Debido a que el número de árboles posibles crece muy rápidamente según el número de especies, no es viable en la práctica calcular el árbol que mejor se ajusta con una exactitud perfecta. Sin embargo, existen muchos métodos para encontrar un árbol que se ajuste casi tan bien como lo haría el mejor árbol teórico. Estos métodos provienen de un área de las matemáticas conocida como optimización, que se usa con frecuencia en la industria y la economía.