¿Por qué las zebras ahora se llaman cebras? Existe mucho material didáctico que dice "zebra", pero ahora resulta que el nombre oficial es con "C".

Me temo que tu pregunta se basa en una percepción tuya, no en la realidad. Y es fácil de comprobar, porque la RAE mantiene un registro de diccionarios académicos históricos.

El hecho es que “cebra” está recogido y es el artículo principal en los diccionarios académicos desde 1780:

En diccionarios anteriores a la fundación de la RAE, en 1713, también aparecía con "C", como en el de Covarrubias de 1611:

Es decir, que no es verdad que «ahora resulta que el nombre oficial es con “C”». En la época de nuestros tatarabuelos ya era así.

De hecho, en los diccionarios académicos la grafía con “Z” no siempre aparece, y cuando lo hace está marcada como “desusada” y remite al artículo principal, “cebra”:

Lo mismo dice el Diccionario Panhispánico de Dudas:

En otros diccionarios del siglo XX también aparece "zebra", pero siempre remitiendo a la forma principal "cebra", como en este de 1947:

¿Por qué sucede esto? Seguramente porque la forma con “Z” era minoritaria cuando se introdujo en el diccionario académico. Estas son las estadísticas en el CREA (Corpus de referencia del español actual de la RAE):

Cebra:

Zebra:

Se puede ver que el uso de "zebra" es minoritario

Antes del siglo XVIII era más común el uso de la "Z" con las vocales i y e. Por ejemplo, hasta 1726 aparecía en el diccionario académico la forma "azeite" como la principal:

Pero en ese mismo diccionario ya aparecía la forma "aceite":

Y a partir de ahí, ya nunca más. Las reformas ortográficas de ese siglo fijaron que en castellano se usaría la "C" para las sílabas "ce" y "ci", y por tanto desde hace varios siglos no tiene sentido escribir estas palabras con "Z".

En realidad, lo que habría que preguntarse es por qué todo ese material didáctico que mencionas usa la grafía "zebra".