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200 G E N Ó M I C A , G E N É T I C A Y V I R O L O G Í A Utilizando Mycoplasma, que tiene unos 500 genes, como punto de inicio, se ha estimado que alrededor de 250 o 300 genes son los mínimos para que una célula sea viable. Estas estimaciones se basan en parte en comparaciones con otros genomas pequeños. Además, se han realizado experimentos de mutagénesis sistemática para identificar los genes que son esenciales. Por ejemplo, experimentos hechos con Escherichia coli y Bacillus subtilis, cada uno con unos 4.000 genes, demos- traron que aproximadamente de 300 a 400 genes son esencia- les, dependiendo de las condiciones de cultivo. No obstante, en estos experimentos las bacterias fueron cultivadas con muchos nutrientes, lo que les permitía sobrevivir sin muchos genes que codifican funciones de biosíntesis. Muchos de los «genes esen- ciales» identificados están presentes también en otras bacterias y aproximadamente el 70 % de ellos también se han encontrado en Archaea y en eucariotas. Genomas grandes Algunos procariotas tienen genomas muy grandes, tanto como los de algunos microorganismos eucariotas. Como los euca- riotas suelen tener cantidades significativas de DNA no codifi- cante, pero no así los procariotas, en realidad algunos genomas procariotas tienen más genes que los eucariotas microbia- nos, a pesar de tener menos DNA. Por ejemplo, el genoma de Bradyrhizobium japonicum, una bacteria que forma nódu- los radicales fijadores de nitrógeno en leguminosas como la soja, tiene 9,1 Mbp de DNA y 8.300 ORF, mientras el genoma de la levadura Saccharomyces cerevisiae, un eucariota, tiene 12,1 Mbp de DNA pero solo 5.800 ORF (véase la Tabla 6.5). La bacteria del suelo Myxococcus xanthus también tiene 9,1 Mbp de DNA, mientras que muchos de sus parientes más cercanos tienen genomas de aproximadamente la mitad de ese tamaño. Se ha sugerido que el origen de estos genomas tan grandes podrían haber sido duplicaciones repetitivas de segmentos grandes del DNA genómico. El mayor genoma procariota conocido hasta el momento es el de Sorangium cellulosum, una especie de mixobacteria ( Sec- ción 14.19). Con un poco más de 12,3 Mbp en un cromosoma circular único, su genoma es unas tres veces más grande que el genoma de Escherichia coli. El genoma de Sorangium tiene una proporción relativamente grande de DNA no codificante (14,5 %) para ser una bacteria, y consecuentemente tiene menos secuencias codificantes (solo 9.400) que las que cabría esperar. No obstante, tiene más DNA que varios eucariontes como las levaduras o los protozoos Cryptosporidium y Giardia (véase la Tabla 6.5). La regulación compleja que necesita Sorangium para su forma de vida social se refleja en la gran cantidad de proteí- nas quinasas de tipo eucariota (enzimas que fosforilan otras pro- teínas para controlar su actividad). Tiene 317 quinasas, más del doble que cualquier otro genoma, incluidos los eucariotas. A diferencia de Bacteria, los genomas más grandes encontra- dos en Archaea hasta ahora tienen unos 5 Mbp (Tabla 6.1). En resumen, el tamaño de los genomas procarióticos varía entre el de los virus mayores y el de los microorganismos eucariotas. Contenido génico en los genomas bacterianos El complemento génico de un organismo concreto define su biología. Y a la inversa, los genomas están moldeados por adaptación al estilo de vida de los organismos. Los análisis solo 1,5 megapares de bases (Tabla 6.1). Tanto Methanocal- dococcus como Aquifex son también hipertermófilos; crecen óptimamente a temperaturas por encima de los 80 °C. Por con- siguiente, no es necesario un genoma grande para soportar un modo de vida extremo y autótrofo. Genomas pequeños Los genomas celulares más pequeños pertenecen a procariotas parásitos o endosimbiontes (células que viven dentro de otras células). El tamaño de los genomas de los procariotas que son parásitos obligados varía entre 490 kbp para Nanoarchaeum equitans (Archaea) y 4.400 kbp para Mycobacterium tuberculo- sis (Bacteria). Los genomas de varios procariotas, como N. equi- tans, Mycoplasma, Chlamydia y Rickettsia, son más pequeños que el genoma vírico más grande que se conoce, el de Mimivirus con 1,2 Mbp ( Sección 9.2). Hodgkinia, endosimbionte dege- nerado de las cicadas, tiene un genoma minúsculo, de menos de 150 kbp (Figura 6.8; véase también la Figura 6.14). Todos los genomas menores de 1,2 Mbp se encuentran en bacterias que dependen de otras células para algunos aspec- tos de su existencia. Los micoplasmas, con genomas de poco más de 500 kbp y algo menos de 500 genes, tienen los geno- mas más pequeños entre las bacterias parásitas (Figura 6.8; véase también la Figura 6.14). Excluyendo los endosimbion- tes, el genoma procariótico más pequeño conocido es el de N. equitans (Archaea), que es unos 90 kbp más pequeño que el de Mycoplasma genitalium (Tabla 6.1). A pesar de su minús- culo tamaño, el genoma de N. equitans contiene más ORF que el de M. genitalium. Ello es debido a que el genoma de N. equi- tans es muy compacto y apenas contiene DNA no codificante. Nanoarchaeum equitans es un hipertermófilo y parásito de otro hipertermófilo, la arquea Ignicoccus ( Sección 16.7). Además, le faltan prácticamente todos los genes que codifican proteínas para el metabolismo y presumiblemente depende de su hospedador para la mayoría de las funciones anabólicas y catabólicas. Escherichia coli (4.639.221) Halobacterium salinarum (2.571.010) HTCC2181 (1.304.428) Mycoplasma genitalium (580.070) Hodgkinia cicadicola (143.795) Figura 6.8 Comparación del tamaño de los genomas. Se muestra el genoma circular de varios procariotas dibujados a escala. El número de nucleótidos se muestra junto a los nombres. Los círculos verdes indican organismos de vida libre mientras que los círculos rojos indican los parásitos (Mycoplasma) y simbiontes de insectos (Hodgkinia). https://booksmedicos.org booksmedicos.org Botón1:
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