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Libro: Curtis 1 4 Capítulo Meabolismo y Energía Clases de enegria y transformaciones energéticas La energia se manifiesta en nuestri ambito físico de diferentes formas: energía electrica, energía radiante, energía química, energía nuclear, etc. Estas energias se presentan de manera dirferentes, esta formas energeticas pueden ser interconvertidas casi sin restricciones: solo se requiere un medio o dispositivo fisico adecuado para producir esa conversion. Las celulas de los organismos vivos puede ocurrir gran parte de los tipos de trasformaciones energeticas que se observan en el mundo físico. Los dispositivos que permiten la transformación entre los distintos tipos de enrgia, suelen ser su mayoria proteínas. Protínas especiales de las celulas musculares en los enlaces quimicos de ciertas moleculas en movimiento mecanico. El fenomeno de la vision esta ligado a la conversion de energia luminica en energia luminos, que la trasforman en un impulso bioelectrico. En las células vegetales, ciertas fotopigmentos convierten la energía luminica en energía química, que sera utilizada para la biosíntesis de azúcares a partir de dióxido de carbono. Como vemos en estos ejemplo, la energia es una sola pero puede cobrar distintas formas. La historia de nuestro conocimiento acerca de los principios que rigen estas transformaciones energéticos esta intimamente relacionada con la historia del desarrollo de las maquinas; fue preciso medir la eficiencia de la conversion de un tipo de energía en otro. Así se fue conformando la Termodinámica, ciencia que estudia las transformaciones de energía. Principios de la conservacion de la energía: primera ley de la termodinámica Los trabajadores del físico James Joule (1818-1889) relizados en Gran Bretaña y publicados en 185 los que llevanron a establecer inequivocamente la equivalencia entre trabajo mecánico y el calor. Los experimentos realizados por Joule permitieron cloncluir que cuando un sistema aislado de su exterior es decir, que no intercambia energía con el ambiente, se loe suministra trabajo mecánico, se va obtener una cnatiudad equivalenrte energía termica. Esta afirmacion avala el principio de converción de la energía. En el experimento de Joule la energia mecancáz se transforma en trabajo mecánico y este en energía térmica. La enrergía es transformada, pero no creada o destruida. Cuando las transformaciones energéticas ocurrern en un sistema aislado, la energía total dentro de este permanece constante. Al interpretarse el universo comno un sistema aislado, la generalizacion de estas observaciones condujo a proponer Libro: Curtis 2 4 Capítulo la Primera Ley de la Termodinámica: la energía de universo permanece constante. Los sistemas biológicos son abiertos, es decir, que pueden intercambiar materia y energía con su entorno. En un organismo vivo, la energía perdida o disipada por este es igual a la ganada por su entorno (ambiente) y viceversa. Sin embargo, el primer principio de la termodinamica se refiere a la conservacion de una forma total de energía y no aclara que, cada vez que se realiza un proceso, la parte de la energía involucrada se transforma de energía “útil” en energía que no puede se aprovechada de nuevo (se perdera como calor). La primera ley de la termodinámica y los organismos vivos La utilización de la energía de la dieta en los mamíferos ha sido objeto de investigación durante un gran periodo que va desde la época de Leonardo de Vinci (1452-1519) hasta la del químico francés Antoine-Lurent Lavoisier (1743- 1794). La ideas y estudios pioneros generados por estos investigadores y algunos otros han llevado a pensar que, desde el punto de vista químico, el metabolismo celular guarda algunas semejanzas con el proceso de combustión, proceso rápido en el que generalmente un compuesto que contiene carbono se oxida, liberándose dióxido de carbono, agua y calor si ocurre en forma completa. Sin embargo, cuando los seres vivos oxidan carbohidratos, convierten en forma controlada la energía almacenada en enlaces químicos en otras formas de energía según reacción global: Según la primera ley, la suma de la energía de los productos más la energía liberada durante la reacción es igual a la energía inicial contenida en las sustancia que reaccionan. Es importante comprender que esta ecuación representa el cambio químico global producido en la degradación de la glucosa. En los organismos vivos hay una gran cantidad de pasos intermedios que aumentan la eficiencia con que una gran parte de la energía contenida en los enlaces químicos de la glucosa puede ser convertida en energía aprovechable o energía útil. Una consecuencia directa del cumplimiento del principio de conservación de la energía es que, independientemente de cual sea la cantidad de pasos involucrados para llegar desde glucosa y oxigeno a dióxido de carbono y agua, la energía liberada por el proceso será siempre la misma. Libro: Curtis 3 4 Capítulo Entonces, en la oxidación de la glucosa, la energía liberada está compuesta por una fracción “útil”. Pero otra parte se disipa como calor. Así, la energía total liberada se compone de: La energía total del universo es siempre la misma y dado que la energía no se crea ni se destruye, resultado claro que el calor va en constante aumento, detrimento de otras forma de energía. Dirección de los procesos naturales: segunda ley de la termodinámica Establece la nocion de que existen una dirección hacia la cual cualquier sistema que este fuera del equilibrio tiende a desplazarse. Al hacerlo se disipa energía. Cuando toda la energía útil se haya disipado, en el sistema no podrán ocurrir más procesos. En términos energéticos, podemos pensar en los desequilibrios y heterogeneidades como almacenamientos de energía útil que permiten que se lleven a cabo los procesos. Como mencionamos, la cantidad de energía útil será igual a la energía total puesta en juego durante el proceso, menos cierta cantidad de energía que inevitablemente se disipara: En la década de 1850, el físico alemán Rudolf Clausius (1822-1888) formalizo esta ecuación la estudiar el importante papel de esa energía inevitablemente disipada. Expreso esta fracción energética como el producto de la Temperatura (T) por un factor al que llamo Entropía y simbolizo con la letra S. Supongamos que disponemos de una baraja de naipes: una mitad se utiliza para construir un castillo y la mitad restante se deja de manera desordenada al lado del castillo. Tenemos así dos sistemas construidos con el mismo tipo y número de componentes pero que tienen dos configuraciones o estados diferentes. Si los abandonamos a su suerte, es fácil suponer que después de transcurrido cierto tiempo, la probabilidad de encontrarlos en sus configuraciones iniciales será mucho menor para el primero sistema que para Libro: Curtis 4 4 Capítulo el segundo. Un sencillo experimento para demostrar esto consiste en arrojar los naipes al aire y verificar cuantas veces debemos repetir la experiencia para que un grupo de cartas quede dispuesta en la configuración de castillo. Sin duda, la manera más efectiva de construir y utilizar energía para producir orden. Resutla claro que, librado a suerte y sin un ingreso constante de energía invertido en mantener esta estructura (castillo de naipes), el sistema se derrumbara, disipando la energía potencial gravitacional almacenada. Durante esta transformación, el sistema disipa energía útil y entropía aumenta. En cualquier sistema aislado, los procesos no serán causados por agentes externos a él. Estos procesos internos, que serán considerados espontáneos, ocurren porque en el sistema hay heterogeneidades; si una porción o parte del sistema está más caliente que el resto, esa porción se enfriara hasta que todo el sistema tengaun temperatura uniforme; si existen regiones donde el potencial químico es mayor, este se disipara hasta homogeneizarse. Cuando todos estos procesos hayan compensado los desniveles o gradientes que los originaron, el sistema habrá alcanzado un equilibrio y toda la energía se habrá disipado. Entonces, la entropía del sistema habrá llegado a un máximo. Así, en los sistemas aislados, la entropía nos permite predecir la dirección der los procesos espontáneos. ¿Qué es la vida? Los sistemas biológicos y la segunda ley de la termodinámica La entropía y la flecha del tiempo La entropía funcionaba como una suerte de cuenta regresiva. Dado que todos los procesos llevan de manera inevitable a la disipación de gradientes, tarde o temprano estos desaparecerían. Entonces, cuando ya no hubiera desniveles ni gradientes ni heterogeneidades, ni ocurriera ningún proceso neto, el sistema habría alcanzado un equilibrio. La uniformidad habría alcanzó un máximo y entonces el tiempo se habría detenido ya que en el estado de equilibrio, y sin variaciones en la entropía, el tiempo dejaría de fluir. Los biólogos mostraban que la evolución de la materia viva podría interpretarse por una flecha que parecía desplazarse en el sentido inverso. Los biólogos presentaron, la historia de la vida proponiendo que la materia se había ido autoorganizando espontánea y progresivamente, formando primero células simples, luego organismos pluricelulares en los que más tarde las células se especializaron y formaron organismos más sofisticados y complejos. Para los físicos de la época quedaba claramete establecida la controversia. La probabilidad de que moléculas de mayor o menor complejidad se hubieran Libro: Curtis 5 4 Capítulo asociado en forma espontánea formando estructuras tan complejas como una célula, además de la cuantiosa y paulatina ganancia de información por parte de los sistemas vivos, estaba en franca discrepancia con los principios establecidos por la termodinámica. Los físicos restringieron la aplicación de la ley de la termodinámica al comportamiento de los sistemas materiales inanimados. A mediado del siglo XX, el físico austriaco Erwin Schrödinger (1887-1861), aporto la solución a este problema que parecía insalvable. Intento agrupar conceptos fundamentales de la física, la química y la biología. Hizo notar que el los organismos vivos conviven dos procesos esenciales; la generación de orden a partir de orden y la generación de orden a partir de desorden. Con “orden a partir de orden”, intento explicar la capacidad de los organismos de producir réplicas de sí mismo e incluso de generar variaciones heredables. Schrödinger creía que el gran orden que reina en la materia viva estaba regido por información almacenada en “microcodigo”. Una década más tarde Watson y Crick describieron la estructuras del DNA, una macromolécula que reúne muchas de la condiciones anticipadas por Schrödinger, necesaria para almacenar la información genética. La otra idea de Schrödinger “orden a partir de desorden”, aunque igualmente anticipadora, no fue bien comprendida. Schrödinger se basó en la observación para entonces irrefutable de que los sistemas vivos están alejados del equilibrio. Dentro de las células vivas, las heterogeneidades son la norma. El altor grado de compartimiento se encuentra confinados por barreras físicas (las membranas biológicas). A través de la membrana se forman diferentes tipos de gradientes o potenciales (químicos, quimiosmoticos, electroquímicos, etc.), cada uno de los cuales se constituye por diferencias en las concentraciones de moléculas especificas a uno y otro lado de las membranas. Pero para un compartimiento, no necesariamente debe existir una membrana biológica. Schrödinger reconoció que los sistemas vivos son atravesados constantemente por flujos de materia y energía. Por lo tanto, concluyo que para comprender los balances energéticos que existen en estos sistemas abiertos se debe considerar un sistema más amplio: el sistema bilógico debe considerarse juntamente con su entorno. Un sistema biológico se mantiene vivo en su estado organizado tomando energía del ambiente y procesándola a través de su eficiente maquinaria química. Esta acopla la sucesivas transformaciones energéticas a la producción de trabajo útil, lo que permite ejercer las diferentes funciones celulares y asi mantener su organización interna. Durante estos porcesos, las células devuelven a su entorno energía disipada que consiste en calor y otras formas que rápidamente se distribuyen en el ambiente, aumentando su desorden y entropía. Libro: Curtis 6 4 Capítulo Así, los organismos vivos consiguen ganar orden interno a expensas de generar desorden en su ambiente. Entonces, la ecuación inicialmente planteada para predecir los procesos espontáneos en sistemas aislados: Deben replantearse para los sistemas abiertos: De esta forma, el segundo principio de la termodinámica también se cumple en el caso de los sistemas biológicos, dado que la entropía del conjunto (organismo vivo + entorno) está en permanente aumento. La figura más transcendente que retomo las ideas de Schrödinger fue el físico ruso-belga Ilya Prigogine (1917-2003), quien desarrollo una termodinámica aplicables a procesos que están ocurriendo lejos del equilibrio (conocida como termodinámica de procesos irreversibles). Demostró que lejos del equilibrio un sistema caótico puede autoorgaizarse. Con la termodinámica de procesos irreversibles, Prigogine formalizo el concepto “orden a partir del desorden”. Reacciones químicas en los seres vivos Cuando representamos cualquier reacción química con una ecuación del tipo: Se debe tener en cuenta que estamos representando un proceso global y no significa necesariamente que la transformación de R en P nos existan etapas intermedias. Las etapas intermedias pueden representar a R en otras moléculas estables y entonces, tras sucesivas transformaciones químicas, aparece el producto P. en este caso, el proceso globakl descripto por la ecuación formulada será el resultado de la suma de varias reacciones químicas independiente: Este tipos de reacciones secuenciales que transforma el reactivo R en el producto P es la clave del metabolismo y diferentes organismo puede disponer Libro: Curtis 7 4 Capítulo de distintos números de reacciones para llevar a cabo la conversiones global de R en P, según la estrategia metabólica del organismo en cuestión. Pero aun la conversión química más directa de R en A –descrita por la reacción 1- pueden existir etapas intermedias. En estos casos, las formas químicas intermedias suelen ser inestables (alto contenido energético) y su tiempo de existencia es demasiado corto como para manifestarse como un producto neto de la reacción: En este caso, la cantidad de etapas que generan productos inestables definirán el mecanismo de la reacción. Es importante comprender que, en la naturaleza, una transformación química determinad puede llevarse a cabo por diferentes mecanismos de reacción y cada uno de ellos pueden involucrar más o menos estadios intermedios. Quizás las características más destacada de las reacciones químicas que ocurren en los seres vivos es que se encuentran catalizadas por enzimas. Las presencia de enzimas tiene un profundo impacto en dos aspectos generales de las reacciones químicas: la velocidad y el rendimiento. Sin la presencia de estos catalizadores, una reacción química puede tardar mucho tiempo en ocurrir. En cambio, en un medio celular puede resultar casi instantánea: Las enzimas generan nuevos mecanismos de reacción que involucran estadios intermedios de menor energía. El rendimiento se refiere al hecho de que las enzimas aseguran que todo reactivo se trasforma en producto y que no aparezcan productos secundarios. Transformacionesenergéticas durante las reacciones químicas Durante las reacciones químicas, se puede sufrir configuraciones electrónicas, incluso puede sufrir perdida o ganancia neta en el contenido de electrones – reacciones de oxidorreducción- . En condición final, el contenido energético total de la nueva configuración electrónica habrá cambiado, ya sea aumentando o disminuyendo. En los casos que las reacciones se producen en condiciones de presión constante, la cantidad de energía puesta en juego durante ellas pueden medirse como una cantidad de calor ganada o perdida en juego por las reacciones químicas en estas condiciones recibe el nombre de entalpía. La entalpía se simboliza con la letra H, la cantidad total de energía intercambiada (medible en forma de calor) para una reacción que ocurre en condiciones de presión constante de 1 atmosfera (1atm) es: Libro: Curtis 8 4 Capítulo Qp significa el calor cedido o ganado en una reacción a presión constante. Si al producirse la reacción se libera energía, la entropía de los productos disminuye. Este tipo de reacción se denomina Exotérmica. Si ocurre lo contrario, se denomina Endotérmica. Así, en las condiciones descritas, la entalpía es una manera los cambios energéticos globales sufridos por los átomos o moléculas durante las transformaciones químicas. El cambio global en loa entropía ha sufrido: Sera siempre el mismo. Si se realiza la oxidación total de la glucosa en un calorímetro, obtendremos el siguiente resultado: Esta es en realidad la magnitud del cambio entalpico. Dado que este valor no depende de la forma en que se ejecuta la reacción, permite estimar cual es la cantidad de energía que puede ser liberada en la célula cuando se produce esta reacción. La función termodinámica más utilizada en bioquímica: energía libre de Gibbs Cuando se enfrentan dos sustancias químicas capaces de reaccionar, se genera una situación de desequilibrio químico. La magnitud del desequilibrio dependerá de la diferencia de potencial establecida en el sistema en relación con las configuraciones y los arreglos de los núcleos y electrones de las especies químicas intervinientes. Supongamos una reacción de oxidorreducción del tipo: Inicialmente, al enfrentar A con B, se establece un diferencia de potencial redoc cuando los electrones pasan del estado de mayor concentración en A al de menor energía en B, el sistema logra un estado de mínima energía en el que se habrá logrado el equilibrio químico. La energía liberada por este proceso no se destruye, sino que se libera al medio como calor. Parte de esta energía puede ser aprovechada para producir trabajo de algún tipo: Libro: Curtis 9 4 Capítulo Ahora sabemos que, en una célula viva, el termino energía total intercambiada durante la reacción es igual al cambio de entalpia del sistema. Definimos además que el término que representa aquella cantidad de energía que no es posible aprovechar como trabajo útil (energía disipada) es igual a la magnitud TS. Entonces podemos reescribir la ecuación de la siguiente forma: Expresada de esta forma, la energía útil es una nueva función termodinámica presentada. Para cualquier propiedad termodinámica, es común expresar sus variaciones o diferencias entre los estados final o inicial de un proceso con la griega deltas ( ). Así, reescribiremos la expresión anterior como: Esta magnitud permite estimar cul es la máxima cantidad de energía liberada por una reacción, la cual podría ser transformada en trabajo por organismo. Pero además, este parámetro permite estimar si una reacción química dada será espontanea o no. La dirección natural de todo proceso es la de disminuir su energía libre, es decir, que si el G de una reacción es negativo, esta ocurrirá espontáneamente (dado que la letra simboliza una diferencia entre los estados final e inicial). Esto explica el hecho de que aun las reacciones o trasformaciones endotérmicas puedan ser espontaneas. Veamos esto con algunos ejemplos. Una sustancia conocida como pentóxido de dinitrógeno se descompone espontáneamente en dióxido de nitrógeno y oxígeno, y al hacerlo absorbe calor: El cambio de hielo a agua líquida y el cambio de agua líquida a vapor de agua son procesos endotérmicos porque cuando ellos ocurren se retira una cantidad considerables de calor del aire circulante. En los tres casos, el estado energético final de los componentes del sistema ha aumentado. Sin embargo en condiciones apropiadas, estos procesos se desarrollan en forma Libro: Curtis 10 4 Capítulo espontánea. Lo que ocurre es que si bien los sistemas han aumentado su energía total , la energía libre de los sistemas ha disminuido . El factor clave en los tres ejemplos es el incremento de la entropía. La cuestión de los cambios de energía libre ( G) que determina el curso de las reacciones químicas. Ya mencionamos que el cambio en el contenido de energía total entre los reactivos y los productos ( H) así como el cambio de entropía ( S) contribuye al cambio global de energía libre. Lo ocurrido en los tres ejemplos anteriores es que el valor absoluto del termino T × S es mayor que el del termino H, por lo que el termino G será negativo, que es lo mismo que decir que los procesos sucederán espontáneamente. Las reacciones con G negativos se denominan Exergónicas. Es el tipo de reacciones son las que entregan energía útil para llevar a cabo toda la actividad celular. Cuando G es positivo, la reacción consume energía libre. Este tipo de reacciones se denomina Endergónicas. Es de esperar que este tipo de reacciones no cursen espontáneamente. Sin embargo, en el metabolismo celular existen muchas reacciones de este tipo. Esto puede ocurrir merced a que las reacciones químicas puede acoplarse y así las reacciones Exergónicas les proporcionan energía a las reacciones Endergónicas. Los participantes celulares en las transformaciones energéticas Algunas enzimas son moléculas de RNA, la mayoría de ellas son proteínas globulares de gran tamaño, formadas por una o más cadenas de polipeptídicas. Las cadenas están formadas un surco o bolsillo –sitio activo- en el que encajan las moléculas del sustrato y en donde ocurren la reacción. A veces pueden ser aminoácidos contiguos en la cadena. Pero es frecuente en los aminoácidos del sitio activo ocupen posiciones distantes y en su cercanía en el sitio activo se deba al intricado plegamiento de la cadena de aminoácidos que da origen a la estructura terciaria. En una enzima con estructura cuaternaria, los aminoácidos del sitio activo pueden encontrarse incluso en diferentes cadenas polipeptidicas. Muchas enzimas pueden funcionar como auténticos transductores energéticos al atrapar energía de un tipo (química, lumínica, etc.) en su estructura. Al funcionar como trampas energéticas, la estructuras de las enzimas se tensiona (como un resorte al que se entrega energía) y posteriormente puede liberar esa energía atrapada para realizar algún tipo de trabajo útil. Las enzimas son Catalizadores Biológicos. Un catalizador es una sustancia que modifica la velocidad de una reacción química participando en su mecanismo pero sin sufrir un cambio químico permanente en el proceso. Libro: Curtis 11 4 Capítulo En los ciclos catalíticos, las enzimas interactúan con los reactantes (llamado sustratos) con un solo tipo de reacción químicas en un sistema en el que están ocurriendo cientos de miles de reacciones diferentes. Las células aprovechan esta altísima capacidad “discriminadora” de las enzimas más controlando cada nodo de la intrincada y enmarañada red actividad química que en ellas se desarrollan. El químico alemán Emil Fischer (1852-1919) postulo en 1894 la existencia de sitio activo, comparo las relaciones entre el sitio activo y el sustrato con la que existeentre una cerradura y su llave. Sin embargo, estudios posteriores sobre la estructura de las enzimas surgieren que el sitio activo es mucho más flexible e interactivo que el ojo de una cerradura. La unión entre la enzima y el sustrato parece alterar la conformación de la enzima, que induce un íntimo ajuste entre el sitio activo y el sustrato. Este ajuste inducido crea tensión en las moléculas reactivas, que facilita el curso de reacción. En una reacción química pueden producirse diferentes intermediarios antes de llegar al producto final. Estos estadios químicos intermedios son átomos o moléculas que están a mitad de camino entre el reactivo y el producto; sus configuraciones electrónicas se encuentran alteradas y sus estados energéticos son altos. Cuando su configuración alcanza un nivel crítico de distorsión, se desencadena el final de la transformación química en la que terminan por formarse los productos. La diferencia en energía libre entre los reactivos y sus estadios intermedios es lo que se conoce como energía de activación. En una mezcla de reactantes que se encuentra a una temperatura y una concentración dadas siempre existirá una porción de átomos o moléculas que alcance el estado crítico de distorsión electrónica (es decir, que alcance la energía de activación). Esto es una consecuencia de las colisiones atómicas o moleculares y de agitación térmica molecular. Por esta razón a mayor temperatura y concentración de reactivos, mayor será la cantidad de reactantes que alcance la energía activación. Cofactores en la acción enzimática La actividad catalítica de algunas enzimas no dependen de manera exclusiva de las interacciones físicas y químicas entre los aminoácidos del sitio activo y el sustrato. Muchas enzimas requieren sustancia adicional para que puedan funcionar. Esta sustancia no proteica y de peso molecular se denomina Cofactores. Ciertas moléculas organicas no proteicas –llamadas Coenzimas- también funcionan como cofactores en reacciones catalizadas por enzimas. Estas moléculas se unen en forma temporaria o permanente a la enzima, en general, Libro: Curtis 12 4 Capítulo baste cerca del sitio activo. Algunas coenzimas funcionan como aceptadores de electrones en reacciones de oxidorreducción. Metabolismos: red de redes Reacciones químicas acopladas En última mitad del siglo XX. Los análisis provenientes de la bioquímica y de la biología proporcionaron diversas explicaciones de los fenómenos celulares. Las células, como maquinarias transformadoras de energía, son el “recipiente” en donde se lleva a cabo estos procesos y las enzimas son las piezas más importantes de esta maquinaria. Los bioquímicos agrupan estas reacciones en una serie ordenada de pasos que comúnmente se llaman Vías Metabólicas. Cada vía cumple una función en la vida global de las células o del organismo. Más aun, ciertas vías tienen muchos pasos en común, como las que intervienen en la síntesis de los aminoácidos o de las distintas bases nitrogenadas. Sin embargos, muchos tipos sistemas vivos tienen vías únicas. Las células vegetales, por ejemplo; gastan gran parte de su energía en la construcción de paredes celulares, actividad que no ocurre en las células animales. Algunas vías metabólicas como la glucosa y la respiración son virtualmente universales; ocurren en casi todos los sistemas vivos. A través del metabolismo, la célula se construye a sí misma. El total de las reacciones químicas involucradas en la biosíntesis de sus partes estructurales y funcionales recibe el nombre de Anabolismo. Para que las células puedan construir el edificio celular y ejecutar funciones celulares específicas y de mantenimiento, constantemente degradan moléculas de las que obtienen la energía y los materiales necesarios para impulsar las reacciones anabólicas. Esta actividad química se conoce colectivamente como Catabolismo. Así el metabolismo se pu8ede describir como ciclos de retroalimentación entre las vías catabólicas y las anabólicas. Vías enzimáticas Las enzimas típicamente trabajan en serie, lo que constituye a las vías a las que hicimos referencia. Libro: Curtis 13 4 Capítulo Las células obtienen varias ventajas de este tipo de arreglo. En primer lugar, los grupos de enzimas que intervienen en una vía común pueden estar agrupadas dentro de las células. Algunas enzimas se encuentran en solución, como las que contienen los lisosomas, mientras que otras están embutidas en la membrana de organelas particulares. Las enzimas ubicadas en membranas presentan un patrón de alineación especial en secuencia de modo que el producto de una reacción se traslada directamente a la enzima contigua para la siguiente reacción de la serie. Una segunda ventaja es que se produce escasa acumulación de productos intermedios, pues cada producto tiende a se usado en la próxima reacción de la vía. Esta optimización constituye a un enorme ventaja en términos de ahorro de energía. Una tercera ventaja la constituye el hecho de que pueden llevarse a cabo reacciones que fuera del ambiente celular no son espontaneas (Endergónicas). Este tipo de acoplamiento energético entre reacciones químicas independientemente es de gran importancia en sistemas químicos abiertos, ya que continuamente se eliminan moléculas del producto final. Así, el equilibrio nunca se alcanzara y la conversión de moléculas a través de estas vías continuara, siempre que haya suficiente producto 1. Además, si cualquiera de las reacciones a lo largo de la vía tiene un alto valor G negativa (reacción muy Exergónica), rápidamente utilizara los productos de las reacciones precedentes, impulsando a todas estas reacciones hacia adelante. El encadenamiento de reacciones en las vías enzimáticas, en las que las reacciones termodinámicamente muy favorables impulsan a toda la serie de reacciones hacia delante, es semejante en la gran diversidad de organismos conocidos. En la actualidad, la ciencia concibe el metabolismo como una red de redes. Tal vez la más compleja de todas las redes conocida. En los modos de esa red se encuentran las enzimas y las proteínas relacionadas. Las conexiones son establecidas por los diversos metabolitos o productos intermediarios. La arquitectura de esta red es diferente en cada tipo de organismo, pero el mecanismo de base es sorprendentemente similar. Regulación de la actividad enzimática Como mencionamos, las enzimas y algunas proteínas relacionadas (transportadores, receptores de membrana, etc.) son nodos que integran y coordinan toda la actividad qumica celular. Los principios elementales se Libro: Curtis 14 4 Capítulo centran en unas proteínas especiales, las enzimas alostericas, que funcionan como auténticos detectores e integradores de información química. Interacciones Alostéricas Las interacciones alostericas ocurren en aquellas enzimas que tienen al menos dos sitios de unión: el sitio activo y el sitio de regulación al cual se une una segunda molécula conocida como Efector Alostérico. La unión de un efector cambia la conformación de la molécula de enzima, modificación su sitio activo y, de esta manera, activa o inactiva a la enzima. Algunos tipos muy comunes de modos reguladores que involucran enzima alostericas: 1) Activación por el sustrato. Cuando un metabolito alcanza cierta concentración, abre la puerta de nuevas vías. Este tipo de regulación es característica de enzimas que están en puntos de ramificación del metabolismo. 2) Activación recíproca. Un metabolismo importante, por la habitual el producto final de una vía metabólica, es capaz de activar una enzima de otra vía independiente, y viceversa. Este modo regulador permite coordinar en forma balanceada los niveles de metabolitos que se sintetizan por diferentes vías pero que participan en un mismo proceso.Por ejemplo, aminoácidos que actúan como precursores en la síntesis de proteínas. 3) Bucles de retroalimentación negativa. Una de las enzimas involucradas en alguno del paso que llevan a la síntesis de un metabolito importante es inhibido por un exceso de este metabolito. Así, su concentración intracelular regula la velocidad de su propia síntesis. 4) Bucles de retroalimentación positiva. Una de las enzimas involucradas en alguno de los pasos que llevan a la síntesis de un metabolito (que suele actuar como mensajero químico) es activada por este mismo mensajero. Este mecanismo produce la amplificación de las señales químicas. Dado que a medida que aumenta la concentración del metabolito se incrementa la velocidad con que este se sintetiza, su concentración puede aumentar de manera explosiva en muy poco tiempo. 5) Activación medida por precursores. Una especie química se encuentra corriente arriba de la secuencia de pasos en el que opera la enzima alostericas, es decir, algunos pasos más atrás en la vía metabólica. Este tipo de regulación asegura que la ruta metabólica este activa cuando hay suficiente precursor. Libro: Curtis 15 4 Capítulo Las enzimas alostericas pueden ser nodos de información muy complejos y en consecuencia estar sujetas a más de uno de los modos reguladores anteriormente mencionados. Regulación transcripcional de los niveles enzimáticos La concentraciones de moléculas de enzimas, al igual que la disponibilidad de cofactores, son limitantes de la velocidad con que opera una vía metabólica en la que participen. Más aun, muchas enzimas son degradas rápidamente por otras enzimas que hidrolizan enlaces peptídicos. Para la célula, un medio altamente eficiente de regulación de esta enzimas que son degradadas con rapidez consiste en producirlas solo cuando se necesitan. El primer paso en la producción de una proteína es la transcripción, proceso por el cual se forma RNA a partir de DNA. Regulando este proceso, las células pueden poner en marcha y detener la producción d determinada enzima, acelerando o desacelerando en consecuencia a la vía metabólica en la que esta participa. Regulación postraduccional La traducción es el último paso en el proceso de síntesis de proteínas. Cualquier modificación que ocurra en la estructura de las proteínas ya sintetizadas se conoce como modificación postraduccional. Algunas enzimas se producen en forma inactiva y solo se activan en el momento exacto en que se necesitan, habitualmente por acción de otra enzima. Además, las enzimas pueden activarse o inhibirse por modificaciones químicas covalentes en algunos de los residuos de aminoácidos que la componen. Un caso muy común de modificación postraduccional es la fosforilacion mediada por cinasas, en el que la enzima fosforilada sufre un cambio de conformación con una variación concomitante de su actividad química. Otros reguladores de la actividad enzimática Efecto de la temperatura y del pH en la actividad enzimática Existen otras variables –como el pH, o la temperatura- que tienen un efecto más general sobre todas las enzimas. Por otro lado, la concentración de ciertos tóxicos provenientes del ambiente pueden tener espectros de acción más reducidos e incluso algunas sustancia toxicas tienen un único blanco de acción –una sola enzima- en metabolismo celular. Libro: Curtis 16 4 Capítulo Un incremento de la temperatura aumenta la velocidad de las reacciones químicas no catalizadas. La velocidad de la mayoría de las reacciones enzimáticas se duplica aproximadamente por cada 10 ºC de aumento en la temperatura y luego cae muy rápido por encima de los 40 ºC. Cuando una proteína pierde su estructura tridimensional características, se dice que está desnaturalizada. Inhibidores Competitivos Algunos compuestos inhiben la actividad enzimática ocupando temporalmente el sitio activo de la enzima: esta forma de regulación se conoce como Inhibición Competitiva, dado que el compuesto regulador y el sustrato compiten para unirse al sitio activo. La inhibición competitiva es completamente reversible; el resultado de la competencia en cualquier momento en particular dependen de cuantas moléculas de cada tipo estén presentes. Por ejemplo; en la serie de reacciones: El producto final F puede ser similar en estructura al producto D, F podría ocupar el sitio activo de la enzima E, evitando que D, el sustrato normal, se una a la enzima. Cuando F fuera consumida por la célula, el sitio activo de la enzima E4 estaría disponible una vez más para E. Inhibidores no competitivo En la inhibición no competitiva, el compuesto químico inhibidor, que no necesariamente se parece al sustrato, se une a la enzima en un sitio de la molécula distinto del sitio activo. Al igual que la inhibición competitiva, la inhibición no competitiva a menudo es reversible pero esta reversión no se cumple por un incremento en las concentraciones de sustrato. Inhibidores irreversibles Algunas sustancias inhiben a las enzimas en forma irreversible, porque se unen permanentemente con grupos funcionales clave del sitio activo o porque desnaturalizan por completo a la proteína de modo tal que su estructura terciaria no se puede restablecer. Libro: Curtis 17 4 Capítulo ATP: la moneda energética de la célula Como pudimos ver, la red metabólica se acopla reacciones Endergónicas y reacciones Exergónicas. Estas últimas aporta la energía libre necesaria para que ocurran las primeras. Una gran proporción de esta energía proveniente de una sola molécula; el Trifosfato de Adenosina o ATP. Las células son capaces de almacenar energía en los enlaces de ciertas macromoléculas especiales como lo son el almidón en plantas y el glucógeno en bacterias y animales. En cierto sentido, estas reservas energéticas funcionan como el dinero depositado en un banco. Las células pueden disponer de estos recursos en cualquier momento, pero el acceso no es inmediato. Es necesaria que primero ciertas vías metabólicas sean activadas de modo que estas macromoléculas sean degradadas a compuestos de bajo peso molecular. Estos serán distribuidos luego por otras vías metabólicas para transformarse finalmente en recursos energéticos y materiales. Por su parte, el ATP es como el cambio de bolsillo: es moneda energética de la célula que puede gastarse de inmediato. El ATP está constituido por la base nitrogenada adenina, el azúcar de cinco carbonos ribosa y tres grupos fosfato. Estos tres grupos fosfatos están unidos en forma covalente entre si y constituyen enlaces de alta energía debido, en parte, a la distribución de las cargas eléctricas negativas. Estos constituyen unas características importantes en la función del ATP. Estos enlaces covalentes de fosforo pueden romperse con facilidad y liberar una cantidad de energía adecuada que pone en marcha muchas reacciones importantes de la célula. Cuando un grupo fosfato se separa por hidrolisis, la molécula de ATP se convierte en ADP –difosfato de adenosina- y fosfato inorgánico. ATP en acción En las células, el ATP a veces se hidroliza directamente a ADP (difosfato de adenosina) y fosfato, y liberado energía para distintas actividades. Las enzimas que catalizan la hidrolisis de ATP se conocen como ATPasa y comprenden una gran familia de proteínas relacionadas involucradas en funciones celulares tan diversas como el movimiento de los cilios y los flagelos, el desplazamiento de los microtúbulos de huso mitótico y el transporte de moléculas e iones a través de membranas celulares en contra de un gradiente electroquímico. En todos estos procesos, las ATPasa permiten acoplar energéticamente la hidrolisis de ATP para impulsar procesos endergónicas. Un caso particular lo conforma la F; F0 ATP sintetasa, responsable del acoplamiento quimiosmoticos. En esteproceso se sintetiza ATP a partir de ADP. Libro: Curtis 18 4 Capítulo Habitualmente, sin embargo el grupo fosfato terminal del ATP no solo se elimina, sino que se transfiere a otra molécula. Esta adición de un grupo fosfato se conoce como Fosforilación y la lleva a cabo una familia de enzimas llamadas Cinasas. Las cinasas cumplen un papel importante en la regulación de muchas actividades de la célula, como el crecimiento, la morfogénesis, el movimiento celular, etc. Como indicamos, las cinasas pueden activar determinadas enzimas por uniones covalentes del grupo fosfato y así regular su actividad en ciertos procesos metabólicos. Existen otro grupo de enzimas denominadas Fosfatasa, que se encargan de eliminar los grupos fosfato de la molécula que, por lo general, fueron incorporados por cinasas. La interacción entre cinasas y fosfatasa regula una gran cantidad de vías metabólicas. Las reacciones de fosforilación transfieren parte de la energía del grupo fosfato de la molécula de ATP al compuesto que será fosforilado que, así provisto de energía, participa en una reacción posterior. El compuesto fosforilado puede ser una enzima o incluso un sustrato. Por ejemplo: Si la suma de la energía libre de W y de la energía libre de X fuera menor que la suma de la de Y y Z, la reacción no ocurriría en un grado significativo (reacción endergónicas). Los químicos podrían impulsar esta reacción suministrando energía externa, probablemente en forma de calor. En cambio, la célula puede llevar a cabo el proceso en dos etapas. Primero: Aquí ls energía liberada de los productos es menor que la de las sustancias reactivas, de modo que esta reacción ocurrirá. Sin embargo, gran parte de la energía de la que se dispuso cuando el grupo fosfato fue eliminado del ATP se conserva en el nuevo compuesto W-fosfato o W-P. el siguiente paso en el proceso es: Con liberación de fosfato de W, esta segunda reacción también se transforma en exergónicas Y, por lo tanto puede ocurrir.
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