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Archivos Españoles de Urología ISSN: 0004-0614 urologia@arch-espanoles-de-urologia.es Editorial Iniestares S.A. España Mengual, Lourdes NUEVOS CONCEPTOS EN BIOLOGÍA MOLECULAR APLICADA A LA INVESTIGACIÓN TRASLACIONAL Archivos Españoles de Urología, vol. 66, núm. 5, junio, 2013, pp. 401-408 Editorial Iniestares S.A. Madrid, España Disponible en: http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=181031087001 Cómo citar el artículo Número completo Más información del artículo Página de la revista en redalyc.org Sistema de Información Científica Red de Revistas Científicas de América Latina, el Caribe, España y Portugal Proyecto académico sin fines de lucro, desarrollado bajo la iniciativa de acceso abierto http://www.redalyc.org/revista.oa?id=1810 http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=181031087001 http://www.redalyc.org/comocitar.oa?id=181031087001 http://www.redalyc.org/fasciculo.oa?id=1810&numero=31087 http://www.redalyc.org/articulo.oa?id=181031087001 http://www.redalyc.org/revista.oa?id=1810 http://www.redalyc.org PERSPECTIVAS ACTUALES DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR APLICADA A LA URO-ONCOLOGÍA NUEVOS CONCEPTOS EN BIOLOGÍA MOLECULAR APLICADA A LA INVESTIGACIÓN TRASLACIONAL Lourdes Mengual Laboratorio y Servicio de Urología. Hospital Clínico. Instituto de Investigaciones Biomédicas August Pi i Sunyer (IDIBAPS) y Unidad de Genética. Departamento de Ciencias Fisiológicas I. Facultad de Medicina. Universidad de Barcelona. Barcelona. España. Resumen.- Este capítulo pretende introducir de forma general los nuevos conceptos que se han ido estable- ciendo en biología molecular en los últimos años y que están siendo aplicados a la investigación traslacional. El capítulo está dividido en cuatro grandes bloques, en los que se tratan los conceptos y técnicas de biología molecular relacionadas con el estudio del DNA, RNA, proteínas y metabolitos, repectivamente. Además se dan ejemplos de la aplicación traslacional de las nue- vas metodologías descritas. @ CORRESPONDENCIA Lourdes Mengual Laboratorio de Urología Centre de Recerca Biomèdica CELLEX, sector 2B C/Casanova 143 08036 Barcelona (España) lmengual@clinic.ub.es Palabras clave: Investigación traslacional. DNA. RNA. Proteínas y metabolitos. Biología molecular. Summary.- This chapter intends to introduce the new concepts that have been established in molecular biology over the last years and are being applied in translational research. The chapter is divided in four big blocks, which treat the molecular biology concepts and techniques in relation to DNA, RNA, proteins and metabolites, respectively. Moreover, we give examples of translational application of these new methodologies described. Arch. Esp. Urol. 2013; 66 (5): 401-408 Keywords: Translational research. DNA. RNA. Proteins. Metabolites. Molecular biology. INTRODUCCIÓN Una de las estrategias actuales que está per- mitiendo un avance más rápido de la investigación biomédica es la llamada investigación traslacional, la cual intenta acercar los descubrimientos de la in- vestigación básica en el laboratorio a la práctica clínica. Este enfoque de la investigación biomédica se resume en inglés con la expresión from bench to bed-side (del laboratorio a la cabecera del enfermo) y tiene como objetivo aplicar con eficiencia el co- nocimiento de los procesos moleculares, celulares, fisiológicos, químicos o genéticos a la búsqueda de métodos diagnósticos, pronósticos, preventivos o de tratamiento de las enfermedades. L. Mengual 402 por ejemplo, la susceptibilidad unas determinadas enfermedades o la respuesta a ciertos tratamientos. Se pensaba que los cambios de un único nucleóti- do, los llamados polimorfismos de nucleótido simple (SNPs, del inglés single nucleotide polymorphism), eran la forma más frecuente de la variación genética, pero hoy en día se conocen otras modificaciones en nuestro genoma como las variaciones del número de copias (CNV, del inglés copy number variation), in- serciones-deleciones (INDELs), inversiones y grandes alteraciones estructurales que se sabe contribuyen de una forma significativa a nuestra individualidad. Por otro lado, la actividad del genoma no depende exclusivamente de su secuencia de nucleótidos del DNA, sino que existen una serie de modificaciones epigenéticas en la cromatina que determinan que un gen esté transcripcionalmente activado o silenciado. Estudios de asociación de genoma completo (GWAS) Los estudios de asociación de genoma com- pleto, (GWAS, del inglés genome-wide association study) son análisis comparativos de los SNPs de un grupo de individuos con una característica común, frente al de la población general (Figura 1). Se uti- lizan para identificar factores genéticos comunes en un fenotipo concreto. Normalmente, el grupo de estudio está formado por individuos que sufren una enfermedad o poseen una característica que se con- sidera heredable. Gracias al desarrollo de chips de SNPs se puede “escanear” el DNA de un individuo para dibujar un mapa genético de cada individuo. La comparación de un elevado número de individuos del grupo de estudio frente al grupo control, permite establecer si existen SNPs que se asocien con la ca- racterística de estudio. Este tipo de aproximaciones han llevado en los últimos años a la identificación de un buen número de SNPs ligados a distintas enferme- dades con una base genética compleja, tales como la obesidad, la hipertensión, el cáncer….y se espera que los resultados de estos estudios aceleren el desa- rrollo no sólo de mejores herramientas diagnósticas, sino también el diseño de nuevos tratamientos. Variaciones del número de copias (CNV) Aunque los SNPs representan las variaciones genéticas mejor estudiadas, las variaciones del nú- mero de copias (CNV, del ingés Copy Number Varia- ron) se consideran hoy en día la fuente más importan- te de variación genética y fenotípica entre individuos. Las CNV se definen como deleciones y duplicaciones de segmentos de DNA de más de 1000 bases (1 Kb) hasta varias Mb, que están presentes en un número de copias variables en comparación con un genoma El éxito de la medicina traslacional se basa en el desarrollo de la metodología que permita reali- zar el salto from bench to bedside. En las dos últimas décadas se han llevado a cabo grandes avances en la tecnología para el estudio de las biomoléculas. Es- tos avances, junto a la gran cantidad de información proporcionada por el Proyecto Genoma Humano, el proyecto Hap Map y el proyecto Epigenoma, entre otros, están transformando lo que previamente se había supuesto era un proceso relativamente simple como el que un gen codifica para una proteína a través de un RNA mensajero (mRNA), se haya trans- formado en una red de interacciones moleculares mucho más compleja y regulada a muchos niveles. Todo ello hace que el abordaje tradicional del estu- dio de unos pocos genes para relacionarlos con una enfermedad haya quedado obsoleto, y que se requie- ra la utilización de herramientas de análisis masivo que permitan abordar el estudio de cientos o miles de moléculas simultáneamente. Un ejemplo son los microarrays que permiten realizar miles de ensayos, de forma simultánea, rápida, controlada y en un re- ducido espacio, con sólo una pequeña muestra bio- lógica. Se están empleando para propósitos como el análisis de la expresión génica, la caracterización del grado de metilación del DNA o el análisis de variantes genéticas. Estos nuevos sistemas de análisis de alto rendimiento se están utilizando en los últimos años para resolver problemas de la práctica clínica habitual, tales como la identificación de factores ge- néticos relacionados con la etiología y/o el riesgo de presentar una enfermedad, su diagnóstico molecular, el pronóstico de la misma o la variabilidad en la res- puesta al tratamiento. En este capitulo se hará una revisión de los nuevos conceptos en biología molecular que actual- mente se están aplicando en la investigaciónbiomé- dica y que tienen una futura aplicación traslacional. ESTUDIO DEL GENOMA Aunque la disponibilidad de la secuencia del genoma humano ha significado un fuerte impul- so en toda la investigación biomédica en los últimos 10 años, el conocimiento de esta secuencia completa representó sólo el primer paso en la comprensión de cómo las instrucciones codificadas en el DNA influ- yen en el funcionamiento del ser humano. Uno de los aspectos más interesantes derivados de la secuencia del genoma es que dos genomas humanos difieren en alrededor de 1 de cada 1250 bases y estas di- ferencias en la secuencia de DNA entre nuestros ge- nomas son las responsables últimas de nuestra indivi- dualidad. Estos cambios influyen directamente en la mayoría de nuestras características personales, como NUEVOS CONCEPTOS EN BIOLOGÍA MOLECULAR APLICADA A LA INVESTIGACIÓN TRASLACIONAL de referencia (Figura 2). En los últimos años, con el incremento de los estudios de correlaciones gené- ticas entre genotipo y fenotipo, se han establecido asociaciones entre las CNV y fenotipos clínicamente reconocibles. Estas asociaciones se aprecian cuan- do un determinado CNV se observa recurrentemente en personas no relacionadas genéticamente con una clínica similar y /o cuando se encuentra que el des- equilibrio genómico cosegrega con la manifestación clínica en las familias que contienen múltiples indi- viduos afectados. Estos segmentos de DNA pueden contener genes y por lo tanto la variación en el nú- mero de ellos puede dar lugar a imbalances génicos, por lo que pueden tener papeles importantes tanto en las patologías humanas como en la respuesta a trata- mientos. Por ejemplo, se ha descrito el incremento de CNV en células tumorales. Aun y así, la mayoría de CNVs son varian- tes benignas del genoma que no causan patologías directamente y que probablemente contribuyen signi- ficativamente a la diversidad fenotípica humana. Modificaciones epigenéticas La epigenética se ha convertido en un impor- tante campo en la investigación biomédica en la últi- ma década dado que se ha observado que muchas enfermedades aparecen cuando no se introduce el tipo adecuado de modificación epigenética o se in- troduce en un lugar o un momento no adecuado. La epigenética la podríamos definir como la regulación heredable de la expresión génica sin cambio en la secuencia de nucleótidos. También explica porque un mismo genotipo puede producir diferentes fenoti- pos, como ocurre en el caso de los gemelos monozi- góticos. Las modificaciones epigenéticas del DNA pueden ser agrupadas principalmente en tres cate- gorías: metilación del DNA, modificaciones de las histonas y la remodelación de la cromatina asociada a la posición del nucleosoma. Es importante tener en cuenta que estos mecanismos no actúan de manera aislada, sino que interactúan estrechamente con el fin de regular la expresión génica. La metilación del DNA es actualmente la modificación epigenética más ampliamente estudia- da. La metilación de los residuos de citosina ocurre casi exclusivamente en el contexto de las secuencias CpG y es catalizada por la DNA methyltransferases 403 Figura 1. Estudios de asociación de genoma completo (GWAS). Se compara el DNA de cientos o miles de pacientes con el DNA de cientos o miles de sujetos controles, en busca de las diferencias en los SNPs entre los dos grupos. Pacientes Controles DNA de pacientes DNA de controles SNP específicos de los pacientes SNP específicos de los controles Comparación de las diferencias para descubrir los SNP asociados con la enfermedad Figura 2. Diferentes tipos de variaciones del número de copias (CNV). L. Mengual (DNMTs). DNMT1 copia el patrón de metilación pre- existente en la cadena hija después de la replicación del DNA. Los dinucleótidos CpG no están distribui- dos uniformemente a lo largo del genoma humano, sinó que tienden a estar agrupados en las denominas islas CpG (regiones del DNA con un contenido en dinucleotidos CG de al menos el 55%). Aunque las islas CpG cubren sólo aproximadamente 1% del ge- noma humano total, están presentes en más del 50% de los promotores de genes humanos, lo que indica su importancia funcional en el control transcripcional. La metilación del DNA de las regiones promotoras generalmente está asociada con la represión trans- cripcional. En las células normales, las islas CpG de los promotores no están metiladas mientras que el resto del genoma está metilado. En cambio los tumo- res humanos están caracterizados por una perdida global de metilación en el DNA (20-60% menos) y al mismo tiempo la adquisición de patrones específicos de hipermetilación en las islas CpG de ciertos promo- tores. Dado que la metilación del DNA representa un cambio químico en el DNA nativo que permane- ce estable, esta modificación puede ser usada como biomarcador en estudios de cáncer. Además los cam- bios en los patrones de metilación son un evento tem- prano en el desarrollo del cáncer, lo que lo convierte en un candidato ideal para el diagnóstico precoz de los tumores, incluidas las lesiones pre-malignas dis- plásicas. Existen otras dos modificaciones epigené- ticas capaces de controlar la expresión génica; las modificaciones en las histonas y en los nucleosomas. Las modificaciones en las histonas regulan la trans- cripción génica, la reparación del DNA, la replica- ción del DNA, los splicings alternativos y la con- densación de los cromosomas. Estas modificaciones post-transcripcionales se dan en las colas aminotermi- nales de las histonas que sobresalen del nucleosoma. La modificación de las histonas es un escenario muy complejo dado que hay muchas isoformas, diferentes posiciones a modificar y muchas marcas químicas (acetilación, metilación, fosforilización, ubiquitina- ción y ADP-ribosilación, entre otras). Estudios recien- tes han demostrado que las modificaciones al nivel de histonas pueden predecir la expresión génica, pero hay que tener en cuenta que una marca única de una histona no determina el resultado, sino que es la combinación de todas las marcas del nucleosoma o región la que lo determina. Recientemente se han descrito hasta 51 estados diferentes de la cromati- na basados en el enriquecimiento de combinaciones específicas de modificaciones de histonas y se han sugerido distintos papeles para diferentes estados de la cromatina. En cuanto a los nucleosomas, estos represen- tan una barrera que determina la accesibilidad de los factores de transcripción a las regiones promotoras del DNA. En particular, la posición precisa de los nucleo- somas alrededor de los sitios de iniciación de la trans- cripción tiene una importante influencia en el inicio de la transcripción. Por ejemplo, un desplazamiento de sólo 30 pares de bases de los nucleosomas ha sido implicado en cambios en la actividad transcripcional. Además, en las regiones 5’ y 3’ de los genes hay si- tios libres de nucleosomas que son necesarios para el ensamblaje/desensamblaje de la maquinaria de transcripción. La oclusión en 5’ de estos sitios por un nucleosoma se asocia con represión génica mientras que la pérdida de un nucleosoma en los sitios de ini- ciación de la transcripción está directamente correla- cionada con la activación de la transcripción. La epigenética explica porqué células geno- típicamente idénticas pueden ser fenotípicamente di- ferentes. Por lo tanto el destino de una célula no está establecido únicamente por la sucesión definida de nucleótidos en los genes codificados en el DNA, sino además por la manera en que el material genético y sus proteínas coligadas (DNA+histonas=cromatina) están modificados químicamente. Las marcas epige- néticas definen un estado de la cromatina que deter- mina que un gen esté “activado” o “silenciado”. Por ejemplo, un determinado aminoácido puede ser ace- tilado en la región de la cromatina que debe estar ac- tiva, pero puede ser metilado en regiones del geno- ma quedeben ser silenciadas. Entonces, sumado al llamado “código genético”, existiría otro código que, independientemente de la secuencia del gen, deter- 404 DNA genómico 1 Tránscrito primario 3m RNAs maduros 3 proteínas diferentes a partir de un sólo gen TRANSCRIPCIÓN SPLICING ALTERNATIVO Figura 3. Proceso de splicing alternativo. NUEVOS CONCEPTOS EN BIOLOGÍA MOLECULAR APLICADA A LA INVESTIGACIÓN TRASLACIONAL minaría la apertura o cierre de la cromatina para exponer o no una determinada región del DNA. Y a diferencia del código genético, dependería del tipo y número de modificaciones químicas realizadas sobre el DNA y/o las histonas. Este código “epigenético” puede constituir una herramienta muy potente para el desarrollo de métodos diagnósticos y pronósticos, nuevas drogas anticancer y una medicina más per- sonalizada, que permita la correcta selección de los pacientes sensible a una determinada droga. Finalmente, tener en cuenta que las señales ambientales y cambios en el entorno son capaces de modificar el patrón de metilación del DNA, afectan- do de esta forma la producción de las correspondien- tes proteínas. Es decir, el ambioma nos cambia. ESTUDIO DEL TRANSCRIPTOMA El transcriptoma es el conjunto de genes que se están expresando en un momento dado en una cé- lula. La expresión de un gen supone que éste ha sido transcrito a RNA mensajero (mRNA). Células de un mismo organismo y con un mismo genoma pueden llegar a ser tipos celulares muy dispares dependiendo de la combinación de genes que exprese cada una, lo que es lo mismo, dependiendo de su transcripto- ma. De la misma manera, el patrón de genes activos en una célula diferirá dependiendo del estado fisioló- gico en el que se encuentre dicha célula. Además de los diferentes genes activos en un momento dado, que generan un conjunto particular de mRNAs, también se transcribe DNA que no es traducido a proteína. Este RNA no codificante tienen un importante papel regulador sobre la expresión de genes. Finalmente, el splicing alternativo añade complejidad a los meca- nismos de regulación de la expresión génica ya que permite codificar mayor número de proteínas con el mismo número de genes (Figura 3). RNAs no codificantes Las secuencias mejor estudiadas del genoma humano son aquellas que se corresponden con los genes que codifican para proteínas. Sin embargo, estas secuencias sólo representan aproximadamente el 1,5% del genoma. En los últimos años se ha hecho evidente que al menos una parte del genoma que no codifica para proteínas tiene importancia funcio- nal para el correcto desarrollo del individuo y en la aparición de enfermedades. Su relevancia es parti- cularmente evidente en una clase de RNAs peque- ños no codificantes (ncRNAs; del inglés non-coding RNAs) llamados microRNAs (miRNAs o miRs). Se ha demostrado que existen alteraciones en la expresión de los miRNAs en las enfermedades humanas, en particular en el cáncer. Sin embargo, los miRNAs son sólo la punta del iceberg, y otros ncRNAs, como re- giones transcritas ultraconservadas (T-UCRs del ingés transcribed ultraconserved regions), RNAs nucleola- res pequeños (snoRNAs del inglés small nucleolar RNAs), los RNAs interactivos PIWI (piRNAs del inglés PIWI-interacting RNAs), grandes RNA intergénicos no codificantes (lincRNAs del inglés large intragenic non- coding RNAs) y, en general, alteraciones en el grupo heterogéneo de largos RNAs no codificantes (lncRNAs del inglés long non-coding RNAs), también pueden contribuir al desarrollo de enfermedades hu- manas. En este capitulo nos centraremos en la clase de ncRNA que han demostrado hasta la fecha un papel más importante como reguladores cruciales de la expresión génica, los miRNAs. Los miRNAs son pequeños ncRNAs de ~22 nucleótidos que regulan la expresión génica controlando la traducción del RNA a proteínas y están generalmente desregulados en los tumores. Los miRNAs maduros son el resultado del proceso secuencial de trascritos primarios (pri- miRNAs) mediados por dos RNAsas III, Drosha y Di- cer que finalmente sintetizan los miRNAs maduros de ~22 nucleótidos. Los miRNAs maduros modulan la actividad del transcriptoma uniendose a las regiones 3’ no codificantes de sus mRNAs diana. Los miRNAs oncogénicos (tambien conocidos como oncomirs) están a menudo sobreexpresados en los tumores y regulan negativamente la expresión de RNAs espe- cíficos tanto inhibiendo su traducción como degra- dando el RNA. Contrariamente, la infraexpresión de un miRNA puede dar lugar al incremento de expre- sión de un oncogen, estimulando así la progresión tumoral. Aunque los miRNAs representan el ~ 3% de los genes codificantes, se estima que los miRNAs regulan la expresión de más del 60% de los genes que codifican para proteínas. El número de miRNAs en un organismo es mucho menor comparado con el número de mRNAs y proteínas; por ejemplo, en el genoma humano hay descritos 1733 miRNAs ma- duros en humanos (www.mirbase.org; mirbase v18; Junio 2012) mientras que el número de mRNAs está proximo a los 25.000. Estos miRNAs están involu- crados en la regulación de procesos básicos de la célula, incluyendo proliferación, diferenciación, de- sarrollo y apoptosis. Mientras que algunos miRNAs regulan específicamente genes individuales, otros funcionan regulando procesos generales, de manera que se unen simultáneamente a cientos de genes, y diferentes miRNAs regulan mRNAs diana de manera cooperativa. Dado que se ha demostrado una expresión alterada de miRNAs en la mayoría de tipos tumo- 405 L. Mengual rales, se pueden utilizar los perfiles de expresión de los miRNAs como firmas genéticas para predecir la evolución del tumor, al igual que se ha hecho con los perfiles de expresión génica. Además, en la literatura también existen estudios de los perfiles de expresión de los miRNAs en diferentes tipos de fluidos corpora- les, como suero, orina, saliva, etc… de pacientes con cáncer para identificar nuevos biomarcadores para el diagnóstico y pronóstico no invasivo en diferentes tipos de tumores. Splicing alternativo El splicing alternativo es un proceso de edi- ción post-transcripcional que se produce tras la obten- ción del tránscrito primario (Figura 3). El mRNA pri- mario representa una copia idéntica de DNA a RNA (a excepción que la timidinas se han substituido por uracilos). En los genes de eucariotas no todo el DNA que se transcribe a mRNA primario va a ser traduci- do, sinó que existen regiones en el DNA, los intrones, que no codifican para aminoácidos. Los fragmentos que sí van a codificar la secuencia de aminoácidos de la futura proteína son los exones. Distintas combi- naciones de exones darán lugar a distintas isoformas de la proteína madura. La generación de las isofor- mas se lleva a cabo mediante el splicing alternati- vo. El splicing alternativo permite que en un mismo gen pueda estar codificada la información necesaria para sintetizar distintas proteínas ya que mediante este proceso a partir de un mismo mensajero prima- rio pueden obtenerse varias secuencias de mRNA maduro dependiendo de cuáles sean los exones que se combinen. El mecanismo de splicing alternativo es una de las maneras de originar distintas isoformas funcionales de una misma proteína en diferentes teji- dos o compartimentos celulares. El splicing alternativo añade complejidad a los mecanismos de regulación de la expresión génica ya que permite codificar mayor número de proteínas con el mismo número de genes. Mediante estudios realizados con métodos informáticos se estima que en humanos cerca de un 50% de los productos de los genes son susceptibles de ser procesados por splicing alternativo. Las regiones no codificantes o intrones están flanqueadas por señales de inicio y de parada de la transcripción. Las mutaciones en las zonas de empalme, heredadas o adquiridas, suelen ser el mo- tivo del splicing aberrante o patológico que produce un mRNA anómalo. Estefenómeno se ha observado en genes implicados en carcinogénesis, como TP53, BRCA1, MLH1, FHIT o TSG101. Por ello, el estudio del splicing y la caracterización de las variantes de éste adquieren importancia a la hora de entender las transformaciones neoplásicas. 406 Perfiles de expresión genéticos El perfil de expresión de un tejido o una célu- la es una medida de la actividad transcripcional de los miles de genes que contienen en un momento o situación dada, para crear una imagen global de la función celular. Estos perfiles pueden, por ejemplo, diagnosticar una enfermedad o afección (comparan los perfiles de expresión de muestras de tejido sano y afecto), o mostrar cómo las células reaccionan a un tratamiento particular. Muchos experimentos de este tipo analizan un genoma entero simultáneamente, es decir, cada gen presente en una célula o tejido en particular. Para ello generalmente se utiliza la tecno- logía de microarrays o chips que permite cuantificar simultáneamente un gran número de transcritos en un solo ensayo. Estas nuevas plataformas de análisis genético permiten no sólo establecer nuevas clasifica- ciones en las neoplasias humanas, sino también di- señar nuevas estrategias diagnósticas más sensibles y específicas. Estos nuevos métodos de clasificación del cáncer, respecto al tradicional, ayudan a predecir la evolución y seleccionar la terapia más adecuada. La primera evidencia que permitió distinguir subgru- pos de cáncer, utilizando esta nueva tecnología de microarrays de expresión génica, se presenta en 1999. Golub y colaboradores (1999) no sólo clasi- fican dos tipos de leucemias agudas según su perfil de expresión génica, sino que utilizan el perfil gené- tico para predecir la respuesta a la quimioterapia. Sólo un año después Alizadeh, usando una aproxi- mación similar, subclasifica linfomas difusos de célula grande, uno de los linfomas más frecuentes y de gran heterogeneidad clínica. Los perfiles de expresión identificaron dos grupos distintos de linfomas difusos de célula grande y se correlacionaban con la repues- ta al tratamiento. El siguiente hito de cómo el perfil de expresión de un tumor puede ayudar a predecir su evolución ha sido en cáncer de mama, definiéndose el potencial metastásico del tumor por los perfiles de expresión génica específicos de los tumores prima- rios. Estas nuevas tecnologías de análisis genéti- co masivo están proporcionando herramientas para trasladar la investigación genómica a la investiga- ción clínica. Y aunque, debido a su complejidad técnica, es todavía pronto para ver el efecto global de esta tecnología en la práctica clínica, convertido por ejemplo en kits diagnósticos o en su uso en la medicina personalizada. Los estudios de los perfiles de expresión genéticos ofrecen un enorme potencial para avanzar en la investigación de numerosas en- fermedades humanas. NUEVOS CONCEPTOS EN BIOLOGÍA MOLECULAR APLICADA A LA INVESTIGACIÓN TRASLACIONAL ESTUDIO DEL PROTEOMA El proteoma de una célula, es decir, el con- junto de proteínas expresadas por la célula, varía según el tipo celular, la edad, el estado en el que se encuentre la célula, si se encuentra en una situación de estrés, bajo el efecto de fármacos o de una hor- mona. Así, en cada momento y en cada tipo celular el proteoma será diferente. La proteómica se ocupa del estudio y caracterización global del proteoma, esto es, de todo el conjunto de proteínas expresadas de un genoma en un momento dado. Para ello exis- ten diferentes técnicas que permiten analizar indivi- dualmente las proteínas, otras que permiten analizar globalmente el proteoma y separar sus proteínas, y otras que se usan para estudiar interacciones entre proteínas (Ver capítulo 2). De este modo, se pueden caracterizar las redes funcionales que establecen las proteínas y su dinámica durante procesos fisiológi- cos normales y patológicos. Si se tienen en cuenta las modificaciones postraduccionales y los distintos procesamientos del mRNA (splicing alternativos), la cantidad de proteínas diferentes que es posible codi- ficar es muy elevado. Es por ello que la proteómica se está aplican- do en la identificación de nuevos marcadores para el diagnóstico de enfermedades, la determinación de proteínas involucradas en la patogenia de enferme- dades y el análisis de procesos de transducción de señales. ESTUDIO DEL METABOLOMA Los metabolitos son moléculas de bajo peso molecular que se encuentran en muestras biológicas tales como células, fluidos biológicos o tejidos. Estas pequeñas moléculas son el producto del metabolismo e incluyen, por ejemplo, carbohidratos, lípidos y ami- noácidos. En el ámbito médico, uno de los procedi- mientos más familiares en cuanto a la medición de un metabolito es la determinación en sangre de la glu- cosa para el diagnóstico de la diabetes. La colección de todos los metabolitos presentes en una célula, un tejido o un organismo en un momento dado se deno- mina metaboloma. El metaboloma es muy dinámico, cambia ante la menor señal física o química, y de- bido a que son muchos los tipos de metabolitos que puede haber en una célula o tejido, la metabolómica estudia cómo cambian los perfiles del metaboloma en respuesta a enfermedades, tóxicos, cambios en la dieta , etc… La ventaja de la metabolómica para el diag- nóstico de las enfermedades radica en el hecho de que esta aproximación mide el fenotipo del organis- mo, es decir, las características biológicas de un or- ganismo que resultan de la interacción de sus genes con los factores ambientales. Cuando un organismo enferma el fenotipo se altera debido a los cambios moleculares que producen la enfermedad y estos cambios pueden ser medidos usando la metabolómi- ca. Es por ello, que se postula que la metabolómica abrirá nuevos horizontes que permitirán comprender y diagnosticar mejor a las enfermedades. PERSPECTIVAS DE FUTURO: TECNOLOGÍAS OMICS Gracias a la combinación de todas las tec- nologías de análisis masivo de biomoléculas -ya sea DNA, RNA, proteínas o metabolitos- desarrolladas en los últimos años, se puede anticipar una nueva era de precisión diagnóstica, pronóstica y de tratamiento de las enfermedades, incluido el cáncer, con un diag- nóstico de la enfermedad más precoz, una estratifica- ción de pacientes más rigurosa y con la descripción de nuevas dianas terapéuticas, y terapias dirigidas al daño molecular, que maximicen la eficacia y minimi- cen la toxicidad. La investigación relacionada con la medi- ción y comprensión a gran escala de tales biomolé- culas - genómica, transcriptómica, proteómica y me- tabolómica; en conjunto denominadas omics – está generando inmensas cantidades de datos que ser- virán para definir firmas moleculares diagnósticas, pronósticas y/o terapéuticas. Un ejemplo exitoso de la utilidad clínica de las tecnologías omics para la generación de firmas moleculares es el MammaPrint, un test diagnóstico aprobado por la Food and Drug Administration para uso clínico. MammaPrint es una firma de expresión génica compuesta por 70 genes para predecir el pronóstico del cáncer de mama y para determinar el régimen terapéutico apropiado de pacientes con cáncer de mama con ganglios linfá- ticos negativos. Los conceptos de biología molecular expues- tos en este capítulo están generando grandes avan- ces en la medicina y es de esperar que nos permitan evolucionar hacia una nueva era con una medicina más personalizada, en la que las mediciones molecu- lares de un individuo se usarán para diagnosticar la enfermedad, guiar la terapia, y realizar otras tareas con mayor precisión y eficacia que los estándares que se están utilizando hoy en día. 407 BIBLIOGRAFÍA y LECTURAS RECOMENDADAS (*lectura de interés y ** lectura fundamental) 1. 2. 3. **4. *5. Alizadeh AA, Eisen MB, Davis RE, Ma C, Lossos IS, Rosenwald A, et al. Distinct types of diffuse large B-cell lymphoma identified by gene expres- sion profiling. Nature2000;403:503-11. Almal SH, Padh H. Implications of gene copy- number variation in health and diseases. J Hum Genet 2012;57:6-13. Bueno-de-Mesquita JM, Linn SC, Keijzer R, Wesseling J, Nuyten DS, van Krimpen C, et al. Validation of 70-gene prognosis signature in node-negative breast cancer. Breast Cancer Res Treat 2009;117:483-95. Díaz-Golpe V y Oriola-Ambrós J. Fundamentos de genética humana. Sociedad Española de bio- química clínica y patología molecular 2010. Esteller M. Non-coding RNAs in human disease. Nat Rev Genet 2011;12:861-74. 8 Golub TR, Slonim DK, Tamayo P, Huard C, Ga- asenbeek M, Mesirov JP, et al. Molecular classi- fication of cancer: class discovery and class pre- diction by gene expression monitoring. Science 1999;286:531-7. Portela A, Esteller M. Epigenetic modifications and human disease. Nat Biotechnol 2010;28:1057- 68. Sung J, Wang Y, Chandrasekaran S, Witten DM, Price ND. Molecular signatures from omics data: From chaos to consensus. Biotechnol J 2012;7:946-57. van de Vijver MJ, He YD, van’t Veer LJ, Dai H, Hart AA, Voskuil DW, et al. A gene-expression signature as a predictor of survival in breast can- cer. N Engl J Med 2002;347:1999-2009. 6. *7. 8. **9.