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BIOLOGIA CELULAR III UNIDAD ACADEMICA. CICLO LECTIVO 2020 SEMINARIO Nº 11 REGULACIÓN DE LA EXPRESIÓN GÉNICA EN PROCARIONTES Y EUCARIONTES Flujo de la información genética OBJETIVOS: ADAPTACIÓN AL MEDIO ECONOMÍA DE ENERGÍA Y METABOLITOS En procariontes la transcripción representa el principal nivel de regulación de la expresión génica En eucariontes la regulación de la expresión génica ocurre en múltiples niveles 1. Inducción enzimática del operón lactosa a) control represivo b) control positivo 2. Represión enzimática del operón triptofano a nivel de la iniciación de la transcripción 3. Interrupción prematura de la transcripción del operón triptofano Mecanismos de regulación de la expresión génica en procariontes En procariontes existen grupos de genes que se regulan en forma coordinada. A estos grupos de genes se los denomina operón. OPERON: Unidad genética constituida por genes adyacentes que funcionan coordinadamente bajo el control de un operador, una única proteína represora y un solo promotor. Regulación de la expresión génica en procariontes Regulación del operon lac por la presencia del inductor Operón Lactosa activo Operón Lactosa inactivo Regulación del operon lac por la presencia del inductor y por la Proteina Activadora del Catabolito (CAP) Operon Triptofano Activación y desactivación de los genes para la síntesis de Triptofano (TRP) Distintos tipos celulares La diferenciación celular implica la expresión diferencial de genes. ¿Qué tienen en común una neurona de mi retina y un linfocito de mi sangre periférica? neurona linfocito Ambos comparten el mismo genoma Figure 8-3 Essential Cell Biology (© Garland Science 2010) transcripto primario de ARN ARN inactivo proteína proteína inactiva proteína activa Control de la transcripción Control del procesamiento del ARN Control del transporte y localización del ARN Control de la degradación del ARNm Control de la traducción Control de la actividad proteica CitosolNúcleo Niveles de regulación de la expresión génica en eucariontes Como ya sabemos ….. La regulación ocurre a distintos niveles durante el camino ADN → proteína 1.- Estructura de la cromatina a.- Empaquetamiento b.- Modificaciones epigenéticas - de histonas - del ADN 2.- Rearreglos génicos (Plasticidad del genoma). 3.- Transcripción propiamente dicha Secuencias regulatorias a.- Promotores (basales, río arriba) b.- Enhancers c.- Silenciadores d.- Superenhacers d.- Aislante (Insulator) c.- Factores de transcripción basales y específicos Niveles de regulación de la expresión génica en eucariontes I A NIVEL TRANSCRIPCIONAL II A NIVEL POST-TRASNCRIPCIONAL a.- Agregados 5`- y 3`- (en el caso del mRNA) b.- Eliminación de intrones c.- Splicing alternativo (mRNA) III ARNm MADURO EN EL CITOPLASMA a.- Transporte b.- Estabilidad del ARNm. c.- Secuencia AUUUA en el 3‘- UTR (Degradación temprana). d.- Acción de ARN pequeños no codificantes. IV A NIVEL TRADUCCIONAL Inicio de la translación (reconocimiento del codón AUG correcto). V A NIVEL POST-TRADUCCIONAL a.- Modificaciones (glicosilación, agregado GPI, acetilación., etc) b.- Transporte a su destino final c.- Estabilidad Niveles de regulación de la expresión génica en eucariontes I Control a nivel transcripcional 1.- Estructura de la cromatina 2.- Rearreglos génicos (Plasticidad del genoma). 3.- Transcripción propiamente dicha transcripto primario de ARN ARN inactivo proteína proteína inactiva proteína activa Control de la transcripción CitosolNúcleo Niveles de empaquetamiento de la cromatina Las histonas fibra fina de 10 nm (arrosariada) Microscopía electrónica de las fibras fina y gruesa de cromatina fibra gruesa de 30 nm (solenoide) Regiones libres de nucleosomas en la fibra gruesa de cromatina de 30 nm ACTIVATION REPRESSION DNAH3/H4 10 nM 30 nM Pol II Las modificaciones epigenéticas condicionan el grado de condensación de la cromatina Modificaciones epigenéticas de las histonas O-Palmitoilación ADP- Ribosilación Sumoilización Acetilación Metilación Ubiquitinización Fosforilación Glicosilación Deimininación K:lisina; C:carboxiterminal; E:glutámico; M: metil; P:fosfato; S:serino; Ub: ubiquitin Modificaciones químicas de las “colitas” de las histonas nucleosómicas Disminuyen enrollamiento Acetilación (en Lys) Metilación Lys4, Arg17, Arg26 en H3. Desosforilación Ser10 en H3. Ubiquitinación H2B Aumentan enrollamiento Desacetilación (en Lys) Metilación (en Lys o Arg) Fosforilación (Ser, Thr) Ubiquitinación H2A Modificaciones de las histonas. Acetilación - Desacetilación de histonas Un target terapéutico Terapia Transcripcional Metilaciones de sitios específicos en el ADN. Otro target de la Terapia Transcripcional Uso clínico de 5 – Azacitidina como hipometilante de ADN Ejemplo: algunos tipos de Leucemias como la Leucemia mielomonocítica crónica. Han comenzado clinical trials combinando la 5-Aza con inhibidores de desacetilasas de histonas. Un ejemplo … Actividad de los Complejos Represores de Proteinas Polycomb (PRC) 1 y 2 Se han desarrollado péptidos inhibidores de la actividad de EZH2 Complejos transcripcionales Level 1 Level 2 Bcl-6 SMARTe NCoR HDACs DNMTs Factor de Transcripción Represor Co-Factores Represores Level 3 Modificadores de Histonas Modificadores de ADN Otro ejemplo de terapia transcripcional Dímero de BCL6 Co- represor Síntesis de un péptido que compite con el co-represor por su unión a BCL6. Los co-represores son desplazados, se re-expresan los genes antes silenciados por BCL6 Interferencia de una interacción proteína-proteína Secuencias Génicas y Secuencias Relacionadas con los Genes.20 % Secuencias repetitivas en tándem Satélites. Minisatélites. Microsatélites. Secuencias Extragénicas. 3 x 109 pares de bases por genoma haploide. Copia única ADN repetitivo 20% 80% Promotor Enhancers Intrones Exones Secuencias repetitivas intercaladas SINEs LINEs Organización del genoma humano Clasificación de las Secuencias del ADN Genómico Humano Secuencias Extragénicas ADN Repetitivo Satélites. Minisatélites. Microsatélites. SINEs LINEs Pseudogenes Pseudogenes Procesados Transposones En Tandem Intercaladas Los transposones de ADN pueden flanquear un exón e incluirlo en la molécula de ADN intermediario, para finalmente insertar el nuevo exón en otro gen Transposición Los genes pueden ser: Constitutivos o domésticos (“housekeeping”). Presentan una expresión basal y no requieren ser regulados. Regulables (inducibles o reprimibles) en su nivel, momento o tiempo y lugar de expresión Los genes eucariotas Copia única Copias múltiples (redundancia) (p.e. genes para ARNr, ARNt, algunos ARNm) Pueden amplificarse Están distribuidos en diferentes cromosomas Poseen exones e intrones El genoma humano posee entre 20.000 y 25.000 genes Tres tipos de ARN Polimerasas en eucariontes (Cada una constituida por 12-17 subunidades) Una única ARN Polimerasa en procariontes TIPO DE POLIMERASA GENES TRANSCRIPTOS ARN polimerasa I ARNr de 45S. ARN polimerasa II Todos los genes codificadores de proteínas, snoRNA, microARN, siRNA algunos snARN , lncARN. ARN polimerasa III ARNt ARNr 5S Genes de muchos snARN Contienen 9 subunidades conservadas, de las cuales cinco están relacionadas con las subunidades α, β, β´y σ de la ARN Pol procariota. Secuencias más frecuentes en los promotores utilizados por la ARN Pol II. u d Elemento de unión de TFIIB Río arriba de TATA Elemento de unión de TFIIB Río abajo de TATA Elemento Iniciador DCE MTE DPE Downstream Core Element Downstream Core Promoter Element Motif Ten Element TFIIB 1.- TFIID 2.- TFIIB – Pol II 3.- TFIIF 4.- TFIIE 5.- TFIIH TFIID TFIIH TFIID Iniciación de la transcripción porla ARN Pol II Complejo de Pre-Iniciación TBP TAF TAF TAF TAF TAF TAF TAF TAF TAF TAF TAF TAF TAF TFIIA TFIIB TFIIA TFIIB TFIIH (quinasa) y subunidades Helicasa ATP ADP + Pi TFIIB TFIIATFIIB CTD-Pol II 52 repeticiones en tándem Tyr-Ser-pro-Thr-Ser-pro-Ser Los factores transcripcionales específicos se unen a secuencias reguladoras enhancers o silenciadoras Los activadores cooperan en el ensamblaje de los factores de transcripción generales y la ARN polimerasa al promotor Figure 8-10 Essential Cell Biology (© Garland Science 2010) Proteína activadora Secuencia regulatoria (amplificador ) caja TATA Inicio de la transcripción Unión de factores de transcripción generales, mediador y ARN polimerasa Proteína activadora Mediador ARN polimerasa II Comienzo de la transcripción H3K4me1, H3K27me3 Cromatina cerrada H3K4me1, H3K27Ac Cromatina abierta Clusters de enhancers Altos niveles de H3K4me1, H3K27Ac Cromatina abierta Superenhancers Modificaciones epigenéticas en las secuencias enhancers Enhancers Mecanismo de acción de enhancers ubicados a corta y larga distancia del promotor. A.- Corta distancia: reclutamiento local de moléculas. B.- Larga distancia: modificaciones de la estructura d la cromatina. Modificado de Mol Cell Biol. 2012 Dec;32(24):4892-7. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/23045397 Mecanismos de funcionamiento de las secuencias aislantes. Modo de acción de un enhancer ubicado a distancia del promotor. Modificado de Curr Opin Genet Dev. 2012 Apr; 22(2): 79–85. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=pubmed&retmode=ref&cmd=prlinks&id=22169023 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=pubmed&retmode=ref&cmd=prlinks&id=22169023 Enhancer Aislante (Insulator) Promotor Aislante: bloquea la acción de un enhancer sobre el promotor Mecanismos de funcionamiento de las secuencias aislantes. Modificado de Curr Opin Genet Dev. 2012 Apr; 22(2): 79–85. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=pubmed&retmode=ref&cmd=prlinks&id=22169023 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/elink.fcgi?dbfrom=pubmed&retmode=ref&cmd=prlinks&id=22169023 II A NIVEL POST-TRANSCRIPCIONAL a.- Agregados 5`- y 3`- (en el caso del mRNA) b.- Eliminación de intrones c.- Splicing alternativo (mRNA) transcripto primario de ARN ARN inactivo proteína proteína inactiva proteína activa Control del procesamiento del ARN CitosolNúcleo Procesamiento del ARNm precursor Procesamiento del ARNm precursor Consecuencias del splicing alternativo. Diferentes proteínas a partir de un precursor común dependiendo del tejido transcripto primario de ARN ARN inactivo proteína proteína inactiva proteína activa Control del transporte y localización del ARN CitosolNúcleo III ARNm MADURO EN EL CITOPLASMA a.- Transporte. b.- Estabilidad del ARNm. c.- Secuencia AUUUA en el 3‘- UTR (Degradación temprana). d.- Acción de ARN pequeños no codificantes. El ARNm madura se asocia a distintas proteínas antes de ser transportado al núcleo complejo del poro nuclearproteína de unión al cap proteína de union a poli-A NÚCLEO CITOSOL Intercambio de proteínas Factor de iniciación para la síntesis proteica TRADUCCIÓN Complejo de Unión del Exón (EJC) se une al ARNm después de corte y empalme exitoso. Ribonucleoproteína Heterogénea Nuclear (RNPhn) transcriptos primarios + proteínas asociadas que actúan como chaperonas manteniendo a los ARNm desplegados. El ARNm maduro es exportado al citosol a través de poros nucleares Región no codificante 5’ - UTR Región no codificante 3’ - UTR Proteina Región Codificante ARN mensajero maduro en eucariontes RNAs mRNAs tRNAs rRNAs scRNAs (citoplasmáticos) snRNAs (nucleares) snoRNAs (nucleolares) Protein Coding RNAs Housekeeping ARNs Small RNAs Long RNAs (LncRNAs). Non-coding RNAs (ncRNAs) Small Non-Coding RNAs (small ncRNAs) < 200 nt microRNAs (miRNAs) Small Interfering RNAs (siRNAs) PIWI-Interacting RNAs (piRNAs) Non Coding RNAs Large RNAs OR macroRNAs OR Long Intergenic RNAs Long Non-Coding RNAs (Long ncRNAs). > 200 nt Génesis de los microRNAs Moléculas de ARN de cadena simple (18-24 nucleótidos) capaces de unirse a Sitios complementarios de ARNm, alterando su estabilidad (clivaje) o reprimiendo su traducción Mecanismos de acción de los microARNs Complejo de Silenciamiento Inducido Por ARN ARN doble cadena extraño Clivaje por DICER Formación del DISC Búsqueda del ARNm con secuencia complementaria Degradación del ARN Mecanismo de acción del ARN pequeño de interferencia Long Non-Coding RNAs Regulan la expresión de genes comprometidos con Modificaciones de la cromatina Transcripción Procesamiento post-transcripcional (ej. Splicing) La expresión de los mismos es específica de tejido específica de una patología específica de un estadío determinado de maduración celular IV A NIVEL TRADUCCIONAL transcripto primario de ARN ARN inactivo proteína proteína inactiva proteína activa Control de la traducción CitosolNúcleo Traducción: Iniciación Subunidad ribosomal menor con ARNt iniciador unido ARNt iniciador factores de iniciación adicionales Control de la traducción general Fosforilación del eIF2 eIF2 inactivo eIF2 activo Factor de intercambio de nucleótido de guanina (eIF2B) eIF2 inactivo Proteína kinasa fosforila al eIF2 El eIF2 fosforilado secuestra todo el eIF2B como un complejo inactivo En ausencia de eIF2B, el exceso de eIF2 permanece en su forma inactiva unida a GDP y la síntesis proteica se enlentece dramáticamente eEF1 α eEF1 α Elongación de la traducción GTP GDP GDP eEF1α eEF1βϒ eEF1α GTP V A NIVEL POST-TRADUCCIONAL Plegamiento Unión de subunidades Unión a co-factores Fosforilación Glicosilación Acetilación Anclaje de lípidos Puentes S-S Ubiquitinización transcripto primario de ARN ARN inactivo proteína proteína inactiva proteína activa Control de la actividad proteica CitosolNúcleo
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