viro teoria 1

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VIROLOGIA teoria 1
Naturaleza, estructura y clasificacion
https://www.youtube.com/watch?v=kjFC4eo0YEc&feature=youtu.be 
Objetivo
	analizar el rol de los virus en la naturaleza, salir del estereotipo de considerar los virus como patogenos
	conocer las propiedaddes basicas que caracterizan los virus.
	Comprender los principios que gobiernan la arquitecturas de lass partículas virales.
	Conocer las normas que fundamentan para la taxo viral 
	introducir el conocimiento de las infecciones virales
El conocimiento inicial intuitivos de los virus provino y proviene de su reconocimiento como patoenos, y ocurre desde hace mucho tiempo.
→ Nuestra percepcion de los virus aun gobernada por los efectos patogenicos de las infecciones virales. Pero Cual es el rol de los virus en la naturaleza.
→ los virus son entiddades intrinsecamente nocibas?. Es decir existeen solo para generar enfermedades y producir daños?
1° En primer lugar todos los seres vivos son infectados por virus. Es decir todos los organismos que existen en el planeta son infectados por virus, diferentes entre si pero comparten las propiedades caracteristicas de todos los virus.
2° Todos los organismos son infectados por multiples organismos diferentes. Hay una amplia variedades de virus que infectan archeeas, bacterias protozoo, hongos, invertebrados, vertebradaos. Hay una amplia diversidad de virus que infectan la amplia variedad de org vivos que hay en la tierra.
3° (12:41) Los virus son los org mas abundantes en la biosferas (mas del 90%). por ejemplo en el agua de mar, los bacteriofagos estan en una cantidad de 1030. Que si uno los alineara uno con otro podriamos construir un camino a la luna. 
Por otro lado en una ballena infectada con un virus es capas de escretar millones y millones de partículas virales.
La cantidad de vivriones de HIV-1 es decir, la cantidad de partículas virales se estima superior a loos diesmil billoones de partículas virales. Esto nos da una idea de la abundancia de los virus en la naturalesa. Los virus son las entidades biologicas mas exitosa en la naturaleza dado su cantidad.
4° Los virus constituyen la mayor reserva de diversidad genica de la biosfera, la diversidad de genes en mucho mas amplia que los genes de los genomas de todos los org vivos que habitan en el planeta.
5° (1619).los virus se integran en la biosfera desdee sus inicio o aun desde antes.
Las entidades capaces de autoreplicarse antes de la aparicion de los seres vivos en la tierra, tenian una similitud con los virus. Se supone que los sres vivos que hoy habitan en la tierra derivan de un ser común al que se le da el acronimo de LUCA y ese ancestro común ya era infectado por un ancestro viral común. Osea que los virus no solo son los organismos mas abundantes. Sino que son tan antiguo como los seres que habitan.
6° (1732) Los genomas de todos los sres vivos albergan una cantidad de genes provenientes de viurus. Una porcion de los genomsas entre el 8 y 10% corresponden a la integracion de secuencias de origen viral (retro virus, bornavirus).
El 60 porciento del genoma bacteriano contiene un profago, es un genoma de un fago inserto, integrado al genoma de la bacteria. Bacterias que ademas en promedio, el 3% de su genoma corresponde a la integracion de genomas de profago.
7° (1846). la integracion de los genes de virus en los humanos pueden codificar funciones que se expresan en las células que contienen esos genes integrados. Un ejemplo que tiene que ver con los sres vivos es que la formación de la placenta comenzo con la expresion de una proteina llamada synsitina codificada a partir de la integracion del genoma de un retrovirus. Por otro lado algunas enzimas presentes en las mitocondrias codificadas por genes mitocondriales corresponde a la integracion del genoma de un virus en la bacteria, cuya absorcion por las células eucariotas dio lugar a la formación de la mitocondria.
Ahora, si los virus son org tan abundantes e involucraos en mutiples rrelaciones con todos los org vivo. ¿pueden ser intrinsecamente nocibos?
Hipotesis.
El éxito de los virus es funcional a la sustentabilidad de los sist biologicos. O la biosfera, tal como la conocemos, la organización de nuestra biosfera pordira ser tal si no existieran los virus, es decir, los virus son necesarios para que la biosfera tengan el funcionamiento que tiene.
Los virus cumplen un rol en el ordenamiento general de la vida, tal como la conocemos.
Teniendo en cuenta la abundancia de los virus en la naturaleza y las multiples relaciones que establece con los org vivos, uno puede suponer que los virus no pueden ser unicamente organismos nocivos y cumplen un rol central en la org de la vida.
Cual es ese rol en la org de la vida ?. 
Los virus poseen una capacidad superlativa para transferir info genica entre seres vivos. Uno se puede imaginar a los virus como pequeñas maquinas de tranf de genes entre células, esta transf entre genes, uno la puede vincular con una actividad promotora de cambio. Cuando un virus transf genes esta pasando info de un org vivo a otros que se va a traducir en modificaciones. Y estas modificaciones generan diversidad.
Por otro lado, los virus se confrontan continuamente con los seres vivos que infectan. Y es necesario que infecten sres vivos para multiplicarse. Y no cumplen ese rool de trasnfde info genetica. Pero en esa infeccion generan efectos patogenicos. Por lo que también pueden actuar como agentes de selección. Es decir los virus actuan por un lado como agentes de cambios, y por otro como agtes de selección.
El cambio y la selección es la evolucion.
Los virus son promotores evolutivos prominentes. El éxito de los virus en la biosfera radica en que los virus son promotores eviolutivo. Esto es necesario porque vivimos en un universo que cambia continuamentes, y la forma de subsistir es cambiar continuamente con el universo. Para apreciar est rol de los virus en la naturaleza, teenemos que abandonar el punto de vista que teniasmos y observar la naturaleza desde afuera de forma imparcial. 
Podemos ver que los virus juegan como arbitro en el funcionamiento de la naturaleza, y si uno observa de manera desapasionada cuales son los factores que condujeron a la emergencia de la pandemia de covid19 uno va a encontrar múltiples causas relacionada a la propia actividad humana y a la emergencia del virus como una respuesta a los efectos de esas múltiples act humanas sobre la naturaleza.
El concepto de virus:
Los virus son entidade de origen biologicos (no sres vivos) cuyo genomas es replicado por un sistema de macromoleculas que no pueden codificar, es decir, siempre vana depender de una célula o de un org vivo para multiplicarse, porque no pueden hacer replicas de su genoma por si mismo, y por otro lado estas eentidades se diseminan utilizando una estructura metabolicamente inherte cuyo mantenimiento no requiere energia, esto se refiere a las partículas virales o viriones, estas no son los virus, sino que las estructurar morfologicas que los virus producen para diseminarse, pero no son virus, para referirnos a las partículas virales utilizamps el termino virion.
PROPRIEDADES CARACTERISTICAS DE LOS VIRUs:
	Todos los virus son capaces de producir particuas simpples de tamaño nanometrico (con exepciones, algunas son micrometricas)
	Estas partículas son muy simples todas deben contener un genoma de ácidos nucleicos que corresponden a un unico tipo DNA RNA de simple o doble cadena, fragmentado o no. Ese genoma esta contenido en el interior de una estructura proteica espacialmente simetrica cuya composicion quimica es basicamente proteica. Algunas partículas virales esta compuesta solamente del genoma y esta estructura proteica llamada capsidde. Pero algunos virus contienen estructuras adicionales externas formadas por lipidos e hdc, son membranas celulares modificasas por la insersion de pro y glicoprot virales que forman una estructura que envuelve a los virus. Dando a los virus envueltos.
	Las principales propiedades que caracterizan a los virus
	paracitos intracelulares obligados, no pueden replicar su genoma con macromoleculas proprias enteramente. No puede replicar sun genoma. Nesesariamente deben infectar un ser vivo para pder multiplicarse.
	Se multiplican una vez que infectan por in mecanismo propio uy caracteristicos de los virus llamado replicacion que implica dos etapas, la sintesis de los componentes y el ensamblajes. Que crean partículas virales hijas identicas a las que inicio el proceso de infeccion.
	Nesesariamente son agents infecciosos, y esta infeccion en ocaciones genera enfectos patogenicos. La inmensa mayoría de las infecciones virales ocurren de manera asintomaticas.
La mayoría de las infecciones virales son asintomaticas y no son mortales.
4215 DUALIDAD DE LA NATURALEZA DE LOS VIRUS
Los virus no tienen una unica cara. Tienen dos caras 
	Son macromoleculas complejas organizadas en partículas de estructura definida, sin actividad bqca propia, son esas entidades que sirven para la diseminacion, metabolicamente inertes y no requieren energia para su mantenimientos. Estas partículas virales se encargan en transportar la información gnica de célula a células. Es decir las partículas virales que son moleculas complejas se encargan de diseminar las partículas genicas. Cuando infectan una célula, estas partículas pierden su estructura de manera practicamente completa.
Mientras el virus se esta replicando no posee una estructura definida. Es decir, la cara estructural del virus (Virion) cambia a la cara funcional que es la unidad replicativa que vamos a encontrar en el interior de la celula. Algunos autores dicen que el virus es la célula infectada, esta es un ser vivo diferente a la célula sin infectar. 
VIRION:
Se denomina a la particula viral. Es aquella que solo existe fuera de la célula, es decir, es la particula viral estructuramente completa. No tiene componente funcional estricto, pero si tiene una derivacion funcional. Porque si no es estructuralmente completa no va a cumplir la funcion de infectar una célula y replicarse. La deficicion de virion es puramente estructural.
El tamaño de los viriones esta en el orden de los nanometros. La unica manera de observarlos es con un Melectronico
las encimas son codificadas en el genoma viral y son requeridas para la replicacion y que no pueden ser provistas por la célula infectada.
En esta diapo podemos ver de manera esquematica como es la estructura de viriones desnudo y de viriones envueltos a la derecha. 
Y n la parte inferior en mas detalle el virus envuelto de la influenza. 
Arriba tenemos un virion desnudo, donde se ve el genoma rodeado de la capside espacialmente simetrica, simetria icosaedrica.
A la dcha un virion de un virus diferente donde esta el genoma mas la capcide (nucleocapside) ciontenida dentro de una envolturra donde se ve las espiculas insertas en la membranas de origen celular.
En la parte inferior se representa esquematicamente la estructura del virus de la influenza donde se ve que el genoma ya no es una unica molécula, sino que esta fragmentado cada trozo va a codificar para una prot viral diferente. Cada uno de estas subunidades genomicas forma una nucleocapside contenida en una envoltura donde se ve dos tipos de espiculas, la de hemoaglutinina y la de neuroaminidasas.
Los genomas virales pueden ser DNA o RNA. Nos referimos a los genomas contenido en los virioones. 
Cada especie de virus contiene un AC nucleico que es de un unico tipo dna o RNA. En un dna lineal uno puede detectar los extremos 5’ y 3’. tanto en los doble o simple. 
Los hepanovirus (de la hepatitis B) contienen ADN circulares uqe son parcialmente dobble cadena y parcialmente simple cadena.
Los Rna de doble cadena lineal son segmentado por ej los rrotavirus, son los virus mas frecuentemente asociados a la prod de diarreas en niños. Y también tenemos genomas RNA SC lineal que puede ser entero osegmentado,.
Los genomas virales pueden ser tan pequeños como para codificar solo un par de prot virales como es el de los circovirus que tienen 2000 nucleotidos que pueden contener 1200000 kb. En funcion del tamaño, cantidad de nucleotidos va a variar su cap codificante.
Los clasificamos en funcion de la complementariedad o identidad de los mensajeros celulares reespecto a la secuencia de los genomas contenidos en las partículas virales.
Si el genoma contenido ene l interior de los viriones tiene una secuencia identica a las de los mensajeros virales, decimosque es de pol +.
Esta diferencia tiene una consecuencia funcional relevante que tiene que ver con la expresion de los genomas virales una vez que se encuentren en el interior de la célula.
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Supongamos que tenemosun RNA genomico, es decir el RNA de la particula viral y que es de pol negativa; ese RNA genomico debe transcribirse al RNA complementario para que este actue como mensajero y pueda ser traducido en los ribosomas celulares para generar los polipeptidos requeridos. Ahora si ese RNA es de pol positiva, es decir, su secuencia en igual a los RNA virales mensajeros se va a poder traducir y generar los polipepptidos virales requeridos para la replicacion. 
De tal manera que las estrategias y requerimiento tanto de encimas virales como funciones necesarias para la repli de un virus y el otro van a ser totalmente diferentes.
Ojo porque en los virus envueltos no son EXTERNAS. Porque en los envueltos, las estructturas mas externas son las envolturas.
Hay un ppio que gobierna la sisis de las capsides que es el de economi en el uso de la info genomica viral.
La mayoría de los virus poseen genomas pequeños. La mayoría puede codificar a lo sumo unas decenas de polipeptidos diferentes, osea que su genoma tienen una cap codificante limitada y solo unos pocos genes pueden limitarse a la estructura de la capsides. Entonces esto se soluciona por la estructura de la capside conformada por una subunidad igual. Es decir hace uso repetido de uno o unos pocos polipeptidos diferentes. Es decir hacen 60 copias de cada polipeptido (a,b y c) para construir la capside. Y como son practicamente los mismos ladrrilles tienen que ser de una determinada forma espacial. 
Es decir, cuando ambas forman parte de la estructura de un virion envuelto. Cuando se trata de un virion desnudo, la nucleocapside es el virion..
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Precisamente se construye como una helice utilizando un unico polipeptido, la flecha negra indica una unidad polipeptidica que se va enganchando una alrededor del la otra a la mlla del genoma, esto se realiza de manera repetida a lo largo de toda la mlla del ac nucleico hasta recubristlo totalmente.
No todos los viriones que contienen capside de simetria helicoidal construyen la capside de esta manera, en algunos casos la estructura proteica puede estas contenida en el interior de la helice, pero la mayoría de los caso las estructuras protegen al ac nucleico . La capside esta constituida por un unico polipeptido.
 
https://www.youtube.com/watch?v=kjFC4eo0YEc&feature=youtu.be 		1:12:27
Llamamos sub unidad a cada uno de los polipeptidos que forman parte de una capside o nucleo capside, es decir cada uno de los polipeptidos diferentes que forman una capside o nucleocapside. 
Estas sub unidades se asocian entre si para formar estructuras mas compplejas a las que llamamos unidades estructurales, o protomeros o unidades asimetricas.
Una capside o nucleocapside se vana formar mediante la union de multiples unidades estructurales.
Capsomero: son estructuras superficiales que se pueden observar en el mec, estan formadas por conjunto de unidades estructurales, o partes que podemos disernir al mec. Estas unidades morfologicas no necesariamente coinsiden con las unidades estructurales. Una unidad unidad morfologic puede estar constituida por fragmentos de unidades estructurales, peo cuando observamos a los viriones en el mec podems observar estas agrupaciones de parte de unidades estructurales como una unidad, a la cual le damos el nombre de unidades morfologicas.
Aca tenemosla representacion de lo que significa la simetria espacial icosaedrica. Las partículas que tienen esta simetria se caracterizan por ser cuerpos geometricos que tienen 12 vertices, 20 caras y ejes de simetriasquintuples, triples y dobles.
Como se puede construir una estructura icosaedrica simple, osea la mas simple de las estructuras icosaedricas. Se puede construir con 60 sub unidades, osea 60 polipeptidos se puede construir una particula viral simple. 
El virion mas simple existente en la anturaleza esta formado por 60 polipep identicos entre si.
Es una extructura exxterna de los virus envueltos que no es mas que una membrana derivada de la célula de donde se origino el virion.
La proteccion es relativa, porque la existencia de la envoltura hace que el virion sea mas sensible a factores externos antivirales. La envoltura es de naturaleza lipidica.
Y por otro lado , la envoltura le brinda a los viriones la posibilidad de utilizar mec de ingreso y egreso expecializado a y de la célula a infectar.
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en esta diapo vemos esquematicamente la estructura de una envoltura viral. Donde, en esta doble linea se ve la bicapa lipidica soportada sobre una matrix formada por una prot de origen viral, la prod de la matriz. Y en sta bicapa se insertan lals epiculas pformadas por prot o glicoprot codificadas en el genoma viral.
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Hay unos pocos virus que no tienen una nucleocapside definida, son de capsidees complejas. En lugar de contener una envoltura y una capside contienen una doble envoltura una externa y una interna.
El escacio comprendido entre eel core y la envoltura externa encontramos los cuerpos laterales. Estas estructuras no son comunes entre los virus animales.
el sistema taxonomico actual esta definido y regido cpor el comité internacional de taxonomia viral.
Es gerarquico porque ordena a los virus en jerarquia de complejidad creciente o decreciente dependiendo como uno lo vea.
Es un sist politectico, es decir agrupa a sus integrantes considerando al mismo tiempo dif propiedades sin asignar una propiedad unirsal a una propiedad determinada.
En el caso de los virus, las propiedades equivalentes se consideran todos al mismo tiempo. Si el virus tiene o no envoltura, si la nucleocapside es eicosaedrica o elicodal, genoma RNA o dna. Todo esto se considera al mismo tiempo para definir una familia. 
Los criterios que se utilizan para determinar una jerarquia son todos morfologicos.
A medida que bajamos en la gerarquia y bajamos a generos y especies se toman en cuenta otros criterios menos morfologicos y ams funcionales, presencia de determinadas enzzimas, caracteristicas del genoma, la secuencia genica. Las caracteristicas de la infeccion, los efectos en las cel infectadas, estas son caracteristicas mas biologicas y menos estructural que se utilizan para definir las jerarquias menores.
Por otro lado, este sistema es no sistematico, los criterios que se utilizan para hacer la clasificacion de una det familia y la clasificacion de las dtas caractersticas dentro de esa flia no son identicos a los que se utiliza para otra familia. Es decir los criterios qque utilizams para clasificar a los coronavirus no son la los mismos utilizados para clasificar a los herpesvirus.
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un linaje replicativo: esto significa que todos los miembros de una especie derivan de un ancestro común, estan emparentados entre si, deriban de un virus principal que despues de todas las replicacion deribo en las especies.
Un nicho ecologico, signiifica que infectan a un determinado organos o ser vivo. Por ejemplo entre los herrpes reconocemos dos especie el tipo 1 y 2 . el tipo 1 produce en gral infecciones orofaciales humanas, infecta boca, naris y tejidos circundantes. Mientras que el 2 infecta el trancto genita. Esa sola diferencia a pesar de las similitudes basta para que se consideren dos especies distintas.
https://www.youtube.com/watch?v=kjFC4eo0YEc&feature=youtu.be 1:37:18
cuando nos refeerimos al virus, osea al agtes, en este caso el nombre del virus se escribe en minuscula.
Por ejemplo cuando nos referinmos a la especie virus dengue, eso se escribe VIRUS en mayuscula y dengue en minuscula.
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ENTIDADES SUBVIRALES
snos referimos a tres agtes infecciosos que tienene estrucura mas simples que las de los virus.
Son simplemente llas de RNA sc circular de tamaño pequeño, con un alto nivel de complementariedad interna, lo cual hace que adopte estructuras secundarias caracteristicas. 
Son RNA con capacidad enzimaticas (ribozimas). Se creen que estan ligadas al origen de los virus.
 
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los viroides son patogenos vegetales. Fijensen la cantidad de estructuras secundaria que tiene, con los buclees que se forman en la zona de alta complementariedad. Es un RNA simple cadena. Los viroides se caracterizan por esa secuencia concerbada
Estos por un lado son circulades y por otro su repli dependen de un virus helper, es decir no depende de una enzima celular como la RNA pol II qu replicaba a los viroides, sino que deende de un virus auxiliar que tene que coinfectar esa cel infectada por ell virusoide y que lo va a ayudar para su repli y que ademas va a encapsidar o envolver al genoma del virusoide. 
En virologia humana conocemos a un virusoide que produce una patologia relativamente común que ees la hepatitis D. El virusoide de la hep D es un satelite del virus de la hep B de quien deppende de su replicacion para la envoltura.
Es ssin dudas la entidad mas extraña y simple. 
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 Hay una prot nattiva que es na prot normal sintetizada en una cel normal. Esta prot cumple una funcion determinada y es metabolizada siguiendo una ruta determinada que asegura que una vez que la prot cumplio su funcion es eliminada, pero resulta que hay una version modificada de esa prot nativa que difiere de ella en su estructura de plegamiento, y no solamente esta aml plegada, sino que cuando una version mal plegada de este polipeptido se une a la version nativa, induce la primera en la segunda un cambio conformacionaaal que hace que la prot nativa a dopte la conformacion de la prot mal plegada. De tal manera esta prot mal plegada induce la formación de otra neuva prot mal plegada.
Esta prot mal plegada puede retomar este ciclo y sseguir mal plegando prot nativas de tal maneera que estas se vallan transformando a medida que se van sintetizando en unna prot mal plegada. Esta prot mal plegada ademas puede evadir los sistemas de procesamiento y se acumula en la célula alterando su estructura y funcion. Y en la medida que altera la funcion de la célula, altera las funciones en el individuo ene l cual se ah producido el fenomeno. Si esto se produce en lass neurona por ejemplo conduce a la perdida de la funcion del tejido nervioso afectado. Conduciendo en algunos casos a una enfermededad qu se manifiesta como una demencia senil severa. 
De donde surge este polipept mal pplegado. Puede ocurrir que como ocurre en algunas etnias, haya un gen mutado que genere una version mutadaa que sse plieega mal bajo determinadas circunstancias, y que con el tiempo, la expresion de esa version mutada se incremente y termine conduciendo a este fenomeno de acumulacion, esto se da en algunas etnias.
La otra posibilidad es que haya una generacion expontanea a travex de una mutacion expontanea.
La tercera es a través de la inoculacion exfterna. Por ejemplo que mediante la ingestion se incorpore un prion al organismo que ssea capaz de iniciar este ciclo, qu es lo que ocurre con el mal de la vaca loca.