¿Por qué no negoció España con sus colonias para no perderlas de forma tan traumatica? ¿Se podría haber llegado a un acuerdo para crear una especie...

EDICIONES varias: para aclarar puntos de los comentarios

Hay un error de base en la pregunta. Bueno, realmente varios.

• (El Reino de España) existía desde 1714, antes existían 2 o más reinos en unión personal (Castilla, Corona de Aragón, la Dos Sicilias...). Los virreinatos eran gobernados por una élite peninsular o criolla -la sede de los Cabildos eran el centro de poder en América- con muy poco contacto con la península, y esa élite fue la que quería mantener el status quo con la independencia. No en vano se dice "La Conquista la hicieron los indios; la Independencia, los españoles".
• La situación en 1790, 1808, 1812 y 1820 fue muy muy fluida en comparación con los 300 años anteriores. Pasaron muchas cosas tanto en América (Independencia de EE.UU., huída de la familia real portuguesa a Río, Haití), como en Europa (Napoleón, Sucesión (es) españolas, Constitución de 1812..).
• La situación de Ciudad de México no era comparable con La Habana, y Argentina por ejemplo no estaba desarrollada, ni apenas poblada.
• El origen de la Independencia: el grito de Dolores, no pedía exactamente más libertades para los mexicanos: era un alegato a favor del absolutismo, es como si los norteamericanos de 1776 se hubieran levantado a favor del Rey Jorge en contra de los avances parlamentarios (el grito de Dolores no se leyó como un escrito, así que las versiones difirieron un poco):

Manuel Abad y Queipo (1810):

"¡Viva nuestra madre santísima de Guadalupe!, ¡viva Fernando VII y muera el mal gobierno!"

Diego de Bringas (1810):
"¡Viva la América!, ¡viva Fernando VII!, ¡viva la religión y mueran los gachupines!"

Anónimo (1810) recopilado por Ernesto Lemoine Villicaña:

"Viva la religión católica!, ¡viva Fernando VII!, ¡viva la patria y reine por siempre en este continente americano nuestra sagrada patrona la santísima Virgen de Guadalupe!, ¡muera el mal gobierno!"

Grito de Dolores - Wikipedia, la enciclopedia libre

Es el problema de tratar de ver con ojos del presente eventos históricos, que se vierten estupideces como que un alegato a favor del Absolutismo y la religión católica era un canto a la libertad…

En el 1800 nadie pensaba en sociedades democráticas con sufragio universal.

Para hacernos una idea: En el Bill of Rights, o en la declaración de Independencia de EE.UU. no se menciona la palabra democracia, y ni mucho menos la igualdad racial o la abolición de la esclavitud (hubo una Guerra Civil al respecto)

En la Francia revolucionaria, contra viento y marea, se declaró la igualdad de todos los ciudadanos y la abolición de la esclavitud. Una pena que Napoleón no viera las cosas de la misma manera.

En el Antiguo Régimen las desigualdades venían de Dios, el Rey era bueno y justo y "el mal gobierno" se debía a consejeros inútiles o malintencionados (el propio pueblo le pide al rey que acabe con el malgobierno, pero no se plantea abiertamente que el malgobierno viene del propio rey): Fuenteovejuna - Wikipedia, la enciclopedia libre

La monarquía como institución no se cuestiona, de hecho, los revolucionarios acababan restaurándola o copiándola (El Secretario General del Komintern en URSS tenía poderes tan absolutos o más que el zar de la Rusia Imperial) . Otros ejemplos del 1700–1800:

• Napoleón fue coronado Emperador
• Las Provincias Unidas de los Países Bajos se conviertieron en monarquía: Estatúder - Wikipedia, la enciclopedia libre
• En Inglaterra, con un rey decapitado, se volvió a instaurar la Monarquía

El mismo México, se convirtió en Monaquía:

Primer Imperio Mexicano - Wikipedia, la enciclopedia libre

Segundo Imperio Mexicano - Wikipedia, la enciclopedia libre

En Nueva Granada o la Gran Colombia: pasó algo más curioso aún. Los patriotras y los realistas llegaron a tener los papeles cambiados. Muchos esclavos negros y indios asociaban a Bolívar con la clase criolla que les explotaba y se unieron a las fuerzas realistas al mando del asturiano realista Boves.

Boves, tan cruel y astuto como carismático y valiente, tuvo una breve pero destacada carrera militar desde su reclutamiento el 20 de mayo de 1812 hasta su muerte el 5 de diciembre de 1814. En su momento de mayor poder era el amo absoluto de los Llanos, capaz de movilizar una hueste que empequeñecía a las unidades de aliados y enemigos, 6.000 a 7.000 jinetes y 2.500 a 3.000 infantes. 98 ​ Menos de 160 eran europeos. 99 ​ Todo gracias a que supo ganar para su causa el resentimiento social de la masa de negros, indios y pardos identificando a los republicanos con los blancos propietarios, dándoles una justificación para sus matanzas

Por otro lado, Simón Bolivar, parte de la clase alta caraqueña, casado en Madrid con una española, refugiado en sus últimos días en la Hacienda de un médico español, no tenía demasiadas simpatías con los negros y los indios:

Sobre los indios (Citas de Simón Bolivar):

• «El indio es de un carácter apacible que sólo desea el reposo y la soledad».(1815ª: 87).
• «Los blancos [de Perú] tienen el carácter de los indios, y los indios son todos truchimanes, todos ladrones, todos embusteros, todos falsos, sin ningún principio de moral que los guíe».(1992: I, 259-60).
• «No somos indios ni europeos, sino una especie media entre los legítimos propietarios del país y los usurpadores españoles: en suma, siendo nosotros americanos por nacimiento y nuestros derechos los de Europa, tenemos que disputar éstos a los del país y que mantenernos en él contra la invasión de los invasores». Carta de Jamaica del 6 de septiembre de 1815.
• «Todo junto —dice en carta a Santander—, hechos y observaciones, incidentes y accidentes, causas y efectos, todo me confirma en la idea de que Colombia está perdida para siempre; que con dictadura o sin ella, los indios serán indios, los llaneros y los abogados intrigantes. Crea Vd., mi querido general, que nosotros no podemos salvar este nuevo mundo de la anarquía».

Simón Bolívar - Wikiquote