ser una pieza limitante en el desarrollode la investigación debido a la pérdida de las características fisonómicas que permiten la identificación. Aunque es posible realizar el proceso de identificación a partir de otras características físicas, como la organización y caracteres morfológicos de las piezas den- tales, este abordaje presenta algunas limitaciones, ya que se requiere la comparación con registros clínicos o con algún tipo de patrón que permita analizar la evidencia encontrada para realizar una identificación plena71,72. En la actualidad, las herramientas moleculares basa- das en la amplificación e identificación de fragmentos de ADN, como son la caracterización de polimorfismos de nucleótido único, la caracterización de secuencias repetidas «microsatélites», así como la identificación de holotipos de ADN mitocondrial, son altamente socorridas en las ciencias forenses para facilitar el proceso de identificación. Todas estas técnicas requieren que los tejidos y fluidos se encuen- tren en un estado de preservación relativamente óptimo que permitan tanto la extracción como la amplificación del material genético73,74. Desafortunadamente, es frecuente que el sitio de investigación forense presente características físicas y ambientales extremas que no faciliten esta preser- vación. Sumado a esto, el material genético en sí mismo es altamente susceptible a la degradación, se preserva de forma escasa durante periodos prolongados y la contamina- ción de las muestras es un evento frecuente en los contextos forenses, lo cual puede limitar el uso de estas herramientas en algunos casos73,75. Como ya se ha visto, en contraste con el ADN, las proteí- nas son moléculas altamente resistentes a las condiciones físicas y ambientales, y se preservan bien a lo largo de perio- dos prolongados59. De la misma forma, en la secuencia de diversas proteínas es posible encontrar variaciones genéti- cas entre un individuo y otro en forma de polimorfismos de un solo aminoácido (single amino acid polymorphisms), las cuales dan origen a péptidos con variación genética que son el producto directo de polimorfismos no repetidos de nucleó- tido único presentes en regiones exónicas del ADN; por lo tanto, a partir del análisis proteómico de estos péptidos con variación genética, es posible la localización biogeográfica de los individuos en grupos poblacionales determinados, e incluso puede ser una herramienta útil en la individualiza- ción del proceso de identificación76,77. Diversos trabajos han abordado la posibilidad de utilizar estos péptidos con variación genética como herramien- tas auxiliares para la identificación de polimorfismos de nucleótido único en ausencia de material genético en el contexto forense, utilizando diferentes matrices como cabe- llo y tejido óseo. Luego de la extracción de las proteínas y la digestión enzimática de estas, los múltiples péptidos son analizados por medio de cromatografía líquida de alta eficiencia acoplada a espectrometría de masas y se realiza el análisis bioinformático para la identificación de posibles péptidos con variación genética77,78. Estos péptidos deben ser clasificados y analizados de tal forma que se eliminen los falsos positivos causados por las MPT y/o ambientales como la oxidación de la metionina o la cisteína, la desaminación de la asparraguina (N) o la glutamina (Q), y la hidroxilación de aminoácidos como la prolina, entre otros. Este análisis bioinformático, aunado a un análisis estadístico, evidencia la ocurrencia de eventos de polimorfismos, lo cual permite calcular la distancia filogenética entre individuos, posibi- litando la asignación de los individuos dentro de grupos biogeográficos específicos76,78. Esto, en la práctica, puede facilitar la clasificación de sospechosos y/o víctimas en un grupo poblacional determinado. Sumado a esto, la identi- ficación y caracterización de dichos péptidos con variación genética aunada a un análisis del patrón de expresión en el perfil protéico puede llegar teóricamente a permitir la individualización del proceso de identificación. Aunque, en este sentido, los diversos factores, como los hábitos die- téticos, los factores ambientales y la edad, entre otros, pueden generar suficientes variaciones en el perfil de expre- sión génica, de tal forma que se dificultaría la identificación individual en algunos casos. Pese a esto, la identificación de estos péptidos con variación genética se perfila como una herramienta poderosa en el campo forense, que actual- mente permite la identificación de grupos biogeográficos y en un futuro cercano la identificación individual en los casos en los cuales la calidad y cantidad del material genético no sea óptima para los procesos de extracción y análisis de secuencias de ADN76---78. Sumado a este análisis que puede proporcionar la deter- minación del grupo biogeográfico de los sujetos y su posible identificación individual, el uso de herramientas proteómi- cas, tanto en restos antiguos como contemporáneo, también puede permitir la determinación del sexo. Recientemente, se ha demostrado que el análisis de los péptidos provenien- tes de la amelogenina por medio de cromatografía líquida de alta resolución acoplada a espectrometría de masas per- mite la identificación de las diferentes isoformas de esta proteína. Ya que la amelogenina se encuentra codificada en genes que se localizan en los cromosomas sexuales, sus diferentes isoformas se encuentran asociadas, de forma específica, a cada uno de los cromosomas sexuales, brindado una novedosa herramienta que puede facilitar la determi- nación del sexo de los individuos en estudio, cuyo material genético carece de una calidad óptima79. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 Cómo citar este artículo: Díaz Martín RD, et al. La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses. Rev Esp Med Legal. 2018. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 ARTICLE IN PRESS +Model REML-251; No. of Pages 10 La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses 7 Limitaciones y retos La proteómica ha demostrado ser una herramienta poderosa en la detección de moléculas que presentan potencial como biomarcadores en el campo forense30,76. Al igual que cual- quier metodología esta presenta una serie de limitaciones y dificultades técnicas80. Pese a que aún existen diversos retos, la proteómica se perfila como una herramienta que, en conjunto con las tec- nologías existentes, puede potenciar la adquisición y análisis de información biológica con un alto valor desde el punto de vista médico-legal10. Desde el punto de vista forense consi- deramos que existen 2 factores limitantes a tener en cuenta: el primero, referente en sí mismo al proteoma que se desea analizar y el segundo, referente a las limitaciones propias de los métodos analíticos empleados. Una de las principales dificultades a tener en cuenta es la naturaleza de la muestra, ya que en muchos escenarios forenses las muestras pueden ser escasas y con un pobre grado de preservación. Esto implica que es necesario utili- zar estrategias de extracción y aislamiento de proteínas que reduzcan la contaminación y la degradación, al tiempo que se reduce la formación de MPT no deseadas14,81. Sumado a esto, es necesario tener presenteel escenario del cual las muestras fueron recuperadas, ya que las condiciones ambientales pueden llegar a modificar la preservación de las proteínas presentes en diferentes tipos de tejidos58. Por otra parte, es importante tener en cuenta que el análisis proteómico de muestras en el contexto forense es relativamente reciente, por lo tanto, la variación inte- rindividual o intraindividuo puede afectar los resultados obtenidos30. Esto implica que para el uso de estas nuevas estrategias se hace necesario el desarrollo de protocolos estrictos en lo referente a la naturaleza de la muestra, el origen anatómico de esta y las condiciones de trans- porte y preservación. Asimismo, es importante avanzar en la caracterización de nuevos marcadores proteicos altamente reproducibles que permitan subsanar las posibles variacio- nes de un individuo a otro10,30. En algunos contextos, como el análisis de restos arqueo- lógicos o el estudio de restos esqueletizados, es posible que las proteínas recuperadas sean poco abundantes, lo cual implica que un análisis superficial de los datos puede lle- var a la pérdida de información biológica con valor en el contexto forense10,59. Por lo tanto, se hace necesario que los análisis proteómicos en el área forense sean realizados por expertos que utilicen plataformas analíticas robustas y especializadas, lo cual conlleva costes tanto en la forma- ción del personal especializado como en la adquisición de tecnologías de vanguardia. Conclusiones Aunque la interacción entre la proteómica y las cien- cias forenses es relativamente reciente, se ha visto un aumento en el número de publicaciones y posibles aplica- ciones que este grupo de estrategias puede llegar a tener en el campo médico-legal. Como hemos visto, la proteómica puede abordar un sinfín de preguntas que son cruciales en el entendimiento de la escena forense de una forma altamente reproducible, con altos estándares de calidad al tiempo que reduce la posibilidad de falsas identificaciones debidas a la contaminación o degradación de las muestras18,22,59. El empleo de estas estrategias en los laboratorios forenses puede ampliar el paradigma en la adquisición y análisis de datos biológicos, lo cual permitiría no solo el manejo de grandes volúmenes de información, sino además la interpre- tación detallada de esta en diferentes contextos, siguiendo un flujo de trabajo altamente eficiente y reproducible, apor- tando evidencia cuantitativa altamente precisa, que puede ser interpretada por el perito forense gracias a la amplia variedad de herramientas bioinformáticas disponibles7,10,57. Las posibles aplicaciones que pueden darse dentro del contexto forense van desde la identificación de las muestras encontradas en la escena de un crimen, hasta el diagnóstico preciso de enfermedades, condiciones metabólicas o toxico- lógicas de los individuos relacionados con la escena forense, e incluso la determinación del grupo biogeográfico al cual perteneció, esto a partir de un gran número de matrices de origen biológico y no biológico como: sangre, semen, hueso, tejido, cabello, fibras o sustratos como el suelo o la arena. Los resultados proporcionados desde la proteómica son rápi- dos y altamente confiables porque se apoyan en robustas bases de datos y análisis estadísticos que permite la inter- pretación de la información de forma confiable y con una baja probabilidad de error3,35,56,82. Finalmente, pese a que aún existe un amplio número de retos, el uso de estas nuevas tecnologías para la identifica- ción y cuantificación de marcadores proteicos, combinadas con el uso de los marcadores de ADN y ARN ya conocidos, así como la evolución de las tecnologías de espectrometría de masas para proteínas, puede proyectarse en una nueva etapa de las ciencias forenses, en la cual la información bio- lógica proporcionada por la evidencia física permite conocer no solo la identidad de los sujetos, sino también información cuantitativa sobre diversos eventos como el estado de salud de los individuos, sus patrones nutricionales, las condiciones ambientales, los eventos de migración y movimiento de los individuos involucrados en una escena forense. Financiación Este trabajo ha sido posible gracias a la Beca Postdoctoral otorgada por la Dirección General de Asuntos del Personal Académico de la UNAM. Conflicto de intereses Los autores declaran no tener ningún conflicto de intereses. Agradecimientos DMRD agradece el apoyo que ha recibido por parte de los Departamentos de Anfiteatro y de Microbiología y Parasito- logía de la Facultad de Medicina de la Universidad Nacional Autónoma de México (UNAM). Bibliografía 1. Rabilloud T. 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La proteómica como una nueva herramienta en las ciencias forenses. Rev Esp Med Legal. 2018. https://doi.org/10.1016/j.reml.2018.06.002 ARTICLE IN PRESS +Model REML-251; No. of Pages 10 8 R.D. Díaz Martín et al. sequencing spark proteomics on: Let there be light. J Proteo- mics. 2014;107:5---12. 2. Heffner KM, Hizal DB, Kumar A, Shiloach J, Zhu J, Bowen MA, et al. Exploiting the proteomics revolution in biotechnology: From disease and antibody targets to optimizing bioprocess development. Curr Opin Biotechnol. 2014;30:80---6. 3. Ray S, Reddy PJ, Jain R, Gollapalli K, Moiyadi A, Srivastava S. Proteomic technologies for the identification of disease bio- markers in serum: Advances and challenges ahead. Proteomics. 2011;11:2139---61. 4. Kim JY, Kim YG, Lee GM. CHO cells in biotechnology for pro- duction of recombinant proteins: Current state and further potential. Appl Microbiol Biotechnol. 2012;93:917---30. 5. Ye Y, Mar EC, Tong S, Sammons S, Fang S, Anderson LJ, et al. 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