Descarga la aplicación para disfrutar aún más
Vista previa del material en texto
212 G E N Ó M I C A , G E N É T I C A Y V I R O L O G Í A Los datos del interactoma se expresan normalmente en la forma de diagramas de redes, donde cada nodo representa una proteína y las líneas de conexión representando las inte- racciones. Los diagramas de interactomas completos pueden ser muy complejos; por tanto, interactomas más centrados en una función, como la red de proteínas de la motilidad de la bacteria Campylobacter jejuni (Figura 6.22), son más ins- tructivos. Esta figura muestra las interacciones fundamentales entre componentes bien conocidos del sistema de quimiotaxia ( Secciones 2.19 y 7.8) e incluye todas las otras proteínas que interaccionan con estas. MINIRREVISIÓN ¿Por qué el término «proteoma» es ambiguo, mientras que el término «genoma» no lo es? ¿Cuáles son los métodos experimentales más frecuentes para estudiar el proteoma? ¿Qué es el interactoma? 6.9 La metabolómica y la biología de sistemas El metaboloma es el conjunto completo de intermediarios metabólicos y otras moléculas pequeñas producidas en un orga- nismo. La metabolómica ha ido a la zaga de otras «ómicas», en gran parte debido a la inmensa diversidad química de los peque- ños metabolitos que pueden estar presentes en una célula. Esto convierte el estudio sistemático en un desaf ío técnico. Los pri- meros intentos se hicieron mediante análisis de resonancia magnética nuclear (RMN) de extractos celulares marcados con 13C-glucosa (13C es un isótopo pesado de carbono, la mayoría de estos son 12C). Sin embargo, la sensibilidad este método es limitada y el número de compuestos que se pueden identificar El interactoma Por analogía con los términos «genoma» y «proteoma», el interac- toma es el conjunto completo de interacciones entre las macromo- léculas dentro de la célula (Figura 6.22). Originalmente, el término interactoma se aplicó a las interacciones entre proteínas, muchas de las cuales se ensamblan en complejos. Sin embargo, también es posible considerar las interacciones entre diferentes clases de macromoléculas, como es el caso del interactoma proteína-RNA. Figura 6.21 Proteómica comparativa. Compararon por categorías funcionales de las secuencias de proteínas que contienen dominios de unión a zinc de 40 Bacteria, 12 Archaea y 5 Eukarya. Las proteínas que contienen zinc son del 5 % al 6 % del total de proteínas en procariotas y del 8 % al 9 % en eucariotas, y muchas son enzimas. Los eucariotas también contienen factores de transcripción exclusivos que contienen zinc. 20 40 60 80 100 P ro te ín a s c o n d o m in io s d e u n ió n a Z n ( % ) Enzimas Factores de transcripción Otras funciones Eucariotas Procariotas Eucariotas y procariotas Figura 6.22 Interactoma de las proteínas de la motilidad en Campylobacter jejuni. Esta red ilustra cómo se representan usualmente los datos del interactoma. (a) Subsección de la red que muestra proteínas bien conocidas de la ruta de transducción de señales de la quimiotaxia (CheW, CheA, y CheY) y sus compañeras. MCP, proteínas de la quimiotaxia aceptoras de metilo ( Sección 7.8). (b) Interacciones más probables entre todas las proteínas conocidas que participan en la motilidad. Nótese que hay seis redes pequeñas que quedan fuera de la red principal. https://booksmedicos.org booksmedicos.org Botón1:
Compartir