A nivel de maestrías, diversos estudios muestran la debilidad investigativa de la gran mayoría de éstas, puesto que son más profesionalizantes que investigativas, razón por la que el gobierno las reglamentó en el decreto 916 de 2001, con el objeto de centrarlas en la producción de conocimiento y formación de alto nivel, para que a su vez puedan impactar al resto de niveles de formación educativa. Se pasó de 315 programas de maestría en el año 2002 a 345 al año 200612.