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Metabolismo microbiano Conjunto de reacciones bioquímicas y procesos fisicoquímicos estrechamente interrelacionados, que ocurren en una célula, y son la base para que ésta pueda realizar todas sus actividades: crecer, reproducirse, mantener sus estructuras, responder a estímulos, etc. V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Definición de metabolismo: Metabolismo microbiano V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Tiene aplicación el estudio de esta temática? Inoculantes para agricultura Agroalimentos fermentados Biorremediación Bioenergía Metabolismo microbiano V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N 1) Introducción: Catabolismo Vs Anabolismo: Oxidación Vs Reducción Principios de termodinámica 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: 2) Composición química de los microorganismos Según fuente de energía, fuente de carbono, tipo de metabolismo energético intermedio, etc. Según condiciones de crecimiento: características culturales Enzimas 4) Medios de cultivo microbianos: Clasificaciones según diferentes criterios Condiciones que deben reunir Catabolismo: V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Catabolismo Vs Anabolismo: Reacciones exotérmicas, liberan energía, el sustrato tiene mayor energía interna que el producto resultante de la reacción. Desde la perspectiva termodinámica se trata de reacciones exotérmicas Anabolismo: Reacciones endotérmicas, consumen energía, el sustrato tiene menor energía interna que el producto resultante de la reacción. Desde la perspectiva termodinámica se trata de reacciones endotérmicas 1) Introducción: Catabolismo y anabolismo ocurren sincrónicamente, respetando las leyes de la termodinámica Metabolismo microbiano V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Enzimas: Cual es su función? 1) Introducción: Facilitar la realización de una reacción metabólica Disminuyen la energía de activación necesaria para que ocurra una reacción bioquímica Disminuyen el tiempo necesario para que una reacción bioquímica se produzca Enzimas: Nomenclatura según su actividad Oxidoreductasas: catalizan reacciones de oxidorreducción (redox). Utilizan coenzimas y cofactores (NAD, NADP) que transporten los electrones (hidrogeniones) desde el dador hasta el aceptor final de electrones. Estas coenzimas quedan modificadas en su grado de oxidación al participar de una reacción, y no se sintetizan de nuevo sino que se reciclan participando en reacciones inversas, alternando oxidación con reducción. Ejemplos: deshidrogenasa, peroxidasa. Transferasas: transfieren grupos activos, obtenidos de la ruptura de ciertas moléculas, a otras sustancias receptoras. Suelen actuar en procesos de interconversión de monosacáridos, aminoácidos, etc. Ejemplos: transaminasas Hisrolasas: catalizan reacciones de hidrólisis: ruptura de enlaces con liberación de elementos y sustitución por moléculas provenientes del agua, como ocurre por ejemplo en la obtención de monómeros a partir de polímeros. Actúan típicamente en el catabolismo. Ejemplos: glucosidasas, lipasas, estearasas. Liasas: catalizan reacciones en las que se eliminan grupos H2O, CO2 y NH3 para formar un doble enlace o añadirse a un doble enlace. Ejemplos: decarboxilasas Isomerasas: actúan sobre determinadas moléculas obteniendo o cambiando de ellas su estado en relación a su isómero, catalizando cambios de posición de un grupo en determinada molécula obteniendo formas isoméricas. Suelen actuar en procesos de interconversión. Ejemplo: isomerasas Ligasas: catalizan la unión de elementos que generan un producto de mayor energía interna (anabolismo), como por ejemplo la síntesis de los enlaces denominados "fuertes" mediante el acoplamiento a moléculas de alto valor energético (fosfatos) al ADP formando ATP Ejemplos: sintetasas V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 1) Introducción: V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Reacción mediante la cual un sustrato recibe electrones (hidrogeniones) pasando de un estado de menor energía interna a uno de mayor energía interna Oxidación Vs Reducción: Reducción: Reacción mediante la cual un sustrato cede electrones (hidrogeniones), pasando de un estado de mayor energía interna a otro de menor energía interna Oxidación: 1) Introducción: V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Intermediarios co-enzimáticos: NAD, FAD 1) Introducción: Oxidación Vs Reducción: V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Que hacen los intermediarios co-enzimáticos: NAD, FAD? 1) Introducción: Oxidación Vs Reducción: De que están hechas las células, procariotas y eucariotas? V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Químicamente, y a grandes rasgos, procariotas y eucariotas somos CHONPS 2) Composición química de los microorganismos Carbono: 50 % del peso seco celular. Función en metabolismo energético y elementos estructurales Metabolismo microbiano Nitrógeno: 12 % del peso seco celular. Función en constitución de proteínas estructurales y enzimáticas Hidrógeno Oxígeno: Fosforo: Función en formación de ADN, en fosfolípidos de membrana citoplasmática, y en moléculas que almacenan energía en enlaces fosfóricos Azufre: En aminoácidos y vitaminas, aporta posibilidad de uniones internas dando estructura tridimensional y funcionabilidad AN ATP Constituyen biomoléculas, estabilizando átomos (C y N) de manera individual o como OH ó H20 V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N 2) Composición química de los microorganismos Mayoritarios Metabolismo microbiano 2) Composición química de los microorganismos NO CONFUNDIR !!!!!!!!!!!!! V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano cobalto, cobre, zinc, manganeso, molibdeno, selenio…. Participan como co-factores enzimáticos, y se encuentran en muy bajas concentraciones Magnesio (Mg): Función como estabilizador de proteínas enzimáticas, ribosomas, membranas Calcio (Ca): Función en estabilización de pared celular y espora bacteriana en aquellos que la sintetizan Potasio (K): Principal catión inorgánico, participa en el potencial de membrana y por ello en la transmisión e interpretaciónde algunos mensajes, es un cofactor enzimático Socio (Na): Participa en el potencial de membrana y transmisión de mensajes Hierro (Fe): Funciona en el sistema de citocromo oxidasa (conjunto de enzimas responsables del transporte de electrones durante el proceso de oxidación por respiración celular) Cloro (Cl): Principal anión inorgánico que participa en la polarización de la membrana citoplasmática, el potencial de acción y la transmisión de mensajes por despolarización 2) Composición química de los microorganismos Minoritarios Metabolismo microbiano V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N 2) Composición química de los microorganismos V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Según atmósfera de crecimiento Según temperatura de crecimiento Según fuente de obtención de energía Según la fuente de elementos básicos para estructura de biomoléculas Metabolismo microbiano 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: C inorgánico Vs C orgánico V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: Según su fuente de energía Obtienen energía a partir de la ruptura de enlaces químicos Quimiótrofos: Fototrofos: Obtienen energía al excitarse por energía lumínica Rhodopseudomonas (Bradyrhuzobiaceace): bacteria purpura Importancia: Biodeegradacion, formacion de H Arthrospira Cianobacterias Importancia: Liberacion de O2 Produccion de Spirulina Actinomycetes Importancia: Compostaje V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: Según su fuente de carbono Obtienen carbono a partir del catabolismo de moléculas orgánicas, son incapaces de usar formas inorgánicas de C Heterótrofos: Litotrofos: Son capaces de usar el carbono inorgánico (ej: CO2), e incluirlo en propias biomoléculas durante procesos de biosíntesis Metanobacterias (Archea) Bacterias lácticas V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: Según el aceptor final de electrones en procesos catabólicos Obtienen energía eficientemente mediante el catabolismo de biomoléculas, debido a que pueden llegar a oxidar completamente las mismas mediante procesos de respiración (aerobios o anaerobios) Metabolismo respiratorio: Metabolismo fermentativo: Mediante el catabolismo de biomoléculas obtienen energía deficientemente (queda mucha energía residual en el producto metabólico), debido a que oxidan de manera incompleta dichos sustratos. Solo fermentan, son incapaces de respiración Fotosintesis anoxigénica Metabolismo microbiano 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: Al integrar los criterios metabólicos anteriores, obtenemos la siguiente clasificación Según la fuente de energía usada Quimiotrofos Fototrofos Según la fuente de carbono usada Quimio- heterotrofos Foto- heterotrofos Foto- autotrofos V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Según aceptor final de electrones durante oxidación Respiración Fermentación Aerobia Anaerobia Diferentes fermentaciones O2 NO3 – SO4 2 – Fe(III) Etanol Ac. láctico Ac. acético Ac.propiónico Ac.butírico Bacterias púrpuras del S Bacterias purpuras no del S Reducen CO2 usando H2O Fotosintesis oxigénica Quimio- autotrofos Bacterias que oxidan elementos inorgánicos S Fe CO NO Reducen CO2 usando H2O Metabolismo microbiano 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: Interacción de los diferentes tipos de microorganismos según su metabolismo Aerobios estrictos V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Capnófilos Anaerobios facultativos Anaerobios aerotolerantes Anaerobios estrictos Microaerófilos 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: Según características culturales: necesidades o limitaciones gaseosas V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: Según características culturales: Temperatura de cultivo V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Nutrientes con energía interna CAATABOLISMO Productos finales: baja energía interna H2O ATP NADH NADPH FADH2 Transportadores de e - y enlaces de energía ANABOLISMO NH3 CO2 Productos intermedios: baja energía interna ? Liberación de energía interna INSUMOS PARA BIOSINTESIS aminoácidos ácidos grasos carbohidratos bases nitrogenadas BIOMOLECULAS CELULARES Proteínas (estructurales, enzimas) Polisacáridos (pared celular) Lípidos (membrana celular) Ácidos nucleicos (ADN, ARNr, ARNm, ARNt) ATP + HPO4 2- NAD+ NADP+ FAD 3) Clasificación de microorganismos según tipos metabólicos: V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Microorganismos autotrofos Metabolismo energético: Oxidación incompleta de la glucosa por glucólisis Etapa I: reacciones preparatorias generan 2 G3P a partir de 1 glucosa No hay ni oxidación ni reducción Etapa II: se forman 2 piruvatos y se sintetiza ATP por proceso redox Etapa III: generación de producto final y ATP por proceso redox V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Metabolismo energético: Oxidación completa de la glucosa por glucólisis Genera como subproducto radicales libres oxidantes altamente reactivos V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Metabolismo energético: Oxidación completa de varios sustratos V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano ¿Qué es un medio de cultivo? V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N 4) Medios de cultivo microbianos: ¿Qué condiciones debe reunir un medio de cultivo ideal? ¿Qué se debe considerar antes de elegir un medio de cultivo para inocular una muestra de nuestro interés? ¿En quécondiciones debe presentarse un medio de cultivo cualquiera, para ser usado en microbiología? ¿Qué se entiende por «nutriente microbiano»? Como podrían clasificarse los nutrientes? ¿Cómo se clasifican los medios de cultivo? ¿Qué condiciones ajenas al medio de cultivo, pueden condicionar el éxito de un medio para obtener el desarrollo del microorganismo deseado? Deberíamos ser capaces de responder las siguientes preguntas Metabolismo microbiano Macronutrientes: Agua Fuentes de carbohidratos Fuentes de aminoácidos y proteínas Minerales y vitaminas Micronutrientes: Elementos traza: minerales Reguladores: Estabilizadores osmóticos Estabilizadores pH Ve t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N 4) Medios de cultivo microbianos: Nutrientes de Medios de cultivo: Definición Medio de cultivo: Definición Metabolismo microbiano Como debería ser un medio de cultivo ideal? V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Económico Inocuo para el operario y para el ambiente Debería inhibir a los microorganismos no deseados sin perjudicar a cualquier cepa perteneciente al taxón microbiano de interés para nuestro estudio o análisis De fácil disponibilidad en cualquier lugar del mundo (accesible para fabricarse en cualquier país), para garantizar la reproducibilidad de cualquier ensayo o análisis (criterio básico del método científico) Debería garantizar el crecimiento de la totalidad de microorganismos pertenecientes al taxón microbiano que se encuentra en estudio, sin discriminar en función de cepas (algunas cepas si, otras no) Debería garantizar el crecimiento independientemente del estado metabólico en que se encuentre el microorganismo de interés: evitar falsos negativos por falta de desarrollo de microorganismos que se encuentran en estado viable pero no cultivable 4) Medios de cultivo microbianos: Metabolismo microbiano Que se debe considerar antes de elegir un medio de cultivo, para hacer crecer un microorganismo de nuestro interés? V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 4) Medios de cultivo microbianos: ¿Cuál es nuestra necesidad? ¿Necesitamos saber si «un microorganismo específico» está presente o ausente en una muestra, o necesitamos saber «cual/es» microorganismos están presentes en la muestra? ¿La muestra es naturalmente muy contaminada con microorganismos acompañantes del microorganismo que deseamos estudiar, o es una muestra con escasa contaminación? ¿Necesitamos aislar el microorganismo, o solo determinar su presencia o ausencia? ¿Los microorganismos podrían encontrarse sometidos a un estrés fisicoquímico, producto de la manipulación o composición de la muestra, pudiendo alcanzar el estado de viable-no cultivable? V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 4) Medios de cultivo microbianos: ¿En qué condiciones debe presentarse un medio de cultivo cualquiera, para ser usado en microbiología? Estéril Con su potencial nutritivo inalterado por el proceso de esterilización Libre de inhibidores microbianos (restos de detergente de limpieza de material de vidrio, sustancias químicas ambientales, desinfectantes, etc.) pH Osmolaridad Temperatura Gases-atmósfera de crecimiento V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 4) Medios de cultivo microbianos: Condiciones ambientales que pueden limitar el desarrollo de un cultivo, aunque se cuente con el medio de cultivo adecuado Clasificación Según su estado físico (presencia y concentración de agar) V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 4) Medios de cultivo microbianos: Líquidos (caldos) Semisólidos Sólidos Simples Enriquecidos De enriquecimiento selectivo Selectivos Diferenciales Selectivo-diferenciales V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano Clasificación Según su uso 4) Medios de cultivo microbianos: Según su origen: Naturales o artificiales Animales, vegetales, mixtos Según el conocimiento sobre la composición: Naturales Químicamente definidos Según su condición Medios inertes Medios vivos V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano 4) Medios de cultivo microbianos: Clasificación Clasificación de Medios de cultivo microbianos Según su uso: V e t. S e rg io D a m iá n A b a te , D r. M a g .– P ro f. A d ju n to M ic ro b io lo g ía -S e d e A tl á n ti c a - U N R N Metabolismo microbiano
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