Detecção de perdas ou ganhos genômicos em pacientes com anomalias congênitas

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esto sin sufrir menoscabo sobre sus derechos como autor de la obra y los usos 
que posteriormente quiera darle a la misma. 
UNIVERSIDAD DE GUADALAJARA 
NUEVO HOSPITAL CIVIL DE GUADALAJARA 
“DR. JUAN I. MENCHACA “ 
ESPECIALIDAD EN GENÉTICA MÉDICA 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TESIS 
PARA OBTENER EL DIPLOMA DE ESPECIALIDAD EN 
GENÉTICA MÉDICA 
 
DETECCIÓN DE PÉRDIDAS O GANANCIAS GENÓMICAS EN 
PACIENTES CON ANOMALÍAS CONGÉNITAS MÚLTIPLES Y/O 
DISCAPACIDAD INTELECTUAL EVALUADAS MEDIANTE EL USO 
COMBINADO DE KITS DE AMPLIFICACIÓN DE SONDAS 
DEPENDIENTES DE LIGANDOS MÚLTIPLEX (MLPA) 
 
 
 
 
M.C.P. Jehú Rivera Vargas 
Guadalajara, Jalisco, Enero de 2016 
 
UNIVERSIDAD DE GUADALAJARA 
NUEVO HOSPITAL CIVIL DE GUADALAJARA 
“DR. JUAN I. MENCHACA “ 
ESPECIALIDAD EN GENÉTICA MÉDICA 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
TESIS 
PARA OBTENER EL DIPLOMA DE ESPECIALIDAD EN 
GENÉTICA MÉDICA 
 
 
DETECCIÓN DE PÉRDIDAS O GANANCIAS GENÓMICAS EN 
PACIENTES CON ANOMALÍAS CONGÉNITAS MÚLTIPLES Y/O 
DISCAPACIDAD INTELECTUAL EVALUADAS MEDIANTE EL USO 
COMBINADO DE KITS AMPLIFICACIÓN DE SONDAS 
DEPENDIENTES DE LIGANDOS MÚLTIPLEX (MLPA) 
 
 
ALUMNO 
M.C.P. Jehú Rivera Vargas 
DIRECTOR DE TESIS 
Dr. en C. Jorge Roman Corona Rivera 
CO-DIRECTORA DE TESIS 
Dra. en C. Lucina Bobadilla Morales 
 
Guadalajara, Jalisco, Enero de 2016 
SEDES 
Unidad de Citogenética, Servicio de Hematología y Oncología, División de 
Pediatría, Hospital Civil de Guadalajara “Dr. Juan I. Menchaca”. Centro de 
Registro e Investigación sobre Anomalías Congénitas (CRIAC), Servicio de 
Genética, División de Pediatría, Hospital Civil de Guadalajara “Dr. Juan I. 
Menchaca”. Servicio de Oncogenética, Hospital Civil de Guadalajara “Dr. Juan I. 
Menchaca”. 
Laboratorio de Citogenética, Genotoxicidad y Biomonitoreo, Instituto de Genética 
Humana “Dr. Enrique Corona Rivera”, Departamento de Biología Molecular y 
Genómica, Centro Universitario de Ciencias de la Salud, Universidad de 
Guadalajara. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Contenido temático 
1. Titulo 1 
2. Investigadores 1 
2.1 Investigador Responsable 1 
2.2 Investigador Principal 1 
2.3 Investigadores Asociados 1 
3. Sede 1 
4. Abreviaturas 	
   2 
5. Marco teórico 3 
5.1 Anomalías congénitas múltiples 3 
5.2 Epidemiología 3 
5.3 Clasificación 3 
 5.3.1 Clasificación en base a su severidad 	
   4 
 5.3.2 Clasificación en base a su presentación 	
   4 
 5.3.3 Clasificación en base a su patogenia 	
   5 
 5.3.4 Clasificación en base a su etiología 6 
6. Niños con anomalías congénitas múltiples 	
   6 
7. Discapacidad intelectual en niños 	
   7 
8. Ligamiento multiplex-dependiente de amplificación de sonda (MLPA) 9 
 8.1. Ventajas de MLPA para el estudio genético 	
   10 
 8.2. Ensayo de MLPA 	
   11 
 8.3. Variaciones de la MLPA 	
   13 
 8.4. Limitaciones de la técnica de MLPA 	
   14 
 8.5. Aplicaciones de la MLPA 	
   14 
 8.6. MLPA y pérdidas o ganancias genómicas o cromosómicas 	
   15 
 8.7. MLPA y anomalías congénitas múltiples 	
   15 
 8.8. MLPA y discapacidad intelectual 	
   15 
 8.9. Combinación de kits de MLPA de utilidad en el estudio de niños con ACM/DI 16 
9. Definición y planteamiento del problema 19 
10. Pregunta de investigación 19 
11. Magnitud 	
   19 
12. Antecedentes 	
   19 
13. Justificación 23 
13.1 Magnitud 	
   23 
13.2 Trascendencia 23 
13.3 Vulnerabilidad 24 
13.4 Factibilidad 24 
14. Hipótesis 24 
15. Objetivos 24 
15.1 Objetivos general 24 
15.2 Objetivos particulares 24 
16. Materiales y métodos 25 
16.1 Diseño 25 
16.2 Universo de Estudio 25 
16.3 Muestra de estudio 25 
16.4 Tamaño de muestra y sistema de muestreo 25 
16.5 Criterios de Selección 25 
16.5.1 Criterios de Inclusión25 
16.5.2 Criterios de Exclusión 26 
11.5.3 Criterios de no Inclusión 26 
16.6 Definición de variables 26 
16.6.2 Operacionalización de variables 26 
16.7 Descripción de Procedimientos 26 
16.7.1 Métodos y técnicas 27 
16.7.2 Muestra sanguínea 28 
16.7.3 Extracción de leucocitos 28 
16.7.4 Extracción de ADN por Qiagen 28 
16.7.5 Reacción MLPA 29 
16.7.5.1 Preparación 29 
16.7.5.2 Desnaturalización 30 
16.7.5.3 Hibridación 30 
 16.7.5.4 Ligación 30 
16.7.5.5 Reacción PCR 31 
16.7.6 Análisis de la información 31 
16.8 Validación de datos 32 
16. 8.1 Bases de datos y programas de cómputo 32 
16.9. Consideraciones éticas 32 
16.10 Cronograma de actividades 32 
16.11 Recursos 33 
16.11.1 Recursos Humanos 32 
16.11.2 Recursos Materiales 33 
16.11.3 Recursos Financieros 33 
17. Resultados y discusión 34 
17.1 Frecuencia de detección de síndromes de microdeleción y pérdidas o ganancias 
 subteloméricas 
34 
17.2 Síndromes de microdeleción (Salsa MLPA PROBEMIX P245-B1) 34 
 17.2.1 Síndrome de deleción 22q11.21 35 
 17.2.2 Síndrome de deleción 7q11.23 39 
 17.2.3 Síndrome de deleción 4p16.3 41 
 17.2.4 Síndrome de deleción 15q11.2 42 
 17.2.5 Síndrome de deleción 17p13.3 44 
17.3 Síndromes de microdeleciones o microduplicaciones subteloméricas 45 
17.3.1Síndrome de microdeleciones o microduplicaciones subteloméricas con 
 cariotipo anormal 
47 
 17.3.1.1 Desbalances subteloméricos en pacientes con cariotipo inicial 
 46,XXadd(20)(p13): del 20p13 y dup 3p26.3 
47 
 17.3.1.2 Desbalances subteloméricos en paciente 46,XY, del (13)(q34): del 13q34 51 
 17.3.1.3 Desbalances subteloméricos en paciente con cariotipo 47,XY, +13: dup 
 13q12.11 y dup 13q34 
52 
 17.3.1.4 Desbalances subtelomericos en pacientes con cariotipo 
 46,XY,r(18)(p11.3;q23): del 18p11.32 y del 18q23 
55 
 17.3.1.5 Desbalances subteloméricos en paciente con cariotipo 
 47,XX+21,add(15)(p11.2): dup 21q11.2 y dup 21q22.3 
57 
 17.3.1.6 Desbalances subteloméricos en paciente con cariotipo mos 
 47,XXY[190]/46,XY[10]: dup Xp22PAR y dup Xq28 
59 
17.3.2. Síndromes de microdeleciones o microduplicaciones subteloméricas con 
 cariotipo normal 
61 
 17.3.2.1 Síndrome de microdeleción subtelomérica 1p36.33 61 
 17.3.2.2 Síndrome de microduplicación subtelomérica 3q29 67 
 17.3.2.3 Síndrome de microduplicación subtelomérica duplicación 4p16.3 69 
 17.3.2.4 Síndrome de microdeleción subtelomérica 6p25.3 71 
 17.3.2.5 Síndrome de microduplicación subtelomérica 7p22.3 74 
 17.3.2.6 Síndrome de microdeleción 8p23.3 subtelomérica 79 
 17.3.2.7 Síndrome de microdeleción subtelomérica 10q26.3 81 
 17.3.2.8 Síndrome de microdeleción subtelomérica 12p13.33 83 
 17.3.2.9 Síndrome de microdeleción subtelomérica 13q12.11 85 
 17.3.2.10 Síndrome de microduplicación subtelomérica 15q26.3 87 
 17.3.2.11 Síndrome de microdeleción 18p11.32 y microduplicación 
 subtelomérica 20p13 
89 
17.4. Comparación de nuestros hallazgos con los estudios previamente publicados 91 
17.4.1 Hallazgos con salsa MLPA P245 microdeleciones 91 
17.4.1 Hallazgos con salsa MLPA P036/ P070 subtelomérica 91 
18. Conclusiones y perspectivas 
19. Agradecemientos 
93 
94 
19. Bibliografía 95 
 20. Anexos 103 
 
 
 
 
 
 
 
	
  
Especialidad	
  en	
  Genética	
  Médica	
  
1	
  
	
  
1. TITULO 
Detección de pérdidas o ganancias genómicas en pacientes con anomalías 
congénitas múltiples y/o discapacidad intelectual evaluadas mediante el uso 
combinado de kits amplificación de sondas dependientes de ligandos múltiplex 
(MLPA) 
 
2. INVESTIGADORES 
2.1 Investigadores Responsables: 
Dr. en C. Jorge Román Corona Rivera 
Doctor en Genética Humana y Especialista en Pediatra Médica, Jefe del Servicio de 
Genética, Profesor Titular del Curso de Especialidad en Genética Médica (CEGM), 
Hospital Civil de Guadalajara “Dr. Juan I. Menchaca” (HCG JIM), Director de Tesis. 
Dra. en C. Lucina Bobadilla Morales 
Doctora en Genética Humana, Médico Genetista, Supervisora de la Unidad de 
Citogenética (UC), Servicio de Hemato-Oncología (SHO), División de Pediatría y 
Profesora Adjunta del CEGM, HCG JIM, Co-Directora de Tesis. 
 
2.2 Investigador Principal: 
M.C.P. Jehú Rivera Vargas 
Residente de la Especialidad de Genética Médica, HCG JIM. 
 
2.3 Investigadores asociados 
Dr. en C. Alfredo Corona Rivera 
Doctor en Genética Humana, Jefe de la UC y Profesor Adjunto del CEGM, HCG JIM. 
Dra. en C. Helia Judith Pimentel Gutiérrez 
UC, SHO, División de Pediatría, HCGJIM 
Dra. en C. Citlalli Ortega de la Torre 
UC, SHO, División de Pediatría, HCGJIM 
Dra. en C. Lisette Arnaud López 
Servicio de Genética, División de Pediatría, HCGJIM 
Q.F.B. Alejandro Vázquez Reyes 
UC, SHO, División de Pediatría, HCGJIM 
M.C.P. Eugenio Zapata Aldana 
Residente de la Especialidad de Genética Médica, HCG JIM. 
 
3. SEDES 
Servicio de Genética y Unidad de Citogenética, División de Pediatría, HCG JIM, 
Laboratorio de Citogenética, Genotoxicidad y Biomonitoreo, Instituto de Genética 
Humana “Dr. Enrique Corona Rivera”, Centro Universitario de Ciencias de la Salud, 
Universidad de Guadalajara. 
 
Especialidad	
  en	
  Genética	
  Médica	
  
	
  
2	
  
	
  
4. Abreviaciones utilizadas 
AC. Anomalías congénitas 
ACM: anomalías congénitas múltiples 
ADN: Acido desoxirribonucleico 
CGH Arrays: Hibridación genómica comparativa 
VNC: Variación del número de copias 
DI: Discapacidad intelectual 
DHPLC: Cromatografía liquida de alta eficacia desnaturalizante 
DSM: Manual diagnóstico y estadístico de los trastornos mentales 
FISH: Hibridación fluorescente in situ 
GWAS: Secuenciación del genoma completo 
MLPA: Ligamiento multiplex-dependiente de amplificación de sonda 
MS: Metilación 
NT: Nucleótidos 
PC: Perímetro cefálico 
PCR: Reacción en cadena de la polimerasa 
PEATC:Potenciales evocados auditivos de tallo cerebral 
RPH: Relative peak height (altura relativa del pico) 
RT: Transcriptasa reversa 
SMA: Atrofia muscular espinal 
SNP: Polimorfismos de un solo nucleótido 
VACTERL: Acrónimo, defectos vertebrales, atresia anal, cardiacos, fistula 
traqueoesofágica, renal y defectos de extremidades 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Especialidad	
  en	
  Genética	
  Médica	
  
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5. Marco teórico 
5.1 Anomalías congénitas 
La dismorfologia es el término utilizado para describir el estudio de las anomalías 
congénitas. El nacimiento de un niño con anomalías congénitas únicas o múltiples 
es una fuente de estrés para la familia y el equipo sanitario, (Repetto, 2012). 
5.2 Epidemiología de las anomalías congénitas 
Las anomalías congénitas (AC) son defectos relativamente comunes, afectan al 3% 
a 5% de los recién nacidos vivos en Estados Unidos y en Europa 2.1%. (Fatema et 
al., 2011). Las AC representan el 8% a 15% de las muertes perinatales, y del 13% a 
16% de las muertes neonatales en la india. Principal causa de mortalidad infantil en 
Estados Unidos, (Fatema et al., 2011). La morbilidad y discapacidad tienen un 
impacto mayor en salud pública. 
Representan un alto costo de servicios de salud para la familia y el estado, ya 
que por ejemplo están presentes en 30% de las hospitalizaciones en salas 
pediátricas y su porcentaje es mayor en unidades de cuidados intensivos 
neonatales 
Ocupan el primer lugar de mortalidad durante el primer año de vida y 
posteriormente el tercero, después de los accidentes y neoplasias. 
Los tipos más comunes de anomalías incluyen entre muchos otros, las cardiopatías 
congénitas, labio y paladar hendido y los defectos del tubo neural, (Repetto, 2012). 
Se estima que un diagnóstico definitivo se alcanza en solo aproximadamente el 20-
50% de los niños con ACM, (Repetto, 2012). 
El mayor impacto de las malformaciones congénitas ocurre en las perdidas 
gestacionales. Existe una relación inversamente proporcional de defectos 
congénitos con la edad gestacional (2.7% a término vs 5.9% en prematuros), en 
prematuros el riesgo se incrementa significativamente con menor edad 
gestacional (9.3%). 
5.3 Clasificación de las anomalías congénitas 
Las AC se clasifican usualmente desde cuatro enfoques diferentes que se señalan 
en la Figura 1. 
5.3.1 Clasificación en base a su severidad 
Anomalías mayores. Son aquellas que tienen un efecto adverso sobre la salud, 
desarrollo o capacidad funcional y están presentes al nacimiento (Fatema et al., 
2011). Es decir son aquellas que requieren tratamiento quirúrgico o medico a causa 
de las consecuencias funcionales o cosméticas. El 2-3% de los recién nacidos tienen 
anomalías congénitas mayores (Repetto, 2012). 
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Figura 1. Diferentes clasificaciones de las anomalías congénitas según su abordaje. 
Fuente: Modificado de Corona-Rivera y Ramírez-Dueñas (2013). 
Anomalías menores. También llamadas errores leves de la morfogénesis. No son 
de importancia médica tienen un efecto cosmético para el paciente. La presencia de 
múltiples anomalías menores deben alertar al médico por la probable presencia de 
una malformación mayor (Merks et al., 2003). Estudios de población sobre 
anomalías menores mostraron que la presencia de tres o más anomalías menores 
en un recién nacido hace que el neonato sea más propensos a tener un 
malformación mayor. Se subclasifican en: 
a) Anomalías menores verdaderas 
b) Variantes comunes. 
5.3.2 Clasificación en base a su presentación 
Anomalías Únicas. Son aisladas y no sindrómicas. 
Patrón de anomalías múltiples. Las anomalías congénitas múltiples, implican 
defectos menores o mayores con un patrón especifico de anomalías. Se 
subclasifican en secuencias, asociaciones, espectro, síndrome y anomalías 
congénitas múltiples no clasificadas. 
a) Secuencia: Grupo anomalías en cascada, resultante de un solo defecto inicial 
en la morfogénesis. Por ejemplo la secuencia Robín (micrognatia, glosoptosis 
y dificultad respiratoria con sin paladar hendido, (Repetto, 2012). 
b) Síndrome: Es un patrón reconocible de anomalías con un etiología 
subyacente común. Los síndromes pueden ser reconocidos en el periodo en 
Especialidad	
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alrededor del 25% de los recién nacidos evaluados por anomalías congénitas 
(Repetto, 2012). 
c) Asociación: Grupo de anomalías congénitas que se producen con una mayor 
frecuencia de lo esperado por la causalidad, pero sin una etiología común 
conocida. Por ejemplo la asociación VACTERL que incluye defectos 
vertebrales, atresia anal, defectos cardiacos, fistula traqueo-esofágica, renal y 
defectos de extremidades, (Repetto, 2012). 
d) Espectro: Comprende entidades con múltiples anomalías que muestran gran 
variabilidad clínica, como el espectro oculoauriculovertebral que puede tener 
afección prácticamente en todas las áreas del organismo. 
e) Anomalías congénitas múltiples no clasificadas. Ver más adelante. 
5.3.3 Clasificación en base a su patogenia 
Malformaciones: Resultado de un defecto intrínseco del desarrollo de un 
órgano, o de una región corporal, debido a una morfogénesis incompleta, 
redundante y aberrante. Las malformaciones son anormalidades intrínsecas de la 
blastogénesis u organogénesis, afectando morfogenéticamente la unidad reactiva 
del embrión, (Gilbert et al., 2014). Las malformaciones que se producen durante los 
primeros 28 días de desarrollo son defectos de blastogénesis, durante la 
gastrulación, cuando el embrión constituye un campo del desarrollo primario. Las 
anomalías de organogénesis se producen durante la 4 a 8 semanas del desarrollo. 
Los defectos de blastogénesis son más severos que los de organogénesis. Los 
defectos de blastogénesis son anomalías multisistémicas o defectos de campo 
politópico, frecuentemente letal; los defectos de organogénesis son más localizados, 
son defectos del campo monotópico, menos letal, como el paladar hendido, (Gilbert 
et al., 2014). 
Con base a mecanismos ontogénicos existen tres principales clases de 
malformaciones: a) por morfogénesis incompleta, b) por morfogénesis redundante y 
c) por morfogénesis aberrante. 
La morfogénesis incompleta es la clase más común de malformaciones e implica 
una detención total o parcial del desarrollo y por lo tanto produce agenesia o 
hipoplasia de diferentes órganos o tejidos 
Deformaciones: Se producen por fuerzas mecánicas que distorsionan las 
estructuras por lo demás normales, lo que resulta de factores maternos o fetales, 
que se producen en cualquier momento en la gestación (Merks et al., 2003). Causas 
maternas como malformaciones uterinas y oligodramnios. Fetales como el pie 
equinovaro y artrogriposis por distrofia miotonica y mielomeningocele. (Gilbert et al., 
2014). 
Disrupciones: Son defectos estructurales causados por la interferencia del 
desarrollo genéticamente normal de los primordios, resultado de eventos de varios 
orígenes, por ejemplo enfermedades vasculares, teratógenos, infecciosas o de 
origen mecánico, (Merks et al., 2003). 
Especialidad	
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  Genética	
  Médica	
  
	
  
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Displasia: Resulta de una histogénesis anormal (Merks et al., 2003), defecto 
estructural que resulta de una organización celular anormal o función alterada. 
Genes mutados que afectan vías intracelulares o metabólicas intermedias. Las 
displasias pueden ser metabólicas y no metabólicas. Ejemplo de displasia no 
metabólica son el síndrome Beckwith-Wiedemann, neurofibromatosis, esclerosis 
tuberosa, von Hippel-Lindau, Cowden, síndrome Proteus, MEN, síndrome Pallister- 
Hall y síndrome Marfan. Displasias metabólicas como síndrome Zellweger y 
síndrome Smith- Lemli-Opitz, (Gilbert et al., 2014). 
5.3.4 Clasificación en base a su etiología 
Monogénica. Representan el 10 -15% 
Cromosómicas. Representanel 5 -10% de los casos de anomalías congénitas. 
Infecciones o teratógenos. Representan el 10% 
Poligénica / multifactorial. Representa el 30 - 40% 
Desconocida. Representa el 30 - 50% 
6. Niños con anomalías congénitas múltiples 
El término de anomalías congénitas múltiples (ACM) se aplica usualmente a niños 
con dos o más anomalías mayores o tres o más anomalías menores. Las ACM se 
definen como dos o más anomalías mayores, con la exclusión de las secuencias y 
síndromes, (Garne et al., 2011) Si se encuentra una etiología o diagnóstico para 
dicho patrón de ACM, se sustituye éste término por el correspondiente diagnóstico, 
v. gr. síndrome Down, asociación VACTERL, otros. Por lo anterior, el término de 
ACM se reserva para aquellos casos en que no se encuentra un diagnóstico o una 
etiología que explique dicho patrón de anomalías, por lo que también son llamados 
polimarformados en sentido estricto o sin diagnóstico. 
Los defectos al nacimiento afectan de 3 a 5% de todos los recién nacidos en 
Estados Unidos; el 0.7-1% de todos los recién nacidos, tienen ACM o síndrome, 
(Repetto, 2012). De acuerdo a la base de datos de la EUROCAT en un estudio de 
17,733 casos de anomalías congénitas mayores, se encontró que el 7% tienen ACM, 
15% anomalías cromosómicas, 2% síndromes monogénicos y 76% como anomalías 
congénitas aisladas, (Garne et al., 2011). 
ACM son causadas por aberraciones cromosómicas, mutaciones genéticas y 
factores teratógenicos, (Czeizel et al., 2008). 
Aproximadamente el 40 – 60 % de las anomalías congénitas no tiene un origen 
conocido. El 20% son resultado de factores genéticos y ambientales. 7.5% son 
causados por mutaciones en un único gen, 6% son causados por anomalías 
cromosómicas y 5% son causados por enfermedad materna. 
El riesgo de recurrencia de ACM es de 5%. 
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7. Discapacidad intelectual en niños 
La discapacidad intelectual (DI) es un trastorno de inicio en el periodo de desarrollo 
que caracteriza por limitaciones en la inteligencia y las habilidades de adaptación, en 
los dominios conceptual, social y practico (DSM-V). El inicio de la discapacidad debe 
ocurrir antes de los 18 años. De acuerdo al manual diagnóstico y estadístico de los 
trastornos mentales la discapacidad intelectual se define como un IQ de 70 o menos, 
en una prueba estandarizada de inteligencia y aplicada individualmente. El término 
sustituye y mejora el antiguo término de retraso mental. 
El termino retraso global del desarrollo se utiliza generalmente para describir a los 
niños menores de 5 años que no cumplan los hitos de desarrollo esperados y tienen 
déficit en múltiples áreas de funcionamiento. 
La prevalencia de la discapacidad intelectual se estima en 7.5 por cada 1000 
individuos de la población general. Es dos veces más común en los hombres en 
comparación con las mujeres. El riesgo de recurrencia de la discapacidad intelectual 
en las familias con antecedente de un niño con discapacidad intelectual grave es de 
3 al 9%. La mayoría de los individuos tienen intelectual leve la discapacidad y la 
causa general no se identifica. Un pequeño porcentaje de los individuos tienen 
déficits severos y necesitarán apoyos de toda la vida, (Patel et al. 2011) 
En Europa central, el gasto de la atención sanitaria en la DI según la clasificación 
internacional de enfermedades (CIE) representa representa el 8% del coste, 
superando los gastos que se relacionan con otras categorías de la CIE. Además el 
impacto en la persona y la sociedad, la discapacidad suele crear grandes desafíos 
para los miembros sanos de la familia, que a menudo tienen que proporcionar una 
amplia atención y a veces experimentan una importante restricción de la libertad 
personal, (Rauch et al. 2006). 
Aunque el conocimiento de la etiología de la DI por lo general no permite un 
tratamiento, es útil para el manejo de la enfermedad, así como para la aceptación de 
la discapacidad, la conexión con otros padres y grupos de apoyo. El diagnostico 
causal proporciona un alivio emocional significativo y duradero para los padres, 
(Rauch et al. 2006). 
Los siguientes 3 criterios deben cumplirse: 
a) Déficits de las funciones intelectuales, como razonamiento, resolución de 
problemas, planificación, pensamiento abstracto, juicio, aprendizaje 
académico y el aprendizaje de la experiencia. Confirmada por la evaluación 
clínica y la prueba estandarizada de inteligencia individualizada. 
b) Déficit en la función adaptativa, tales como la comunicación, participación 
social y la vida independiente, en diferentes medios como el hogar, la 
escuela, el trabajo y la comunidad. 
c) El inicio de las deficiencias intelectuales y de adaptación durante el periodo 
de desarrollo. 
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De acuerdo a la severidad la discapacidad intelectual se clasifica, (Escala de 
Inteligencia de Wechsler): 
1. Leve: Coeficiente intelectual en rangos de 50-55 a 70, representa el 85% de 
los casos 
2. Moderada: Coeficiente intelectual en rangos de 35-49 a 50-55, está presente 
en el 10% de casos 
3. Severa: Coeficiente intelectual en rangos de 20-25 a 35-40, presente en el 4% 
de los casos 
4. Profunda: Coeficiente intelectual menor que 20-25 Presente en el 1% de 
casos 
La DI también se clasifica en sindromatica y no sindromatica. La DI sindromica, los 
pacientes presentan una o múltiples características clínicas o comorbilidades 
además DI. La DI no sindromica definida por la presencia por la presencia de DI 
como la única característica clínica, (Kaufman et al. 2010). 
7.1.1. Etiología de la discapacidad intelectual 
DI puede ser causada por factores ambientales y/o genéticos. Sin embargo, hasta el 
60% de los casos, no hay causa identificable. La exposición ambiental a 
determinados teratógenos, los virus, la radiación pueden provocar DI, el traumatismo 
craneoencefálico o la falta de oxígeno al cerebro, explican algunos casos de DI no 
sindromica, (Kaufman et al. 2010). El cromosoma X ha sido un objetivo en muchos 
estudios en busca de las causas de DI no sindromatico debido a la mayor afectación 
de hombres que mujeres, hay aproximadamente 40 genes que se sabe causan DI 
no sindromatica y el 80% de ellos residen en el cromosoma X, algunos de estos 
genes causan DI sindromatica y DI no sindromatica, (Kaufman et al. 2010). 
1. Causas genéticas. Las causas genéticas de la DI están presentes en el 25-
50% de los casos, aunque este porcentaje aumenta con la gravedad, 
(Kaufman et al. 2010). La DI es causado por alteraciones cromosómicas, 
microdeleciones (Un 10% de los pacientes con DI son portadores de 
microdeleciones o duplicaciones), variaciones en el número de copias, 
anormalidades en la codificación de un gen y DI asociada al cromosoma X. 
Algunos ejemplos de enfermedades genéticas son el síndrome Down, 
síndrome X frágil, y la fenilcetonuria. 
2. Causas gestacionales. La DI puede resultar cuando el bebé no se desarrolla 
correctamente dentro de la madre. Por ejemplo, Una mujer que bebe alcohol 
o tiene una infección como rubéola durante el embarazo también puede tener 
un bebé con DI. 
3. Causas perinatales. Por ejemplo la encefalopatía hipoxico isquémica. 
4. Problemas de salud. Enfermedades como la tos ferina, el sarampión o 
meningitis pueden causar DI. También pueden ser causada por desnutrición 
extrema, o por la exposición a sustancias tóxicas como el plomo o el 
mercurio. 
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El rendimiento de las pruebas genéticas en la identificación de causas genéticas de 
DI varía del 2 a 7%. 
8. Ligamiento multiplex-dependiente de amplificación de sonda (MLPA) 
La técnica de amplificación de sondas dependientes de ligandos múltiplex (MLPA, 
por sus siglas en Inglés) fue desarrollada Schouten et al., (2002) en un centro de 
investigación de Microbiología en Holanda. 
Es un método de PCR multiplex, que permite que en una misma reacción se pueda 
detectaranormalidades en el número de copias de hasta 50 secuencias genómicas 
diferentes de DNA o ARN, es capaz detectar secuencias que difieren en solo 
nucleótido. Es relativamente fácil de realizar ya que únicamente requiere un 
termociclador y un equipo de electroforesis. La técnica de MLPA se basa en una 
primera reacción de unión-ligación de sondas con la zona homologa de interés, solo 
las sondas que hayan hibridado podrán ser ligadas y posteriormente amplificadas 
por PCR. Mediante el análisis de fragmentos y aprovechando la diferencia de 
tamaño de cada una de las sondas, se podrán identificar aberraciones en el número 
de copias genómicas. Hasta 96 muestras se pueden procesar al mismo tiempo, con 
resultados en 24 horas. 
La técnica MLPA posee muchas aplicaciones, incluyendo la detección de 
mutaciones, el diagnóstico molecular de enfermedades genéticas caracterizadas por 
la presencia de metilación anormal del ADN, la cuantificación relativa de ARNm, la 
detección de variaciones en el número de copias del genoma, la detección de 
duplicaciones y deleciones de genes específicos, determinación de aneuploidias, 
MLPA posee un gran potencial para el diagnóstico prenatal. 
8.1 Ventajas de MLPA para el estudio genético 
MLPA ofrece múltiples ventajas respecto a otras técnicas que existen en el mercado 
para la detección de alteraciones en el número de copias genómicas. Las técnicas 
inicialmente desarrolladas para la detección de mutaciones puntuales, como la 
secuenciación y la cromatografía liquida de alta eficacia desnaturalizante (DHPLC), 
generalmente no logran detectar cambios en el número de copias. El análisis 
Southern pone de manifiesto muchas aberraciones pero no siempre detecta 
pequeñas deleciones. La reacción en cadena de la polimerasa PCR detecta 
amplificaciones y deleciones bien caracterizadas (se utiliza cuando se conoce el sitio 
exacto de la mutación), pero el punto exacto de interrupción de la mayoría de las 
deleciones se desconoce. Al comparar MLPA con hibridación in situ fluorescente 
(FISH), la MLPA no solo representa una técnica multiplex sino que también permite 
identificar aberraciones que resultan demasiado pequeñas (50-70 nt) para ser 
detectadas por FISH. Finalmente al cotejarla con hibridación genómica comparada 
(CGH array), MLPA es una técnica de bajo costo y sencilla porque solo requiere de 
un termociclador y un equipo de electroforesis. MLPA no es útil para el cribado de 
todo genoma. Motivos por los cuales debe considerarse a la MLPA como la primera 
alternativa en estudio genético de enfermedades que van desde las clásicas 
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(Duchene, síndrome DiGeorge, SMA), a las más raras (pancreatitis hereditaria, 
deficiencia de antitrombina) (Tabla 1). 
Al principio, la detección de deleciones/duplicaciones de genes se basaba 
principalmente en el uso de Southern Blot y técnicas de FISH. Sin embargo, ambos 
métodos consumen mucho tiempo y tienen un bajo rendimiento y no son capaces de 
detectar pequeños reordenamientos intragénicos. 
El estudio MLPA representa el estándar de oro para el análisis molecular de todas 
las patologías derivadas de la presencia de variaciones en el número de copias de 
varios genes, (Stuppia et al., 2012). 
MLPA, es una técnica semicualitativa, capaz de determinar ganancias o pérdidas en 
el número de copias de regiones genómicas específicas. Algunas de sus 
características son su fácil aplicación y bajo costo (Caceres et al., 2011). 
Debido a su bajo costo, confiabilidad y facilidad de aplicación se ha convertido en 
una técnica muy popular para la investigación, identificación de alteraciones 
cromosómicas y como herramienta de diagnóstico, (González et al., 2008). 
Tabla 1. Comparación entre MLPA y otros métodos para la detección de 
deleciones/duplicaciones. 
METODO VENTAJAS DESVENTAJAS 
MLPA • Detecta pequeños 
reordenamiento 
• Hasta 40 objetivos 
• Alto rendimiento 
• Bajo costo 
• No se puede detectar la pérdida 
neutral de copias de heterocigosidad. 
• Puede tener problemas con 
mosaicismo, la heterogeneidad en 
tumores, o contaminación con las 
células normales. 
FISH • Detecta 
reordenamientos 
equilibrados 
• Detecta 
mosaicismo 
• Detecta la 
heterogeneidad del 
tumor 
• Puede cuantificar 
varias copias 
• No se puede detectar la pérdida 
neutral de copias de heterocigosidad. 
• No se puede detectar 
reordenamientos pequeñas (por 
ejemplo, deleciones <100 kb o 
duplicaciones> 500 kb). 
• Número limitado de objetivos y 
rendimiento. 
PCR Cuantitativa • Detecta pequeños 
reordenamientos e 
incluso mutaciones 
puntuales 
• Pueden cuantificar 
varias copias 
• Optimización y eficiencia de prueba es 
una preocupación. 
• Número limitado de objetivos. 
• Puede tener problemas con 
mosaicismo, la heterogeneidad del 
tumor, o contaminación con las células 
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• Bajo costo normales. 
Southern blot • Detecta pequeños 
reordenamientos 
• Detecta 
mosaicismo 
• No se puede detectar la pérdida 
neutral de copias de heterocigosidad. 
• No cuantitativa. 
• Laborioso y lleva mucho tiempo 
• Número limitado de objetivos y 
rendimiento. 
CGH array • Puede detectar 
muy pequeñas 
reordenaciones 
• Puede investigar el 
genoma completo 
• Bajo costo por 
punto de datos 
• No se puede detectar la pérdida 
neutral de copias de heterocigosidad 
• Costosos equipos y reactivos 
• Bajo rendimiento 
SNP array • Puede detectar 
pérdida neutra 
copia o 
heterocigosidad 
• Puede investigar el 
genoma completo 
• Bajo costo por 
punto de datos 
• No se puede detectar 
reordenamientos pequeñas (por 
ejemplo, deleciones o duplicaciones 
<100 kb). 
• Costosos equipos y reactivos 
• Bajo rendimiento 
 Fuente: Tomado de Stuppia et al. (2012). 
 
8.2. Ensayo de MLPA 
La sonda de MLPA consiste en dos sondas de oligonucleótidos. Cada locus 
amplificable por PCR consiste en dos hemisondas, cada una de las cuales contiene 
la mitad de la secuencia blanco, fragmento primer variable en tamaño y unos de los 
primer necesarios para la amplificación. Una diferencia entre la MLPA y la PCR 
multiplex estándar, la MLPA utiliza un único par de primer para amplificar todas las 
secuencias. El resultado de la amplificación de productos de KIT SALSA MLPA está 
en rangos de entre 130 – 480 nt (nucleótidos), en longitud y puede ser analizado por 
electroforesis capilar. 
La reacción de MLPA se puede dividir en cinco pasos: (1) desnaturalización del ADN 
y la hibridación de sondas de MLPA; (2) reacción de ligación; (3) amplificación por 
PCR; (4) la separación de los productos de amplificación por electroforesis; (5) el 
análisis de datos, (Figura 2). 
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Figura 2. Pasos de la reacción de MLPA. Fuente: MRC Holland™. 
En el primer paso, el ADN se desnaturaliza y se incuba con una mezcla de sondas 
de MLPA. Cada sonda de MLPA consiste de dos oligonucleótidos separados, las 
dos sondas de los oligonucleótidos hibridan inmediatamente junto a las secuencias 
blanco, solo cuando las dos sondas hibridan en las zonas blanco pueden ser ligadas 
durante la reacción de ligación. Solo las sondas ligadas pueden ser amplificadas por 
PCR, una de las sondas del par de primer está marcada con fluorescencia. Los 
productos de amplificación son separados usando electroforesis capilar. Las sondas 
de oligonucleótidos que no se ligan no pueden ser amplificadas por lo que no 
generan una señal. La eliminación de sondas que no ligan es innecesaria lo que 
hace de la MLPA una técnica sencilla. El análisis se realiza mediante la medición de 
los picos o áreas de fluorescencia comparándolo con muestras de ADN control. Por 
lo tanto, el MLPA solo utiliza un par de primers para la amplificación, mientras que la 
PCR múltiplex típica requiere el uso de primers de PCR específicos para cada 
secuencia diana. 
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Las dos etapas principales de un análisis MLPA son la normalización y la inferencia 
de alteraciones en el número de copias. Normalización para controlar la variación de 
la eficiencia de la PCR se hace a través del uso de sondas control. El método más 
simple de normalización, determina la señal normalizada de cada sonda en una 
muestra dada dividiendo la intensidad máxima por la suma de todas intensidades de 
pico de la muestra. Este método fue inicialmente propuesto y recomendado por 
MRC-Holand. Porcentajes inferiores a 0,7 se consideran pérdidas y relaciones de 
más de 1.33 son ganancias en el número de copias. 
MLPA se basa en comparación de intensidades de los picos de las diferentes 
sondas entre la muestra estudiada y las muestras de control, (González et al. 2008). 
Pocos métodos se han desarrollado para detectar CNV (variaciones en el número de 
copias) a partir de datos de MLPA, algunos de los que se ofrecen como Coffalyser 
que es el software más utilizado, un programa basado en Excel capaz de realizar 
todos los pasos de normalización de datos y correcciones para la señal pendiente. 
Se recomienda el Coffalyser por su facilidad de uso, el software requiere una licencia 
Microsoft de Office para operar y, no incorpora los últimos adelantos en el análisis de 
los datos de MLPA (Caceres et al., 2011). Más recientemente, Van Eijk et al. 
desarrolló MLPAinter, una herramienta para la visualización y el control de calidad 
de los datos MLPA. Una herramienta especialmente útil para manejar una gran 
cantidad de muestras. 
MLPAstats es una herramienta para evaluar la significancia de la diferencia de los 
picos entre casos y controles. Considerando una ganancia relativa (1), la pérdida de 
(-1) o sin cambio (0). 
8.3 Variaciones de la MLPA 
Pocas variaciones de MLPA se han desarrollado, como la RT-MLPA (Transcriptasa 
reversa MLPA), se utiliza para el perfil de ARNm, para la detección de ARNm de 
diversos genes de la apoptosis y la inflamación. La RT-MLPA ofrece varias ventajas 
en comparación con otras técnicas de perfiles de expresión (Transferencia Northerm, 
PCR en tiempo real y microarrays). En primer lugar permite el rápido procesamiento 
de numerosas muestras en una PCR estándar de formato de 96 pocillos. En 
segundo lugar el análisis de RT-MLPA es sencilla y aporta información cuantitativa 
sobre el tamaño medio del gen. Aunque la cantidad preferida de muestra de ARN es 
de 20 a 200 ng, RT-MLPA se ha utilizado con éxito en poca muestra, 5-10 ng. 
La MS-MLPA (MLPA de metilación) es otra variación de la MLPA que se utiliza para 
la cuantificación del número de copias y perfiles de metilación. Es un método 
semicuantitativo para perfiles de metilación, en la que la detección del número de 
copias se combina con el uso de una enzima de restricción sensible a la metilación, 
es ampliamente utilizado en la detección de alteraciones epigenéticas. Útil para la 
detección de enfermedades de impronta como síndrome Angelman, Prader Willi y 
Beckwith Wiedemann. En el análisis de errores de metilación en muestras de 
tumores, para examinar la inactivación transcripcional de genes supresores de 
tumores que pueden dar lugar a la progresión del tumor o la resistencia a los 
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agentes quimioterapicos. La detección de patrones de metilación aberrantes, se 
puede utilizar para examinar el tipo de tumor más de cerca. 
8.4. Limitaciones de la técnica de MLPA 
Se requieren entre 100 a 200ng de muestra de ADN para obtener resultados 
confiables y reproducibles. Las reacciones de MLPA son más sensibles a 
contaminantes y a la degradación del ADN que la PCR convencional. La detección 
de deleciones que implican un solo exón deben ser analizadas por otro método. 
Puede ser capaz de discriminar mutaciones puntuales conocidas. En comparación 
con FISH el MLPA no puede ser utilizado para estudiar células individuales. No 
detecta mosaicos. MLPA es también incapaz de detectar reordenamientos 
equilibrados, ya que esta técnica se basa en la comparación de cantidades de ADN 
de un paciente frente a un control. 
Actualmente existen en el mercado más 300 sondas dedicadas al estudio de 
distintas enfermedades. 
8.5 Aplicaciones de la MLPA 
Trastornos Neuromusculares. Varios tipos de trastornos neuromuscular heredados 
son debidos a deleciones o duplicaciones de genes específicos. Entre estos, 
Distrofinopatias (distrofia muscular de Duchenne y Distrofia Muscular Becker), atrofia 
muscular espinal (SMA) y la neuropatía hereditaria de Charcot Marie Tooth 
representan una gran parte de las enfermedades neuromusculares. 
Análisis del gen SHOX. El gen SHOX, asignado en la Región pseudoautosómica de 
los cromosomas X e Y, está implicado en la regulación del crecimiento y se relaciona 
con diferentes enfermedades como el síndrome de Turner (TS), estatura corta 
idiopática (ISS), discondrosteosis de Leri Weill (LWD) y la enfermedad de Langer 
(LS). La mayoría de las mutaciones que causan deficiencia de SHOX están 
representadas por deleciones dentro de la región codificante de este gen. Los 
principales enfoques utilizados originalmente para la detección de deleciones eran 
FISH o el análisis de microsatélites, que son estudios no útiles para su aplicación en 
un programa de cribado, y también teniendo en cuenta que la baja estatura es una 
condición muy común que afecta a aproximadamente 3 % de la población. El 
estándar de oro para la detección de deleciones en SHOX es el MLPA. El MLPA es 
capaz de detectar diferentes reordenamientos del gen SHOX (incluyendo pequeñas 
deleciones intragénicas no detectables por el análisis FISH) 
Diagnóstico prenatal. MLPA es una prueba rápida, flexible, sensible y robusta para la 
detección prenatal de aneuploidías. Van Opstal et al. Informo de un estudio 
prospectivo sobre 4.000 muestras utilizando MLPA para detectar aneuploidías de 13, 
18, 21, X e Y cromosomas, obteniendo 3932 concluyentes (98,3%) y 68 (1,7%), los 
resultados no concluyentes. 
El estudio MLPA parece ser un buen candidato para reemplazar el análisis FISH de 
interface para la detección de aneuploidías cromosómicas más comunes, aunque el 
cariotipo sigue siendo el estándar de oro para el diagnóstico prenatal completo. 
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Cáncer. Varios estudios han investigado la utilidad del análisis MLPA en el estudio 
molecular de diferentes formas de cáncer. Las tres principales aplicaciones del 
estudio MLPA en este campo son: análisis de deleciones / duplicaciones en la línea 
germinal en los genes relacionados con cánceres hereditarios; el análisis de 
deleciones / duplicaciones somáticas en los genes implicados en la progresión de la 
enfermedad y a la respuesta a la terapia; análisis de la metilación del ADN como un 
mecanismo de inactivación de los genes supresores de tumores. 
8.6. MLPA en pérdidas o ganancias genómicas o cromosómicas 
En niños con ACM y/o DI la técnica de MLPA ha resultado de utilidad para identificar 
péridas o ganancias genómicas a nivel subtelomérico o bien para la identifación de 
microdeleciones en síndromes tanto comunes (v. gr. síndrome Prader-Willi, Williams, 
otros) como de díficil reconomiento clínico (microdeleción 2p16, microdeleción 
17q21, otros). 
 
8.7. MLPA y anomalías congénitas múltiples 
Las anomalías congénitas múltiples afectan aproximadamente al 3% de los recién 
nacidos. La capacidad del cariotipo convencional para detectar anomalías 
cromosómicas en los recién nacidos varía considerablemente del 3 a 15%. Usando 
FISH, GWAS y MLPA casi duplica la tasa de detección de anomalías cromosómicas 
en ACM/DI. El GWAS solo detecta solo detecta el 99% de todas las alteraciones 
cromosómicas, por tanto se considera que el GWAS debe sustituir al cariotipo 
convencional, pero su alto costo hace difícil su implementación. Por tanto la MLPA 
por su bajo costo, rapidez hace que sea una alternativaviable en estos pacientes 
con ACM/DI. 
8.8. MLPA y discapacidad intelectual 
DI es un problema común que afecta aproximadamente al 1-3% de la población, 
pero varia en diferentes estudios de 1 a 10%. La causa de la discapacidad 
intelectual sigue siendo desconocida hasta en el 80% de los pacientes, (Rauch et al. 
2006). Se estima que la mitad de los casos se deben a factores genéticos, las 
aberraciones cromosómicas la causa más común. Varios métodos basados en FISH, 
PCR, array y estudios del genoma completo ha sido desarrolladas en los últimos 
años para aumentar la tasa de detección de aneusomias inicialmente de las 
regiones subtelomericas, (Rauch et al. 2006). La MLPA es una técnica rápida, fácil 
de interpretar y rentable, sigue siendo el método de elección para el cribado de 
grandes cohortes de pacientes con DI en países en desarrollo. 
Los reordenamientos subtelomericos submicroscopicos han sido durante mucho 
tiempo implicados en la etiología de la DI no sindromatica. Estos reordenamientos 
incluyen deleciones, translocaciones equilibradas y otras aberraciones que no 
pueden ser vistas bajo el microscopio. Las regiones subtelomericas son un foco 
análisis para los reordenamientos subtelomericos, como la densidad de genes en 
esta región es mayor que en el resto del genoma, (Kaufman et al. 2010). 
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Aproximadamente la mitad de las aneusomias segmentarias implican regiones 
subtelomericas y terminales de los cromosomas. Los reordenamientos 
subtelomericos han demostrado ser causa significativa de DI en muchos estudios 
cromosómicos y se cree que son responsables de 3-6% de los casos, y 
aproximadamente el 50% de ellos son hereditarios, (Kaufman et al. 2010). 
El numero genes cuyo defecto puede dar lugar a discapacidad intelectual es grande. 
En algunos casos las características fenotípicas sugieren la implicación de un gen o 
región cromosómica. Sondas de MLPA se encuentran disponibles para encontrar la 
causa del retraso mental sindromatico, tales como síndrome Rett, Sotos, Prader-
Willi/Angelman. Para los pacientes con discapacidad intelectual no sindromatico la 
causa genética se encuentra en una minoría. Por lo general la detección primaria se 
realiza mediante cariotipo, cuando no se detecta anomalía se sugiere el uso de las 
siguientes sondas: 
• SALSA Probemix MLPA P245 para síndromes de microdelecion (21 
síndromes de microdelecion distintos). 
• SALSA Probemix MLPA P036 para telomeros. 
 
8.9. Combinación de kits de MLPA de utilidad en el estudio de niños con 
ACM/DI 
Salsa MLPA P036 human telomere-3 probemix 
Aproximadamente el 3-8% de todos los casos de discapacidad intelectual es 
causado por variaciones en número de copias de regiones subtelomericas. Esta 
salsa MLPA P036 contiene una sonda MLPA para cada región subtelomerica y está 
diseñada para detectar deleciones y duplicaciones de regiones subtelomericas. Los 
cromosomas acrocentricos 13, 14, 15, 21 y 22, tienen más de 10 Mb de secuencias 
de repetidos. También incluye dos sondas no telomericas para secuencias 
especificas del cromosoma Y. Debido a un aumento en la frecuencia de variaciones 
en el número de copias (CNV) cerca de los telomeros en los individuos sanos, se 
recomienda investigar más a fondo cualquier anomalía detectada. Las deleciones y 
duplicaciones detectados por MLPA siempre deben ser confirmados por otros 
métodos. 
Salsa MLPA P070 human telomere-5 probemix 
Esta salsa contiene una sonda para cada región subtelomerica y está diseñada para 
detectar deleciones y duplicaciones subtelomericas. La mayoría de las sondas están 
diseñadas para un gen bien caracterizado cerca del telómero. Para la confirmación 
de resultados sonda MLPA P036 puede ser usada. No todas las deleciones y 
duplicaciones detectadas serán patogénicas, especialmente en el caso de 
subtelomericas. 
Salsa MLPA P245 síndromes de microdeleción 
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Desarrollada para el estudio de pacientes que presentan retraso en el desarrollo o DI 
inexplicable. Los resultados que sugieren una deleción o duplicación de origen 
cromosómico deben ser confirmados por otras técnicas o por sondas MLPA 
específicas. Está limitada a un número de sondas para cada región cromosómica 
específica y no detecta todas las posibles causas de los síndromes incluidos. Varios 
de estos síndromes de microdeleciones son de diagnóstico clínico difícil, por lo que 
este kit de MLPA constituye una importante herramienta para el diagnóstico. 
Tabla 2. Síndromes microdeleción detectados con la sonda P245 de MLPA. 
REGION	
  AFECTADA	
   TRASTORNO	
   HALLAZGOS	
  CLINICOS	
  
1p36	
   Síndrome	
  deleción	
  1p36	
   Discapacidad	
  intelectual,	
  hipotonía,	
  
disgénesia	
  cerebrales,	
  anomalías	
  congénitas	
  
del	
  corazón,	
  anomalías	
  visuales	
  y	
  fontanela	
  
anterior	
  amplia.	
  
2p16	
   Síndrome	
  deleción	
  2p16	
   Discapacidad	
  intelectual,	
  rasgos	
  autistas,	
  	
  
microcefalia	
  progresiva,	
  ptosis	
  palpebral	
  e	
  
hipoplasia	
  nervio	
  óptico	
  
2q23/MBD5	
  	
   Síndrome	
  microdelecion	
  2q23	
   Discapacidad	
  intelectual	
  grave,	
  hiperactividad,	
  
risa	
  inapropiada,	
  microcefalia,	
  talla	
  baja	
  y	
  
convulsiones	
  
2q33/SATB2	
   Síndrome	
  Glass	
   Discapacidad	
  intelectual,	
  microcefalia,	
  fisuras	
  
palpebrales	
  hacia	
  abajo,	
  dientes	
  apiñados,	
  
paladar	
  hendido	
  y	
  convulsiones	
  
3q29	
   Síndrome	
  microdelecion	
  3q29	
   Discapacidad	
  intelectual	
  de	
  leve	
  a	
  moderada,	
  
autismo,	
  marcha	
  atáxica,	
  microcefalia,	
  labio	
  y	
  
paladar	
  hendido	
  
9q22.3	
   Síndrome	
  Gorlin	
   Craneosinostosis	
  sutura	
  metopica,	
  
hidrocefalia	
  obstructiva,	
  convulsiones,	
  
calcificación	
  de	
  la	
  hoz	
  del	
  cerebro,	
  carcinoma	
  
de	
  células	
  basales	
  de	
  la	
  piel	
  y	
  hoyuelos	
  en	
  piel	
  
de	
  palmas	
  y	
  plantas.	
  
15q24	
   Síndrome	
  	
  microdelecion	
  15q24	
   Discapacidad	
  intelectual,	
  fisuras	
  palpebrales	
  
oblicuas	
  hacia	
  abajo,	
  hipotonía,	
  hernia	
  
diafragmática	
  y	
  ano	
  imperforado.	
  
17q21	
   Síndrome	
  Koolen	
  De	
  Vries	
   Discapacidad	
  intelectual	
  de	
  moderada	
  a	
  
severa,	
  hipotonía,	
  cara	
  alargada,	
  anomalías	
  
cardiacas	
  y	
  genitourinarias.	
  
22q13	
   Síndrome	
  Phelan-­‐	
  McDermid	
   Hipotonía	
  neonatal,	
  retraso	
  global	
  del	
  
desarrollo,	
  crecimiento	
  normal	
  o	
  acelerado,	
  
dolicocefalia	
  y	
  orejas	
  grandes.	
  
5p15	
   Síndrome	
  Cri	
  du	
  Chat	
   Llanto	
  característico,	
  fisuras	
  palpebrales	
  
oblicuas	
  hacia	
  arriba,	
  discapacidad	
  intelectual,	
  
microcefalia	
  y	
  micrognatia	
  
18	
  
Especialidad	
  en	
  Genética	
  Médica	
  
	
  
18	
  
	
  
22q11	
   Síndrome	
  Di	
  George	
   Leve	
  a	
  moderada	
  deficiencia	
  inmune,	
  
anomalía	
  cardiaca,	
  hipoparatiroidismo,	
  
anomalías	
  oculares	
  y	
  renales	
  y	
  paladar	
  
hendido.	
  
Región	
  distal	
  22q11	
   Síndrome	
  deleción	
  distal	
  22q11	
   Deficiencia	
  de	
  células	
  T,	
  arco	
  aórtico	
  
interrumpido,	
  estenosis	
  de	
  coanas,	
  
retrognatia,	
  orejas	
  pequeñas.	
  
10p15	
   Síndrome	
  Di	
  George	
  2	
   Defectos	
  septum	
  interventricular,	
  aneurismas	
  
septum	
  ventricular	
  y	
  defectos	
  del	
  tabique	
  
auricular.	
  
8q	
   Síndrome	
  Langer-­‐	
  Giodion	
   Discapacidad	
  intelectual,	
  exostosis	
  múltiple	
  
cartilaginosa,	
  nariz	
  bulbosa,	
  cabello	
  escaso	
  y	
  
micrognatia.	
  
17p	
   Síndrome	
  Miller-­‐Dieker	
   Lisencefalia,	
  hipoplasia	
  de	
  cuerpo	
  calloso,	
  
retraso	
  psicomotor,	
  micrognatia,	
  microcefalia,	
  
convulsiones.	
  
17q11.2	
   Síndrome	
  microdelecion	
  NF1	
   Retraso	
  psicomotor,	
  neurofibromasde	
  inicio	
  
temprano,	
  manchas	
  café	
  con	
  leche,	
  
microcefalia,	
  nódulos	
  de	
  Lisch	
  
15q11-­‐q13	
   Síndrome	
  Prader-­‐Willi/Angelamn	
   Hipotonía,	
  dificultad	
  para	
  succión,	
  
discapacidad	
  intelectual,	
  obesidad/	
  escasa	
  
coordinación	
  motriz,	
  problemas	
  de	
  equilibrio,	
  
ataxia,	
  estado	
  aparente	
  de	
  alegría.	
  
Duplicación	
  
MECP2/Xq28	
  	
  
Síndrome	
  Rett	
   Sexo	
  femenino,	
  discapacidad	
  intelectual	
  de	
  
leve	
  a	
  severa,	
  movimientos	
  estereotipados	
  de	
  
las	
  manos	
  
16p13.3	
   Síndrome	
  Rubinstein-­‐Taybi	
   Pulgares	
  anchos,	
  discapacidad	
  intelectual	
  
moderada	
  a	
  grave,	
  fisuras	
  palpebrales	
  
oblicuas	
  hacia	
  abajo	
  
17p11.2	
   Síndrome	
  Smith-­‐Magenis	
   Retraso	
  psicomotor,	
  alteraciones	
  de	
  
comportamiento,	
  hipotonía,	
  hiporreflexia,	
  
letargo	
  generalizado,	
  hiperactividad	
  e	
  
impulsividad.	
  
5q35.2-­‐q35.3	
   Síndrome	
  Sotos	
  5q35.3	
   Sobrecrecimiento,	
  	
  acromegalia,	
  discapacidad	
  
intelectual,	
  paladar	
  alto,	
  prognatismo	
  y	
  edad	
  
osea	
  	
  avanzada	
  
7q11	
   Síndrome	
  Williams	
   Hipercalcemia,	
  estenosis	
  de	
  la	
  aorta	
  
supravalvular,	
  hipertensión	
  e	
  iris	
  stellata	
  
4p16.3	
   Síndrome	
  Wolf-­‐Hirschhorn	
   Microcefalia,	
  puente	
  nasal	
  ancho	
  en	
  casco	
  
griego,	
  micrognatia,	
  asimetría	
  facial,	
  orejas	
  
grandes	
  y	
  protuberantes	
  
 Fuente: Modificado de Wilson y Cooley (2000). 
 
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9. Definición y planteamiento del problema 
Existe una gran cantidad de pacientes con ACM/DI en nuestro medio en los que no 
se ha llegado al diagnóstico, los cuales representan aproximadamente el 50% de 
casos. Un 3% a 8% de los casos de retraso mental son causados por variaciones en 
el número de copias de regiones telomericas. 
 
10. Pregunta de investigación 
¿Cuál es la frecuencia de detección de pérdidas o ganancias cromosómicas en 
pacientes con anomalías congénitas múltiples y discapacidad intelectual evaluadas 
mediante el uso combinado de kits de MLPA? 
11. Magnitud 
Los pacientes agrupados como con ACM/DI comprenden un grupo amplio y 
heterogéneo de enfermedades que afectan a aproximadamente el 3% de los recién 
nacidos. Un porcentaje estimado en más del 40-60% de pacientes con ACM/DI 
quedan sin un diagnóstico definitivo, con sus consecuentes implicaciones para estas 
familias durante el asesoramiento genético y la capacidad de cariotipo convencional 
para detectar anomalías cromosómicas en estos pacientes varía considerablemente, 
desde 3% hasta un 15%, dependiendo de la selección de los pacientes y la inclusión 
del síndrome de Down en las cohorte. Un 3% a 8% de los casos de ACM/DI son 
causados por variaciones en el número de copias de regiones subteloméricas y un 
número similar se explica por microdeleciones en otras regiones de los cromosomas. 
 
12. Antecedentes 
Cariotipo convencional detecta anomalías en 3 a 15% de los pacientes con 
anomalías congénitas múltiples. La MLPA proporciona una mayor detección que el 
cariotipo convencional, un menor coste que el estudio de asociación del genoma 
completo, GWAS. El GWAS detecta el 99% de todas alteraciones cromosómicas 
seguido del FISH, pero por su alto costo se hace difícil su aplicación, (Jehee et al., 
2011). 
La mayoría de las enfermedades hereditarias humanas se deben a alteraciones en 
la secuencia de ADN (mutaciones puntuales), deleciones o duplicaciones de genes 
representan una parte relevante (aproximadamente 5%) de todas las mutaciones 
causantes de enfermedades, y en algunos casos son los más causa frecuente de 
una enfermedad genética, (Stuppia et al., 2012). 
Estudio de Jehee et al. (2011), incluyó 261 individuos a los que se les realizo análisis 
de cariotipo y MLPA, revelaron desequilibrios cromosómicos en 87 (33,3%) 
pacientes. Cariotipo convencional detectó 17 de la anomalías (6,5%), mientras que 
MLPA identificó 83 (31,8%). En los pacientes con cariotipo normal, desequilibrios 
subtelomericos microscópicos se encontraron en 19 pacientes (7,3%), 11 de ellos 
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eran terminales o deleciones crípticas, y el resto eran translocaciones balanceadas 
57 (21.8%). 
Estudio de Pohovski et al. (2013) incluyo 150 pacientes con DI inexplicable con o sin 
rasgos dismorficos o anomalías congénitas. Utilizo dos kits de MLPA, P036, PO70 
para deleciones subtelomericas y el kit MLPA P245 para síndromes de 
microdelecion. El análisis subtelomerico con ambas sondas se realizó en todos los 
pacientes. En 21 (14%) se encontró que tenían desequilibrios cromosómicos, 11 
(7.3%) reordenamientos subtelomericos, 10 microdeleciones y 9 pacientes 
desequilibrios subtelomericos. En tres pacientes los desequilibrios fueron detectados 
por SALSA MLPA P036. De las 10 microdeleciones 5 correspondieron a síndrome 
DiGeorge, dos síndromes microdelecion 17q21.31, un síndrome microdelecion 
15q24, un síndrome Prader-Willi/Angelman y un síndrome Langer-Giedion. Todos los 
desequilibrios fueron verificados por kits MLPA de seguimiento, y es el primer 
estudio que utiliza kits MLPA para la confirmación y para establecer el tamaño 
aproximado de los desequilibrios. Pruebas confirmatorias con kits de MLPA en 
combinación con cariotipo de alta resolución y/o revisión de los hallazgos clínicos es 
en la mayoría de los casos suficiente para establecer el diagnostico. Varios estudios 
han demostrado la viabilidad de CGH array o MLPA como pruebas de primera línea 
en la detección desequilibrios cromosómicos constitucionales crípticos. La MLPA 
comparada con la CGH array es una técnica rápida, de bajo costo y una opción 
razonable para los pacientes con DI. En pacientes con DI y cariotipo normal la 
MLPA para cribado subtelomerico ha identificado desequilibrios patogénicos en 2.9 a 
5.3% de los pacientes. La incidencia de síndromes de microdelecion y 
microduplicación fue 6.6%, el síndrome Di George fue la alteración más frecuente, 
que se encuentra en el 3.3% de los pacientes y representa una cuarta parte de todas 
las aberraciones detectadas y va de acuerdo a otros estudios. En este estudio todos 
los pacientes fueron evaluados por genetista clínico y tenían un cariotipo de rutina 
normal. 
Estudio Mundhofir et al. (2013), incluye 436 pacientes con DI inexplicable, en los 
cuales utilizaron la SALSA MLPA P070 y P036 para desbalances subtelomericos. 
Los resultados anormales fueron confirmados con otros kits MLPA, FISH y SNP. 
Como resultado encontraron alteración subtelomerica en el 3.7% de los pacientes. 
Con la SALSA P070 se encontró deleción o duplicación subtelomerica en 23 de los 
436 pacientes. En 20 de estos pacientes la alteración fue confirmada por la SALSA 
P036, en tres casos no pudo confirmarse. La prueba a los padres fue posible en 8 de 
los 20 pacientes, puso de manifiesto una ocurrencia de novo en 5 casos. 
Concluyendo que los reordenamientos subtelomericos son una causa importante de 
DI. 
Estudio Wu et al. (2010), incluyo 451 niños chinos con moderado a severo retraso 
del desarrollo y DI inexplicable. Fueron evaluados con SALSA MLPA subtelomericas 
P070 y P036 y SNP array para determinar variaciones en el número de copias. 
Alteraciones subtelomericas fueron identificados en 23 pacientes, con una tasa de 
detección de 5.1%, 16 pacientes con deleción simple, 2 con duplicación y 5 con 
deleción y duplicación. La deleción más común fue la 4p16.3. Se realizó MLPA a los 
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padres de pacientes con alguna alteración subtelomerica, no encontrándose 
reordenamientos. 
Ahn et al. (2007), estudio 208 pacientes para la detección desequilibrios 
subtelomericos y validación de la técnica MLPA. 124 pacientes con diagnóstico 
previo de anomalías cromosómicas se utilizaron en el estudiode validación. Los 
casos de anomalías incluían trisomía 13, 18 y 21, delaciones, duplicaciones, 
anomalías en cromosomas sexuales y alteraciones submicroscopicas identificadas 
por FISH. Otros 84 pacientes para el estudio de detección desequilibrios fueron 
incluidos. Utilizo cuatro sondas de MLPA subtelomericas (MRC-Holland), P019, 
P020, P036 AY B y P069. Todas las muestras de los pacientes fueron probadas con 
una combinación de P019 + P020, P036 A/B y P069. Todas las anomalías 
subtelomericas identificadas por MLPA se probaron posteriormente utilizando 
sondas subtelomericas específicas del cromosoma de Abbott-Vysis o MP 
Biomedicals. Análisis FISH multisubtelomerico se llevó a cabo. Como resultado 
todas las regiones subtelomericas anormales conocidas fueron correctamente 
identificadas. En tres casos con anomalías conocidas, la anomalía solo se detectó 
por una de las dos sondas de MLPA. Un paciente quien había sido previamente 
diagnosticado con monosomia 2q37 mediante cariotipo con bandeo G mostro un 
numero normal de copias de esta región por MLPA. En un paciente se encontró una 
deleción por la técnica de MLPA, mientras que el estudio FISH resulto normal. 
Los resultados de validación mostraron que la técnica MLPA es altamente eficiente 
para la detección de desequilibrios subtelomericos, con intervalos de confianza del 
95%. 
Además en este estudio fueron evaluados 455 pacientes, MLPA subtelomericos 
detecto anormalidades en el número de copias en 27 (5,9%). En uno de ellos se 
encontró una duplicación (22q; 1 sonda) y deleción (9q; 2 sondas) que no habían 
sido detectados por el análisis cromosómico de bandas G. Tres resultados fueron 
confirmados posteriormente por otras técnicas, ya sea FISH o mediante pruebas de 
otros miembros de la familia. En 13 casos se encontró una deleción, tres de las 
cuales fueron intersticiales y duplicaciones en 15 casos, seis de las cuales fueron 
intersticiales. En seis casos se trató de una anomalía de novo. Siete casos se 
demostraron ser hereditarios. 
Por tanto en este estudio como en publicaciones anteriores en el uso de la MLPA 
para detectar desequilibrios subtelomericos recomienda el uso de dos sondas 
diferentes para identificar regiones subtelomericas anormales, ambas sondas 
necesarias para demostrar concordancia de un resultado anormal. Aunque algunos 
resultados tienen que ser confirmados por otras técnicas y algunos son heredados 
de los padres de apariencia normal y por lo tanto pueden ser hallazgos incidentales. 
Todos los resultados anormales se les realizo un seguimiento con FISH. En los 
casos en los que solo una sonda MLPA da resultado anormal, la confirmación por 
otra técnica se considera necesario antes de llegar a un diagnostico concluyente. La 
FISH es la primera prueba de seguimiento. La prevalencia de desequilibrios 
subtelomericos ha sido previamente reportado como entre 0 y el 10.7% por FISH y 
MLPA. 
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En conclusión la MLPA es una técnica extremadamente eficiente, y por motivos de 
rendimiento y costo tiene ventajas considerables sobre FISH. La CGH-array 
aumentara claramente la detección de anormalidades en pacientes con retraso del 
desarrollo, dismorfia y DI. Sin embargo por su mayor costo y en su sistema de salud 
financiado por estado es que poco probable su introducción, hasta entonces la 
MLPA representa el mejor método disponible para desequilibrios submicroscopicos. 
Erjavec et al. (2006), estudio 100 pacientes con DI y/o rasgos dismorficos, con el 
objetivo de identificar reordenamientos subtelomericos crípticos como causa de DI 
mediante la técnica FISH y su confirmación con MLPA y CGH array. Se estudiaron 
54 niñas y 46 niños de entre 0 a 19 años (media 3 años), los criterios de selección 
fueron DI de leve a moderada (CI <70) o retraso del desarrollo con rasgos 
dismorficos; cariotipo normal con un nivel de resolución > 450 bandas, excepto en un 
caso en el que se encontró material translocado utilizando FISH y una deleción 
subtelomerica; exclusión de otras posibles etiologías mediante una evaluación 
genética completa y las pruebas pertinentes, por ejemplo síndrome X frágil. Se 
analizaron un mínimo de 5 metafases para cada cromosoma, más de 10 metafases 
e interfaces se analizaron cuando se detectaron reordenamientos cromosómicos. La 
técnica MLPA se llevó a cabo utilizando el kit SALSA P036 (MRC Holland). La 
hibridación genómica comparativa se realizó también. En cuanto a los resultados se 
detectaron 11 aberraciones subtelomericas, la FISH revelo 10 reordenamientos 
subtelomericos, 4 pacientes con reordenación criptica desequilibrada, 2 con una 
deleción, 4 pacientes una deleción de 2qter una aparente variante normal. Se 
realizaron estudios de los padres en dos casos con deleción. La MLPA confirmo 
todos los reordenamientos subtelomericos excepto no detecto el polimorfismo 2qter, 
porque esta región se encuentra fuera de la región subtelomerica 2q polimórfica. 
Con la CGH se confirmaron anomalías subtelomericas superiores a 8MB, aunque 
algunas de las desventajas de esta técnica es su incapacidad detectar 
reordenamientos equilibrados y regiones altamente repetitivas. 
Rauch et al. (2006), incluyo 600 muestras de pacientes enviadas al laboratorio por 
médicos pediatras y médicos familiares en el periodo 2000-2002 con indicación de 
ACM en menores de 6 meses o retraso del desarrollo/DI con o sin ACM en niños 
mayores, para evitar sesgos no incluyeron pacientes con diagnostico previamente 
establecido y pacientes con aberraciones cromosómicas previamente detectados por 
cariotipo. La mayoría de los pacientes tenían menos 6 años al momento de la 
referencia y por lo general no tenían pruebas estandarizadas de coeficiente 
intelectual. Se encontraron los siguientes resultados, aberraciones numéricas en 68 
(11.3%), 74 pacientes de los 600 se enviaron por sospecha de síndrome Down, se 
confirmó en 55 casos, por lo tanto la trisomía 21 represento el 9.2% del total con 
ACM/DI, siendo la causa conocida más común de discapacidad intelectual. Dos 
muestras fueron enviadas por trisomía 13 las cuales se confirmaron, trisomía 18 en 
un paciente, 6 muestras mostraron trisomía gonosomica, una muestra con trisomía 8 
mosaico. Aneusomias segmentarias 19 (3.2%), supresiones en 8 muestras, 
duplicaciones 4, deleción y duplicación mosaico 1 muestra, translocaciones 
reciprocas balanceadas 5 muestras, inserción no balanceada 1 muestra. 
Aberraciones estructurales equilibradas de novo en 3 (0.5%), polimorfismos en 11 
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muestras (1.8%), síndromes microdelecion (FISH) en 8 (1.3%), 2 síndromes Prader 
–Willi, 2 síndromes Williams y 4 deleción 22q11.2. Cariotipo normal en 491 
muestras. Un total de 500 pacientes se analizaron con FISH para aberraciones 
subtelomericas, en 10 de las muestras (2%) se detectó una aberración criptica 
patógena. En dos pacientes deleción de polimorfismos heredados de padre sano se 
detectaron (del(9)(pter),del(Y)(qter)). En 65 pacientes la sonda GS-1101 o 17 para 
2qter se utilizó, 5 pacientes mostraron una del (2) (qter). 435 muestras se analizaron 
con la sonda RP11-115B2 para 2qter. De ellos 24 pacientes mostraron una 
disminución de la señal de la sonda 2q en un homologo, 18 mostraron una 
disminución de la señal de la sonda 4q en un homologo, un paciente mostro señales 
disminuidas 2q y 4q en un homologo. Concluyendo que la aberración cromosómica 
más frecuente asociada ACM/DI es el síndrome Down, como segunda causa de 
ACM/DI los síndromes microdeleción. La tasa de detección de anomalías 
subtelomericas mediante cribado subtelomerico en pacientes con discapacidad 
intelectual inexplicable es del 2% después de la evaluación clínica y citogenética 
completa. 
Bruno et al. (2006), en un estudio prospectivo analizaron muestras de abortos 
espontáneos en el laboratorio de citogenética del Victorian Servicios Clínicos de 
Genética para análisis de cariotipo.En el estudio piloto se realizó análisis de MLPA 
en una serie consecutiva de muestras de abortos espontáneos, 34 de vellosidades 
coriónicas y 44 de tejido fetal referidos para cariotipo, la edad gestacional media fue 
19 semanas. En el estudio de seguimiento se utilizaron muestras, 16 de vellosidades 
coriónicas y 84 de tejido fetal, no se realizó estudio de cariotipo. 
13. Justificación 
13.1 Magnitud 
Los pacientes agrupados como con ACM/DI comprenden un grupo amplio y 
heterogéneo de enfermedades que afectan a aproximadamente el 3% de los recién 
nacidos. Un porcentaje estimado en más del 40-60% de pacientes con ACM/DI 
quedan sin un diagnóstico definitivo, con sus consecuentes implicaciones para estas 
familias durante el asesoramiento genético y la capacidad de cariotipo convencional 
para detectar anomalías cromosómicas en estos pacientes varía considerablemente, 
desde 3 hasta un 15%, dependiendo de la selección de los pacientes y la inclusión 
del síndrome de Down en las cohorte. Un 3% a 8% de los casos de ACM/DI son 
causados por variaciones en el número de copias de regiones subteloméricas y un 
número similar se explica por microdeleciones en otras regiones de los cromosomas. 
13.2 Trascendencia 
Adicional al cariotipo convencional, la implementación y aplicación de técnicas 
biología molecular como la hibridación in situ fluorescente (FISH), MLPA y el cribado 
de arreglos del genoma completo (WGAS, por sus siglas en Inglés) casi duplica la 
tasa de detección de pérdidas o ganancias genómicas en ACM/DI. Debido a que 
mediante WGAS se puede detectar hasta el 99% de todas las pérdidas o ganancias 
cromosómicas, se ha sugerido que el WGAS debería reemplazar cariotipo 
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convencional como el primera prueba diagnóstica utilizada para detectar pérdidas o 
ganancias cromosómicas en pacientes con ACM/DI. Sin embargo, el costo alto de 
los ensayos de WGAS (estimado en alrededor de €800-900 por ensayo) representa 
un problema para su disponibilidad en nuestro medio, por lo que la técnica de MLPA 
puede constituir una alternativa atractiva. 
13.3 Vulnerabilidad 
Con la búsqueda de deleciones o duplicaciones genómicas mediante el uso 
combinado de dos kits de MLPA esperamos incrementar el porcentaje de individuos 
con ACM/DI con un diagnóstico definitivo y brindar un adecuado y certero 
asesoramiento genético a estas familias. 
13.4 Factibilidad 
En nuestro Servicio de Genética atendido por Genetistas y Citogenetistas 
certificados por el Consejo Mexicano de Genética, A.C., estimamos que en alrededor 
del 40-60% de los pacientes con ACM/DI y que cuentan con un estudio citogenético 
de 550 bandas de resolución, no se ha podido realizar un diagnóstico definitivo. 
Previo consentimiento informado y firmado por alguno de los padres, iniciamos 
desde el año 2011 la recolección de muestras de ADN de pacientes con ACM/DI y 
cariotipo normal, por lo que es factible contar con una adecuada muestra de estudio. 
La Unidad de Citogenética de nuestro hospital cuenta con la capacidad humana y 
técnica para la realización de los ensayos de MLPA y contamos con los apoyos 
financieros correspondientes para la obtención de los kits de SALSA® P245 para 
microdeleciones y SALSAS® P036 y P070 para deleciones/duplicaciones 
subtelomericas (MCR-Holland, Amsterdam, The Netherlands). 
14. Hipótesis 
No se incluye por ser un estudio descriptivo. 
15. Objetivos 
15.1 Objetivo general 
Determinar la frecuencia de detección de pérdidas o ganancias cromosómicas en 
pacientes con anomalías congénitas múltiples y discapacidad intelectual evaluadas 
mediante el uso combinado de dos kits de MLPA. 
15.2 Objetivos particulares 
1. Identificar a todos los pacientes con ACM con o sin DI atendidos en el Servicio de 
Genética del HCG JIM que no cuenten con un diagnóstico definitivo. 
2. Realizar la caracterización clínica, antropométrica, de evaluaciones especializadas 
y de los estudios de gabinete y laboratoriales de los pacientes seleccionados con 
ACM con y sin DI que cuenten con evaluación citogenética y con muestra de ADN 
evaluados en el Servicio de Genética del HCG JIM durante el periodo de 2011-2015. 
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3. Identificar pérdidas o ganancias genómicas en los pacientes seleccionados 
mediante la aplicación de dos kits de MLPA en aquellos pacientes con ACM con o 
sin DI que cuenten con estudio citogenético y que éste no incluya el hallazgo de 
cromosomopatías numéricas. 
 
16. Materiales y métodos 
16.1 Diseño 
Estudio transversal analítico. 
16.2 Universo de estudio 
Todos los pacientes atendidos por el Servicio de Genética clasificados como con 
ACM/DI que no tenían un diagnóstico definitivo pero que contaron con estudio 
citogenético de 450 bandas de resolución y con muestra de ADN, atendidos durante 
el periodo enero 2011 a diciembre 2015. 
16.3 Muestra de estudio 
Todos los pacientes clasificados como con ACM/DI que no tenían un diagnóstico 
definitivo pero que contaron con estudio citogenético de 450 bandas de resolución y 
con muestra de ADN. 
16.4 Tamaño de la muestra y sistema de muestreo 
Se tomó una muestra por conveniencia debido al diseño descriptivo del estudio 
donde se incluyeron todos los pacientes con ACM/DI sin diagnóstico definitivo, que 
contaron con cariotipo normal y con muestra de ADN, durante el periodo enero 2011 
a diciembre 2015. Aplicamos los tres kits de MLPA para deleciones subteloméricas y 
síndromes de microdeleciones a 186 pacientes con ACM/DI. El sistema de muestreo 
fue por lo tanto no probabilístico consecutivo por conveniencia. 
16.5 Criterios de selección 
16.5.1 Criterios de inclusión 
Pacientes de uno u otro sexo clasificados como con ACM en base a la presencia 
de dos o más anomalías mayores y/o tres o más menores con o sin DI definida 
como retraso global del desarrollo en menores de cinco años o evaluados 
neuropsicologicamente como con DI en base a la afectación a las esferas 
intelectual, adaptativa, participativa y contextual, en quienes no se encuentro un 
diagnóstico definitivo posterior a la valoración de un genetista certificado y que 
contaron con un cariotipo con bandas G con un nivel de resolución de 450 bandas 
y tenían disponible una muestra de ADN en la genoteca de la Unidad de 
Citogenética del Hospital Civil de Guadalajara “Dr. Juan I. Menchaca”, atendidos 
durante el periodo de enero de 2011 a diciembre 2015. 
 
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16.5.2 Criterios de exclusión 
Los pacientes con ACM/DI en los que el cariotipo demostró una alteración 
numérica (trisomía 21, 18, 13, 8, u otras) fueron excluidos del presente estudio. 
Los cariotipos que demostraron una alteración estructural (deleciones, 
microdeleciones, material adicional, otras), no se excluyeron y se buscó su 
correlación con los hallazgos en la aplicación de los dos kits de MLPA. En los 
pacientes en los calidad del ADN impidió la realización del ensayo de MLPA y no 
fue posible obtener una nueva muestra también fueron excluidos. 
	
  
16.5.3 Criterios de no inclusión 
No se incluyeron pacientes en los que la evaluación diagnóstica realizada por el 
genetista certificado concluyo como causa única una enfermedad o síndrome 
monogénico, multifactorial o teratógenicos. 
	
  
16.6 Variables 
16.6.1 Definición de variables 
Variable independiente: Deleciones o duplicaciones cromosómicas 
Variable dependiente: Anomalías congénitas múltiples con o sin discapacidad 
intelectual. 
16.6.2 Operacionalización de las variables 
 
Variable 
Escala de 
medición 
Relación 
causal 
Unidad de 
medición 
Análisis 
estadístico 
Anomalías 
congénitas 
múltiples 
Cualitativa 
Nominal 
Dependiente Presente/ausente Frecuencia 
Proporción 
Discapacidad 
intelectual 
Cualitativa 
Nominal 
Dependiente Presente/ausente Frecuencia 
Proporción 
Deleciones o 
duplicaciones 
cromosómicas 
Cualitativa 
Nominal 
Independiente