Deteccion-molecular-de-ADN-bacteriano-y-fungico-en-el-diagnostico-de-sepsis-neonatal-en-Hospitalizacion-del-Departamento-de-Neonatologa-del-Hospital-Infantil-de-Mexico-Federico-Gomez

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1 
 
UNIVERSIDAD NACIONAL AUTONOMA DE MEXIGO 
F AC UL TAO O E M EOICINA 
DIVISiÓN DE ESTUDIOS DE POSGRADO 
HOSPITAL INFANTIL DE ME)(lCO FEDERICO C.6MEZ 
!JETECCIÓN MOLECULAR DE AON BACTERIANO y 
FÚNGIGO EN EL DIAGNOSTICO DE SEPSIS 
NEONATAL EN HOSPITALIZACiÓN DEI. 
DEPARTAMENTO DE NEONATOLOGIA DEL HOSPITAL 
INFANTIL DE M~XICO FEDERICO GÓMEZ. 
T E S I S 
PARA OBTENER EL TiTULO DE 
ESPECIALISTA EN: 
NEONATOLOGíA 
PRESENTA: 
ORA. PATR.ICIA BETANZOS MELeNDEZ 
ASESORES CLlNICOS: 
DRA. MÓNICA VILLA GUlLLéN 
DRA. OINA VILLANUEYA GARCiA 
,OR METODOLóGICO: DR ROOOLFO RIVAS RU iZ 
(
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\'/ ,.:;v Ciudad de México, Febrero ¿018 
Xi.~0 
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2 
 
HOJA DE FIRMAS 
ORA REBECA GÓMEZ CHICO VE LASCO 
DlRECTORA DE ENSEÑANZA Y DESARROLLO ACADÉ.MICO 
ASESORES DE TESIS: 
ORA ÓNICA VIUA GUILLÉN 
SUBOIRECTO~A DE A ST lA MÉDICA 
ORA VILLANU A GARCíA 
JEFE DE SERVICIO DE NEONATOLOGiA HOSPITAl 
INFANTIL DE MÉXICO FEDERICO GÓMEZ 
ASESOR METODOLÓGICO: 
OR RODOLFO RIVAS RUIZ 
INVESTIGADOR DEL CENTRO DE 1\0 I ESTRAM lENTO EN 
INVESTlGI\OON eLr ICA IMSS 
 
3 
AGRADECIMIENTOS: 
 
 
 
 
 
Este proyecto no hubiera sido capaz de realizarse con éxito si no 
hubiera sido por el apoyo fundamental de dos partes de infinita 
importancia, primero; mi familia en especial de mi madre quien 
ha cuidado de mi mayor tesoro y a quien se lo agradezco con 
inmenso amor, a mi princesa Sofía que me ha dado fuerza para 
salir adelante ante todo obstáculo y alegrar un día de cansancio 
con una simple sonrisa, motivo suficiente para seguir cada día. 
Y segundo, un agradecimiento a todo el equipo de profesionales 
de laboratorio clínico quienes me encaminaron por el camino 
correcto para la realización de este trabajo gracias a: Lili 
Apichardo Villalon, José Luis Sanchez Huerta, Lucia Tapia 
Madrigal, María Del Carmen Castellanos Cruz, Israel Parra Ortega. 
A la DRA. Dina Villanueva ya que sin su apoyo y conocimiento no 
lo hubiese conseguido gracias por todas esas horas de trabajo. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
4 
 
ÍNDICE 
 
 
 
a) Resumen ………………………………………………………. .5 
b) Antecedentes ………….………………………………………..6 
1. Definiciones …………………………………………………6 
2. Criterios para el diagnóstico de sepsis neonatal…………7 
3. Pruebas diagnósticas……………………………………….9 
4. Revisiones sistémicas y metanálisis……………………...10 
c) Planteamiento del problema………………………………..….11 
d) Justificación ……………………………………………………..11 
e) Objetivos …………………………………………………….…. 11 
1. General ……………………………………………………...11 
2. Especifico ……………………………………………………12 
f) Hipótesis ………………………………………………………...12 
g) Metodología …………………………………………………….12 
1. Lugar de estudio………………………………………….…12 
2. Periodo de estudio………………………………………….12 
3. Población de estudio……………………………………….12 
a. Criterios de inclusión ……………………….…… 12 
b. Criterios de exclusión……………………….…….12 
c. Criterios de eliminación ……………………….....12 
4. Material ……………………………………………..……...12 
5. Definición operativa de variables de resultado ………....13 
6. Tamaño de la muestra……………………………………..13 
7. Metodología para las pruebas de laboratorio……………14 
a) Hemocultivo……………………………………………..14 
b) Metodología para la prueba de PCR multiplex 
para la detección de 25 patógenos 
(septifastmec a light Cycler) ………………….……....15 
h) Plan de análisis de los datos………………………………….17 
i) Limitaciones del estudio……………………………………….17 
j) Consideraciones éticas…………………………………….….18 
k) Resultados ……………………………………………………...19 
l) Discusión ………………………………………………………..26 
m) Conclusiones ……………………………………………….…..27 
n) Cronograma …………………………………………………….28 
o) Bibliografía……………………………………………………... 28 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
5 
 
a) RESUMEN. 
 
ANTECEDENTES: Las infecciones son la principal causa de morbilidad y mortalidad en el 
periodo neonatal, y en la mayoría de los casos prolongan la estancia hospitalaria en las 
unidades de cuidados intensivos neonatales (UCIN). En México y otros países no 
industrializados, se informan tasas de 15 a 30 por cada 1000 RN con una letalidad entre 25 
a 30%. En las UCIN las tasas de infección nosocomial van del 20 al 30%. Los 
microorganismos reportados en sepsis neonatal son: Klebsiella pneumoniae, Escherichia 
coli, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Staphylococcus coagulasa 
negativo y Listeria monocytogenes. Un diagnóstico temprano y el inicio rápido del 
tratamiento son fundamentales en la evolución del recién nacido (RN) y también impactan 
en los costos. 
Planteamiento del problema: El diagnóstico temprano de sepsis neonatal sigue siendo un 
desafío, ya que los síntomas y signos son inespecíficos. El hemocultivo es la prueba de 
laboratorio considerada como el estándar de oro, para el diagnóstico, tiene limitantes: el 
tiempo del reporte de 2 a 10 días, recuperación bacteriana del 20%, y la cantidad requerida 
de sangre. 
Justificación: El tiempo prolongado para el diagnóstico y la baja sensibilidad y 
especificidad en la recuperación e identificación de los agentes etiológicos responsables de 
sepsis neonatal, ha hecho que se busquen nuevas y mejores herramientas para poder 
facilitar el diagnóstico. Una de ellas es la determinación por PCR de la presencia de hongos 
y bacterias de forma oportuna (6h.) lo que permitirá implementar la terapia antimicrobiana 
dirigida. 
Objetivo: Detectar ADN bacteriano y fúngico por el método PCR múltiple en tiempo real, 
en pacientes con sepsis neonatal. 
Metodología: Estudio prospectivo, transversal y analítico, se iniciaron ensayos con 
septifast desde enero del 2015; se tomaron a 24 recién nacidos con diagnóstico de sepsis 
hemocultivo y septifast al mismo tiempo y se comparó la identificación de microorganismos 
con la clínica 
 Plan de análisis: Se determinó sensibilidad, especificidad, valor predictivo positivo y 
negativo de la técnica LC-SF tomando como referencia el hemocultivo y el diagnóstico 
clínico de sepsis neonatal. 
Resultados: Se encontró predominio de sexo masculino. El diagnostico principal fue sepsis 
nosocomial con 45.8%, el 58% presento sepsis clínica, y en el 13% se descartó sepsis, 
únicamente 6 hemocultivos y 3 septifast fueron positivos en pacientes con sepsis clínica. 
No se encontró correlación en los microorganismos identificados en hemocultivos y 
septifast. 
Conclusiones: En el HIMFG, no es posible realizar el diagnóstico de microorganismos que 
producen sepsis con estos reactivos en nuestras instalaciones. El hemocultivo sigue siendo 
la prueba de elección para la identificación de microorganismos en sepsis neonatal. En 
éste estudio la prueba de septifast fue una prueba con mayor complejidad técnica y más 
costosa en comparación con el hemocultivo en el HIMFG. 
 
 
6 
b) ANTECEDENTES. 
 
Cada año mueren en el mundo alrededor de 3.7 millones de recién nacidos (RN) durante 
las primeras 4 semanas de vida. El 80% de las muertes neonatales ocurren en países en 
vías de desarrollo (1). 
 
La prematuridad, las complicaciones asociadas al parto y las infecciones representan en 
conjunto entre el 71% y el 80% de las causas de muerte en el periodo neonatal. (2, 3). Las 
infecciones son responsables de entre 8% y 80% de todas las causas de muerte neonatal 
y hasta del 42% de las causas de muerte en la primera semana de vida (4). Se estima quelas infecciones neonatales causan aproximadamente el 36% de los 4 millones de muertes 
neonatales que se reportan anualmente (5). 
 
La frecuencia de la sepsis en el periodo neonatal varía dependiendo del tipo de unidad de 
atención así como de la edad gestación y otros factores (por ejemplo la necesidad de cirugía 
neonatal, el uso de dispositivos invasivos y la asistencia ventilatoria mecánica). Existen 
reportes de una incidencia de 1 a 5 casos por 1000 recién nacidos vivos, pero en unidades 
de cuidados intensivos neonatales llega a ser hasta de 15 a 35 por 1000 recién nacidos 
vivos. En este último escenario, la mortalidad se reporta entre 20% y 60% y depende, entre 
otros factores, del diagnóstico y tratamiento tempranos (2, 6, 7). 
 
En México las causas de fallecimiento registrados durante la primera semana de vida son 
la sepsis bacteriana o la neumonía congénita. Después de la primera semana de vida, la 
sepsis bacteriana predomina en frecuencia (8). 
 
La sepsis neonatal se ha reportado con una incidencia de entre 4 a 15.4 casos por cada 
1000 recién nacidos vivos. En el Instituto Nacional de Perinatología Isidro Espinosa de los 
Reyes y col, estimaron una incidencia de un 2.3% del total de nacimientos entre 2004 -2009 
(9). Por su parte, el Instituto Mexicano del Seguro Social reportó entre los años 2004 a 2005, 
en un hospital de segundo nivel de atención una incidencia de sepsis neonatal de 3.4 por 
cada 1,000 recién nacidos vivos en 3,633 nacimientos (10). 
 
La sepsis bacteriana continua siendo de gran importancia como causa de morbimortalidad 
a partir de la primera semana de vida, ya que representa una causa frecuente de letalidad, 
incrementa considerablemente los días de estancia hospitalaria y los gastos de recursos en 
salud derivados de su atención. 
 
 
1. DEFINICIONES 
 
Uno de los mayores retos del manejo de la sepsis neonatal es hacer un diagnóstico 
correcto. A diferencia de pacientes mayores, los recién nacidos presentan signos clínicos 
de infección inespecíficos. Muchas de las complicaciones de la prematuridad, como el 
síndrome de dificultad respiratoria o las malformaciones cardiacas congénitas, pueden 
presentarse de forma similar a la sepsis neonatal y, en ocasiones, son indiferenciables (5). 
 
La sepsis neonatal temprana se diferencia de la tardía por el tiempo de inicio de los 
síntomas, la virulencia de los microorganismos infectantes y la patogénesis asociada. La 
sepsis neonatal temprana se define por ser la infección que se presenta en la primera 
semana de vida. Muchos investigadores, definen a la sepsis temprana como aquella que 
inicia con síntomas antes de las primeras 72 horas de vida. La sepsis neonatal tardía se 
 
7 
caracteriza por el inicio de síntomas consistentes con sepsis después de las primeras 72 
horas de vida. Esta clasificación de sepsis neonatal tardía y temprana refleja las diferentes 
etiologías y propone una fisiopatología comúnmente asociada con el tiempo de inicio de 
estas condiciones. (5). 
 
La sepsis neonatal temprana es una complicación grave. Factores de riesgo incluyen 
prematuridad y su asociada inmadurez inmunológica, la colonización materna por el 
Streptococcus del Grupo B (SGB), una rotura prematura de membranas mayor a 18 horas 
y una infección materna intraamniótica. 
 
Actualmente, estudios de vigilancia epidemiológica han demostrado la emergencia de E. 
coli como un patógeno importante asociado a la sepsis neonatal temprana, especialmente 
en recién nacidos de muy bajo peso para la edad de gestación. Otros estudios han 
demostrado un incremento en la frecuencia de sepsis grave y muertes por bacilos Gram 
negativos. Es por esto que la monitorización de los cambios epidemiológicos a lo largo del 
tiempo continúa siendo de gran importancia. 
 
La utilidad de pruebas de laboratorio como la biometría hemática y la proteína C reactiva 
(PCR) también es limitada. Si bien algunos parámetros como la neutropenia o un alto índice 
de neutrófilos inmaduros/totales aumentan la posibilidad de infección, la sensibilidad de 
estas pruebas es baja. (11). Por esto, en el diagnóstico de la sepsis neonatal se sugiere 
utilizar una combinación de pruebas auxiliares en lugar de un solo parámetro. 
 
La sepsis neonatal temprana en Estados Unidos de América fue reportada de 0.77/ 1000 
recién nacidos vivos y con una mortalidad del 10.9%, durante el periodo 2005-2008, por los 
Centros para el Control y Prevenciones de Infecciones en Atlanta (CDC por sus siglas en 
ingles). El SGB fue responsable de 0.29 infecciones por cada 1000 recién nacidos vivos 
con una tasa de letalidad del 7%, mientras que E. coli fue responsable de 0.19 infecciones 
por cada 1000 recién nacidos vivos, con una tasa de letalidad del 25%. (5). 
 
En cuanto a la sepsis neonatal tardía, un reporte de vigilancia epidemiológica neonatal en 
Reino Unido, durante el periodo 2006 a 2008, reportó que los microorganismos Gram 
positivos comprendían el 70% de las infecciones, los bacilos Gram negativos el 25% y los 
hongos el 5%. Dentro de los microorganismos Gram positivos; los Staphylococcus 
coagulasa negativos fueron responsable del 42%, Staphylococcus aureus del 10%, 
Enterococcus spp. Del 9% y SGB del 5%. De las bacterias Gram negativas E. coli contribuyó 
con un 8%, Klebsiella spp. 5%, Enterobacter spp. 5%, Pseudomonas spp. 3% y otros 
microrganismos el 4%. (5). 
 
 
2. Criterios para el diagnóstico de sepsis neonatal 
 
Se define como sepsis neonatal al síndrome de respuesta inflamatoria sistémica (SRIS) en 
la presencia o como resultado de infección probada o sospechada durante el primer mes 
de vida extrauterina. (12). 
 
Sin embargo en el 2017 en el Tercer Consenso Internacional para la definición de sepsis y 
el choque séptico se definió como sepsis una disfunción orgánica potencial (12). 
 
Con el objetivo de estandarizar la nomenclatura, actualmente se utilizan en la mayoría de 
los hospitales los criterios establecidos en el Consenso Internacional de Sepsis Pediátrica 
 
8 
publicados en 2005 (Tabla 1), los cuales indican que para presentar sepsis se requiere al 
menos 2 de los criterios de SRIS (12). 
 
Tabla 1. Criterios de SRIS y sepsis en neonatos (12) 
Síndrome de 
Respuesta 
Inflamatoria 
Sistémica 
(SRIS) 
La presencia de por lo menos 2 de los siguientes criterios, uno de los 
cuales deberá ser obligatoriamente temperatura o recuento 
leucocitario anormal: 
 
• Temperatura central> 38,5°C o < 36°C 
• Recuento leucocitario elevado o disminuido para la edad (no 
secundario a quimioterapia) o >10% de neutrófilos inmaduro 
• Taquicardia >180 latidos por minuto por un periodo mayor a 30 
minutos sin la presencia de estímulos externos o medicamentos 
u otra causa que la explique. O bradicardia <100 latidos por 
minuto en ausencia de estímulo vagal externo, beta-
bloqueadores o enfermedad cardiaca congénita, o en su 
defecto, bradicardia por más de 30 minutos que no se explique 
por otra causa. 
• Taquipnea >50 respiraciones por minuto o la necesidad de 
ventilación mecánica para un evento agudo no relacionado a 
una enfermedad neuromuscular o por anestesia general. 
Sepsis SRIS en la presencia de, o como resultado de una infección 
sospechada o comprobada. 
Sepsis Grave Sepsis más disfunción orgánica, hipotensión o hipoperfusión 
 
Choque 
séptico 
Sepsis grave y disfunción orgánica cardiovascular, con hipotensión 
arterial a pesar de reposición de líquidos que requiere apoyo 
inotrópico. 
 
 
La temperatura central debe ser medida rectal, vesical, oral o por un catéter central. (13). 
El Hospital Infantil de México Federico Gómez (HIMFG), es instituto libre de mercurio, por 
lo que se toma la temperatura corporal axilar o en la frente. 
 
Estas definiciones se propusieron para estandarizar criterios en ensayos clínicos y poder 
hacer comparaciones entre estudios. Sin embargo, existen algunos reportes que 
evidencian disparidad siendo solo específicos en una cuarta parte de ellos. 
 
Hofer N y col en 2012, realizaron un estudioretrospectivo de 2004 a 2010, en el que se 
evaluó la aplicabilidad de las definiciones de SRIS y sepsis en neonatos en los primeros 3 
días de vida. De 476 neonatos, 81/6% tuvieron el diagnóstico de sepsis neonatal temprana 
comprobada con cultivos y 17% (81) tuvieron el diagnóstico de sepsis neonatal temprana 
con cultivo negativo o sospecha de sepsis neonatal temprana. Los criterios de SRIS y sepsis 
fueron aplicables al 24% (116) y 13% (61) respectivamente. De los 30 neonatos con sepsis 
neonatal temprana con cultivo positivo el 53% cumplieron los criterios de SRIS. Un solo 
criterio de SRIS se presentó de la siguiente manera: 20% hipotermia o fiebre, 43% 
alteración en la relación de leucocitos/leucocitos inmaduros, 87% síntomas respiratorios y 
33% síntomas cardiovasculares, en los pacientes con sepsis neonatal temprana (14). 
 
 
9 
A pesar de la uniformidad en los criterios para definir SRIS y sepsis, el diagnóstico de sepsis 
neonatal continua siendo un reto para los médicos, ya que sus características clínicas son 
inespecíficas y difíciles de diferenciar de etiologías no infecciosas. Existe la necesidad 
contar con otros auxiliares de diagnóstico para identificar y tratar de manera temprana la 
sepsis neonatal. 
 
 
3. Pruebas diagnósticas 
 
El hemocultivo es el estándar de oro en el diagnóstico de sepsis neonatal, dado que 
confirma la presencia de un microrganismo patógeno en la sangre. Sin embargo, la tasa de 
positividad de esta prueba es baja. El volumen recomendado de sangre para un 
hemocultivo en neonatos es de 1 ml. Usando este volumen la sensibilidad de esta prueba 
es de solo 30-40%. Si se usan 3 ml la sensibilidad sube hasta 70-80% (15). 
Lamentablemente en la práctica diaria el volumen inoculado no siempre alcanza los 
volúmenes ideales. 
 
El hemocultivo, tarda habitualmente entre 8 y 36 horas después de la toma de muestra en 
dar resultados (16) y el tratamiento se instala de forma empírica o por resultados de la 
tinción de Gram cuando esta es positiva. Una identificación más precisa del patógeno solo 
está disponible hasta después de 24-48 horas (17, 18) 
En la mayoría de los pacientes con sepsis clínica, el cultivo es negativo, lo cual lleva, 
nuevamente, a instalar terapias empíricas (19) 
 
Las principales causas de que un hemocultivo resulte negativo son: un menor volumen de 
sangre del necesario, bacteriemia intermitente, baja densidad o supresión del crecimiento 
bacteriano por antibióticos (por ejemplo intraparto) (20. 21). 
 
Sarkar y col., en 2006 realizaron un estudio en 216 neonatos con el objetivo de evaluar el 
rol de la toma de 2 hemocultivos en comparación con 1 hemocultivo en el diagnóstico de 
sepsis neonatal. Los investigadores encontraron que si se asegura la toma de sangre de 
1ml, se tiene una posibilidad muy similar de identificar un microorganismo en uno o dos 
hemocultivos (40). 
 
Un diagnóstico etiológico rápido y preciso es esencial en el manejo de pacientes con sepsis, 
lo cual facilitará la optimización de la terapia antimicrobiana, impactará en la 
morbimortalidad y en los costos hospitalarios (22-24). 
 
Desde hace varios años muchos estudios se han llevado a cabo para identificar la presencia 
de agentes patógenos en sangre, la mayor parte para microorganismos específicos y de 
manera individual (25) y muy pocos para la detección múltiple de las bacteriemias (26, 27). 
 
Los métodos moleculares de diagnóstico han cobrado cada vez una mayor importancia 
debido a su rapidez y mayar sensibilidad. Las pruebas de detección de diferentes ácidos 
nucleicos que se han desarrollado para la identificación de bacteriemia y fungemia han 
mostrado resultados promisorios en la mejora de los diagnósticos de las infecciones en 
sangre (28) 
 
El LightCyclerSeptifast (Roche Diagnostics), un sistema múltiple de PCR en tiempo real, 
recientemente está disponible para uso de laboratorio clínico en Europa. Esta tecnología 
ha sido probada en una gran variedad de poblaciones incluyendo neonatos (29-31). 
 
10 
 
Las pruebas se realizan en menos de 6 horas y se identifican los 25 patógenos que causan 
infecciones en sangre. La siguiente tabla (tomada del manual de LightCyclerSeptifast) se 
enlista las bacterias y hongos que se identifican con esta prueba: 
 
Gram-negativos Gram-positivos Hongos 
Escherichia Coli Staphylococcus aureus Candida albicans 
Klebsiella 
(pneumoniae/oxytoca) 
Staphylococci coagulasa 
negativo1 
Candida tropicalis 
Serratia marcescens Streptococcus pneumoniae Candida parapsilosis 
Enterobacter 
(cloacae/aerogenes) 
Streptococcus spp 2 Candida glabrata 
Proteus mirabilis Enterococcus faecium Candida krusei 
Pseudomonas aeruginosa Enterococcus faecalis Aspergillus fumigatus 
Acinetobacter baumannii 
Stenotrophomonas 
matophilia 
 
1. S epidermidis, S haemolyticus 2. S pyogenes, S agalactiae, S Mitis 
 
En la siguiente tabla se enlistan los microorganismos probados por la técnica de septifast, 
de cada cepa por técnica de análisis de tasa de resultados: 
 
 
 *Tabla tomada del manual de LightCyclerSeptifast 
 
 
4. Revisiones sistemáticas y metanálisis 
 
Chang en 2013 reportó una revisión y metanálisis de 34 estudios (4 incluyeron neonatos y 
niños) que enrolaron 6012 pacientes, en los que se evaluó la eficacia de light cycler-septifast 
(LC-SF). La sensibilidad y especificidad para detectar bacteriemia o fungemia fue de 0.75 
(IC 95% 0.65-0.83) y de 0.92 (IC 95% 0.90-0-95), respectivamente. LC-SF tuvo un radio de 
probabilidad (LR) positiva alto (10.10) y radio de probabilidad negativo moderado. 
Específicamente, LC-SF tuvo una sensibilidad de 0.8 (IC 95% 0.70-0.88) y especificidad 
 
11 
de 0.95 (ic95% 0.93-0.97) para bacteriemia y sensibilidad y especificidad de 0.61 (IC 
95%0.48-0.72) y de 0.99 (IC 95% 0-99-0-99), respectivamente, para fungemia. La 
conclusión fue que este método es de gran valor para la detección temprana de pacientes 
con sepsis y que incluso puede ser útil en poblaciones con probabilidad pretest baja (32) 
 
Una revisión sistemática dos años atrás por Pammi y cols, examinó los estudios que 
evaluaron de manera general los estudios moleculares en neonatos con sospecha de 
sepsis en comparación con el hemocultivo (estándar de oro). Se 7incluyeron 23 estudios 
con sensibilidad y especificidad general de 0.9 (IC95% 0-78-0-95) y 0-96 (IC 95% 0.94-0-
97) respectivamente. Los estudios que emplearon PCR o PCT convencional de rango 
amplio tuvieron mayor sensibilidad y especificidad que otras pruebas. La sensibilidad y 
especificidad de la PCR múltiple no fue posible evaluarse porque solo se incluyeron dos 
estudios. Los datos no fueron suficientes para evaluar edad de gestación y subgrupos de 
sepsis. La conclusión fue que el análisis molecular no tiene suficiente sensibilidad como 
para reemplazar al hemocultivo en el diagnóstico de sepsis neonatal pero puede ser un 
buen adyuvante (33) 
 
 
 
c) PLANTEAMIENTO DEL PROBLEMA: 
 
El diagnóstico temprano de sepsis neonatal sigue siendo un desafío, ya que los síntomas y 
signos son inespecíficos. El hemocultivo es la prueba de laboratorio considerada como el 
estándar de oro, para el diagnóstico. Sin embargo, tiene limitantes: el tiempo del reporte de 
2 a 10 días, recuperación bacteriana del 20%, y la cantidad requerida de sangre. 
 
Por lo anterior hemos considerado la necesidad de evaluar en el RN del HIMFG una técnica 
de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) múltiple en tiempo real, para la detección 
de ADN bacteriano y fúngico en un tiempo de 6 h. 
 
 
d) JUSTIFICACIÓN. 
 
El tiempo prolongado para el diagnóstico y la baja sensibilidad y especificidad en la 
recuperación e identificación de los agentes etiológicos responsables de sepsis neonatal, 
ha hecho que se busquen nuevas y mejores herramientas para poder facilitar el diagnóstico. 
Por esta razón actualmente hay un incremento en la investigación y desarrollo de diversas 
técnicas de detección serológica que permitan un diagnóstico claro y eficazde estas 
infecciones. Una de ellas es la determinación por PCR de la presencia de hongos y 
bacterias de forma oportuna (6 horas.) lo que permitirá implementar la terapia 
antimicrobiana dirigida. 
 
 
 
G) OBJETIVOS. 
 
1. GENERAL 
Detectar ADN bacteriano y fúngico por el método PCR múltiple en tiempo real, en pacientes 
con sepsis neonatal. 
 
 
 
12 
2. ESPECÍFICOS 
1. Comparar resultados de PCR en tiempo real con hemocultivo, como herramienta 
para aislar bacterias y hongos causantes de sepsis neonatal. 
2. La prueba de septifast requiere menos cantidad de sangre en comparación con los 
hemocultivos. 
3. Comparar el tiempo de resultado del septifast contra el hemocultivo 
 
 
f) HIPÓTESIS. 
 
La PCR múltiple en tiempo real, será capaz de identificar ADN bacteriano y fúngico en 
pacientes con sospecha de sepsis neonatal. 
 
 
g) METODOLOGÍA. 
 
Estudio prospectivo, transversal y analítico. 
 
 
1. LUGAR DE ESTUDIO 
Unidad de cuidados intensivos neonatales del Hospital Infantil de México Federico Gómez 
 
 
2. PERIODO DE ESTUDIO 
Enero de 2015 a marzo de 2017 
 
 
3. POBLACIÓN DE ESTUDIO 
 
a. Criterios de Inclusión: 
Recién nacidos de término hasta 28 días de vida y prematuros con edad corregida hasta 
44 semanas, hospitalizados en UCIN. 
 
Cumplir con la definición clínica de sepsis: SRIS en la presencia de, o como resultado de 
una infección sospechada ó comprobada. 
 
b. Criterios de exclusión: 
Pacientes cuyos familiares o tutores no deseen participar en el estudio 
 
c. Criterios de eliminación 
Pacientes que no tengan hemocultivo o prueba de reacción en cadena de la polimerasa 
tomados el día del ingreso al protocolo. 
 
 
 
4. MATERIAL: 
 
Se utilizaron los siguientes reactivos: LightCycler® SeptiFast Kit MG 54 Test: referencia 04 
469 046 001, SeptiFast Lys Kit MG 100 Test: referencia 04 404 432 001, SeptiFast Prep Kit 
MG 10 Test: referencia 04 404 459 001, todos de la marca Roche y se siguieron las 
instrucciones del fabricante. 
 
13 
 
 
5. DEFINICIÓN OPERATIVA DE VARIABLES DE RESULTADO: 
 
1. SRIS: Se define al tener 2 de los siguientes criterios (a y/o b obligatorios): a) fiebre o 
hipotermia, b) leucocitosis o leucopenia o más de 10% de neutrófilos inmaduros c) 
taquicardia o bradicardia y d) taquipnea o necesidad de ventilación mecánica (34). 
 
Se tomó < 36 °C como hipotermia y > 38 °C como fiebre. Se consideró taquicardia a > 160 
latidos por minuto (lpm) en el neonato de término y > 180 lpm en el prematuro. Se consideró 
bradicardia< 100 lpm. Se consideró taquipnea a > 60 respiraciones por minuto (rpm) en el 
neonato de término y > 70 rpm en el prematuro. 
 
Se consideró bandemia con bandas totales >500. Se consideró índice de banda neutrófilos 
positivos con >0.2. 
 
Se tomaron los siguientes valores para definir leucocitosis o leucopenia (35, 36) 
 
 Peso al nacimiento <1500 g Peso al nacimiento 1500-
2500 g 
1-2 
meses 
Semana 1 2 4 1 2 4 
Conteo total (× 
103/mm3) 
 
 
 Media 16.8 15.4 12.1 13.0 10.0 8.4 10.8 
 Rango 6.1-
32.8 
10.4-
21.3 
8.7-17.2 6.7-
14.7 
7.0-
14.1 
5.8-12.4 4-19.5 
 
2. Sepsis clínica: Datos de SRIS con foco infeccioso sospechado 
 
3. Hemocultivo positivo: Identificación en sangre de cualquier microorganismo. En caso 
de ser un colonizante de la piel, se considerará como positivo cuando se encuentre el mismo 
microorganismo en 2 hemocultivos. 
 
4. Constructo clínico de Sepsis neonatal: Sepsis clínica que mejora con el uso de 
antibióticos con o sin hemocultivo positivo. 
 
 
6. TAMAÑO DE LA MUESTRA 
 
Se revisaron los hemocultivos del 2015-2016. En 2017 se tomaron 24 muestras de 
hemocultivo y septifast a recién nacidos de termino menor de 28 días o pretérmino con 
edad corregida de hasta 44 semanas de gestación 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
14 
7. METODOLOGÍA PARA LAS PRUEBAS DE LABORATORIO 
 
a) Toma del hemocultivo 
 
Los pacientes que cumplieron los criterios de inclusión como parte del abordaje clínico se 
les tomó un 1 ml para el hemocultivo y de forma adicional 1 ml de sangre en un tubo con 
EDTA (tapón morado) para la realización de la prueba de septifast en la que se identificaran 
los siguientes microorganismos: 
 
Escherichia coli, Klebsiella (pneumoniae/oxytoca), Serratia marcescens, Enterobacter, 
(cloacae/aerogenes), Proteus mirabilis, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter 
baumannii, Stenotrophomonas maltophilia, Staphylococcus aureus, Staphylococcus 
coagulasa negativo, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus species, Enterococcus 
faecium, Enterococcus faecalis, Candida albicans, Candida tropicalis, Candida parapsilosis, 
Candida glabrata, Candida krucei, Aspergillus fumigatus. 
 
El hemocultivo se tomó siguiendo las recomendaciones categorizadas de acuerdo con la 
evidencia existente, racionalización teórica, aplicabilidad e impacto económico, de acuerdo 
con el planteamiento realizado por los Centers for Disease Control (CDC, por sus siglas en 
inglés) de Atlanta (USA) (37) 
 
El principal problema para la interpretación correcta de los hemocultivos es su 
contaminación con la flora microbiana cutánea durante la extracción por lo que se tomaron 
las siguientes medidas durante la toma de muestra: 
 
• Utilizó cubre boca, bata, guantes y campos estériles. 
• Selección del sitio de venopunción para las dos tomas, venas de grueso calibre, 
preferiblemente la cefálica o la basílica. 
• Realizaron lavado de manos con clorhexidina al 2%. teniendo en cuenta las medidas 
de asepsia recomendadas por los CDC. 
• Limpiaron la piel en el área de inserción de la aguja haciendo un círculo de 3 a 5 
cm. de diámetro con solución de clorhexidina jabonosa iniciando del centro a la 
periferia. Luego se enjuagó con solución salina estéril. Posteriormente se aplicó 
gluconato de clorhexidina al 0,5% en el área y se dejo actuar durante 1 minuto. 
• Una vez desinfectado el sitio de punción se evitó tocar con los dedos 
 
Extracción de sangre: 
• Antes de proceder a la extracción se limpiaron los tapones de los frascos de 
hemocultivo con un antiséptico que se dejará secar para evitar su entrada en el 
interior del frasco al inocular la sangre. 
• Se colocó los guantes estériles manteniendo la técnica aséptica. 
• Se insertó la aguja o mariposa sin tocar o palpar el sitio de la venopunción. 
• Se extrajo la cantidad de sangre necesaria y se distribuyó en el frasco de 
hemocultivo (previa asepsia del tapón con clorhexidina). 
• Se mezcló suavemente los frascos utilizando la técnica de inversión. 
• Se cambió de guantes manteniendo la técnica aséptica y se repitió el mismo 
procedimiento con la segunda venopunción (segundo sitio identificado). 
• Se realizó la eliminación final de residuos hospitalarios y material cortopunzante 
teniendo en cuenta las normas de bioseguridad y el protocolo institucional. 
• Se enviaron los hemocultivos y muestras de sangre prontamente al área de 
Bacteriología del Laboratorio Clínico, ubicado en el segundo piso del edificio 
 
15 
Federico Gómez donde se realizó el proceso del hemocultivo según instructivo de 
trabajo para el estudio bacteriológico de sangre y médula ósea cumpliendo los 
estándares de CLSI (38, 39) Hemocultivo y Mielocultivo) HIM-LC-BAC-PR.08-IT.01 
(Anexo 2) 
 
 
b) Metodología para la prueba de PCR multiplex para la detección de 25 
patógenos (LightCyclerSeptifast) 
 
Se realizaron diferentes ensayos desde 2015, para garantizar validación del estudio. 
 
Ensayo I: 
Se realizó el 04 de diciembre del 2015, se procesan 7 muestras, 5 de ellas infectadas con 
las siguientes cepas: muestra 2 con G- Escherichia coli, muestra 3 con G- Pseudomonas 
aeruginosa, muestra 4 con G- Klebsiella pneumoniae, muestra 5 con G+ Staphylococcus 
aureus, muestra 6 con hongo Candida albicans. Muestras 1 y 7 desconocidas. Se siguieron 
las instrucciones del fabricante, pero para el proceso de extracción manual se requiere un 
mezclador térmico para tubos de 15 ml a una temperatura de 56°C y con agitación 500 
rpm. Desafortunadamente, no contábamoscon él y se realizó en baño maría con agitación 
manual. 
 
En los resultados obtenidos la prueba nos detectó los microorganismos inoculados pero 
nos mostraron un comentario de “prueba invalida” en G+ y G-. Porque no obtenemos 
amplificados del control positivo (RC) de Gram positivos de Streptococcus spp (incluye 
Streptococcus agalactie, pyogenes y mitis) a 610 nm y del control positivo (RC) de Gram 
negativos no obtenemos amplificados de Proteus mirabilis. En el caso de hongos los 
resultados de todas las muestras procesadas son validados incluida la muestra 6 infectada 
con Candida albicans que nos detectó de manera correcta. 
 
 
Ensayo II: 
Se realizó el 27 de octubre del 2016, se procesaron dos muestras desconocidas y se siguen 
las instrucciones del fabricante. En los resultados obtenidos la prueba nos mostró un 
comentario de “prueba invalida” porque en el Control Negativo (NC), primera y segunda 
muestra, no detectó el control interno (IC) de G+, G- y hongos. Además, en el control 
positivo (RC) de Gram positivos, no obtuvimos amplificados de Enterococcus faecium y 
faecalis, del control positivo (RC) de Gram negativos no obtuvimos amplificados de Proteus 
mirabilis, Serratia marcescens y otros. 
 
Ensayo III: 
Se realizó el 10 de noviembre del 2016, se procesaron dos muestras desconocidas y se 
siguieron las instrucciones del fabricante. En los resultados obtenidos la prueba mostro un 
comentario de “prueba invalida” porque en el Control Negativo (NC), primera y segunda 
muestra, no detecta el IC de G+, G- y hongos. 
 
 
Ensayo IV: 
El 11 de noviembre del 2016, se procesaron dos muestras desconocidas y se siguieron las 
instrucciones del fabricante. En los resultados obtenidos la prueba nos mostró un 
comentario de “prueba invalida” porque en el control negativo (NC) no detectó el IC de G- 
 
16 
y hongos. De la primera muestra no detectó el IC de G+, G- y hongos. De la segunda 
muestra no detectó el IC de G- y hongos, G+ de esa muestra fue liberado. 
 
 
Ensayo V: 
Se realizó el 7 de diciembre del 2016, se procesaron dos muestras desconocidas y se 
siguieron las instrucciones del fabricante. En los resultados obtenidos la prueba nos mostró 
un comentario de “prueba invalida” porque no detecta el IC de G+, G- y hongos en el Control 
Negativo (NC) y las muestras. Además, en el control positivo (RC) de G+, no obtuvimos 
amplificados de Streptococcus spp, del control positivo (RC) de G- no obtuvimos 
amplificados de Proteus mirabilis, Serratia marcescens. 
 
 
Ensayo VI: 
Se realizó el 12 de diciembre del 2016, se procesaron cuatro muestras desconocidas y se 
siguieron las instrucciones del fabricante. En los resultados obtenidos la prueba nos mostró 
un comentario de “prueba invalida” porque en el control positivo (RC) de Gram positivos, no 
obtuvimos amplificados de Streptococcus spp, del control positivo (RC) de G- no obtuvimos 
amplificados de Proteus mirabilis. En la primera muestra no detectó el IC de G+, G- y 
hongos. Segunda muestra no detectó el IC de G- y los resultados de hongos fueron 
liberados. Tercera muestra no detectó el IC de G- y hongos. Cuarta muestra detectó los IC 
de G+, G- y hongos, pero solamente los resultados de hongos son liberados, los resultados 
de G+ y G- no, por lo descrito en el control positivo (RC). 
 
Ensayo VII-BD: 
El 16 de diciembre del 2016, se procesaron por triplicado RC y NC. Se extrajeron dos NC 
de manera manual y uno automatizada y se realiza la PCR obteniendo los resultados con 
comentarios. Primer RC en G+, no obtuvimos amplificados de Streptococcus spp, en el 
segundo RC en G+ no detectó CoNS, Streptococcus pneumoniae y spp, además de 
Enterococcus faecalis. En G- detectó todos los microorganismos y en hongos falta Candida 
tropicalis y glabrata. En el tercer RC en G+ no detectó CoNS, Streptococcus pneumoniae y 
spp, además de Enterococcus faecalis. En G- no detecta Stenotrophomonas maltophilia y 
en hongos falta Candida tropicalis. En los dos NC extraídos manualmente no detectó el IC 
de G-, en el NC por extracción automatizada no detectó el IC de G+, G- y hongos. 
 
Ensayo VIII-BD: 
Se realizó el 18 de enero del 2017, se procesaron RC, NC y 4 muestras negativas. Se 
realizó la PCR obteniendo los resultados siguientes: RC todo bien, NC no detectó el IC en 
G-. En las cuatro muestras no se detectó el IC en G+, G- y hongos. 
 
Ensayo IX-BD: 
El 19 de enero del 2017 se procesaron, y se realizarón extracción automatizada, RC, NC 
y muestra por duplicado una con 10 µl y la otra con 30 µl de CI. Se realizó la PCR obteniendo 
los resultados siguientes: RC en G+, no obtuvimos amplificados de Streptococcus spp. En 
G- no obtuvimos amplificados de Proteus mirabilis, Serratia marcescens y otros 
amplificados. NC no se detecta CI en G-. En ambas muestras no se detecta CI en G-. 
 
 
Ensayo X-BD: 
El 20 de enero del 2017 se procesaron, realizando extracción manual y automatizada, RC, 
NC, muestra por duplicado inoculada con Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus y 
 
17 
con 50 µl de CI. Se realiza la PCR obteniendo los resultados siguientes: RC en G- no 
obtuvimos amplificados de Proteus mirabilis, Serratia marcescens y otros amplificados. NC 
con extracción manual no se detecta CI en G+, G- y hongos. NC con extracción 
automatizada se detecta CI en todos. Muestra con extracción manual no se detecta en G- 
Klebsiella pneumoniae, en G+ Staphylococcus aureus y el CI en G+, G- y hongos. Muestra 
con extracción automatizada detecta correctamente en G- Klebsiella pneumoniae, en G+ 
Staphylococcus aureus y el CI en G+, G- y hongos. Por lo que recomiendan usar extracción 
automatizada y 50 µl de CI. 
 
Ensayo XI-HIM: 
El 30 de enero del 2017 se procesaron, realizando extracción automatizada agregando 50 
µl de CI, RC, NC, y 8 muestras de pacientes. Se realizó la PCR obteniendo los resultados 
siguientes: RC en G+, no obtuvimos amplificados de Streptococcus spp. En G- no 
obtuvimos amplificados de Proteus mirabilis, Serratia marcescens y otros amplificados. NC 
se detectó correctamente CI. Muestras en todas se detectó el CI, en hongos los resultados 
son liberados y ninguna de las 8 muestras tienen hongos. Los resultados de G+ y G- de 
todas las muestras con comentario de “prueba invalida”, aunque en muestra 2 G- nos 
detectó Enterobacter (cloacae/aerogenes), en muestra 3 G+ Staphylococo coagulasa 
negativo, muestra 5 G+ Staphylococcus aureus, y en muestra 7 G+ Staphylococo coagulasa 
negativo. 
 
Ensayo XII-HIM: 
El 14 de marzo del 2017 se procesaron, realizando extracción automatizada agregando 50 
µl de CI, RC, NC, y 8 muestras de pacientes. Se realizó la PCR obteniendo los resultados 
siguientes: RC en G- no obtuvimos amplificados de Proteus mirabilis, Serratia marcescens 
y otros amplificados. NC se detectó correctamente CI. Muestras en todas los resultados de 
hongos son liberados. Muestra 1 (09 Macedo SRN) G+ Staphylococo coagulasa negativo 
y G- nos detectó Klebsiella pneumoniae/oxytoca y Enterobacter (cloacae/aerogenes). Los 
resultados de G+ de todas las muestras, a excepción de la muestra 5 (13 De Jesús MRN) 
que no se detectó el CI, son liberados. Los resultados de G- de todas las muestras con 
comentario de “prueba invalida”, y solamente en la muestra 1 (09 Macedo SRN) se detectó 
el CI. 
 
 
Ensayo XIII-HIM: 
El 15 de marzo del 2017 se procesaron, realizando extracción automatizada agregando 50 
µl de CI, RC, NC, y 8 muestras de pacientes. Se realizó la PCR obteniendo los resultados 
siguientes: RC en G- no obtuvimos amplificados de Proteus mirabilis, Serratia marcescens 
y otros amplificados. NC no se detecta CI en G-. Los resultados de G+ y hongos de todas 
las muestras fueron liberados y únicamente la muestra 21-17 (De Jesús MRN) tiene un G+ 
Enterococcus faecalis. Los resultados de G- de todas las muestras con comentario de 
“prueba invalida”, además de CI no detectado. 
 
 
 
h) PLAN DE ANÁLISIS DE LOS DATOS. 
 
Se realizó estadística descriptiva: para las variables en escala continua se calcularán 
medidas detendencia central o medidas de posición según la distribución que presenten. 
 
 
18 
Se calculó sensibilidad, especificidad y valores predictivos positivos y negativos de las 
pruebas de laboratorio (hemocultivo contra PCR múltiple). 
 
Se utilizó el paquete informático STATA MP13 
 
 
 
i) LIMITACIONES DEL ESTUDIO. 
 
El presente estudio tuvo la limitante de que la prueba considerada como estándar de oro 
para la sepsis y bacteriemia es el hemocultivo, sin embargo el hemocultivo es una prueba 
imperfecta ya que tiene limitaciones debido a que existe un 25% de recuperación de 
microorganismos, esto, asociado a la implementación de terapéuticas anticipadas a la toma 
del hemocultivo y por otro lado los microorganismos a menudo están presentes en un 
número escaso y pueden aparecer intermitentemente en el torrente sanguíneo, por 
consiguiente, deben extraerse muestras de sangre consecutivas de cada paciente. 
Las limitaciones del septifast reportadas son las relacionadas con el costo. Y en el caso de 
nuestro Instituto del equipo que no era compatible con el kit. 
 
 
 
j) CONSIDERACIONES ÉTICAS. 
 
Este proyecto de investigación buscó mejorar la atención de los recién nacidos con 
sospecha de sepsis neonatal con un diagnóstico temprano (6 horas) de la etiología de los 
microorganismos más frecuentes de sepsis neonatal mediante una prueba de PCR múltiple 
en tiempo real, para la detección de ADN bacteriano y fúngico con una mínima cantidad de 
muestra sanguínea 1.0 ml. Se le dará al familiar una amplia información sobre este estudio, 
con lenguaje claro y comprensible y cualquier duda que pudiera surgir en el momento que 
se solicitó la participación de su paciente o durante la realización de este estudio fue 
contestada por el investigador responsable de este estudio. 
 
Se le explicó que la extracción de la muestra de sangre es mínima, que no representa una 
punción extra, que se realiza con técnica estéril por una persona experimentada en la 
extracción de estas muestras de sangre y que en caso de presentar la presencia de un 
pequeño hematoma en el área de extracción, desaparecerá en aproximadamente una 
semana y que el beneficio de este estudio es dar un tratamiento oportuno y temprano de la 
sepsis a su paciente. Se informó al familiar que la firma del consentimiento informado es 
completamente voluntaria y que no habrá ninguna consecuencia desfavorable para el 
familiar y su paciente en caso de no aceptar la invitación a participar y que podrá retirarse 
en el momento que lo desee de este estudio. 
 
Así mismo se les aseguró que se mantendrá en todo momento la confidencialidad de los 
resultados de las pruebas y datos que se obtengan del expediente clínico del paciente y 
que si durante el desarrollo del estudio, surge una información relevante para su 
diagnóstico, se le dará a conocer. Además, se le comentó que la realización del estudio de 
esta muestra de sangre no tendrá ningún costo extra para el familiar y que no recibiría 
ningún pago por su aceptación en la participación en este proyecto de investigación. 
 
Esta tesis es parte del proyecto de investigación aceptado por la Dirección de Investigación 
que cuenta con apoyo de Fondos Federales. 
 
19 
 
 
 
k) RESULTADOS 
 
Durante 2015, se realizó 1 ensayo con septifast, sin ser concluyentes los resultados, ya que 
en los mismos se mostró un comentario de “prueba invalida” (ver descripción página 13). 
En el 2º semestre del 2015 en el HIMFG se encontró la siguiente incidencia de 
microorganismos en hemocultivos (ver tabla1); donde se observó mayor identificación de 
S. epidermidis (30.4%), seguido de K. pneumoniae (11.8%). 
 
Tabla 1: Identificación en hemocultivos de microorganismos del HIMFG en 2015 
 
 
En el 2016 se realizaron los ensayos II, III, IV, V, VI, VII-BD, cuyos resultados de los mismos 
se desglosan en la sección de metodología, sin embargo, los mismos no pasaron las 
pruebas de calidad (ver descripción en página 13-14). 
 
En el 2016, en hemocultivos de HIMFG se encontró S. epidemidis como principal 
microorganismo identificado con un 27%, seguido por E. coli (ver figura 1). 
 
 
20 
 
Figura 1: Resultados de hemocultivos positivos en el HIMFG en 2016 
 
En la UCIN del HIMFG en el 2016 se tomaron 482 hemocultivos, 381 (79%) fueron 
negativos, 101 (21%) positivos; de éstos el 52/51.4% correspondió nuevamente a S. 
epidermidis, otros microorganismos identificados correspondieron a: 1 Burkholderia gladioli, 
3 candida albicans, 6 E. coli, 6 Enterobater cloacae, 2 Enterococcus faecalis, 3 
Enterococcus faecalis + E. coli, 1 Enterococcus fecalis y Klepsiella pneumoniae, 8 Klepsiella 
pneumoniae, 3 Staphylococcus aureus, 2 contaminaciones, 1 Pseudomonas aeruginosa + 
Staphylococcus epidermidis, 9 Staphylococcus hominis, 1 Streptococcus agalactie, 1 
Streptococcus mitis/oralis, 1 Streptococcus mitilforalis, 1 Streptococcus parasanguinis, que 
corresponden al 48.6%. 
 
En la tabla 2 se observó ligero predominio del sexo masculino (66.66%), no influyo la edad 
de gestación ni la vía de nacimiento para la presencia de sepsis. Predominó la colocación 
de catéter percutáneo. 
 
Tabla 2: Características demográficas de la población estudiada 
N=24 
Género Masculino 
(66.67%) 
Femenino 
(33.3%) 
Edad de 
gestación 
Término 
(45.83%) 
Pretérmino 
(45.83%) 
Pretérmino extremo 
(8.33%) 
Peso al 
nacimiento 
Peso adecuado para edad de 
gestación 
(58.33%) 
Peso bajo para la edad 
gestacional 
(42.67%) 
Vía de 
nacimiento 
Vaginal 
(54.17%) 
Cesárea 
(45.83%) 
 
21 
Catéter 
vascular 
Ninguno 
Percutáneo 
(45.8%) (25%) 
Umbilical 
(12.5%) 
Central 
(16.6%) 
Cánula 
traqueal 
Si 
(45.83%) 
NO 
(54.13%) 
 
Sonda pleural Si 
(8.33) 
No 
(91.67) 
 
VDVP Si 
(0%) 
 No 
 (100%) 
Alteraciones 
en la 
integridad de 
la piel 
Si 
(12.5%) 
 No 
 (87.5%) 
Cursos 
repetidos de 
antibióticos 
Si 
(37.5%) 
 No 
 (62.5%) 
Mortalidad 8.3% 
VDVP: Válvula de derivación ventrículo peritoneal 
 
Los diagnósticos por toma de muestra, fueron: sepsis temprana, tardía y nosocomial. Se 
observó mayor presencia de sepsis nosocomial (45,8%), y sepsis temprana (41.). Es de 
hacer notar que la patología quirúrgica como diagnóstico de ingreso sobresalió con 41.6% 
(figura 2). 
 
 
 
 
 
 
 
 Figura 2: Diagnósticos encontrados en población estudiada (N 24) 
 
 
En la figura 3 se reportó que el 58% presento sepsis por clínica, únicamente el 13% fue 
sepsis comprobada. 
Sepsis 
temprana 
41.6%
Sepsis 
tardía
12.5%
Sepsis 
nosocomial 
45.8%
 
22 
 
 
 
Figura 3: Diagnostico de sepsis 
 
18 pacientes con sepsis clínica, presentaron únicamente 3 sepsifast positivos contra 6 
hemocultivos positivos (figura4). 
 
 
Figura 4: Resultados de hemocultivo vs septifast en sepsis clínica 
 
Las alteraciones en los biomarcadores que se observaron, fueron similares en ambas 
pruebas diagnósticas, como se muestra en la figura 5. 
 
 
29%
58%
13%
Sepsis probada
Sepsis por clínica
Sepsis descartada
3
18
6
15
0
5
10
15
20
septifast
positivo
septifast
negativo
hemocultivo
positivo
hemocultivo
negativo
#
c
a
s
o
Prueba realizada 
 
23 
 
Figura 5: Alteraciones en biomarcadores (N=24) 
 
La fiebre y taquicardia, fueron los principales síntomas figura 6. 
 
 
 
Figura 6: Alteraciones clínicas (N=24) 
 
En el 2017, no se encontró relación en los resultados de hemocultivo y septifast como se 
observa en la Tabla 3. La única coincidencia fue 13 resultados negativos tanto en 
hemocultivo como en septifast. 
 
En los resultados positivos, no hubo relación, ya que por ejemplo: el resultado positivo del 
septifast de uno de los pacientes para E. faecalis, fue negativo el hemocultivo, así mismo 
50.0%
4.2%
8.3%
45.8%
41.7%37.5%
41.7%
50.0%
95.8%
91.7%
54.2%
58.3%
62.5%
58.3%
0.0%
20.0%
40.0%
60.0%
80.0%
100.0%
120.0%
Positivo Negativo
BIOMARCADORES
p
o
r
c
e
n
t
a
j
0.0%
16.7%
4.2%
0.0% 0.0%
8.3%
12.5%
70.8%
4.2%
70.8%
0.0%
25.0%
100.0%
83.3%
95.8%
100.0% 100.0%
91.7%
87.5%
29.2%
95.8%
29.2%
100.0%
75.0%
0.0%
20.0%
40.0%
60.0%
80.0%
100.0%
120.0%
Presente Ausente
Tipo alteración 
p
o
r
c
e
n
t
a
j
e
 
24 
en otro paciente se reportó un hemocultivo positivo para Candida boidinii sin embargo, el 
septifast se reportó negativo. En otro paciente su hemocultivo se reportó con contaminación 
y el septifast no reportó detección de algún microorganismo (ver tabla 3) 
 
Tabla 3: Relación de resultados de hemocultivo vs septifast (N=24) 
 PCR EN TIEMPOR REAL 
HEMOCULTIV
O 
Negativ
o 
E. 
cloacae 
E. 
Faecali
s 
E. 
coagulas
a 
negativo 
K. 
pneumonia
e 
S. 
aureus 
TOTAL 
Negativo 13 (54%) 1 1 1 1 0 17 
E. 
epidermidis 
2 0 0 1 0 1 4 
E. faecalis 1 0 0 0 0 0 1 
Candida 
boidinii 
1 0 0 0 0 0 1 
Contaminació
n 
1 0 0 0 0 0 1 
TOTAL 18 1 1 2 1 1 24 
 
 
Al comparar los resultados de septifast con el tipo de sepsis encontrada, se observó 3 
resultados positivos en sepsis descartada, lo que indica que el 50% de los septifast positivos 
no concordaron con la clínica (estándar de oro para diagnóstico de sepsis), a diferencia del 
hemocultivo, el cual únicamente 1 se encontró positivo en un paciente con sepsis 
descartada (tablas 4 y 5). 
 
Tabla 4: Resultados de hemocultivos por tipo de sepsis 
TIPO DE SEPSIS HEMOCULTIVO 
Negativo Positivo Total 
Sepsis clínica 15 0 15 
Sepsis 
confirmada 
0 6 6 
Sepsis 
descartada 
2 1 3 
Total 17 7 24 
 
Tabla 5: Resultados de septifast por tipo de sepsis 
TIPO DE SEPSIS SEPTIFAST 
Positivo Negativo Total 
Sepsis clínica 2 13 1 
Sepsis 
confirmada 
1 5 6 
Sepsis 
descartada 
3 0 3 
TOTAL 6 10 24 
 
 
 
25 
El tratamiento recibido en los pacientes fue: 12.5% con ampicilina/amikacina, cefalosporina 
37.5%, carbapenemico 33.3%, vancomicina 4.2%, anfotericina 4.2%, 12.5% no recibieron 
tratamiento por que se descartó el diagnostico de sepsis. 
 
 
En el diagrama 1 se especifica que la cantidad de pacientes que presentaron verdaderos 
positivos fueron 2, así como verdadero negativo 13. 
 
 
 
Diagrama 1: Análisis de casos positivos y negativos 
 
 
Se realizó el nomograma de Bayes (figura 6) para establecer la sensibilidad y especificidad 
de septifast, obteniéndose una sensibilidad del 28% y especificidad del 76% 
 
Figura 6: Nomograma de Bayes 
 
Se encontró un valor predictivo positivo de 33% y valor predictivo negativo del 72%, 
Coeficiente de probabilidad positivo de 1.21, e intervalo de confianza 0.27, 5.52. Con valor 
predictivo negativo de 0.93, intervalo de confianza 0.53-1.65. 
 
Se comparó el resultado de septifast en sepsis clínica o sepsis comprobada, con prueba de 
Fisher con P=0.6 y Odds radio de 0.76 e IC 95% (0.05 a 10.48), por lo tanto en este estudio 
la prueba de septifast no fue significativa. 
 
 
26 
 
 
l) DISCUSIÓN: 
 
El septifast es una prueba de amplificación de ácido nucleico in vitro para la detección e 
identificación de ADN bacteriano y fúngico en sangre humana recogida en anticoagulante 
K-EDTA, con el equipo Light Cycler. Detecta alrededor de un 90% de las infecciones de 
transmisión sanguínea. 
 
El 98% de las muertes neonatales ocurren en no industrializados, en estos países las 
infecciones son responsables entre el 8% y 80% de todas las causas de muerte neonatal y 
hasta del 42% de las causas de muerte en la primera semana de vida. Es por esto que 
encontrar el microorganismo causante de sepsis y dar una terapia dirigida lo antes posible 
podrá disminuir la tasa de mortalidad. En el presente estudio se comparó la prueba de 
septifast con hemocultivo para la detección de microorganismos en recién nacidos con 
diagnóstico de sepsis, sin embargo, en el Hospital Infantil de México se observó que es más 
eficaz el estudio de hemocultivo. 
 
Actualmente en el HIMFG se realiza el análisis de hemocultivos, con un espectrómetro de 
masas, ya que su rapidez para la identificación de microorganismos (bacterias y levaduras) 
y su fácil capacitación, son muy útiles en laboratorios con alta carga de trabajo como es 
éste Instituto. 
 
En cada corrida, la charola del equipo tiene capacidad para 4 laminillas con un total de 192 
diferentes identificaciones y cada una de ellas se lleva a cabo en un tiempo aproximado de 
un minuto. Esto resulta una ventaja de consideración en comparación con laboratorios que 
usan técnicas de PCR que consumen tiempo y solo puede llevar a cabo un numero de 
identificaciones muy limitadas por turno de trabajo, así como la capacitación del personal 
es más complicada y costosa. 
 
 Por otro lado nos da confianza saber que la base de datos del espectrómetro de masas 
está basada en poblaciones para poder identificar cepas típicas, atípicas, sensibles, 
resistentes y multiresistentes, ésta base de datos está construida con al menos 12 
espectros por especie y no solo está construida con cepas atcc, sino también con cepas 
clínicas, ambientales, y de ámbito industrial. Es decir es importante saber que cuenta con 
suficientes cepas para soportar la variabilidad de las especies. 
 
El septifast, es una prueba que se debe de realizar por personal capacitado, que por corrida 
se pueden realizar un máximo de 6 muestras, con resultados aproximadamente en 6 horas, 
y no detecta más que 17 microorganismos (los cuales se especifican en el presente 
estudio), dentro de los cuales no se encuentran S. epidermidis y S. hominis, los cuales se 
han identificado con mayor frecuencia en la población neonatal del HIMFG, siendo en el 
2016 S. epidermidis el microorganismo más frecuentemente identificado en hemocultivos 
con 51.4%. 
 
En el espectro de masas el software del sistema (tanto la estación de preparación como la 
de adquisición) son fáciles de manipular pues contienen botones claros para todos los 
procesos. También nos brinda tranquilidad saber que el soporte del espectro que 
manejamos es local, directamente en México, hay soporte de ingeniería y de asesoría 
entrenado para la resolución de los problemas técnicos de manera rápida. 
 
 
27 
En cuanto a la técnica de septifast, requiere aparatos específicos para su realización, así 
como el soporte técnico es más difícil de obtener, ya que se cuenta con pocas personas 
capacitadas en la misma. 
 
Torres y cols., en España (2016) compararon hemocultivo y septifast en 42 muestras, en 
este se realizó una técnica similar para obtención de muestras a la del presente estudio, sin 
embargo, reportaron mayor aislamiento de microorganismos en septifasf en pacientes con 
sepsis clínica que en hemocultivos (15 septifast vs 10 hemocultivos) y su especificidad y 
sensibilidad fue mayor que en este estudio (sensibilidad 79%, especificidad 87%) (42). La 
diferencia entre ambos estudios si bien puede ser por el tamaño de muestra, también 
interfiere que en el HIMFG se ha encontrado mayor aislamiento de S. epidirmidis y S. 
hominis, los cuales no son detectados por septifast. 
 
Walter y col. en Brasil del 2013-2014, recogieron y analizaron muestras de sangre de RN 
diagnosticados con sepsis utilizando el método multiplex PCR para detectar 
microorganismos. Se incluyeron 150 neonatos con sepsis clínica y 10 RN como controles 
sanos. El análisis multiplex PCR mostró que 76% de las muestras fueron positivas para 
Escherichia coli, 34% para Staphylococcus aureus, 13,3% para Streptococcus agalactiae, 
7,3% para Pseudomonas aeruginosa y 0,7% para Enterobacter sp. Y Serratia sp. El PCR 
múltiple de los pacientes con sepsis clínica coincide con el 8,1% de las muestras de sangre 
que resultaron positivas por el método microbiológico (41). Si bien este estudio, fue 
relevante los resultados de PCR en tiempo real en pacientes con sepsis clínica, en nuestro 
estudio la mitad de las muestras que detectaron microorganismos fueronen pacientes 
quienes se descartó sepsis, en comparación con los hemocultivos, que solo se reportó 1 
resultado positivo en un paciente con sepsis descartada. 
 
El tiempo en los resultados de septifast puede obtenerse en 6 horas posterior a la toma de 
la muestra, sin embargo, requiere personal especializado en el manejo del equipo y la 
manipulación de la muestra, lo que evita que se pueda dar el mismo en todos los turnos, y 
el hemocultivo con el equipo de espectro de masas, se puede tener detección de 
microorganismos en 24 horas posterior a la toma de muestras, y en máximo 48 horas, 
tenemos un reporte del mismo con sensibilidad. 
 
En la cantidad de muestra de sangre, no se encontró diferencia significativa, ya que para 
realizar septifast, se necesitan 1.2ml y los hemocultivos, incrementan su sensibilidad con 
mayor cantidad de muestra, las guías recomiendan 1 ml para recién nacidos. 
 
La prueba de septifast puede variar sus costos desde $1000 – 5000.oo dependiendo de la 
cantidad de muestras realizadas por corrida y no reporta sensibilidad antimicrobiana; y el 
hemocultivo, el costo con sensibilidad de microorganismos es de $307.4 pesos mexicanos 
(comunicación personal con Jefe de Laboratorio). 
 
 
 
m) CONCLUSIONES 
 
A pesar de seguir con las instrucciones del fabricante y hacer las modificaciones 
recomendadas por los especialistas, no fue posible obtener resultados confiables y 
liberados, puesto que en varios experimentos no se obtuvo amplificado del CI en NC y/o 
muestras o en otros casos en el RC no obtuvimos amplificados de algunos 
microorganismos. Por lo que después de 13 experimentos, junto con los especialistas, 
 
28 
llegamos a la conclusión que en nuestras condiciones, sobre todo por el tipo de muestra 
que es de pacientes neonatos, no es posible realizar el diagnóstico de microorganismos 
que producen sepsis con estos reactivos y en nuestras instalaciones. 
 
Al comparar la efectividad de septfast contra hemocultivo para detección de 
microorganismos causantes de sepsis neonatal en el HIMFG, se encontró que es una 
prueba difícil de realizar, que requiere equipo especializado, personal capacitado, difícil de 
conseguir asesores técnicos para la misma, puede ser hasta 16 veces más costosa que el 
hemocultivo (dependiendo del número de corridas). Los resultados pueden tener mayor 
riesgo de falsos positivos que el hemocultivo. Por lo que en éste Instituto el hemocultivo 
sigue siendo la prueba diagnóstica de elección para sepsis (siempre tomando en cuenta 
primero la clínica del paciente). 
 
 
n) CRONOGRAMA DE ACTIVIDADES 
 
 
 
 
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 AGOSTO_ 
DICIEMBRE 2016 
 
Agosto – 
Diciembre 2016 
Enero -- Marzo 
2017 
Marzo-
Abril 
2017 
Abril-Mayo 
2017 
Abril –Mayo 
2017 
Junio 2017 
 
PROTOCOLO 
TESIS 
 
INCLUSION DE 
PACIENTES 
 
CAPTURA EN 
BASE DE DATOS 
 
RESULTADOS 
PRELIMINARES 
 
ANALISIS DE 
RESULTADOS 
 
ELABORACIÓN 
DE TESIS 
 
 
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