Entre los primeros procesos epigenéticos que se descubrieron estaba la metilación del ADN. En él, una región del ADN adquiere unos pocos átomos extra, un grupo metilo. Esto provoca que una base citosina se transforme en una molécula bastante afín, 5-metilcitosina. Esta forma modificada de la citosina todavía forma par con la guanina en la doble hélice del ADN, pero tiende a «apagar» esa región del genoma, con el resultado de que las proteínas que estaban siendo codificadas se producen en cantidades más pequeñas.