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Memorias del Octavo Congreso Internacional sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas 1 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán Octavo Congreso Internacional Sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas EL DOGMA CENTRAL DE LA BIOLOGÍA MOLECULAR Y LA 1 CRIPTOGRAFÍA 2 Ladislao Palomar Morales1*, Josué Yasar Guerrero Morales1, Quetzalliy Medina 3 Vázquez1 y Giovanna Rico Prince2 4 1 FES Cuautitlán UNAM. Av. 1o de Mayo S/N, Santa María las Torres, 54740 5 Cuautitlán Izcalli, Mex. 6 2CINVESTAV Unidad Mérida. Km. 6 Antigua carretera a Progreso Apdo. Postal 73, 7 Cordemex, 97310, Mérida, Yuc., Méx. 8 9 VD-POVD037 10 11 Resumen 12 13 En 1958 Francis Crick enuncia lo que hoy conocemos como “el Dogma Central de la Biología 14 Molecular, explicando que el DNA, localizado en el núcleo de la célula, contiene la información 15 necesaria para la síntesis de las proteínas que son moléculas características de cada tipo de células. 16 La información contenida en el DNA está “escrita” en un lenguaje de 4 moléculas diferentes, que los 17 bioquímicos abreviamos como A, C, G, T (abreviaturas de sus nombres químicos), esta información 18 debe ser llevada a el lugar de ensamblaje de las proteínas (los ribosomas situados en el citoplasma 19 celular. Cada proteína está formada por una secuencia única de una veintena de unidades llamadas 20 aminoácidos. 21 Pasar de un lenguaje de 4 letras a otro lenguaje de 20 letras obliga a tener un código de lenguaje 22 cifrado que es material de estudio de la criptografía. 23 La palabra criptografía es de origen griego y significa "escritura oculta", los códigos de escritura oculta 24 han sido usados por el hombre desde la más remota antigüedad. 25 26 Palabras clave: DNA, Dogma central, Biología, Criptografía. 27 28 1. Introducción 29 30 La confidencialidad de la información es un asunto de vital importancia para las 31 personas, las empresas y los países. La criptografía desarrolla métodos para cifrar y 32 descifrar la información con objeto de protegerla. 33 La criptografía, es un término derivado de las palabras griegas kryptós, que significa 34 “escondido”, y graphein, que significa “escribir”. El objetivo de la criptografía no es 35 ocultar la existencia de un mensaje, sino ocultar su significado. Es decir, la 36 criptografía se encarga de enmarañar la información de tal manera que el mensaje 37 que se quiere transmitir no lo entienda nadie, excepto la persona a la que va 38 destinado. 39 El uso de la criptografía es tan antiguo como el hombre mismo, por su naturaleza es 40 utilizado por las agencias de seguridad nacionales; actualmente se usa como un 41 medio normal de comunicación en internet, radio, comunicación satelital, etc. 42 1 *Ladislao Palomar Morales. E-mail: cancer960@yahoo.com.mx Tel. 56-23-20-50 Memorias del Octavo Congreso Internacional sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas 2 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán Octavo Congreso Internacional Sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas Uno de los primeros metodos utilizados para cifrar y descifrar mensajes fue la 43 escítala espartana en el siglo V antes de Cristo, consistía en un par de varas 44 “gemelas” del mismo grosor y una cinta; el mensaje era escrito con la cinta colocada 45 alrededor de una de las varas, se enviaba la cinta al poseedor de la otra vara quien 46 enrollaba la cinta y de esta forma descifraba el mensaje escrito en ella. 47 48 Figura 1. Escítala espartana (Castellanos, 2014) 49 50 Durante la primera mitad del Siglo XX fueron diseñadas varias máquinas para cifrar y 51 descifrar mensajes, quizás la más conocida de ellas sea la Enigma, diseñada por 52 Arthur Scherbius, y que cuenta con un tambor rotatorio semejante a la escítala, fue 53 utilizada durante la segunda guerra mundial. 54 55 Figura 2. Arthur Scherbius (Klagenfurt Universität, sf) y su máquina Enigma (Tolgalen, 2008) 56 57 2. El Dogma Central de la Biología Molecular 58 59 En 1953, Watson y Crick describen la estructura del DNA, que está localizado en el 60 núcleo de la célula, y que unos años antes se había confirmado como el responsable 61 de transmitir la información de los caracteres hereditarios. Esta estructura está 62 Memorias del Octavo Congreso Internacional sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas 3 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán Octavo Congreso Internacional Sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas conformada por dos largas cadenas formadas por cuatro nucleótidos diferentes. 63 Cada nucleótido está constituido de un grupo fosfato, un azúcar (desoxirribosa) y una 64 base nitrogenada. Una cadena de DNA está conformada por millones de nucleótidos. 65 A B 66 Figura 3. A) Estructura simplificada de los 4 nucleótidos (Rodríguez, sf) B) fragmento de DNA 67 (Wikimedia, 2008) 68 69 Cuando se va a realizar la síntesis de una proteína, el DNA, debe ser transcrito a 70 RNA. El RNA es similar al DNA. Las diferencias son el tipo de azúcar (ribosa), uracilo 71 en lugar de timina y está formado por una sola cadena. El RNA tiene propiedades 72 características que le permiten estar en el citoplasma de la célula. El RNA es el 73 mensaje que debe ser leído en el ribosoma (estructura celular descubierta en 1955) 74 para poder sintetizar las proteínas necesarias. 75 76 Figura 4. Diferencias entre DNA y RNA (Schnek y Massarini, 2008) 77 Memorias del Octavo Congreso Internacional sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas 4 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán Octavo Congreso Internacional Sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas 78 Figura 5. Traducción del RNA en la síntesis de proteínas (UCM, sf) 79 80 Una proteína está constituida por una veintena de aminoácidos, cada aminoácido en 81 el RNA está indicado por un codón (tres bases nitrogenadas). 82 En resumen el Dogma Central de la Biología molecular indica que la información 83 fluye solo en un sentido, del DNA hacia proteínas. 84 85 Figura 6. Esquema del Dogma Central de la Biología Molecular (Farabee, 2006) 86 87 Lo hasta aquí explicado parece sencillo, pero en 1958 no se comprendía y Crick 88 indica que el problema tiene tres aspectos importantes: el flujo de energía, el flujo de 89 materia y el flujo de información. En este trabajo explicaremos como responder los 90 dos últimos, y de forma muy especial el flujo de información. Y como el mismo Crick 91 Memorias del Octavo Congreso Internacional sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas 5 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán Octavo Congreso Internacional Sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas menciona “por información me refiero a la especificación de la secuencia de 92 aminoácidos de la proteína” (Crick, 1958). 93 La característica especial y única en la síntesis de proteínas es que existe solo un 94 conjunto de veinte aminoácidos que pueden ser utilizados, y que para una proteína 95 en particular los aminoácidos se deben ensamblar en el orden correcto. Este es el 96 problema, el problema de la “secuenciación”, el quid de la cuestión, aunque es obvia 97 la importancia de descubrir los pasos químicos exactos que conducen hacia y 98 permiten el acto crucial de la secuenciación. 99 En un organismo unicelular simple, una bacteria, deben existir probablemente un 100 millar de proteínas diferentes, conteniendo cada una de ellas algunos cientos de 101 aminoácidos en una secuencia especifica que además tiene una forma determinada, 102 la cantidad de información necesaria para realizar esta secuenciación es 103 considerable. 104 Refiriéndonos únicamente a las basesnitrogenadas en el DNA existen 4 que se 105 abrevian con sus iniciales: A, G, C, T. En el RNA también existen 4 tres de ellas 106 idénticas y una diferente, de forma semejante son: A, C, G y U. Por lo que traducir la 107 información de DNA a RNA es muy simple, por ejemplo: 108 DNA 5’-AATGACAAGCTTCGATCAGTAGCA-3’ 109 RNA 5’-AAUGACAAGCUUCGAUCAGUAGCA-3’ 110 111 La secuencia anterior es pequeña, ¿qué pasaría con una secuencia de un millón de 112 bases? La respuesta es fácil, exactamente lo mismo. 113 El problema principal y especial es la “Traducción”, ya que tenemos dos conjuntos 114 con diferente número de elementos, por un lado el de bases nitrogenadas del RNA y 115 por otro lado el de una veintena de aminoácidos. 116 Tabla 1. Nombres de los aminoácidos y abreviaturas empleadas 117 Aminoácido Abreviatura Tres letras Una letra Alanina Ala A Cisteína Cys C Ácido aspártico Asp D Ácido glutámico Glu E Fenilalanina Phe F Glicina Gly G Histidina His H Isoleucina Ile I Lisina Lys K Leucina Leu L Metionina Met M Asparagina Asn N Prolina Pro P Glutamina Gln Q Arginina Arg R Serina Ser S Treonina Thr T Valina Val V Triptófano Trp W Tirosina Tyr Y 118 Memorias del Octavo Congreso Internacional sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas 6 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán Octavo Congreso Internacional Sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas Para realizar la traducción correcta se requiere un código y la respuesta más lógica 119 es que la unidad de lectura, que llamamos codón, sea un triplete de bases, ya que la 120 lectura de solo un par da como resultado 4x4=16 permutaciones. El uso de un triplete 121 planteaba en su momento dos dificultades: la primera es que no existen 4x4x4=16 122 aminoácidos; la segunda es donde debe empezarse la lectura (suponiendo que no se 123 inicia en un extremo de la cadena) ya que no existe un indicador para esto. 124 Al parecer la respuesta, continua diciendo Crick, es el hecho de que algunos de 125 estos tripletes sean “sinónimos” de otros y se traduzcan de la misma manera. El 126 código simplificado sería el siguiente, en el que cada letra representa una base 127 cualquiera: 128 129 Figura 7. Código simplificado según Crick (1958) 130 131 El código real sustituyendo las letras anteriores por las iniciales de las bases 132 contenidas en el RNA es el siguiente: 133 134 Figura 8. Código genético (Sánchez, sf) 135 136 Por lo que tomando como ejemplo las secuencias antes mencionadas podíamos 137 completar de la siguiente forma: 138 DNA 5’-AATGACAAGCTTCGATCAGTAGCAG….-3’ 139 RNA 5’-AAUGACAAGCUUCGAUCAGUACGAG…-3’ 140 Proteína Met-thr-ser-tyr-asp-gln-tyr-glu… 141 142 Hasta encontrar el codón de paro. 143 Memorias del Octavo Congreso Internacional sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas 7 UNIVERSIDAD NACIONAL AUTÓNOMA DE MÉXICO Facultad de Estudios Superiores Cuautitlán Octavo Congreso Internacional Sobre la Enseñanza y Aplicación de las Matemáticas Referencias 144 145 Angel-Angel, JJ. (2016). Criptografía para principiantes. [En línea]. consultado 146 el 10 de enero de 2016 de: http://www.math.com.mx/criptografia.html 147 Castellanos, L. (2014). Seguridad en informática. [En línea]. Obtenido el 10 de 148 enero de 2016 de: https://luiscastellanos.wordpress.com/tecnologia/seguridad-149 en-informatica/ 150 Crick, FHC. (1958). On the protein synthesis. 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