Quienes deciden aplicar las BPL a su actividad adoptan voluntariamente unas normas que regulan su actividad interna y deben establecer, en base a ellas, una serie de autocontroles internos. La aplicación de las Buenas Prácticas de Laboratorio implica que dentro de cada centro deberá realizarse una actividad intensa de autorregulación y autocontrol. Así, entre muchos otros aspectos, la dirección del centro o laboratorio deberá asegurarse de que en su centro se hayan confeccionado los Procedimientos Normalizados de Trabajo (conocidos como SOP’s, en referencia a su denominación inglesa, Standard Operating Procedures) y velar porque se cumplan.