Descarga la aplicación para disfrutar aún más
Vista previa del material en texto
1 F a c u lt a d d e C ie n c ia s E x p e ri m e n ta le s UNIVERSIDAD DE JAÉN Facultad de Ciencias Experimentales Trabajo Fin de Grado Alumno: Daniel Sánchez Puerto Julio, 2020 Sistema CRISPR/Cas9 y su aplicación a la edición dirigida de genomas 2 UNIVERSIDAD DE JAÉN Facultad de Ciencias Experimentales Trabajo Fin de Grado F a c u lt a d d e C ie n c ia s E x p e ri m e n ta le s Sistema CRISPR/Cas9 y su aplicación a la edición dirigida de genomas Alumno: Daniel Sánchez Puerto Julio, 2020 3 RESUMEN CRISPR/Cas9 es un sistema que forma parte de la defensa inmunitaria de bacterias y arqueas frente a las infecciones víricas. Está compuesto por una proteína específica denominada Cas9 y un ARN guía que, al ser combinados, son capaces de identificar, cortar y destruir una secuencia de ADN vírico. Debido a esta capacidad y a su sencillez es actualmente uno de los más importantes avances en la edición genómica, teniendo sus aplicaciones gran utilidad en el ámbito de la terapia génica. En esta revisión, además de lo descrito anteriormente, hablaremos del funcionamiento de este sistema, de su estructura y composición, así como de los inconvenientes que presenta y de las implicaciones éticas existentes alrededor de sus posibles aplicaciones. Palabras clave: CRISPR/Cas, secuencias CRISPR, Cas9, ARN guía, edición genómica, terapia génica. ABSTRACT CRISPR / Cas9 is a system that forms part of the immune defense of bacteria and archaea against viral infections. It is made up of a specific protein called Cas9 and a guide RNA that, when combined, are capable of identifying, cutting and destroying a viral DNA sequence. Due to this capacity and its simplicity, it is currently one of the most important advances in genomic editing, having its applications great utility in the area of gene therapy. In this review, in addition to what is described above, we will talk about the operation of this system, its structure and composition, as well as the drawbacks it presents and the ethical implications existing around its possible applications. Key words: CRISPR/Cas, CRISPR sequences, Cas9, guide ARN, genomic edition, gene therapy. 4 ÍNDICE 1. INTRODUCCIÓN ....................................................................................... 5 2. OBJETIVO ................................................................................................. 6 3. ANTECEDENTES ...................................................................................... 7 3.1 Recombinación homóloga (Homology directed repair, HDR) .............. 7 3.2 Nucleasas con dedos de Zinc (Zinc Fingers Nuclease, ZFN) .............. 9 3.3 TALEN (Transcription activator-like effector nucleases) .................... 10 4. El sistema CRISPR/Cas ......................................................................... 12 4.1 Origen y descubrimiento del sistema ................................................. 12 4.2 Funcionamiento ................................................................................. 13 4.3 Tipologías .......................................................................................... 15 4.4 Composición y estructura .................................................................. 17 5. EL SISTEMA CRISPR/CAS9 EN LA EDICIÓN DIRIGIDA DE GENOMAS............................................................................................... 19 5.1 Funcionamiento de la técnica ............................................................ 19 5.2 Aplicaciones ...................................................................................... 20 5.2.1 Inserciones, deleciones e inversiones ............................................ 20 5.2.2 Terapia génica ............................................................................... 22 5.2.3 Imaging .......................................................................................... 24 5.2.4 Edición múltiple .............................................................................. 25 5.2.5 Cáncer ............................................................................................ 25 5.2.6 Activación y suscripción transcripcional ......................................... 26 5.2.7 Coronavirus .................................................................................... 27 5.3 Posibles problemas ........................................................................... 30 5.3.1 Cortes Off-Target ........................................................................... 30 5.3.2 Autoinmunidad ............................................................................... 30 6. IMPLICACIONES ÉTICAS DEL SISTEMA CRISPR/Cas........................ 31 7. DISCUSIONES ........................................................................................ 32 8. CONCLUSIONES .................................................................................... 32 9. REFERENCIAS ....................................................................................... 33 5 1. INTRODUCCIÓN La comunidad científica ha experimentado un aumento exponencial en su interés por la edición genómica en las últimas décadas. Sin duda, el descubrimiento de la estructura del ADN en 1953 por James Watson y Francis Crikc marca el inicio del cambio experimentado en ciertas áreas de la ciencia, especialmente la genética (Watson, J.D., & Crick, 1953). Este creciente interés, acaba derivando en la aparición de nuevas disciplinas, como puede ser la ingeniería genómica. Esta disciplina debe ser entendida como un tipo de ingeniería genética en la que el ADN es insertado, eliminado o reemplazado en el genoma de un organismo utilizando enzimas del tipo nucleasas, que son denominadas “tijeras moleculares” (Lacadena, J.R, 2017). La ingeniería genómica nos ha proporcionado numerosa información sobre los genes, cuya identificación, añadida al conocimiento de sus estructuras y funciones, han posibilitado la identificación de muchas enfermedades ligadas a ellos y, por lo tanto, la aparición de tratamientos efectivos que revirtieran sus efectos. Uno de los momentos más importantes en la búsqueda de información sobre la secuencia de genes y genomas llegaría con el Proyecto Genoma Humano (PGH), que buscaba la obtención de un mapa físico y funcional de nuestro genoma, siendo la primera gran incursión de las comunidades de investigación biológica y médica en la "gran ciencia" (Collins, Morgan & Patrinos, 2003). Esta información, unido al uso de las enzimas tipo nucleasas (tijeras moleculares) comentado con anterioridad, ha derivado en la aparición de diversos métodos de edición genómica basados en el corte del genoma mediado por estas enzimas, como pueden ser las nucleasas de dedos de zinc (ZFN) o las nucleasas efectoras de tipo activador de la transcripción (TALEN), o mediado por ARN, como ocurre en el sistema CRISPR/Cas9, del cual tratará este trabajo. 6 CRISPR/Cas9 ha sido la técnica de ingeniería genética que ha tenido un desarrollo más rápido en los últimos años. Se basa en la Cas9, una endonucleasa guiada por ARN que, a su vez, tiene su fundamento en el sistema inmune bacteriano CRISPR, acrónimo del inglés “Clustered regularly interspaced short palindromic repeats”, es decir, repeticiones palindrómicas cortas, agrupadas y regularmente interespaciadas. El uso de esta técnica ha redefinido, de manera radical, el panorama de la edición genómica. Ello sedebe, principalmente, a cuatro características fundamentales que posee el sistema CRISPR/Cas9: especificidad, eficiencia, accesibilidad y versatilidad (Santaló-Pedro J., 2017). Además, debemos destacar que, a diferencia de ZFN y TALEN, las nucleasas guiadas por ARN están basadas en un apareamiento entre un ARN artificial y su diana específica en el ADN (Sander & Joung, 2014). Por lo expuesto anteriormente, podemos afirmar sin miedo a equivocarnos que una tecnología como CRISPR/Cas9 está llamada a revolucionar diversos campos de la ciencia y la tecnología, gracias principalmente a sus aplicaciones en terapia génica, en la activación y suspensión transcripcional o en la edición múltiple. En definitiva, y gracias a este sistema, las secuencias de ADN dentro del genoma endógeno y sus salidas funcionales ahora se editan o modulan fácilmente en prácticamente cualquier organismo de elección (Hsu, Lander & Zhang, 2014). 2. OBJETIVOS El principal objetivo de esta revisión bibliográfica es analizar el estado en el que se encuentra actualmente el sistema CRISPR/Cas9 y, por ende, sus aplicaciones en la ingeniería genética, desde las más conocidas, como la terapia génica, a las más recientes, como su uso en la detección del Sars-CoV-2. De igual manera, trataremos su funcionamiento y los inconvenientes que presenta. Además, no 7 pasaremos por alto el debate ético que existe sobre el uso de esta técnica. 3. ANTECEDENTES La primera técnica de manipulación genética, nacida en los años 70, fue la recombinación homóloga directa (HDR por sus siglas en inglés). Una técnica cuyo principal problema fue su baja eficacia en organismos eucariotas, por lo que no es una buena opción si queremos modificar de forma rápida el genoma de alguna especie animal o vegetal, necesitando además unos procedimientos especialmente largos y no precisamente sencillos (Kim, 2016). Es por ello, que surgieron nuevas técnicas que vinieron a paliar las carencias que presentaba la recombinación homóloga directa, fueron principalmente las nucleasas de dedos de zinc (ZFN) y las TALEN, nucleasas efectoras de tipo activador de las transcripción. Figura 1. Técnicas de edición genómica a lo largo del tiempo (Kim, 2016). 3.1 RECOMBINACIÓN HOMÓLOGA (Homology directed repair, HDR). Fue una de las primeras técnicas utilizadas en la edición genómica. Podríamos definir la recombinación homóloga como un proceso metabólico del ADN, encontrado en todas las formas de vida, que proporciona reparación o tolerancia en los daños complejos del ADN (huecos de ADN, roturas de doble cadena de ADN (DSB) o 8 enlaces cruzados entre cadenas (ICL), entre otros). Además de su papel en la preservación del genoma, la recombinación homóloga desempeña un papel destacado en la duplicación fiel del genoma, proporcionando un soporte crítico para la replicación del ADN y el mantenimiento de los telómeros (Li & Heyer, 2008). Figura 2. Modelo de recombinación homóloga (Santoyo, 2008). La manipulación genética mediante el mecanismo de recombinación homóloga directa es una técnica que podemos dividir en tres fases. En la primera de ellas, una recombinasa específica del sitio se expresa a través de un transgén. Posteriormente, es una endonucleasa, también específica del sitio, la que se expresa. Y finalmente, nos encontramos un constructo donante transgénico (portador de sitios de reconocimiento para la endonucleasa) homólogo al ADN del lugar al que se va a dirigir. Mediante esta técnica podemos seleccionar, y mutar, genes identificados solo por secuencia, cuyas funciones serán estudiadas con posterioridad (Rong et al.,2002). 9 3.2 NUCLEASAS DE DEDOS DE ZINC (Zinc Fingers Nucleases, ZFN). La existencia de los dedos de zinc fue descubierta en numerosas proteínas de organismos eucariotas a principios de los años 80 (J. Miller, Mclachlan & Klug, 1985). Un dedo de zinc tiene una longitud aproximada de 30 aminoácidos, encontrándose los átomos de zinc en unos 12 de ellos. Existen muchas variantes y también son los responsables de diversas funciones, como puede ser dar estabilidad a la estructura de las proteínas o interaccionar, de manera específica, con ADN y ARN. Las nucleasas de dedos de zinc (ZFN) están formadas debido a la fusión que se produce entre varios dedos de zinc y el dominio de rotura del ADN no específico de la endonucleasa de restricción Fokl. Su estructura modular las ha convertido en un atractivo para el diseño de proteínas personalizadas de unión a ADN. La clave para la aplicación de proteínas de dedos de zinc en el reconocimiento específico de ADN viene dada por el desarrollo de matrices no naturales en las que podemos encontrar más de tres dominios de dedos de zinc. Gracias a ello, secuencias específicas pudieron dirigirse al genoma humano por primera vez (Gaj, Gersbach & Barbas, 2013). Figura 3. Estructura de los efectores tipo dedo de zinc. 10 3.3 TALEN (Transcription activator-like effector nucleases). Se trata de una técnica de ingeniería genética basada en las enzimas nucleasas efectoras de tipo activador de transcripción, TALEN por sus siglas en inglés. Estas enzimas pueden ser diseñadas para cortar, en el genoma, secuencias específicas de ADN. Las nucleasas efectoras de tipo activador de la transcripción (TALEN), consisten en un dominio de unión de ADN específico diseñado (efectores TALE) y un dominio de escisión FokI. Debido a la simplicidad del código de reconocimiento de ADN y su ensamblaje modular, los TALEN pueden actuar como tijeras de ADN molecular personalizables que inducen roturas de doble cadena (DSB) en una ubicación genómica dada. Por lo tanto, proporcionan un enfoque valioso para modificaciones específicas del genoma (Chen & Gao, 2013). Figura 4. Representación del mecanismo de acción de TALEN (Angaji & Beikzadeh, 2019). 11 Los efectores TAL son proteínas que se secretan, al infectar plantas, por parte del género de bacterias Xanthomonas, especializadas en el uso de esta estrategia (Li et al., 2012). Se introducen en el citoplasma celular y, desde ahí, transportadas al núcleo de la célula vegetal. El dominio mediante el cual se unen al ADN está formado por una secuencia repetida que contiene de 33 a 34 aminoácidos, presentando variaciones en los aminoácidos 12 y 13. Serán estos aminoácidos los que determinen que en la secuencia de ADN se reconozcan los nucleótidos específicos. Son conocidos como diresiduos de repetición variable, o RVD por sus siglas en inglés (Lau et al., 2014). Para efectuar la técnica, y una vez que los dominios de corte y de unión han sido ensamblados a una secuencia específica de ADN, se insertan en plásmidos que, habiendo seleccionado previamente las células de interés, son transfectados a ellas. TALEN su puede utilizar también en la edición de genes a través de inducción de cortes de doble hebra, respondiendo las células a ellos mediante mecanismos de reparación. El mecanismo de reparación de la unión de extremos no homólogos (NHEJ, por sus siglas en inglés) actúa uniendo directamente el ADN sin necesidad de que haya superposición de secuencias para el reconocimiento. Este mecanismo de reparación provoca cambios aleatorios en el sitio de corte mediante inserciones y/o deleciones, o reordenamiento cromosómico. Estos cambios producidos por el NEHJ conducen, a menudo, a mutaciones de desplazamiento de cuadros que pueden dar lugar a codones de parada prematuros, lo que hace que los genes no funcionen (Malzahn, Lowder, & Qi, 2017). 12 4. EL SISTEMA CRISPR/Cas 4.1 ORIGEN Y DESCUBRIMIENTO DEL SISTEMA CRISPR es el acrónimo de Clustered Regurarly Interspaced Short Palindromic Repeats, lo que en español podríamos traducir como repeticiones palindrómicas cortas,agrupadas y regularmente interespaciadas. La otra parte del nombre de este sistema, Cas, hace referencia a un grupo de proteínas nucleasas, es decir, que forman parte del núcleo celular. Fueron nombradas así debido a su asociación a CRISPR (CRISPR associated system). Podemos situar el origen de este sistema en la defensa inmunitaria ante los virus que presentan las bacterias y las arqueas, quienes incorporan ADN de patógenos, como bacteriófagos, entre secuencias palindrómicas repetidas y, posteriormente, generan un ARN llamado «ARNcr» al transcribirse (Lammoglia-Cobo et al., 2016). Para ello, las bacterias poseen una proteína específica denominada Cas9 que, junto con un ARN guía, identifica, corta y destruye la secuencia de AND vírico (Vetcher, 2017). En cuanto a su descubrimiento, debemos señalar que ya en el año 1.987 se publica un artículo que habla por primera vez de unas secuencias repetidas que se encontraban en el genoma de Escherchia coli, si bien se consideró que no poseían ninguna función (Ishino et al., 1987). Años más tarde, en 1993, sería el científico español Francisco Martínez Mojica, quien describiría la misma secuencia en otro tipo de bacterias que habitaban en las salinas de Santa Pola (Alicante), Haloferax mediterranei (Martinez Mojica, Juez & Rodriguez-Valera, 1993). Y, posteriormente, en el año 2000, tras descubrir la misma secuencia en otro grupo de bacterias, las denominó como “short regurarly spaced” (Martinez Mojica, Diez-Villaseñor, Soria & Juez, 2000). 13 Tan solo dos años después, y contando con el beneplácito de Francisco Martínez Mojica, el científico Ruud Jansen descubre unos genes asociados a las secuencias repetidas descritas por Martínez Mojica y le da un nuevo nombre, pasando a denominarse “clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPR) (Jansen, van Embden, Gaastra & Schouls, 2002). De nuevo sería Martínez Mojica, en el año 2005, quien identifica una similitud entre los espaciadores asociados a CRISPR, que describió en el año 2002 Ruud Jansen, y el material genético que poseían ciertos virus patógenos de bacterias (Gómez-Tatay & Mejías Rodríguez, 2017). En ese momento se define a CRISPR como un sistema que presentan las bacterias como defensa ante los virus, siendo, además, heredable a las siguientes generaciones de bacterias (Martinez Mojica, Diez-Villaseñor, Garcia-Martinez & Soria, 2005). Finalmente, en el año 2012, con la realización, en un tubo de ensayo, del primer “corte” gracias al sistema CRISPR/Cas9, nación la posibilidad de poder realizar esto mismo en otro tipo de células, por ejemplo eucariotas. Posteriormente, ese mismo año, Feng Zhang logró realizar el primer corte utilizando CRISPR/Cas9 sobre el genoma de una célula viva de mamífero (Cong et al., 2013). 4.2 FUNCIONAMIENTO El funcionamiento del sistema CRISPR/Cas comenzó a conocerse a finales de los años 2000, dividiéndose en 3 fases distintas: Fase de adaptación. Fase de expresión. Fase de interferencia. En la primera fase, o fase de adaptación, existe una parte del ácido nucleico extraño que es incorporado al locus, concretamente a la zona de espaciadores. De esta manera, el proceso es memorizado 14 para responder de manera eficaz ante futuras infecciones. En la incorporación intervienen, degradando el ADN extraño, las propias proteínas Cas, que reconocen la secuencia diana en el ácido nucleico invasivo mediante el emparejamiento de bases con la cadena complementaria de ADN bicatenario o ARN monocatenario, e induce la secuencia escisión específica, evitando así la proliferación y propagación de elementos genéticos extraños (Gasiunas et al., 2013). En la segunda fase, o fase de expresión, tiene lugar las transcripción de CRISPR/Cas. Este proceso da lugar a un precursor, denominado CRISPR-ARN o pre-crARN, desembocando finalmente en crARNs de reducido tamaño que complementan la secuencia de ADN extraño. En último lugar, la tercera fase o fase de interferencia, en la que las proteínas Cas, usando como guía los crARNs obtenidos en la fase de expresión, detectan las secuencias intrusas y las degradan (Chylinski et al., 2013), realizando un corte específico que evita un nuevo ataque del agente externo (Gasiunas, Barrangou, Horvath, & Siksnys, 2012). Figura 5. Ilustración dónde se reflejan las tres fases del mecanismo de defensa de microorganismos llevado a cabo por CRISPR-Cas (Bhaya et al. 2011). 15 4.3 TIPOLOGÍAS Basándonos en características como la organización de locus y su contenido, la filogenia o la conservación de los genes, los sistemas CRISPR/Cas pueden clasificarse en tres tipos diferentes (I, II y III), conteniendo todos ellos los genes Cas1 y Cas2 (Makarova, Brouns, et al. 2011) Inicialmente se pensaba que los genes Cas 1 y Cas2 se encontraban distribuidos universalmente. Sin embargo, fue Francisco Martínez Mojica el encargado de señalar que el gen Cas2 no se encuentra presente en algunos microorganismos. En estos casos, su función la asume otra biomolécula. Cuando en el sistema CRISPR/Cas encontramos presencia de ambos genes, Cas1 codifica para una ADNasa mientras que Cas2 hace lo propio con una endorribonucleasa (Yosef et al. 2012). Además, cada tipo de sistema CRISPR/Cas, presenta una secuencia específica de Cas (Barrangou & van der Oost, 2013). El sistema CRISPR/Cas tipo I tendría una secuencia específica de Cas3, el tipo II de Cas9 y el tipo III de Cas10. De igual modo, es posible identificar subclases dentro de cada tipo de sistema CRISPR/Cas, siendo la diferencia principal ciertos aspectos relacionados con el gen que codifica para Cas1 (Makarova, Brouns, et al. 2011). Para hablar de cada uno de los tipos de sistema CRISPR/Cas, podríamos situar por un lado los tipo I y III, dadas sus similitudes tanto de carácter bioquímico como estructural, generando una respuesta con una presencia de proteínas Cas similar, a través de la cual se desencadena un mecanismo de acción que incluye actividad ARNasa. En otro lado, tendríamos el tipo II. Este sistema ha desarrollado una respuesta frente a los elementos que llevan el material genético que sigue la estructura descrita anteriormente (fase de adquisición, expresión e interferencia), pero lo hace de manera muy diferente a la presente en los tipo I y III. 16 En el sistema CRISPR/Cas de tipo II nos encontramos una molécula de ARN transactivador, la cual mediante su unión al pre- ARNcr, y posterior corte, deriva a ARN dúplex. Será este ARN dúplex el que, mediante unión a Cas9, produzca un doble corte (DSB por sus siglas en inglés) en las dos hebras del ADN intruso y produzca la destrucción del patógeno (Barrangou & Marraffini, 2014). Finalmente, debemos destacar que el sistema CRISPR/Cas de tipo II tiene presencia exclusiva en bacterias, mientras que el sistema tipo III se encuentra de manera más común en arqueas. Es el sistema tipo I el que tiene presencia tanto en bacterias como en arqueas (Liu & Fan, 2014). Figura 6. Fases de los tipos I-III de CRISPR y sus diferencias (Rath, Amlinger, Rath, & Lundgren, 2015b) 17 4.4 COMPOSICIÓN Y ESTRUCTURA El sistema CRISPR/Cas se divide en dos obvios componentes, la secuencia CRISPR y las proteínas Cas. En cuanto a las secuencias CRISPR, ya hemos señalado en apartados anteriores que son secuencias de ADN presentes en el genoma bacteriano. Las bacterias, una vez infectadas, incorporan el ADN de la secuencia CRISPR a su propio genoma para generar una respuesta inmunológica que le permita defenderse ante una nueva infección (Lander, 2016). Si hablamos de las proteínas Cas, debemos señalar que son enzimas producidas tras la expresión de los genes que llevan el mismo nombre. Normalmente su principal función es la de cortar el ADN, guiadas por el ARNguía, de manera eficaz. Figura 7. Estructura y función del sistema CRISPR/Cas (Sorek et al., 2008). 18 Existen varios tipos de proteínas Cas que participan en el sistema junto a CRISPR. Podríamos hablar de cuatro grupos principales, proteínas Cas adaptativas, de expresión, de interferencia y, finalmente, existe un grupo que presenta también funciones ligadas al sistema CRISPR, son las proteínas Cas de función auxiliar. Dentro de las proteínas Cas adaptativas encontramos Cas1 y Cas2, si bien Cas4 también puede estar involucrada en algunas ocasiones. E incluso en los sistemas CRISPR de tipo II también podríamos encontrarnos con la proteína Cas9 (Makarova et al., 2015). En las proteínas Cas de expresión y de interferencia, podremos encontrar Cas6 para los sistemas tipo I y II (siendo la encargada de que madure el ARNcr) y Cas9 para los sistemas tipo II. Finalmente, las proteínas de función auxiliar suelen resultar una combinación de proteínas y dominios menos comunes que las proteínas Cas encontradas en los casos anteriores. Son un caso tan particular que sus funciones aún no han sido definidas con claridad (Makarova et al., 2017). Figura 7. Clasificación de las proteínas Cas (Makarova et al., 2015). 19 5. EL SISTEMA CRISPR/Cas EN LA EDICIÓN DIRIGIDA DE GENOMAS 5.1 FUNCIONAMIENTO DE LA TÉCNICA Como se ha comentado con anterioridad, para activar la proteína Cas9 es necesaria la presencia del ARNcr. También es necesaria la presencia de ARNtracr. Ambos tipos de ARN pueden dar lugar a un ARN guía sintético, ARNsg según sus siglas en inglés. Este ARNsg puede dirigir a Cas9 contra una secuencia genómica de cualquier organismo y, por lo tanto, Cas9 puede convertirse en una nucleasa programable (Valor, 2018). Será esta utilidad de Cas9 la que convierta al sistema CRISPR/Cas en una gran herramienta para la edición dirigida de genomas. Una vez que el complejo formado por Cas9 y el ARNsg produce un corte en el ADN del organismo diana, la reparación del mismo puede tener lugar mediante dos mecanismos: NHEJ (Non-Homologous End Joining) Estamos ante una vía rápida pero, a su vez, con gran tendencia al error. Su mayor problema radica en la generación de inserciones y deleciones en la región de genoma que sufre el corte. La consecuencia inmediata es el desorden de la secuencia y, por ende, la posible aparición de mutaciones que haga al gen perder su función (Lin, Staahl, Alla, & Doudna, 2014). HDR (Homology directed repair) Se trata de una vía menos eficaz e incluso inactiva en la gran mayoría del tiempo pero, a su vez, también es una vía conservadora en comparación a la unión de extremos no homólogos. Como requisito, precisa de un ADN molde (Luo, 2016) que acabará siendo incorporado al genoma gracias a la recombinación homóloga. 20 Figura 8. Reparación por NHEJ o HDR de un corte de doble cadena (Adhikari & Poudel, 2020). 5.2 APLICACIONES 5.2.1 INSERCIONES, DELECIONES E INVERSIONES Inserciones y deleciones Como hemos comentado en el anterior apartado, existen dos mecanismos, la unión de extremos no homólogos (NHEJ) y la reparación directa por homología (HDR), para reparar un corte de doble cadena (Adhikari & Poudel, 2020). También señalábamos que la diferencia entre ambos radicaba en la mayor actividad pero también mayor número de errores cometidos por NHEJ, frente a la técnica más conservadora y eficaz de HDR, aunque esta última presentaba menor actividad. Debido a los errores que comete NHEJ, en el corte de doble cadena se generan tanto inserciones como deleciones de nucleótidos, lo que puede generar la aparición de mutaciones al cambiarse la lectura en la secuencia de nucleótidos. 21 Es en este momento en el que aparece la primera de las aplicaciones del sistema CRISPR/Cas que comentaremos en esta revisión. Las mutaciones generadas debido a los errores de NHEJ pueden usarse en nuestro beneficio si conseguimos su eliminación en el gen diana. El problema radica en la aleatoriedad y poca predicción que nos ofrece NHEJ, lo que la hace poco adecuada en la generación de ediciones de una sola base o en la inserción de secuencias específicas (Chandrasegaran & Carroll, 2016). Por lo tanto, debemos reafirmarnos en el uso de HDR para asegurarnos el éxito en la aplicación de este sistema, si bien, debido a la prevalencia natural de NHEJ, debemos asegurar el correcto aislamiento de la secuencia diana para que la eficacia de HDR sea mejorada (Li et al., 2014). Figura 9. A) Generación de knockout por reparación de corte de doble cadena por NHEJ. B) Inserciones con CRISPR/Cas y mecanismo de reparación HDR. (Dow, 2015). 22 Inversiones También existen otra serie de modificaciones que generan mutaciones de mayor entidad en los cromosomas, como podrían ser las inversiones. Fueron observadas sobre modificaciones off-target y brindaban la posibilidad de dejar atrás la edición en genes individuales y hacerlo en cromosomas completos. Este puede ser el caso de enfermedades como la hemofilia A, siendo la mayoría de los casos producidos por dos grandes inversiones en cromosomas que producen la alteración del gen F8. Por ello, se intervino con el sistema CRISPR/Cas9 para anular la inversión cromosómica y, de esta manera, eliminar la enfermedad (Graw et al., 2005). También es posible realizar correcciones, ejecutando una modificación cromosómica dirigida, en las mutaciones genéticas. Figura 10. Proceso de inversión cromosómica (Kim & Kim, 2014). 5.2.2 TERAPIA GÉNICA La terapia génica es, sin duda, de las aplicaciones de CRISPR/Cas en las que más esperanzas hay depositadas. A día de hoy, CRISPR/Cas ya ha sido aplicada como terapia génica, con interesantes resultados, en varias enfermedades en modelos animales (Cruz & Freedman, 2018). 23 Otra de las utilidades del sistema CRISPR/Cas9, en el ámbito de la edición genómica, es la introducción de mutaciones que actúen como protectoras y combatan las enfermedades no genéticas o complejas desde los tejidos somáticos. También podría ser utilizado fuera del tejido somático. Un ejemplo de ello es la ingeniería de células terapéuticas, las cuales pueden modificarse ex vivo para realizar una posterior reinfusión en el paciente (Hsu, Lander & Zhang, 2014). Figura 11. Aplicaciones de Cas9 en la ingeniería genómica (Hsu, Lander & Zhang, 2014). 24 5.2.3 IMAGING Las imágenes basadas en Cas9 constituyen otra de las aplicaciones del sistema CRISPR. En los estudios preliminares puestos en marcha para evaluar esta aplicación se usó la GFP, una proteína fluorescente que fue fusionada con Sp dCas9 para observar la dinámica, durante el ciclo celular, de los loci repetitivos del genoma. Una vez analizados los primeros estudios en los que se implementó esta técnica, se han introducido mejoras que potenciaran esta aplicación del sistema CRISPR. Algunas de ellas han sido la unión de las imágenes que proporcionaba Cas9 del genoma con la matriz de péptidos SunTag (Tanenbaum, Gilbert, Qi, Weissman & Vale, 2014) o el uso de dCas9 ortogonales previamente marcados con proteínas que emitieran fluorescencia para desarrollar imágenes multicolor (Ma et al., 2015). Figura 12. Representación gráfica general de las imágenes CRISPR (Chen et al., 2013). 25 5.2.4 EDICIÓN MÚLTIPLE Otra de las aplicaciones del sistema CRISPR/Cas radica en la introducción simultánea de varios ARNsg. Con ello podríamos modificar varios genes al mismo tiempo. Para ello, y con la intención de reducir al mínimo las limitaciones que puede presentar este mecanismo a la hora de su aplicación, se han diseñado varios sistemas basados en la generación, partiendo de un único plásmido, de múltiples ARNsg (Cao,Xiao & Yan, 2018). Centrándonos en las utilidades de esta técnica podríamos señalar el estrés metabólico, generando la edición múltiple una mejora de la tolerancia celular a este mecanismo. Para ello, se actúa de manera directa sobre los reguladores que confieren la tolerancia y se les manipula genéticamente para que la mejoren de manera significativa (Chen, Stabryla & Wei, 2016). De igual modo, gracias a esta aplicación del sistema CRISPR podríamos conseguir un mayor control del genoma, con las posibilidades en el ámbito de la medicina que ello generaría. Por supuesto, esta capacidad de control del genoma genera también muchos debates, de carácter ético, sobre los límites de actuación que se deben establecer. 5.2.5 CÁNCER Sin duda el uso del sistema CRISPR en el tratamiento del cáncer es la aplicación que más impacto mediático genera, debido a que una gran parte de la población se encuentra sensibilizada ante esta enfermedad. Recientemente, en el mes de febrero de este año 2020, investigadores de la Universidad de Pensilvania han demostrado que células editadas genéticamente con el sistema CRISPR/Cas9 prosperan tras ser reintroducidas en pacientes de cáncer (Stadtmauer et al., 2020). 26 Figura 13. Ingeniería CRISPR/Cas9 de células T en pacientes con cáncer (Stadtmauer et al., 2020). 5.2.6 ACTIVACIÓN Y SUPRESIÓN TRANSCRIPCIONAL CRISPR/Cas9 no solo es capaz de realizar cambios a nivel genómico, también es un sistema capaz de activar o inhibir la transcripción. En este caso, Cas9 no necesita realizar un corte en el ADN. Cas9 actuará como una proteína programable que se una al ADN. (Barrangou & Doudna, 2016). A una versión de Cas9 inactiva, que presenta una serie de mutaciones (principalmente en los sitios activos RuvC y NHN), se le unen activadores o inhibidores de la actividad transcripcional y modificadores epigenéticos. Esta unión se produce mediante fusiones génicas o aptámeros ligados al ARNsg. 27 5.2.7 CORONAVIRUS Aunque el sistema CRIPSR/Cas se relacione principalmente con aplicaciones relacionadas con la edición genómica, no es su única utilidad. Es por ello que, debido a la pandemia provocada por la Covid- 19, muchos investigadores comenzaron a centrar sus esfuerzos en combatir al SARS-CoV-2, también mediante la adaptación de herramientas CRIPSR que pudieran ofrecer alternativas a nivel de diagnóstico pero también como estrategia terapéutica. Podemos, por lo tanto, dividir las aportaciones del sistema CRISPR a la lucha frente a la Covid-19 en dos grupos diferentes: detección del virus y desarrollo de terapias frente a Sars-CoV-2. DETECCIÓN DEL VIRUS Existen dos vías, basadas en la detección específica de moléculas de ARN y ADN, para aprovechar la tecnología CRISPR en el diagnóstico de Sars-CoV-2. Fueron desarrolladas con anterioridad, pero han sido adaptadas recientemente una vez que el genoma de este coronavirus fue descrito. La primera vía, descubierta en el Instituto Broad, es conocida como SHERLOCK (Kellner et al., 2019). La técnica utiliza la proteína Cas13a como elemento funcional, y su mecánica es simple. El ARN guía activa a Cas13a tras unirse a su secuencia diana y, gracias a ello, se consigue degradar el ARN de la reacción. Esta función de Cas13a es aprovechada por los investigadores para introducir fragmentos de ARN, marcados previamente, que al degradarse pueden ser detectados con fluorescencia o colorimetría. Con ello podremos detectar si el ARN del virus está o no presente. El inconveniente de esta técnica radica en que su uso está limitado a la investigación, ya que aún no se ha validado en pacientes, por lo que no puede usarse en un contexto clínico. 28 A pesar de ello, se han realizado avances en el uso de SHERLOCK. Gracias a su combinación con una plataforma de análisis basada en chips ha nacido CARMEN (Combinatorial Arrayed Reactions for Multiplexed Evaluation of Nucleic acids), una tecnología que es capaz de analizar más de 1.000 muestras de manera simultánea (Ackerman et al., 2020). La segunda vía, desarrollada en la Universidad de California, se denomina DETECTR (Chen et al., 2018). Se trata de un sistema diseñado para detectar ADN a través del uso de la enzima Cas12a. El mecanismo funciona de la misma manera que en la técnica SHERLOCK, cambiando el ARN por ADN. La técnica ha sido adaptada en los últimos meses para colaborar en la detección de Sars-CoV-2. Para ello, al tratarse de una técnica que detecta ADN, tras la extracción de ARN de la muestra se debe copiar a ADN y, posteriormente, amplificarlo. Con este proceso podemos detectar dos genes, N y E, de este coronavirus. A diferencia del anterior, el método DETECTR sí ha sido testado con éxito en pacientes positivos por COVID-19. A pesar de ello, aún no puede usarse en el diagnóstico clínico de la enfermedad. DESARROLLO DE TERAPIAS El sistema CRISPR fue descubierto como un sistema que defiende a las bacterias frente a las infecciones víricas. Partiendo de esa base, podríamos deducir que CRISPR puede ser útil en la detección y destrucción del coronavirus SARS-CoV-2. Precisamente en el año 2019, y nuevamente investigadores del Instituto Broad, se desarrolló una estrategia que usa el sistema CRISPR para atacar virus de ARN mediante el uso de la enzima Cas13. Posteriormente, se combinó esta estrategia con la mencionada anteriormente SHERLOCK, dando como resultado CARVER (Cas13- Assisted Restriction of Viral Expression and Readout), una herramienta especializada en detectar y eliminar virus (Freije et al., 2019). 29 Aunque CARVER fue la primera herramienta que demostró el éxito del sistema CRISPR en la detección de los virus de ARN, no ha sido el primer método testado para utilizar esa aplicación frente al coronavirus causante de la pandemia de la Covid-19. En este caso, los honores corresponden a un grupo de investigadores de la Universidad de Stanford, que han diseñado PAC-MAN (Prophylactic Antiviral CRISPR in huMAN cells) (Abbott et al., 2020). El trabajo, que ha sido publicado como preprint, se basa en el uso de la enzima Cas13d, pequeña, específica y con elevada actividad de catálisis. Para realizar la investigación, se simuló la infección por SARS-CoV-2 con partículas de lentivirus que contenían el genoma de este coronavirus, obteniendo resultados que avalaban el éxito de PAC- MAN frente al virus. Aunque los propios investigadores saben que aún es necesario realizar nuevos experimentos en los que se use de manera directa SARS-CoV-2, se muestran ilusionados con las posibilidades reales de lucha frente a la Covid-19 que presenta esta técnica. Figura 14. Nuevas aplicaciones para las herramientas CRISPR en diagnóstico (Chen et al., 2018; Gootenberg et al., 2018). 30 5.3 POSIBLES PROBLEMAS 5.3.1 CORTES OFF-TARGET Los cortes off-target son la principal limitación que tiene en la actualidad el sistema CRISPR/Cas (Tian et al., 2017). Este inconveniente se basa en la producción de cortes no específicos en el ADN debido a la unión de Cas9 con sitios no diana del genoma. De hecho, hay estudios que señalan que solo un 1,6% de las moléculas de ARN guía de Cas9, dirigidas a las regiones exónicas de los genes o al promotor, presentan una coincidencia perfecta (Bolukbasi, Gupta, & Wolfe, 2016). Como posible solución a este problema, se están creando modelos modificados, presentando mayor especificidad, de la enzima Cas9. Con ello se pretende reducir los errores que se producen al editar el genoma. Mientras tanto podemos afirmar que, a día de hoy, no es posible evitar que los cortes off-target hagan presencia. La inespecificidad de CRISPR/Cas9 continúa siendo su principal factor limitante. 5.3.2 AUTOINMUNIDAD La autoinmunidad es otro de los inconvenientesque lastra la aplicación del sistema CRISPR/Cas9 en el ámbito sanitario. Se produce concretamente cuando se usa el sistema “in vivo” en organismos eucariotas. Esto es debido a que la enzima Cas9 es atacada por anticuerpos de determinadas bacterias que están presentes en el suero de adultos, pero también de recién nacidos. Los estudios llevados a cabo sobre este aspecto destacan que es la exposición habitual a géneros bacterianos como Staphylococcus o Stretptococcus la que ha hecho que desarrollemos anticuerpos frente al sistema CRISPR/Cas9 (Charlesworth et al., 2018). 31 6. IMPLICACIONES ÉTICAS DEL SISTEMA CRISPR/CAS Desde que, en 1993, el científico español Francisco Martínez Mojica describiera CRISPR/Cas, una técnica sencilla, rápida y barata para la modificación del genoma de los seres vivos, ha experimentado un desarrollo acelerado, siendo considerada una de las herramientas más revolucionarias de nuestros días. A pesar de ello, aún queda mucho por hacer y saber de ella. La mayoría de los retos pendientes con el sistema CRISPR/Cas son de corte científico, si bien últimamente los retos en el ámbito ético y jurídico han tomado protagonismo, y son tan importantes o más que los primeros. Podríamos dividir los retos éticos de CRISPR/Cas en dos vertientes: la necesidad de tener control absoluto de la técnica antes de usarla en humanos y la opinión existente que sostiene que el desarrollo de CRISPR/Cas nos hará una especie de dioses, que su uso atenta contra la dignidad o que su extensión nos conduce a un mundo basado en el perfeccionamiento (De Miguel, 2018). Estas cuestiones no son ajenas a la comunidad científica, que ya en el año 2015 afrontó las implicaciones éticas del sistema CRISPR/Cas en una reunión en la que se debatió el uso de esta técnica en humanos (Baltimore et al., 2015). En el año 2018, en el marco de la segunda cumbre internacional sobre la edición del genoma, el debate ético de la aplicación de CRISPR/Cas alcanzó su punto álgido. El investigador chino He JianKui anunció que había usado la técnica para tratar los embriones de dos gemelas para hacerlas inmunes frente al virus del SIDA del que era portador su padre. Esta noticia horrorizó a la comunidad científica, surgiendo voces que pedían detener este tipo de pruebas tras comprobar que CRISPR/Cas podría convertirse en un juguete en manos de cualquier investigador (Villanueva-Cañadas, 2019). 32 A día de hoy, aún no está claro donde situar los límites en la edición genómica y en las posibles aplicaciones que nos ofrece CRISPR/Cas. 7. DISCUSIONES CRISPR/Cas, si bien tiene su origen en la defensa bacteriana frente a infecciones víricas, se ha situado como una de las técnicas más importantes en el ámbito de la ingeniería genética debido a su sencillez y bajo coste. De igual manera, ha conseguido desbancar a otros métodos como las nucleasas de dedos de zinc (ZFN) o las enzimas nucleasas efectoras de tipo activador de transcripción (TALEN) gracias a su eficacia. Además, el sistema CRISPR/Cas cuenta con la ventaja de que la propia proteína Cas9 es susceptible de ser modificada, lo que posibilita la generación de nuevas aplicaciones creando nuevas proteínas alternativas. Esto ha hecho que, en la actualidad, la mayoría de investigadores que trabajaban en la edición dirigida del genoma hayan ligado sus últimos avances al uso de este sistema, lo que ha generado a su vez la aparición de inconvenientes (cortes off-target, autoinmunidad…) que limitan a CRISPR/Cas. A pesar de ello, mucha de la esperanza de la comunidad científica está depositada en los avances y descubrimientos que el uso de esta técnica pueda generar. 8. CONCLUSIONES CRISPR/Cas ha conseguido, en un breve espacio de tiempo, situarse en la vanguardia de la ingeniería genética. Este sistema representa una herramienta sencilla, eficaz y barata que, además, puede ser manipulada con facilidad. Todo ello, unido al amplio espectro de posibles aplicaciones que presenta, la han convertido en la esperanza para revertir enfermedades de las que hace unos años veíamos lejano encontrar un posible tratamiento. 33 No debemos olvidar que, a pesar de todas sus ventajas, CRISPR/Cas también presenta una serie de inconvenientes que aún la hacen tener limitaciones importantes. Además, el debate en el contexto ético y jurídico es demasiado denso para pasarlo por alto. A pesar de todo ello, podemos señalar sin miedo a equivocarnos que estamos ante el sistema en el que, tras superar sus barreras limitantes, más podemos confiar para ser convertido en la mejor herramienta para la edición dirigida del genoma. 9. REFERENCIAS Abbott, T. R., Dhamdhere, G., Liu, Y., Lin, X., Goudy, L., Zeng, L., ... & Pande, T. (2020). Development of CRISPR as an antiviral strategy to combat SARS-CoV-2 and influenza. Cell. Ackerman, C. M., Myhrvold, C., Thakku, S. G., Freije, C. A., Metsky, H. C., Yang, D. K., ... & Nguyen, T. G. (2020). Massively multiplexed nucleic acid detection with Cas13. Nature, 1-6. Adhikari, P., & Poudel, M. (2020). CRISPR-Cas9 in agriculture: Approaches, applications, future perspectives, and associated challenges. Malaysian Journal of Halal Research, 3(1), 6-16. Angaji, S., Beikzadeh, B. (2019). TALEN: una herramienta para la edición del genoma. Biomacromolecular Journal , 5 (1), 1-11. Baltimore, D. et al. (2015) ‘A prudent path forward for genomic engineering and germline gene modification’, Science, 348(6230), pp. 36–38. Barrangou, R. y Marraffini, L.A., 2014. CRISPR-cas systems: Prokaryotes upgrade to adaptive immunity. Molecular Cell, 54(2), pp.234–244. Barrangou, R. y van der Oost, J., 2013. CRISPR-Cas Systems RNA- Mediated Adaptative Immunity in Bacteria and Archaea, Springer. 34 Bhaya, D., Davison, M., & Barrangou, R. (2011). CRISPR-Cas systems in bacteria and archaea: versatile small RNAs for adaptive defense and regulation. Annual review of genetics, 45, 273-297. Bolukbasi, M. F., Gupta, A., & Wolfe, S. A. (2016). Creating and evaluating accurate CRISPR-Cas9 scalpels for genomic surgery. Nature Methods, 13(1), 41–50. Canet López, D. (2017). CRISPR-Cas9: Técnicas y aplicaciones. Cao, J., Xiao, Q. & Yan, Q. (2018) ‘The multiplexed CRISPR targeting platforms’, Drug Discovery Today: Technologies. Elsevier Ltd, xxx(xx), pp. 1–9. Chandrasegaran, S., & Carroll, D. (2016). Origins of Programmable Nucleases for Genome Engineering. Journal of Molecular Biology, 428(5), 963–989. Charlesworth, C. T., Deshpande, P. S., Dever, D. P., Dejene, B., GomezOspina, N., Mantri, S., … Porteus, M. H. (2018). Identification of PreExisting Adaptive Immunity to Cas9 Proteins in Humans. BioRxiv. Chen, B., Gilbert, L. A., Cimini, B. A., Schnitzbauer, J., Zhang, W., Li, G. W., ... & Huang, B. (2013). Dynamic imaging of genomic loci in living human cells by an optimized CRISPR/Cas system. Cell, 155(7), 1479-1491. Chen, J. S., Ma, E., Harrington, L. B., Da Costa, M., Tian, X., Palefsky, J. M., & Doudna, J. A. (2018). CRISPR-Cas12a target binding unleashes indiscriminate single-stranded DNase activity. Science, 360(6387), 436-439. Chen, K., & Gao, C. (2013). TALENs: customizable molecular DNA scissors for genome engineering of plants. Journal of Genetics and Genomics, 40(6), 271-279. 35 Chylinski, K., Le Rhun, A., & Charpentier, E. (2013). The tracrRNA and Cas9 families of type II CRISPR-Cas immunity systems. RNA Biology, 10(5), 726-737. Collins, F. S., Morgan, M., & Patrinos, A. (2003). The Human Genome Project: lessons from large-scale biology. Science, 300(5617), 286-290. Cong L, Ran FA, Cox D, Lin S, Barretto R, Habib N, et al. Multiplex genome engineering using CRISPR/Cas systems. 2013 Febrero 15; 339(6121): p. 819-823. Cruz, N. M. and Freedman, B. S. (2018) ‘CRISPR Gene Editing inthe Kidney’, American Journal of Kidney Diseases. Elsevier Inc, 20, pp. 1–10. De Miguel Beriain, Í. (2018). Problemas éticos y jurídicos que plantea la edición genética mediante CRISPR-Cas: un breve comentario. Genética médica y genómica, 1-3. Dow, L. E. (2015). Modeling disease in vivo with CRISPR/Cas9. Trends in molecular medicine, 21(10), 609-621. Freije, C. A., Myhrvold, C., Boehm, C. K., Lin, A. E., Welch, N. L., Carter, A., ... & Yozwiak, N. L. (2019). Programmable inhibition and detection of RNA viruses using Cas13. Molecular cell, 76(5), 826-837. Gaj, T., Gersbach, C. A., & Barbas III, C. F. (2013). ZFN, TALEN, and CRISPR/Cas-based methods for genome engineering. Trends in biotechnology, 31(7), 397-405. Gasiunas, G., Barrangou, R., Horvath, P., & Siksnys, V. (2012). Cas9 crRNA ribonucleoprotein complex mediates specific DNA cleavage for adaptive immunity in bacteria. Proceedings of the National Academy of Sciences, 109(39), E2579–E2586. Gasiunas, G., Sinkunas, T., & Siksnys, V. (2014). Molecular mechanisms of CRISPR-mediated microbial immunity. Cellular and molecular life sciences, 71(3), 449-465. 36 Gómez-Tatay, L., & Mejías Rodríguez, I. (2017). Con el descubrimiento de CRISPR/Cas9, la edición genética ha llegado para quedarse. Observatorio de Bioética. Gootenberg, J. S., Abudayyeh, O. O., Kellner, M. J., Joung, J., Collins, J. J., & Zhang, F. (2018). Multiplexed and portable nucleic acid detection platform with Cas13, Cas12a, and Csm6. Science, 360(6387), 439-444. Graw, J., Brackmann, H. H., Oldenburg, J., Schneppenheim, R., Spannagl, M., & Schwaab, R. (2005). Haemophilia A: from mutation analysis to new therapies. Nature Reviews Genetics, 6(6), 488-501. Hsu, P. D., Lander, E. S., & Zhang, F. (2014). Development and applications of CRISPR-Cas9 for genome engineering. Cell, 157(6), 1262-1278. Ishino Y, Shinagawa H, Makino K, Amemura M, Nakata A. Nucleotide sequence of the iap gene, responsible for alkaline phosphatase isozyme conversion in Escherichia coli, and identification of the gene product. Journal of Bacteriology. 1987 Diciembre; 169(12). Jansen R, van Embden JDA, Gaastra W, Schouls LM. Identification of genes that are associated with DNA repeats in prokaryotes. Molecular microbiology. 2002 Marzo; 43(6). Kellner, M. J., Koob, J. G., Gootenberg, J. S., Abudayyeh, O. O., & Zhang, F. (2019). SHERLOCK: nucleic acid detection with CRISPR nucleases. Nature protocols, 14(10), 2986-3012. Kim, H., & Kim, J. S. (2014). A guide to genome engineering with programmable nucleases. Nature Reviews Genetics, 15(5), 321- 334. Kim, J. S. (2016). Genome editing comes of age. Nature protocols, 11(9), 1573-1578. 37 Lacadena, J. R. (2017). Edición genómica: ciencia y ética. Revista Iberoamericana de Bioética, (3), 1-16. Lammoglia-Cobo, M. F., Lozano-Reyes, R., García-Sandoval, C. D., Avilez-Bahena, C. M., Trejo-Reveles, V., Muñoz-Soto, R. B., & López-Camacho, C. (2016). La revolución en ingeniería genética: sistema CRISPR/Cas. Investigación en Discapacidad, 5(2), 116-128. Lander, E. S. (2016). The Heroes of CRISPR. Cell, 164(1–2), 18–28. Lau, C. H., Zhu, H., Tay, J. C. K., Li, Z., Tay, F. C., Chen, C., & Tang, S. Y. (2014). Genetic rearrangements of variable di-residue (RVD)-containing repeat arrays in a baculoviral TALEN system. Molecular Therapy-Methods & Clinical Development, 1, 14050. Li, K., Wang, G., Andersen, T., Zhou, P., & Pu, W. T. (2014). Optimization of genome engineering approaches with the CRISPR/Cas9 system. PloS one, 9(8), e105779. Li, T., Liu, B., Spalding, M. H., Weeks, D. P., & Yang, B. (2012). High- efficiency TALEN-based gene editing produces disease-resistant rice. Nature biotechnology, 30(5), 390. Li, X. y Heyer, WD (2008). La recombinación homóloga en la reparación del ADN y la tolerancia al daño del ADN. Cell research , 18 (1), 99-113. Lin, S., Staahl, B. T., Alla, R. K., & Doudna, J. A. (2014). Enhanced homologydirected human genome engineering by controlled timing of CRISPR/Cas9 delivery. ELife, 3. Liu, L. y Fan, X.D., 2014. CRISPR-Cas system: A powerful tool for genome engineering. Plant Molecular Biology, 85, pp.209–218. Ma, H., Naseri, A., Reyes-Gutierrez, P., Wolfe, S. A., Zhang, S., & Pederson, T. (2015). Multicolor CRISPR labeling of chromosomal loci in human cells. Proceedings of the National Academy of Sciences, 112(10), 3002–3007. 38 Makarova, K. S. et al. (2006) ‘A putative RNA-interference-based immune system in prokaryotes: Computational analysis of the predicted enzymatic machinery, functional analogies with eukaryotic RNAi, and hypothetical mechanisms of action’, Biology Direct, 1, pp. 1–26. Makarova, K. S. et al. (2015) ‘An updated evolutionary classification of CRISPR-Cas systems’, Nature Reviews Microbiology, 13(11), pp. 722–36. Makarova, K. S. et al. (2017) ‘HHS Public Access’, 13(11), pp. 722– 36. Makarova, K.S., Brouns, S.J.J., et al., 2011. Evolution and classification of the CRISPRCas Systems. Nature reviews. Microbiology, 9(6), pp.467–477. Malzahn, A., Lowder, L., & Qi, Y. (2017). Plant genome editing with TALEN and CRISPR. Cell & bioscience, 7(1), 21. Martinez Mojica F, Diez-Villaseñor C, Garcia-Martinez J, Soria E. Intervening Sequences of Regularly Spaced Prokaryotic Repeats Derive from Foreign Genetic Elements. Molecular Evolution. 2005 Febrero; 60(2). Martinez Mojica FJ, Diez-Villaseñor C, Soria E, Juez G. Biological significance of a family of regularly spaced repeats in the genomes of Archaea, Bateria and mitochondria. Molecular microbiology. 2000 Abril; 36(1). Martinez Mojica FJ, Juez G, Rodriguez-Valera F. Transcription at different salinities of Haloferax mediterranei sequences adjacent to partially modified PstI sites. Molecular microbiology. 1993 Agosto; 9(3). Miller, J., Mclachlan, A. D., & Klug, A. (1985). Repetitive zinc-binding domains in the protein transcription factor. 4(6), 1609–1614. 39 R Barrangou & J Doudna. Applications of CRISPR technologies in research and beyond. Nat Biotechnol, 34(9), 933-941 (2016). Rath, D., Amlinger, L., Rath, A., & Lundgren, M. (2015b, October 15). The CRISPR-Cas immune system: Biology, mechanisms and applications. Biochimie, Vol. 117, pp. 119–128. Rong, Y. S., Titen, S. W., Xie, H. B., Golic, M. M., Bastiani, M., Bandyopadhyay, P., ... & Golic, K. G. (2002). Targeted mutagenesis by homologous recombination in D. melanogaster. Genes & development, 16(12), 1568-1581. Sander, J. D., & Joung, J. K. (2014). CRISPR-Cas systems for genome editing, regulation and targeting. Nature biotechnology, 32(4), 347. Santaló-Pedro, J. (2017). Edición genómica. La hora de la reflexión. Revista de Bioética y derecho, (40), 157-165. Santoyo, G. (2008). Recombinería en bacterias: ingeniería del ADN usando recombinación homóloga. Revista Latinoamericana de Microbiología, 50(1-2), 38-47. Sorek, R., Kunin, V., & Hugenholtz, P. (2008). CRISPR—a widespread system thai provides acquired resistance against phages in bacteria and archaea. Nature Reviews Microbiology, 6(3), 181-186. Stadtmauer, E. A., Fraietta, J. A., Davis, M. M., Cohen, A. D., Weber, K. L., Lancaster, E., ... & Tian, L. (2020). CRISPR-engineered T cells in patients with refractory cancer. Science, 367(6481). Tanenbaum, M. E., Gilbert, L. A., Qi, L. S., Weissman, J. S., & Vale, R. D. (2014). A Protein-Tagging System for Signal Amplification in Gene Expression and Fluorescence Imaging. Cell, 159(3), 635–646. 40 Tian, P. et al. (2017) ‘Fundamental CRISPR-Cas9 tools and current applications in microbial systems’, Synthetic and Systems Biotechnology. Elsevier Ltd, pp. 6– 12. Valor, J. V. (2018). De verdugo a cirujano del genoma (Doctoral dissertation, Universidad Complutense). Vetcher, D. (2017). Impacto y oportunidad de CRISPR-Cas9 en Cardiología.Revista Argentina de Cardioangiología Intervencionista, 8(2), 62-66. Villanueva-Cañadas, E. (2019). La ética del CRISPR. ACTUALIDAD MÉDICA, 151. Watson, J. D., & Crick, F. H. (1953, January). The structure of DNA. In Cold Spring Harbor symposia on quantitative biology (Vol. 18, pp. 123-131). Cold Spring Harbor Laboratory Press. Yosef, I., Goren, M.G. y Qimron, U., 2012. Proteins and DNA elements essential for the CRISPR adaptation process in Escherichia coli. Nucleic Acids Research, 40(12), pp.5569–5576.
Compartir