CLASE 2_Actividad_GenBank-Guerrero

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CLASE 2 – GEN BANK 
 
Guerrero Agustina | Taller de Bases de Datos y Manejo de Software| 
13/11/20 | Pamela Villalba 
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Actividades para resolver usando GenBank 
Problema 1 
 
a) 
• Gen: alpha polypeptide (ADH1A), mRNA 
• Largo de secuencia: 1454 bp 
• Cantidad de veces modificado: 4 (NM_000667.4) 
• Especie: Homo sapiens 
 
 
 
b) 
• Max Score: 1386 
• E-value: 0.0 
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• % de identidad: 100.00% 
 
c) 
• En que tejido se expresa más dicho gen: El gen ADH1A está activo en el hígado al 
comienzo de la vida fetal, pero solo está débilmente activo en el hígado adulto. Este 
gen se encuentra en un grupo con seis genes de alcohol deshidrogenasa adicionales, 
incluidos los que codifican las subunidades beta y gamma, en el brazo largo del 
cromosoma 4. 
 
d) 
• Max Score: 2636 
• E-value: 0.0 
• % de identidad: 99.38% 
 
 
 
 
e) 
• 0/1454 gaps es decir 0% 
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f) 
 
 
product length = 991 
Forward primer 1 TGGCTGTAGGAATCTGTGGC 20 
Template 196 .................... 215 
 
Reverse primer 1 ATGGTACGGATACTTTTCCCAGA 23 
Template 1186 ....................... 1164 
 
Problema 2 
 
 
a) Se utiliza BLASTP debido a que compara proteínas con una base de datos de 
proteínas. 
b) surface glycoprotein [Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2] 
c) Realizamos un BLAST entre YP_009724390.1 y el segundo organismo (en este caso 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sites/entrez?cmd=Search&db=protein&term=YP_009724390.1&dopt=GenBank
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la proteína de la familia retrovirus) obtenemos 98.18% de porcentaje de cobertura. 
 
Problema 3 
 
a) 
• ¿Qué tipo de BLAST se utiliza? 
BLASTN: Ya que necesitamos comparar nucleotidos con los nucleotidos de las posibles 
causas de esa infección. 
 
b) La causa de la infección el parasito Toxoplasma gondii. 
 
 
 
 
 
 
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Problema 4
 
 
 
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a)BLAST de cada una: 
• TC3: BLASTN 
•TC 320: BLASTN 
• TC55: BLASTN 
• TC154: BLASTN 
 
b) Función de cada proteina: 
• TC3: ARNm hipotético de proteína de cemento secretada rica en glicina de 
Amblyomma variegatum 
• TC320: ARNm de mucina salival de Amblyomma variegatum 
•TC55: Proteína de unión a ARN de Amblyomma variegatum ARNm de LARK 
• TC154: Rhipicephalus haemaphysaloides actina ARNm 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
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Problema 5 
PACIENTE 1: 
• Enfermedad: Mal de chagas 
 
 
PACIENTE 2: 
• Enfermedad: Dengue 
 
 
 
 
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PACIENTE 3: 
• Enfermedad: Cuadro grave de sindrome respiratorio (SAR COV-2) 
 
 
PACIENTE 4: 
• Enfermedad: Gonorrea 
 
 
PACIENTE 5: 
• Enfermedad: Virus de inmunodeficiencia humana 1 – VIH1 
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PACIENTE 6: 
• Enfermedad: Virus de inmunodeficiencia humana 1- VIH1