Bacteriologia_clinica_rapida_y_su_futuro

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Bacteriología clínica rápida y su futuro
Microbiología clínica y bacteriología en particular siempre ha tenido una lenta evolución como ciencia. Técnicas desarrolladas en el la década de 1900 continua teniendo un rol central en los diagnósticos de rutina y por consecuente en las respuestas terapéuticas. La clásica microbiología basada en el crecimiento es similar empleada por Pasteur y Koch no es solamente usada para detecciones e identificaciones microbiales, si no también provee la base de las pruebas de susceptibilidad antimicrobiana (AST) que ha sido desarrollada. Incluso las tecnologías más antiguas, incluso una técnica de microscopia de luz que podría ser reconocible por el mismo Van Leeuwenhoek. La figura 1 resume el flujo de trabajo de hoy en este ambiente conservador. En el laboratorio bacteriológico, las muestras entrantes son usualmente blancos de la tinción de Gram y una observación al microorganismo, después estos mismos materiales on preparados para su cultivo en medios de cultivo solidos o líquidos. Después de la incubación durante un tiempo y temperaturas adecuadas en una atmosfera adecuada, el crecimiento bacteriano es evaluado. Las muestras sin crecimiento microbial son descartadas, mientras las muestras positivas son evaluadas para proveer una caracterización más detallada de la cepa. (generalmente iniciado por una segunda cultivación y consumiendo mucho tiempo en la cultivación para la purificación, usando pruebas de bajo costo (evaluación de motilidad, pruebas de catalaza, etc) Esto conduce a la parcial evaluación de la especie, la cual se completa usando pruebas bioquímicas manuales o automatizadas y enzimología extendida. Después o en ocasiones simultáneamente, los aislamientos bacterianos pueden ser caracterizados con respecto a su perfil de susceptibilidad antimicrobial y sus características epidemiológicas. Para estos estudios algunos métodos biológicos manuales o automatizados están disponibles. Este cuadro describe esencialmente las actividades básicas de una microbiología clínica de laboratorio, ya que ha funcionado durante el siglo pasado. Más recientemente se han observado oleadas de innovación más orientada hacia la tecnología. Con el advenimiento de métodos inmunológicos, medidas de reactividad del huésped a las infecciones se facilitó. Definiciones de anticuerpos específicos y sus niveles utilizando ELISA, co determinado por la especificidad de los anticuerpos monoclonales sea convertido en un estándar de diagnóstico aceptado para muchas infecciones microbiales. Después del establecimiento del inmunodiagnostico, el desarrollo de pruebas moleculares no se quedó atrás. Aunque el desarrollo primario fue orientado a los laboratorios de investigación, la tecnología molecular ha adquirido un lugar importante en la microbiología clínica. La detección directa de los ácidos nucleídos espeficicos de algunas especies microbiológicas ha revolucionado, por ejemplo en la bacteria transmitida por via sexual Chlamydia trachomatis y Neisseria Gonorhoeae. El uso de pruebas de DNA y la amplificación de ácidos nucleídos ha sido bien aceptado aunque la especificidad analítica y la sensibilidad de algunas de estas pruebas todavía pueden requerir optimización. 
Hoy en día la tecnología biofísica está entrando en el campo de la microbiología clínica, permitiendo la automatización de los procedimientos de laboratorio.
Mejorando la aplicación de terapias racionales en tiempo real y la mejora de la vigilancia microbiológica. 
MUESTRAS CLINICAS
Las muestras clínicas y su manejo, son claves determinantes de la calidad en la microbiología clínica. Desde el momento en que la muestra es recolectada, el tiempo es crítico para la viabilidad microbiológica, la muestra es almacenada bajo condiciones que limitan su crecimiento, cuanto más pase menor es la posibilidad de que los m.o. se recuperen por métodos basados en el crecimiento; esto a su vez puede conducir a cambios drásticos en el rendimiento de la prueba de sensibilidad y especificidad también. El transporte es un parámetro importante en microbiología clínica. Desafortunadamente el laboratorio clínico no siempre pone controles estrictos con estos aspectos. Desde el punto de vista es obvio que el transporte y el medio cuando la viabilidad de un organismo es esencial. Dado que algunas especies de bacterias se han considerado in cultivables en medios de crecimiento artificiales utilizados actualmente, también hay una necesidad obvia de diseñar nuevos medios de comunicación o formas de cultivos alternativos. Cuando el diagnostico envuelve la detección de DNA o algún otro componente celular, un buen buffer de lisis contienen compuestos estabilizantes. La diversidad de las muestras clínicas incluyen la diversidad biológica normal, encontrados aun en diversas muestras del mismo material clínico hace que la detección y cuantificación adecuada sea una tarea difícil. El equipo que debe facilita en paralelo la purificación de las células, bacterias, ácidos nucleídos y/o virus, proteínas u otros elementos sub-celulares de diversos materiales clínicos sería ciertamente tanto clínicamente y comercialmente exitosa.
El cultivo no está muerto
Los cultivos han sido el pilar de la microbiología clínica para el siglo pasado y probablemente lo seguirá siendo en las próximas décadas a pesar de la aceleración del desarrollo tecnológico y la introducción de nuevos procedimientos. Permanece siendo una necesidad absoluta para cantidades importantes de organismos vivos, no tanto para la detección e identificación de especies microbianas, ya que se están introduciendo fuertes tecnologías alternativas incluyendo MALDI-TOP MS, pero más específicamente AST.
La habilidad de documentar el efecto de aniquilamiento o el efecto de estizar de los antibióticos sobre superficies intactas, células vivas aún no ha encontrado una alternativa libre de cultivo, los avances hacia este objetivo están en desarrollo.
La destrucción bacteriana por los antibióticos es usualmente monitoreada en densidades bacterianas creciendo en líquidos o sólidos, un cambio en la ausencia o presencia de concentraciones estratégicas de estos antibióticos con relevancia clínica. La tecnología de lectura esta cambiando en los años venideros, pero el monitoreo sencillo de vivos-muertos sigue siendo el centro de la AST, la muerte bacteriana puede ser fiable y reproducible en celular simples o un número pequeño de células en una cultura libre de medio de cultivo. Hasta la fecha, la mayoría de las aplicaciones requieren entre 104 y 105 células microbianas por ensayo. El formato estándar de la caja de Petri, se enfrenta a la competencia de películas, fibras y materiales de soporte nanoporosos en los que los contenedores del crecimiento real puede tener volúmenes internos en el rango de los nanolitros. Agares solidos pueden ser cargados con compuestos cromógenos los cuales son específicamente metabolizados solo pro algunos tipos de bacterias. Esto facilita la identificación directamente sobre la placa, acelerando los resultados del reporte del cultivo. Cuando los antibióticos son incluidos directamente en agar cromatogénico o estándar, que podría proporcionar la identificación de presuntas especies, pero la detección a la resistencia se ve limitada. Aun así la inhibición del crecimiento basado en AST en medios solidos sigue siendo inmensamente popular. La prueba de discos de difusión y/o prueba E, sigue siendo usada como como una prueba primaria de AST en muchos laboratorios. Un número de sistemas de prueba han sido comercializados para propósitos que incluyen mecanismos para incubaciones automatizados y en general una gestión de cultivos de crecimiento. Estas cámaras albergan amaras en tiempo real para archivar el momento del crecimiento demostrando la detección y caracterización morfológica de las colonias microbiológicas se pueden acelerar potencialmente, acelerando el tiempo de la entrega de los resultados, si el crecimiento pudiera ser monitoreado a distancia por medio de una conexión de internet queadquiera los datos de la incubadora. Los cultivos liquidos son continuamente optimizados, no solo cambiando la composición del medio también por una progresiva automatización y el incremento de sofisticados sensores de crecimiento. Compuestos especiales como resinas que capturan e inactivan específicamente los antibióticos presentes en muestras de pacientes, se añaden para reducir el tiempo de la positividad. 
LAS TENDENCIAS ACTUALES PARA LA MEJORA
La microbiología clínica está evolucionando a una velocidad que es mucho mayor de lo que solía ser en el siglo anterior. Como consecuencia, la disponibilidad de personal de laboratorio con experiencia se está convirtiendo en un tema critico debidamente capacitados son raros, hay una clara necesidad de adaptar su formación para responder a las expectativas de diagnóstico. La evolución actual de la microbiología clínica de una manera u otra lleva a la automatización del laboratorio, la generación de información de alto nivel y reduciendo el tiempo total de detección, identificación de bacterias, levaduras y mohos en general. Las secuencias secundarias están en relación a la conectividad, (entre los sistemas automatizados, sistemas de información del laboratorio y hospitales, y entre el microbiólogo y el médico), la rentabilidad, la calidad de los servicios y contenidos de información clínica (la forma de entregar la mayor parte de información microbiológica útil lo más rápidamente posible a los clínicos.)
Como innovaciones tecnológicas, las imágenes, la espectrometría de masas (MS) y la secuenciación están en el centro de I + D de diagnóstico y también lo son las posibles mejoras en la velocidad, la precisión, la accesibilidad y la correlación clínica de los resultados de LAP.
PRUEBAS MOLECULARES
Las pruebas de ácidos nucleídos fueron introducidas en 1980. Purificación de plásmidos y la detección in situ de ácidos nucleídos, identificación y caracterización fueron las primeras tecnologías desarrolladas. Ninguno de ellos fue ampliamente aceptado por la comunidad clínica. Sin embargo, el uso de tipificación epidemiológica de electroforesis de campo pulsado en gel de macro-restricción de fragmentos de ADN , se ha convertido en el estándar de oro de muchos laboratorios, en particular de laboratorio de salud pública. Y por supuesto la secuenciación y la PCR fueron mucho más apreciadas en la década pasada. PCR ha revolucionado por sí misma la ciencia de la virología generando nuevos ensayos con impacto obvio en el cuidado de pacientes inmunodeprimidos o de trasplante. Ensayos basados en cultivos celulares para C. trachomatis fue totalmente remplazada por amplificación y para todos los m.o. clínicamente relevantes se desarrollaron múltiples pruebas PCR algunas de las cuales están hoy totalmente automatizadas. Pruebas reales de cuidado en organismos difíciles de detectar incluyendo el mycobacterium tuberculosis, están actualmente disponibles, generando un resultado de una hora sin ningún tipo de pasos de procesamiento de muestras complicadas. Incluso los síndromes de difícil diagnostico como sepsis bacteriana y neumonía pueden ser probarse diagnosticarse por medio de una u otra prueba molecular. Además pruebas específicas para variedades de virus o resistencia antimicrobial han sido desarrolladas en grande números. Muchas de estas pruebas han sido desarrolladas por la FDA por consiguiente están listos para desarrollar su papel central en la innovación del laboratorio. Claramente la PCR está aquí para quedarse, a pesar de la amplia aceptación de muchas de las pruebas de PCR no se ha realizado plenamente, esto incluye ensayos que monitorizan los polimorfismos de acogida que pueden predecir el riesgo de colonización y/o infección. Dichos ensayos, sin duda, avanzar y crecer en número y calidad durante la próxima década. Las mejoras tecnológicas son continuas: el uso de la gotita de PCR, por ejemplo, permite la cuantificación muy exacta del número de moléculas diana en el material de partida clínica. La disponibilidad de los denominados aptámeros, monocatenarios cortos de moléculas de ARN o ADN que tienen afinidad exclusiva por sólo un único ligando de nuevo puede afectar significativamente el diagnóstico de ácidos nucleicos. Hemos aún no duda presenciado el final del impacto que las pruebas moleculares tendrán en bacteriología clínica. 
ESPECTROSCOPIA DE MASAS
La MS ha sido recientemente introducida como una nueva herramienta en el diagnóstico clínico microbiológico con primeras aplicaciones exitosas para la detección y la identificación basada en las secuencias de los productos de PCR. Además la tecnología biofísica es intrínsecamente complicada. Hay que decir que, desde un punto de vista práctico en laboratorio utilización de MALDI-TOF MS es bastante sencilla desde el punto de vista del rendimiento. Para que una colonia de bacterias crezca en un agar solido tiene que ser muestreado de una manera cuidadosa con un instrumento calibrado o un palillo de dientes. El biomaterial es depositado en un contenedor de muestras y una solución matriz debe ser añadida. La platina es posicionada en el equipo de MS y la identificación de la especie de bacteria es llevada a cabo por medio de la comparación general del espectro generado de proteínas (y péptidos) definido por el espectrómetro de masa con una base de datos de espectros de referencia que representa muchas cepas de especies bacterianas conocidas. La base de datos contiene cientos de miles de espectros de referencia y la identificación de las especies es fácil y rápida. Esta es precisamente la razón por esta tecnología fue tan rápidamente aceptada por los microbiólogos clínicos. Después de la introducción de métodos serológicos y moleculares, la biofísica tiene ahora definitivamente y entraron de manera irreversible el laboratorio de microbiología clínica.
[MALDI-TOF es una técnica de ionización suave utilizada en espectrometría de masas. Se denomina MALDI por sus siglas en inglés Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization (desorción/ionización láser asistida por matriz) y TOF por el detector de iones que se acopla al MALDI y cuyo nombre procede también de sus siglas en inglés Time-Of-Flight. MALDI-TOF permite el análisis de biomoléculas (biopolímeros como las proteínas, los péptidos, los azúcares y los lípidos) y moléculas orgánicas grandes (como los polímeros, los dendrímeros y otras macromoléculas) que tienden a hacerse frágiles y fragmentarse cuando son ionizadas por métodos más convencionales.]
MALDI-TOF MS es extremadamente bien adaptado para la identificación de especies ya que el perfil de masa importante que se genera proviene principalmente de proteínas ribosomales, la cual se alinea bien con clasificación de la corriente taxonómica. Algunas otras aplicaciones han sido realizadas incluyendo tipografía epidemiológica lo cual es relativamente fácil de relacionar con otros métodos estándar como PFGE y secuencia de tipiuficación de multilocus. A los efectos de tipificación epidemiológica de los aislados bacterianos, picos de masa que son específicos para una determinada cepa microbiana se identifican fácilmente y se pueden utilizar para desarrollar sistemas de tipificación binarios. Además, ciertos mecanismos de resistencia pueden ser identificados así. En caso de AST o pruebas de resistencia a los antibióticos (ART), productos de degradación de los antibióticos beta-lactámicos que fueron hidrolizados por las beta-lactamasas se han identificado en un número de estudios independientes. Mediante el uso de diferentes mezclas de () antibióticos beta-lactámicos como sustratos, se podría lograr una adecuada identificación de los beta-lactamasas. Cambios o modificaciones celulares bajo la influencia de los antibióticos pueden ser detectados, así como quedó demostrado recientemente por la interacción entre células de Candida albicans frente a fluconazol y especies de Candida y Aspergillus frente caspofungina. Además, MS también se puede utilizar para identificar los productos de PCR derivados de los genes deresistencia. Los ensayos de IPLEX MassArray desarrollados por Sequenom (San Diego, CA, EE.UU.) son un buen ejemplo de esta tecnología flexible. El uso de moléculas reportadas para las cuales la masa cambia en contacto con factores de virulencia microbiana que se han descrito para ayudar a evaluar el potencial invasivo putativo de especies bacterianas. Señales de peptidos que se cortan específicamente por proteasas conocidas han demostrado valor diagnóstico para la identificación de ántrax y periodontitis. Por supuesto que hay numerosas cuestiones de confusión asociados al diagnóstico por MS. En primer lugar, se requiere de cultivo ya que la sensibilidad de los sistemas es del orden de 104-105 células por ensayo. Estos son los números raramente encontradas en muestras clínicas, con el posible excepción de los pacientes con infección significativa del tracto urinario. En segundo lugar, el equipo es caro, voluminoso, a veces ruidoso y con necesidad de un mantenimiento costoso. En tercer lugar, la distinción entre ciertos géneros, especies o patovares (Escherichia coli y Shigella spp, por ejemplo) es todavía difícil de hacer. Esto hace que la actualización periódica de la base de datos un requisito estricto.
SIGUIENTE GENERACIÓN (SECUENCIA DE ACIDOS NUCLEIDOS)
La secuenciación del ADN ya se había convertido en una herramienta de investigación estándar antes de su entrada en el ámbito clínico. La tecnología desarrollada por Sanger es aun ampliamente utilizado para secuenciar relativamente tramos cortos de ADN (por lo general amplificación por PCR). Esto ha sido realmente útil para la secuencia 16S rDNA de bacterias identificación de la secuencia de las bacterias a nivel de especie, pero también para propósitos epidemiológicos. Secuencia Sanger es frecuentemente usada para la detección de puntos mutados asociados a la resistencia antiviral o antibióticos. La importancia de la secuenciación se hizo mas evidente con la llegada de procedimientos de secuenciación de nueva generación en el diagnostico de enfermedades infecciosas. Estos métodos para el primer tiempo permitido para la secuenciación completa de los genomas bacterianos enteros. Cuando se aplica la secuenciación del genoma completo en el contexto de la epidemiología microbiana o la resistencia a los antimicrobianos, que puede ayudar en la generación de mapas difusión refinada, así como "resistomes" y "toxomes". Hasta la fecha, la tecnología ha avanzado a un estado donde incluso los genomas de mezclas complejas de bacterias se pueden determinar. Este llamado metagenómica microbianas se pueden utilizar para generar catálogos completos de componentes genómicos de especies de bacterias presentes en una variedad de materiales clínicos que incluyen muestras fecales. A su vez, esto permite que el laboratorio de R + D para detectar diferencias en la composición de la flora bacteriana sana en comparación con las personas enfermas. Esto sin duda va a identificar las especies que pueden ser causales en los síndromes tan diferentes como asma, enfermedades cardiovasculares y afecciones de Crohn, aunque hasta la fecha no está claro si esta tecnología se convertirá en rutina en el laboratorio de microbiología clínica. La metagenómica es esencial para tratar de entender el efecto global de tratamiento antibióticos sobre el microbioma humano en su totalidad. En un estado más avanzado, la próxima generación de secuenciación (NGS) también facilitará las pruebas genéticas de la susceptibilidad del huésped hacia la infección o colonización. Estos avances de la investigación de base actuales se harán más visibles en el laboratorio de diagnóstico durante la próxima década.
La disponibilidad comercial de la instrumentación de secuenciación de ADN es ya grande. Empresas como Illumina, Roche y Ion Torrent ofrecen equipos de laboratorio asequibles con una huella limitada y la física y la química simplificada. El hecho que algunas de estas tecnologías en el final también permitirá a la secuenciación de polímeros adicionales (proteínas, oligo-y polisacáridos y ácidos grasos) y probablemente incluso la detección e identificación de pequeñas moléculas de naturaleza química diversa dará lugar a la penetración de mercado aún más acelerada de precedentes ensayos de diagnóstico.
TECNOLOGIAS ALTERNAS
dispositivos nariz electrónica
La relevancia de diagnóstico de compuestos orgánicos volátiles (COV) se ha descrito a menudo en la literatura. El problema de este enfoque ha sido siempre la reproducibilidad limitada de los ensayos de diagnóstico y las dificultades encontradas en la concentración y / o la captura eficiente de los compuestos volátiles para ser detectados y / o identificados. Además, el equipo requerido es en general complicado para trabajar con él, es voluminoso y caro. 
Una alternativa barata (en función de los hábitos de alimentación) puede depender de los animales que pueden diferenciar olores específicos a pesar de que todavía se considera polémico: tener ratas voluminosos con 50 cm de cola realizan investigaciones clínicas van a cambiar la percepción de "rondas" clínicos en general. Por lo tanto, se han descrito muchas pruebas de diagnóstico pero esencialmente ninguno de ellos ha alcanzado la condición de rutina. Sin embargo, la promesa de las directas pruebas de aliento de las personas infectadas podría abrir vías innovadoras de diagnóstico en el futuro. 
Los procedimientos de detección de COV más utilizados abarcan las técnicas de micro-pesaje utilizando métodos vibratorios, cromatografía de gases y los cambios en la conductividad eléctrica de las partículas metálicas. Esta última tecnología ha sido recientemente mejorada significativamente con el diseño de sistemas que permitían la medición cinética de la producción de VOC por el crecimiento de bacterias en el espacio de cabeza de un recipiente de cultivo adjunto. El uso de tales enfoques se ha demostrado que la distinción de varias especies bacterianas podría hacerse de forma fiable sobre la base de su perfil de producción de VOC longitudinal. Al lado de este método dinámico y medio de cultivo dependiente, también parece que la evaluación directa de los marcadores específicos de la enfermedad de la tuberculosis es factible. Un estudio de campo en Bangladesh, entre pacientes y controles emparejados estrechamente reveló que los pacientes podrían ser identificados con razonable sensibilidad y especificidad (manuscrito presentado). Se anticipó que una herramienta de diagnóstico podría ser producido por menos de € 100, mientras que la herramienta podría ser regenerada y utilizada para el diagnóstico de múltiples pacientes. Esto sugeriría que la detección de compuestos orgánicos volátiles podría convertirse en punto de ensayos de atención que posiblemente permitirá que los procedimientos tratamiento mejorados de aquellos pacientes en regiones geográficas donde más se necesita este tipo de atención. Es interesante observar que para M. tuberculosis un artículo reciente promociona la catalogación de muchos, si no todos los compuestos orgánicos volátiles producidos durante el crecimiento in vitro del organismo. Los usos combinados de tubo de flujo de iones MS y cromatografía de gases desorción térmica MS ayudado a identificar 2-feniletanol como marcador volátil única para el crecimiento de micobacterias. Este trabajo potencialmente podría traducirse en una prueba específica para este u otros productos volátiles organismo específico. Además, estos formatos no son prometedores para las pruebas de sensibilidad a los antibióticos en bacteriología. 
Espectroscopia a base de Vibraciones y absorción 
Hay dos ejemplos de tecnologías de vibración / basado en la absorción que se han tratado con la misma frecuencia en la literatura reciente. Espectroscopia infrarroja depende de la irradiación de muestras biológicas con luz infrarroja seguida por la medida de perfiles de absorción y de características transmisión. La desventaja de esta tecnología es que el agua contribuye fuertemente a los espectros de absorción, lo que complicael análisis. Esta puede ser la razón por la espectroscopia Raman se ha visto favorecido ligeramente. La dispersión Raman medidas de espectroscopia de luz que se lleva a cabo tras la iluminación de las muestras biológicas con visibles (luz) laser. 
La desventaja en este caso es que los componentes bacterianos autofluorescentes fuertemente pueden interferir con la generación de espectro (por ejemplo caroteno en Staphylococcus aureus). Es necesaria una preparación relativamente pura de bacterias que contienen un número significativo de células, ya sea para esta tecnología, aunque se han descrito aplicaciones de células individuales. 
Sólo mencionaremos algunos ejemplos de aplicaciones de Raman, pero enfatizar que (IR) espectroscopia infrarroja puede ser igualmente aplicable si la señal de agua se suprime de manera eficiente.
La contribución más "visible" de la espectroscopia Raman en microbiología clínica ha sido en el campo de la epidemiología microbiana. A pesar de que en repetidas ocasiones se ha afirmado que la espectroscopia Raman puede ser utilizado para distinguir prácticamente todos las especies bacterianas clínicamente relevantes, los datos definitivos son hasta el momento hacen falta. Sin embargo, varios estudios concluyeron convincentemente que la tipificación de diferentes cepas que pertenecen a la misma especie se puede realizar adecuadamente. Para diversas especies de Staphylococcus, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae y Pseudomonas aeruginosa, se ha demostrado que la tipificación mediada por Raman genera resultados que son concordantes con los de los estándares actuales de oro. Esto ha demostrado utilidad para delinear brotes nosocomiales y escala aún a mayor difusión mundial de ciertas cepas resistentes a múltiples fármacos que sugieren, además, que espectroscopía Raman (e IR) podría convertirse en herramientas de diagnóstico útiles con investigaciones adicionales. En conclusión, una variedad de métodos (biofísicos) se han introducido en el campo de la microbiología clínica en la última década. Estos métodos deben cumplir con ciertos requisitos de claridad de diagnóstico y el desarrollo es, sin duda continúa. Además, el uso de herramientas de microfluidos dará lugar a la miniaturización de los equipos y la manipulación de células individuales más fácil. Tales sistemas, cuando se simplifica al papel y formatos de flujo lateral con capacidades capilares específicos, pueden ser muy adecuado para estudios de campo (bajo presupuesto) incluso en los países en desarrollo. Una excelente revisión sobre la aparición de este tipo de diagnóstico de nanotecnologías se publicó recientemente. Algunos de estos métodos se han introducido con éxito en el laboratorio de microbiología clínica, sigue siendo una cuestión de tiempo para otras numerosas aplicaciones. Para otros métodos, por ejemplo, detección de impedancia, sólo hay un estudio de prueba de principio en la actualidad con ninguna información con respecto a la viabilidad. Algunos estudios, sin embargo, han demostrado resultados útiles para la identificación de bacterias tanto Gram positivas como negativas. Evolución de las técnicas de detección e identificación en clínica microbiología progresa con rapidez. 
URGENCIAS INMEDIATAS
El desarrollo y la propagación de microorganismos resistentes a múltiples medicamentos incluyendo cepas resistentes pancreáticos genera una amenaza universal a los seres humanos y animales. La prevención del desarrollo de resistencia pan parece imposible dada la presión selectiva del medio ambiente a los antibióticos. Debido a esto, el campo de la microbiología diagnóstica debe ser estratégicamente alineado hacia la vigilancia y la detección precoz de tal resistencia. 
Sin embargo, AST está quedando atrás en la mejora continua en comparación con la detección e identificación microbiana. Donde la mayoría de los microbiólogos estarán de acuerdo en que los diagnósticos basados en ácidos nucleicos y MS dominarán el campos de la detección/identificación en los próximos años, son relativamente mal definidos perspectivas de mejoramiento de AST. Hasta la fecha, AST es principalmente manual, utilizando pruebas clásicas tales como el uso de antibióticos que contienen los medios de detección, la metodología de difusión en disco para la prueba E. Mientras que la automatización está disponible (VITEK2™, Phoenix, Microscan WalkAway etc.),
La tecnología sigue siendo el crecimiento dependiente. Por supuesto, con la disponibilidad de PCR, se han propuesto varios sistemas para AST molecular. Aun así, " antibiograma PCR en tiempo real" es una investigación en lugar de una herramienta de diagnóstico. Un artículo reciente en el desarrollo de una prueba molecular refinada concluyó que la inhibición del crecimiento como se determina por PCR podría ser utilizado con éxito para la definición de las concentraciones mínimas inhibitorias (MICs) de los antibióticos. Una vez más, esto todavía se mantiene atrapado en la fase de investigación. Para futuras metodologías de generación, los expertos parecen estar de acuerdo en que NGS y también "próxima generación" de MS puede contribuir al desarrollo de este campo de análisis, pero las escalas de tiempo de ejecución no están claras. Es por estas razones que las "tecnologías intermedias", es decir, los que se pueden implementar antes y ofrecer así un progreso real en relación a los métodos basados en la cultura clásica son esperadas. A continuación y en orden aleatorio, son un número limitado de tecnologías que pueden al final ayudar resolver el status quo actual.