Act EVALUACION

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Evaluación modalidad train the trainers 
Fecha de exposición: jueves 27-02-20 
 
La propuesta de evaluación de este taller consiste en que cada grupo (de 4 personas) inventen una 
actividad a partir de un dato o información que se les proveerá. Y que expongan esa actividad inventada a todos 
sus compañeros. Tienen 10 minutos totales para explicarle a la clase la actividad propuesta y enseñar cómo usar 
alguna de las herramientas que hemos visto para resolverla, explicando bien para qué sirve cada paso y cómo 
interpretar las salidas obtenidas (presentar todo el Power point con capturas de pantalla). Habrá 3 minutos 
restantes en el que alguno de los grupos-alumnos estará encargado de hacerles al menos 2 preguntas sobre la 
actividad. Total de la actividad (por grupo) 12 minutos. ¿Qué se va a evaluar?: La originalidad de la actividad 
propuesta, la complejidad de la misma, la capacidad de síntesis y claridad en la exposición y cómo se 
desenvuelven a la hora de responder preguntas. También se va a evaluar (cuando les toque) la pertinencia al 
elaborar preguntas relacionadas con la temática expuesta. Finalmente, se va a evaluar su responsabilidad y 
compromiso con los parámetros planteados. No se van a admitir exposiciones que duren más de 10 minutos, ni 
un tiempo significativamente menor (ej: 4 min). 
 
Grupo 1. BLAST y primer-BLAST 
Tomando como punto de partida la siguiente secuencia incógnita, plantee una actividad que involucre usar al 
menos dos tipos de BLAST para averiguar si es homóloga a otra secuencia, y así inferir su función y/o a qué 
especie podría pertenecer. 
Nota: si bien es incógnita, sabe que pertenece a un insecto. 
También, incluya como objetivo en su problema que, usando primer-BLAST, se generen dos pares de primers que 
amplifiquen fragmentos en 70-100 pb, usando como “organismo” todos los insectos (insects (taxid:6960)). 
TGGaATTTGAGCAGGAATATTAGGAACTTCATTAAGTTTATTAATTCGAGCAGAATTAGG 
AACATCTAACTCTTTAATTGGAGATGATCAAATTTATAACACAATTGTAACAGCTCATGC 
TTTCATTATAATTTTTTTTATAGTTATACCTATTATAATTGGAGGATTTGGAAATTGATT 
GGTACCTTTAATATTAGGAGCCCCCGATATAGCTTTCCCACGAATAAATAATATAAGATT 
TTGATTATTACCCCCATCTTTAACCCTACTAATTTCTAGAAGAATTGTAGAAAATGGAGC 
AGGAACAGGATGAACAGTTTATCCCCCATTATCATCTAATATTGCCCATGGAGGAAGATC 
TGTGGACTTAGCAATTTTCTCTTTACATTTAGCTGGGATTTCCTCAATTTTAGGGGCTAT 
CAATTTCATCACTACCATTATTAATATACGAATTAATAATCTATCATTTGATCAAATACC 
TTTATTTATTTGATCAGTGGGTATTACAGCATTACTTTTATTACTTTCTTTACCAGTATT 
AGCTGGAGCCATTACTATATTACTAACAGATCGAAATTTAAATACCTCCTTCTTTGATCC 
AGCGGGAGGGGGAGATCCTATTCTATATCAACATTTATTTTGATTTTTTGgtca 
 
Grupo 2. EuropePMC, GenBank y primer-BLAST 
Usando la base de datos GenBank y primer-BLAST, invente una actividad que involucre el gen BRCA2 (BRCA2 DNA 
repair associated) y el diseño de primers para amplificar ese gen (o parte del mismo). Para ser más restrictivo, 
diseñen primers de al menos 23 pb de largo. También, incluyan como objetivo el hacer una búsqueda que les 
permita identificar el Review más recientemente publicado, disponible en la base bibliográfica EuropePMC. 
 
Grupo 3. Ensembl 
Usando Ensembl, diseñe una actividad que implique identificar algún gen humano localizado en el cromosoma 2 
que esté relacionado con la enfermedad lupus eritematoso sistémico (systemic lupus erythematosus). Caracterice 
ese gen en términos de cuantos transcriptos genera, su función biológica, cantidad de polimorfismo de tipo SNP 
reportados hasta la fecha e identifique el número de SNPs relacionados con alguna consecuencia de su interés (ej: 
ganancia de codón stop). 
 
Grupo 4. Ensembl y EuropePMC 
Diseñe una actividad con Ensembl que implique el gen CDK1 en el organismo modelo de Danio rerio (zebrafish, 
cyclin-dependent kinase 1). Describa este gen (ubicación cromosómica, posición, etc) e incluya, en la actividad, la 
utilización de algún ortólogo en primates. Por último, incluir una búsqueda de la publicación más citada en los 
últimos años sobre este gen en la base bibliográfica EuropePMC. 
 
Grupo 5. Ensembl plants y primer-BLAST 
Inventen una actividad que involucre la búsqueda (usando Ensembl) del gen correspondiente a coronatine 
insensitive en Arabidopsis Thaliana, su caracterización (en que cromosoma está ubicado, su posición en pb, cuál 
es la cadena de ADN que lo codifica. Luego, incluya como objetivo del problema el uso de primer_BLAST para 
diseñar un par de primers que pegue el primer Forward en el exón 1 y el primer Reverse en el exón 2. 
 
Grupo 6. EuropePMC, Genbank y Primer-BLAST 
Inventar una actividad que involucre la búsqueda de un artículo científico publicado por la Dra Nahirñak, en 2014, 
donde trabajó con el gen Snakin-1 de papa (potato Snakin-1), el uso de Genbank para encontrar la secuencia de 
dicho gen y el diseño de primers para amplificar dicho gen para una PCR en tiempo real (teniendo en cuenta que 
para Real Time se amplifican fragmentos no mayores a 150 pb).