Tarea_clase_2

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Actividades	para	resolver	usando	GenBank	
(los	archivos	FASTA	se	encuentran	en	una	carpeta)	
Problema	1	
Busque	en	GenBank	la	secuencia	número	NM_000667.4.		
a) Dicha	secuencia,	codifica	para	algún	gen?	Cuál	es?	Qué	largo	tiene	dicha	
secuencia	(en	pares	de	bases)?	A	qué	especie	pertenece	dicha	secuencia?	
Cuántas	veces	se	modificó	dicha	secuencia	en	GenBank?	
b) 	Utilizando	BLAST,	busque	secuencias	homólogas	a	la	región	comprendida	entre	
la	base	1	la	750	de	dicha	proteína.	Cuál	es	el	mejor	resultado,	su	Max	Score,	el	
E-value,	y	el	%	de	identidad	si	hace	dicho	alineamiento	contra	la	base	de	datos	
nr/nt?		
c) En	qué	tejido	se	expresa	más	dicho	gen?	
d) Utilizando	BLAST,	busque	secuencias	homólogas	a	la	región	comprendida	entre	
la	base	1	la	750	de	dicha	proteína.	Cuál	es	el	mejor	resultado,	su	Max	Score,	el	
E-value,	y	el	%	de	identidad	si	hace	dicho	alineamiento	contra	la	base	de	datos	
ref_seq_RNA,	contra	el	organismo	Gorilla	gorilla	(taxid:9593)?		
e) Cuántos	GAPs	tiene	el	mejor	alineamiento	hecho	en	el	punto	(d)?	
f) Diseñe	un	par	de	primers	que	amplifiquen	un	fragmento	entre	800	y	1000	
pares	de	bases.		Pegue	la	secuencia	de	dicho	par	de	primers.	
	
Problema	2	
Haga	un	BLAST	usando	la	proteína	cuyo	número	de	acceso	es:	YP_009724390.1.	
a) Qué	tipo	de	BLAST	usa?	Por	qué?	
b) De	qué	proteína	se	trata?	A	qué	organismo	pertenece?	Cuál	es	su	largo	(en	
aminoácidos)?	
c) Qué	haría	para	comprobar	si	dicha	proteína	es	idéntica	a	alguna	proteína	de	
virus	de	la	familia	retrovirus	(retroviridae,	11632)?	
	
Problema	3	
Nos	envían	de	un	hospital	una	muestra	de	sangre	de	un	paciente	para	que	ayudemos	
en	el	diagnóstico.	Al	parecer	tiene	una	enfermedad	causada	por	un	microorganismo,	
¿por	cuál?	Para	poder	solucionar	el	problema	extraemos	ADN	genómico	a	partir	de	la	
sangre	del	paciente	y	hacemos	una	PCR	utilizando	unos	primers	diseñados	para	
amplificar	la	región	ITS1.	Esta	región	ha	sido	ampliamente	utilizada	para	clasificar	todo	
tipo	de	organismos	y	se	dispone	de	numerosas	secuencias	en	la	base	de	datos.	Una	vez	
obtenida	la	PCR	la	enviamos	a	secuenciar	y	obtenemos	la	secuencia	para	un	fragmento	
del	ITS1	(its1.fasta).		
a) ¿Qué	tipo	de	BLAST	usaría	para	hacer	el	alineamiento?		
b) ¿Qué	microorganismo	es	el	causal	de	la	infección?		
	
Problema	4	
Hemos	obtenido	en	un	proyecto	de	secuenciación	de	Amblyomma	variegatum	
secuencias	de	varios	genes	(TC3,	320,	55	y	154,	adjuntas)	y	queremos	saber	cuál	es	la	
función	de	cada	una	de	ellas.	
a) Indique,	en	cada	caso,	qué	tipo	de	BLAST	usaría	para	hacer	alineamientos	
b) Indique	cuál	es	la	función	de	cada	una	de	las	4	proteinas	
	
Problema	5	
Para	cada	una	de	las	muestras	de	los	pacientes	(1-6),	indique	qué	enfermedad	tiene	
cada	uno.