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Polimorfismos genéticos: Importancia y aplicaciones A lo largo de los años, la biología molecular ha presentado grandes cambios y avances, en donde se han logrado conocer e identificar diversas cosas en el ámbito de la medicina, farmacología, genética, entre otras áreas. Todo esto nace a partir del estudio del ADN, el cual se encuentra en el núcleo de todas las células y es el responsable de las características propias de cada individuo, por lo que a partir de esta diversidad es que se quedan reflejados los marcadores moleculares, conocidos como polimorfismos, los cuales se pueden definir como la existencia simultánea en una población de genomas con distintos alelos para un locus determinado. El progreso alcanzado por la biología molecular ha dado gran impulso a nuevas técnicas. Uno de los grandes logros fue aprender a determinar la secuencia de bases de un fragmento de ADN. A partir de esto, podemos encontrar el Proyecto del Genoma Humano, el cual empezó en 1990 logrando descifrar la secuencia completa en el 2001. Podemos encontrar entonces que el genoma humano contiene entre 30,000 y 35,000 genes, de los cuales solo el 5% participa en la codificación de la información. Entonces, también podemos encontrar que existen aproximadamente 10 millones de polimorfismos de nucleótido sencillo, los cuales se conocen también como PNS o SNP. La variabilidad fenotípica de cada individuo, así como la susceptibilidad o la resistencia individual a distintas enfermedades radica principalmente en los SNP’s, aunque también se pueden dar en menor medida a inserciones, deleciones, secuencias repetidas y/o re-arreglos cromosómicos. Los cambios en el ADN son llamados también mutaciones, que estos pueden ser originados por errores en los mecanismos de replicación y reparación del ADN, así como por factores ambientales, por lo que, de esta forma, pueden tener efectos deletéreos y causar enfermedades. Podemos encontrar entonces varios tipos de polimorfismos, los cuales pueden ser las inserciones, deleciones, cambios en el número de secuencias repetidas, pero los más frecuentes son los SNP ’s. El estudio de los polimorfismos ha servido de pauta para la creación de nuevas disciplinas como la ecogenética y la farmacogenética, en donde la ecogenética define las bases genéticas de las diferencias individuales en respuesta a los factores ambientales, mientras que la farmacogenética se centra en la definición de las diferencias individuales en respuesta a un tratamiento farmacológico. Polimorfismo de nucleótido sencillo (SNP) La mayoría de los SNP’s tienen dos alelos, los cuales están representados por una sustitución de base por otra. Debido a que los humanos son diploides, un individuo puede tener uno de tres genotipos: homocigoto para el alelo más frecuente, heterocigoto, u homocigoto para el alelo menos frecuente. Los SNP’s se presentan uno cada 200 pares de bases en el genoma humano, por lo tanto, se esperaría que existieran aproximadamente 6 millones de SNP’s en el genoma humano. Estos SNP’s pueden estar presentes en regiones codificantes y provocar un cambio en un aminoácido, los cuales se conocen como “no sinónimos”. También podemos encontrar los SNP’s sinónimos (o silenciosos) los cuales no alteran la conformación del gen. Por otro lado, podemos encontrar diferentes clasificaciones de los SNP’s de acuerdo a su localización en el genoma, los cuales son los iSNP, si están localizados en regiones intrónicas, los cSNP, si están localizados en regiones intrónicas, los cSNP, si se encuentran en regiones codificantes (exones), los rSNP, en regiones reguladoras y los gSNP, que se encuentran localizados en regiones intergenómicas. Polimorfismos de secuencias repetidas. Este tipo de polimorfismos tienen una mayor aplicación en el diagnóstico genético y son conocidos como VNTR-minisatélites y VNTR-microsatélites o STR. En ambos casos presentan un número variable de repeticiones en tándem. Los minisatélites son loci que corresponden a secuencias de ADN de unas pocas decenas de nucleótidos repetidas en tándem, las cuales pueden variar de cromosoma a cromosoma. Este tipo de polimorfismo tiene como inconveniente que no están distribuidos por todo el genoma y solo pueden ser utilizados en el diagnóstico de un número muy reducido de enfermedades. Por otro lado, podemos encontrar que tienen una gran importancia en la determinación de la paternidad y en los protocolos de identificación genética en el ámbito judicial. Aplicación de los polimorfismos. Se puede encontrar que los polimorfismos tienen diversas aplicaciones, que van desde aplicaciones en medicina, investigaciones biológicas y procesos jurídicos. De esta forma, los polimorfismos localizados cerda de un “gen candidato” pueden ser usados para hallar el gen por sí mismo a través de un mapeo genético. El mapeo genético consiste en que el investigador se encuentra buscando los polimorfismos que son heredados junto con la enfermedad, tratando de delimitarlos en regiones más y más pequeñas del cromosoma, por lo que, al llegar a la región del cromosoma implicada en la enfermedad, esta puede ser progresivamente delimitada, por lo que el gen responsable puede ser finalmente localizado. Si se analizan suficientes polimorfismos, se pueden distinguir distintos individuos con un alto grado de confianza, lo cual es conocido como “huellas de ADN”, este método representa una herramienta importante en medicina forense y en procesos jurídicos. Tanto es su avance que el genotipo de una persona o su huella de ADN puede determinarse a partir de muestras muy pequeñas de cabello, sangre, células de la piel, entre otras, para así poder ser comparado el resultado con el genotipo de la persona que se encuentre sospechosa ante algún delito- SNP y estudios de asociación a enfermedades. Este tipo de estudios permiten identificar los genes que se encuentran relacionados con distintas enfermedades, por lo que a partir de esto han surgido pruebas directas e indirectas para el estudio de genes candidatos. Dentro de los estudios de prueba directa, el SNP que se supone responsable de una enfermedad es genotipificado directamente. Por otro lado, los estudios indirectos de asociación genética difieren de las pruebas directas por que el estudio de los SNP’s no es probado directamente, debido a que este tipo de estudios se basa en un análisis de ligamiento genético, el cual utiliza marcadores neutrales, lo que genera que no se hagan predicciones sobre la localización del gen responsable de la enfermedad en estudio. Este tipo de estudios indirectos son más frecuentes en estudios de casos-control. De esta forma, existen dos tipos de estudios indirectos, los cuales son el análisis de ligamiento y estudios de asociación de genes candidatos. Análisis de ligamiento Es un método en donde se hace una búsqueda aleatoria en el genoma para tratar de encontrar los genes asociados a una enfermedad. En este tipo de estudios se requieren mínimo dos generaciones de las familias afectadas, en donde cada miembro de la familia es genotipificado para marcadores de ADN que están esparcidos a lo largo del genoma, por lo que a partir de esto se determina cuales marcadores son heredados más frecuentemente con la enfermedad. De esta forma, una ventaja de este método es que se pueden encontrar nuevos genes implicados en la patogénesis de la enfermedad y no se limita a la búsqueda de polimorfismos en genes que se sabe son causantes de ella. Estudios de asociación genética. En este tipo de estudios se buscan polimorfismos individuales de genes implicados en la patogénesis de la enfermedad, y así, poder determinar si existe algún tipo de relación ella, por lo que primero es necesario identificar los genes candidatos que se crea o se sepa son importantes en la patogénesis de una condición, posteriormente,se deben identificar los diferentes polimorfismos sobre el gen que pudieran estar afectando su función, y finalmente examinar si los polimorfismos elegidos ocurren más frecuentemente en individuos que tienen la enfermedad con respecto a una población control, o si este tipo de variación predice el desarrollo de la enfermedad en un estudio de cohorte. Dentro de este tipo de estudio podemos encontrar como ventaja que los sujetos de estudio son individuos no relacionados, y no se requieren datos fenotípicos ni genotípicos de múltiples generaciones, aunque una asociación positiva puede no ser debida siempre a un papel causal del polimorfismo. Nuevos polimorfismos. La secuenciación del ADN es la prueba de oro para la detección de nuevos polimorfismos, pero resulta muy costosa, por lo que se han desarrollado diferentes métodos para realizar este tipo de escaneo, la mayoría explota las diferencias que existen entre los no apareamientos de cadenas heterodúplex de ADN y de los apareamientos de cadenas homoduplex de ADN. Entre ellos se pueden encontrar los siguientes: - D/TGGE (Geles de electroforesis en gradiente desnaturalizante térmico) - SSCP (Polimorfismo de conformaciones de cadena sencilla) - DHPLC (Cromatografía líquida de alta resolución) - Secuenciación por hibridación Discriminación alélica. Los que se utilizan actualmente emplean cuatro mecanismos generales para llevar a cabo la discriminación alélica: - Hibridación alelo-específica - Ligación de oligonucleótidos alelo-específicas - Incorporación de oligonucleótidos alelo-específica - Corte enzimático alelo-específico. Algunas de las técnicas empleadas son: - PCR-RFLP (Polimorfismo en el tamaño de los fragmentos de restricción) - Hibridación - Extensión de oligonucleótidos (Primer extensión) - PCR en tiempo real Finalmente, el estudio de estos polimorfismos ha permitido tener grandes avances en el estudio de enfermedades que se pueden presentar en las personas, los cuales pueden tener su comportamiento basado en la genética. Gracias a este tipo de estudios es que se van desarrollando nuevas técnicas para una mejor identificación de los mismos, lo que nos sirve para comprender casi la razón de ser de una enfermedad, Referencias Checa, M. (2007). Polimorfismo genético: importancia y aplicaciones. Rev. Inst Nal Enf Resp Mex, Medigraphic 20 (3); pp. 213-221. Consultado el 25 de marzo de 2022. Recuperado de https://www.medigraphic.com/pdfs/iner/in-2007/in073h.pdf. Torrades, S. (2002). Diversidad del genoma humano: los polimorfismos. Consultado el 25 de marzo de 2022. Recuperado de: https://www.elsevier.es/es-revista-offarm-4-articulo-diversidad-del- genoma-humano-polimorfismos-13031745 https://www.medigraphic.com/pdfs/iner/in-2007/in073h.pdf https://www.elsevier.es/es-revista-offarm-4-articulo-diversidad-del-genoma-humano-polimorfismos-13031745 https://www.elsevier.es/es-revista-offarm-4-articulo-diversidad-del-genoma-humano-polimorfismos-13031745
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