En algún tiempo después, algunos de estos,, células alimentadoras nucleadas totalmente aeróbicos pueden haber engullido foto-sintético cianobacterias (Azul-verde 'algas'). Un mutualismo desarrolló gradualmente entre estos dos entidades en la evolución de los cloroplastos que caracterizan el reino vegetal. Aunque la forma de las mitocondrias es diferente de la de los del azufre, bacterias púrpuras de que presumiblemente se derivaron, las mitocondrias se asemejan a las bacterias en muchas maneras. Tanto de su genomas son circulares y la histona libre. Sus sistemas de transcripción y traducción también son similares. En Por otro lado, algunos genes archaebacterial (como aquellos en el núcleo eucariota) tienen intrones. Pero intrones son desconocidos en eubacterias módem. Por lo tanto se ha sugerido que el progenote puede haber tenido intrones pero que se perdieron durante la evolución de las eubacterias. Curiosamente, la mitocondria) de ADN de células de mamíferos no contiene intrones, pero muchos genomas mitocondriales de los eucariotas más primitivos hacer. Además, las eubacterias y eucariotas contienen enlaces éster, lípidos no ramificados que contienen L glycerophosphate, mientras que los lípidos ramificados de arqueobacterias son éter en alternancia, que contiene D-glycerophosphate.