Medicina genética

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Medicina genómica aplicada a la neumonía aguda comunitaria - Cardinal P, et al.
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Rev Med Urug 2011; 27: 42-49
REVISIÓN/ACTUALIZACIÓN
Correspondencia: Dr. Pablo Cardinal
18 de Julio 1866. Apto. 901- Montevideo, Uruguay
Correo electrónico: pablocardinal@hotmail.com
Recibido: 7/2/11.
Aceptado: 25/4/11.
Medicina genómica aplicada a la neumonía
aguda comunitaria
Dres. Pablo Cardinal*, Gloria Rieppi†, Milka Bengochea‡
Resumen
Las infecciones del tracto respiratorio inferior constituyen un enorme flagelo para la
humanidad. La neumonía aguda comunitaria es la principal enfermedad respiratoria por
frecuencia y severidad. A pesar de los avances de la medicina moderna, su morbilidad y
mortalidad permanecen prácticamente incambiadas.
La respuesta ante un agravio infeccioso es estrictamente individual al estar influida por la
estructura genética del huésped.
La medicina genómica procura personalizar y optimizar el diagnóstico, pronóstico y
tratamiento mediante el reconocimiento de la influencia que ejercen determinadas variantes
genéticas, denominadas polimorfismos, en la susceptibilidad y evolución de las diversas
patologías.
Los polimorfismos genéticos son capaces de modificar el riesgo de padecer determinado
evento o suceso en una enfermedad específica por lo cual su reconocimiento permite
personalizar la interacción entre ambiente y huésped.
En el presente artículo se describen los polimorfismos que están asociados positivamente con
la evolución de la neumonía aguda comunitaria y qué aplicaciones clínicas podría tener la
medicina genómica.
Palabras clave: NEUMONÍA - genética.
INFECCIONES COMUNITARIAS ADQUIRIDAS.
GENOMICA.
Keywords: PNEUMONIA - genetics.
COMMUNITY-ACQUIRED INFECTIONS.
GENOMICS.
* CASMU-IAMPP. Programa de Investigación Biomédica
(PROINBIO). Uruguay.
† Prof. Agregada de la Cátedra de Medicina Intensiva. Facultad de
Medicina. Universidad de la República. Uruguay.
‡ Prof. Agregada del Instituto de Donación y Trasplante de Células,
Tejidos y Órganos. Facultad de Medicina. Universidad de la Repú-
blica. Uruguay.
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Rev Med Urug 2011; 27(1): 42-49
Introducción
Las infecciones del tracto respiratorio inferior (ITRI) cons-
tituyen un enorme flagelo para la humanidad siendo res-
ponsables de al menos 1,6 millones de muertes en indivi-
duos mayores de 59 años de edad(1). En términos relati-
vos, 6% y 4% del total de decesos en Latinoamérica y en
las regiones desarrolladas del mundo, respectivamente,
son debidas a ITRI(2).
Específicamente en Uruguay, los últimos datos publi-
cados por el Ministerio de Salud Pública (MSP) corres-
ponden al año 2008 y establecen que las enfermedades
respiratorias fueron responsables de 2.890 (9,21%) de los
31.363 decesos registrados(3). A pesar que la exacta inci-
dencia de la neumonía aguda comunitaria (NAC) en nues-
tro medio se desconoce dada la no obligatoriedad en su
notificación, las dificultades diagnósticas y los pocos es-
tudios epidemiológicos publicados se estima que más de
10% de las personas que consultan por patología respira-
toria en el primer nivel de asistencia podrían tener una
NAC(4). La NAC grave que requiere el ingreso a terapia
intensiva fue analizada por los grupos de los doctores
Bagnulo(5), Soca(6) y Correa(7). La mortalidad entre los 348
pacientes incluidos en las tres series osciló entre 29% al
48%, siendo el Streptococcus pneumoniae el germen más
frecuente.
El shock séptico es una de las principales complica-
ciones en la NAC pudiendo ser reconocido hasta en 50%
de los pacientes ingresados a áreas de terapia intensiva(8).
Es una emergencia infectológica con muy elevada morta-
lidad(9,10), tanto en agudo como a largo plazo(11,12).
La razón por la cual un individuo puede adoptar una
evolución benigna y autolimitada o una severa que evolu-
cione al shock séptico y la muerte se desconoce. Induda-
blemente, las comorbilidades y el envejecimiento incre-
mentan la susceptibilidad individual, sin embargo, la mi-
tad de los adultos que fallecen por NAC neumocócica
tienen menos de 65 años de edad y muchos sin enferme-
dades asociadas(13). La virulencia de los gérmenes explica
solo de forma parcial esta realidad, factores no vinculados
al microorganismo agresor podrían tener una influencia
aun más importante que estos(14).
La publicación del Proyecto Genoma Humano (PGH),
hace aproximadamente una década, marcó el inicio de la
era posgenómica al tiempo que cambió radical e irreversi-
blemente nuestra forma de concebir la salud y la enferme-
dad(15,16). Sir William Olser (1849-1919) fue el primero en
reconocer que “la variabilidad es la regla de la vida, al
igual que no existen dos rostros iguales, no hay dos cuer-
pos iguales ni dos individuos que reaccionen igual ante
circunstancias anormales como la enfermedad”(17). La me-
dicina genómica transforma el teórico pensamiento del re-
conocido médico canadiense en algo práctico pues per-
sonaliza la interacción entre el ambiente y el huésped.
Los polimorfismos son variantes frecuentes y norma-
les dentro de la secuencia del ácido desoxirribonucleico
(ADN) del huésped y a diferencia de las mutaciones no
son responsables de enfermedades específicas, sin em-
bargo sí son capaces de modificar el riesgo de padecer
determinado evento o suceso en una patología determi-
nada. Por ejemplo, la NAC es desencadenada evidente-
mente por un agravio infeccioso y no existe un único po-
limorfismo que sea el responsable de su desarrollo, sin
embargo la variabilidad observada en la susceptibilidad y
en la gravedad entre distintos individuos sí está influida
por estos factores genéticos.
Polimorfismo se define a la existencia, en una posición
específica dentro del gen, de al menos dos secuencias
(alelos) distintas cuyas frecuencias poblacionales supe-
ran el 1%. Por convención, al alelo más frecuente se lo
denomina nativo y al otro (u otros) polimórfico (ismos).
Dado que las frecuencias alélicas son específicas para
cada región geográfica, raza y población, los alelos son
nativos o polimórficos para cada comunidad específica.
Los polimorfismos pueden ser de diferentes tipos:
a. De nucleótido simple (single nucleotide polymor-
phism, SNP), consisten en la sustitución de un único nu-
cleótido por otro. En el genoma humano se encuentran
registrados más de 3,1 millones de SNP, constituyendo el
tipo más frecuente(18,19).
b. De longitud de fragmentos de restricción (restric-
tion fragment length polymorphism, RFLP). Se trata de
secuencias específicas de nucleótidos capaces de ser re-
conocidas y cortadas por enzimas de restricción. Un indi-
viduo puede tener o no la secuencia y, por consiguiente,
ser polimórfico o no.
c. Repetición en tándem de número variable (variable
number tandem repeat, VNTR). Consiste en secuencias
específicas de ADN que se repiten; el alelo que presenta
el número de repeticiones más frecuente en la población
se denomina nativo y el resto son polimórficos(20).
En el presente artículo se describen los polimorfismos
que están asociados positivamente con la evolución de la
NAC y qué aplicaciones clínicas podría tener la medicina
genómica.
Lectina de unión a la manosa
La lectina de unión a la manosa es una colectina que se
sintetiza en el hígado y es secretada al torrente sanguí-
neo, su función es unirse a estructuras repetidas de azú-
cares presentes en una amplia variedad de bacterias y
microorganismos promoviendo su eliminación mediante
la activación del complemento(21).
Los SNP localizados en las posiciones 223, 230 y 239
de los codones 52 (rs5030737; variante D), 54 (rs1800450,
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variante B) y 57 (rs1800451; variante C), respectivamente,
modifican la estructura molecular de la lectina de unión a
la manosa, alteran su polimerización y determinan una
deficiencia en su función(22). La presencia de al menos
uno de los tres SNP antes descriptos se denomina alelo O
y al otro alelo A. Otro polimorfismo localizado en la posi-
ción -220 (rs7096206), constituido por los alelos X e Y,
también es importantepor influir en la transcripción de los
alelos A/O. En conjunto se consideran a los genotipos O/
O y XA/O hiposecretores respecto al resto(23).
Pérez y colaboradores(24) encontraron que los pacien-
tes polimórficos en el gen de manosa de unión a la lectina
tenían menores niveles séricos en la fase aguda (863 ± 675
versus 4.298 ± 2.109; p=0,001) y evolucionada (695 ± 523
versus 3.576 ± 1.246; p=0,001) de la neumonía, sin embar-
go no identificaron asociación respecto a la severidad de
la enfermedad. Inesperadamente los pacientes con alelos
nativos presentaron un mayor riesgo de bacteriemia que
el resto (OR 2,7; IC95% 1,0-7,5).
García Laorden y colaboradores(25) demostraron que
el genotipo hiposecretor se asoció a un riesgo incremen-
tado de ingresar a terapia intensiva (OR 1,8; IC95% 1,1 -
2,9), de falla multiorgánica (OR 1,9; IC95% 1,0- 3,5), de
presentar un síndrome de distrés respiratorio agudo (OR
1,9; IC 95% 1,2 - 3,2) y de morir antes de los 90 días (OR
2,3; IC95% 1,3- 4,1); sin embargo, sólo el SNP -221 X/Y
influyó en la susceptibilidad de la neumonía (OR 0,8; IC95%
0,7-1,0).
Proteína C reactiva
Las propiedades antiinfecciosas de la proteína C reactiva
(PCR) incluyen el reconocimiento de moléculas extrañas,
la activación del complemento y la unión a la fosfocolina.
Los altos niveles séricos son protectores y se correlacio-
nan con la evolución clínica(26-28).
Mukamal y colaboradores(29) encontraron en pacien-
tes de raza negra que el haplotipo 790A/1919A/2667G/
3872G/5237A del gen de la PCR se asociaba a una dismi-
nución en la susceptibilidad de la NAC (OR 0,5; IC 95%
0,3-0,9).
Receptor de unión a la inmunoglobulina II
La fagocitosis dependiente de la opsonización es uno de
los principales mecanismos responsables de la elimina-
ción de microorganismos en la vía aérea. El Fcγ IIa (CD32)
es el único receptor de membrana que está localizado en
una amplia variedad de células inmunes y es capaz de
interaccionar eficientemente con los anticuerpos IgG(30).
El SNP 494 A/G (rs1891274) determina el reemplazo del
aminoácido arginina (R) por histidina (H). El alelo A tiene
una mayor afinidad de unión a la Ig G2 que el alelo G, por lo
cual optimiza la fagocitosis bacteriana(31,32).
Yee y colaboradores(33) encontraron que el genotipo
Fcγ-IIa 494GG es un factor de riesgo para la NAC neumo-
cócica bacteriémica (OR no publicado).
Endeman y colaboradores(34) hallaron en pacientes
hospitalizados por NAC que el genotipo Fcγ-IIa 494GG
incrementa el riesgo de sepsis severa (OR 2,6; IC 1,3-5,0) a
pesar que cuando se analizó respecto a los controles “sa-
nos” no modificó la susceptibilidad a la enfermedad.
Interleuquinas
Las interleuquinas (IL) son pequeñas proteínas que regu-
lan interacciones entre células del sistema inmune. Su fun-
ción es esencial en la regulación e integración de la res-
puesta inmune, de la inflamación y de la hematopoyesis.
Waterer y colaboradores(35) encontraron que el geno-
tipo AA en la posición 250 del gen de la linfotoxina se
asocia a un mayor riesgo de desarrollar shock séptico (RR
3,6 IC95% 1,3-10,6) y que el GG en la posición -308 del
factor de necrosis tumoral alfa (FNTα) (rs1800629) con la
falla respiratoria tipo II (OR no publicado).
Schaaf y colaboradores(36) demostraron que el SNP
IL6 -174GG disminuye el riesgo de diseminación extrapul-
monar en la neumonía neumocócica (OR 0,3; IC95% 0,1-
0,9).
Solé Violán y colaboradores(37) observaron que el ge-
notipo TG en la posición 676 en el receptor del FNTα 2 (rs
1061622) se asociaba a un incremento en la mortalidad de
la NAC (HR 0,5; IC95% 0,3-0,9).
La influencia genética en la variabilidad de la produc-
ción de IL 10, prototipo de mediador antiinflamatorio(38),
es de 50%-75%(39,40). Gallagher y colaboradores(41) demos-
traron que el alelo G en la posición -1082 del gen de la IL10
(rs1800896), fenotipo hipersecretor(42,43), se asocia a un
aumento en el riesgo de muerte en pacientes con NAC
(OR 4,3; IC 95% 1,4-13,2).
El factor inhibidor de la migración de macrófagos
(FIMM) es una citoquina reguladora de la respuesta in-
mune innata(44,45), sus altos niveles séricos han sido aso-
ciados con el desarrollo de sepsis severa, shock séptico y
aumento en la mortalidad(46-48). Yende y colaboradores(49), en
un estudio caso-control que incluyó a pacientes añosos
pero de baja comorbilidad, encontraron que el haplotipo
FIMM -173C/7 disminuye la susceptibilidad a la NAC (OR
no publicado). En el grupo de pacientes hallaron que el
alelo -173C se asoció a un menor riesgo de shock séptico
(OR 0,5; IC95% 0,2-0,9) y de muerte a 90 días (OR 0,6;
IC95% 0,4-0,9).
Proteínas de “golpe de calor”
Las proteínas de “golpe de calor” (Heat shock proteins)
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son moléculas citoprotectoras liberadas en respuesta a
estímulos externos como ser la isquemia y la inflamación(50).
Waterer G y colaboradores(51) encontraron que el SNP HSP
70-2 1267 AA incrementa el riesgo de sepsis severa (RR
3,5; IC95% 1,8-6,8) y que los homocigotos para el haplotipo
LTα +250A/HSP70-2 1267A tienen un mayor riesgo de de-
sarrollar una NAC con shock séptico (OR 5,3; IC95% 2,4-
12,2).
Inhibidor del factor activador del plasminogeno (PAI-1)
En el alvéolo de pacientes con neumonía la actividad pro-
coagulante y la fibrinólisis está aumentada y disminuida,
respectivamente, debido principalmente al incremento de
la actividad del PAI-1(52 ,53). Los niveles séricos del PAI-1
están influidos por la presencia del SNP 675 4G/5G
(rs1799768) , los niveles mayores y menores se aprecian
en individuos portadores de los alelos 4G y del 5G, respec-
tivamente(54).
Yende y colaboradores(55) demostraron en individuos
añosos de raza blanca que el alelo 4G y el haplotipo 4G/
2846G/4588C/7343A en el gen del PAI-1 incrementaba el
riesgo de padecer una NAC (OR 2,1; IC95% 1,3-3,6 y OR
no publicado respectivamente), contrariamente al efecto
observado con el haplotipo 5G/2846A/4588C/7343G (OR
no publicado).
Sapru y colaboradores(56) encontraron que el alelo 4G
se asociaba a una mayor mortalidad (OR 6,5; IC95% 1,3-
34,0) y menor número de días libres de ventilación mecáni-
ca (4 días versus 13 días, p: =0,004).
Madách y colaboradores(57) reportaron que el alelo 4G
se asoció a un incremento en el riesgo de desarrollar sín-
drome de disfunción multiorgánica sistémica (OR 3,0;
IC95% 1,3 - 6,8) y shock séptico (OR 2,6; IC95% 1,1- 6,0).
Surfactante
El surfactante es un compuesto tensoactivo e inmunorre-
gulador producido por los neumocitos tipo II(58). Está com-
puesto por 80% de fosfolípidos, 8% de lípidos neutrales y
12% de proteínas. Las apoproteínas del surfactante son
cuatro: SP-A, SP-B, SP-C y SP-D.
Quasney y colaboradores(59) encontraron que el alelo
C del SNP 1580 de la SP-B (rs1800896) se asociaba a un
incremento en el riesgo de requerir ventilación mecánica
(RR 1,5 IC95% 1,2-1,8), síndrome de distrés respiratorio
agudo (RR 1,7 IC 95% 1,4-2,1) y shock séptico (RR 1,4
IC95% 1,1-1,7).
Hem oxigenasa -1
La enzima Hem oxigenasa es la responsable de degradar el
grupo Hem en biliverdina, la cual es reducida en bilirrubina
por la biliverdina reductasa(60). El tipo I es la forma inducible
de la enzima Hem oxigenasa (HO-I) y su principal función
es proteger a la célula del agravio oxidativo. Su expresión
génica está influenciada por el número de repeticiones GT
en el extremo 5´ de su gen(61).
Yasuda y colaboradores(62) demostraron que la presen-
cia de más de 33 repetidos incrementa la susceptibilidad a
la NAC en población japonesa mayor de 65 años (OR 2,1;
IC95% 1,2-3,6).
Aplicabilidad clínica de la medicina genómica
La medicina genómica se expande continua y rápidamen-
te, ejemplo de ello son los cientos de genotipos capaces
de influir en la evolución de numerosas patologías o en la
respuesta a los medicamentos(63,64).
Uno de los principales desafíos que la comunidad cien-
tífica debe afrontar es lograr que todo este conocimiento
sea transferido pertinente y rápidamente a la práctica clí-
nica. De otra forma, es posible que algunos pacientes se
expongana riesgos innecesarios o no reciban el mejor
tratamiento disponible(65).
El posible espectro de aplicaciones clínicas que la
medicina genómica podría tener se incrementa continua-
mente, particularmente en las siguientes áreas:
– Objetivación y cuantificación de riesgo. En mu-
chas áreas de la medicina, especialmente en las de alto
riesgo como la terapia intensiva o cuando los efectos se-
cundarios del tratamiento son muy graves(66), es necesa-
rio objetivar y cuantificar el riesgo de cada paciente indi-
vidualmente. Los escores habitualmente utilizados en me-
dicina intensiva, como el SAPSII(67), APACHEII(68) o el
SOFA(69), derivan del análisis de grandes cohortes de pa-
cientes. Incluir información genómica a las variables clíni-
cas y paraclínicas podría personalizar el riesgo y recono-
cer subgrupos específicos(70). Por ejemplo, en la sepsis
severa/shock séptico se propuso el enfoque PIRO(71), que
implica considerar de forma integrada la predisposición
(factores premórbidos y variantes génicas), la infección
(sitio, tipo y extensión), la respuesta y la disfunción multi-
orgánica (organ disfunction).
– Generación de nuevos conocimientos etiológicos
y fisiopatológicos. La identificación de variantes génicas
permitirá orientar el desarrollo del conocimiento hacia vías
específicas, al tiempo que diseñar tratamientos innovado-
res e individualizados.
– Farmacogenética es la ciencia que estudia cómo
las diferencias genéticas determinan la respuesta a los
fármacos(66,72). La farmacogenética permite prescribir fár-
macos a pacientes específicos con el objetivo de lograr el
mayor beneficio terapéutico y minimizar los efectos ad-
versos(73).
Medicina genómica aplicada a la neumonía aguda comunitaria - Cardinal P, et al.
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– Nutrigenómica es la ciencia que estudia la expre-
sión de los genes en relación con la nutrición y el desarro-
llo de enfermedades asociadas a dicha expresión(74).
Conclusión
La publicación del genoma humano brindó el contexto e
impulso necesario para el desarrollo de la medicina genó-
mica, la cual procura personalizar la interacción entre am-
biente y huésped al reconocer la influencia que ejercen las
variantes genéticas en la respuesta ante determinados
eventos o sucesos. Específicamente, en la NAC varios
polimorfismos han demostrado su influencia, sin embargo
el conocimiento disponible aún es incompleto, fracciona-
do y difícil de comprender.
Las posibles aplicaciones clínicas de la medicina ge-
nómica son cada día más amplias. El mayor beneficio se
obtendrá cuando el paciente, la patología o los efectos
secundarios del tratamiento sean de elevado riesgo.
El equipo sanitario del presente siglo indiscutiblemen-
te deberá familiarizarse con estos enfoques y conceptos
si no quiere exponer a sus pacientes a riesgos y sufrimien-
tos innecesarios.
Reconocimiento
Los autores desean agradecer a todos los pacientes, cole-
gas, licenciados, técnicos y administrativos que han he-
cho posible la realización del Proyecto de Investigación
Clínico y Genómico en Neumonía Aguda Comunitaria
(www.genes.com.uy). También al laboratorio Roemmers y
en particular al Dr. E. Carlomagno y al Sr. J.L. Lima, por la
permanente colaboración en la realización de la menciona-
da investigación.
Summary
Lower respiratory tract infections constitute a serious prob-
lem for humanity. Community-acquired pneumonia is the
main respiratory disease due to frequency and severity. In
spite of progress made by modern medicine, mortality and
morbility rates remain unchanged. Response to an infec-
tious attack is strictly personal as it is influenced by the
host’s genetic structure.
Genomic medicine aims to personalize and optimize
diagnosis, prognosis and treatment by acknowledging the
influence of certain genetic variations, called polymor-
phisms, on susceptibility and the evolution of several
pathologies.
Genetic polymorphisms are able to modify the risk of
suffering a certain event or episode in a specific disease
and being aware of this enables personalizing the interac-
tion between the environment and the host. The present
study describes polymorphisms that are positively asso-
ciated to the evolution of acute-community acquired pneu-
monia and the possible clinical applications by genomic
medicine.
Résumé
Les infections des voies respiratoires inférieures constituent
un énorme fléau pour l’humanité. La pneumonie aigue
communautaire est la principale maladie respiratoire, par
sa fréquence et par sa gravité. Malgré les progrès de la
médecine moderne, sa morbidité et sa mortalité restent
presque inchangées. La réponse face à une infection est
strictement individuelle puisque la structure génétique du
hôte en a une influence directe.
La médecine génomique essaie de personnaliser et
d’optimiser le diagnostic, le pronostic et le traitement,
tenant compte de l’influence de certaines variantes
génétiques, appelées polymorphismes, sur la susceptibilité
et l’évolution des diverses pathologies.
Les polymorphismes génétiques sont capables de
modifier le risque de subir un événement déterminé au
cours d’ une maladie spécifique; sa reconnaissance permet
donc de personnaliser l’interaction entre ambiance et hôte.
Dans cet article, on fait la description des polymor-
phismes associés positivement à l’évolution de la
pneumonie aigue communautaire et des actions cliniques
que pourrait mener la médecine génomique.
Resumo
As infecções do trato respiratório inferior são um impor-
tante problema para a humanidade sendo a pneumonia
aguda comunitária a principal doença respiratória por sua
freqüência e gravidade. Apesar dos avanços da medicina
moderna sua morbidade e mortalidade permanecem
praticamente inalteradas.
A resposta ante um ataque infeccioso é estritamente
individual por estar sujeita à estrutura genética do hóspede.
A medicina genômica busca personalizar e otimizar o diag-
nóstico, prognóstico e tratamento reconhecendo a influen-
cia que exercem determinadas variantes genéticas, deno-
minadas polimorfismos, sobre a suscetibilidade e a evo-
lução das diferentes patologias.
Os polimorfismos genéticos são capazes de modificar
o risco de sofrer determinado evento em uma doença es-
pecífica pelo qual seu reconhecimento permite personali-
zar a interação entre ambiente e hóspede.
Neste artigo os polimorfismos que estão associados
positivamente com a evolução da pneumonia aguda
comunitária e as possíveis aplicações clínicas da medici-
na genômica são descritos.
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