Árbol de Wagner, optimización, ci y ri

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I. CONSTRUCCIÓN DE UN CLADOGRAMA CON EL MÉTODO DE ÁRBOL DE
WAGNER.
A partir de la siguiente tabla (que incluye la matriz de caracteres) construye un cladograma
usando el método de Árbol de Wagner.
1 2 3 4 5 6 7 8 DM
GE 0 0 0 0 0 0 0 0 0
A 1 0 1 0 1 1 1 0
B 0 0 0 0 1 0 0 0
C 0 0 1 0 1 1 0 0
D 1 1 1 1 1 1 0 1
E 1 0 1 1 1 1 1 0
F 1 1 0 1 1 1 1 1
N1
N2
N3
N4-1
N4-2
A B C D E F N1 N2 N3 N4-1 N4-2
A
B
C
D
E
F
N1
N2
N3
N4-1
N4-2
El procedimiento general para elaborar un árbol de Wagner es:
1. Añadir los taxones de los que tienen menores distancias de Manhattan (DM)
respecto al grupo externo a los que tienen mayores DMs respectos al grupo externo.
1 2 3 4 5 6 7 8 DM
GE 0 0 0 0 0 0 0 0 0
A 1 0 1 0 1 1 1 0 5
B 0 0 0 0 1 0 0 0 1
C 0 0 1 0 1 1 0 0 3
D 1 1 1 1 1 1 0 1 7
E 1 0 1 1 1 1 1 0 6
F 1 1 0 1 1 1 1 1 7
A B C D E F
A 0
B 4 0
C 2 2 0
D 4 6 4 0
E 1 5 3 3 0
F 4 6 6 2 3 0
El taxón con menos DM al GE es B
Ahora ¿quién tiene menor DM de los taxones?
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐴
= 5
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐶
= 3
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐷
= 7
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐸
= 6
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐹
= 7
Obtener los estados de carácter de N1
1 2 3 4 5 6 7 8 DM
GE 0 0 0 0 0 0 0 0 0
B 0 0 0 0 1 0 0 0 1
C 0 0 1 0 1 1 0 0 3
N1 0 0 0 0 1 0 0 0 1
Ahora ¿quién tiene menor DM de los taxones?
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐴
= 5
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐷
= 7
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐸
= 6
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐹
= 7
¿Y con quien de GE, C, B o N1 está junto?
A B C D E F
A 0
B 4 0
C 2 2 0
D 4 6 4 0
E 1 5 3 3 0
F 4 6 6 2 3 0
N1 4 6 5 6
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐴
= 5
𝐷𝑀
𝐴−𝐶
= 2
𝐷𝑀
𝐴−𝐵
= 4
𝐷𝑀
𝐴−𝑁1
= 4
Obtener los estados de carácter de N1
1 2 3 4 5 6 7 8 DM
B 0 0 0 0 1 0 0 0 0
A 1 0 1 0 1 1 1 0 5
C 0 0 1 0 1 1 0 0 3
N2 0 0 1 0 1 1 0 0 3
Ahora ¿quién tiene menor DM de los taxones?
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐷
= 7
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐸
= 6
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐹
= 7
¿Y con quien de GE, C, B, A, N2 o N1 está junto?
A B C D E F
A 0
B 4 0
C 2 2 0
D 4 6 4 0
E 1 5 3 3 0
F 4 6 6 2 3 0
N1 4 6 5 6
N2 4 3 6
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐸
= 6
𝐷𝑀
𝐸−𝐴
= 1
𝐷𝑀
𝐸−𝐵
= 5
𝐷𝑀
𝐸−𝐶
= 3
𝐷𝑀
𝐸−𝑁1
= 5
𝐷𝑀
𝐸−𝑁2
= 3
Obtener los estados de carácter de N3
1 2 3 4 5 6 7 8 DM
A 1 0 1 0 1 1 1 0 5
E 1 0 1 1 1 1 1 0 6
N2 0 0 1 0 1 1 0 0 3
N3 1 0 1 0 1 1 1 0 5
Ahora ¿quién tiene menor DM de los taxones?. Cual quiera de D o F, en este caso
usaremos D
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐷
= 7
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐹
= 7
¿Y con quien de GE, C, B, A, N2 o N1 está junto?
A B C D E F
A 0
B 4 0
C 2 2 0
D 4 6 4 0
E 1 5 3 3 0
F 4 6 6 2 3 0
N1 4 6 5 6
N2 4 3 6
N3 4 4
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐷
= 7
𝐷𝑀
𝐷−𝐴
= 4
𝐷𝑀
𝐷−𝐵
= 6
𝐷𝑀
𝐷−𝐶
= 4
𝐷𝑀
𝐷−𝐸
= 3
𝐷𝑀
𝐷−𝑁1
= 6
𝐷𝑀
𝐷−𝑁2
= 4
𝐷𝑀
𝐷−𝑁3
= 4
Obtener los estados de carácter de N3
1 2 3 4 5 6 7 8 DM
A 1 0 1 0 1 1 1 0 5
E 1 0 1 1 1 1 1 0 6
N2 0 0 1 0 1 1 0 0 3
N3 1 0 1 0 1 1 1 0 5
Ahora ¿quién tiene menor DM de los taxones?. Cual quiera de D o F, en este caso
usaremos D
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐷
= 7
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐹
= 7
¿Y con quien de GE, C, B, A, N2 o N1 está junto?
A B C D E F
A 0
B 4 0
C 2 2 0
D 4 6 4 0
E 1 5 3 3 0
F 4 6 6 2 3 0
N1 4 6 5 6
N2 4 3 6
N3 4 4
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐷
= 7
𝐷𝑀
𝐷−𝐴
= 4
𝐷𝑀
𝐷−𝐵
= 6
𝐷𝑀
𝐷−𝐶
= 4
𝐷𝑀
𝐷−𝐸
= 3
𝐷𝑀
𝐷−𝑁1
= 6
𝐷𝑀
𝐷−𝑁2
= 4
𝐷𝑀
𝐷−𝑁3
= 4
Obtener los estados de carácter de N4
1 2 3 4 5 6 7 8 DM
D 1 1 1 1 1 1 0 1 7
E 1 0 1 1 1 1 1 0 6
N3 1 0 1 0 1 1 1 0 5
N4 1 0 1 0 1 1 1 0 5
Último taxón
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐹
= 7
¿Y con quien de GE, C, B, A, D, E, N2, N1, N4 o N3 está junto?
A B C D E F
A 0
B 4 0
C 2 2 0
D 4 6 4 0
E 1 5 3 3 0
F 4 6 6 2 3 0
N1 4 6 5 6
N2 4 3 6
N3 4 4
N4 3
𝐷𝑀
𝐺𝐸−𝐹
= 7
𝐷𝑀
𝐹−𝐴
= 4
𝐷𝑀
𝐹−𝐵
= 6
𝐷𝑀
𝐹−𝐶
= 6
𝐷𝑀
𝐹−𝐷
= 2
𝐷𝑀
𝐹−𝐸
= 3
𝐷𝑀
𝐹−𝑁1
= 6
𝐷𝑀
𝐹−𝑁2
= 6
𝐷𝑀
𝐹−𝑁3
= 4
𝐷𝑀
𝐹−𝑁4−1
= 3
II. OPTIMIZACIÓN Y ESTADÍSTICOS DE LOS CLADOGRAMAS (longitud, ci y ri)
CARÁCTER 1
Hubo un cambio de 11 a 10 cambiando el estado del carácter de 0 a 1.
CARÁCTER 3
Se presentaron dos cambios, uno de 12 a 11 cambiando el estado de carácter de 0 a 1; el
otro cambio fue de 8 a 6 cambiando el estado de carácter de 1 a 0.
CARÁCTER 7
En el carácter 7 se presentaron dos cambios. el primero de 11 a 10 cambiando de 0 a 1; el
segundo cambio de 8 a 4 donde el estado de carácter cambió de 1 a 0.