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Ciencias de la Salud Biológicas y Ambientales | Ingeniería en Biotecnología Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos U3 Programa de la asignatura: . Universidad Abierta y a Distancia de México 1 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Índice Presentación de la unidad ......................................................................................................... 2 Propósitos .................................................................................................................................. 2 Competencia específica ............................................................................................................ 3 Ruta de aprendizaje .................................................................................................................. 4 3.1. Metabolismo de lípidos ....................................................................................................... 5 3.1.1. Importancia bioquímica de los lípidos ............................................................................. 5 3.1.2. Beta oxidación ............................................................................................................... 11 3.1.3. Anabolismo de lípidos ................................................................................................... 15 3.2. Ácidos nucleicos ............................................................................................................... 18 3.2.1. Estructura del DNA ........................................................................................................ 23 3.2.2. Organización del DNA ................................................................................................... 26 3.2.3. Clasificación y estructura del RNA ................................................................................ 28 3.2.4. Importancia bioquímica de los ácidos nucleicos ........................................................... 31 Actividades .............................................................................................................................. 34 Autorreflexiones....................................................................................................................... 34 Cierre de la unidad .................................................................................................................. 34 Para saber más ....................................................................................................................... 35 Fuentes de consulta ................................................................................................................ 36 . Universidad Abierta y a Distancia de México 2 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Presentación de la unidad En las unidades anteriores hemos estudiado varios procesos del metabolismo celular así como a los carbohidratos y proteínas como moléculas que juegan un papel esencial en el desarrollo celular, a continuación nos vamos a centrar en dos biomoléculas que también tienen un papel muy importante en los seres vivos: los lípidos y los ácidos nucleicos. Vamos a estudiar cuáles son las funciones bioquímicas de los lípidos y cómo es su anabolismo y catabolismo, ya que después de la glucosa, los lípidos son la principal reserva energética del organismo, además de tener una función crucial como parte estructural de la membrana celular. Por otro lado, vamos a conocer cuál es la estructura y función de las moléculas encargadas de preservar la información genética de los organismos vivos, los ácidos nucleicos, para que al finalizar esta unidad y por lo tanto la materia tengas un conocimiento amplio de cada una de las funciones y rutas metabólicas en las que participan todas las biomoléculas. Propósitos Esta unidad tiene como propósitos: • Explicar la función bioquímica de los lípidos en las células. • Explicar los pasos que intervienen en el anabolismo y catabolismo de lípidos. • Diferenciar las moléculas de RNA y DNA por su estructura y función. • Analizar la estructura de los ácidos nucleicos. • Explicar el papel que juegan los ácidos nucleicos en la vida de la célula. . Universidad Abierta y a Distancia de México 3 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Competencia específica Indicar la función de los lípidos y ácidos nucleicos en los procesos celulares para distinguir sus procesos de síntesis y degradación mediante el estudio de las rutas metabólicas. . Universidad Abierta y a Distancia de México 4 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos . Universidad Abierta y a Distancia de México 5 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos 3.1. Metabolismo de lípidos La célula es la unidad fundamental de la vida. Una célula aislada es una entidad separada de otras por una membrana (muchas células contienen además una pared celular exterior a la membrana). Además, cada célula contiene una gran variedad de estructuras químicas y componentes subcelulares. Las actividades de las células pueden considerarse desde dos aspectos. Por un parte, las células pueden ser como maquinas vivas que realizan transformaciones químicas. Si procediéramos a la disección bioquímica de una célula encontraríamos que el componente principal es el agua y después de esta, se encuentran grandes cantidades de macromoléculas, cantidades menores de monómeros precursores de macromoléculas y varios iones inorgánicos. Cerca del 95% del peso seco de una célula es debido a las macromoléculas y, dentro de éstas, las proteínas son con mucho las más abundantes, seguidas de los ácidos nucleicos y posteriormente los lípidos. Los lípidos tienen propiedades hidrofóbicas e hidrofílicas y tienen funciones esenciales en la estructura de las membranas y como depósitos de almacenamiento del exceso de carbono. Las funciones que desempeñan los lípidos en los seres vivos se deben en gran parte a sus estructuras hidrófobas. Como componentes destacados de las membranas celulares y excelentes fuentes de energía. A continuación vamos a estudiar con mayor detalle la importancia bioquímica de estas biomoléculas, así como su anabolismo y catabolismo. 3.1.1. Importancia bioquímica de los lípidos Los lípidos pueden aglomerarse y formar diferentes asociaciones como se muestran en la figura 1, necesarias para desarrollar algunas de sus funciones bioquímicas. Recuerda que en la asignatura de “Química” ya estudiaste la estructura y nomenclatura de los lípidos, información esencial para el entendimiento de su síntesis y degradación, las cuales estudiaremos en esta asignatura y aplicarás en “Biología celular” cuando analices las estructuras de la membrana. Enlaces . Universidad Abierta y a Distancia de México 6 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Los lípidos de tipo triglicéridos, se acumulan en las células con una función principal que es la de reserva de energía, ya que cuenta con largas cadenas hidrocarbonadas altamente reducidas, de manera que la oxidación de las mismas proporciona energía de manera rápida, la cual se transforma o se disipa en calor. En este proceso se produce ATP y se lleva a cabo la segunda función más importante de los lípidos: la producción de calor. (Mathews, 2002). En los mamíferos los triglicéridos se acumulan en células especiales denominadas adipocitos (figura 2) que forman el tejido adiposo, que funciona como un aislante para el frío; también recubren y protegen los órganos de algún daño mecánico o estructural. Figura 1. Asociaciones de fosfolípidos. Los lípidos pueden formar bicapas, micelas y liposomas. Tomado de: https://sites.google.com/site/ampliabiogeo/_/rsrc/1274463151348/bioqui/las- biomoleculas/lipidos-4o3/250px- Phospholipids_aqueous_solution_structures.svg%5B1%5D.pnghttps://www.google.com.mx/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0CAcQjRw&url=https://sites.google.com/site/ampliabiogeo/bioqui/las-biomoleculas/lipidos-4o3&ei=p7SeVc-UJ8mDsAX5-bvQBQ&bvm=bv.96952980,d.cGU&psig=AFQjCNFoIVhd_MnQhEBAf0bF3sSHtP1qkg&ust=1436550686895106 . Universidad Abierta y a Distancia de México 7 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos La función principal de los fosfoglicéridos, otro tipo de lípidos, es la de principal componente de la membrana, ya que tienen una región altamente hidrofílica (el fosfato) y una zona altamente hidrofóbica (la cadena hidrocarbonada). De esta manera, los fosfolípidos siempre se van a asociar: las zonas hidrofílicas con las hidrofílicas y las hidrofóbicas con las hidrofóbicas formando una doble capa. Cuando únicamente se asocian fosfolípidos, se habla de una micela (figura 3). Figura 2. Adipocitos. Células que almacenan lípidos en los organismos superiores. Tomado de: http://www.esteticamedica.info/noticias/val/74-0/los-adipocitos-la-reserva- energetica-del-cuerpo.html. http://www.esteticamedica.info/data/img_cont/img_imagenes/img_gr/1112.jpg . Universidad Abierta y a Distancia de México 8 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Las micelas contienen una zona altamente hidrofóbica que no puede ser atravesada por compuestos polares, como los azúcares, es por ello, que las membranas plasmáticas, están formadas además, por proteínas, que permitan transportar esas micromoléculas, como lo revisaremos en el siguiente apartado. De esta manera, las membranas se transforman en estructuras semipermeables y selectivas de tal forma que solo se transporten aquellos metabolitos que son necesarios para la vida celular. Además, las membranas tienen, en su cara externa a la célula, un conjunto de oligosacáridos que le ayudarán en el señalamiento intercelular (Lodish, 2007). En el caso de los esfingolípidos, éstos también forman parte de la membrana plasmática, siendo los segundos lípidos más importantes. Son más abundantes en las células del tejido nervioso de los animales, puesto que la esfingomielina junto con el ácido lignocérico y un aminoalcohol, llamado colina, conforman las vainas de mielina (figura 4), las cuales protegen y aíslan a las células nerviosas, además de favorecer la sinapsis. Figura 3. Representación de una membrana plasmática. En azul se muestra la zona hidrofófica formada por fosfolípidos, de verde se muestra la zona hidrofílica compuesta por el glicerol y el grupo fostato y en café se muestran proteínas integrales. Tomado de: Madigan, 2003. . Universidad Abierta y a Distancia de México 9 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Otro tipo de lípidos, como son las ceras, tienen como función principal el formar cubiertas protectoras en los animales, ya sea en el pelo como es el caso de la lanolina de la lana de las ovejas o en las plumas de las aves. En los vegetales se pueden encontrar en las hojas, tallos y frutos recubriéndolos y protegiéndolos de la pérdida de agua por efecto de la evaporación. En los insectos los podemos encontrar en el exoesqueleto y también en un gran ejemplo en las ceras producidas por las abejas compuesta, principalmente, por ésteres del ácido palmítico. En el caso de los terpenos, éstos son importantes porque forman los aceites esenciales que aportan olor y sabor a algunos vegetales, por ejemplos: el geraniol, mentol, limoneno, alcanfor y pineno. Otro terpeno es el fitol que forma parte de la molécula de clorofila (figura 5). Estos compuestos también generan otros pigmentos fotosintéticos, ejemplo de ello son los carotenoides, los cuales pueden estar presentes en bacterias y hongos como metabolitos secundarios con importancia biotecnológica. Figura 4. Vainas de mielina. Se muestra el axón de una neurona (luz verde) cubiertas por vainas de mielina (morado). Tomado de http://www.liquidarea.com/2011/05/sclerosi-multipla-attesi-i-risultati-delle- staminali-sugli-interruttori-di-mielina/. http://www.google.com.mx/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0CAcQjRw&url=http://www.liquidarea.com/2011/05/sclerosi-multipla-attesi-i-risultati-delle-staminali-sugli-interruttori-di-mielina/&ei=pKSeVavEA8TIsAXegbbgBQ&bvm=bv.96952980,d.cGU&psig=AFQjCNHGo7e51AfjVa3T1oqQJ2uuX887JA&ust=1436546541715786 . Universidad Abierta y a Distancia de México 10 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos También existen terpenos con importancia fisiológica puesto que son vitaminas (A, K y E) liposolubles o coenzimas como la coenzima Q que actúa como transportador de hidrógeno en las oxidaciones biológicas de las mitocondrias (Nelson y Cox, 2009). La función de otros lípidos como los esteroides es la de regulación y ser precursores de hormonas. Las hormonas esteroides regulan el metabolismo y las funciones reproductivas. Algunos ejemplos de esteroides son los ácidos biliares, las hormonas sexuales, la vitamina D, el colesterol y los corticosteroides; estos últimos ampliamente utilizados para producción de medicamentos como la cortisona. Un esteroide muy importante es el colesterol ya que es parte de las bicapas lipídicas de las células eucariotas; además de ser el precursor de varios esteroides, como las hormonas sexuales masculinas (andrógenos) y las femeninas (estrógenos). Es por ello que se presentan algunos problemas relacionados con los ciclos menstruales cuando el consumo de grasas es muy pobre o nulo, tal como sucede con las personas que no las incluyen en su dieta o que sufren trastornos alimenticios como la anorexia y la bulimia. Una de las funciones de los eicosanoides, es como biocatalizadores, pues facilitan las reacciones químicas que se producen en los seres vivos; además participan en la comunicación celular, en los procesos de inflamación y la respuesta inmune (figura 6) de vertebrados e invertebrados, ya que las prostaglandinas son un tipo de eicosanoide que tiene funciones en dicha respuesta. Figura 5. Clorofila. Se muestra la estructura de la molécula de clorofila formada por una cola de fitol. Tomado de http://notodoloquerelucees.blogspot.mx/2015/01/verde- que-te-quiero-verde-clorofila.html. . Universidad Abierta y a Distancia de México 11 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos 3.1.2. Beta oxidación El catabolismo de los lípidos es igual de importante que el de los carbohidratos ya que se genera gran cantidad de energía en los organismos aerobios, al ser moléculas muy reducidas; por ejemplo a partir de los triglicéridos almacenados en forma de grasa, se generan alrededor de 9 Kcal/g (en contraste de las 4 Kcal/g de carbohidrato o proteína), sin aumentar la osmolaridad del citosol, además de que estos compuestos tienen una baja reactividad química. La degradación de los lípidos se lleva a cabo en 4 etapas: A) En primer lugar es necesario hidrolizar los triglicéridos obteniendo glicerol y ácidos grasos mediante la enzima lipasa. B) En una segunda etapa es necesario la activación de los ácidos grasos utilizando moléculas de HSCoA (donde se consumen 2 ATP). C) Posteriormente se realiza el transporte de la molécula a través de la cartinin acetil transferasa al interior de la matriz mitocondrial D) Finalmente se lleva a cabo la β-oxidación obteniendo como molécula final Acetil- CoA que entrará al Ciclo de Krebs llevándose el proceso que hemos comentado anteriormente. Por su parte, el glicerol obtenido de la hidrólisis del lípido es fosforilado y oxidado a dihidroxiacetona fosfato e isomerizado a gliceraldehido 3- fosfato que será introducido a la glicólisis (figura 7). Figura 6. Esquema general de la respuesta inmune. Procesos celulares donde participan los eicosanoides. Tomado de: Science PhotoLibrary. http://www.google.com.mx/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0CAcQjRw&url=http://beyondmeds.com/2015/03/06/mental-health-immune-response-inflammation/&ei=tqeeVaO1EcLBsAXz1KfQBQ&psig=AFQjCNEvdS55rSK-8PrY0xzPT2PsPwGGOg&ust=1436547370743313 . Universidad Abierta y a Distancia de México 12 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos A continuación estudiaremos con mayor detalle el proceso de beta oxidación de ácido grasos, el cual recibe su nombre debido a la oxidación del carbono β de los ácidos grasos, rompiendo el enlace entre los átomos de carbono α y β. Durante este proceso se degradan los ácidos grasos por la separación secuencial de fragmentos de dos carbonos desde el extremo carboxilo. Para la degradación de los ácidos grasos de cadena impar o los insaturados se requiere de distintas modificaciones, conformando rutas ligeramente diferentes como la α- oxidación, la ω-oxidación o la oxidación peroxisómica. Durante la β-oxidación se oxidan los ácidos grasos, liberando en cada ciclo 2 carbonos en forma de acetil-CoA que se incorpora al ciclo de Krebs; así como una molécula de FADH2 y un NADH que se van a la cadena transportadora de electrones. El ciclo está formado por 4 reacciones que se repiten según el número de carbonos del ácido graso de que se trate. Figura 7. Β-Oxidación. Se muestra un esquema general del catabolismo de los ácidos grasos. Tomado de https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/thumb/3/36/Beta- oxidacion.svg/640px-Beta-oxidacion.svg.png. https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/3/36/Beta-oxidacion.svg . Universidad Abierta y a Distancia de México 13 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Identificar cada una de las reacciones de la β-oxidación: 1. El ácido graso unido a la acetil Co-A es oxidado a través de la acil-CoA deshidrogenasa formado un trans-Δ2-Enolil-CoA con la consecuente reducción de una molécula de FAD. 2. La molécula formada es hidratada a través de la enzima enolil-CoA hidratasa para formar el L-β-Hidroxi-acil-CoA. 3. Se produce una nueva oxidación del compuesto para formar el β-ketoacil- CoA por la acción de la β-hidroxiacil-CoA deshidrogenasa, la molécula que se reduce en este caso es el NAD+. Beta oxidación . Universidad Abierta y a Distancia de México 14 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos El proceso completo de beta oxidación requiere de llevar a cabo varias vueltas de las reacciones que se mencionaron a continuación, pero la última vuelta se lleva a cabo cuando sólo quedan cuatro átomos de carbono en la cadena, puesto que se producen dos acetil Co-A. Por lo tanto, un ácido graso sufrirá tantas vueltas como la mitad menos uno del número de átomos de carbono tenga. 4. Finalmente, ocurre una ruptura por medio de la acil-CoA acetiltransferasa (tiolasa) liberándose una molécula de Acetil Co-A y un ácido graso con dos carbonos menos. Beta oxidación (Continuación) Figura 8. Ejemplo de β-Oxidación. Se muestra la oxidación de un ácido graso de 14 átomos de carbono para la formación de 7 moléculas de Acetil- CoA. Modificado de: http://images.devilfinder.co m/go.php?q=Beta+Oxidati on+of+Very+. . Universidad Abierta y a Distancia de México 15 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos La oxidación aerobia de un ácido graso genera un gran número de moléculas de ATP: la oxidación de cada FADH2 por la cadena transportadora de electrones y la fosforilaciòn oxidativa proporciona aproximadamente 1.5 moléculas de ATP; la oxidación de cada NADH proporciona aproximadamente 2.5 moléculas de ATP (McKee y McKee, 2003). Si tomamos como ejemplo al palmitol y calculamos el rendimiento de su oxidación, vemos que se generan 7 FADH2, 7 NADH y 8 acetil-CoA para formar CO2 y H2O: 7 FADH2 x 1.5 ATP/FADH2 = 10.5 ATP 7 NADH x 2.5 ATP/NADH = 17.5 ATP 8 acetil-CoA x 10 ATP/acetil-CoA = 80.0 ATP ---------------- 108 ATP 3.1.3. Anabolismo de lípidos La síntesis de lípidos ocurre a partir de moléculas más sencillas de Acetil –CoA que serán reducidas hasta formar el ácido graso, como puedes observar en la figura 9, siendo una reacción inversa a la que ocurre en la ß-oxidación. En las células eucariotas, la ß-oxidación ocurre en la mitocondria, en cambio la síntesis es un proceso citoplasmático, principalmente de las células del hígado. . Universidad Abierta y a Distancia de México 16 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Los ácidos grasos se sintetizan en el organismo cuando su alimentación contiene pocas grasas y/o muchos hidratos de carbono o proteínas. Para la síntesis de ácidos grasos se requiere una cantidad alta de NADP reducido. A continuación se lleva a cabo el proceso de biosíntesis de los ácidos grasos, en una ruta inversa a la β-oxidación y se construye por la adición secuencial de grupos de dos carbonos que suministran la acetil-CoA. Antes de sintetizar el ácido graso, se llevan a cabo las siguientes reacciones preparatorias: 1. La glucosa se convierte en piruvato en el citoplasma y se transporta a las mitocondrias. 2. El piruvato se convierte en acetil-CoA y se condensa con el oxalacetato para formar citrato. 3. Cuando la concentración de citrato es suficientemente elevada, éste se transporta al citoplasma. 4. Se fragmenta el citrato para formar acetil-CoA y oxalacetato. Fase preparatoria Figura 9. Comparación entre ß-oxidación y biosíntesis de ácidos grasos. Del lado izquierdo se muestra el catabolismo de lípidos y del lado derecho el anabolismo. Tomado de: http://laguna.fmedic.unam.mx/~evazquez/0403/sintesis%20acidos%20grasos.html . Universidad Abierta y a Distancia de México 17 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos La biosíntesis de ácidos grasos tales como el palmitato requiere por tanto acetil-CoA y el aporte de energía química en dos formas: el potencial de transferencia de grupo del ATP y el poder reductor del NADPH. Se requiere el ATP para unir CO2 al acetil-CoA produciendo malonil-CoA; el NADPH se requiere para reducir los dobles enlaces. Identificar las reacciones que participan en el mecanismo de biosíntesis de lípidos: 1. Se condensan los grupos acetilo y malonilo activados para formar acetoacetil-ACP con ayuda de la enzima β-cetoacil-ACP sintasa. 2. El acetoacetil-ACP se reduce en el grupo carbonilo del C-3 formando D-β- hidroxibutiril-ACP con la enzima β-cetoacil-ACP reductasa siendo el NADPH el donador electrónico. 3. Se elimina una molécula de agua a partir del C-2 y C-3 del D-β-hidroxibutiril- ACP, formándose un doble enlace en el producto trans-Δ2-butenoil-ACP con ayuda de la enzima β-hidroxiacil-ACP deshidratasa. 4. Se reduce el doble enlace del trans-Δ2-butenoil-ACP formando butiril-ACP por acción de la enzima enoil ACP reductasa y con el NADPH como donador de electrones. Síntesis de lípidos . Universidad Abierta y a Distancia de México 18 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos De esta manera, cuando la célula tiene suficiente energía, utiliza el ATP y el NADH + H para sintetizar moléculas que le permitan reservar energía como la glucosa (en forma de glucógeno en las células animales y almidón en las células vegetales) o los triglicéridos. 3.2. Ácidos nucleicos Todas las biomoléculas en su conjunto son de gran importancia, unas con mayor abundancia que otras, desempeñando funciones vitales para el buen funcionamiento celular. Como se ha mencionado, todas las biomoléculas forman parte de un sistema que tiene como resultado la conformación de seres extraordinarios. Las proteínas, los carbohidratos, los lípidos y los ácidos nucleicos son los responsables de generar vida. Los ácidos nucleicos son polímeros formados por nucleótidos y en las células se encuentrandos tipos, el RNA y DNA. Después de las proteínas, el ácido ribonucleico (RNA) es el tipo de macromoléculas más abundante en una célula en crecimiento. Esto se debe a que en cada célula hay miles de ribosomas (las “maquinas” que fabrican nuevas proteínas) y los ribosomas se componen de RNA y proteínas. Además están presentes cantidades menores de RNA en la forma de RNA mensajero y de transferencia, que también participan en la síntesis de proteínas. En contraste, el DNA representa un componente cuantitativamente minoritario en la célula en especial bacteriana. Las últimas biomoléculas que vamos a estudiar son precisamente a los ácidos nucleicos y, aunque su estructura puede ser la más simple, son de vital importancia en todos los seres vivos, ya que en ellos reside la información para la síntesis de todas las funciones del organismo. Los monómeros que constituyen a los ácidos nucleicos se denominan nucleótidos (figura 10) y están conformados por tres componentes esenciales: una base nitrogenada, un azúcar pentósido (un azúcar con cinco carbonos) y un grupo fosfato. Hay dos tipos de bases nitrogenadas: las purinas, un doble anillo de nueve lados, y las pirimidinas, un anillo de seis lados. En los ácidos nucleicos se encuentran generalmente dos tipos de purinas y tres Los ácidos nucleicos son el material genético que cumple con cuatro funciones principales en las células: replicación, almacenaje de la información, expresión de esta información y variación por mutación. Ácidos nucleicos . Universidad Abierta y a Distancia de México 19 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos tipos de pirimidinas; las dos purinas son adenina y guanina, abreviadas como A y G, respectivamente; las tres pirimidinas son la citosina, la timina y el uracilo, que se abrevian como C, T, U, respectivamente. Tanto el DNA como el RNA contienen A, C y G; únicamente el DNA contiene la base T, mientras que sólo el RNA contiene la base U (figura 11). Figura 10. Estructura general de un nucleótido. Está conformado por una base nitrogenada, un azúcar y un grupo fosfato. Tomado de: Curtis y Nelson 2009. . Universidad Abierta y a Distancia de México 20 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos El tipo de azúcar presente es la principal diferencia entre los dos tipos de ácidos nucleicos: si está formado por desoxirribosa como azúcar entonces estamos hablando del ácido desoxirribonucleico o DNA (por sus siglas en inglés, desoxiribonucleic acid) y si el azúcar es una ribosa entonces tenemos al ácido ribonucleico o RNA (por sus siglas en inglés, ribonucleic acid), los cuales también cumplen con funciones distintas que analizaremos a continuación. Una molécula compuesta por una base (purina o pirimidina) y por un azúcar (ribosa o desoxirribosa) forma una unidad química denominada nucleósido. Si se añade un grupo fosfato al nucleósido, la nueva molécula recibe el nombre de nucleótido. Los nucleósidos y los nucleótidos reciben el nombre de la base nitrogenada específica que forma parte de la molécula. La unión entre los tres componentes de un nucleótido es muy específica. El átomo C-1 del azúcar se une químicamente a la base nitrogenada, si la base es una purina, el átomo N-9 se une covalentemente al azúcar, si la bases es una pirimidina, la unión se efectúa por el átomo N-1. Los nucleótidos pueden presentar el grupo fosfato unido al átomo C-2, C-3 o C- 5 del azúcar; sin embargo, la C-5 es la más frecuente en los sistemas biológicos (Klug et al., 2006). Los nucleótidos también pueden describirse con el nombre de nucleósidos monofosfato (NMP), podemos encontrar dideoxiadenosin 5’-monofofato (dAMP), dideoxiadenosin 5’- difosfato (dADP) y dideoxiadenosin 5’-trifosfato (dATP) (figura 12). Figura 11. Estructura de los desoxi y ribonucleótidos. En la parte superior se muestran los desoxinucleótidos y en la parte inferior los ribonucleótidos. Tomado de Nelson y Cox, 2009. . Universidad Abierta y a Distancia de México 21 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos En la síntesis de los nucleótidos, en primer lugar se forma el nucleósido con la unión de la base y la desoxirribosa para posteriormente formarse el nucleótido con la adición del grupo fosfato. En la figura 13 se observa un ejemplo de síntesis de desoxiadenosina (nucleósido formado por desoxirribosa y adenina) seguida de la adición del grupo fosfato para formar el nucleótido desoxiadenosin 5’-monofosfato. Figura 12. Clasificación de los nucleótidos según el número de fosfatos presentes. Se muestran de azul el nucleótido formado por un fosfato, de verde el formado por dos fosfatos y de rojo el formado por tres fosfatos. Tomado de: http://www.bionova.org.es/biocast/tema09.htm. . Universidad Abierta y a Distancia de México 22 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos La unión entre dos mononucleótidos consiste en un grupo fosfato unido a dos azúcares por medio de un enlace fosfodiéster, ya que el ácido fosfórico se une a dos alcoholes (grupos hidroxilo de los dos azúcares) por una unión éster en ambos lados, entre el OH del carbono 3’ del nucleótido presente en la cadena con el fosfato del carbono 5’ del nucleótido que se incorpora; de esta manera podemos observar cómo el crecimiento de todas las moléculas de ácidos nucleicos siempre ocurre en dirección 5’-3’. La unión de dos nucleótidos forma un dinucleótido, la de tres nucleótidos un trinucleótido y así sucesivamente. Cadenas cortas de menos de 20 nucleótidos unidos reciben el nombre de oligonucleótidos y cadenas más largas se denominan polinucleótidos (figura 14). Figura 13. Síntesis de un desoxinucleótido. Primero se une el azúcar y la base por un enlace glucosídico y posteriormente se une el grupo fosfato por un enlace éster. Modificado de http://www.vi.cl/foro/topic/7227-biomoleculas-metabolismo- cuestiones-resueltas/page_st_100. Figura 14. Formación del enlace fosfodiéster. El nuevo nucleótido se incorpora en el extremo 3’ por lo que el crecimiento se dará en dirección 5’3’. Modificado de: http://cienciastella.com/ADN.html y http://www.iesaltoalmanzora.es/centro/departamentos/biologia/2bto_bio/unid6.htm. . Universidad Abierta y a Distancia de México 23 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos 3.2.1. Estructura del DNA El DNA es un polímero de doble cadena, compuesto por desoxinucléotidos enrollados alrededor de un eje central, formando una doble hélice; las dos cadenas son antiparalelas, es decir, tienen una orientación en direcciones opuestas. Las bases nitrogenadas de las cadenas opuestas están apareadas como resultado de la formación de puentes de hidrógeno; en el DNA únicamente se permiten los emparejamientos A═T y G≡C, unidos por un doble o triple enlace respectivamente. Cada vuelta completa de la hélice tiene una longitud de 34 Å; de este modo, cada vuelta de la cadena contiene 10 bases. En la molécula se puede observar un surco mayor y un surco menor que se alteran a lo largo del eje, presentando un diámetro la doble hélice de 20 Å (figura 15 y 16). Figura 15. Estructura del DNA o ácido desoxirribonucléico. Se muestran los nucleótidos unidos por puentes de hidrógeno, donde cada cadena tiene la dirección opuesta. Tomado de: http://fundaweb.galeon.com/ . Universidad Abierta y a Distancia de México 24 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos El DNA es una molécula muy flexible y se puede encontrar en tres conformaciones dependiendo de las condiciones de aislamiento: el DNA-A presente cuando el DNA está en una solución poco acuosa; el DNA-B, el más estable, descubierto por Watson y Crick en 1953, y el DNA-Z donde se observan giros levógiros (a laizquierda) en vez de dextrógiro (a la derecha) como en las otras formas; además presenta 12 pares de bases por vuelta adquiriendo una conformación en zigzag. Comparado con el DNA-B, el DNA-A, es ligeramente más compacto, al tener nueve pares de bases en cada vuelta completa de la hélice. Esta molécula a pesar de ser también dextrógira, la orientación de sus bases es diferente ya que están inclinadas y desplazadas lateralmente en relación al eje de la hélice; el resultado de estas diferencias, si se compara con el DNA-B, es una modificación en la apariencia del surco mayor y del menor (Figura 17). Figura 16. Estructura tridimensional del DNA. En los extremos se muestran las claves de cada uno de los átomos y moléculas que se componen y en el centro se representa la doble hélice. Modificado de: http://www.fromquarkstoquasars.com/cells-and-dna-a-basic- breakdown/. . Universidad Abierta y a Distancia de México 25 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos En los últimos años se han descubierto otras tres formas de hélice de DNA dextrógiro en condiciones de laboratorio, que se han designado como DNA-C, -D y –E. El DNA-C se encuentra en condiciones de mayor deshidratación que en las que se obtiene el DNA-A y – B; tiene solamente 9.3 pares de bases en cada vuelta y, por lo tanto, es menos compacto; el diámetro de la hélice es igual que el del DNA-A con la diferencia que no tiene los pares de bases dispuestos horizontalmente sino inclinados en relación al eje de la hélice. Las otras dos formas, el DNA-D y DNA-E, se producen en hélices cuya composición de bases carece de guanina y tienen menos número de bases por vuelta: 8 y 7, respectivamente (Klug et al., 2006). Figura 17. Principales conformaciones del DNA. Se muestran las tres principales topologías del DNA: la B, A y Z. Tomado de http://what-when-how.com/wp- content/uploads/2011/05/tmp1E3128_thumb_thumb.jpg . Universidad Abierta y a Distancia de México 26 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos 3.2.2. Organización del DNA Los organismos procariotas (aquellos que no tienen núcleo como las bacterias) tienen el DNA en forma circular, mientras que en los organismos eucariotas (células presentes en algas, hongos, protozoos, vegetales y animales) se encuentra en forma lineal. El DNA de las células eucarióticas se organiza en cromosomas donde éste y diversas proteínas forman complejos. Los cromosomas están formados por fibras de cromatina estrechamente espiralizadas. Las proteínas asociadas se clasifican en histonas cargadas positivamente y en no histonas, con una carga positiva menor; ambas proteínas contienen grandes cantidades de los aminoácidos lisina y arginina, que están cargados positivamente, lo que les posibilita unirse electrostáticamente a los grupos fosfato de los nucleótidos, que tienen carga negativa. En la cromatina el DNA y las proteínas experimentan un gran enrollamiento y plegamiento al condensarse dentro del núcleo celular. Las fibras de cromatina están compuestas por partículas esféricas dispuestas linealmente denominadas nucleosomas que parecen cuentas de un collar, ya que están dispuestas en el eje de la cromatina de manera regular. Una fibra de cromatina de 11 nm se empaqueta todavía más en una estructura gruesa de 20 nm, que inicialmente recibió el nombre de solenoide y que está formada por nucleosomas estrechamente enrolladas, generando el segundo nivel de empaquetamiento. Esta estructura formada que mide aproximadamente 30 nm, crea a continuación una serie de dominios en forma de lazo que condensan, todavía más, la fibra de cromatina, cuyo diámetro es ahora de 300 nm, generandoel tercer nivel de empaquetamiento. Posteriormente las fibras se enrollan en los brazos del cromosoma, constituyendo una cromátida, que a su vez forma parte del cromosoma metafásico. Estos empaquetamientos permiten condensar todo el material genético en un espacio muy reducido que estará contenido en el núcleo (Figura 18). En el caso de los cromosomas bacterianos, estos tienen una forma relativamente simple, ya que sólo presentan una molécula de DNA de doble cadena, compactada en una estructura que se denomina nucleoide (Figura 19). El DNA está asociado a varios tipos de proteínas de unión al DNA, como las HU y U que como las histonas contienen un alto porcentaje de aminoácidos cargados positivamente que pueden unirse iónicamente a las cargas negativas de los grupos fosfato del DNA (Klug et al., 2006). . Universidad Abierta y a Distancia de México 27 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Figura 18. Organización del DNA eucariótico. Modelo general de asociación entre histonas y DNA en el nucleosoma, que esquematiza la manera en que la fibra de cromatina podría enrollarse en estructuras más condensadas, produciendo al final un cromosoma mitótico. Tomado de: Klug et al., 2006. . Universidad Abierta y a Distancia de México 28 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos 3.2.3. Clasificación y estructura del RNA El RNA es una molécula con estructura similar a la del DNA, pero con varias excepciones importantes. Aunque el RNA también tiene por piezas nucleótidos unidos en cadenas de polinucleótidos, el azúcar ribosa reemplaza a la desoxirribosa y la base nitrogenada uracilo reemplaza a la timina. Otra diferencia importante es que la mayor parte del RNA es de cadena sencilla. Existen muchos tipos diferentes de RNA, en la tabla 1 se muestra una clasificación de acuerdo a su función celular. Tipos de ARN clasificados según su función celular. Función celular Tipo de RNA Síntesis de proteínas Mensajero de transferencia Ribosómico Reguladores De interferencia Micro ARN Interferente pequeño Asociados a Piwi Antisentido Figura 19. Cromosoma bacteriano. Se muestra la estructura del DNA cromosomal de una bacteria. Tomado de http://4.bp.blogspot.com/- myWkM7HLrpc/UEStvIxKnHI/AAAAAAAAALk/4Ohzi5wD8lA/s1600/E+coli.jpg http://www.google.com.mx/url?sa=i&rct=j&q=&esrc=s&source=images&cd=&cad=rja&uact=8&ved=0CAcQjRw&url=http://picnogonida.blogspot.com/2012/09/sintesis-de-adn-bacteriano.html&ei=YbeeVfXDJMGwsQXLxrvoBQ&psig=AFQjCNHdaaymuc08FQTPnnOWdC5wwCpNEg&ust=1436551370491276 . Universidad Abierta y a Distancia de México 29 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Debido a su importancia y abundancia en la célula, únicamente, hablaremos de las estructuras de los RNA involucrados en la síntesis de proteínas los cuales se describen a continuación; sin embargo, discutiremos la importancia biológica de cada uno de ellos más adelante. El RNAm o RNA mensajero tiene una estructura lineal y su función es la de “llevar el mensaje” para la síntesis de proteínas. En las células eucariotas lo encontramos protegido en el extremo 5’ por un conjunto de proteínas denominado CAP y el extremo 3’ por una cola de poli A (varios adenosín 5’-monofosfatos unidos), de esta manera se inhibe la degradación del mismo por enzimas especializadas denominadas ribonucleasas. (figura 20). El RNAt o RNA de transferencia adopta un plegamiento característico gracias a los enlaces que se forman entre las bases presentes en la cadena (figura 21). Se destacan dos puntos clave en su función, el primero es el extremo 3’ donde se une el aminoácido que se incorporará a la cadena peptídica durante la síntesis de la proteína, el segundo es el anticodón, que será el encargado de “leer el mensaje” del ARNm. Largo no codificante Riboswitch Con actividad catalítica Ribozima Espliceosoma Pequeño nuclear Figura 20. RNA mensajero. Estructura del ARNm presente en una célula eucariota. Tomado de: http://www.inmegen.gon.mx/es/divulgacion/glosario-de-terminos . Universidad Abierta y a Distanciade México 30 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos El RNAr o RNA ribosomal constituye alrededor del 80% del ARN total de una célula. Varios tipos de RNA junto con proteínas diferentes forman los ribosomas celulares, lugar donde ocurre la síntesis de proteínas. En el caso de las células procariotas podemos encontrar el RNAr 5S, 16S y 23S, mientras que en los eucariotas están los RNAr 5S, 5,8S, 18S y 28S (figura 22). La S significa coeficiente de Svedberg y se refiere al comportamiento de sedimentación que depende de la densidad, la masa y la forma de la molécula. Figura 21. Estructura del ARN de transferencia. Se observa como el plegamiento es debido a las uniones de las bases nitrogenadas G-C y A-U. Tomado de: http://sintesis-jmr.blogspot.mx/2010/11/arn-mensajero-arn-de- transferencia-html . Universidad Abierta y a Distancia de México 31 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos 3.2.4. Función bioquímica de los ácidos nucleicos Dentro de los ácidos nucleicos se encuentra la molécula de ATP, la cual es un ribonucleótido capaz de almacenar energía en los enlaces fosfodiéster presentes, de manera que cuando se hidroliza un fosfato se producen 7,7 cal/ml o lo que es lo mismo, 31 KJ/mol. En la figura 23 se muestra la hidrólisis y síntesis de esta molécula durante los procesos bioquímicos. Al igual que el ATP, el GTP también es una molécula que almacena energía y, entre otras funciones, es la encargada de proveer la energía suficiente para que se produzcan los enlaces peptídicos durante la síntesis de las proteínas. También tenemos al AMPc y el GMPc, derivados del ATP y GTP respectivamente, donde el átomo de fosfato forma un anillo al estar unido al carbono 5’ y 3’ (figura 23). Estas moléculas están implicadas en la regulación celular siendo uno de los principales segundos mensajeros celulares. Todas las células se comunican unas con otras y detectan el medio ambiente donde habitan para responder a los cambios que se producen, para ello, en las Figura 22. RNA ribosomal. Se muestran las diferencias entre las subunidades mayores y menores del RNAr de eucariotas y procariotas. Tomado de: http://genomasur.com/lecturas/11-21-G.gif . Universidad Abierta y a Distancia de México 32 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos membranas celulares existen proteínas cuya función es la recepción de estos mensajes para comunicarlos a la célula y así actuar en consecuencia. En la mayoría de los casos, esta señal se transmite utilizando segundos mensajeros que llevan la señal de la membrana hasta el núcleo u organelo que deben responder a ella. Desde hace años se ha demostrado que existen varios tipos de RNA con actividad catalítica como las ribozimas. Otro ejemplo es el rRNA presente en el ribosoma y que se encarga de formar el enlace peptídico durante la síntesis de proteínas. Los primeros en sugerir esta actividad fueron Crick y Orgen en 1967, pero no fue hasta 1980 cuando Cech Altman lo demostró de manera independiente. El resto de las funciones bioquímicas de los ácidos nucleicos están implicados en la expresión de proteínas, el almacenamiento y la transmisión del material genético a la descendencia. La secuencia de aminoácido de las proteínas está codificada por la secuencia de bases nitrogenadas del DNA. Para ello se llevan a cabo dos procesos que constituyen el Dogma Central de la Biología Molecular (figura 24): en primer lugar se da el proceso de transcripción donde la secuencia de DNA se transforma en RNAm y posteriormente ocurre la traducción donde la secuencia, específicamente del RNAm, es leído por el RNAt para formar la proteína correspondiente en los ribosomas. Figura 23. Estructura del AMPc y GMPc. Se muestra la estructura de dos moléculas de energía empleadas durante la señalización celular. Tomado de: Nelson y Cox, 2009. . Universidad Abierta y a Distancia de México 33 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Por otro lado, es importante que se produzcan las proteínas necesarias en cada situación ya que un exceso de las mismas equivaldría a un gasto de energía innecesario y una falta de alguna proteína podría conllevar la muerte de los organismos. Es por ello, que la regulación de los genes que se deben expresar en cada momento es de vital importancia. Es ahí donde están involucrados los RNA reguladores como el ARN de interferencia, el antisentido, los MicroARN o los Riboswith, entre otros. Actividades La elaboración de las actividades estará guiada por tu Docente en línea, mismo que te indicará, a través del Organizador Didáctico de Aprendizaje (ODA), la dinámica que tú y tus compañeros llevarán a cabo, así como los envíos que tendrán que realizar. Los procesos de transcripción, traducción y replicación los estudiarás con mayor detalle en la asignatura de “Biología molecular”, por ello, es importante que distingas la estructura y características diferenciales del DNA y RNA. Enlaces Figura 24. Dogma central de la biología molecular. La duplicación del material genético se denomina replicación, el paso del DNA al RNA se llama transcripción y de RNA a proteínas traducción. Tomado de https://imperiodelaciencia.files.wordpress.com/2011/10/lo-que-creen-que- es-el-dogma.jpg . Universidad Abierta y a Distancia de México 34 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Autorreflexiones Para la parte de autorreflexiones debes de consultar el foro Preguntas de Autorreflexión para realizar la actividad correspondiente y enviarlo a la herramienta de Autorreflexiones. Cabe recordar que esta actividad tiene una ponderación del 10% de tu evaluación. Para el envío de tu autorreflexión utiliza la siguiente nomenclatura: BBIQ_U3_ATR _XXYZ, donde BBIQ corresponde a las siglas de la asignatura, U1 es la unidad de conocimiento, XX son las primeras letras de tu nombre, y la primera letra de tu apellido paterno y Z la primera letra de tu apellido materno. Cierre de la unidad La biotecnología es el uso de organismos vivos para fines industriales o comerciales. En este sentido la biotecnología abarca desde el uso de levaduras en la elaboración de bebidas fermentadas, hasta el uso de sanguijuelas para curar heridas, técnicas utilizadas por el ser humano desde los albores de la civilización. No obstante, la palabra biotecnología implica que los organismos utilizados para realizar el proceso han sido modificados genéticamente mediante técnicas de ingeniería genética. Al finalizar esta unidad y concluir con la materia de bioquímica se tiene un panorama general de todas aquellas macromoléculas que en su conjunto nos brindan información detallada para la manipulación tanto genética como microbiana de los seres vivos. La bioquímica es una de las ciencias más importantes en las cuales se apoya la ingeniería de biotecnológica para realizar investigaciones y determinaciones que conlleven una mejora continua de innovaciones tecnológicas, el conocer las rutas anabólicas y catabólicas, nos permite sentar las bases para continuar con el estudio de las células, la fisiología de los animales y las plantas, así como su aplicación en los procesos biotecnológicos. Otra de las grandes aplicaciones que vas a estudiar posteriormente es la biología molecular donde continuarás con el análisis de los ácidos nucleicos y sus aplicaciones y podrás aplicar estos conceptos en la modificación del genoma de los organismos para mejorar procesos o productos. En este momento podemos identificar procesos que nos llevarán a una mejora continua de innovaciones tecnológicas, pero no es la única herramienta para tal fin, el conjunto de varias ciencias nos guiarán hacia una respuesta a los constantes cambios que nos obligan a . Universidad Abiertay a Distancia de México 35 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos seguirnos preparando para afrontar nuevos retos y así seguir construyendo una nueva visión biotecnológica. Para saber más BIOsíntesis de ácidos grasos https://www.youtube.com/watch?v=wxGgLKn53hI β-OXIDACIÓN https://www.youtube.com/watch?v=mKp_GmmtLy0 Oxidación de los ácidos grasos http://www.uv.es/marcof/Tema20.pdf Estructura del DNA https://www.youtube.com/watch?v=7Q2D4lzVNqA Estructura terciaria y cuaternaria del DNA https://www.youtube.com/watch?v=GJViy9Iw5go . Universidad Abierta y a Distancia de México 36 U3 Bioquímica Lípidos y ácidos nucleicos Fuentes de consulta 1. Curtis, H. Barnes, N.S. (2009) Biología. Editorial Médica Panamericana. 2. Lodish. H. Berk, A. Matsudaria, P. Kaiser, C. Scott, M. Zipursky, L. Darnell, J. (2007). Biología celular y molecular. 5ª edición. México. Editorial Médica Panamericana. 3. Madigan, M.T., Martinko, J.M., Parker, J., Brock Biology of Microorganisms, 10ª Ed. Prentice Hall, Upper Saddle River, NJ, EEUU, 2003 4. Mathews, C.K; Van Holde, K. E; Ahern, K.G. (2002). Bioquímica. 3a edición. México. Pearson Addison Wesley. 5. McKee T y McKee J. (2003). Bioquímica: La base molecular de la vida. España. Tercera edición. Ed McGraw Hill – Interamericana. 6. Nelson, D.L., Cox, M.M. (2009). Lehninger: Principios de Bioquímica. España. Editorial Omega. Estructura Primaria y Secundaria del ADN https://www.youtube.com/watch?v=UdDsb-lmaJI Tipos de ARN http://es.scribd.com/doc/23794366/Tips-de-arn Descubrimiento del Ribozyme http://www.news-medical.net/health/Ribozyme- Discovery-(Spanish).aspx ADN y ARN https://www.youtube.com/watch?v=BjEFRONjWIo
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