Base de datos (1)

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UNIVERSIDAD DEL VALLE DE MÉXICO 
 
CAMPUS COYOACÁN 
 
ESCUELA DE CIENCIAS DE LA SALUD 
 
Licenciatura en Medicina 
 
CICLO 03-2021 
 
 
TABLA DESCRIPTIVA 
 
 
Asignatura: Biotecnología e informática 
 
 
 
Docente: Leydi Canche Moo 
 
Integrantes: 
• Daniela Ramos Mendoza 
• Diane Karina Vera Gutierrez 
• Victoria Reyes Alvarado 
• Luis Gerardo Avila Lagunes 
 
 
Fecha de entrega: 20 de Septiembre del 2021 
Base de datos Tipo Objetivos Tipo de base de 
datos 
Descripción general de los datos (PROCESO DE BUSQUEDA) 
EMBL 
European 
Molecular 
Biology 
Laboratory 
 
 
Exhaustiva 
 Objetivo: Llevar a 
cabo 
investigaciones 
biológicas de clase 
mundial, llevando 
acabo 
investigaciones 
biológicas y 
brindando servicios 
científicos y 
experimentales. 
Colecta y 
comparte 
secuencias de 
DNA y RNA 
 
Primeramente se debe ingresar al sitio web: https://www.embl.org/research/ 
 
 
Al ingresar nos iremos a la esquina superior derecha, donde daremos en la opción 
de buscar 
 
 
https://www.embl.org/research/
Después ingresaras el tema de interés, en donde seleccionaras el articulo o 
información que sea del agrado. 
 
 
Después se abrirá otra pestaña o pdf donde se encontrará la información 
seleccionada. 
 
DNA Data 
Bank of Japan 
Exhaustivas OBJETIVO: 
proporciona 
servicios de 
intercambio y 
análisis de datos de 
investigaciones de 
ciencias de la vida y 
avances en la 
ciencia. 
Busqueda de 
consulta de 
secuencias de 
DNA contiene las 
secuencias de 
acidos nucleicos 
diseñadas para 
simplificar el 
acceso y 
consulta 
Primeramente debemos ingresar a su sitio web: https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-
e.html 
 
 
 
https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
https://www.ddbj.nig.ac.jp/index-e.html
En la esquina superior derecha esta un logo de lupa, en el cual colocaremos el tema 
a buscar, en este caso cbuscaremos una secuencia data del SARV-CoV-2 
 
 
Se abrira una pestaña nueva, donde dara información actualizada, donde solo 
debera seleccionar la de interes 
 
 
 
 
Despues se abrira otra pestaña donde te dara la informacion que encontraras en 
dicho documento o link. 
 
Al final te llevara a la pagina o pdf que tenga la información que se selecciono. 
NCBI National 
Center for 
Biotechnology 
Exhaustiva Objetivo es dar 
informacion 
boiotecnologica 
molecular y 
almacena 
constantemente 
actualiza la 
información 
referente a 
secuencias 
genómicas. 
 Primeramente debemos ingresar al sitio web: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 
En la cual aparece en la columna derecha aparecen varias opciones, para este 
ejemplo comolare “nucleotido” 
 
 
Aquí es donde se intriducira la sustancia que queremos buscar. Sin embargo 
tambien hay un apartado donde podemos seleccionar una busqueda mas avanzada 
sobre la sustancia. 
 
 
Ahora, supongamos que queremos buscar la secuencia del mensajero de la 
adenosina quinasa, se tendra que introcudir este nombre y seleccionar la especie 
de la que queremos dicha secuencia. 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/
 
Entre los resultados obtenidos seleccionaremos la de nuestro interes, aquí 
podemos seleccionar si se quire secuencias redunantes o no,etc. 
 
Despues se puede seleccionar la de interes y colocar que la secuencia e la brinde en 
formato fasta la cual, es la serie de nucleotidos especifica. Y de esta forma podemos 
buscar cualquier secuencia de cualquier sustancia y de cualquier especie. 
 
Flybase Especializada FlyBase es una base 
de datos de datos 
genéticos y 
moleculares sobre 
Drosophila. 
 
El alcance de 
FlyBase incluye: 
genes, alelos (y 
fenotipos), 
aberraciones, 
indicadores de 
secuencia de 
datos, clones, 
listas de valores, 
trabajadores de 
Drosophila y 
referencias 
bibliográficas. 
Flybase.org 
La nevegación al rededor del cirio web es bastante sencilla siguiendo los 
encabezados que ellos dan, para encontrar sus datos y su información fue tan 
simple como buscar “about us” y sus apartados de “category” o “data”. 
 
TAIR Especializada TAIR tiene como 
objetivo facilitar la 
interacción dentro 
de una comunidad 
de investigación 
que genera y refina 
colectivamente un 
cuerpo común de 
conocimientos. 
Es una base de 
datos de grandes 
cantidades de 
información que 
incluyen datos 
de genes, mapas, 
proteínas, 
expresión y 
comunidad en 
forma de una 
base de datos 
relacional. 
 
 
ENSEMBL Especializada Ensembl es un 
buscador de 
genomas para 
genomas de 
vertebrados que 
apoya la 
investigación en 
genómica 
comparada, 
evolución, 
variación de 
secuencia y 
regulación 
transcripcional. 
Ensembl anota 
genes, calcula 
múltiples 
alineaciones, 
predice la función 
reguladora y 
recopila datos de 
enfermedades. 
El sitio web 
Ensembl Rapid 
Release 
proporciona 
anotaciones para 
genomas de 
vertebrados y no 
vertebrados 
recientemente 
producidos y 
disponibles 
públicamente de 
iniciativas de 
biodiversidad 
como Darwin 
Tree of Life, 
Vertebrate 
Genomes Project 
y Earth 
BioGenome 
Project. 
Ensembl Rapid Release es un nuevo sitio diseñado para que nuestros datos estén 
disponibles más rápidamente. La publicación de datos se produce en un ciclo de dos 
semanas, lo que significa que podemos hacer que nuestros conjuntos de genes 
estén disponibles con un retraso mínimo una vez que se completa la anotación. Para 
cada especie, proporcionamos un conjunto de genes junto con características 
adicionales como la anotación de características de proteínas y la funcionalidad 
BLAST. http://www.ensembl.org/index.html 
 
 
http://www.ensembl.org/index.html
 
 
 
PlantTFDB Especializada Como objetivo 
principal tiene el 
proporcionar un 
recurso completo y 
de alta calidad de 
factores de 
transcripción de 
plantas (TF), 
elementos 
reguladores e 
interacciones entre 
ellos, avanzando en 
la comprensión del 
sistema regulador 
de transcripción de 
plantas. 
Interacción y 
anotaciones del 
genoma. 
Es una base de 
datos que 
intenta 
identificar un 
conjunto 
completo de 
genes de plantas 
que codifican 
factores de 
transcripción. 
Una interfaz web 
para la base de 
datos permite a 
los usuarios 
navegar por 
especies, buscar 
usando un 
identificador de 
secuencia o 
consultar usando 
BLAST. 
 
http://planttfdb.gao-lab.org/ 
Es una plataforma de fácil acceso , en la cuál es simple navegar y entenderla debido 
a que cuenta con sus encabezados. 
 
En la parte de “home” es posible navegar por especie, en dónde se observa una lista 
de grupos taxonómicos y especies con secuencias de genóma parecidos. 
 
 
Al presionar TFest se liberan los repertorios TF de especies recién secuenciadas en 
el tiempo, configuramos el módulo "repertorios TF extendidos". Actualmente, 
incluye los repertorios TF de 52 especies de plantas. 
 
http://planttfdb.gao-lab.org/
Posteriormente se observa el apartado de “predicción del factor de transcripción” 
dónde las reglas de asignación de familias y los umbrales determinados por 
métodos establecidos se utilizan para identificar los factores de transcripción de las 
secuencias de entrada. Cuando ingresa secuencias de ácidos nucleicos, ESTScan 3.0 
se emplea para identificar regiones CDS de secuencias de ácidos nucleicos de 
entrada y traducirlas a secuencias de proteínas. Al marcar "Mejor éxito en 
Arabidopsis thaliana", obtendrá los enlaces para los factores de transcripción 
predichos a los mejores resultados en Arabidopsis thaliana en el resultado. 
 
 
En el siguiente apartado enlista los TF, CDS y secuencias de proteínas para 156 
especies (157 organismos), conjuntos de motivos de unión de TF para 156 especies 
(157 organismos), conjunto de datos de proteínas: conjunto de datos de proteínas 
integrado para especies sin anotación del genoma, una lista de referencia: lista de 
referencia recopilada para factores de transcripción. 
 
 
 
 
 
 
En el apartado de “Help” vienen opciones de búsqueda para una búsqueda más 
eficaz. 
 
 
 
 
 
 
 
, 
 
 
 
Por último se puede observar la misión de la página y en que consiste : 
“proporcionar un recursocompleto y de alta calidad de factores de transcripción de 
plantas (TF), elementos reguladores e interacciones entre ellos, avanzando en la 
comprensión del sistema regulador de transcripción de plantas.” 
 
 
KEGG Especializada KEGG es un recurso 
de base de datos 
para comprender 
funciones y 
utilidades de alto 
nivel del sistema 
biológico, como la 
célula, el 
organismo y el 
ecosistema, a partir 
de información a 
nivel molecular, 
especialmente 
conjuntos de datos 
moleculares a gran 
escala generados 
por secuenciación 
del genoma y otros 
de alto 
rendimiento. 
tecnologías 
experimentales. 
KEGG es un 
recurso de base 
de datos 
integrado que 
consta de 
dieciséis bases 
de datos. Se 
clasifican 
ampliamente en 
información de 
sistemas, 
información 
genómica, 
información 
química e 
información de 
salud, que se 
distinguen por la 
codificación de 
colores de las 
páginas web. 
El objeto de datos más exclusivo de KEGG son las redes moleculares: redes de 
interacción, reacción y relación moleculares que representan funciones sistémicas 
de la célula y el organismo. El conocimiento experimental sobre tales funciones 
sistémicas se extrae de la literatura y se organiza de las siguientes formas: 
• Mapa de caminos 
• Tabla y jerarquía Brite 
• Membresía (expresión lógica) 
• Membresía (lista simple) 
https://www.genome.jp/kegg/ 
 
https://www.genome.jp/kegg/