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Taxonomía microbiana (clasificación binomial)
El sistema de clasificación que se usa hoy tuvo sus comienzos en el siglo XVIII con el trabajo de Carlos Linneo. Él asignó cada organismo a una categoría grande: al reino vegetal o al reino animal. 
La taxonomía es la ciencia de la clasificación que comprende algo más que identificar y dar nombres a los organismos. Un taxónomo (el científico que se especializa en la taxonomía) trata de entender las relaciones entre los organismos y de identificar y dar nombre a los organismos. Un buen sistema de clasificación permite a los biólogos saber muchas cosas acerca de un organismo si conoce las características del grupo a que pertenecen. La Nomenclatura Binomial
Antes del descubrimiento de los microorganismos se creía que todos los seres vivos que existían eran plantas y animales, sin embargo, durante el siglo XIX se comprobó que los microorganismos tienen propiedades tanto de plantas y animales. En 1866, Haeckel propuso que los microorganismos se incluyeran en un caldo separado, el de los Protistas, que incluía a: algas, hongos, protozoarios y bacterias. Sin embargo, a mediados del siglo XX las nuevas técnicas de microscopía electrónica, revelaron que las bacterias por su estructura celular difieren fundamentalmente de los otros tres grupos; por lo que se localizan dentro del reino Monera, ya poseen un tipo de estructura celular más primitiva llamada procariótica.
Linneo un estudioso de la botánica nacido en Suecia categorizó un enorme grupo de especies estableciendo divisiones que las agrupaban para su estudio, muchas de esas categorías son usadas en la (Solomon et al. ,2008).
El desarrollo de un sistema para dar nombre a todos los organismos fue una contribución que hizo Linneo a la ciencia taxonómica, ya que desarrolló un sistema que todavía es usado por los científicos: la nomenclatura binomial. A cada especie se le da un nombre de dos palabras en latín.
La primera palabra del nombre nos dice el género a que pertenece el organismo. La primera letra del nombre del género siempre va con letra mayúscula.
El aspecto más impresionante del mundo vivo es su diversidad. Nuestro conocimiento de la diversidad de la vida ha ido creciendo exponencialmente durante los últimos trescientos años. Comenzó con los viajes de exploración y el trabajo de exploradores, cuyas observaciones y colecciones revelaron diferencias en las faunas y floras de todo nuevo continente e isla que exploraban. Vino a continuación el estudio de los organismos marinos y de agua dulce, incluyendo los de las profundidades oceánicas, que reveló otra dimensión de la biodiversidad. La investigación de los animales y plantas microscópicas, los parásitos y los restos fósiles proporcionó nuevas pruebas del carácter único de las biotas terrestres. Por último, tuvo lugar el descubrimiento y estudio científico de los procariontes (bacterias y similares) tanto actuales como fósiles
A medida que el hombre necesitó referirse a especies particulares, ha conferido a cada una de ellas un nombre común. Por lo general, esos nombres solo se aplicaron a plantas o animales locales de importancia medicinal, religiosa, o económica, pero el nombre otorgado rara vez se fundaba en verdaderas características botánicas o zoológicas. Tampoco se aplicaban de una manera sistemática, ni existía ningún esfuerzo consciente por utilizar los nombres con el fin de indicar alguna relación entre unas y otras especies.
La clasificación biológica se convirtió en el arte de agrupar los organismos vivos según la forma que expresara mejor el grado de sus relaciones evolutivas. La ciencia de clasificación de los seres vivos recibe el nombre de taxonomía y atiende a dos aspectos: Identificar y describir de la manera más completa posible, las unidades taxonómicas básicas, las especies y Desarrollar un sistema para ordenar y catalogar estas unidades.
La Taxonomía, es el campo concreto de investigación que se “ocupa de describir y clasificar la vasta diversidad de la naturaleza” (Mayr, 1998). Etimológicamente, el término deriva del gr., nomos, orden, ordenación, y logos, ley, norma. Heywood (1968) define a la Taxonomía como “...el estudio de la clasificación incluyendo bases, principios, métodos y leyes”. Es un área de la ciencia biológica que comprende tres disciplinas diferentes: identificación, nomenclatura y clasificación de los organismos en un sistema jerarquizado e inclusivo. Cada nivel de este sistema se denomina categoría taxonómica y las diferentes categorías se incluyen unas dentro de otras, desde la categoría fundamental (especie) hasta otras de mayor rango como género, familia, orden, clase, phylum (filo o división) y reino. Según aumenta la complejidad de las clasificaciones van apareciendo categorías intermedias como subphylum, superclase, subclase, infraclase, superorden, suborden, superfamilia, subfamilia e incluso subespecie. Todas estas categorías taxonómicas y los elementos que contienen reciben el nombre genérico de taxones. 
Linneo un estudioso de la botánica nacido en Suecia categorizó un enorme grupo de especies estableciendo divisiones que las agrupaban para su estudio, muchas de esas categorías son usadas en la (Solomon et al. ,2008).
La especie, además de ser la categoría taxonómica fundamental, cuenta con una estricta Nomenclatura que establece las normas para asignarle un nombre único y universal: el nombre científico. Para los animales esas reglas se consignan en el Código Internacional de Nomenclatura Zoológica. Un nombre científico siempre estará formado por dos palabras de raíz latina o griega que se escribirán en cursiva (o, en su defecto, subrayadas). La primera de ellas (el género) comenzará con mayúscula mientras que la segunda (el epíteto específico) no. Cada nombre científico (Género + epíteto específico) es exclusivo de una especie, es decir, representa únicamente a los individuos pertenecientes a la misma. El género puede ser común a varias especies que estén estrechamente emparentadas y que se diferenciarán entre sí por el epíteto específico.
Las reglas de nomenclatura de los seres vivos se encuentran contenidas en diferentes códigos:
Código Internacional de Nomenclatura para algas, hongos y plantas: adoptado por el Congreso Internacional de Botánica, Melbourne, Australia, en julio de 2011 en vigencia desde el 1 de enero de 2012. Trata los nombres de plantas, algas, hongos, protistas fotosintéticos y cianobacterias, el Código Internacional de Nomenclatura de Bacterias: adoptado por la Sesión Plenaria del 15° Congreso Internacional de Microbiología, Osaka 1990. Trata los nombres de bacterias y arqueas. Y el Código Internacional de Nomenclatura para Plantas Cultivadas: adoptado por la Comisión para la de Plantas cultivadas de la Unión Internacional de Ciencias Biológicas.
 A pesar de las diferencias entre los códigos, éstos poseen algunas similitudes (Crisci et al., 1993; Winston, 1999; en Morrone, 2013):
 - Aseguran un nombre único para cada taxón, escrito en latín y conformado de acuerdo con ciertas reglas, Proveen reglas para publicar nombres nuevos y determinar si los nombres publicados son aceptables, Cuando hay más de un nombre para un mismo taxón, permiten elegir entre ellos inequívocamente, Aseguran una documentación adecuada de los nombres, Aseguran la tipificación (que cada nombre se encuentre ligado a un tipo porta nombre) para permitir que los nombres sean asignados a taxones, sin inferir con la libertad científica, Proporcionan un punto de partida cronológico, de modo que los nombres anteriores al mismo sean desechados y Proveen mecanismos para desestimar cualquier regla que pudiera amenazar el nombre en uso de un taxón.
El objetivo principal de la nomenclatura es proporcionar nombres a los taxones reconocidos a diferentes niveles. Un nombre es una convención que permite la comunicación entre sistemáticos, otros biólogos y cualquier persona que utilice el sistema general de referencia proporcionado por la clasificación. Idealmente, esperamos que los nombres de los taxones sean universales(deberían significar lo mismo para cualquiera que los emplee), fáciles de memorizar, informativos, concretos (cada nombre debe hacer referencia inequívoca aun taxón) y estables (deberían cambiar poco con el tiempo), Morrone, 2013.
Todos los científicos y estudiosos de la salud tenemos la necesidad de establecer un orden jerárquico de los organismos vivos, lleva al estudio de cada uno de los grupos y a la búsqueda de técnicas que permitan llevar a cabo una caracterización para poder establecer un orden jerárquico más amplio y adecuado.
Estas técnicas han atribuido a una clasificación más exacta y a una comprensión de los organismos y su historia evolutiva. Nosotros como microbiólogos debemos apropiarnos más de esta técnica de clasificación y buscar formas de visionar y mejorar la taxonomía no solo en el ámbito de los procariotas sino en taxonomía general.
Bibliografías
Sistemática, Fundamentos, Métodos, Aplicaciones.
 1 ª edición, 13 de enero del 2013. Universidad Nacional Autónoma De México
Uso interno de la cátedra SISTEMÁTICA TEÓRICA. Unidad 1. Depto. BIOLOGÍA – Licenciatura en Genética. Año 2014, Lic. Manuela Rodríguez.
Uso interno de la cátedra SISTEMÁTICA TEÓRICA. Unidad 2. Depto. BIOLOGÍA – Licenciatura en Genética. Año 2014, Lic. Manuela Rodríguez.
REDVET - Revista electrónica de Veterinaria. http://www.veterinaria.org/revistas/redvet 2012 Volumen 13 Nº 7 - http://www.veterinaria.org/revistas/redvet/n070712.html
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