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Facultad de Ciencias Veterinarias -UNCPBA- Métodos de detección y estrategias de control para infecciones de bacteriófagos en fermentos lácticos utilizados en producción de quesos. Balcabao, Agustina; Michelini, Eduardo; Pena, Miguel Angel; Krüger, Alejandra. Diciembre, 2018 Tandil Métodos de detección y estrategias de control para infecciones de bacteriófagos en fermentos lácticos utilizados en producción de quesos. Tesina de la Orientación de Tecnología de los Alimentos, presentada como parte de los requisitos para optar al grado de Veterinario del estudiante: Balcabao, Agustina. Tutor: Vet. Michelini, Eduardo. Director: Dra. Krüger, Alejandra. Codirector: Vet. Pena, Miguel Angel. Evaluador: Dra. Bruschi, Julieta. RESUMEN Las bacterias ácido lácticas (BAL) son de gran importancia en elaboración de productos lácteos fermentados ya que le confieren sabores y aromas, modificación de la textura, y protección contra otros microrganismos alterantes. La infección de los cultivos de bacterias lácticas por bacteriófagos, entre otros factores, es una importante causa de pérdida en la producción de quesos. Por este motivo, y considerando que la zona de la Cuenca Mar y Sierras posee una larga trayectoria en la elaboración de quesos, el objetivo de este trabajo fue realizar una actualización bibliográfica de los métodos de detección de bacteriófagos disponibles y posibles estrategias de control de contaminación. Palabras Claves: Bacterias ácido lácticas, bacteriófagos, métodos de detección, estrategias de control. AGRADECIMIENTOS A mis papás, hermanas y mi pareja por la ayuda y contención en todos estos años de carrera, sin ellos no hubiera podido realizarla. A los amigos que me dio la carrera, por la compañía y los días y noches eternas de estudio. A mis dos directores de tesina, que me guiaron para que esta parte de la carrera me resulte mas sencillo. Gracias a todos!! Contenido 1. Introducción ......................................................................................................................... 1 2. Panorama nacional y local ............................................................................................... 1 3. Objetivos ............................................................................................................................... 2 4. Bacterias ácido lácticas ................................................................................................... 2 4.1. Clasificación de BAL .............................................................................................. 3 5. Bacteriófagos ...................................................................................................................... 4 5.1. Clasificación ............................................................................................................. 4 5.2. Ciclo de vida ............................................................................................................ 6 5.3. Mecanismos de defensa de las bacterias hacia los fagos. .............................. 9 6. Fuentes de contaminación. ........................................................................................... 12 7. Métodos de detección ..................................................................................................... 13 7.1. Métodos microbiológicos ..................................................................................... 13 7.1.1. Preparación de la muestra para detección de bacteriófagos ........................ 14 7.1.2. Test de actividad ................................................................................................... 14 7.1.3. Test Indicador ........................................................................................................ 14 7.1.4. Test de Turbidez ................................................................................................... 15 7.1.5. Métodos de placa.................................................................................................. 15 7.2. Métodos instrumentales ....................................................................................... 17 7.2.1. Medida de impedancia o conductancia. ............................................................ 17 7.2.2. Microscopía electrónica. ...................................................................................... 17 7.2.3. Microscopía Epifluorescente. .............................................................................. 18 7.3. Métodos moleculares ........................................................................................... 18 7.3.1. PCR (reacción de cadena de polimerasa) ........................................................ 18 7.3.2. Pruebas inmunológicas ........................................................................................ 20 7.3.3. Citometría de flujo ................................................................................................. 21 7.3.4. Hibridación de ADN .............................................................................................. 21 8. Estrategias de control. .................................................................................................... 21 8.1. Diseño de la planta, equipamientos y manejo de flujo de aire. ..................... 21 8.2. Saneamiento de la fábrica ................................................................................... 22 8.3. Tratamientos térmicos y de presión en la leche y en subproductos. ............ 23 8.4. Rotación de cultivos ............................................................................................. 24 CONCLUSIÓN ................................................................................................................................ 25 BIBLIOGRAFÍA .............................................................................................................................. 26 1 1. Introducción Uno de los objetivos en la producción de quesos es la acidificación de la leche por medio de bacterias lácticas que disminuyen el pH para evitar la contaminación posterior de microrganismos patógenos y, además aportan por medio de sus funciones características determinadas de aroma, sabor y textura según el producto que se desea realizar. Pero la actividad de las bacterias lácticas se puede ver interrumpida o modificada por diferentes factores, siendo uno de ellos la infección con bacteriófagos, que pueden retrasar la actividad de los fermentos o hacerlos fallar en su totalidad. Estas fallas pueden generar grandes pérdidas económicas en las industrias por la gran cantidad de litros de leche que se pueden llegar a perder por acción de los fagos, la cual se la considera la principal causa de pérdida en la industria. Si bien las situaciones más problemáticas a menudo no llegan a detener por completo la fermentación, pueden afectar la calidad del producto, y repercutir en la confianza del cliente en la marca. El descarte de productos no satisfactorios también lleva a pérdidas económicas. El periodo que abarca la búsqueda de información para realizar la revisión bibliográfica abarca desde 2000-2017. 2. Panorama nacional y local En Argentina, un 50% de la leche cruda producida se destina a la elaboración de quesos, cuyo consumo ocupa un segundo lugar luego de la leche fluida. A nivel mundial, el consumo de quesos es similar que en la Argentina, siendo mayor en algunos países desarrollados (OCLA | Observatorio de la cadena Láctea Argentina). La Cuenca Lechera Mar y Sierras, en Argentina, posee una larga trayectoriaen la producción de leche y de quesos. Muchas empresas de la zona de Tandil son de tipo tambo-fábrica, es decir que procesan la leche y elaboran quesos en el mismo establecimiento. Por medio de consultas a profesionales asociados a varias empresas de la zona se ha observado que la mayoría de las mismas no evalúan contaminación con fagos (comunicación personal). 2 3. Objetivos Debido a la magnitud del problema de las infecciones de BAL por fagos, y su impacto económico, los objetivos de este trabajo fueron: Realizar una revisión de los métodos disponibles actualmente para la detección de fagos y, plantear estrategias de control, destacando aquellos aplicables a las empresas de la región. 4. Bacterias ácido lácticas Las bacterias ácido lácticas (BAL) son un grupo de bacterias que mayormente reúnen las siguientes características: producen ácido láctico a partir de la degradación de azúcares, son Gram positivas, no esporulan, pueden tener forma de cocos o bacilos, generalmente son inmóviles, anaerobias o aerotolerantes, tienen un amplio rango de temperatura de crecimiento (10-45ºC), tolerancia a la sal, no producen pigmentos, no reducen nitratos, no producen catalasa (Hernández Magadán, 2007; Maciel , 2012). Las BAL pueden producir dos tipos de fermentaciones según el género bacteriano: homofermentativas, donde se degrada la lactosa con formación de ácido láctico; y heterofermentativas que además del ácido láctico, forman etanol o ácido acético y dióxido de carbono. Las BAL son utilizadas en la industria alimentaria. En los procesos de fermentación láctea, la acción de las BAL y sus productos metabólicos determinan características organolépticas y la calidad final del producto (Marcó et al., 2012). Entre las reacciones de mayor importancia tecnológica se encuentran: - metabolismo de los hidratos de carbono: por medio de la glicólisis producen ácido láctico, y la consecuente disminución del pH. Las bacterias lácticas producen un isómero u otro (D o L) según el género, ya que poseen distintos tipos de lactato deshidrogenasa; siendo las del tipo L las más recomendadas, porque las D tienen escasa absorción intestinal (Guglielmotti,2003). 3 - metabolismo de proteínas: en el caso de productos lácticos, utilizan la caseína de la leche. Aunque moderada, su actividad proteolítica sobre la caseína les permite su desarrollo en el medio, y contribuye a la textura y sabor del producto final (Guglielmotti, 2003). - producción de compuestos de inhibición: dentro de esta función, está la producción de ácido láctico, peróxido de hidrógeno, antibióticos y bacteriocinas. Las bacteriocinas son compuestos proteínicos antibacterianos que pueden tener función bactericida o bacteriostático y actuar sobre bacterias de la misma especie o relacionadas taxonómicamente. Estos compuestos se utilizan como conservantes ya que preservan la calidad del producto final por impedir la proliferación de flora alterante y patógena, y de esta forma evitar el agregado de sustancias químicas (Huertas, 2010). 4.1. Clasificación de BAL El grupo de BAL se encuentran ampliamente distribuidos en la naturaleza en hábitats rico en azúcares y comprende los siguientes géneros: Aerococcus, Lactobacillus, Pediococcus, Carnobacterium, Alloiococcus, Leuconostoc, Oenococcus, Enterococcus, Vagococcus, Tetragenococcus, Streptococcus, Lactococcus, Bifidobacterium y Propionibacterium. Pero a nivel industrial los géneros de importancia son: Lactococcus, Lactobacillus, Leuconostoc y Streptococcus (Hernández Magadán, 2007). En particular, las BAL mayormente utilizadas en los fermentos de la industria quesera son los Lactococcus. Los Lactococcus son bacterias en forma de cocos que pueden estar aislados, en pares o en cadenas cortas. Son homofermentadores, y su crecimiento puede comenzar a los 10ºC pero su temperatura óptima es 30ºC, toleran hasta un 4% de NaCl, son débilmente proteolíticas. Dentro de este género se encuentran: L. garvie, L. plantarum, L. piscium, L. raffinolactis, L. lactis que se pueden aislar de vegetales, piel de animales, de la leche y los productos lácteos (Hernández Magadán, 2007). 4 Algunas cepas de Lactococcus producen bacteriocinas, como la nisina que posee un amplio espectro contra bacterias Gram +, inclusive contra ciertas cepas de Bacillus y Clostridium impidiendo la germinación de esporas (Guglielmotti, 2003). La especie más utilizada en los fermentos lácticos mesófilos es L. lactis que se puede subdividir en dos subespecies, L. lactis sp lactis y L. lactis sp cremoris (homofermentativos). Las diferencias entre las dos subespecies principalmente son que la primera tiene crecimiento en 4% de concentración de sal y la capacidad de hidrolizar la arginina (Maciel, 2012), mientras que la segunda no. 5. Bacteriófagos Los bacteriófagos, o fagos, son virus que infectan bacterias. Hay una gran variedad de bacteriófagos, ya que son específicos para cada especie hasta incluso pueden serlo para cada cepa bacteriana. Presentan una supervivencia a largo plazo que les permite mantenerse en un ambiente por décadas si es que no sufren daño por diferentes agentes (Guttman et al., 2005). La contaminación con fagos puede representar un riesgo importante para cualquier proceso que requiere crecimiento bacteriano, como puede ser en la industria alimentaria. Las infecciones provenientes por fagos pueden causar una disminución en la función de las BAL en las fermentaciones, que comúnmente se traduce en una disminución lenta del pH; o causar la muerte del total de las BAL y no disminuir el pH en el queso (Samson y Moineau, 2013). 5.1. Clasificación Bradley (1967) propuso una clasificación de los bacteriófagos, basada principalmente en características morfológicas, en 6 grupos: Grupo A: poseen cabeza hexagonal, cola contráctil y pueden tener estructuras adicionales. Su ácido nucleico esta organizado en ADN de doble cadena. Grupo B: poseen cabeza hexagonal, cola larga no contráctil y pueden o no tener estructuras adicionales. El ácido nucleico es ADN de doble cadena. 5 Grupo C: poseen cabeza hexagonal y cola corta no contráctil. Poseen ADN de doble cadena. Grupo D: con cabeza hexagonal que puede presentar capsómeros grandes o protuberancias en sus vértices y no poseen cola. Poseen ADN de simple cadena. Grupo E: poseen cabeza hexagonal con capsómeros chicos y no poseen cola. Poseen ARN simple cadena. Grupo F: constituidos por filamento extendido y no poseen estructuras adicionales. Poseen ADN de cadena simple (Guglielmotti, 2003). Una clasificación posterior de Ackermann y DuBow (1987), reúnió los 3 primeros grupos de Bradley, A, B y C en familias Myoviridae, Siphoviridae y Podoviridae, respectivamente. Estas tres familias pertenecen al orden Caudovirales (Caudo: del Latin cauda, “cola”) (King et al., 2011). Los fagos que infectan a las BAL son todos miembros del orden Caudovirales. Tienen una cápside proteica compuesta de capsómeros que va a contener el ADN y a protegerlo de agentes externos, que puede ser de forma icosaédrica en donde el ADN se encuentra condensado o helicoidal con el ADN extendido. Los virus de este orden presentan una cola que sirve de adherencia en la célula hospedadora. Esta cola se encuentra unida a la cápside a través del cuello; su longitud y contractibilidad es la que diferencia a las tres familias: Myoviridae poseen una cola contráctil compuesta por vaina y un tubo central, Siphoviridae con cola larga no contráctil y Podoviridae con cola corta no contráctil. En el extremo de la cola se pueden encontrar estructuras adicionales que complementan la fijación de la cola a la bacteria, las cuales pueden ser placas basales, espinas y fibras que otorgan estabilidad en el momento de la unión entre fago y bacteria (Ackermann, 2005). De los fagos que infectan a los Lactococcus, se puedenencontrar 10 grupos, pero los que se encuentran con mayor frecuencia dentro de las fábricas lácteas pertenecen a la familia Siphoviridae, por ejemplo 936, c2 y P335 (Murphy et al., 2017). 6 5.2. Ciclo de vida Los fagos pueden dividirse en dos clases según el estilo de vida que adoptan tras infectar a la célula hospedadora: virulentos o temperados. Los fagos virulentos (o líticos) se multiplican por medio de ciclo lítico y provocan la lisis de la célula hospedadora con la posterior liberación de la progenie con capacidad de infectar nuevas bacterias. Los fagos temperados son aquellos cuyo ADN se va a unir al cromosoma bacteriano y replicarse junto a éste, sin provocar la lisis de la bacteria y trasmitiéndose a las células hijas. A esta unión se la conoce como lisogenia, siendo el virus un profago y la célula infectada, un lisógeno. En determinadas situaciones se puede activar el ciclo lítico (Hernández Magadán, 2007). Ver figura 1 (Ciclo de vida de un bacteriófago). a) Ciclo lítico 1ª etapa: Adsorción La adsorción se produce por medio de las estructuras de fijación como pueden ser la cola y sus estructuras adicionales: la placa basal, fibras y espículas, y además va a depender de la presencia de adecuados receptores en la superficie celular. Usualmente los fagos de Lactococcus utilizan hidratos de carbono de la pared celular, como galactosa y ramnosa. Esta etapa tiene dos pasos, una unión reversible en la cual el fago es capaz de desprenderse, y una irreversible en la que ya no es capaz de desprenderse y continúa con la infección. Por ejemplo, los fagos de Lactococcus lactis tipo c2, en la unión irreversible, se anclan a una proteína ubicada en la membrana celular llamada proteína de infección por fagos o PIP (phage infection protein) (Hernández Magadán, 2007; Maciel, 2012; Murphy et al., 2017). Algunos fagos, como el 936, necesitan de cationes como Ca2+ y Mg+ para poder producir el ingreso del material genético, aunque se ha demostrado que algunos fagos P335 pueden cumplir la etapa en la ausencia de estos minerales (Murphy et al. 2017). 7 2ª etapa: Inyección de material genético En esta etapa ocurre el traspaso del ADN desde la cápside del fago, pasando por su cola, a la célula bacteriana. El proceso de inyección es facilitado por la degradación controlada del peptidoglicano, por ejemplo por la lisina que produce hidrólisis de la pared celular (Guttman et al., 2005). 3ª etapa: Biosíntesis de material fágico. Luego de que el material genético se encuentra en la célula hospedadora, todos los mecanismos de la célula bacteriana se detienen y sólo realizan la síntesis de todas las estructuras que componen a los fagos. Empieza con una transcripción del material genético por medio de ARN polimerasa, que permite la replicación de genes tempranos cuyos productos inhiben la acción de proteasas de la célula huésped y protegen al ADN fágico. Luego se sintetizan genes intermedios que van a generar productos para la síntesis del ADN viral. La replicación del ácido nucleico va a dar lugar a una única molécula lineal, llamada concatámero, la cual contiene varias copias del ADN fágico continuadas una tras otra. Y por último, genes tardíos que van a servir para la producción de proteínas estructurales de las nuevas cápsides, colas y estructuras adicionales, como así también las proteínas para el ensamblaje del fago, y las proteínas que van a producir la lisis celular y liberación de los fagos (Guttman et al., 2005; Hernández Magadán, 2007). 4ª etapa: Maduración y empaquetamiento de los fagos. El empaquetamiento está mediado por un grupo de proteínas, llamadas terminasas que pueden realizar el corte del concatámero de dos formas diferentes. Unas se unen al ADN, el cual penetra en la cápside hasta que se llena y es ahí, cuando se realiza el corte de la molécula. El otro tipo de terminasas, reconoce los 8 sitios de iniciación y terminación de la molécula, y la corta antes de introducirse en la cápside (Hernández Magadán, 2007). Para la cola utilizan la proteína principal de la cola (MPT: major tail protein), la cual determina la longitud y forma el tubo de la cola; y como conector de cabeza y cola una proteína tapón que impide que el ADN que ya está encapsulado se escape (Murphy et al. 2017). 5ª etapa: Lisis celular y liberación de las nuevas partículas virales. En esta última etapa del ciclo lítico utilizan la lisina, una enzima que se encarga de desintegrar uno de los enlaces de la capa del peptidoglicano, y la holina, una proteína que produce poros en la membrana celular para que la lisina pueda cumplir su función (Guttman et al., 2005; Murphy et al., 2017). El tiempo que tarda el fago entre la infección y la liberación de la nueva progenie es conocido como periodo de latencia y puede variar desde 10 a 140 minutos dependiendo de factores ambientales como temperatura, pH y la célula hospedadora. El número de partículas virales que se liberan al medio por parte de la célula bacteriana se conoce como burst size, y puede comprender entre 10 a 400 nuevos fagos por célula (Hernández Magadán, 2007). b) Ciclo lisogénico Tras las dos primeras etapas que comparte con el ciclo lítico, absorción e inyección del ADN viral, el genoma del fago se une de una forma estable al genoma bacteriano por homología de secuencias, conocidas como attP (phage attachment site o sitio de unión del fago) y attB (bacterial attachment site o sitio de unión de la bacteria), y se puede replicar junto a la bacteria por varias generaciones. La unión de estas dos regiones en los genomas es reversible, para que en el caso de una inducción ya sea de forma espontánea, o por luz UV o agentes como la mitomicina C, el fago pueda establecer el ciclo lítico (Guglielmotti, 2003; Hernández Magadán, 2007). 9 El balance del estado de lisogenia y ciclo lítico se mantiene por la producción de dos tipos de proteínas por parte del fago, una llamada CI que es represora de los genes líticos y además, reprime a otros fagos que quieran infectar a la célula hospedadora; y la otra proteína Cro que inhibe la producción de CI y estimula la expresión de los genes líticos. La relación entre estas proteínas determina que siga un ciclo u otro (Hernández Magadán, 2007). Dentro de este grupo de fagos se encuentran muy comúnmente los que infectan a los Lactococcus y son los que conforman una de las principales fuente de infección dentro de los ambientes industriales. Fig. 1 Ciclo de vida de un bacteriófago. 5.3. Mecanismos de defensa de las bacterias hacia los fagos. No siempre el fago puede entrar a la célula bacteriana y producir la infección, a veces, las bacterias poseen ciertos mecanismos que le confieren. Estos sistemas de defensa pueden adquirirse de plásmidos de otras bacterias en un proceso de conjugación, pero también a través de mutaciones puntuales en el genoma 10 bacteriano, lo que puede llegar a formar mutantes insensibles a bacteriófagos (Forde y Fitzgerald, 1999). Para evaluar los mecanismos de defensa en las cepas bacterianas se mide el EOP (Efficiency of plating) que se calcula como el título de fagos obtenido con un huésped resistente con un determinado mecanismo de defensa dividido por el título de fago de un huésped sensible. Un fuerte mecanismo de resistencia tendrá un EOP de 107 -109, un intermedio será de 106-104 y un débil será de 103-101 (Moineau y Lévesque, 2005). a) Mecanismos de defensas a.1) Interferencia en la adsorción Este mecanismo está relacionado con la primera etapa del ciclo de vida, en la cual el fago se adhiere a ciertos receptores de la célula hospedadora. En este caso, ese paso fracasa por cambios estructurales, falta o enmascaramiento físico de los receptores. El único defecto de este mecanismo es que el fago todavía es capaz de infectar otras células sensibles y seguirpropagándose (Forde y Fitzgerald, 1999). a.2) Bloqueo de la inyección de ácido desoxirribonucleico (ADN) En este caso, se modifica la adsorción irreversible y el fago no puede trasmitir su ADN a la bacteria. Por ejemplo, la ausencia de la proteína PIP, que es la que necesita el fago c2 para la unión irreversible a la célula y, posterior transferencia del ADN (Forde y Fitzgerald, 1999). a.3) Sistemas de restricción/ modificación (R/M) Cuando el fago puede cumplir con la etapa de adsorción y la inyección del ADN, la bacteria puede interrumpir su ciclo por medio de endonucleasas de restricción y metilasas de modificación. Las primeras detectan al genoma fágico como extraño y lo degradan. Las segundas protegen al ADN bacteriano agregando grupos metilos al cromosoma para evitar ser atacado por sus propias endonucleasas. 11 Este tipo de sistema puede ser débil, ya que algunos fagos pueden escapar de la acción de las endonucleasas y seguir con su ciclo normalmente (Forde y Fitzgerald, 1999). a.4) Infección abortiva (abi) La célula provoca su lisis para evitar que los nuevos fagos formados, o en proceso de formación, puedan infectar nuevas células. Este mecanismo se puede clasificar según si actúan previo o luego de la replicación del genoma fágico (Forde y Fitzgerald, 1999). a.5) Inmunidad lisogénica. Cuando se produce un ciclo lisogénico, la célula bacteriana se muestra inmune a la infección por parte de una especie de fago similar a su profago. De esta forma, no se impide la adsorción ni la inyección del ADN, pero el nuevo genoma se va a encontrar aislado en la célula bacteriana sin poder replicarse (Guglielmotti, 2003). b) Mecanismos de resistencia de desarrollo genético b.1) Técnicas con ADN recombinante b.1.1) Resistencia codificada por el origen de replicación del fago (Per): con esta técnica se introduce en la célula bacteriana plásmido multicopia conteniendo el origen de replicación (ori) del fago. Cuando la célula se infecta, el fago comienza su replicación por el ori pero si la célula contiene el Per se replica el plásmido y no del fago, disminuyendo la replicación de fago en un cultivo. Es específica para cada tipo de fago (Reinheimer, 2005). b.1.2) ácido ribonucleico (ARN) antisentido: se introduce en la cepa bacteriana un gen fágico clonado en orientación antisentido o inversa. Cuando la célula se infecta con el fago, se cree que se forma una molécula entre el ARNm (sense) y el ARN complementario (antisense) que es inestable y se degrada. Por lo tanto, no se van a producir determinadas proteínas del fago (Reinheimer, 2005). 12 b.1.3) Sistema “suicida”: Es una alternativa de la infección abortiva, que se la considera como una “trampa” genética, ya que se incorpora en la célula un promotor inducible ante la infección fágica que activa la expresión de un gen letal bacteriano, llevando a la muerte celular y destrucción del fago que la infectó (Reinheimer, 2005). c) Desarrollo de mutantes resistentes a bacteriófagos Este tipo de bacterias se desarrolla luego de una alta exposición a fagos. Cuando dentro de un cultivo no hay desarrollo de placa, se considera que las bacterias inhibieron la adsorción del fago por una mutación en el cromosoma que codifica para el receptor del fago. La obtención de estos BIM es un proceso simple, pero por mutaciones en el cromosoma pueden desencadenar en la pérdida de funciones principales de las bacterias lácticas y en un retardo en la producción de ácido láctico (Moineau y Lévesque, 2005). 6. Fuentes de contaminación. Los ingredientes que entran a la fábrica pueden ser una primera fuente de contaminación, como por ejemplo la leche cruda que puede contener una concentración de 101-104 fagos/ml (Marcó et al., 2012). Se presume que los fagos que se encuentran en la leche cruda provienen de la alimentación del animal, por ejemplo ensilados que contengan cepas silvestres de Lactococcus lactis y que pueden estar infectadas por fagos. Si la materia prima no es tratada térmicamente, y en el momento de la producción los fagos se encuentran con cepas sensibles, la concentración de fagos puede llegar a aumentar hasta 109 fagos/ml en suero o gramo de producto y 108 UFP/m3 en el aire (Madera et al., 2004; Marcó et al., 2012). Otro punto a tener en cuenta son los equipos y superficies de trabajo dentro de las fábricas, que pueden contener fagos si los procedimientos de limpieza no son los adecuados, como por ejemplo: pisos, paredes, manijas de puertas, oficinas, laboratorios (Marcó et al., 2012; Samson y Moineau, 2013). 13 Una tercera fuente de fagos, puede ser el aire que circula en la fábrica que puede llegar a tener títulos de 105 UFP/m3, el cual puede trasmitirse de un área a otra, aumentando cuando hay equipos de trabajo y procesamientos que generan aerosoles. También, el movimiento de equipos y de personal entre un área contaminada con estos aerosoles puede contribuir a la contaminación de otras áreas (Moineau y Lévesque, 2005; Samson y Moineau, 2013) Se ha demostrado que muchas BAL pueden contener profagos. Entonces, si se utilizan cultivos iniciadores o starters que contienen cepas lisógenas, distintas situaciones de estrés durante el procesamiento pueden activar la inducción de los fagos. Este tipo de fuente de fago no es común, pero es un importante factor de riesgo que debe considerarse como fuente de contaminación. Dentro de este grupo, hay que tener en cuenta a los fagos tipo P335 (Samson y Moineau, 2013). 7. Métodos de detección Para la selección de adecuados métodos detección se debe tener en cuenta que posean ciertas características (Samson y Moineau, 2013): Sensibles para detectar bajos niveles de fagos. Rápidos para poder actuar velozmente y establecer procesos de control. Aplicables a alimentos. Fáciles de realizar por el personal. Económicos. 7.1. Métodos microbiológicos Los métodos microbiológicos se basan en ensayos de inhibición de las BAL componentes del iniciador/starter. Estos métodos informan sobre la sensibilidad de un cultivo pero no distinguen especie de fagos ni determinan su cantidad. Es importante tener en cuenta que los cultivos comerciales pueden tener mezclas de cepas, y si algunas son sensibles pero otras resistentes pueden dificultar la interpretación de los resultados de las pruebas. En caso de que sólo se cuente con los cultivos comerciales se puede realizar el cultivo, aislamiento y purificación 14 de las cepas previo a la realización de los ensayos. Estos métodos son los más tradicionales y tienen la ventaja de que son sencillos, fáciles de aplicar en laboratorios con mínimo equipamiento. Como desventaja, generalmente son poco sensibles para cultivos multicepas como se mencionó anteriormente (Quiberoni y Reinheimer, 2007). 7.1.1. Preparación de la muestra para detección de bacteriófagos Se debe hacer un ajuste del pH a 4,5-4,7 de la leche para precipitar la caseína, y luego centrifugar para eliminar precipitado y células bacterianas. Se toma el sobrenadante y se filtra a través de una membrana estéril que tiene un diámetro de poro < 0,45 µm y se almacena en un envase estéril, obteniendo así un filtrado libre de células (FLC). Para diferenciar si la inhibición es debida a fagos y no a otros agentes como los antimicrobianos, una parte del FLC se somete a un proceso térmico de 15 minutos a 90 ºC, el cual va a eliminar a los bacteriófagos pero no a los inhibidores (Capra y Guglielmotti, 2015). 7.1.2. Test de actividad Este método permite identificar si una muestra contiene compuestos que inhiben el desarrollo bacteriano a través de la detección de la producción de ácido láctico. Se evalúa la inhibición de las BAL al exponerlas al FLC sospechoso en comparación con un control libre de la muestra. La muestra se considera positiva o sospechosa, si la producción de ácido lácticose reduce en comparación con el control. Es el método más sencillo dentro de los microbiológicos pero es poco sensible en cultivos mixtos (Quineroni y Reinheimer, 2007). 7.1.3. Test Indicador Es una modificación del Test de Actividad que incluye el agregado de un indicador, como por ejemplo azul de metileno o purpura de bromocresol. De esta forma, la reducción de producción de ácido láctico, por lo tanto el retraso en la disminución 15 del pH, se observa por un retraso en el cambio de color de la muestra (Quiberoni y Reinheimer, 2007; Marcó et al., 2012). 7.1.4. Test de Turbidez En este caso, se realiza el cultivo de las BAL en dos tubos con un medio líquido, y uno de ellos, además, tiene la muestra de FLC. Se observa, a simple vista o por lecturas de densidad óptica, si se produce clarificación (lisis) del cultivo en presencia de la muestra en comparación con el control (Capra y Guglielmotti, 2015) A diferencia del Test de Actividad, se puede obtener mayor sensibilidad si se realiza un enriquecimiento de fagos con varios subcultivos. Como desventajas se pueden mencionar el tiempo de procesamiento prolongado y la necesidad de confirmación por placas de lisis (Magadán et al. 2009). 7.1.5. Métodos de placa Los métodos de placa, ya sea el de doble capa agarizada o el spot test poseen como ventajas el requerimiento de materiales y equipamientos simples, su sensibilidad (limite de detección bajo) y especificidad (si se realiza un aislamiento previo de las cepas de cultivo). Y como desventajas, se debe contar con una célula hospedadora sensible, no se detectan fagos que no produzcan placas de lisis visibles, el tiempo de incubación es largo lo cual dificulta la toma de decisiones (Samson y Moineau, 2013). a) Método de doble capa agarizada. A 1 2 Fig.2 Test Indicador: A) mezcla de cultivo con el FLC. Posibles resultados: 1) Producción de ácido láctico y disminución de pH. 2) Retraso en cambio de color por disminución en la actividad del cultivo. 16 Este método permite la cuantificación de bacteriófagos por medio de la enumeración de unidades formadoras de placas (UFP), se realiza una mezcla de cultivo, FLC y agar semiblando y se depositan en una placa que ya contiene una capa agar (de allí el nombre de doble capa agarizada). Se lleva a incubación con tiempo y temperatura determinada para la especie bacteriana que se esté trabajando. Luego de la incubación, se observan zonas de aclaramiento, llamadas placas de lisis o calvas. Se realiza un conteo visual de placas de lisis y se determina UFP/ml en el FLC (Quiberoni y Reinheimer, 2007). Distintos factores como concentración de agar, espesor del agar, pH, concentración de Ca2+ y actividad de la cepa hospedadora pueden modificar el recuento de placas de lisis (Quiberoni y Reinheimer, 2007). b) Spot test Este ensayo permite detectar la presencia o ausencia de bacteriófagos. En este ensayo, el cultivo elegido es mezclado con agar semiblando y se distribuye en una placa de Petri conteniendo una capa de agar. Luego de la solidificación se añaden gotas de FLC. Las placas son incubadas para permitir el crecimiento de las bacterias que se observa por la formación de un tapiz turbio y confluente. Si la muestra contiene fagos se observan zonas claras en el tapiz por la lisis de las células en la zona de las gotas. Para diferenciar las placas de fagos de manchas uniformes claras que pueden ser de otros agentes inhibidores (antibióticos, desinfectantes o bacteriocinas) se procede a realizar diluciones del FLC. A medida Fig 3. Ejemplo de resultado de método de doble capa agarizada 17 que aumenta el título de dilución, los agentes inhibidores tienden a disminuir (Magadán et al., 2009). Se puede realizar una variación de esta prueba para la identificación de cepas lisogénicas. Se tratan los cultivos con agentes inductores como mitomicina C o luz UV y se evalúan los sobrenadantes con el mismo procedimiento explicado anteriormente. Una dificultad de esta metodología es encontrar una cepa indicadora (Magadán et al., 2009). 7.2. Métodos instrumentales Estos métodos permiten reducir el tiempo de análisis y aumentar el número de muestras. Como desventaja requieren instrumental específico y personal capacitado (Capra y Guglielmotti, 2015). 7.2.1. Medida de impedancia o conductancia. Es una evolución de los métodos anteriormente nombrados, ya que se mide el crecimiento del cultivo por un cambio de impedancia o conductancia del cultivo en leche en comparación con un control libre de muestra. También se puede utilizar en cepas lisogénicas tratadas previamente con mitomicina C o luz ultravioleta (UV). Como ventaja permite detectar fallas en los starters en 2-2,5 h dando lugar a la rápida toma de decisiones (Magadán et al. 2009). 7.2.2. Microscopía electrónica. Se utiliza principalmente como fines de investigación por ejemplo cuando se quiere monitorear fagos en procesos de fermentación con cepas bacterianas no definidas. Para la observación, se utiliza la tinción negativa con acetato de uranilo de una muestra de fagos que debe contener aproximadamente 107 UFP/ml. Este límite marca una limitación de la prueba, ya que se debe hacer concentraciones de la muestra para poder obtener títulos más bajos lo que eleva el costo y el tiempo del análisis (Quiberoni, A. 2007) 18 7.2.3. Microscopía Epifluorescente. Es una alternativa de la microscopía electrónica que utiliza un indicador de componente fluorescente. Demostró tener mayor precisión que la microscopía electrónica y la citometría de flujo para las partículas de virus. El componente fluorescente se excita con una longitud de onda de luz específica y emite una luz, la cual da una partícula brillante más grande que el tamaño real del virus, lo que permite el conteo de partículas fágicas, pero el defecto es que no distingue partículas infecciosas de no infecciosas (Ortmann y Suttle 2009). Además de otras desventajas nombradas anteriormente de la técnica de microscopia electrónica dentro de las industrias es que requiere equipamiento costoso y personal altamente especializado para la utilización (Samson y Moineau 2013). 7.3. Métodos moleculares Los métodos moleculares se destacan por la detección de partes de la partícula fágica, ya sea su ADN o las proteínas de su cápside. La principal ventaja es la rapidez de los resultados, y la desventaja es que no diferencian partículas viables de las que están en estado inactivo (Magadán et al., 2009). 7.3.1. PCR (reacción de cadena de polimerasa) La reacción en cadena de polimerasa (PCR) es una reacción enzimática in vitro que permite la amplificación de una secuencia específica de ADN. Se realizan varios ciclos compuestos de tres etapas: desnaturalización (se separan las cadenas de ADN), hibridación (se unen los primers a secuencias complementarias en el ADN) y extensión (síntesis de ADN a partir de los primers por actividad de la ADN polimerasa). Si la región específica de ADN se encontraba en la muestra, se obtendrá como resultado miles de copias al final de las reacciones, que se denominan amplímeros o amplicones. Si la muestra no contenía la región de ADN específica, no se obtendrán amplicones. En la denominada PCR tradicional, los amplicones se evidencian por medio de electroforesis en gel de agarosa con 19 agregado de alguna sustancia que se intercala entre las bases de ADN y fluorescen al iluminarse con luz UV (Magadán et al., 2009; Tamay de Dios et al., 2013). Esta técnica ha sido adaptada para la detección en muestras de leche y en suero de queso con un límite de detección de 103-104 UFP/ml que es más bajo que el umbral de amenaza (105 UFP/ml) (Magadán et al. 2009). Estas técnica presenta ventajas, como son la detección e identificación de distintos fagos, así como la rapidez de los resultados(3-4hs) y el análisis simultáneo de gran cantidad de muestras. Como desventajas, este método no permite identificar si los fagos detectados son viables o no, se requiere conocer la secuencia de ADN de fagos que se buscan, se necesita de equipamiento especial y personal entrenado para realizar la prueba (Quiberoni, A. y Reinheimer, J. 2007). La presencia en la leche de inhibidores de la PCR, por ejemplo iones Ca++ de la leche podrían competir con Mg+ (cofactor de la ADN polimerasa), proteínas, grasa etc, podrían resultar en falsos negativos. Es por esto que comúnmente se utilizan muestras de suero (Río et al., 2012). Fig.4. Esquema de pasos para la detección de fagos por PCR Muestra de suero 20 Además de la PCR tradicional ya mencionada, se han desarrollado otras variantes como la PCR múltiple y la PCR en tiempo real. a) PCR múltiple. La PCR múltiple permite detectar y amplificar varios bacteriófagos en una misma muestra en una sola reacción (Samson y Moineau 2013). Como ejemplo, Labrie y Moineau (2000) diseñaron una PCR múltiple para detección en muestras de suero de los tres grupos diferentes de fagos (936, c2 y P335) que afectan en mayor porcentaje a Lactococcus lactis. Este método tiene un límite de detección de 104 a 107 UFP/ml, aunque se puede mejorar la sensibilidad con un paso previo de concentración. b) PCR en tiempo real (qPCR) La PCR en tiempo real está basada en la PCR tradicional pero con algunas modificaciones que permite la detección de la amplificación a medida que va transcurriendo (de allí su nombre en tiempo real) y la cuantificación de las copias iniciales, por lo que también suele denominarse PCR cuantitativa. Una de las variantes de esta técnica utiliza, además de primers, sondas específicas lo que permite la realización de varias PCR en un mismo termociclado, y por lo tanto la detección simultánea de distintos fagos (Río et al., 2012). 7.3.2. Pruebas inmunológicas Dentro de este grupo, se considera a la prueba de ensayo por inmunoabsorción ligado a enzimas (ELISA) como de elección. Se utiliza una mezcla de anticuerpos dirigidos, por ejemplo, contra proteínas estructurales principales. Según el diseño, pude permitir la detección de varios tipos de fagos en un solo ensayo (Magadán et al. 2009). Una de las ventajas es la rapidez del resultado (4-5hs), pero sus grandes desventajas son el costo de los reactivos a utilizar, por lo cual no tiene gran difusión entre las industrias, y la baja sensibilidad (detecta aprox. 107UFP/ml) (Magadán et al. 2009). 21 7.3.3. Citometría de flujo El método se basa en pasar una suspensión de células alineadas por delante de un haz de láser focalizado. El impacto del láser con la célula produce una señal que es recogida por distintos detectores que convierten cada señal en una señal electrónica que es digitalizada para permitir la medida de varios parámetros. En un ensayo de Michelsen et al (2007) se hizo una modificación de la técnica y se observó que era una buena herramienta para detectar Lactococcus en los primeros estadios de la infección. Además, se pudo detectar células de paredes celulares de baja densidad, una de las consecuencias de la lisina que utilizan los fagos para degradar la pared bacteriana, teñidas con diferentes sustancias como por ejemplo mitramicina y bromuro de etidio. Esta técnica permite la rápida detección de bacterias infectadas con fagos, sin especificar a qué grupo pertenecen; y además, se puede realizar en tiempo real, para poder tomar decisiones. Otra ventaja que debe ser considerada, es que esta técnica puede ser realizada en cultivos mixtos. 7.3.4. Hibridación de ADN El uso de dot blot DNA- hibridization para la detección de fagos en suero de queso y leche ha demostrado buen límite de detección (105 – 107 UFP/ml) y posibilidad de procesamiento de varias muestras simultáneamente. Sin embargo, se requiere mucho tiempo de procesamiento y personal capacitado, por lo cual se utiliza más para investigación que para la caracterización de fagos en la industria (Magadán et al., 2009). 8. Estrategias de control. 8.1. Diseño de la planta, equipamientos y manejo de flujo de aire. Como se mencionó anteriormente, existen distintas fuentes de contaminación, entre ellas la leche cruda. Por tal motivo se deben establecer puntos distantes entre la zona de descarga de la leche cruda y donde se realiza la producción, para evitar la generación de aerosoles que pudieran contener fagos en el momento de 22 descarga. Además, si se dispone de un tanque de recuperación de suero éste debe estar en una sala alejada de la zona de producción, sobretodo de las tinas queseras (Marcó et al., 2012) Se debe tener en cuenta el manejo del flujo de aire, utilizando preferentemente sistemas de presión positiva y filtros. Los filtros deben ubicarse lo más lejos posible de la zona de los tanques de leche y de suero. Periódicamente, se debe realizar una limpieza y evaluación de eficiencia de los filtros, ya que los fagos pueden quedar adheridos a partículas de polvo (Marcó et al., 2012). Los equipos y el equipamiento deben ser preferentemente de acero inoxidable que soporte una limpieza estricta antes y después del trabajo, y con desinfectantes fuertes. Los tanques o tinas donde se realice la fermentación deben ser cerrados y, periódicamente buscar la presencia de grietas (Marcó et al., 2012). 8.2. Saneamiento de la fábrica Es importante el uso de desinfectantes que posean una actividad antimicrobiana rápida, de fácil aplicación, que no produzcan ningún impacto en el producto final, que su degradación final forme compuestos inocuos y, preferentemente, que sean de bajo costo. Los desinfectantes deben eliminarse completamente una vez que actuaron, ya que pueden afectar el crecimiento de las BAL e inhibir la producción de acido láctico. Además, hay que tener en cuenta que se realice una desinfección adecuada en zonas de difícil acceso como codos de tuberías, rincones para que no queden fagos viables (Marcó et al., 2012). Se han propuesto distintos desinfectantes para uso en industrias de productos lácteos. En un estudio de Suarez (2002), el desinfectante con mejor actividad fue el ácido paracético al 0,15%, que demostró rápida acción (exposición de 5 minutos) y e inactivación de altos títulos de fagos (106 UFP/ml). Se considera que la exposición del fago al ácido modifica su estructura y altera su ADN. Otro tipo de desinfectante que se utiliza es el hipoclorito de sodio, que mostró ser eficiente para algunos fagos a concentraciones de 100 ppm, pero para otras 23 especies se necesitaron 200-300 ppm. También el etanol a concentraciones del 100-75% demostró cierta eficiencia en la destrucción de fagos pero no en su totalidad, mientras que el isopropanol con una concentración del 100% no demostró ninguna eficiencia en la inactivación de fagos de Lactococcus (Suarez y Reinheimer 2002). 8.3. Tratamientos térmicos y de presión en la leche y en subproductos. Comúnmente la leche sufre un proceso de pasteurización para eliminar patógenos y reducir la carga microbiana que produciría deterioro en el producto final. Para este tratamiento se tienen en cuenta dos tipos de temperatura y tiempos distintos, la pasteurización LTLT (low temperature, long time) que es a 63 ºC por 30 minutos, y HTST (high temperature, short time) a 72 ºC por 15 segundos. Para los fagos del grupo P335, el tipo de pasteurización LTLT no deja fagos viables; el grupo de fago c2 es inhibido con la pasteurización HTST. Pero los fagos del grupo 936 son inactivados a 90 ºC por 5-15 minutos, lo cual no se podría realizar en leche sin perder componentes intrínsecos y cambiar características esenciales y, en conclusión, quedan algunos fagos viables en la leche pasteurizada y, también se los encuentra en el suero. Se demostró que la eliminación delos fagos no sigue una cinética de primer orden, sino que hasta el 90% de los fagos son eliminados rápidamente y el resto decrece lentamente, lo cual puede deberse a los fagos que presentan resistencia (Suarez y Reinheimer, 2002; Madera et al., 2004; Marcó et al., 2012). También se recomienda realizarle un proceso térmico al suero antes de reciclarlo, para reducir problemas de recontaminación, pero se debe tener en cuenta que se pueden afectar las proteínas del suero (Marcó et al., 2012). En cuanto a los tratamientos de presión, la homogenización a alta presión da como resultado la pérdida de integridad de la cápside con pérdida de ADN o una disociación de cabeza-cola. La inactivación de los fagos es proporcional a la presión que se utiliza y el número de veces que el fluido a alta presión puede pasar por el sistema. Se observó que los fagos 936, c2 y P335 son todos 24 susceptibles a este método, presentando más susceptibilidad los c2 por el tipo de cabeza mas alargada (Murphy et al., 2017). 8.4. Rotación de cultivos Las empresas que generan fermentos comerciales utilizan estrategias de resistencia de las bacterias para el desarrollo de productos. A partir de cultivos con resistencia a fagos, se puede establecer en la industria un programa de rotación de cultivos, con la utilización de determinados fermentos por cierta cantidad de días, y cuando se observa una alteración en el proceso de fermentación, se cambia por otro tipo de fermento que comparta las características tecnológicas para no modificar el producto final. 25 CONCLUSIÓN Existe una variedad de métodos para la detección de fagos en la industria quesera, aunque no todos son aplicables en todas las escalas de producción, e incluso algunos de ellos solo pueden ser utilizados con fines de investigación (microscopia electrónica y epifluorescente). Considerando la rapidez requerida para los tiempos de producción y rentabilidad económica, la PCR es uno de los métodos ideales para la detección de fagos. Sin embargo, es una prueba costosa por su equipamiento e insumos, por lo que no es considerada para industrias queseras, por lo que queda limitada a un fin de investigacion. Los métodos microbiológicos, por otro lado, requieren menor costo económico, son más fáciles de realizar ya que no se necesitan grandes equipamientos y pueden aplicarse en industrias queseras. Distintas estrategias como higiene, tratamientos térmicos y rotación de cultivos, si bien no garantizan la eliminación de la totalidad de los fagos, pueden producir una disminución considerable y son aplicables en las industrias de las distintas escalas. Si bien en muchos casos la estructura edilicia ya está establecida y no es fácilmente modificable, se pueden realizar algunas modificaciones, como por ejemplo la instalación de filtros que limpien el aire. En conclusión, y considerando las características de varios establecimientos de tipo tambo-fábrica, se destaca la necesidad de incentivar el uso de la combinacion de estrategias para evitar la propagación de fagos, y asesorar sobre métodos disponibles para control de contaminaciones para implementación o derivación a servicios externos. 26 BIBLIOGRAFÍA Ackermann, Hans-W. 2005. «Bacteriophage classification». En Bacteriophages: Biology and applications, 67–89. Capra, Maria L., y Guglielmotti, Daniela. «Fagos en la industria lácteal Un problema siempre vigente - PDF». Accedido 13 de julio de 2018. http://docplayer.es/69437528-Fagos-en-la-industria-lacteal-un-problema-siempre- vigente.html. Capra, María Luján, y Daniela Guglielmotti. 2015. «Fagos en la industria láctea Un problema siempre vigente», junio, 30. Forde, Amanda, y Gerald F. Fitzgerald. 1999. «Bacteriophage defence systems in lactic acid bacteria». En Lactic Acid Bacteria: Genetics, Metabolism and Applications, 89–113. 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