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G E N Ó M I C A M I C R O B I A N A 217 U N ID A D 2 Las duplicaciones que se producen en el material genético pue- den incluir solo un puñado de bases o incluso genomas enteros. Por ejemplo, la comparación de los genomas de la levadura Sac- charomyces cerevisiae y de otros hongos sugiere que el ancestro de Saccharomyces duplicó su genoma completo. A ello le siguie- ron deleciones extensas que eliminaron mucho del material genético duplicado. El análisis del genoma de la planta modelo Arabidopsis sugiere que también hubo una o más duplicaciones del genoma completo en el ancestro de las plantas con flores. ¿Evolucionaron los genomas bacterianos por duplicación de genomas completos? La distribución de genes duplicados y familias génicas en los genomas de las bacterias sugiere que se produjeron muchas duplicaciones muy frecuentes pero relati- vamente pequeñas. Por ejemplo, la bacteria del suelo Myxococ- cus tiene un genoma de 9,1 Mbp, que es aproximadamente el doble que los genomas de otras especies próximas. Entre un grupo de bacterias gramnegativas conocidas como Alfapro- teobacterias, el tamaño del genoma varía entre 1,1 y 1,5 Mbp para los miembros parásitos y 4 Mbp para la bacteria de vida libre Caulobacter, y hasta 7 a 9 Mbp para bacterias asociadas a plantas, como Rhizobium (Tabla 6.1). Sin embargo, en todos estos casos, los análisis de distribución génica apuntan a dupli- caciones frecuentes a pequeña escala más que a duplicaciones del genoma completo. En cambio, en las bacterias parásitas, deleciones frecuentes sucesivas han eliminado genes que ya no eran necesarios para un estilo de vida parasitario, lo que las ha llevado a tener un genoma inusualmente pequeño (Sección 6.4, Tabla 6.1, y Figura 6.8 y 6.14). Análisis génicos en diferentes dominios La comparación de genes y familias génicas es un aspecto muy importante de la genómica comparativa. Dado que ya se han OrtólogosOrtólogos A1 Especie 1 Especie 2 Especie 2 Gen A Gen B Especie 1 A2 B1 B2 Divergencia de especies Gen ancestral en especies ancestrales Parálogos Parálogos Duplicación génica Figura 6.27 Ortólogos y parálogos. Este árbol filogenético muestra un gen ancestral que se duplicó y divergió en dos genes parálogos, A y B. Más tarde, las especies ancestrales divergieron en las especies 1 y 2, ambas con genes para A y B (designados respectivamente A1 y B1, y A2 y B2). Estos pares son parálogos. No obstante, como las especies 1 y 2 son ahora especies independientes, A1 es un ortólogo de A2 y B1 es un ortólogo de B2. Función desconocida Genes duplicados Duplicación génica Cambios de secuencia pequeños Cambios de secuencia grandes Metanógenos Gen ancestral Gen ancestral Gen duplicado Antepasado de RubisCO (subunidad grande) Duplicado de RubisCO RubisCO forma III Cianobacterias Metabolismo de la metionina RubisCO forma I Bacterias rojas RubisCo forma II Antepasado de RLP beta y gamma RLP alpha RLP gamma RLP beta (a) (b) Cambios de secuencia pequeños El gen retiene su función original El gen evoluciona hacia una nueva función Cambios de secuencia grandes Transcripción y traducción Figura 6.28 Evolución por duplicación génica. (a) El principio de la duplicación génica. Después de la duplicación, la copia «de recambio» de un gen es libre de evolucionar para dar una nueva función. (b) La familia de genes RubisCO (rbcL). La subunidad mayor de la enzima RubisCO que fija CO 2 durante la fotosíntesis, se ha dividido en tres formas muy relacionadas entre sí (I, II y III) que mantienen toda su función original (barras verdes). Sin embargo, la RubisCO deriva a su vez de un gen ancestral (barras negras) de función desconocida que se dividió para producir un gen que codifica una enzima del metabolismo de la metionina (barra amarilla) y varios genes cuyas funciones son aún desconocidas (barras moradas). RLP, proteína similar a RubisCO. https://booksmedicos.org booksmedicos.org Botón1:
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