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Naturaleza y Función del Genoma Procariota y Eucariota Prof. María del Rosario Castro Muñoz Dpto de Biología UNALM Cap 3 - 3 Procesamiento del ARN mensajero ◼ El ARN mensajero se sintetiza en el núcleo celular en eucariotas mediante el proceso llamado transcripción del ADN. ◼ Inicialmente el ARN se conoce como transcrito primario o ARN precursor (pre-ARN), que en la mayoría de los casos no se libera del complejo de transcripción en forma totalmente activa, sino que ha de sufrir modificaciones antes de ejercer su función (procesamiento o maduración del ARN). Entre esas modificaciones se encuentran la eliminación de fragmentos, la adición de otros no codificados en el DNA y la modificación covalente de ciertas bases nitrogenadas. http://es.wikipedia.org/wiki/N%C3%BAcleo_celular http://es.wikipedia.org/wiki/Eucariota http://es.wikipedia.org/wiki/Transcripci%C3%B3n_del_ADN Procesamiento del RNA primario Estructura del Sitio de Terminación para la RNA polimerasa 1. Adición al extremo 5' de la caperuza (cap) que es un nucleótido modificado de guanina, 7-metilguanosina, que se añade al extremo 5' de la cadena del ARNm transcrito primario (ubicado aún en el núcleo celular). Esta caperuza es necesaria para el proceso normal de traducción del ARN y para mantener su estabilidad; esto es crítico para el reconocimiento y el acceso apropiado del ribosoma. 2. Poliadenilación: es la adición al extremo 3' de una cola poli-A, una secuencia larga de poliadenilato, es decir, un tramo de RNA cuyas bases son todas adenina. Su adición está mediada por una secuencia o señal de poliadenilación (AAUAAA), situada unos 20-30 nucleótidos antes del extremo 3' original. Esta cola protege al ARNm frente a la degradación, aumentando su vida media en el citosol, de modo que se puede sintetizar mayor cantidad de proteína. El procesamiento del ARN en eucariotas comprende las siguientes fases: http://es.wikipedia.org/wiki/Nucle%C3%B3tido http://es.wikipedia.org/wiki/Guanina http://es.wikipedia.org/wiki/Ribosoma 3. En la mayoría de los casos, el ARN mensajero sufre la eliminación de secuencias internas, no codificantes, llamadas intrones. El proceso de retirada de los intrones y conexión o empalme de los exones se llama corte y empalme (en inglés, splicing). A veces un mismo transcrito primario o pre-ARNm se puede ayustar de diversas maneras, permitiendo que con un solo gen se obtengan varias proteínas diferentes; a este fenómeno se le llama Splicing alternativo. Ciertas enzimas parecen estar involucrados en editar el RNA antes de su exportación fuera del núcleo, intercambiando o eliminando nucleótidos erróneos. http://es.wikipedia.org/wiki/Intr%C3%B3n http://es.wikipedia.org/wiki/Ex%C3%B3n Estructura de Genes de Eucariotas Mecanismo de Corte y Empalme Maduración del RNAm Capuchón y poliadenilación El corte y empalme elimina 5 intrones Eliminación de dos intrones más. ARN mensajero maduro de albúmina Transcripción 4. El ARN mensajero maduro es trasladado al citoplasma de la célula, en el caso de los seres eucariontes, a través de poros de la membrana nuclear. 5. El ARN mensajero en el citoplasma se acopla a los ribosomas, que son la maquinaria encargada de la síntesis proteica. 6. Después de cierta cantidad de tiempo el ARNm se degrada en sus nucleótidos componentes, generalmente con la ayuda de ribonucleasas. http://es.wikipedia.org/wiki/Citoplasma http://es.wikipedia.org/wiki/C%C3%A9lula http://es.wikipedia.org/wiki/Eucariota http://es.wikipedia.org/wiki/Ribosoma http://es.wikipedia.org/wiki/Ribonucleasa Proteínas Una proteína es un polímero construído de monómeros de aminoácidos Estructura de un aminoácido Grupo Amino Grupo Carboxilo Ejemplos de Aminoácidos Hidrofóbico Hidrofílico Aminoácidos AA hidrófobos AA polares AA básicos AA ácidos Enlace Peptídico Grupo Carboxílico Grupo Amino Deshidratación Síntesis Enlace Peptídico Dipéptidoo o Estructuras Proteicas Las proteínas tienen múltiples niveles de estructura. La básica es la estructura primaria. La estructura primaria de una proteína es simplemente el orden de sus aminoácidos. Por convención el orden de escritura es siempre desde el grupo amino-terminal hasta el carboxilo final. Estructura primaria Estructura secundaria La estructura secundaria de una proteína es la que adopta espacialmente. Existen ciertas estructuras repetitivas encontradas en las proteínas que permiten clasificarlas en dos tipos: hélice alfa y lámina beta. Estructura de la Proteína EL Código Genético Código Genético Síntesis de Proteínas Activación de AA ó Síntesis del aminoacil-tRNA Traducción : Inicio Transacciones del Ribosoma Traducción: Elongación Traducción: terminación Síntesis de Proteínas: Diferencias entre Procariotas y Eucariotas Ruta Proteolítica mediada por la ubiquitina La incorporación de un aminoácido desestabilizante en N-t a una proteína de vida larga, acorta significativamente su vida media. Arg, trp, phe, leu( aa estabilizantes) y met, ala, thr, ser (aa desestabilizantes). Regulación de la Expresión Génica Control de la transcripción Control del procesamiento del ARN Núcleo Control del transporte de ARN Control de la traducción Citosol Control de la actividad de la proteína Poro nuclear Envoltura nuclear RNA Inmaduro Proteína inactiva proteína Control de la Transcripción SISTEMAS CONSTITUTIVOS Y SISTEMAS ADAPTATIVOS ◼ Los genes constitutivos o "genes que guardan la casa" son aquellos que codifican las enzimas necesarias para el metabolismo básico celular, se expresan de forma constitutiva o continua. Estos genes están sometidos a un tipo de regulación que hace que se estén expresando siempre. Los genes constitutivos codifican para sistemas enzimáticos constitutivos, que se necesitan siempre para la actividad normal de la célula. ◼ Los genes adaptativos codifican para enzimas que solamente se necesitan en momentos concretos. A este tipo de genes se les llama genes adaptativos y a las enzimas codificadas por ellos, sistemas enzimáticos adaptativos. Se denominan así pensando en que se expresan cuando la célula se adapta a una determinada situación ambiental. El modelo del Operón en Bacterias ◼ El proceso de regulación génica en bacterias, fue estudiado por los franceses F. Jacob y J. L. Monod, que propusieron un modelo de regulación para procariotas que les valió el premio Nobel. Este modelo supone la existencia de una región próxima al gen que se necesita transcribir denominada REGIÓN PROMOTORA o simplemente PROMOTOR, que es el lugar donde se une la enzima RNA-polimerasa que va a transcribir el gen. Próxima al promotor, incluso formando parte de él, existe otra región llamada REGIÓN OPERADORA u OPERADOR, a la cual se puede unir o no una proteína especial denominada REPRESOR que se fabrica en otra zona del genoma a partir de un gen especial llamado GEN REGULADOR. Ciertas sustancias químicas actúan bloqueando al represor para que deje libre al operador, recibiendo entonces el nombre de INDUCTORES, ya que permiten la transcripción. Interfase Metafase transcripción Condensación Cascada de señales (MAPK, p38) Splicing Alternativo Splicing alternativo ◼ Es un mecanismo mediante el cual la expresión de un gen puede dar lugar a diferentes proteínas, a través de mecanismos de substitución o inserción/deleción de determinados fragmentos de la secuencia de la proteína. ◼ Estudios recientes muestran que es una importante fuente de variabilidad en el proteoma de los eucariotas, ya que afectaría a más de un 40 % de las proteínas del organismo. Su contribución varía de un tejido a otro, destacando su importancia en el sistema nervioso. ◼ El efecto del splicing alternativo sobre la variabilidad de las proteínas puede llegar a ser enorme, como por ejemploen el caso de la proteína DSCAM en D.melanogaster, para la cual se ha postulado la existencia de más de 38000 isoformas posibles, un número superior al total de genes predicho para Drosophila. ◼ Aunque estas cifras son extremas, nos dan una idea de la capacidad del splicing alternativo para generar variabilidad. Sin embargo, y a pesar de su importancia, todavía no se sabe prácticamente nada de la manera en la que el splicing alternativo modula la función de las proteínas. Corte y empalme (Splicing) alternativo Splicing alternativo del gen de la tropomiosina Músculo estriado Músculo liso ARNs procesados Exones Intrones Expresión de la Ig M y la Ig D Silenciamiento génico : gen RNA proteína DNA→ evitando la expresión del gen (SGT) RNA→evitando que sea traducido (SGPT) Silenciamiento a nivel del RNA • dsRNA→ formación de RNAs pequeños Introducción • este proceso se encuentra altamente conservado a lo largo de la evolución. ANIMALES: RNA de interferecia (RNAi) HONGOS: “quelling” PLANTAS: silenciamiento génico post-transcripcional (PTGS) REGULACIÓN DE GENES ENDÓGENOS: regulando la expresión diferencial de genes durante el desarrollo Introducción MECANISMO DE DEFENSA: eliminación de ácidos nucleicos extraños miRNA siRNA miRNA siRNA Introducción MECANISMO DE DEFENSA: eliminación de ácidos nucleicos extraños siRNA Cómo ocurre este mecanismo de defensa mediado por siRNA Plasterak, R.H.A. (2002) Science 296:1263-1265 Modelo de silenciamiento génico post-transcripcional Introducción ssRNA VIRUS Silenciamiento del virus Defensa (RISC) Plasterak, R.H.A. (2002) Science 296:1263-1265 Modelo de silenciamiento génico post-transcripcional Introducción ssRNA VIRUS Silenciamiento del virus Defensa Amplificación de la señal de silenciamiento (RISC) * Presentan un apareamiento perfecto con su gen blanco * son generalmente de 21-24 nts * poseen un 2 nts libres en el extremo 3’ * luego del corte con DICER, se fosforilan en sus extremos 5’ * Al ser reconocidos por RISC, inducen el silenciamiento del gen blanco Introducción siRNA VIRUSCONTRA-DEFENA viral Otra Propiedad de los Genes:
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