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Generalidades de los virus
Concepto generales
Virus
Son agentes infecciosos de amplia distribución en la naturaleza que tienen como característica que son parásitos intracelulares obligados.
Ademas:
• En general, a diferencia de las células, los virus tienen una estructura simple y estática 
• No tienen un sistema metabólico propio.
• Dependen de la maquinaria de la célula hospedera para su replicación (parásitos intracelulares estrictos)
• Tienen genomas de ADN o ARN , pero carecen de ribosomas y otros factores necesarios para la traducción de proteínas. Así pues, dependen de la célula hospedera para la producción de proteínas virales.
• Sus genomas codifican información mínima para asegurar lo siguiente: 1) replicación del genoma y empaquetamiento; 2) producción de proteínas virales; y 3) subvertir funciones celulares para permitir la producción de viriones.
• Algunos virus (bacteriófagos) infectan células procariontes, mientras que otros infectan células eucariontes.
Anatomia viral
La cubierta proteica o cápside de un virión (virus completamente ensamblado o partícula viral) está compuesta de múltiples copias de uno o más tipos de proteínas. Estas proteínas se ensamblan, formando unidades estructurales llamadas capsómeros.
Al ácido nucleico más la cubierta o cápside de una partícula viral es frecuentemente llamada nucleocápside
Los virus más simples son aquellos que carecen de envoltura y tienen ADN o ARN de cadena sencilla.
Los virus envueltos contienen una membrana externa que rodea a la nucleocápside. La envoltura viral se deriva de membranas de la célula hospedera (nuclear, de aparato de Golgi, de retículo endoplásmico o membrana plasmática). Tal como estas membranas, la envoltura viral se compone de una bicapa lipídica con proteínas insertadas en ella, proteínas que son codificadas por el virus.
Tamaño
Los tamaños varían entre 18 nm en los casos de parvovirus o 27 picornaviridae hasta 250 nm como los poxvirus.
Genoma
Los virus pueden tener:
ARN
· Doble cadena
· Simple cadena
ADN Circular o linear
· Doble cedena
· Simple cadena
Genomas segmentados
Los virus ARN son los de interés veterinario lineales, de cadena sencillas con doble o simple cadena. La mayoría tienen una sola pieza de (monopartita) mientras que otros esta dividido en 10 (como reovirus) 8 (orthomyxoviridae, 3 (bunyavirus), etc.
Estructuras secundarias y terciarias.
Son secuencias complementarias en ADNss y ARN viral que forman estas estructuras. Las mas clásicas son los stem loops, y bultos. Los ARN forman estructuras a veces conocidas como pseudoknotts donde algunos tienen actividad enzimática y otros están relacionados con el frameshifting ribosomal (se vera mas adelante)
Secuencias repetidas.
Estas secuencias incluyen promotores, enheancers, orígenes de replicación (ORF), etc y están relacionadas con la replicación de los virus.
Otros tienen secuencias repetidas al final (secuencia de terminación)
DTRs direct terminal repeats. Cuando las repeticiones van en la misma dirección
ITRs inverted terminal repeats. Cuando las repeticiones van en sentido opuesto. Estas están relacionadas en algunos virus con los procesos de circularizacion porque de esa forma se vuelven complementarios sus regiones .
Proteinas virales- Capside
En los virus podemos clasificar las proteínas en dos grupos.
Proteinas estructurales: son proteínas que forman el virus y tienen varias funciones como:
· Protección del genoma viral.
· Unión del virus a estructuras de la celula hospedadora.
· En virus envueltos también incluye a las proteínas en la envoltura relacionada con la fusión de membranas
Proteinas no estructurales: cumplen variadas funciones:
· Enzimas: TR, proteasas, etc
· Factores de transcripción
· Primer s relacionado con la replicación.
· Formación de canales en virus y membranas
· Interferencia con el sistema inmune.
Capside
Cubierta formada por pocas moléculas de proteínas repetidas (capsomeros). En virus desnudos es la que contiene los sitios que reconocen los receptores celulares.
Se repiten una o varias proteínas distintas, en cada unidad estructural: Protomero
Existen dos tipos de simetría de interés:
1- helicoidales Pueden ser envueltos o desnudos
2- Icosaedrica pueden ser envueltos o desnudos. Dos tipos de proteínas forman el icosaedro los pentámeros en los vértices y los hexámeros en las caras.
Membranas
La envoltura viral, característica de algunas familias virales, se deriva de membranas de la célula hospedera por protrusión de yemas, lo cual ocurre durante la liberación de viriones de la célula (infectada). Esta membrana es frecuentemente una porción de la membrana plasmática, sin embargo puede ser parte del aparato de Golgi, del retículo endoplásmico o de la membrana nuclear, dependiendo del tipo de virus y del compartimiento celular donde la replicación se lleva a cabo. Independientemente de su origen, la membrana se compone de una bicapa lipídica - de origen celular - con proteínas asociadas. Estas proteínas asociadas con la bicapa lipídica son principalmente de origen viral (codificadas por el virus) y son en su mayoría glicoproteínas.
Membrana:
· Bicapa lipídica: origen celular
· Proteinas asociadas: como glicoproteínas de origen viral
Taxonomia viral
El esquema básico de clasificación jerarquica es:
Ordenes Familia Subfamilia Genero Especie Cepa/tipo
	Grupo taxonómico
	Sufijo
	Ejemplo 
	Orden
	-virales
	Herpesvirales
	Familia
	-viridae
	Herpesviridae
	Subfamilia
	-virinae
	Gammaherpesvirinae
	Genero
	-virus
	Macavirus
	Especie
	-
	BoHV-6
1- Ordenes/ Familias:
Esta basada en tres principios:
1- Solo el virus, no el huésped
2- el tipo de ácido nucleico
3- Las características físicas del virion: simetría de la capside, dimensiones, envoltura lipídica.
2- Suflia/ Generos: 
Basadas en otras características antes biológicas, ahora basadas en secuencia.
3- Especies/virus
Una especie de virus se clasifica como “ una clase politetica” (definida por mas de una propiedad) de virus que constituyen un linaje replicativo y ocupa un nicho ecológico particular.
Clasificación basada en secuenciación del genoma.
Mediante estos métodos podemos generar un árbol genealógico para el virus y asi determinar el origen de las cepas actuales provenientes de algún ancestro en común.
Clasificacion de Baltimore
Los virus se dividen en 7 grupos de acuerdo al tipo de genoma y la manera que te tiene ese genoma de transcribirse y replicarse.
	
	estrategias virales durante el ciclo replicativo
A- ingreso
introduccion
1-Fase de eclipse: etapa en donde son detectado muy pocos virus luego de la infección, esto es debido a que en esta etapa los virus estan adhiriendose y penetrando las celulas.
2- Fase de maduración y liberación: etapa de crecimiento por aumento de la progenie viral. Acumulación de grandes cantidad de virus
3- Fase de decaimiento: la cantidad viral empieza a decrecer esto es debido a que las células empiezan a morir.
No todos los virus son líticos ni todas las infecciones productivas. Existen virus con muchos huéspedes mientras que otros son específicos de especie. 
Susceptibilidad:
La capacidad de un tipo celular (o especie animal) de ser infectado por un virus.
La definición puede ser aplicada a nivel celular o animal. Por ejemplo las células epiteliales del tracto respiratorio son susceptibles al virus de la influenza porque tiene los receptores para su adhesión o por ejemplo un ratón no es susceptible al herpesvirus bovino.
Permisividad:
La capacidad de un tipo celular de garantizar la multiplicación completa del virus.
La infección de células susceptibles con un virus puede ser
1- infección productiva
Ocurre en células permisivas donde el virus tiene lo que necesita para replicar.
2- Infeccion abortiva
Célula susceptible pero no permisiva. No puede replicar. A veces estos virus esperan un momento donde la celula es permisiva momentáneamente a esto lo llamamos infección restrictiva.
3- Infeccion Latente.El virus ingresa y no replica (herpes). Algunas veces tienen genes que producen oncogénesis.
Etapa de ciclo infeccioso:
1- Adhesion o anclaje interacción del virus con receptores y co receptores.
2- Entrada y penetración componentes del virus atraviesan la barrera de la membrana citoplasmática.
3- Denudamiento (uncoatting) liberación del genoma en el sitio de replicación.
4- Expresion y Replicación producción de nuevas proteínas y AN para formar nuevo viriones.
5- Ensamblaje + encapsidacion reunión y ordenamiento de todos los componentes virales neosintetizados para la formación de nuevos viriones.
6- Maduracion reorganización de algunos componentes del virion para que se convierta en infectivo.
7- Egreso liberación de la célula.
Ingreso
Los virus son parasitos intracelulares obligados que necesitan de células hueaspedes para poder replicar.
El inconveniente que tienen es que son demasiados grandes para poder difundir por el citoplasma por lo que ingresa por mecanismos específicos.
Los virus localizan las células correctas de modo azaroso y siguen movimientos brownianos (difusión-electrostaticas)
Buscando la celula correcta
Etapa 1: adhesión a superficie celular (interaccion electrostática) no es especifico
Etapa 2- unión a receptores moleculares específicos (interaccion especifica)
Etapa 3- entrada hacia el interior de la celula
Consta de las 3 primeras etapas
· Adhesión
· Penetración y transporte
· Denudamiento
adhesion (attachement)
Mediante la interaccion de virus con receptores
Se debe tener en cuenta:
· Distintos tipos de moléculas
· Un virus puede adherirse a mas de un receptor
· Un receptor puede ser compartido para mas de una familia de virus
· El receptor determina el tropismo: el huésped, el tejido y el tipo celular.
El tropismo de un virus no depende solamente si tiene los receptores o no los tiene. Por ejemplo si una celula no tiene receptor para picornavirus, podemos decir que la celula no es susceptible, pero si uno inocula el ARN viral de este, replica igual o sea es permisiva.
Receptor:
Molécula de superficie a la cual se ancla el virus
Co-Receptor:
Molécula adicional sobre la superficie cellular que es requerida para la entrada del virus a la celula.
Receptores.
1- Receptor simple
Un solo receptor mayor responsable del ingreso a la celula. 
Ac sialico orthomyxoviridae
Pvr Poliovirus
(AAV: adeno asociado; HPV: papilomavirus humano; HSV: herpesvirus; IAV: influenza; RSV y RV: paramyxos; HCV: hepatitis C (flavi); DV: dengue; EBOV: ebola; FMDV: aftosa; etc).
2- Receptor + Co-Receptor
Hay un receptor principal pero requiere de otra molécula para asegurar la entrada.
Retroviridae: HIV I su proteína gp120 se une al receptor CD4, pero las cepas que infectan macrófagos además necesitan de co receptor CCr5, mientras que los que infectan LTcd4 necesitan CXCr4
HIV 2: también ingresa sin necesidad de un correceptor, usando una quimioquina, esto podría llevar al aumento del rango de hospedadores
3- Receptor alternativo
Virus usa mas de un receptor.
Rhabdoviridae se une al receptor de acetilcolina en la placa neuromuscular, pero también usa NCAMpara llegar al SNC.
Hay virus que mutan sus receptores y asi pueden saltar de especie por lo que aumentan su afinidad por nuevos receptores.
Tener en cuenta que el encuentro inicial es azar-virus-probabilidad. La presencia de su receptor y co-receptor (susceptible) no asegura que el virus replique en una celula.
Para ello debe ser permisiva o sea que tenga componentes intracelulares que permita la replicacion
penetracion
Si los virus (envueltos o desnudos) entran por via endocitica tienen diferentes mecanismos para formarse el endosoma luego de la adhesión:
· Mediada por Clatrina
Adenovirus, papilomavirus, poliomavirus, parvovirus, reovirus (orbivirus), erterivirus, coronavirus, flavivirus, picornavirus (aphtovirus), bornavirus, bunyavirus, filovirus, rabdovirus, paramixovirus, retrovirus.
· Mediada por Caveolinas
Papilomavirus, picornavirus (enterovirs), poliomavirus (SV40), retrovirus (gamma Retro), hepadnavirus
· Mediada por mecanismos independiente a esos dos
Picornavirus (enterovirus); calcivirus, papilomavirus, reovirus (rotavirus), circovirus; Ortomyxovirus (influenza tipo A)
Virus Envueltos
Todos los virus envueltos deben fusionar sus membranas para poder ingresar a la célula. 
Cuando se produce a nivel de la membrana plasmática es independiente de pH mientras que si es a nivel endocitico es dependiente de pH.
Los virus tienen proteínas de anclaje que se unen al receptor y proteínas de fusión, una porción hidrofóbica capaz de anclarse a otra membrana y permitir la fusión de ellas. El péptido fusión solo se expone en el momento de unión, sino permanece oculto y cambios de conformación ya sea por pH, acción enzimática, interacción con otra proteína hace que se exponga.
A- Penetración por fusión en la membrana plasmática.
A.1- Proteína de anclaje y fusión separadas.
Paramixoviridae: la proteína HN es la responsable de la unión y la proteína F es el péptido fusión. La proteína F tiene dos unidades F1 y F2. El péptido fusión esta en F1 pero normalmente esta oculto por F2. La interaccion de HN con su receptor genera un cambio conformacional que hace que se exponga el péptido fusión que es clivada por proteasas provocando la unión a la célula (B). 
	
A.2 Proteína de anclaje y fusión juntas.
Retroviridae: la glicoproteína env está formada por dos subunidades. SU (gp 120) y TM (gp41), esta ultima porta el peptido fusión. La unión de SU con su receptor generan un cambio de conformación que provoca que se exponga el péptido fusión y se una al co-receptor (imagen c en grafico anterior)
B- Entrada por via endocitica.
B.1 Mediada por receptor, fusión a nivel del endosoma pH dependiente.
Orthomixoviridae: la interacción se produce mediante su HA y el acido sialico. HA esta formado por un homotrimero (3 proteinas idénticas). Unidas por un puente disulfuro. Cada monómero tiene dos subunidades HA1 y HA2. HA1 forma una cabeza globular que es el sitio de reconocimiento con el receptor, porción genéticamente mas variable y sus mutaciones son responsables de la variación antigénica. HA2 es fibrilar contiene porción transmembrana y carga con el péptido fusión oculta por la HA1.
Cuando HA1 contacta con el receptor se produce un endosoma. 
El ambiente endocitico se acidifica, este cambio de pH genera cambios conformacionales exponiendo el péptido fusión con la consiguiente fusión de membranas liberando la ribonucleoproteina al citoplasma. 
Al mismo tiempo que se produce esto, por los canales M2 del virus hay influjo de protones que provoca el desacople de la ribonucleoproteina de las proteínas M1.
Virus desnudos
A- Via endocitica.
A.1- Endocitosis y lisis de la membrana endosomal
Adenoviridae: la capside tiene proteínas de adhesión (fibras o proteínas IV) que se ancla a una base pentamerica (proteína III) que se une al correceptor.
Cuando ingresa la disminución del pH genera la disgregación de la capside parcial donde se desprenden proteínas (III) que tendrían acción lítica sobre el endosoma. 
Otros: papiloma y parvo
A.2- Endocitosis con Denudamiento lisosomal- permeabilizacion
Reovirus: En estos casos aprovechan las enzimas producida por los lisosomas (pocos virus llegan a este nivel de maduración endosomal) ya que tiene proteínas muy resistentes. La acción enzimática degrada la capa externa, produciéndose la activación de las nucleasas. Las proteínas que resisten la acción de los lisosomas+ genoma+ nucleasas forman las famosas particula subviral infecciosa (ISVP) capaz de atravesar la membrana del lisosoma.
A.3- Poros en la membrana 
Picornaviridae la proteína VP1 se une al receptor mediante sus cañones o loop según genero. Esto genera la perdida de VP4 y la exposición de regiones de VP1 que antes estaban ocultas provocando poros en la membrana introduciendo asi su genoma
Poliovirus lo realiza en membrana citoplasmática mientras que aphtovirus lo realiza en membrana endosomal.
Mecanismos alternativos.A- Fusión de celula sana con Celula infectada: 
De esa forma escapan del Sistema inmune. De esta forma también puede pasar de una célula infectada a una celula NO susceptible pero permisiva.
Un ejemplo de ello es la formación de sincicios células infectadas exponen en su membrana proteinas virales que “pegan a las células vecinas” fusionándose las membranas permitiendo al virus pasar a células vecinas no infectadas
Ej: herpesviridae, paramyxoviridae, poxviridae, reoviridae y retroviridae
B- Mediada por Ac: 
Formación de Ag-Ac que se une a receptores Fc mediando la fagocitosis posterior. Esto por ejemple se da con el virus de Dengue, Aftosa y virus Epstein Barr.
transporte citoplasmatico
Dentro de la celula el citoplasma esta lleno de organelas por lo que la movilidad esta imitada y les lleva tiempo a los virus. En la celula, estructuras en exceso de 20 nm requieren movilidad dependiente de energía para desplazarse por el citosol. Por ello usan el motor celular para moverse. La mayoría lo hace por microtubulos, otros usando el citoesqueleto.
A-Transporte dependiente de actina
Inducido por proteinas virales que interactúan con la actina promoviendo su polimerización-despolarizacion para desplazarse.
B- Transporte microtubular
Usan proteinas como dineina y kinesina. Medio usado por casi todos los virus que llevan su genoma al nucleo.
penetracion dentro del nucleo
La via de entrada al nucleo ocurre por varias vías:
· ARN virus, ADNds virus y lentivirus entran via complejo poro nuclear mediando el trasporte por importinas celulares.
· ADNss virus cruza a través del poro NPC ya que son pequenos 
· La capside de herpesvirus es muy grande que no entra por el poro NPC, queda “atascado” en el poro liberando luego el ADN viral dentro del nucleo.
· Los retrovirus simples necesitan que la celula este en mitosis para poder ingresar.
B- expresion y replicacion
	
Consideraciones generales.
1- las células carecen de enzimas para producir ARNm a partir de ARN
2- Las células no replican ADN en citoplasma
3- el aparato de traducción celular solo opera con ARNm monocistronicos (codifican para una proteína), de lo contrario produce poliproteinas que luego van a tener que ser clivadas.
4- Los virus tienen que desarrollar una estrategia para apoderarse de la maquinaria de traducción para la síntesis de proteínas, ya que la celula produce también ARNm
Los virus ARN+ son infectivos por si mismo porque su genoma es igual al ARNm 
Los virus ARN - no son infectivos sus genomas porque no pueden ser leidos y por ellos todos llevan su polimerasa consigo..
sintesis de arn
Recordar que promotor y transcripción hace referencia a generar ARNm a partir de ADN. Por ende está mal decir que un virus ARN transcribe ARNm, lo que se dice es que sintetiza ARNm
1- virus ARN (-): su polimerasa es empaquetada dentro de la particula viral, lista para iniciar con la síntesis de ARN una vez dentro de la celula.
2- virus ARN (+): sus genomas son desnudos y están listos para ser traducido una vez que entran en la célula. Excepciones: retrovirus, coronavirus).
3- virus con genoma doble cadena: las partículas virales contienen ARN polimerasa, sin ella los ARNm no pueden ser sintetizados en la celula.
Es característico que los genomas de los virus de ARN estén asociado a proteínas (proteína N en rabdoviridae), o que tengan estructuras secundarias o terciarias 
Reglas que dirigen la síntesis de ARN a partir de ARN
· La síntesis de ARN inicia y termina en sitios específicos del templado
· La ARN polimerasa dependiente de ARN puede llevar a cabo una síntesis de novo sin primer (parecida a una ARN polimerasa dependiente de ADN) o bien requerir un primer
· Otra proteína viral o celular puede ser requerida
· El ARN es sintetizado bajo la incorporación de NTPs dirigida por un templado, es elongado en dirección 5’ 3’
· Sintesis de ARN sin templado
Inicio de novo
A- iniciación 3’ terminal: la ARN pol inicia en 3’ agregando NTPs sin necesidad de un primer.
B- templados que tienen en el extremo 3’ una estructura similar al cap que tiene los ARNm celulares en su extremo 5’. Esa estructura es reconocida por la ARN pol iniciando en un sitio intermedio, luego el producto recién sintetizado se desplaza un poco hacia atrás para que la polimerasa lea los primeros pares de bases. La polimerasa inicia en un sitio interno donde la secuencia es repetida.
Inicio dependiente de cap
A- proteínas asociadas a un cebador
B- CAP asociado a cebador
Cuando se sintetiza una cadena de ARN al igual que en el ADN se necesita para su correcto funcionameinto del ion Mg. Este mantiene en su lugar los residuos de aspartato de la ARN pol. Además ayudan a llevar a cabo la rn de polimerización interactuando con el oxigeno de la ribosa, generando un ataque nucleofilico sobre el grupo fosfato permitiendo posteriormente el agregado de una nueva base nitrogenada (enlace fosfodiester)
ARN (+)
Picornaviridae
Su genoma liberada en el citoplasma actua como ARNm directamente y además se genera el ARN (-) para hacer las copias genómicas.
Esto ocurre en vesículas de membrana generada por la infección donde replican.
Vpg en extremo5’ y cola poli A. se traduce en una poliproteina que posteriormente es clivada por 2A y 3C. 2A tiene acción en trans sobre otras proteínas igual que 3C.
· Cloverleaf: 
· Secuencia Cre
· Pseudonock
Los ARNm celulares no pueden copiarse por la polimerasa viral por que no tiene el psedonockt que es el ditio de unión de la polimerasa viral.
Cre sirve como punto de nucleación para la adición de base. 
Vpg funciona como primer de la polimerasa viral.
3D se une a Cre, las proteasas virales cambian la conformación de la secuencia cre permitiendo que una tercera ARN pol 3D se una al sitio, ahí recién Vpg se asocia al complejo donde la ARN pol adiciona nuevas bases a Vpg
En las vesículas de membrana ocurre la síntesis de ARN: el precursos de Vpg (3AB) esta anclada a la vesicula y a la vez unida a la proteína PCbp. Esta ultima está unida al cloverleaf junto a la proteína 3Cdpro. Este complejo interactúa con la proteína de unión a la cola poli A PAbP que se une a su vez al extremo 3’ del genoma llevándolo a un sitio intermedio del genoma. La proteasa viral corta la unión con la proteína 3AB liberando la VPg. La polimerasa viral adiciona nucleótidos sobre la VPg usando la secuencia cre como base, esa cadena de nucleótidos es transferida al extremo 3’ del genoma siendo usada como primer por la ARN polimerasa.
Coronavirus:
El ARNm/genoma no se traduce por completo. Lo hace parcialmente en extremo 5’ produciendo sus polimerasas y proteínas accesorias. Esta ARN pol puede replicar el genoma (+) completo para producir su copia antigenomica (-)y es capaz de producir pequeños ARNm (usando de molde a la ARN (-) de molde) llamado ARNm subgenomicos (para proteínas estructurales). 
ARN (-)
Rabdovirus
Su genoma es copiado mediante la polimerasa que viene con e virion en diferentes tipos de ARNm que traducen a un solo tipo de proteína. Algunas de ellas participan en el proceso de replicación del templado antigenomico genómico
Cada uno de los mensajeros tiene cap y están poliadenizados
Cuando el virus entra en la celula produce primero los ARNm, luego de la traducción hay cambio de función de la polimerasa para las copias genómicas. La prooteina N genera el cambio cubriendo el ARN genómico en secuencias intergenicas principalmente permitiendo que la polimerasa genere la copia antigenomica para realizar las copias genómicas luego. 
Esta polimerasa no depende de primer se une directamente en 3’, genera la copia finalizando en una secuencia intergenica (separándose el primer ARNm); la polimerasa inicia otra vez con el segundo gen hasta la siguiente secuencia intergenica
La secuencia intergenica presenta la señales de poliadenilacion y cap.
Orthomyxovirus
El proceso es similar pero se lleva a cabo en el nucleo. Esto es por que necesita primer con cap del nucleo y además algunos de sus ARNm necesitan splicinggenerándose un nuevo marco de lectura para una proteína diferente.
Aca también la proteína NP esta relacionado con el cambio de síntesis de ARNm y síntesis de ARN genomico
La polimerasa depende de un primer que son los cap ¨robados¨de los ARNm de la celula hospedera (por ello debe ir al nucleo).
En primer lugar la polimerasa sintetiza ARNm para la traducción de proteínas. El acumulo de proteína NP recubre el genoma viral haciendo que la polimerasa copie todo el genoma sin necesidad de primer (antigenomica genómico). La copia antigenomica no tiene cap ni cola poli A ya que es el que se va a usar de molde para la cadena complementaria genómica.
Robo de cap
En la síntesis de ARNm una enzima (endonucleasa) que posee en la particula viral se une a los cap de la celula hospedera clivando su porción 5’ hasta un tamaño de 13 bases después del cap, los cuales luego añade en el extremo 5’ del ARNm sintetizado
Adicion de la poli-A en los ARNm 
La polimeras viral forma un trímero, el templado es leído de 3’5’ y se va moviendo por el sitio activo de la enzima mientras se genera el ARNm (5’3’). Cuando llega a la señal de poliadenilacion que posee el genoma se agrega la cola poli-A liberando el ARNm
ARN doble cadena
Reovirus
Posee doble hebra y la cadena positiva posee cap pudiendo actuar como ARNm, sin embargo como esta interactuando con su hebra complementaria no esta disponible para ser copiada.
Cuando entra la polimerasa viral que viene con la partícula) se encarga de copiar cada segmento para producir los ARNm que serán traducidos a proteínas virales.
En algún punto cuando se ensambla parte de la capside viral, algunos de los mensajeros se empaquetan y dentro de la capside que tiene ya la ARN pol genera la hebra complementaria. Su replicación es conservativa
La particula de reovirus tiene dos capas concéntricas de proteínas de característica icosaedrica durante su entrada se elimina una de sus capas formando una particula infecciosa subviral (ISVP), luego la capa externa se separa liberando la nucleocapside que es transcripcionalmente activa. Para degradar sus capas utilizan los lisosomas (ver replicación). El genoma es copiado dentro de la nucleocapside por lo que nunca se muestre su genoma doble cadena.
Replicacion de virus ADN
La replicación siempre requiere como minimo la expresión de al menos una proteína viral, algunas veces de muchas.
El ADN siempre es sintetizado en dirección 5’3’ (o sea lee de 3’ 5’) mediante una via de replicación semi conservativa
La replicación inicia en orígenes definidos (Ori) utilizando un primer
La célula huésped provee otras proteínas
Pasos para la replicación de ADN
· Reconocimiento del origen (Ori) para la iniciación
· Cebado de la síntesis de DNA
· Elongacion
· Terminación 
Modos de replicación
1- Horquilla de replicación
Se produce la separación de las hebras de ADN y se sintetiza la cadena complementaria en cada hebra al mismo tiempo
· Poliomavirus
· Papilomavirus
· Herpesvirus
· Provirus retrovirales
2- Desplazamiento de cadena (primer)
Se requiere un primer, se sintetiza una cadena y la otra se desplaza. Luego se sintetiza la otra cadena
· Adenovirus (proteína)
· Parvovirus (horquilla de ADN)
· Poxvirus (horquilla de ADN)
Los virus pequeños no codifican ADN polimerasa, pero codifican proteínas que organizan al anfitrión (papilomavirus, poliomavirus, parvovirus)
Virus de genoma grande codifican la mayoría sus polimerasas (herpesvirus, poxvirus y adenovirus)
Proteínas virales necesarias para la replicación
ADN polimerasas y proteínas accesorias
Proteinas de unión al origen Ori, helicasas (desenrrolla el ADN)
Exonucleasas (corrige errores)
Enzimas del metabolismo del acido nucleico (TK, RR,dUTPasa)
Orígenes del ADN para la replicación
Segmentos de ADN ricos en A-T reconocidos por proteinas de reconocimiento viral
Algunos virus tienen un Ori, otros mas de tres y son usados para diferentes propósitos.
Parvovirus
Genoma de ADNss. Este tipo de genoma se convierte en ADNds y esto es asi por que solo se sintetiza ARNm a partir de ADNds.
Los extremos forman horquillas y son parcialmente de doble cadena, esto es por que los extremos están invertidos y son complementarios de esta forma generan estructuras de horquillas apareando los extremos y actúan como primers para la síntesis de ADN
De la horquilla 3’ la polimerasa sintetiza la hebra complementaria. Para no perder una parte de la secuencia del genoma, la proteína Rep78 lo que hace es separar en ADN descubriéndose un extremo 3’ usado como primer por la polimerasa. De esa forma una vez sintetizado ese extremo vuelve a formar una horquilla para reiniciar el ciclo
Resumen:
El parvovirus se autoceba un primer con su templado
Solo utiliza una proteína viral Rep 78/68
La infección no tiene efecto en la síntesis de ADN.
Los parvovirus replican en celulas en división celular.
Poliomavirus
ADN ds circulares. La replicación en el Ori teneindo una replicación bidireccional generándose dos horquillas de replicación. La proteína LT tiene muchas funciones. Se une al origen de replicación en 2 hexameros de LT generando un cambio conformacional de ADN donde se este se separa gracias a la función de helicasa de la misma proteína.
La cadena líder es iniciada por un primer de ARN y la polimerasa simplemente avanza en direccion5’3’
Del otro lado del Ori esta la cadena retrasada donde se sintetiza de a porciones con muchos primer de ARN (segmentos de Okazaki)
Los primer son removidos y posteriormente se rellena los huecos y ligadas.
Resolución: mientras se replica se va torciendo las 2 cadenas, allí las topoisomerasas rompe una de las cadenas para liberar la tensión y lograr la liberación de ambas cadenas Otra función de LT es el de mantener a la celula replicándose asi tiene proteinas necesarias para replicar.
Adenovirus
Genoma ADNds lineal. Presenta una proteína en el extremo 5´unido covalentemente llamada TP, actua como primer.
Cebado o priming: la polimerasa se une a la proteína TP inicialmente covalentemente pero luego una proteasa rompe esa unión pero sigen juntas, una citosina se une (primera base) a un residuo de serina en TP de esa forma funciona de primer por interacción de esa citosina con la guanina de la hebra
Elongacion: la polimerasa copia la cadena desplazando la otra hebra. Cuando termina de sintetizar la hebra una proteasa viral corta TP de la hebra. La cadena desplazada se une a una proteína del virus llamada DBP (proteína de unión a ADN de cadena sencilla.
La cadena desplazada sintetiza su otra hebra de forma independiente circularizando cubierta de la proteína DBP (menos en los extemos que hibridizan) ya que presenta extremos complementarios entre si para repetir el ciclo antes visto
Resumiendo
· Es un ejemplo de síntesis por desplazamiento de cadenas
· Utiliza una proteína como primer
· El origen se encuentra en dos sitios terminales
· La ADN pol es viral
Herpesvirus
Presenta genoma ADN ds linear. Presenta 3 Ori: 2 Oris idénticos y un OriL media la transición de latencia a ciclo lítico único que es activo en neuronas diferenciadas terminales
El ADN entra como molécula lineal y se convierte en circular
Replicación por circulo rodante
Cuando replica primero circulariza, luego se produce un corte en una de las hebras que sirve de punto de origen para que la ADN polimerasa viral para sintetizar una nueva cadena de ADN al copiar el circulo interno (síntesis de ADN continua). La otra cadena se va desplazando de alguna manera pudiendo ser copiada por otra enzima (síntesis de ADN discontinua). La cadena desplazada se separa del circulo a medida que se genera la ora cadena mediante circulo rodante, esto forma los concatameros
Proteinas relacionadas con la replicación
· UL5,8 y 52: forma la primasa, helicasa
· UL 42: proteína de posesividad: requerida para que la polimerasa se mueva por el templado
· UL 9: proteína de unión al origen
· UL29: proteína de unión a cadena sencilla
· UL 30: ADN polimerasa
· 5 enzimas de metabolismo de acido nucleico diferente como TK
	Inhibición de la síntesis de ADN celularCuando la replicación de ADN viral se lleva a cabo en mayoría por proteinas virales, la síntesis de ADN celular es generalmente inhibida. El virus quiere aumentar la disponibilidad de sustrato para el.
Herpesvirus, adenovirus usan esta estragias
transcripcion de Arn a partir de adn
Etapas genéricas de la transcripción
1- Reconocimiento del promotor
2- Formación del complejo pre-inicio
3- Inicio
4- Elongación
5- Terminación
Sucesos que le ocurren a los transcriptos de ARN
1- Adición de cap (“capping’)
El ARNm generado es “encapuchado” en su extremo 5’ . el capped es la unión de una guanosina trifosfato al último nucleótido del extremo 5’ mediante unión 5’-5’ (lo normal es 5’-3’).
El cap está involucrado en:
· Transporte del ARNm del núcleo al citoplasma
· Protección del ARNm de las exonucleasas.
· Iniciación de la transcripción
Los virus que replican en el nucleo usan la enzima de la célula para hacer el capping. Orthomixoviridae que replica también en el núcleo lo que hace es “ robar” los caps de otro ARNm de la celula.
Los virus que replican en citoplasma tienen sus propias enzimas en general para el capping (reovirus, coronavirus), otros también “roban “los Caps y otros como picornaviridae no usa caps (aca la transcripción no depende de caps)
2- Poliadenilacion
Agregado de una serie de residuos de adenosina en el extremo 3’ . su función es estabilizar más el ARNm .
No todos los virus lo realizan.
Cuando se genera el ARNm hay una señal que indica que ahí se debe cortar el ARNm y colocar su cola poliA.
3- Procesamiento (Splicing)
Utilizado en los virus. Dos exones que poseen información relevante para la traducción de alguna proteína están separadas por un intron el cual es removido por exonucleasas. Se realiza en núcleo por lo que solo los virus ADN, retrovirus y otomyxovirus pueden hacerlo.
4- Transporte
Recién cuando sale del nucleo es ARNm
5- Silenciamiento
· Degradación
· Inhibición de la traducción
ARN Polimerasa celular
En el núcleo podemos encontrar las siguientes polimerasas:
· Pol I- pre ARNr (no la usa el virus)
· Pol II- Sintetiza ARNm y algunos ARNmi
· Pol III- Adenovirus VA ARN, EBV, EBERs y algunos ARNmi
El aparato de transcripción solo trabaja con ADN ds. Por ello parvovirus necesita en primer lugar sintetizar su cadena complementaria
Los virus ADN y retrovirus necesitan una ARN polimerasa dependiente de ADN para poder trascribir a ARNm (ARN pol II celular en el nucleo). Los virus ADN que replican en citoplasma llevan su propia ARN polimerasa.
Elementos de un promotor
Secuencias específicas de ADN
TATA box- secuencia definida- TFIID reconoce TATA.
Iniciador-asegura inicios precisos
Enheancers:
Contiene secuencias de consenso. Son sitios donde comienza la transcripción como por ejemplo la TATA box.
Los Enhancers contiene secuencias donde se une factores de transcripción que luego interactúa con los factores de transcripción ubicados en el sitio promotor. Esto incrementa la transcripción por la ARN polimerasa II.
La polimerasa II reconoce el promotor, pero necesita algo que le ayude a especificar un inicio preciso y viene de proteínas celulares o virales.
Luego de reconocer el promotor se forma el complejo de iniciación cerrado (nucleo de proteínas sobre el promotor) posteriormente el complejo de iniciación se abre, las helicasas colaboran. Asi la polimerasa empieza a transcribir (es fosforilada)
Adenovirus: Los ARN tardíos de adenovirus que codifican para proteínas de la capside se descubrió que todos provenían de un mismo promotor (ML). Todos ellos estaban compuestos de 4 partes: un líder tripartita en 5’ terminal y un cuerpo y mediante splicing obtiene los diferentes ARNm.
Toda la transcripción depende de E1a
MLP-secuencia líder:
Se transcribe la secuencia completa, ese ARN transcripto es procesado hibridación de ADN con el ARN generado formación de tres asas que no hibridan con el ADN (A-B-C), esas son zonas de splicing.
De esa forma adenovirus cambiando el patrón de splicing puede cambiar la proteína generada.
Retrovirus (lentivirus): Tiene LTR (repetición terminal larga) son promotores fuertes leídos por la polimerasa celular
Rev es una proteína que promueve el splicing en todo el genoma.
Poliomavirus: tiene un enhancer duplicado que trabaja a distancia y es independiente de la orientación. Algo característico es que puede trabajar el Trans (no tiene que pertenecer a la misma molecula que se esta transcribiendo). Varias proteínas interactúan con el enhancer interactua con el complejo de inicio aumentando resultando en mayores niveles de iniciación de transcripción.
Regulación 
Los virus usan proteínas del huésped y/o proteínas virales especializadas para la regulación de la expresión de genes.
Los virus codifican o llevan consigo moléculas activadoras
La especificidad al tipo celular puede limitar la expresión
Dominios reguladores en proteínas
Las moléculas reguladoras están compuestas de multiples dominios que contribuyen a la regulación de genes virales
· Unión a ADN
· Activación/represión
· Interactor
· Multimerizacion
Los virus pueden regular de forma temporal la transcripción de ARNm de forma temporal siendo que una proteína traducida autoregule su expresión (positiva o negativamente) o regule la expresión de otros genes (como sucede en herpes donde los productos de genes A estimula la expresión de genes B) esto lo llamamos cascada regulatoria. Esto de forma coordinada.
La cascada transcripcional
· Proteínas inmediatas: es lo primero que transcriben los virus
· Transcripción de genes tardíos
· Asegura la produccion coordinada de genomas de ADN y proteínas estructurales, libera el templado de represores: la síntesis de ARN libera represores de la síntesis del templado, al producirse la síntesis del ADN llegara un momento donde habrá mas moléculas de ADN que proteínas regulatorias de la transcripción ppalmente silenciadores y eso permite que los promotores complejos ahora si sean transcriptos.
Poliomavirus: lo primero que hace es transcribir para la produccion de la proteína LT, esta vuelve al nucleo y reprime su propia transcripción y se permite asi la síntesis de ADN viral posteriormente.
LT: se une al oris de polioma como hexámero, promotor temprano apagado y tardío activado.
Adenovirus: primero expresa la proteína E1A, esta activa la transcripción de los genes E2 para ello interactua con proteínas celulares. E2 es un antirepresor libera la obstrucción de la promotores de los genes tardíos y permite la expresión de 4E2
E1a: necesaria para la transcripción de unidades transcripcionales tempranas. Reúne los proteínas celulares en varios promotores tempranos para permitir la transcripción de los mismos.
E2 es requerida para la síntesis de ADN y la entrada a la fase tardia de transcripción
IVa2 aumenta la transcripción de genes tardíos
Herpesvirus: Vp16 activa expresión de genes inmediatamente tempranos estos estimulan los genes de los tempranos y estos últimos de los tardíos
Traduccion
Proceso en el cual el ARNm proteína
Maquinaria de traducción en una celula normal:
· Ribosomas
· ARNt
· Proteínas de inicio (eIF)
· Proteinas de elongación (eEF)
· {rpteinas de terminación (eRF)
Mecanismos normales de iniciación en celulas
Iniciación 5’ dependiente (mayoría de los ARNm)
Ocurre con la interacción de muchas proteínas de inicio. Las de importancia son eIF4E que es la que interacciona con el cap del ARNm y el otro factor importante es eIF4G que se una al factor anterior con el 40s
eIF4G es muy grande y es blanco de modificaciones por células infectadas
Luego de formado el complejo de iniciación, este se mueve hasta encontrar el codón de inicion (AUG). Una vez encontrado se libera los factores de iniciación y se acopla la subunidad 60s del ribosoma, allí inicia la traducción.
Cuando ocurre la traducción el ARNm circulariza mediante la unión a la proteína PABP que unida a la vez a eIF4G
Mecanismo normal de elongación
Los aminoácidos + ARNt se unen a su codón en el sitio aminoacil del complejo de elongación, una transferasa liga el aminoácido quese encuentra en el sitio peptidil con el recién llegado. Posteriormente se produce la trascolcacion del ARNt + péptido naciente de AP y el ARNt que quedo sin su péptido en P E para finalmente salir del complejo.
Cuando la célula es infectada, el SI detecta el genoma viral iniciando la rta a INF, este induce la transcripción de los genes estimulados por INF como Pkr fosforila iEF2, si Pkr “ve” ARNds NO fosforila a ese factor inhibiéndose la traducción celular (ver modulación virus-celula).
Existen diferentes estrategias para la síntesis de proteínas:
1- A nivel de la transcripción:
· Presencia de diferentes promotores
· Transcripción en dos direcciones
· Reiniciacion de la transcripción (rhabdoviridae- ARN-)
2- A nivel del procesamiento
· Presencia de diferentes sitios de poliadenilizacion
· Splicing alternativo
3- A nivel de la traducción:
· Leaky scanning
· Reiniciacion de la transcripción
· Supresion de la terminación
· Ribosomal frameshifting
· Inicio de la traducción independiente del CAP
· Ribosomal shunting
4- A nivel post traduccional
· Clivaje de la poliproteinas.
Traduccion independiente de CAP
Iniciación cap independiente
IRES (internal ribosome entry site) son estructuras secundarias en el ARNm que pueden iniciar la transcripción desde cualquier lugar del ARNm 
La subunidad 40 s del ribosoma se une a IRES mediado por eIF4G sin necesidad de cap
El virus de la hepatitis C es particular ya que puede la subunidad 40s ribosomal unirse al IRES directamente sin necesidad de ninguna proteína de inicio (no requiere cap) luego de unirse la subunidad 4os se une eIF3 y comienza la traducción
La proteasa 2A procesa eIF4G inactivandola para la celula pero es competente asi clivado por el virus interaccionando con el IRES y Subunidad 40s
Ribosomal frameshift
Mecanismo alternativo de la traducción para fusionar proteínas codificadas por superposición de dos marcos de lecturas abieros (ORF)
-1 ribosomal frameshift compuesto por un heptanucleotido o secuencia resbaladiza y un pseudoknott (5-8 nucleotidos rio abajo). El ribosoma viene leyendo los codones y se topa con estas dos estructuras lo que hace que se detenga vaya un nucleótido para atrás (-1) corriendo el marco de lectura. Retomando la transcripción por cambio del codón terminados al moverse uno para atrás.
Ej: retroviridae, coronaviridae, picornaviridae, flaviviridae
Retrovirus: el ribosoma viene leyendo y sintetizando la proteina de gag hasta que se encuentra con el codon de stop para finalizar gag (esto acurre en un 95% de las veces). Ese codon de finalizacion esta en un sitio heptanucleotido llamado secuencia resbaladiza, lo que hace alli es frenar dirigirse un codon para atrás y continuar sintetizando una proteina mas grande (gag-pol)
 coronavirus
+1 ribosomal frameshift el complejo de traducción va leyando hasta que se topa con un codón raro que forma parte de una secuancia resbaladiza, frena, se adelanta un nucleótido cambiando el marco de lectura del codón y continua.
Ej orthomixoviridae
Ribosomal Skipping (“salto”)
En un determinado momento de la translocación la peptidiltransferasa es inhibida por lo que el ribosoma salta 3 codones y comienza de nuevo generando una nueva proteína.
Reiniciacion de la traducción en otro AUG
Son ARNm bicistronicos que poseen 2 ORF. El complejo de traducción finaliza la primera proteína, pero corriente arriba había un codón de inicio el cual la subunidad 40s se vuelve a unir para iniciar la transcripción de la segunda proteína.
Ejemplos de estos casos es Cytomegalovirus humano donde posee 2 ORF, uno corto corriente arriba y otro mas largo corriente abajo separados por una región intersistronica. Otro es influenza donde uno de sus genomas tiene dos genes que están solapados el de M1 y M2 (2 ORF solapados)
Leaky scaning
Escaneo débil. Es un fenómeno en donde un codón de iniciación del ORF 1 en el ARNm es a veces saltado por el ribosoma en la iniciación de la traducción. La subunidad 40s continua escaneando hasta encontrar otro codón de iniciación (ORF2) iniciando la transcripción.
Estas secuencias de iniciación débiles están en una zona de consenso de Kozak.
Ej: orthomyxoviridae, herpesviridae, papilomaviridae, paramixoviridae, calciviridae, arteriviridae, etc.
Un ejemplo es Poliomavirus (SV-40) donde sus proteínas VP1-VP2 y VP3 las genera por este método.
Paramyxoviridae
En el ejemplo de abajo vemos que el codón de inicion AUG para la proteína P es altamente leído por los ribosomas, no asi el codón ACG pudiéndolo pasar por algo (solo un 5% iniciara ahí)
Supresión de la terminación
Existen codones de terminación normalmente como UGA (opalo) y UAG (ambar) que son en un 90 % reconocido por el factor liberador de la traducción eRF en vez del ARNt, con la consiguiente finalización de la traducción. Algunos virus tienen la posibilidad de no frenarse en ese codón por Pseudoknots por delante del codón de stop lo que impide que el factor se una a dicho codón, pero si permite la unión del ARNt continuando la traducción.
Algunos ejemplos son: togavirus (A) y retrovirus (B).
Retrovirus: Para gag-pol usa este sistema. Los ribosomas sintetizan gag al final encuentra un codón de paro, la mayoría de las veces para ahí (importante por que son proteínas que forman la estructura y se necesita en cantidad, pero también se necesita la TR, IN y PR, estas son generadas por el mecanismo de supresión de la terminacion
Ribosomal shunting
Llamado también descarrilamiento de ribosomas
Las estructuras secundarias ribosomales deben ser “desarmadas” en el momento que el ribosoma con el complejo de iniciación va escaneando buscando el codón de inicio. Esto lo lleva a cabo IEF que tiene función helicasa, pero este proceso tiene un gasto de energía importante. En el caso del ribosomal shunting el ribosoma se decarrila sorteando todas las estructuras secundarias 
El descarrilamiento disminuye la dependencia de los ARNm por eIF4F durante la iniciación por reducir la necesidad de desenrollar el ARNm
El ejemplo mas clásico se da en adenovirus: El ARNm recluta la subunidad 40 S, se realiza un escaneo muy limitado y rápidamente se trasloca al codón de inicio
En la etapa tardia de infección los adenovirus traducen los ARNm y en forma simultanea suprime la traducción de ARm celulares. Los ARNm tardíos tienen cap y se traducen, a pesar de estar bloqueada la traducción celular, ya que poseen la secuencia líder tripartita en el extremo 5´ que les da la habilidad de iniciar la traducción por este mecanismo. En el mismo el ARNm recluta la subunidad40S, realiza el escaneo limitado y rápidamente va al codón de inicio
modificaciones post-traduccion
1- Glicosidacion.
Adición de oligosacaridos a la cadena polipeptidica
O-glicosidacion: grupo –OH en serina o treonina. La proteínas glicosidadas por este método se tradujeron en el RER
N-glicosidacion: grupo –NH2 en asparagina. Las proteínas glicosidadas por este método se tradujeron en el RER aparato de golgi. (ver en maduración orthomyxoviridae y retroviridae)
2- Acilacion.
 Adición de grupo acilo (R-CO-) , el mas común es el ácido miristilo. Están asociadas generalmente a proteína de membrana o de capside de virus.
La adicion de lípidos a las proteínas virales permite dirigirlas a la membrana independientemente de una secuencia señal.
Las proteínas virales son sintetizadas en el citoplasma, y modificadas con lípidos posttraduccionalmente.
Retroviridae: el precursor Gag, en su termina amino “N” donde esta la proteína matriz MA presenta miristato (lípido) que se une covalentemente al extremo amino aumentando la afinidad de la proteína por la membrana. Además presenta cargas positivas mejorando esa afinidad. 
3-Fosforilacion
Agregado de grupo fosfato a residuos –OH de tirosina, treonina y serina.. la fosforilacion puede alterar la actividad, localización, y la estabilidad de la proteína.
4-Clivaje de poliproteinas
Llevada a cabo por proteasas que cortan una proteína. No solamente pueden autoclivarse sino que también pueden actuar en trans y clivar otras poliproteinas nacientes.Las de picornavirus son 2A pro y 3C pro
	ARNmi
Los micro ARN son pequeñas secuencias de ARN producidas por la ARN polimerasa III. Pueden ser celulares o virales y cumplen un rol en la regulación post transcripcional de la expresión génica via represión de la traducción o degradación de ARNm.
Su principal blanco es el extremo 3’ UTR del ARN
los ARNmi funcionan como en un complejo, los miRNPs, compuestos como Ago, Dicer y TRBP asi determinamos si los degrada a los ARNm
Se cree que los micro ARN virales estarían involucrados en algunos virus en inhibición de apoptosis, modulación de la respuesta inmune etc…
Transporte de moleculas dentro la celula
Proteinas sin péptido señal: quedan en citoplasma
Proteina con péptido señal: comienzan sintetizándose en ribosomas libres pero luego el complejo se dirige al RER donde finaliza la traducción. El producto de traducción es empaquetado por golgi y transportado a la membrana celular.
Las proteínas que una vez sintetizadas tienen que volver al nucleo poseen una secuencia de proteínas señal.
C- salida
Incluye:
· Ensamblaje
Formación de unidades estructurales de la capside (capsomeros). Armado de la capside
· Encapsidacion
Empaquetamiento del genoma viral y otros componentes del virion en la capside
· Egreso 
Adquisición de la envoltura viral con proteinas. Liberación de la celula hospedadora
· Maduración
Reorganización de los componentes del virion necesario para su infectividad
ensamblaje 
Las proteínas virales alcanzan altas concentraciones por viarios métodos.
1-La replicación viral y traducción ocurre en un compartimiento ¨fabrica viral¨
2-Produccion localizada de proteínas virales e interacciones proteína-proteina permiten la formación de sub-ensambles individuales 
3- Concentraciones locales de componentes virales estructurales que pueden ser implsados por interacciones laterales entre proteinasasociadas a membranas 
Las proteínas virales tienen “direccionaes” intrínsecas en su envoltura
1- Proteinas de membrana que dirigen a las membranas correctas
Secuencia señal, modificación de acidos grasos
2- Proteinas de membrana se mantienen en las membranas correctas
Proteína de retención
3- Proteinas nucleares que van a nucleo
Secuencias de localización nuclear
4- ARNm viral o complejos ribonucleicos se movilizan al citoplasma
Senal de exportación nuclear
5- Las capsides y los complejos proteicos exhiben movilidad dirigida, no difusa
Microtubulos y filamentos intermediarios son de transportes: dineinas, kinesinas y miosinas motores
por proteinas individuales
Las proteínas se traducen en el citoplasma ensamblándose en forma de subunidades. Se da al azar no hay interacción entre las proteínas 
Poliomavirus: las proteínas son producidas en el citoplasma individualemnte y luego se ensamblan en subunidades llamados pentámeros.
Adenovirus: la proteína IV (fibra) y la proteína III (penton) se sintetizan por separado, luego la proteína IV forma un trímero y 5 proteinas III forman un pentámero. Ambos capsomeros se encuentran luego para formar la capside del virion
a partir de poliproteinas
Cada capsomero se forma a partir de una poliproteina, por lo tanto no ocurren al azar, siendo mas eficiente. Es una interaccion intramolecular. La poliproteina interacciona consigo mismo en sus diferentes dominios y luego es clivada en las distintas proteínas.
Picornavirus: lo hace con VP1, VP2, VP3, VP4 que luego de plegarse son clivada por 3CDpro.
a partir de chaperonas
Pueden ser celulares o virales. Son proteinas que direccionan a las proteinas de la capside para que produzca su correcta reunión.
Adenovirus: requiere chaperona viral llamada L4 para formar el trímero con la proteína II que posteriormente se une a los otros componentes de la capside
Algunos virus producen producen proteinas Scaffolding o de andamiaje que generan un esqueleto alrededor del cual se van a ensamblar las proteinas de capside. Una vez conformado el virion estas proteinas son eliminadas.
Herpesvirus: presenta proteinas de andamiajes llamadas VP22 y VP21. Una vez formada la procapside son removidas por una proteasa viral (VP24) y la capside queda disponible para recibir el ADN viral
encapsidacion
Proceso en el cual el acido nucleico es incorporado a la capside.
Secuencias especificas en el acido nucleico dirigen la señalización del proceso (señal de empaquetamiento).
También importa el tamaño del genoma en relación a la capside.
En virus ADN: señales cortas y repetidas generalmente cerca del ORI, rereconocidas por proteinas virales
Por ejemplo en SV240 la señal de empaquetamiento esta próximo a la región regulatoria del genoma que contiene el sitio de origen de replicación, enheancer y sitios promotores.
En el caso de herpesvirus, los nuevos genomas se sintetizan como una única molecula de ADN larga que contiene genoma tras genoma en forma continua (concatameros). El portal al reconocer la señal de empaquetamiento (pac 1 y pac 2), el extremo de la molecula es ingresada a la capside hasta que reconoce una segunda señal de empaquetaminto que indica el comienzo de un segundo genoma donde se cliva.
En virus ARN: mediado por nucleoproteínas o estructuras secundarios
Por ejemplo retrovirus presenta una estructura secundaria llamada psi que varia en localización y complejidad. En la imagen abajo se ve la región psi donde el cuadro naranja (dis) es el sitio de dimerización inducida, eso quiere decir que cuando dos genomas del virus interaccionan por su región psi forman el complejo “ el beso de las asas” permitiendo la dimerización de los gonomas (por que se empaquetan dos genomas en retrovirus)
Cuando un genoma interacciona con otro genoma de retrovirus ocurre una hibridación entre estos dos, esto genera que se expongan secuencias que estaban escondidas en el monómero normalmente. Esos sitios son de unión de la proteína de NC (nucleocapside) que luego los transporta a la membrana para la encapsidacion. (ver esquema a continuación).
Virus ARN segmentados (orthomyxoviridae)
Toma de 8 segmentos aleatoriamente, si eso ocurre habría 1 partícula correcta cada 400 ensambladas.
Hay evidencia de empaquetamiento especifico de secuencia para cada segmento de ARN. Cada segmento tiene una secuencia especifica que le permite ser incorporada dentro del virion.
Coordinada: formación de capside dirigido por el acido nucleico Rabdovirus: mecanismo coordinado, la proteína N se asocia al genoma dando origen a la nucleocapside. Señal de empaquetamiento en extremo 5’
Orthomyxovirus: los genomas tienen señales que asegura una asociación entre fragmentos para que sus 8 genomas se empaqueten de forma coordinada.
La ribonucleoproteinas generadas se les une M1 y Nep que transportan el ARN viral al citoplasma. La ribonucleoproteina interacciona con la membrana celular que tiene las glicoproteínas virales de membrana. La cara interna de la membrana se cubre de la proteína M1 y allí interacciona la ribonucleoproteina para finalmente salir por gemación.
Secuencial: primero se genera la capside y luego se incorpora el genoma 
Picornavirus: ensamblaje por precursores poliproteicos, encapsidacion secuencial en vesículas citoplasmáticas.
Herpesvirus: uso de proteínas de andamiaje que deben degradarse para la entrada del genoma mediante mecanismo secuencial
Adenovirus: mecanismo secuencial donde los componentes se ensamblan uno a uno, aunque hay autores que hablan de ensamblaje concertado donde todos los elementos se unen a la vez.
Incorporación de enzimas y otras PNE
En muchas situaciones esas proteínas pueden unirse covalentemente al genoma para se transportadas junta a esta al momento del empaquetamiento como por citar un ejemplo.
egreso
virus desnudos
Tienen los siguientes mecanismos:
· Lisis celular
Viroporinas
Apoptosis 
· Exocitosis
Fusión de vesículas provenientes de organelas
Picornavirus: tienen un mecanismo de salida por lisis celular, aun asi se ha propuesto para algunos generos modelos no líticos de liberación donde las proteínas 2BC y 3A forman vesículas que recuerdan fagosomas que son sitios de replicacióny ensamblaje. Posteriormente engloban al virus formándose cuerpos multivesiculares que liberan los virus por exocitosis.
virus envueltos
Mecanismos: 
Envoltura: membrana celular plasmática o de organelas con glicoproteínas virales
· Gemación (budding)
· Exocitosis
Gemación:
I- las proteínas de cubierta y de capside son escenciales para la gemación de alfavirus
II- Las proteínas de matriz interna o capside dirigen la gemación en retrovirus
III- las proteínas de cubierta dirigen la gemación en coronavirus
IV- Las proteínas de matriz dirigen la gemación pero componentes adicionales (Glicoproteinas, RNP) son escenciales para la eficiencia del proceso.
Poxvirus: adquiere una doble membrana de Golgi, se lo denomina en este estadio como virion inmaduro, luego de sufrir cambios conformacionales se transforma en un virion maduro (IMV). Este ultimo puede salir de la celula si se destruye la celula pero es infectivo. Sin embargo una proporción de losIMV adquieren una cuádruple envoltura en un sitio posterior a Golgi. Esta membrana mas externa es capaz de fusionarse con la membrana citoplasmática liberando un virus con triple envoltura. Ambos tipos de viriones liberados tienen membranas diferentes con composiciones proteicas distintas permitiendo infectar diferentes células.(en ciclo de poxvirus esta la imagen)
Herpesvirus: adquiere una membrna por budding de la membrana interna nuclear (procesos mediados por UL31-UL34), esta membrana es posteriormente perdida liberando el virus con las proteínas de tegumento a su alrededor. Otras proteínas de tegumento (UL11-46 y 49) interaccionan con la futura membrana del virion en Golgi, es aquí donde adquiere sus glicoproteínas y donde es finalmente liberado por exocitosis al medio externo
Orthomyxoviridae: egresa por gemación (budding). Mecanismo de ensamblaje coordinado:
1- nucleoproteínas
2- M1
3- NEP y proteínas de exportación.
La liberación se produce por clivaje del acido sialico mediante sus neuramidinasas, sino quedaría pegada a la celula u a otros virus.
maduracion
Consiste en el clivaje de algunas/s proteína/s entructurales del virionn ensamblado. Ocurre siempre como un paso posterior al ensamblaje. Puede ser antes, durante o después del egreso y siempre se lleva a cabo por enzimas virales.
No todos los virus necesitan paso de maduración
Retrovirus: el ensamblaje coordinado y egreso por gemación. La maduración es extracelular por autoclivaje de la poliproteina gag y gag-pol
Cuando retrovirus produce sus copias genómicas, son exportadas al citoplasma, las proteínas de NC (que aun es en realidad gag por que tiene NC, MA, CA) se unen al genoma y lo dirigen a la membrana celular donde estan las glicoproteínas TS-SU. El virion empieza a gemar cuando se agregan los genomas junto a todas las proteínas de Gag, finalmente se incorporan las proteínas corresponentes de Gag-Pol (que además de las proteínas antes nombradas posee las proteasa, integrasa y retrotranscriptasa. Finalmente gema completamente pero aun no es un virion maduro. Esto se produce extracelularmente por parte de la proteasa
El receptor TM-SU es una glicoproteína que presenta oligosacáridos y sitios de clivaje por parte de proteasas virales quedando finalmente SU unido con TM mediante puente disulfuro. El péptido fusión esta oculto y solo se expone cuando SU reconoce su receptor.
Orthomyxoviridae: la enzima neuramidinasa se encarga de remover los residuos de acido sialico presente en las glicoproteínas de envoltura
El extremo de HA presenta el sitio de unión a acido sialico, mientras que en extremo opuesto ceraca de la membrana presenta oculto el péptido fusión que se expone recién cuando hay cambios de pH durante la entrada a una celula la cual va a infectar.
HA es una glicoproteína transmembrana. Presenta oligoproteinas y varios puentes disulfuros que mantienen la estructura de la proteína. En el esquema se ve que se necesita de una proteasa que clive en la región próxima al péptido de fusión para que exponga su extremo N terminal. A pesar del clivaje se puede ver que hay un puente disulfuro que mantiene unida HA1 y HA2
La HA es traducida por ribosomas del RER. A medida que se traduce la proteína queda anclada en la membrana del RER. Una vez finalizada mediante vesículas pasa al Golgi donde a mediada que avanza en su trayecto se van agregando los oligosacáridos (permiten un correcto plegado). En la parte final de la via secretoria ocurre el corte proteolítico del que se comento anteriormente.
Algo importante de aclarar es que el corte proteolítico intracelular de HA por proteasas obicuas ocurre solamente en cepas de influenza de alta patogenicidad. Las de baja patogenicidad son clivadas una vez eliminadas las partículas mediante proteasas propias del aparato respiratorio.
Se sabe también que las sepas patogénicas presentan esa característica por:
· Inserción de aminoácidos básicos en el péptido conector entre HA1-HA2.
· Perdida de un carbohidrato en posición 22 (que sino enmascara el sitio de clivaje IC)
· Sustitución de aminoácidos acidos en P5y P6 dentro del loop
Las vesículas llevan las HA a la membrana 
Formación de sincicios (ya visto antes): herpesvirus, paramyxovirus, reovirus, retrovirus
	Virus ADN
Parvoviridae
	Simetría de capside: icosaedrica
Desnudo o envuelto: desnudo
Arquitectura del genoma: ADNss linear
Pol. Para replicación: ADNpol dependiente de ADN (celular)
Replicación: núcleo.
Pol. Para transcripción: ARN pol (celular) dependiente de ADN
Tamaño: 20 nm
Clase de Baltimore: I
organización del genoma
Los viriones replican en el nucleo de las celulas en alta division. El ADNss sirve de molde para sintetizar la cadena complementaria (ADNds) por las enzimas del huesped.
ADNss linear de 4-6 kb.tiene una region terminal TR (terminal repeats) que contiene secuencias palindromicas y juegan un rol importante en la replicacion, transcripcion y encapsidacion (en dependovirus tambien en la integracion dentro del ADN celular).
En el caso de los dependoparvovirus dependen de un virus helper (herpesvirus o adenovirus) para replicar eficientemente.
Mecanismo de replicacion del genoma: “Horquilla rodante”
El genoma replica a través de un proceso llamado horquilla rodante.
Cuando el virus infecta una célula la horquilla de la región 3´ sirve como primer por las enzimas reparadoras del huesped para producir la hebra complementaria para replicación y transcripción. 
La replicacion es activa durante la fase S de la celula es iniciada por una endonucleasa viral llamada rep (en dependovirus) o NS1 (en el resto) que crea una union entre la horquilla y la secuencia codificada creando un extremo 3´ que ceba el inicio de la replicacion
Transcripcion
Promotores de transcripcion: 
· Eritroparvovirus: 1 ORF
· Protoparvovirus: 2 ORF
· Dependoparvovirus: 3 ORF 
El splicing alternativo permite la expresion tanto de proteinas estructurales como no estructurales.
Los parvovirus independientes producen 3 transcriptos (R1NS1, R2NS2, R3VP), su productos son promotor dependiente y estan distribuidos a lo largo de todo el genoma viral. 
Presentan 1 sitio Poly A (poliadenilacion)
(ejemplo: dependoparvovirus abajo)
(Eritroparvovirus y protoparvovirus: abajo)
Replicacion
Adhesion y Penetracion
1- Reconocimiento de ligando por partes del virus en la célula hospedadora (TfR: receptor de transferrina en células en crecimiento, sialoglicoproteinas, sulfato de heparina). Se introduce dentro la célula mediante una endocitosis mediada por clatrina.
2- En el interior del endosoma el cambio de pH genera cambios de conformación del virus: expone la región amino terminal de VP1, clivaje de VP2 en región amino terminal.
Denudamiento
3- transporte microtubular, lleva al virion al nucleo donde ocurre el denudamiento dentro del mismo
Replicacion transcripción y traduccion
4 El ADNss es convertido en ADNds mediante proteínas celulares.
5- La transcripción de ADNds da lugar a ARNm cuando el hospedador entra en fase S, y traduce para producirproteína viral.
6-Etapa temprana: Cuando la celula entra en estado S, se transcriben y traducen proteínas no estructurales que actúan regulando la transcripción génica actuando como priming o iniciadores para la transcripción y luego traducción de proteínas estructurales (VP)
	NS1: actua como factor de transcripción, replicación de genoma. Actúa como nucleasa y helicasa. Interfiere con la replicación del ADN celular deteniéndolo en la transición G2/M, de esa forma se provee de factores esenciales que el virus necesita para la replicación y con la maduración del ADN viral. Promueve la apoptosis en la celula hospedadora
En el caso de Rep68 en dependo: se une a ITR en 3’ y 5’ del ADN viral y cliva lugares específicos para generar un sitio priming para el inicio de la replicación viral de la hebra complementaria
7- Replicación: ocurre a través del proceso horquilla rodante, con la endonucleasa NS1 covalentemente a la porción 5´del genoma.
8- Etapa tardia: se transcriben las proteínas estructurales VP1, VP2 y VP3 que conforman la capside.
Ensamble y liberación:
9- El ensamble ocurre en el núcleo, liberándose luego mediante lisis celular.
Dependovirus
Cuando ingresa a la célula y se genera la doble hebra se inserta en el genoma de la célula del huésped y entra en latencia (esto debido a que no puede evadir los sistemas de defensa del huésped, un proteína nuclear que detecta ADN viral en el núcleo y que otros virus pueden evadirla como herpesvirus y Adenovirus, por ello se necesita la infección concomitante con alguno de ellos). Cuando un adenovirus infecta la misma célula induce la fase S de replicación celular mediante sus proteínas, induciendo también el promotor p5 del dependo produciéndose la proteína Rep68, esta proteína es un activador transcripcional y represor de la latencia, iniciando el ciclo como se vi arriba.
Filogenia de VPLF-VPC
Mediante secuenciación se pudo determinar la filogenia del virus de parvovirus para determinar el origen del mismo pudiéndose determinar que modificaciones en la proteína estructural VP2 permitieron el salto entre especies.
El FPV felino se pudo adaptar a huéspedes como el zorro mediante el cambio en 6 aminoacidos en diferentes porciones de la proteína.
El salto de zorro al perro domestico se produjo en cambios de la misma proteína en 3 aminoacidos llamándolo CPV tipo 2. A partir de este, dos modificaciones posteriores de aminoácidos generaron la variante CPV tipo 2b pudiendo afecta gatos. Del parvo b al c hubo un cambio aminoacidico.
Poliomaviridae
	Simetria de capside: icosaedrica
Desnudo o envuelto: desnudo
Arquitectura del genoma: ADNds circular
Pol. Para replicación: ADNpol (celular) dependiente de ADN
Replicación: núcleo.
Pol. Para transcripción: ARN pol (celular) dependiente de ADN
Tamaño: 40 nm
Clase de Baltimore: II
organización del genoma
Tiene un genoma ADNds circular de 5kb, se asocia con las histonas en el nucleo de la celula hospedadora 
(25 nucleosomas) formando un complejo similar a la cromatina (minicromosomas). 
La replicación se lleva a cabo con enzimas celulares (ADN pol celular dep ADN) y solo de una proteína viral (proteína LT). La replicación es bidereccional semidiscontinua. 
Su genoma codifica para 6 proteinas. La transcripción ocurre en ambos sentidos (genes en ambas cadenas).
replicacion
Entrada y denudamiento
El mecanismo de penetración de los PoVs es mediado por clatrina (estudios recientes dicen que se unen a receptores de MHC-I para SV-40). La endocitosis caveolar transporta al virion por microtubulos hacia el retículo endoplasmatico. Allí adentro ocurre un rearreglo de la estructura de la capside. Posteriormente el virion malplegado es exportado al citoplasma (via ERAD) donde pierde la VP1 cuando hay bajo calcio en el citoplasma, liberando el ADN viral el cual es importado al núcleo.
Transcripción de genes tempranos
La transcripción se lleva a cabo por el complejo de transcripción celular (ARN pol II y factores de transcripción).
El primer gen que es transcripto es el antígeno T. El transcripto primario del antígeno T sufre splicing alternativo para originar ARNm’s que serán traducidos a dos proteínas: proteína LT (large T) y la proteína sT (small T). La transcripción de este gen esta controlado por una región regulatoria que presenta pequeñas secuencias de nucleótidos en fila o motivos (motifs), siendo promotores de dicho gen.
La región regulatoria de ese gen tiene áreas donde sirven de unión para la proteína LT autoregulandose su expresión negativamente ante altas concentraciones de esa proteína.
El paso siguiente es la replicación del genoma, pero como el virus depende de la maquinaria de la celula, necesita que la misma entre en fase G1S para poder reclutar no solo la polimerasa celular sino también los factores de transcripción. El paso intermedio entre G1 y S esta regulado por pRb y p53. Por ello la proteína LT tiene la capacidad de secuestrar ambas proteínas pudiéndose inducir asi que la celula entre en fase G1 (produciendo lo que el virus necesita) y fase S ( donde el virus replica)( se desarrolla este tema mas ampliamente en el capitulo de oncogénesis).
La proteína sT se cree que activa una fosfatasa involucrada con la replicación de la celula con lo que colaboraría con la proteína LT
Replicación del genoma
La proteína LT se liga a secuencias regulatorias, localizada en las proximidades de promotores/enheancer (genoma SV-40), llamado ori de replicación. Se forman hexámeros de Proteina LT que separan las hebras de ADN, ese proceso depende de energía del ATP hidrolizado por la ATPasa propia de la proteína LT.
La proteína RPA celular mantiene separada las hebras, se recluta la ADN polimerasa α (primasa) y la topoisomerasa I celular formando el complejo de iniciación. La replicación es bidireccional precedida por la actividad helicasa de la proteína LT. Los factores del hospedador (PCNA y la ADN polimerasa δ) participan en la síntesis de la cadena líder (continua) y la retrasada (discontinua). Una exonucleasa y ligasa I de la celula son necesaria para remover los primers y ligar los fragmentos de Okazaki.
Finalizada la replicación ambas hebras están entrelazadas (parenteral e hija), siendo separadas por la topoisomerasa II celular. Finalmente las histonas acumuladas en fase S se unen a las hebras de virus.
Expresión de genes tardíos
Luego de la replicación se generan modificaciones que hacen que se expresen los genes tardíos.
Se transcriben dos ARNm tardíos que sufren splicing alternativo.
1er transcripto VP1
2do Transcripto VP2-VP3 separación por clivaje a VP2 y VP3
Las proteínas virales en el citoplasma son transportadas al nucleo (mediado por señalización de localización nuclear NSL).
Ensamble y egreso
El ensamble ocurre en el núcleo donde se plegan las VP’s y posterior incorporación del genoma. Todo ocurre en “fabrica virales nucleares”.
La salida es por lisis celular. Se conoce una proteína tardia VP4 que aparentemente actúa como una viroporina, uniéndose a las membranas fosfolipidicas alterando su estructura formándose poros.
	Oncogénesis
Naturalmente en células permisivas ocurre todo el proceso descripto anteriormente. Cuando el virus ingresa a células no permisivas, resulta en una replicación abortiva en la cual ocurre la integración del genoma viral al cromosoma celular con la expresión de los genes tempranos o iniciales continuamente de LT que pueden llevar a la célula a la inmortalización y transformación celular.
Lo mismo ocurre con papilomavirus que integra su genoma en la porción de los genes de E6 y E7 produciendo esas proteínas continuamente hasta que ocurre un desregulación del ciclo celular que genera la formación de fenotipos celulares malignos (invasión-angiogenesis, etc) produciéndose tumores malignos 
	Proteína LT Funciones
1. Regulador de la transcripción viral
Autoregula la transcripción de los genes tempranos y modula la transcripción de los genes tardíos.
2. Proteína ligante de ADN
A partir del Ori del genoma.
3. Actividad helicasa, ATPasa y de chaperona
4.Modula el ciclo celular 
Lo hace en G1/S afectando a p53 y pRB
5. Suprime la señalización mediada por INF
Papilomaviridae
	Simetria de capside: icosaedrica
Desnudo o envuelto: desnudo
Arquitectura del genoma: ADNds circular
Pol. Para replicación: ADNpol (celular) dependiente de ADN
Replicación: núcleo.
Pol. Para transcripción: ARN pol celular dependiente de ADN
Tamaño: 55 nm
Clase de Baltimore: II
Genoma
ADNds circular de 8 Kb en tamaño, asociado con histonas celulares. Sus genes se clasifican en tempranos y tardíos, y al contrario que PoVs, son codificados en una sola de las hebras de ADN por los que la transcripción es en un solo sentido.
Posee una secuencia larga de control (LCR) que contiene las secuencias regulatorias. La cantidad de promotores varia entre especies.
Al igual que el anterior puede ser integrado al ADN del huésped, esto, inactiva la integridad del virus pero puede dar a la celula la capacidad de replicar descontroladamente pudiéndose producir tumores malignos (algunos).
ciclo replicativo
Entrada y denudamiento
El ciclo replicativo del virus esta relacionado con la diferenciación de los queratinocitos. La infección se produce por microlesiones en la epidermis que exponen el compartimiento de células basales.
El virus se liga al sulfato de heparina y luego ingresa por endocitosis (se desconoce el receptor usado). 
El material genético ingresa directamente al nucleo igual que en PoVs (decapsidacion citoplasmática).
La replicación del genoma se divide en dos etapas: A) Replicación plasmidica B) replicación vegetativa.
Expresión de genes iniciales
La expresión de los PpVs es compleja por la presencia de multiples promotores, sitios de Splicing alternativo y por la produccion de diferentes ARNm’s. Los ARNm de PpVs son polisistronicos, o sea que posee mas de una secuencia codificante (ORf- open Reading frame).
Los primeros genes en ser expresados son los que codifican para las proteínas E1 y E2, mediante la ARN pol II celular
· E2: 
1- regulación de la transcripción (se une al ADN viral y de a acuerdo a la concentración de las proteínas regula positiva o negativamente) de genes 
2-regulacion de la replicación del ADN (permite la unión de E1 al ADN cuando su concentración es aun baja)
· E1: 
Es una proteína de replicación. Presenta actividad ATPasa/ helicasa. Forma hexámeros (para separar las hebras en el Ori del genoma-accion helicasa) y complejos con la ADN pol α, la RPA y chaperonas
Replicacion del ADN e interferencia con el ciclo celular
Replicacion plasmidica: La produccion de E1 y E 2 sumado a la polimerasa celular + sus factores necesarios para la replicación (recordar que las células basales están en continua división o sea en fasa S, para producir células que luego se diferencian en queratinocitos) colaboran con la produccion de copias de ADN viral. Esos genomas virales producidos se ubican homogéneamente en el nucleo y a medida que se van dividiendo las células basales se distribuyen los genomas virales.
Replicacion vegetativa: cuando se produce la diferenciación de los queratinocitos, estos entran en G0 (no replica), siendo un desafio para el virus ya que tuvo que encontrarle la vuelta para sacarla de ese estado. Por ello las proteínas tempranas E6, E7 y E5
· E6
1- Se liga a p53 e induce su degradación (p53 es proapoptotica) dada a la asociación de E6 con la proteína ligadora de ubiquitina enviando a p53 al proteosoma 
2- Inducción de telomerasa mediante la degradación proteosomica del represor de la enzima.
3- Inhibe la apoptosis: Inducir la degradación de BAK (proteína proapoptotica mitocondrial), procaspasa 8 y FADD
4- Inhibe la via de señalización del interferón
· E7
Se une a la pRb y p107 (proteínas supresoras de tumores) degradándolas con lo que cambia el control del ciclo celular.
Interfiere con la funciónes antivirales del INF
· E5
Interactúa con receptores de factores de crecimiento como (EGF) proporcionando una señal mitogenica aumentando la expresión de sus receptores (del factor de crecimiento epidermal). Inhibe la sinapsis inmune de la celula infectada con linfocito T citotóxico. Altera el pH de los endosomas por interaccion con la bomba de protones de la vacuola. Además modula el SI previniendo el transporte de la MHC-I a la superficie celular y lo retiene en Golgi. La modlacion a este nivel es importante por que hasta el estrato espinoso es donde llegan las células de langerhans
Expresión de genes tardíos
La transcripción de los genes tardíos es controlada por un promotor que es estimulado por factores de transcripción presente solamente en los queratinocitos en el ultimo estadio de diferenciación.
Ese promotor esta involucrado con la producción de las siguientes proteínas:
· E4
Proteína poco conservada de los PpV. A pesar de ser un gen ubicado en los genes iniciales su transcripción es temprano/tardia y por splicing alternativo. Tiene varias funciones: 
1- en citoplasma se asocia a una proteína que es un regulador del Splicing celular, para favorecer la expresión de los transcriptos primarios tardíos. 
2- disminuye la integridad de los queratinocitos mediante la interrupción del citoesqueleto de la queratina 
3- inducción de apoptosis a través de la alteración de la función mitocondrial para favorecer la salida de los viriones.
· L1 y L1
Proteínas estructurales que forman la capside. Estimulan la formación de Ac pptantes
Encapsidacion y liberacion
La encapsidacion se realiza en el nucleo y posteriormente el virus es liberado por la lisis de la celula.
Adenoviridae
	Simetria de capside: icosaedrica
Desnudo o envuelto: desnudo
Arquitectura del genoma: ADNds linear
Pol. Para replicación: ADNpol (viral) dependiente de ADN
Replicación: núcleo.
Pol. Para transcripción: ARN pol (celular) dependiente de ADN
Tamaño: 90 nm
Clase de Baltimore: II
genoma
Cadena de ADN linear de doble cadena con un tamaño de 35 kb. Presenta secuencias repetidas invertidas (ITR) que están en regiones terminales
El genoma esta asociada con 4 proteinas virales (V, VII, X y TP) para formar un nucleo o core de la particula viral.
Los genes conservados del virus son de localización central, mientras que los genes genero-especifica (no conservados están en los extremos). El genoma de adenovirus codifica para 45 proteinas aproximadamente de las cuales 12 son encontradas en el virion.
	Genoma de Adv
Los genes están ubicados en ambas cadenas del genoma y varios ARNm son producidos por cada unidad transcripcional. La gran mayoría de los transcriptos primarios son procesadas por splicing.
Todos los genes son transcriptos por la ARN polimerasa II excepto el gen asociado a virus (VA) que es transcrpto por la ARN polimerasa III
Replicacion
Entrada y decapsidacion
El virus se une a receptores celulares mediante sus fibras del pentámero y subsecuentemente es internalizado mediante la interacción entre la base del penton y las integrinas celulares. 
Luego hay una endocitosis clatrina dependiente. Las partículas son transportadas hacia el nucleo, en su paso disminuye el pH dentro la vesicula esto genera cambios estructurales de las proteínas de la capside y la ruptura del endosoma liberando la capside al citoplasma. 
El ADN viral ingresa directamente por el poro nuclear junto a la proteína VII (la capside queda “trabada” en el poro nuclear).
Expresion inmediatamente tempranos y tempranos de genes 
Genes inmediatamente tempranos
La ARN polimerasa celular reconoce factores en el genoma viral iniciando la transcripción de los primeros ARNm que se transportan fuera del nucleo para traducir la proteína E1A. Esta proteína tiene señalización nuclear entra al nucleo y actua como factor de transcripción para las siguientes proteínas.
E1A
· Inducción de la progresión del ciclo celular (síntesis de ADN) para proveer un ambiente óptimo de replicación: se une a pRb resultando en la disociación de E2F-pRb
· Protección de células infectadas de los antivirales producidos en la célula suprimiendo la via de señalización mediada por INF
· Induce la transcripción de proteínas