La presencia de gónadas intraabdominales y la ausencia de falo en aves de jaula hacen que sea imposible determinar el sexo por las características externas. En algunas especies puede haber diferencias en la coloración del plumaje entre sexos, pero la mayoría de las aves de jaula son monomórficas. El sistema reproductor de la hembra está formado por ovario y oviducto. Normalmente, sólo se desarrollan el ovario y el oviducto izquierdos. Las hormonas sexuales endógenas, producidas por el aparato genital a edad temprana, inhiben el desarrollo de sus homólogos derechos, de los cuales sólo quedan en el animal adulto esbozos rudimentarios. Al igual que los mamíferos, tienen 12 pares de nervios craneales. Las aves son animales “visuales” por excelencia. Las especies diurnas tienen una agudeza visual superior a la de los mamíferos, con ojos extremadamente grandes en relación con el resto de la cabeza. La retina de las aves es más gruesa que la de los mamíferos y no presenta vasos sanguíneos. Las aves tienen más conos en la retina que los mamíferos, justificando su gran agudeza visual.