ppt Videos Clasificación de virus (Baltimore)

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MINI INTRO
Clasificación de Baltimore
de los virus
Nacido en 1938 (USA)
David Baltimore
Virólogo
Premio Nobel (compartido) en 1975
Ha hecho aportes notables a la virología, la inmunología 
(relación virus-cáncer), la biotecnología… 
Uno de los descubridores de la transcriptasa reversa
MATERIAL GENÉTICO PRESENTE EN EL VIRIÓN
Todos los virus tienen un passo en común y es la formación de ARNm para ser traducido a prot por la maq celular 
Sistema de Clasificación de Baltimore
Grupo I: virus ADN doble cadena
Grupo II: virus ADN simple cadena
Grupo III: virus de ARN doble cadena 
Grupo IV: virus ARN simple cadena de polaridad positiva
Grupo V: virus ARN simple cadena de polaridad negativa
Grupo VI: virus ARN simple cadena con ADN intermediario
Grupo VII: virus ADN doble cadena con ARN intermediario
CLASE I
https://viralzone.expasy.org/
Clase I Virus de dsDNA (ADN bicatenarios): La replicación del virus así como la transcripción a mRNA y la traducción a las proteínas virales se realizan igual a como sucede en la célula. 
Ej: Poxvirus como el virus de la Viruela, Herpesvirus
El tegumento que se encuentra entre la capside y la envoltura. Es un espacio ocupado por un complejo de proteínas de características lipídicas
Viral proteins for attachment and binding: gB, gC, gD and gH 
El comienzo es la entrada del virus a la célula:
Cuando el virus se acerca a la célula hay una interaccion entre las proteínas receptoras de la membrana celular y la emvoltura, los receptores son glicoproteinas, que van a permitir ell reconocimiento y la union de las dos membranas y van a permitir el ingreso del virus por endocitosis.
Ante el reconocimiento de los receptores y la union de la membrana viral y la celular, se crea una fusion de ambas membranas, y esto permite la endocitosis, liberando el contenido de la membrana en el citoplasma, esto incluye la capside y las proteínas del tegumento.
<número>
Volviendo a este esquema, vemos que las prot del tegumento estan representadas por las pelotitasverdes que entran, se liberan en el citoplasma, y la capside desnuda asociadas a las proteínas del tegumento, van a ser transportadas por el citoesqueleto hacia la membranna nuclear.eso que vemos en violeta, los dos puntitos en la membrana, hace referencia al poro del nucleo, y si le hacemos un zoom (imagen derecha), el citoplasma arriba, nucleo abajo, la capside del virus, por su tamaño no atraviesa al nucleo, entonces, la capside va a permanecer vacia en el citoplasma deespues dee infectar el material genetico en el nucleo, una vez que el mat genetico esta en el nucleo, puede hacer uso de la maquinaria de replicacion y traduccion porque se trata de un ADN doble cadena. El genoma viral lo primero que va a hacer es transcribir unas proteínas de transcripsion inmediatas que van a tener dos funciones importantes.
1 frenar la respuesta inmune dde la célula hacia la inf viral. Y por otro lado una serie de estas prot van a a ingresar al nucleo para participar de la replicacion del virus, y la transc de otra serie de gen
- como ocurre la replicacion viral con las prot inmediatas.
Lo que sucede es que el genoma viral es lastimado por una endonucleasa, y a partir de esa primer apertura se separan las dos hebras del genoma viral. Asociados a complejos proteicos que van a mantener a las hebras simple cadena y va a comenzar una primer ronda de replicacion del genoma viral de manera bi-direccional igual que con el genoma eucariota. La hebra que se va a sintetizar en sentido 5’ → 3’ lo va a hacer en forma directa,
 porque es el sentido en el cual replica la adn pol. Y la otra hebra que va en antisentido digamos, es organizada por un complejo proteico, en el cual intervienen topoisomerasa y otras, en replicar el adn de la misma manera que en el eucariota, de a tramos y haciendo uso de sebadores.
Rolling circle dsDNA replication: initiation 
Una vez cebada este ciclo, tine lugar otro ciclo rolling circle… que produce una bateria de genomas virales, lo hace con un reciclaje continu del complejo de ADN polimerasa en lo que se conoce como rolling circle. 
Porque la hebra molde la copia y la recicla, lo que hay es un complejo proteico que va ir separando a esta nueva hebra sintetizada simple cadena, que va a ser reconocida a su vex por otro complejo adnnpol replicando a esta nueva cadena y generando una serie lineal de genomas doble cadeena
Si miramos el genoma doble cadena, como esta compuesto, vemos que hay genes codificiados implicados en la regulacion de la infeccion, lo que hace entrenar la respuesta inmune de la célula, una serie de genes que va a participar en la estructura de la nueva particula viral. Y genes que estan involucrado en la trans y repli del nuevo genoma viral 
Una vex que se transcribio una primera serie de genes inmediatos, y despues en una seguna etapa una serie de genes que llamamos genes tempranos que dan lugar a prot tempranas, estas ingresan al nucleo para participar en la transc de genes tarios, dando lugar a prot tardias que son estructurale y funcionan en el ensamblado. Estas también van a migrar al nucleo, porque en el nucleo de la célula se conforma lo que llamamos fabrica viral que depende de donde se esten sintetisando las macromoleculas asociadas a los virus y donde se vana ir ensamblando, puede ocurrir en varios lugares de la célula, en este tipo de virus ocurre en el nucleo
Las prot se sintetizan en el citoplasma, y estas ingresan por el poro al nucleo celular, en verde las prot que van a formar las capsides y vemos que estan asociadas a este complejo que son proteínas de ensamblaje o andamiaje, que interacionan entre ellas y forman una procapside que sufre un proceso de maduracion en la que se disuelven las prot de andamiaje y quedando la capside vacia ya disponible para que el material genetico que se fue replicando ingrese por esta puerta por el pequeño porito forada por protenias del portal. Se inyecta y empaqueta el material genetico dentro de la nueva capside.
Bueno aca vemos lo sucedido, las prot tardias LATE PROTEINS, entran al nucleo, vemos una procapside vacia que se ensamblo mediante las prot, las nuevas copias deel genoma lineal que se formo en la segunda etapa de la replicacion, van a ser empaquetados en estas nuevas partículas.
Luego para salir de la célula hay que primero salir del nucleo al citoplasma. Esto ocurre primero por una translocacion o pasaje del nucleo al citoplasma.
Si miramos en mas detalle esta etapa, habiamos dicho que la capside no puede pasar por el poro, la membrana nuclear interna (bicapa lipidica), va a interactuar con proteínas de la capsig generando una envoltura alrededor de la capside, pero no es la enboltura final, sino que le va a permitir fusionarce y salir del nucleo primero trasbasando una amembrana y luego la otra. De esa manera la capside y las prot asociadas al tegumento van a ser liberadas al citoplasma, y alli van a sr sujetas a una nueva etapa de emvoltura en la cual van a ser incorporadas por autofagosomas, esta incomporacion, hace una especie de doble envoltura, estos autofagosoma ya cuentan con una seriee de proteínas virales que provienen del sist de endomembranas y del A de golgi e incluyen prot de membranas del viruss, ya las glicoproteinas iniciales que vimos en las etapas de infeccion ya estan asocciadas a estas membranas entonces en el momento que el autofagosoma abarca la capside del virus, la envuelv y ahi le genera una doble capa por un lado la memb viral, y por el otro la memb del autofag que va a quedar expuesta al citoplasma, esta va a ser capas de fusionarce a la membrana plasmatica liberando al virus
nucleo
Si lo vemos aca, vemos como la particula de la capside es capas de atravesar la doblemembrana en un paso intermedio en el cual adquiere una membrana que despues se fusiona en la segunda se librea, y esta cpaside libre con prot del tegumento van a ser incorporadas al autofagosoma que proviene del golgi y que ya tiene incorporadas glicoprot del virus, entonces, este autofagtiene esta doble membrana que va a fusionars a la membrana celular, de esta manera s queda solamente la capside envuelta de su propia membrana viral, asi la particula madura es capas de salir de la celula
Si relacionamos lo que vimos a nivel molecular con lo ocurrido a nivel fisiologico de la inf viral en las otras clases, podemos referirnos a que cuando en las cel del epitelio ocurren todos estos pasos yy se libera una particula viral es capas de infectar por las terminales neerviosas a las neuronas que van a moverse a la cabeza de la neurona a través de los axones y entrar en un estad de latencia, cuando se reactiva la actividad viral,, las partículas van a migrar nuevamente hacia los extremos de las terminales nerviosas van a liberarse como acabamos de ver y infectar células vecinas del epitelio. Que es cuando brota la infeccion por el herpes y comienzan un nuevo ciclo.
https://youtu.be/fH1zS7hlW54
Video recomendado sobre el ciclo de replicación viral del Herpes Simplex:
CLASE II
https://viralzone.expasy.org/
Clase II Virus de ssDNA (+) (ADN monocatenario positivo):  El genoma viral se convierte en dsDNA utilizando la maquinaria enzimática de la célula y a partir de éste se generan los mRNAs que darán lugar a las diferentes proteínas virales. La duplicación del genoma viral es similar a la clase I. Posteriormente se separan las hebras de dsDNA antes de encapsular en los viriones las hebras de ssDNA (+). 
Ej: Anemia del pollo, Parvovirus B19
-se caracteriza por tner que pasar en un estado donde su adn tiene que pasar a un adn dobl cadena antes de ser reconocido por la maquinaria celular. El genoma simple hebra se alojae n una capside del virus. 
La particula viral al establecer contacto con la membranacelular, reconoce primero de manera poco con baja afinidad ciertos azucares de la membrana cel llevando a una reconformacion de prot virales sobre todo vp1
-que vana adoptar una conformacion dif y reconocer ciertos recept especifics en la membrana de la célula.
VP1, VP2
-la interaccion con receptores especificos son procesos en los que intervienen las prot virales vp1 y 2 y que llevan a una asociacion mas intima entre la membrana y el virus. Pero en vez de entrar por endocitosis entre por fusion de las membrans. Aquí ocurre un mecanismo alternativo
-el mecanismo alternativo, esta desencadenado por el reconocimiento de las prot viralesa la membrana quie desencadena la interaccion con proteínas mas clatrinas que van a rodear la membrana en el sitio de interaccion con el virus, generando una vesicula que va a ser esttrangulada por proteínas especificas y estas vesiculas van a ser liberadas al citoplasma. Esta vesicula se va a acomportar como un endosoma
Entrada al núcleo 
por el poro
Estos endosomas van a sufrir una maduracion mientras el endosoma va migrando por el citoplasma, y en este proceso va cambiando el ph generando una impermeabilizacion en el endosoma, en el cual existe una interaccion de la membrana del virus con el endosoma generando una liberacion de la particula al medio citoplasmatico.
Aca viene el tamaño del virus, recordar que el herpes no podia pasar por el poro del nucleo, pero el parvovirus es tan pequeño que la capside puede ingresar entera, y recien dento del nucleo va a libeerar el material genetico.
- entonces, retomando, vemos que vp1 cambia su conformacion en respuesta a los primeros contactos con azucares de la membrana celular, estos vp1 van a interactuar de manera directa con los receptores especificos de la membrana generando la dosposicion de claterinas y formando vesiculas que incluyan al virus uy que vana formar endosomas que van a ir madurando hasta que los endosomas tardios van a liberar la particula viral, esta va a ingresar al nucleo por difusion a través de los poros nucleares y dentro de este va a liberar el material genetico.
El genoma de los parvovirus es simple cadena pol positiva, aca esta representado con negativa pero es positiva. Y esto va a sufrir una serie de pasos que van a llevar a la replicacion y a la transcripsion viral
Video recomendado sobre la replicación del genoma del Parvovirus:
https://youtu.be/PzLjXy0XaJ4
-ahora veamos un poco el genoma mas en detalle del parvovirus19 que infecta humanos. 
Es un genoma muy pequeño de 11 kb es simple hebra que tiene las estructuras necesarias para la replicacion y que cuenta con un open rinneng . Un marco abierto de lectura para la prot ns1 que tiene act endonuc y helicasa y otra orf de prot estructurales. Esto podrian ser dos prot pero lo notable de este virus es como fue capas a lo largo de la evolucion servire de la maquinaria celular para magnificar el potencial codificante del virus. Porque en realidad el virus es procesado por spacing alternativos en dif eisoformas dando lugar a dos isof que pueden codificar a la prot estuctural vp2 y una isofor que incluye uuun 5’ alternativo qu da lugar a la prot mas larga vp1. Es decir que un pequeño genoma magnifica su pot codificante gracias a la maquinaria de proc port transcrip de la cel hospedera.
Aquí vemos entonces como en realidad hay algunas prot las que acabam¿os de nomabrar que son codificadas pero en realidas hay un monton de isoformas distintas que se pueden detectar durante el ciclo viral.
Como digimos entonces, como describimos recien el genoma viral va a ser sujeto a la replicacion con todo este proceso que describimos recien donde participa ns1 como nucleasa y helicasa, también participan prot accesorias de la replicacion como stat fays que son activadas en respuesta a la hipoxia celular. Ademas como las estructura del genoma pasa a ser doble cadena, este genoma estara disponible para ser reconocido por pol2 y ser reconocidos como arn.los arn son exportados al citoplasma para dar lugar a la traducc del arn mensaj a prot. Estas prot vuelven al nucleo para participar al proceso de transc y ensamblar las nuevas partículas virales. Ademass se sabe que las prot no estruc como la ns1 son capaces de inducir la apoptosis. Osea un virus que tienen la ineficiencia en ns1 tienen problemas de inducir la apoptosis celular. Ademas vp1 y 2 son traduucidas en el cito y inducidas al nucleo. Van a formar trimeros que son unidades estructurales necesarias para la construccion de la capside cuando esta vacia esta disponible en este proceso, de amplificacion de repli viral, una de las eposibilidades era que la nueva hebra se desplas gracias a ns1 e ingrese a la procapside. Y una vez que la particula viral esta completa con su genoma en el interior es capas de atravesar la membrana nuclear a través de los poros porque su tamaño se lo permite. Y como la sistesis proteica viral ya habia inducido apoptosis, la particula viral ya puede salir del citoplasma.
CLASE III
https://www.youtube.com/watch?v=h5YjB_Kpabw&feature=youtu.be
Clase III Virus de dsRNA (ARN bicatenario):  La transcripción se realiza mediante la hebra de RNA (+) y la formación de genoma viral para encapsular se realiza en dos pasos: El primer paso consiste en ensamblar en la cápside el ssRNA (+), y una vez dentro se genera la hebra complementaria para formar dsRNA. 
Ej: Reovirus, Rotavirus
Los virus de clase 3 poseen genomas doblecadena. En el corte se puede ver que el genoma es fragmentado, no es una unica molécula, sino que varias independientes, y que ade,as de algunas pro virales que vana participar en dif etapas de la replicacion, vale mostrar esta proteina la RdRp que es una polimerasa de ARN dependiendte de ARN, es decirsi la pol2 en eucariotas es capas de transc arn a partir de una hebra molde de adn estas prot virales que también existen en plantas por ej son capaces de sintetizar arn usando como molde otra molécula de arn.
-
VP4
Empecemos por el reconocimiento. Cabe destacasr que la prot viral 4 es la encargada de conocer los recept de la membrana cel y al igual que los de clas 2, este reconocimiento desencadena la interacion con claterinas que llevan la formación de vesicuas que son estranguladas y liberadas en el citoplasma
.
Aligual que loss virus 2, este reconocimiento desencadena la interacion con clatrinas que llevana la form de vsiculas que van a ser estrang y lib en el citoplasma
Estas vesiculas se van a comportar como endosomas que van a ir madurando y permitir finalmente con cambios de ph dentro del endosoma una interaccion con la membrana del virus que va a permitir la liberacion de las particulas
-a diferencia de la interaccion del virus con la memb ceular que intervenia vp4, en estas interacciones entre el virus y la cara int del endosoma participa la vp5 y vp8.
Bien cuando se liberaestas partículas al citoplasma va a comenzar una transcripsion del los arn que presentan caracteristicas que lo hacen protegerse drespecto a la maquinaria de degradacion celular, nunca van a estar desnudos, es decir, asociados a las partículas y van a esta cambiads por ej y van a estar listos para la trad, la primer trad de prot va a llevar a la sintesis de prot que van a contrarestar el efecto de la reaccion antiviral, en este caso, antagonista del interferon. Y van a aplacar la trad de prot celulares, es decir tomam l vcontrol de la célula para ponerla a disposicion de la maquinaria viral para la repli viral.
También ademas de este tipo de prot efeectoras, se van a trad una serie de prot que se van a asociar a las nuevas hebras de adn que se van transc para llevarla a una region citoplasmat que lo llamamos viroplasma y actua como una fabrica de nuevas part virales.este arn en particular va a ser de polaridad positiva, recordemo que son virus de arn doble cadena. Y estos complejos riboproteicos donde aparecen prot y arn van a ensamblars con nueva proteínas provenientes de la trad, prot estruc y recien cuando esten dentro de la procapside va a trasncrobirse la segunda hebra de arn para formar un genoma de arn doble cadena
-el genoma de este virus cuenta con 11 fragmentos, recordar que al principio se notaba que el genoma estaba fragmentado .a pesar de ser 11 fragmentos no se codifican solamente 11 proteínas sino que uno de estos puede dar lugar a 2 y mas notablemente ver que aca dice site… se refiere a dttos sitios para el comienzo de la trad. El ribosoma va a leer el arnm y va a encontrar lugares alternativos para el inicio, dando lugar a diferentes pproteinas. Como en el caso de bp7 1 y 2 . es decir que por otro mecanismo en este caso por modulacion de la trad se amplifica el potencial codificante del compacto genoma vira.
-entonces, el virus entra, comienza la transc y la tranc da lugar a dos eventos, la trad de todas las prot nesesarias que van a venir al viroplasma y a las nuevas copias del genoma. A dif de los virus que habiamos analizado clasi 1 y 2 en este caso el genoma son ARN, entonces la replicacion viral tiene que ver con la trasncripcion no con la replicacion.
Las moleculas nuevas de ARN asociadas a prot en complejos ribonucleoproteicos se van a asociar a las prot de la capside formarn do las nuevas partículas, dentro de estas es donde se va a sentetizar las nuevas hebras de arn
Comparamos el tema de las fabricas virales: hablamos ya de las fabricas virales nucleares como las del herpes, pero hay otros virus que se ensamblan en el nucleo. También estan los que tienen lugar en el citoplasma, por eso lo llamamos viroplassma. Pero también puede pasar que suceda en otras organellas. Como los plasmidos que son organellas de las plantas por ejemplo.
 Entonces, este viroplasma como lo vemos aquí va a dar lugar a estas nuevas partículas que se asocian con recept especificos al sist endo menmbrana de las células
 Entonces, este viroplasma como lo vemos aquí va a dar lugar a estas nuevas partículas que se asocian con recept especificos al sist endo menmbrana de las células ademas en el rer van a traducirse prot virales que van a sufris mod post trad y van a sufrir una maduracion las partículas hasta que finalmente van a poder salir del sist endomenb y salir de la célula por la lisis células o por exositocis. 
Crawford, et al. Nat Rev Dis Primers 2017
Resumidamente, esto es un revio. A partir de la absorcion de las partículas viralesa la memb celular por reconocimiento de algunas prot virales en particular, se libera la primera capa de la capside cuando entra en contacto con el endosoma se libera al citoplams y comienza produccion de arm que va a llegar a la trad de prot estructurales y no y también que van a llevar al comienzo del ensamblado de las nuevas part virales. Pero ademas,los nuevos segmentos de arn simple hebra ingresan al viroplasma y se asocian a las otras prot para comenzar el ensamblaje. Una vez que el arn simple hebra esta dentro de las partículas inmadiura el arn es transcripto por estas rna pol dep de arn en un arn doble hebra, y despues estas partículas uinmaduras sufren una maduracion a través del sist de endomemb hasta que esten activas y maduras para la liberacion de la célula.
CLASE IV
https://www.youtube.com/watch?v=unO79HTcc48&feature=youtu.be 
Clase IV Virus de ssRNA (+) (ARN monocatenario positivo): Como el genoma viral ssRNA (+) tiene la misma polaridad que el mRNA no necesita ninguna conversión para generar las proteínas virales. Se generan ssRNA (-) que regulan la expresión génica y que servirán de molde para replicar el ssRNA (+). Hay dos tipos de virus en esta clase, los IVa y los IVb. 
Ej: Poliovirus, Coronavirus.
-en est caso abordamo un ej de los virus de clase 4 que tienen un genoma de arn simple hebra pol positiva y que presisan para la replicacion pasar por un intermediario de arn simple de pol negativa para hacer multiples copias. Por ejemplo usamos el coronavirus sarccov2. El nombre es por la forma de corona que le da las proteínas superficiales spike. La forma en la que esta esquematixado el genoma viral es importante ya vamos a ver porque lo representan asi asociado de alguna manera a la emvoltura del virus.
→ como siempre nos basamos en un esquema amplio del ciclo completo y vamos a ir haciendo zoom .
Tomo comienza por el reconocimiento del virus aen la memb celular por interacion de las prot spike con el receptor celular ace 2 y esto induce la endocitosis del virus al citoplasma cel
SPIKE-ACE2
-en si mismo la interaccion entre las prot spike y ace 2 generan una relacion intima entre ambas membrana, pero a dif de lo que habiamos visto (que los virus se fusionen a las memb cel o que sufren una endocitosis mediadas por clatrinas y demás) en este caso no sucede simplemente es por interaccion y por lo que se a visto se necesita un cambio de ph que acidifica el medio extracelular.
El cambio de ph incuce una invaginacion que incluye al virus y esto genera la formación de vesiculas que no nesecitan la intervencion de prot adicionales como las clatrinas. Las vesiculas se forman ppor interaccion y cambio de ph y estas van a adquirir la forma de endosomas que van a madurar hasta liberar el contenido viral en el citoplasma. Esta liberacion puede darse por permeabilizacion, lisis o fusion de los endosomas. En el caso de los coronavirus funciona por fusion.
-aca vemos como el contacto del virus con la cel esta mediada por la interacicion de las proteínas en este caso las spike con las ase 2 se induce esta invaginacion, la formación de vesiculas que pueden terminar como endosomas que van a madurar de temprano a tardio. 
Y aca vemos como se representa la fusion de la envoltura del virus , esta se fusiona con la membrana del endosoma y se libera el cont de la part viral al citoplasma.
- vemos como se libera el genoma viral,, y como digimos es un virus de genoma arn polaridad positiva eso significa que el arn puese ser conocido por la maquinaria celular como un arnm. Por lo tanto todo el ciclo de replicacion viral ocurre en el citoplasma y no necesita pasar por el nucleo. Entonces lo que necesita es traducir las prot virales por un lado y generar mas copias de su propio genoma
→como sucede la replicacion: el genoma es un arn polaridad positiva dispuesto para la traduccion, y las prot virales sumados al genoma viral va a ser alojado en unas vesiculas membranosasasociadas al citoplasma que se formam por dobleces deel sist de endomemb del reticulo endoplas. Y en esa cabidades la rna polimerasa propia del virus es capas de sintetizar la hebra negativa generando una especie de doble hebar qu va a servir como molde de nuevos genomas virales de pol positivos que vana sr liberados nuevamente al citoplasma.
Cuando les dije que prestaramos atencion al esquema del virus en la primera diado. Se acuerdan que antes hablabamos de la sintesis de una procapside que estaba vacia disponible para introducir el genoma viral para pla maduracion de las partículas virales. En este caso no es asi, la capside se forma en funcion de la disposicion al genoma como andamio se utiliza el genoma para construir la capside. Por eso este tipo de representacion donde vemos que el genoma esta com asociado ala capside.
→ mirando en detalle el genoma viral vemos que no lo dice aca es un genoma de 30 kb de long y despues hay una serie de arn subgnomico que son iguales al genomico pero mas cortos. La abundancia relativa de estos arn subgenomico en la célula es variable dependiendo cual miremos.
El por codificante de este genoma esta aumentado o potenciado por el lift claning que es un mecanismo que vimos cjunto al splicing alt. Que en este caso a partir de un mismo arnpor reconocimiento del primer codon de la trad puede dar lugar a distintas proteínas n9v. Y vamos a aprovecar el caso del sarcov2 para abordar un tema que es el rigoribosomal , el cambio del marco de lec del ribosoma que es otro mecanismo mediante el cual se amplifica el pot codificante de un genoma compacto.
Viendo en detalle hay una serie de prot codificadas por el ORF 1a y si prestamos atencion hay un solapamiento con el orf1b. Y si prestamos atencion de la prot 110 pasa a la 11 y un poquito a la izq comienza a traducir la rna pol rna dependieente esencial para el ciclo viral. Como es posisible que codifique es posible que codifique la rns11 o la rnr . Sig diapo
Como es posisible que codifique es posible que codifique la rns11 o la rnr. Esto sucede por lo que se conoce rieg ribosolam qsy,,. Esto es un evento que tiene lugar por la est secundaria que puede aduptar el arn simple hebra, recordar que es una macromolecula que va a adoptar una estr secundaria y interactuar con el genoma va a interactuar entre dist regiones del genoma y cuando se encuentran estas situaciones de apariamuento bueno y asociacion estable, cuando el ribosomavenga a traducirlo , lo que puedee generar una estructura estable, puede frenar el ribosoma, lo que da como efecto es que vuelva para atrás y saltee un nucleotido cambiando el marco de lectura. Si no se lo salte al finalizas el n1a o prrot n 11. o saltear cambiar el marco de lectura con el mismo arn se cambia el marco se continua la trad pero leyendo otra cosa, es decir hay dos prot codificada de manera solapada en esta region, que lo qu paso es l fue saltear un nucleotido y leer en este caso en el orf 2 la rnapol rna dependiente..
- entonces, todas estas etapas de trad se dan en el citoplasma, como digimos también la transc para dar lugar a nuevas copias del genoma vural, ambas cosa stransc y trad ocurren en el citoplasma, muy asociado al sist endomemb. Si miramos aca los ARN sub genomicos dan lugar a una serie de prot que van a estar modificadas por el a de golgi y incluuidas en la membrana que van a ser parte de la envoltura del virus. Lo que sucede es que los genomas que fueron generados pa partir de la transc con un arn de pol neg intermediarios, van a servir como plataforma para qu la membrana genere la envoltura con las proteínas mismas del virus incluidas. Entonces, la particula va a ir madurando a traves del sist de endomembrana hasta que el virus envuelto en una membrana va a poder migrar a través del citoplasma y permitir la exocitosis del virus.
https://youtu.be/W1k1sUoLPlA
Video recomendado sobre el ciclo de replicación viral del SARS-CoV-2
CLASE V
https://www.youtube.com/watch?v=QejQUSXGzWs&feature=youtu.be 
Clase V Virus de ssRNA (-) (ARN monocatenario negativo): El virus porta una enzima denominada transcriptasa/replicasa (RNA polimerasa RNA dependiente) lo que permite la síntesis de mRNA (ssRNA +) y posterior traducción a proteínas virales. Entre estas proteínas se encuentra la transcriptasa/replicasa que, a partir del ssRNA (+), genera el ssRNA (-)  que se ensambla en los viriones de la progenie. 
Ej: Rabdovirus, Influenza. 
-ciclo de rep de un virus clase 5 genoma de arn sc pol negativa. Este tipo de virus cuenta con una prot viral presente en el viron que actua transcliptasa y replicasa. Es una rnapol rna dependiente que va a transc la hebra de pol positiva que puede ser considerada por la maq celular como arnm. Ademas en ese pasaje va a actuar como replicasa replicando el genoma viral. Aca vemos el virus de la influenza. En el esquema podemos ver como tenemos las prot como la hemoglutinina que esta en la parte externa y participa con el reconocimiento de la memb cel del hospedero, y vemos como el genoma de arn esta segmentado, no es una unica molécula y esta asociada a proteínas 
-la entrada del virus a la célula esta dada por reconocimiento de la prot ha y otras a receptores de la memb cel y se da por endocitosis por la formación de vesiculas que llevan a la formación de endosoma
-en particular la endositocis se hace desencadenando la union de clatrinas osea es una formación de vesiculas mediadas por clatrinas, como ya vimos se liberan cuando la vesicula ya esta formada en el citoplasma dejandola desnuda, que son las que son incorporadas al endosoma
-una vez que el endosoma madura, el virus puede fusionarse a la membrana del endosoma liberando el contenido viral. El genoma viral que no esta desnudo, sino que esta asociado a prot no se queda en el citoplasma, sino que las moleculas son importadas al nucleo donde se va a dar tanto la transc como la replic.
Como digimos el complejo de la RDR formado aca (zoom) por multiples prot, estan asociadas ya a cada una de las moleculas que forman oparte del genoma viral. Este complejo funciona tanto como replicasa y transcriptasa. En cuanto a la transcripsion, la hebra negativa va a ser copiada en una positiva que puede actuar como arn m. pero hay un detalle, el procesamiento de los arn para sr reconocido por la maquinaria traduccional, cuando es llevado por la misma maquinaria de la cel hospedera va a permitir agregarle las señales que lleven al reconocimiento por los ribosomas como es la adiccion del cap y la cola poly AA, al generar moleculas de arn pol positiva transcripta por la maquinaria viral, esto no ocurre de la manera canonica de una cel eucariota, entonce tiene que suceder una serie de eventos originales que llevan a cabo los virus para agregarle el cap y la cola poli AA para que san reconocidos por los ribosomas como si fueran arn m de la célula y asi traducir.
Cap snatching
PolyA stuttering
Por un lado para agregarle el cap a los arn virales, aca vemos a la hebra molde en color verde, lo que hace el complejo polimerasa es secuestrar arn nucleares que ya ah sido capeados y robarle el cap, osea hay una etapa de corte y ligacion al extremo 5’ del arn naciente que genera un hibrido (en verde el arn viral donde el extremo5’ pertenece a un arn pertenece a un arn m celular el cual (arn de la celula) va a ir a degradacion sin el cap, y de esta manera el arn viral mensajero ya cuenta con un cap que lo va a proteger sino que lo va a dotar de las señales para migrar al ribosoma. Esto no explica el porque tiene la cola poli a que no la roba. Sino que lleva adeelante un proceso polyadin en el cual los transcriptos finalezan, la hebra negativa finaliza con una U y la transcriptasa va y viene agrega una A copiando la U, vuelve y asi hasta generar una cola ppoly A, 
- entonces, si miramos el genoma del virus d la influenza vemos que es un genoma mas segmentado como digimos, cuyo potencial ccodificante esta amplificado por splicing alternativo dando lugar a dtas prot a partir de varios de estos segmentos,incluso extendiendo las zonas por ej en el segmento 7 la region codificante m1 esta practicamente no solapada com m², es decir m1 y m² pueden ser muy diferente porque no es que son combinaciones de la misma region codificante, sino que salteo, m1 es practicamente un iintron de m².tambien el proc alternativo no solo incluye este caso también en euc el plicing alternativo. Sino la iniciacion alternativa de la iniciacion. El procesamiento hace que se pueda retirar el codo de iniciacion y se inicie mas atrás, si eso sucede va a depender del nuevo marco de lectura la proteina que se va a codificar. Y ademas como si fuera poco el viruz de influenza también sufre de ribosomal frish en el segmento 3 dando lugar a dos prot dif a partir del mismo arn inicial.
- entonces como digimos, el genoma viral fue inyectado al nucleo y alli ocurre la trransc y los arn con todas las caracteristica de un arnm celular con cap, cola polia va a ser exportado del nucleo al citoplasma para ser sujjeto a la traduccion. La bateria de prot virales van a incluir prot de memb estructurales que vana permanecer en el citoplasma y una serie de prot asociadas al genoma del virus incluidas la ppol que van a volver a ser incorporadas al nucleo para asociarce a los nuevos genomas que resulten de la replicacion
Replicación del genoma viral
La replicacion ocurre usando el mismo complejo polimerasa que acabamos de ver para la transc, simplemente en lugar de pensar la copia de la hebra negativa a la positiva, ahora la pensamos como un nuevo molde para copiar reiteradas veces esta molécula en nuevos genomas de arn de simplecadena polaridad negativa. Es decir este paso intermedio puede ir al citoplasma a traducirse o ser el molde para la copia de nuevos genomas viral. El genoma viral va a estar asociado a esas proteínas que ingresaron al nucleo, que fueron traducidas en el citoplasma e ingresaron al nucleo como el complejo de la rna pol y otras prot formando complejos ribonucleoprot que vana proteger al adn d ella degradacion celular van a ser exportados del nucleo al citoplasma.
-entonces, estos genoma (el chotito azul que sale para arriba) protegidos llegan al citopplasma se ditigen hacia la memb celular, y el ensamblado del nuevo virion ocurre en la membrana celular.
Budding
Esto implica que no exista una factoria de ese virus en un solo compartimiento, como vimos que ocurria solo en el nucleo, citoplasma o alguna organela. Sino que gran parte de todo este proceso ocurre en el nucleo, sin embargo el ensamblado final del virion ocurre durante la gemacion de la memb celular donde se incorpora el genoma a toda la emboltura y de esa manera se libera la nueva particula viral.
https://youtu.be/tB5FQZi4HKY
Video recomendado sobre el ciclo de replicación del virus Influenza
CLASE VI
youtube.com/watch?v=4_l9kJMEfnM&feature=youtu.be 
Clase VI Virus de ssRNA-RT (ARN monocatenario con retrotranscriptasa): El virus aporta una retrotranscriptasa inversa (o transcriptasa reversa) que convierte el ssRNA (+) en dsDNA, que se integra al genoma celular y del que luego se generan tanto el RNAm de las proteínas virales como el ssRNA (+) genómico que junto a la retrotranscriptasa conformarán las nuevas partículas virales. 
Ej: Retrovirus como el VIH
-son virus que tiene un genoma de arn simplecadena, pero a dif de los otros estos precisan de una molécula intermediaria de adn doble cadena para poder replicarse, se logra mediante una transcriptasa reversa codificada por el genoma viral. Como ejemplo abordamos el ciclo de infeccion del virus de inmunodeficiencia humana que puede encontrarse como virion en dos estadios uno inmaduro que como cuando sale de la célula infectada como nueva particula viral, y a partir de un proceso proteolitico y de reorganizacion de su macromolecula va a adquirir un perfil maduro que es infeccioso y capas de infectar nuevas celulas
Entonces, el virus vih es capaz de reconocer a las celuals especificas del hospedero por receptores especificos y ingresa al citoplasma celular mediante fusion
SU-CHEMOKIN CORECEPTOR (CD4 CELLS)
En este proceso intervienen proteínas del virus que van a reconocer coreceptores quimoquinas de las células de defensa cd4, esta interaccion lo que va a llevar es a un acercamientoo del virus a la celula
Y por fusion de membranas v a haber una fusion entre las membranas del vurus y la célula y se va a liberar el cont viral en el citoplasma.
<número>
- una vez que se libera el contenido viral en el citoplasma, se va a ir desnudadno el genoma viral hasta que comienza una etapa de retrotranscripsion, la transcriptasa reversa viral preexiste en el virion y es capas de transf (aca vemos la hebra en rojo, seria el genoma viral simple hbra arn pol posit), que va a ser transformada en una hebra representada en negro de adn copia. Despues se elimina en un segundo paso la hebra de arn por accion de una rnasa H, estas degradan expesificamente el arn asociado a una hebra de adn, (es doble hebra entre adn y arn), especificamente la rnasa cliba este tipo de moleculas, entonces queda libre el adn copia simple hebra que va a ser transf en un adn doble hebra, estr provirus va a ingresar al nucleo….
Ingresa al nucleo ya de manera desnuda dejando afueera en el citoplasma las prot de la capside. Y este provirus, lo que hace es integrarse al genoma humano (por eso dice provirus integrado) gracias a la accion de enzimas integrasa, una vez integrado al genoma humano, que lo hace de manera covalente y azarosa, no se inserta en sitios especificos, sino que lo hace en diferentes zonas. El virus puede entrar en una etapa de latencia, sin embargo en algún momento en la vida del hospedero, el virus comienza a transcrib utilizzando completamente la maquina del hospedero, entonces vanza el ciclo de replicacion.
La transcripsion que es una normal con toda la maq humana, va a dar lugar a una variedad un conjunto de arn m que han sufrido un splicing alt que codifican para toda la maquinaria proteica del virus
-si miramos el genoma en detalle, nos encontramos de que en realida es un genoma que sufre una gran variedad de splicing alt amplificando la capacidad codificante de un genoma hipercompacto y dando lugar a prot totalmente dif a partir de un pre RNA, ademas del splicing alt que es el evento de diversidad genetica mas importante en este virus, nos encontramos con eventos de ribosomal frameshift tambin como podemos ver aca, estan estos dos genes solapados, y el cambio del marco de lectura del ribosoma hace que se tradusca un polipeptido mas corto o mas largo, en particular este mensajero va a necesitar luego de ser traducido de proteasas especificas que liven y liberen las prot independientes.
De todo esto llamamos la atencion a las proteínas red que van a volver al nucleo
Las proteínas red que van a volver al nucleo, y juegan un rol fundamental , porque si pensamos el splicing alt que es un proceso que ourre en el nucleo. Si no existienran las red todo el arn que se valla transcribiendo va a ser spliciado, procesado en los arnm que va a conducir a proteina. Sin embargo, esto no nos daria lugar a generar arn genomico del virus hiv, entonces la proteina red se asocia a los pre arn antes de ser spliciados y guiarlos a esta translocacion del nucleo al citoplasma sin ser sujetos a splicing. Entonces estos arn genomicos a dif de los spliciados que vana ser traducidos, que vana ser traducidos, pueden ser ensamblados a nuevos viriones. Entonces estos arn genomicos van a estar asociados a proteínas del complejo de transcriptasa reversa y a prot asociadas al genoma y de esta manera protegida van a migrar hasta la membrana celular donde va a ocurrir el ensamblado del nuuevo virion que va a salir de la cel hospedera al medio por gemacion.
La nueva particula que acaba de salir es al principio inadura,y esta particula no es infecciosa tal como es, sino que tiene que sufrir una serie de eventos proteoliticos que despegan la capside de la envoltura y dar prot funcionales nesesarias para el reconocimiento de losreceptores cel. Es decir ue recien cuando el virion maduro es infeccioso para atacar nuevas células del hospedero.
-por eso este pasaje que deciamos de maduro a inmaduro que se da de manera extra celular despues de la gemacion.
https://youtu.be/8sipX86JfUw
Video recomendado sobre el ciclo de replicación del HIV
CLASE VII
https://www.youtube.com/watch?v=h2qUKP0G8WQ&feature=youtu.be 
Clase VII Virus de dsDNA (ADN bicatenario): Estos virus liberan el genoma viral en el interior de la célula. La peculiaridad de estos virus es que forman un microcromosoma circular que se aloja en el núcleo, a partir del cual se transcriben los mRNA de las proteínas virales, entre ellas la enzima RT. La forma de actuar es similar a los de la clase VI. 
Ej: Hepadnavirus (hepatitis B, genoma parcialmente circular)
Se caracterizan por tener un genoma doble hebra de adn que necesitan de un intermediario de arn y de una transcriptasa reversa .
Podemos ver como el genoma de adn bicatenarrio cuenta ademas con una molécula de adn3 genomico es apartir del cual se va a retrotranscribir hasta genoma viral
El virus circulante de la hepatitis B va a ser reconocido por el hepitelio del higado, va a reconocer receptores especificos y ser incorporados al citoplasma por endositocis
-la endocirosis son mediadas por proteínas diferentes a la clatrinas denominadas cadeolinas?. Es decir la interaccion del virus y la membrana plasma desencadena el reclutamiento de prot citoplasma que vana aguiar la formación de vesiculas que vana migrar por el citoplasma, y se fusionadas a endosomas, el endosoma va a madurar, cambiar su ph, finalmente el materia lviral va a ser liberado al citoplasma por fusion con la membrada del endosoma
Una vez que las partículas virales, el core del virus sea liberado en el citoplasma, va a ingresar al nucleo a través de los poros nucleares.
Asi es como ingresa al nucleo a través de los poros nucleares, los virus de dole cadena de adn que necesitan de una RT como el virus de la hepatitis. Comparando con otros casos, hemos vismo como virus de genoma de arn son capaces de ingresar directamete su material genetico, aquellos virus arn que presicsan una etapa uclear, otros incorporan directamente al nucleo su material genetico. Los parvoviros habiamos visto que son tan pequeños que y son capaces de pasar a través del porros y los virus como el herpes que no pasan el poro y inyectan su mat genetico en el nucleo dejando la capside en el citoplasma. Estos virus son capaces de entrar a través del poro y asi liberar su material genetico.
-este material genetico liberado en el nucleo es adn doble hebra, que lo que va a hacer en la célula uusando la maq celular va a ser reparado en una molécula de adn circular que es una especie de microcromosoma que eventualmente puede ser integrado al genoma, pero sino es capas de seer reconocido por la maq transcripcional celular para dar lugar a los arn mens j para ser exportados al citoplasma para la traduccion.
Si miramos el genoma viral, podemos reconocer diferentes promotores dentro del microcromosoma que van a ser reconocidos por la maquinaria trancs y la poll 2 para transcribir de manera inependientemente ciertos rna que vana sr procesados también por splicing alt. Como se trata de la maquinaria celular, van a ser capeados y adenilados de manera normal para ser exportados del nucleo al citoplasma y reconocidos por los ribosomas estos arn tambieen pueden ser loky scanning dando lugar a distintas prot a partir de pre rna mensajeros, y todas esta serie de arnm procesados van a ser exportados del nucleo al citoplasma incluyendo los arn pregenomico (PG) que van a estar despues incluidos en la particula viral
-cuando estos transcriptos salen del nucleo al citoplasma, van a ser incorporadoooss y empaquetados en nuevas partículas inmaduras que una vez que estan dentro de las partículas, las prot traducidas vana interactuar con el arn pregenomico que va a ser empaquetado, uy una vez empaquetado, ese adn pregenomico va a sufris retrotranscripcion dando lugar al genoma viral de adn, esa particula inmadura puede tener dos destinos posibles, una es reciclarse volver a entrar al nucleo y amplificar este ciclo dando multiples partículas virales maduras o poder tomar la via de abandono de la célula hospedera.
-la particula inmadura, desnuda va a ingresar al sist de endomembrans del a de golgi y al reticulo endoplasma, dotandoce aquí de la envoltura y de la vesicula que va a migrar por el citoplasma y fusionarce a la membrana celular y ser expulsado de la célula y llegar a una célula diferente.