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1 BIOLOGÍA CELULAR BIOQUÍMICA GENÉTICA BIOLOGÍA MOLECULAR 2 Gregor Mendel, 1865 Las leyes de la herencia Proteínas Los seres vivos como colección de enzimas Enzimas 4 Un gen, un enzima (1941) Bioquímica y Genética George W. Beadle Edward L. Tatum 5 Erwin Schrödinger, 1944 “What is life?” Max Delbruck 1. ¿Qué son los genes? 2. ¿Cómo se reproducen? 3. ¿Cómo actúan? El nacimiento de la Biología Molecular 6 Proyecto Genoma 7 Friedrich Miescher, 1869 (nucleína) El descubrimiento del DNA Laboratorio de Felix Hoppe-Seyler, 1879 Tübingen castle 8 Walter Sutton, 1903 Teoría cromosómica de la herencia Biología Celular y Genética 9 El descubrimiento del DNA Albrecht Kossel, 1920: DNA= polímero de Nucleótidos Nucleótido: Fosfato + Pentosa + Base Friedrich Miescher, 1869 (nucleína) 10 Transformación de Streptococcus pneumoniae Frederick Griffith Inyección El ratón muere Bacterias vivas virulentas y encapsuladas El ratón vive Bacterias vivas no virulentas, no encapsuladas calor El ratón vive Bacterias vivas, virulentas y encapsuladas Bacterias virulentas muertas El ratón muere Bacterias vivas, no virulen- tas, y no encapsuladas Bacterias virulentas muertas + vivas no virulentas Bacterias virulentas, muertas por calor 11 Oswald T. Avery Colin MacLeod Maclyn McCarty 1944 Principio transformante= DNA El ratón muere Bacterias vivas, no virulen- tas, y no encapsuladas Bacterias virulentas encapsuladas Bacterias vivas, no virulentas DNA de bacterias virulentas, muertas por calor transformación 12 Alfred Hersey, Martha Chase, 1952 32P 35S Envuelta No radiactiva DNA radiactivo Envuelta Radiactiva DNA No radiactivo Inyección Homogeneizado Separa cápsides vacías No radiactivo No radiactivo Radiactivo Radiactivo Centrifugación Fago Bacteria 13 1. ¿Qué son los genes? 2. ¿Cómo se reproducen? 3. ¿Cómo actúan? 14 Lehninger. Principios de Bioquímica Replicación Transcripción Traducción Proteína • Replicación: copia del DNA parental para formar moléculas de DNA hijas con idéntica secuencia. • Transcripción: parte del mensaje genético codificado por el DNA es copiado en forma de RNA. • Traducción: el mensaje genético codificado por el RNA mensajero es traducido en los ribosomas en forma de polipéptido. El dogma central de la Biología Molecular 15 NUCLEÓTIDOS • Base nitrogenada/(2-desoxi)ribosa/fosfato • Base nitrogenada Información genética • Azúcar/Fosfato Función estructural 16 NUCLEÓTIDOS Lehninger. Principios de Bioquímica Base púrica o pirimidínica PentosaFosfato 17 18 BASES NITROGENADAS Lehninger. Principios de Bioquímica • Derivan de purina o de pirimidina 19 BASES NITROGENADAS Lehninger. Principios de Bioquímica 20 BASES NITROGENADAS Lehninger. Principios de Bioquímica 21 NUCLEÓSIDOS Lehninger. Principios de Bioquímica Enlace N-glucosídico Se forma por eliminación de 1 molécula de H2O: el OH 1’ de la pentosa y el H de la base nitrogenada 22 NUCLEÓSIDOS Lehninger. Principios de Bioquímica 23 BASES NITROGENADAS Lehninger. Principios de Bioquímica 24 Lehninger. Principios de Bioquímica • Azúcar: ribosa adenilato adenosina 5’- monofosfato guanilato guanosina 5’- monofosfato uridilato uridina 5’- monofosfato citidilato citidina 5’- monofosfato Nucleótido: Símbolos: A, AMP G, GMP C, CMPU, UMP Nucleósido: Adenosina Guanosina CitidinaUridina RIBONUCLEÓTIDOS 25 DESOXIRRIBONUCLEÓTIDOS Lehninger. Principios de Bioquímica •Azúcar: 2-desoxirribosa Desoxiadenilato desoxiadenosina 5’-monofosfato Desoxiguanilato desoxiguanosina 5’-monofosfato Desoxitimidilato desoxitimidina 5’-monofosfato Desoxicitidilato desoxicitidina 5’- monofosfato Nucleótido: Símbolos: A, dA, dAMP G, dG, dGMP C, dC, dCMPT, dT, dTMP Nucleósido: Desoxiadenosina Desoxiguanosina DesoxicitidinaDesoxitimidina 26 NUCLEÓTIDOS MONO- DI- Ó TRIFOSFATO Lehninger. Principios de Bioquímica 27 Lehninger. Principios de Bioquímica •Enlaces fosfodiéster entre el grupo 3’ de un nucleótido y el grupo 5’ del nucleótido siguiente. •Carga negativa a pH 7’0.Enlace fosfodiéster 28 Lehninger. Principios de Bioquímica Polaridad 5’ -> 3’ de las cadenas de DNA y RNA Enlace fosfodiéster 29 REPRESENTACIÓN ESQUEMÁTICA DE UN OLIGONUCLEÓTIDO Lehninger. Principios de Bioquímica Forma simplificada: 5’-ACGTA-3’ Forma aún más simplificada: ACGTA 30 Ley de Chargaff Nº de residuos de adenina = nº de residuos de timina A=T Nº de residuos de citosina= nº de residuos de guanosina G=C Nº de purinas= nº de pirimidinas 31 DIAGRAMA DE DIFRACCIÓN DE RAYOS X DEL DNA Maurice Wilkins 32 3´ 0.34 nm Surco menor 5´ Surco mayor 3´ 5´ 3.4 nm La doble hélice James Watson y Francis Crick (1953) 33 Libros sobre el descubrimiento de la doble hélice 34 Lehninger. Principios de Bioquímica Adenina Timina 35 Lehninger. Principios de Bioquímica Guanina Citosina 36 COMPLEMENTARIEDAD DE LAS CADENAS Lehninger. Principios de Bioquímica 37 Lehninger. Principios de Bioquímica Surco mayor Surco menor 38 Los surcos mayor y menor se forman porque los enlaces N- glucosídicos no están diametralmente opuestos entre sí Stryer. Bioquímica Surco mayor Surco mayor Surco menor Surco menor Adenina-Timina Guanina-Citosina 39 CARACTERÍSTICAS DEL MODELO DE WATSON Y CRICK • Doble hélice formada por 2 hebras antiparalelas y complementarias • Cada residuo de una hebra está unido por puentes de hidrógeno con el residuo correspondiente de la hebra complementaria (A=T, G≡C) • Bases nitrogenadas en el interior y esqueleto azúcar-fosfato en el exterior • Plano de las bases perpendicular al eje de la hélice • 10’5 pares de base por vuelta • Dextrógira 40 FUERZAS QUE ESTABILIZAN LA DOBLE HÉLICE • Puentes de hidrógeno entre las bases nitrogenadas A-T Dos puentes de hidrógeno C-G Tres puentes de hidrógeno • Fuerzas hidrofóbicas por apilamiento entre bases nitrogenadas de la misma hebra • Interacciones iónicas 41 REPLICACIÓN DEL DNA SEGÚN WATSON Y CRICK • Separación de las dos hebras • Cada hebra hace de molde inequívoco para la síntesis de una hebra nueva Lehninger. Principios de Bioquímica 42 FORMAS A, B Y Z DEL DNA Lehninger. Principios de Bioquímica Forma A • Dextrógira • Hélice más gruesa • Plano de las bases inclinado 20º respecto al eje Forma B • Doble hélice de Watson y Crick • La más abundante en la célula Forma Z • Levógira • Hélice más alargada y estrecha 26 Å 20 Å 16 Å 43 FORMAS A, B Y Z DEL DNA Lehninger. Principios de Bioquímica Forma A Forma B Forma Z dsRNA, RNA-DNA, DNA deshidratado Mayoritaria en DNA Secuencias reguladoras Sentido de la hélice Dextrógira Dextrógira Levógira Diámetro aprox. 26 Å aprox. 20 Å aprox. 18 Å Pares de bases/vuelta 11 10,5 12 Distancia/par de bases 2,6 Å 3,4 Å 3,7 Å Inclinación de la base con respecto al eje de la hélice 20º 6º 7º Conformación del azúcar C-3’ endo C-2’ endo C-2’ endo pirimidinas; C-3’ endo purinas Conformación enlace glucosídico Anti Anti Anti para pirimidinas; syn para purinas 44 DESNATURALIZACIÓN DEL DNA Lehninger. Principios de Bioquímica •Se produce sometiendo el DNA a altas temperaturas o a pHs extremos •Proceso reversible •El proceso inverso se denomina renaturalización o hibridación •Puede seguirse espectroscópicamente a 260 nm 45 DESNATURALIZACIÓN TÉRMICA DEL DNA Lehninger. Principios de Bioquímica •La temperatura de fusión (tm) es la temperatura a la cual se consigue el 50% de desnaturalización del DNA •Cada molécula de DNA dúplex tiene una tm característica 46 DESNATURALIZACIÓN TÉRMICA DEL DNA Lehninger. Principios de Bioquímica •Cuanto mayor es el contenido en GC más alta es la tm 47 HIDRÓLISIS ALCALINA DEL RNA Lehninger. Principios de Bioquímica 48 DESPURINACIÓNDEL DNA Lehninger. Principios de Bioquímica 49 DESAMINACIÓN DE LOS NUCLEÓTIDOS Lehninger. Principios de Bioquímica 50 AGENTES ALQUILANTES Lehninger. Principios de Bioquímica 51 FORMACIÓN DE DÍMEROS DE PIRIMIDINA POR ACCIÓN DE LA LUZ UV Lehninger. Principios de Bioquímica 52 Alteraciones del DNA Lehninger. Principios de Bioquímica • Espontáneas: Despurinación, desaminaciones • Causadas por agentes físicos • UV: dímeros de pirimidina • Radiaciones ionizantes: rotura de las bases • Causadas por compuestos químicos • Desaminaciones (ácido nitroso, bisulfito) • Agentes alquilantes • Oxidación (formas de oxígeno reactivas, ROS) • Envejecimiento • Enzimas defensivos: Catalasa, Superóxido dismutasa 53 DNA DE UNA CÉLULA LISADA DE E. COLI Stryer. Bioquímica • Las moléculas de DNA son las mayores macromoléculas de una célula • Su tamaño lineal es varios miles de veces mayor que el diámetro de la célula en que se encuentra • Cada cromosoma procariota es una molécula circular 54 CROMOSOMAS EUCARIOTAS Lehninger. Principios de Bioquímica • Cada cromosoma eucariota es una molécula de DNA lineal que se encuentra en el núcleo • Las células somáticas humanas tienen 23 pares de cromosomas • Las células eucariotas poseen también DNA extranuclear (mitocondrias o cloroplastos) • Si se extendiera el DNA de una sola persona, podría ir y volver varias veces de la Tierra al Sol 55 DNA DE ORGÁNULOS EUCARIOTAS Lehninger. Principios de Bioquímica • Mitocondrias • DNA circular, doble hebra • Aprox. 20 kb en animales • Genes síntesis de proteínas • Herencia materna: Eva mitocondrial • Cloroplastos • DNA circular, doble hebra • 120-160 kb 56 57 SUPERENROLLAMIENTOS Lehninger. Principios de Bioquímica • El término superenrollamiento se refiere al enrollamiento de una hélice sobre sí misma 58 SUPERENROLLAMIENTO DEL DNA •El DNA circular presenta un nuevo tipo de superestructura: la superhélice •El DNA con vueltas superhelicoidales se llama DNA superenrollado •Cuando no hay enrollamiento neto del eje del dúplex sobre sí mismo, el DNA está relajado Lehninger. Principios de Bioquímica eje Doble hélice de DNA Superhélice 59 SUPERENROLLAMIENTO CAUSADO POR LA SEPARACIÓN DE LAS DOS HEBRAS • Al separar las dos hebras, la tensión resultante produce superenrollamiento Lehninger. Principios de Bioquímica 60 NUMERO DE ENLACE • Número de veces que una hebra cruza a la otra suponiendo que ésta última estuviera en un plano único. •Topoisomerasas tipo I: Cortan una de las hebras, hacen girar uno de los extremos alrededor de la hebra intacta y vuelven a unir los extremos. Cambian Lk en incrementos de 1. •Topoisomerasas tipo II: Cortan ambas hebras y hacen variar Lk en incrementos de 2. Lehninger. Principios de Bioquímica 61 Corte en una hebra Lehninger. Principios de Bioquímica Lk=200=Lk0 Lk no definido Lk=198 62 Lehninger. Principios de Bioquímica 63 DNA RELAJADO Y SUPERENROLLADO Lehninger. Principios de Bioquímica DNA relajado DNA superenrollado 64 TOPOISOMERASAS TIPO I 1. Corte de una hebra mediante un residuo de tirosina 2. Giro alrededor de la hebra intacta 3. Reparación de la hebra cortada Stryer. Bioquímica 65 TOPOISOMERASAS TIPO II Lehninger. Principios de Bioquímica 66 TOPOISOMERASAS TIPO II Stryer. Bioquímica Inhibidores: acido nalidíxico, ciprofloxacina camptotecina (topoisomerasa I) 67 68 CROMOSOMAS Y CROMATINA •Cromosoma: 1 molécula de DNA (+ proteínas asociadas). •Los cromosomas eucarióticos se compactan durante la división celular para formar “cuerpos densamente coloreados” visibles al microscopio óptico. •En células no en división, el material cromosómico está disperso en el núcleo: cromatina. •Cromatina: DNA + proteínas en cantidades comparables. 69 70 NUCLEOSOMAS EN LA CROMATINA Lehninger. Principios de Bioquímica •DNA unido a histonas formando un nucleosoma. •Histonas: H1, H2A, H2B, H3, H4. Muy básicas. 71 72 73 ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL DE LAS HISTONAS Dímero H2A-H2B H2A H2A H2B H3 H4 cola N-terminal dominio común 74 75 MODIFICACIONES POSTRADUCCIONALES DE LAS HISTONAS 76 CÓDIGO DE HISTONAS 77 DNA “R O S A R IO ” D E N U C LE O S O M A S F IB R A D E 3 0 n m B U C L E ( 7 5. 0 00 p b ) R O S E TA ( 6 b u cl es ) V U E LT A ( 3 0 r o se ta s) 2 C R O M Á T ID A S (1 0 vu e lta s ca da u na ) Matriz nuclear MODELO DE LOS NIVELES DE ORGANIZACIÓN ESTRUCTURAL DE LA CROMATINA 78 DEGRADACIÓN DE LOS ÁCIDOS NUCLEICOS • NUCLEASAS: DNasas, RNasas – ENDONUCLEASAS – EXONUCLEASAS • 5’-> 3’ • 3’-> 5’
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