La hipnoterapia, tanto para la fibromialgia como para el síndrome de colon irritable, se ha mostrado eficaz tanto a la hora de conseguir estados de relajación generalizada, como de dotar al paciente de mayor control intestinal respectivamente. En tres estudios diferentes se consiguió asociar la hipnoterapia con una reducción del dolor y en la normalización del hábito intestinal, siendo está condición experimental superior tanto a la condición de terapia de apoyo más placebo (Whorwell, Prior and Faragher 1984), como a la condición de monitorización del síntoma (Galovski and Blanchard 1998; Palsson, Turner, Johnson, Burnett and Whitehead 2002). Por otro lado un estudio ha evaluado la eficacia de la hipnoterapia para el dolor en pacientes con fibromialgia, encontrando más alivio en la condición experimental frente a la terapia física (Haanen, Hoenderdos et al. 1991). En un intento de examinar los mecanismos de mejoría, Palsson y sus colegas (Palsson, Turner, Johnson, Burnett and Whitehead 2002), mostraron que las mejorías observadas en el síndrome de colon irritable tras la intervención en hipnosis estaban asociados a mejoría en somatizaciones y en ansiedad, pero sin embargo no estaban relacionadas con medidas fisiológicas del umbral del dolor rectal, tono muscular rectal, o el funcionamiento autónomo.